78 research outputs found
SILVA_123 Eukaryota taxonomic training data formatted for DADA2; plus version with (uncurrated) additional sequences
No full text<p>This is the Silva123 taxonomy reformatted to work with eukaryote sequences for dada2:</p>
<p><a href="https://zenodo.org/api/files/4f873b5b-fe02-4344-8c8b-c723c3caba67/SILVA_123_dada2.fasta">SILVA_123_dada2.fasta </a></p>
<p>It has been created using a script available <a href="https://github.com/derele/AA_Hyena/blob/master/R/convert_silva_taxonomy.r">here</a>.</p>
<p>To increase coverage (Silva has a low coverage for eukaryotes). Uncurrated additional sequences similar to ASVs found in the intestine of hyenas (BLAST) have been added. The script used for taxonomic annotation of these sequences is available <a href="https://github.com/derele/AA_Hyena/blob/master/scripts/blast2alltax_outfmt11.pl">here</a>. The file containing these additional (uncurrated!) sequences is:</p>
<p><a href="https://zenodo.org/api/files/4f873b5b-fe02-4344-8c8b-c723c3caba67/SILVA_123_dada2_exp.fasta?versionId=78a7526a-72e0-4707-ab5c-297671b5ff13">SILVA_123_dada2_exp.fasta </a></p>
<p>This expanded file has been used for taxonomic annotation in: </p>
<p><a href="https://doi.org/10.3389/fcimb.2017.00262">Heitlinger, E., Ferreira, S., Thierer, D., Hofer, H., & East, M. L. (2017). The intestinal eukaryotic and bacterial biome of spotted hyenas: the impact of social status and age on diversity and composition. <em>Frontiers in cellular and infection microbiology</em>, <em>7</em>, 262.</a></p>This is the version used in:
Emanuel Heitlinger, Susana C. M. Ferreira, Dagmar Thierer, Heribert Hofer, and Marion L. East (2017) The Intestinal Eukaryotic and Bacterial Biome of Spotted Hyenas: The Impact of Social Status and Age on Diversity and Composition Front. Cell. Infect. Microbio; 7: 262. doi: 10.3389/fcimb.2017.0026
The transcriptome of the invasive eel swimbladder nematode parasite Anguillicola crassus
No full textABSTRACT: BACKGROUND: Anguillicola crassus is an economically and ecologically important parasitic nematode of eels. The native range of A. crassus is in East Asia, where it infects Anguilla japonica, the Japanese eel. A. crassus was introduced into European eels, Anguilla anguilla, 30 years ago. The parasite is more pathogenic in its new host than in its native one, and is thought to threaten the endangered An. anguilla across its range. The molecular bases for the increased pathogenicity of the nematodes in their new hosts is not known. RESULTS: A reference transcriptome was assembled for A. crassus from Roche 454 pyrosequencing data. Raw reads (756,363 total) from nematodes from An. japonica and An. anguilla hosts were filtered for likely host contaminats and ribosomal RNAs. The remaining 353,055 reads were assembled into 11,372 contigs of a high confidence assembly (spanning 6.6 Mb) and an additional 21,153 singletons and contigs of a lower confidence assembly (spanning an additional 6.2 Mb). Roughly 55% of the high condence assembly contigs were annotated with domain- or protein sequence similarity derived functional information. Sequences conserved only in nematodes, or unique to A. crassus were more likely to have secretory signal peptides. Thousands of high quality single nucleotide polymorphisms were identified, and coding polymorphism was correlated with diffrential expression between individual nematodes. Transcripts identfied as being under positive selection were enriched in peptidases. Enzymes involved in energy metabolism were enriched in the set of genes differentially expressed between European and Asian A. crassus. CONCLUSIONS: The reference transcriptome of A. crassus is of high quality, and will serve as a basis for future work on the invasion biology of this important parasite. The polymorphisms identied will provide a key tool set for analysis of population structure and identication of genes likely to be involved in increased pathogenicity in European eel hosts. The identication of peptidases under positive selection is a first step in this programme
Massive encapsulation of larval Anguillicoloides crassus in the intestinal wall of Japanese eels
