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Cutaneous squamous cell carcinoma : characterization of the tumor immune microenvironment and identification of prognostic molecular biomarkers
No full textLes carcinomes épidermoïdes cutanés (CEC) sont les deuxièmes tumeurs cutanées les plus fréquentes après les carcinomes basocellulaires. Elles sont majoritairement traitées par chirurgie et de bon pronostic. Mais certaines tumeurs à « haut risque », et particulièrement celles situées au niveau de la face et du cou, récidivent fréquemment dans les 2 ans après la chirurgie. Ces récidives, parfois inopérables, sont de mauvais pronostic et l'identification des patients atteints d'une tumeur à « haut risque » n'est pas consensuelle, ce qui constitue un problème majeur pour la prise en charge de ces cancers et l'inclusion de ces patients dans des essais cliniques. De plus, les CEC présentent une réponse globale de 50% aux immunothérapies anti-PD1 et plusieurs mécanismes d'immunosuppression caractérisant ces tumeurs inflammatoires ont été mis en évidence par mon laboratoire, soutenant l'importance du micro-environnement immunitaire dans leur carcinogenèse et leur progression.Mon hypothèse de travail de thèse a été que la caractérisation spatiale et intégrative des cellules immunitaires du microenvironnement tumoral ainsi qu'une comparaison des profils immunologiques de tumeurs ayant un pronostic différent permettrait de mieux appréhender la complexité de ces tumeurs.Pour répondre à cette question, je me suis appuyée sur des coupes de tissus conservés en paraffine (FFPE) provenant de tumeurs primitives et récidivantes de patients appartenant à une cohorte que j'ai constituée en collaboration avec le Centre de Ressources Biologiques du Centre Antoine Lacassagne (Nice), et sur une approche d'imagerie par cytométrie de masse (IMC).J'ai tout d'abord créé une cohorte de 160 patients opérés de 217 CEC de la face et du cou au Centre Antoine Lacassagne (Nice) et j'ai comparé la performance des 4 classifications histo-pronostiques existantes actuellement les plus utilisées pour identifier les patients présentant un CEC à « haut risque ». Je n'ai pas mis en évidence de classification significativement supérieure en terme de discrimination pour l'identification des patients présentant une récidive, et la valeur prédictive positive retrouvée la plus élevée était de 30% (Elaldi et al, J Clin Med, 2023). Ces résultats ont donc confirmé la nécessité d'affiner la sélection des patients à « haut risque » via l'identification d'un nouveau marqueur pronostic prenant en compte l'organisation spatiale du microenvironnement tumoral de ces tumeurs.J'ai donc constitué et validé un panel de 39 marqueurs permettant la caractérisation du microenvironnement des CEC humains de la face et du cou sur une seule coupe de tissu FFPE par imagerie par cytométrie de masse (Elaldi et al, Front Immunol, 2021). Puis, à partir de la base de données clinico-histologiques précédemment décrite, j'ai constitué une cohorte exploratoire de tumeurs primitives et récidivantes chez des patients ayant ou non récidivé dans les 2 ans après chirurgie. J'ai ensuite caractérisé les peaux péri-lésionnelles saines et les tumeurs de cette cohorte avec le panel IMC 39 marqueurs précédemment développé. J'ai ainsi identifié des motifs immunologiques permettant de distinguer ces deux types de tumeurs avec notamment une sous-population de macrophages caractéristique de la peau saine et enrichie dans les tumeurs de bon pronostic (Elaldi et al, en préparation).Mes travaux de thèse permettent d'améliorer la connaissance des mécanismes immunitaires mis en place pour lutter contre la progression tumorale des CEC et des mécanismes d'immunosuppression possiblement impliqués dans le phénomène d'échappement de ces tumeurs. A court terme, l'analyse d'une cohorte de validation permettra de valider la valeur pronostique de la population de macrophages décrite, afin d'améliorer la sélection des patients à « haut risque » et d'améliorer leur prise en charge.Cutaneous squamous cell carcinomas (cSCC) are the second most common skin tumors after basal cell carcinomas. Most are treated surgically, and their prognosis is good. However, some "high-risk" tumors, particularly those on the face and neck, frequently relapse within 2 years of surgery. These relapses, sometimes inoperable, have a poor prognosis, and the identification of patients with "high-risk" tumors is universally is a major challenge in managing these cancers and including these patients in clinical trials. Additionally, cSCC show an overall response rate of 50% to anti-PD1 immunotherapies, and several immunosuppression mechanisms characterizing these inflammatory tumors have been identified by our laboratory, emphasizing the impact of the immune microenvironment in their carcinogenesis and progressionMy work hypothesis was that the spatial and integrative characterization of immune cells of the tumor microenvironment, together with a comparison of immunological profiles of tumors with different prognoses, would provide a better understanding of the complexity of these tumors.To answer this question, I worked with formalin fixed paraffin embedded tissue sections (FFPE) from primary and recurrent tumors of patients belonging to a cohort I set up in collaboration with the Centre de Ressources Biologiques of the Centre Antoine Lacassagne (Nice), and an imaging mass cytometry (IMC) approach.First, I created a cohort of 160 patients who underwent surgery for 217 face and neck cSCC at the Centre Antoine Lacassagne. I compared the performance of the four currently most widely used classifications system to identify patients with "high-risk" cSCC. I did not find a significantly superior classification in terms of discrimination for identifying patients with recurrence, and the highest positive predictive value found was 30% (Elaldi et al, J Clin Med, 2023). These results confirmed the need to refine the selection of "high-risk" patients by identifying a new prognostic marker that takes into account the spatial organization of the tumor microenvironment of these tumors.I therefore set up and validated a panel of 39 markers enabling the characterization of the microenvironment of human cSCC on a single FFPE tissue section by IMC (Elaldi et al, Front Immunol, 2021). Then, using the previously described clinico-histological database, I set up an exploratory cohort of primary and recurrent tumors in patients who had or had not relapsed within 2 years following the surgery. I then characterized the healthy peri-lesional skin and tumors of this cohort with the previously developed IMC 39-marker panel. I identified immunological patterns that distinguish these two types of tumors, notably a macrophage subpopulation characteristic of healthy skin and enriched in tumors with a good prognosis (Elaldi et al, in preparation).My thesis work is improving our understanding of the immune mechanisms at work in the fight against cSCC relapse. In the short term, the analysis of a validation cohort will validate the prognostic value of the macrophage population we described in order to improve the selection of "high-risk" patients and their management
Carcinomes épidermoïdes cutanés : caractérisation du micro-environnement immunitaire tumoral et identification de biomarqueurs moléculaires pronostiques
No full textCutaneous squamous cell carcinomas (cSCC) are the second most common skin tumors after basal cell carcinomas. Most are treated surgically, and their prognosis is good. However, some "high-risk" tumors, particularly those on the face and neck, frequently relapse within 2 years of surgery. These relapses, sometimes inoperable, have a poor prognosis, and the identification of patients with "high-risk" tumors is universally is a major challenge in managing these cancers and including these patients in clinical trials. Additionally, cSCC show an overall response rate of 50% to anti-PD1 immunotherapies, and several immunosuppression mechanisms characterizing these inflammatory tumors have been identified by our laboratory, emphasizing the impact of the immune microenvironment in their carcinogenesis and progressionMy work hypothesis was that the spatial and integrative characterization of immune cells of the tumor microenvironment, together with a comparison of immunological profiles of tumors with different prognoses, would provide a better understanding of the complexity of these tumors.To answer this question, I worked with formalin fixed paraffin embedded tissue sections (FFPE) from primary and recurrent tumors of patients belonging to a cohort I set up in collaboration with the Centre de Ressources Biologiques of the Centre Antoine Lacassagne (Nice), and an imaging mass cytometry (IMC) approach.First, I created a cohort of 160 patients who underwent surgery for 217 face and neck cSCC at the Centre Antoine Lacassagne. I compared the performance of the four currently most widely used classifications system to identify patients with "high-risk" cSCC. I did not find a significantly superior classification in terms of discrimination for identifying patients with recurrence, and the highest positive predictive value found was 30% (Elaldi et al, J Clin Med, 2023). These results confirmed the need to refine the selection of "high-risk" patients by identifying a new prognostic marker that takes into account the spatial organization of the tumor microenvironment of these tumors.I therefore set up and validated a panel of 39 markers enabling the characterization of the microenvironment of human cSCC on a single FFPE tissue section by IMC (Elaldi et al, Front Immunol, 2021). Then, using the previously described clinico-histological database, I