No full textAbstract Background Within the last 25 years, after the introduction of the swimbladder nematode Anguillicoloides crassus from East-Asia to Europe, a body of work has aggregated on the host parasite interactions in the acquired host Anguilla anguilla. Despite the emerging evolutionary interest there is still a lack of knowledge about host parasite relations of A. crassus in its natural host Anguilla japonica. We examined the Anguillicoloides infections of wild-caught Japanese eels as well as from aquacultured specimens in Taiwan with respect to the fate of migratory L3 larvae and performed infection experiments with Japanese eels. Results Inside the intestinal wall of cultured eels, where the infective pressure was higher than among wild eels, we found large numbers of granuloma-like cysts. In a few eels these cysts contained nematodes still recognizable as L3 larvae of A. crassus, while in most cases the content of these capsules was degraded to amorphous matter. Occurrence of these objects was correlated with the number of encapsulated larvae in the swimbladder wall. We were able to show, that the cysts contained disintegrated L3 larvae by amplification and subsequent sequencing of large subunit ribosomal rRNA. Furthermore we identified repeated infections with high doses of larvae as prerequisites for the processes of encapsulation in infection experiments. Conclusion Under high infective pressure a large percentage of L3 larvae of A. crassus coming from the gut lumen are eliminated by the natural host within its intestinal tissue. It is possible to reproduce this condition in infection experiments. We provide a fast, easy and reliable PCR-based method for identification of encapsulated swimbladder parasites.</p
Asymmetric Nuclear Introgression During Range Expansion in Whiskered Bats Revealed With Support of a Newly Developed Genotype Imputation Method
No full textDie Entwicklungen von Next Generation Sequencing und Fortschritte in der Bioinformatik haben das Feld der Evolutionsbiologie in den letzten Jahrzehnten revolutioniert. Bei der Arbeit an einem Datensatz des Bartfledermaus Artkomplexes identifizierte ich spezielle Probleme in genomischen Datensätze die typischerweise in der Forschung an Nicht-Modellorganismen vorkommen und zu großen Mengen an fehlenden Daten führen. Um diese Herausforderungen zu bewältigen, habe ich GenoPop entwickelt, ein Softwarepaket, das eine neue Methode zur Genotyp-Imputation enthält. Diese neue Methode wurde getestet und erwies sich als genauer und rechnerisch effizienter als alternative Methoden zur Genotyp-Imputation. Darüber hinaus habe ich Erkenntnisse darüber gewonnen, wie die Ergebnisse gängiger populationsgenomischer Analysen durch fehlende Daten beeinflusst werden können, und gezeigt, dass eine genaue Genotyp-Imputation die statistische Aussagekraft solcher Experimente verbessern kann. Nach umfangreichen Tests habe ich den neuen Algorithmus bei der Analyse der Daten von Bartfledermäusen eingesetzt. Mit seiner Hilfe untersuchte ich die nuklearen genomischen Spuren der geographischen Ausbreitung und Hybridisierung zwischen M. mystacinus und M. davidii. Die Hybridisierung zwischen den beiden Arten führte zu einer nuklearen Introgression, die asymmetrisch und stärker in M. davidii ist, die Art die während ihrer Ausbreitung in die Lebensräume von M. mystacinus vordringt. Außerdem stellte ich fest, dass es in verschiedenen Stadien der Ausbreitung wiederholt zu Hybridisierungen kam. Schließlich untersuchte ich die Folgen der nuklearen Introgression bei Bartfledermäusen und zeigte, dass die Introgression zu einer Zunahme der genetischen Diversität in den expandierenden M. davidii Populationen führt. Abschließend diskutiere ich in dieser Arbeit den Nutzen von GenoPop-Impute und anderen methodischen Anpassungen bei der Analyse des Datensatzes der Bartfledermaus.Developments in next generation sequencing methods and bioinformatics revolutionized the field of evolutionary biology in the last decades. Working on a data set of the whiskered bat species complex, I identified challenges of genomic data sets that are specific to research in non-model organisms and lead to high amounts of missing data. In order to tackle these challenges, I developed GenoPop, a software package that