set up an exploratory cohort of primary and recurrent tumors in patients who had or had not relapsed within 2 years following the surgery. I then characterized the healthy peri-lesional skin and tumors of this cohort with the previously developed IMC 39-marker panel. I identified immunological patterns that distinguish these two types of tumors, notably a macrophage subpopulation characteristic of healthy skin and enriched in tumors with a good prognosis (Elaldi et al, in preparation).My thesis work is improving our understanding of the immune mechanisms at work in the fight against cSCC relapse. In the short term, the analysis of a validation cohort will validate the prognostic value of the macrophage population we described in order to improve the selection of "high-risk" patients and their management.Les carcinomes épidermoïdes cutanés (CEC) sont les deuxièmes tumeurs cutanées les plus fréquentes après les carcinomes basocellulaires. Elles sont majoritairement traitées par chirurgie et de bon pronostic. Mais certaines tumeurs à « haut risque », et particulièrement celles situées au niveau de la face et du cou, récidivent fréquemment dans les 2 ans après la chirurgie. Ces récidives, parfois inopérables, sont de mauvais pronostic et l'identification des patients atteints d'une tumeur à « haut risque » n'est pas consensuelle, ce qui constitue un problème majeur pour la prise en charge de ces cancers et l'inclusion de ces patients dans des essais cliniques. De plus, les CEC présentent une réponse globale de 50% aux immunothérapies anti-PD1 et plusieurs mécanismes d'immunosuppression caractérisant ces tumeurs inflammatoires ont été mis en évidence par mon laboratoire, soutenant l'importance du micro-environnement immunitaire dans leur carcinogenèse et leur progression.Mon hypothèse de travail de thèse a été que la caractérisation spatiale et intégrative des cellules immunitaires du microenvironnement tumoral ainsi qu'une comparaison des profils immunologiques de tumeurs ayant un pronostic différent permettrait de mieux appréhender la complexité de ces tumeurs.Pour répondre à cette question, je me suis appuyée sur des coupes de tissus conservés en paraffine (FFPE) provenant de tumeurs primitives et récidivantes de patients appartenant à une cohorte que j'ai constituée en collaboration avec le Centre de Ressources Biologiques du Centre Antoine Lacassagne (Nice), et sur une approche d'imagerie par cytométrie de masse (IMC).J'ai tout d'abord créé une cohorte de 160 patients opérés de 217 CEC de la face et du cou au Centre Antoine Lacassagne (Nice) et j'ai comparé la performance des 4 classifications histo-pronostiques existantes actuellement les plus utilisées pour identifier les patients présentant un CEC à « haut risque ». Je n'ai pas mis en évidence de classification significativement supérieure en terme de discrimination pour l'identification des patients présentant une récidive, et la valeur prédictive positive retrouvée la plus élevée était de 30% (Elaldi et al, J Clin Med, 2023). Ces résultats ont donc confirmé la nécessité d'affiner la sélection des patients à « haut risque » via l'identification d'un nouveau marqueur pronostic prenant en compte l'organisation spatiale du microenvironnement tumoral de ces tumeurs.J'ai donc constitué et validé un panel de 39 marqueurs permettant la caractérisation du microenvironnement des CEC humains de la face et du cou sur une seule coupe de tissu FFPE par imagerie par cytométrie de masse (Elaldi et al, Front Immunol, 2021). Puis, à partir de la base de données clinico-histologiques précédemment décrite, j'ai constitué une cohorte exploratoire de tumeurs primitives et récidivantes chez des patients ayant ou non récidivé dans les 2 ans après chirurgie. J'ai ensuite caractérisé les peaux péri-lésionnelles saines et les tumeurs de cette cohorte avec le panel IMC 39 marqueurs précédemment développé. J'ai ainsi identifié des motifs immunologiques permettant de distinguer ces deux types de tumeurs avec notamment une sous-population de macrophages caractéristique de la peau saine et enrichie dans les tumeurs de bon pronostic (Elaldi et al, en préparation).Mes travaux de thèse permettent d'améliorer la connaissance des mécanismes immunitaires mis en place pour lutter contre la progression tumorale des CEC et des mécanismes d'immunosuppression possiblement impliqués dans le phénomène d'échappement de ces tumeurs. A court terme, l'analyse d'une cohorte de validation permettra de valider la valeur pronostique de la population de macrophages décrite, afin d'améliorer la sélection des patients à « haut risque » et d'améliorer leur prise en charge
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Author-wise bibliometric analysis based on entropy.
No full textAuthor-wise bibliometric analysis based on entropy.</p
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