includes a new method for genotype imputation. This new method was tested and found to be more accurate and computationally efficient than alternative methods for genotype imputation. In addition, I gained insights into how the results of common population genomic analyses can be affected by missing data and demonstrated that accurate genotype imputation improves can improve statistical power in such experiments an mitigate potential biases. After extensive testing, I used this new algorithm in the analysis of the whiskered bat data. With its help, I conducted research into the nuclear genomic footprints of range expansion and hybridization between M. mystacinus and M. davidii. Hybridization between the two species led to nuclear introgression, which is asymmetric and stronger into M. davidii, which is entering M. mystacinus habitats during its range expansion. I also found that hybridization happened repeatedly along different stages of the range expansion. Lastly, I researched the consequences of nuclear introgression in whiskered bats and demonstrated that introgression is leading to an increase of genetic diversity in the expanding M. davidii populations. Finally in this thesis, I discuss the benefit of GenoPop-Impute and other methodological adaptations in the analysis of the whiskered bat data set
Resistenz und Toleranz gegenüber Eimeria in der europäischen Hausmaus-Hybridzone
No full textGenetic diversity in animal hybrids can affect each physiological system differently. If reproduction usually suffers from breakdown of coadapted complexes, resistance to parasite could benefit from the novelty brought by recombination. The question of hybrid relative resistance or susceptibility to parasites in the European house mouse hybrid zone has been discussed for the past thirty years, leading to contradictory conclusions on relative hybrid fitness. But drawing conclusions on hybrid host fitness in relation to parasites requires first to investigate the link between resistance and host health. Resistance (the host’s capacity to reduce parasite burden) and tolerance (the host’s capacity to reduce impact on host health of a given parasite burden) manifest two different lines of immune defences. Trade-offs arise, as resistance limits infection load and thereby the scope of possible tolerance, and both resistance and tolerance can be costly in terms of resource allocation.
During this PhD project, we assessed infections by intracellular protozoans, Eimeria spp., using field sampling and laboratory infection of wild and wild-derived mice from a hybrid zone between \textit{Mus musculus domesticus} and \textit{Mus musculus musculus}. We asked (1) whether hybrid mice are more or less resistant than their parents and (2) how resistance and tolerance are correlated, this correlation potentially differing between Eimeria species. We found lower intensities in hybrid hosts than in parental mice and no evidence of lowered probability of infection or increased mortality in the centre of the hybrid zone. This challenges the longstanding impression that hybrid mice are more highly parasitised than parentals. Upon experimental infection, we found a trade-off between resistance and tolerance in E. falciformis, but not in E. ferrisi. Building on previous research showing that resistance and tolerance should be studied jointly, our results show that assumptions on coupling of the two can not be transferred across even closely related parasite taxa. We showed that the impact of parasitism on hybrid fitness is a complex matter that needs to be investigated for each parasite beyond the measurement of hybrid vigour on resistance, taking into account possible trade-offs between resistance and tolerance
Defizienzen in der Interaktion von Makrophagen und T-Lymphozyten bei der Entstehung des Morbus Whipple
No full textMorbus Whipple (MW) ist eine chronische multisystemische Infektionskrankheit, die durch das Bakterium Tropheryma whipplei verursacht wird. Während asymptomatische Trägerschaften und selbst-limitierende Infektionen mit T. whipplei häufig vorkommen, ist die chronische Manifestation des MW sehr selten. Die geringe Inzidenz des MW bei ubiquitärer Verbreitung der Erreger deutet auf eine Assoziation mit prädisponierenden Faktoren bei der Entstehung der Erkrankung hin. Die zugrundeliegenden Faktoren und Mechanismen der Manifestation sind nicht ausreichend geklärt, sodass die vorliegende Arbeit die T-Zell-Reaktivität auf die Antigenpräsentation sowie die Interaktion von T. whipplei mit peripheren monozytären Zellen (PBMC) in vitro analysierte. Hierbei wiesen allogene PBMC von MW-Patienten bei produktiver Präsentation des T. whipplei GrpE Antigens über den MHC-I-Komplex einen vermehrten Anteil Perforin+ CD8+ T-Zellen auf. Die Interferon-g Produktion zeigte sich nach optimierter GrpE Präsentation mit gesunden Kontrollen vergleichbar, wodurch erstmalig nachgewiesen wurde, dass die verminderte T-Zell-Reaktion in MW-Patienten auf eine Dysfunktion im Zuge der Antigenpräsentation zurückzuführen ist. Die Infektion in vitro differenzierter Makrophagen mit vitalen T. whipplei resultierte in einer Reduktion der HLA-DR und CC-18 Expression. Stimulationen mit Bakterienlysat und -überstand induzierten keine phänotypischen Änderungen, wodurch die Hypothese einer aktiven Immunmodulation durch T. whipplei gestützt wurde. Transkriptomanalysen führten zur Identifikation von 105 Kandidaten-Gene, die die chronische Manifestation des MW bedingen könnten. Die klinische Relevanz der Gene ist in weiteren Studien zu prüfen, ebenso wie die Bedeutung CD14+ depletierter Zellen für die Pathogenese des MW. Diese gelangten im Zuge einer prospektiven Pilotstudie erstmalig in den Fokus und deuten darauf hin, dass neben Monozyten weitere Zellen in die systemische Verbreitung von T. whipplei involviert sind.Whipple’s disease (WD) is a chronic systemic infection with the ubiquitous bacterium Tropheryma whipplei. Whereas self-limiting infections with T. whipplei occur frequently and lead to a protective immunity, a chronic manifestation of WD is rare and seems to be associated with predisposing immunological factors. These underlying factors have not yet been sufficiently understood. The present work analysed T cell reactivity against T. whipplei antigens and interaction of the pathogen with peripheral blood mononuclear cells in vitro. Upon stimulation with bacterial lysate, recombinant GrpE or Hsp70 of T. whipplei, the proportions of activated CD4+ and CD8+ T cells were significantly lower in WD-patients as compared to healthy controls. Productive presentation of GrpE antigens via the MHC-I complex resulted in an increase of perforin+ CD8+ T-cells in WD-patients. The proportion of interferon-gamma+ CD8+ T cells was comparable to healthy controls, thus demonstrating that the reduced T cell response in WD-patients is not due to a T cell defect, but to a dysfunction in antigen presentation. T. whipplei infection of in vitro differentiated macrophages significantly reduced the expression of HLA-DR and CC-18 in WD-patients and controls, whereas bacterial lysate and bacterial supernatant did not induce phenotypic changes. These findings supported the hypothesis of an active immunomodulation by T. whipplei, resulting in reduced antigen presentation and enabling intracellular persistence. Microarray based transcriptome analysis identified 105 candidate genes that may be related to the chronic manifestation of WD. Clinical relevance of these genes has to be examined in further studies, as well as the importance of CD14+ depleted cells for the pathogenesis of WD. The detection of bacterial DNA in CD14+ depleted cells in the course of a prospective pilot study indicated that, in addition to monocytes, other cells are involved in the systemic distribution of T. whipplei
Comparative analysis of immune responses of intestinal organoids from wild rodents upon infection: Challenging the Toxoplasma gondii / house mouse model
No full textDie Epithelzellen des Dünndarms bilden die Hauptinfektionsroute für viele Protozoen wie zum Beispiel Toxoplasma gondii und Giardia duodenalis. Jedoch sind die Mechanismen dieser Infektionswege unbekannt, da geeignete Modelle fehlen, welche das Darmepithel nachbilden. In der folgenden Studie wurde eine in-vitro Plattform mit Darmorganoiden (organoid derived monolayers oder ODMs) etabliert, welche man für vergleichende Studien zu Parasit-Wirt-Interaktionen anwenden kann.
Das ODM-System wurde angewendet, um die Anfangsphase einer T. gondii-Infektion zu modellieren, wobei der Schwerpunkt auf die Rolle von Interferon gamma (IFNγ) und immunitätsbezogenen GTPasen (Irgs) lag. Es wurde gezeigt, dass sich die Irg-abhängige Kontrolle virulenter Toxoplasma-Stämme zwischen dem Labormausmodell und anderen wildlebenden Nagetierarten unterscheidet. Aus diesem Grund wurden Vergleiche mit Organoiden verschiedener Labormausstämme und der Rötelmaus Myodes glareolus durchgeführt. Myodes glareolus ist eine Nagetierart, von der angenommen wird, dass sie eine höhere Resistenz gegen T. gondii aufweist.
Basierend auf die Resultate der quantitativen Immunofluoreszentests und qPCR dieser These, führt die Stimulation mit IFNγ zu einer tendenziell verringerten Replikation der Parasitenstämme RH und Prugniaus in M. glareolus ODMs im Vergleich zu Mus ODMs. In dieser Studie, wurde zum ersten Mal die Rolle von Irgs bei intestinalen T. gondii-Infektionen identifiziert. Zu diesem Zweck wurden Organoide von M. glareolus mit einem fluoreszierend markierten Irgb10-Protein transfiziert, wodurch gezeigt werden konnte, dass Irgb10 T. gondii-Vakuolen dekoriert, was auf eine Beteiligung des Irg-Systems hindeutet.
Schließlich wurde ein Koinfektionsmodell für T. gondii und/oder G. Duodenalis in Maus-ODMs etabliert. In diesem Modell wurde gezeigt, dass T. gondii weder die Induktion der Barrierestörung durch G. duodenalis noch die Replikation von T. gondii durch G. duodenalis beeinflusst.The small intestinal epithelium is the primary route of infection for many protozoan parasites such as Toxoplasma gondii and Giardia duodenalis. Understanding the mechanisms of infection with such parasites, has been hindered due to the lack of appropriate models mimicking the complexity of the intestinal epithelium. Here, an in vitro platform was established, using intestinal organoids (organoid derived monolayers or ODMs) for comparative studies on parasite-host interactions.
The ODM system was used to model the events during the early phase of a T. gondii infection, focusing on the role of Interferon gamma (IFNγ) and Immunity Related GTPases (Irgs). Irg dependent control of virulent Toxoplasma strains has been shown to differ between the laboratory mouse model and other wild-derived rodent strains. How these responses occur in rodent species that do not belong to the murine family, is yet to be determined. For this reason, comparisons were made with organoids from different laboratory mice strains and the bank vole Myodes glareolus, a non-muridae rodent species assumed to be more resistant to T. gondii.
Based on this thesis, stimulation with IFNγ leads to a trend of reduced replication in M. glareolus ODMs compared to Mus ODMs for both Type I parasite strain RH and for Type II strain Prugniaud, based on quantitative immunofluorescence assays and qPCR. Analysis of the role of Irgs in intestinal T. gondii infections was performed, by transfecting organoids from M. glareolus with a fluorescently labelled Irgb10 protein, showing that Irgb10 decorates T. gondii vacuoles, suggesting Irg-system involvement.
Finally, a co-infection model in murine ODMs was established for T. gondii and/or G. Duodenalis. Here, it could be observed that T. gondii did not influence G. duodenalis induction of barrier breakdown nor did G. duodenalis influence T. gondii replication
Integrative analysis of morphology, multi-locus genotyping and host usage - a case study in Eimeria spp., intracellular parasites of rodents
No full textIn diese Dissertation, Ich konzentriere mich insbesondere darauf, wie die Artbestimmung in der Gattung Eimeria mit der Wirtsspezifität bei Nagetierarten zusammenhängt. Zunächst bietet diese Arbeit eine Reihe von Methoden zur Beurteilung der Prävalenz auf der Ebene der Parasitenarten in Mus musculus. Als Ergebnis war es möglich, drei verschiedene Eimeria-Spezies zu identifizieren, Mäuse mit Doppelinfektionen zu erkennen und die artenspezifische Prävalenz in Abhängigkeit von der Wirtsdichte vorherzusagen. Zur Identifizierung von Eimeria spp. über verschiedene Wirtsarten hinweg wurde eine neuartige Hochdurchsatz-Multi-Locus-Genotypisierungsmethode etabliert und mit der auf zuvor etablierten Markern basierenden Einzelmarker-Genotypisierung verglichen. Dies bestätigte, dass die Art E. falciformis in einer einzigen Wirtsart, der Hausmaus, vorkommt. E. vermiformis und E. apionodes konnten jedoch nicht unterschieden werden, was auf eine einzige Art mit breitem Wirtsspektrum hindeutet. E. vermiformis und E. apionodes konnten jedoch nicht unterschieden werden, was auf eine einzige Art mit breiter Wirtsverwendung in einem phylogenetischen Artkonzept schließen lässt. Diese Ergebnisse zeigen, dass die hohe Wirtsspezifität, die traditionell für Eimeria-Parasiten angenommen wird, fragwürdig ist und dass die Identifizierung von Arten durch Wirtsassoziation vermieden werden sollte. Durch molekulare Amplifikation, Sequenzierung, Genotypisierung und phylogenetische Analyse war es möglich, Eimerien auf Artniveau zu identifizieren und die Wirtsspezifität in Isolaten aus natürlichen Systemen in Frage zu stellen. In einer breiteren Perspektive betonte diese Arbeit die Notwendigkeit, Strategien bei der Erkennung, Quantifizierung und Identifizierung von Parasiten zu standardisieren und zu kombinieren, um ein besseres Verständnis auf evolutionärer und ökologischer Ebene zu erlangen.This PhD thesis combines different approaches for parasite identification to assess the diversity of parasites in natural systems. Particularly, I focus on how species identification in the genus Eimeria is linked to its host specificity in rodent species. First, this thesis provides a set of methods to assess prevalence at the species level in Mus musculus systems. The approach
integrates morphological description with molecular methods for detection, niche approximation and phylogenetic reconstruction. As a result, three different Eimeria species were identified, mice with double infections were detected and species-specific prevalence were predicted to be host density-dependent. For identification of Eimeria spp. across different host species, a novel high-throughput multi-locus genotyping was established and compared with single-marker genotyping. The multi-locus genotyping approach provided a higher resolution to distinguish closely related Eimeria isolates. This confirmed the species E. falciformis to have a single host species, the house mice. However, E. vermiformis and E. apionodes could not be distinguished suggesting a single species with broader host usage in a phylogenetic species concept. These findings show that the high host specificity traditionally assumed for Eimeria parasites is questionable, and that identification of species by host association should be avoided.
The approaches for identification of Eimeria spp. Developed here allowed differentiation of closely related isolates with indistinguishable morphology. Molecular amplification, sequencing, genotyping and phylogeny allowed the identification of Eimeria at species level and to question host specificity in isolates from natural systems. In a broader perspective, this work emphasised the necessity to standardise and combine strategies in parasite detection, quantification and identification to gain better understanding at an evolutionary and ecological level
Proteasome subunit deficiency influences the innate immune response to Streptococcus pneumoniae
No full textProteasomen, die die proteolytisch aktiven Untereinheiten LMP7, LMP2 und MECL1 inkorporieren, nennt man Immunoproteasomen. Während einer Immunreaktion führen diese regulierende sowie modulierende Funktionenaus. Sie sind konstitutiv exprimiert in Zellen hämatopoetischen Ursprungs, ein Bestandteil des angeborenen Immunsystems, die die erste Angriffsfront gegen pathogene Mikroorganismen ausbilden. Um die Bedeutung des Immunoproteasoms für die angeborene Immunantwort bei einer Streptococcus pneumoniae Infektion auf zu zeigen, charakterisierten wir den Krankheitsverlauf einer bakteriellen Pneumonie und analysierten lokale aber auch systemische Immunreaktionen in LMP7 ko Mäusen mit Hilfe eines S. pneumoniae Infektionsmodels. Die hier generierten Daten zeigten einen fortgeschrittenen Krankheitsverlauf in LMP7 ko Mäuse, der in einer systemischen inflammatorischen Immunreaktion endete und sich in klinischen Parametern, wie physiologische Kondition, spezifische diagnostische Marker und Immunsuppression, andeutete. Der Zustand der Sepsis entwickelte sich vermutlich aufgrund einer erhöhten bakteriellen Last im Blut und führte zu einer vorzeitigen Mortalität infizierter LMP7 ko Tiere. Obwohl die Fähigkeit von LMP7 ko Leukozyten ex vivo Bakterien zu eliminieren nicht beeinträchtigt war, zeigten LMP7 ko Mäuse in vivo eine verminderte Genexpression immunmodulierender Moleküle, wie Pentraxine, Fikoline und Kollektine. Diese Moleküle fördern die Aufnahme, Elimination und Degradation pathogener Mikroorganismen. Die reduzierte Expression opsonierender Moleküle wurde begleitet von einer veränderten proteasomalen Zusammensetzung in murinen Makrophagen und Lebergewebe. Zusammengefasst lässt sich sagen, dass diese Ergebnisse eine bisher unbekannte Rolle von Immunoproteasomalen Untereinheiten bei der Regulierung der angeborenen Immunantwort auf extrazelluläre bakterielle Infektionen unterstreichen.Immunoproteasomes, harboring the active site subunits LMP7, LMP2, and MECL1 exert protective, regulatory or modulating functions during infection-induced immune responses. Immunoproteasomes are constitutively expressed in hematopoietic derived cells, constituting the first line of defense against invading pathogens. To clarify the impact of immunoproteasomes on the innate immune response against Streptococcus pneumoniae, we characterized the progression of disease and analyzed the local as well as systemic innate immune response in LMP7 ko mice by using a S. pneumoniae infection model. Data showed that mice deficient in LMP7 suffered from a more severe case of pneumonia which ended in a systemic inflammatory response indicated by aggravated clinical signs, diagnostic parameters, and immune suppression. The systemic inflammatory response probably established in consequence of an increased bacteremia and resulted in early mortality. Although, bacterial killing efficiency of LMP7 ko leukocytes was unaffected ex vivo, LMP7 ko mice exhibited a reduction in the transcription of genes encoding immune modulating molecules such as pentraxins, ficolins, and collectins, which facilitate opsonophagocytosis. The reduced expression of opsonins was accompanied by an affected subunit composition of proteasomes in murine macrophages and liver. In summary these results highlight an unsuspected role for immuno-subunits in modulating the innate immune response to extracellular bacterial infections
Divergence of an introduced population of the swimbladder-nematode Anguillicola crassus - a transcriptomic perspective
No full textDifferential gene-expression in A. crassus populations was assessed using next generation sequencing on the 454 and Illumina platforms and genetic components of differences were isolated in cross-inoculation experiments with both Asian and European host-species and parasite populations. Heritable change was large in comparison to the effect of modification in different host-environments. Subunits of the respiratory chain showed divergent expression patterns in European vs. Asian parasites
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