1,721,019 research outputs found
in drinking water
Full text linkEvran, Serap/0000-0001-6676-4888Mercury ion (Hg2+) is a universal pollutant and its detection is crucial for public healthcare. in this study, we developed a novel fluorescent biosensor by construction of a protein fusion between the mercury-sensing transcription factor MerR and enhanced yellow fluorescent protein (EYFP). Hg2+-induced conformational change of MerR was transduced into fluorescence signal. Fluorescence intensity of the biosensor protein decreased with increasing concentrations of Hg2+ and a linear response was obtained in the range of 0.5-40 nM. the limit of detection was 0.5 nM, which was much lower than the maximum allowed level in water. the biosensor specificity was highly dependent on type and concentration of metal ion. the biosensor exhibited high specificity in a mixture of metal ions at 0.5 nM concentration. However, the interference effect was more pronounced at 40 nM concentration of metal ions. the measurement was completed in less than 1 Min with no need for sample preparation or preincubation steps. the biosensor achieved accurate and reliable detection in the spiked drinking water sample, as validated by the inductively coupled plasma optical emission spectrometry.Ege University Scientific Research Projects Coordination UnitEge University [2011 FEN 035] Funding Source: Medlin
Metafetamine spesifik DNA aptamerinin geliştirilmesi
Full text linkFen Fakültesi, Biyokimya A.B.D. Araştırma ProjesiAraştırma Projesi elektronik ortamda bulunmaktadır.Metamfetamin yaygın olarak kötüye kullanımı olan yüksek derecede bağımlılık yapan uyarıcı ve nörotoksik bir ilaçtır. Metamfetamin kötüye kullanımı birçok tıbbi, sosyal ve ekonomik sorun ile ilişkilendirilmektedir. Metamfetamin kötüye kullanımı, tüm dünyada giderek artan uluslararası bir sorun haline gelmiştir. Bağımlılık toplumun karşı karşıya olduğu en yaygın, pahalı ve zorlayıcı sağlık sorunlarından biridir. Bununla birlikte, amfetamin türevlerinin (metamfetamin vb.) üretimi ve kötüye kullanımı artarak devam etmektedir. Birleşmiş Milletler Uyuşturucu ve Suç Ofisi verilerine göre dünya genelinde metamfetamin kullanıcılarının sayısı, hem opiat hem de kokain kullanıcılarının sayısı ile yarışır durumdadır. Önceki çalışmalarda, idrar, kan ve saç gibi biyolojik örnekle laboratuvar testleri, uyuşturucu kullanımını doğrulamak amaçlı kullanılmıştır. Bununla birlikte, örnek toplama sırasında değiştirme ya da yerine koyma gibi birçok problem ortaya çıkmaktadır. Düşük hassasiyet ve seçicilik, operasyonel uygulama zorlukları ve toksik çözücülerin kullanımı gibi çeşitli sınırlamalar, metamfetamin analizleri için yeni ve pratik yöntemlerin geliştirilmesine duyulan ihtiyacı doğurmuştur. Bu sınırlamaların bir sonucu olarak, bu yöntemlere alternatif olabilecek metamfetaminin belirlenmesi için daha hızlı ve daha ucuz yöntemler geliştirmeye ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmada, ssDNA aptamerleri GO-SELEX (Grafen Oksit-Ligandların Üstel Zenginleştirilmesi ve Sistematik Evrimi) yöntemi kullanılarak metamfetamin kullanımına karşı seçilmiştir. Aptamerler, dizilerine özgü üç boyutlu katlanmalarıyla hedeflerine oldukça yüksek afinite ve özgüllükle bağlanabilen tek iplikli DNA veya RNA oligonükleotidleridir. Aptamerler, üç boyutlu yapılarına bağlı olarak, tek bir molekülden karmaşık analit karışımına ve hücrelerden tüm organizmaya kadar birçok farklı ligand tipine bağlanacak şekilde geliştirilebilir. Küçük moleküller için aptamerlerin geliştirilmesi için en pratik ve seçici SELEX yöntemlerinden biri grafen oksit SELEX (GO-SELEX) 'dir. Bu çalışma kapsamında metamfetamin için geliştirilen aptamerler, izotermal titrasyon kalorimetrisi (ITC) ile karakterize edilmiştir. ITC analizi ile aptamerlerin hedef moleküle afiniteleri belirlenmiştir. Geliştirilmiş aptamerlerin seçiciliği ve afinitesi, biyolojik numunelerde ?M seviyesinde afinite ile metamfetamin molekülünün analizi için yeni aptasensörlerin geliştirilmesi için ümit vericidir.;Aptamer, Madde Bağımlılığı, Metamfetamin, SELEX, GO-SELEX.;Methamphetamine, Drug Abusing, Aptamer, SELEX, GO-SELEX
A Bottom-Up Approach for Developing Aptasensors for Abused Drugs: Biosensors in Forensics
No full textEvran, Serap/0000-0001-6676-4888; Aydindogan, Eda/0000-0003-4882-6445; BALABAN, Simge/0000-0002-4540-1882Aptamer-based point-of-care (POC) diagnostics platforms may be of substantial benefit in forensic analysis as they provide rapid, sensitive, user-friendly, and selective analysis tools for detection. Aptasensors have not yet been adapted commercially. However, the significance of the applications of aptasensors in the literature exceeded their potential. Herein, in this review, a bottom-up approach is followed to describe the aptasensor development and application procedure, starting from the synthesis of the corresponding aptamer sequence for the selected analyte to creating a smart surface for the sensitive detection of the molecule of interest. Optical and electrochemical biosensing platforms, which are designed with aptamers as recognition molecules, detecting abused drugs are critically reviewed, and existing and possible applications of different designs are discussed. Several potential disciplines in which aptamer-based biosensing technology can be of greatest value, including forensic drug analysis and biological evidence, are then highlighted to encourage researchers to focus on developing aptasensors in these specific areas.Republic of Turkey, Ministry of DevelopmentTurkiye Cumhuriyeti Kalkinma Bakanligi [2016K121190]Researches were funded by the Republic of Turkey, Ministry of Development, grant number 2016K121190
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Asimetrik dimetilarginin (ADMA) aptamerlerinin geliştirilmesi ve aptamer temelli tayin kitinin tasarlanması
Full text linkAraştırmacı; Merve BiliciAraştırma projesi -- Ege Üniversitesi, 2019Asimetrik dimetilarginin (ADMA) molekülünün kardiyovasküler hastalıklar gibi birçok patofizyolojik durumla ilişkili olduğu bilinmekte ve dolayısı ile bu moleküle ilişkin çalışmalar giderek artmaktadır. Hastalıkların tanı, tedavi ve tedavisinin izlenmesinde yeni bir yaklaşım olarak ADMA'nın tayini önem kazanmıştır. Ancak ADMA tayin yöntemleri kısıtlı ve yetersiz olduğu için yeni yöntemlere ihtiyaç vardır. Mevcut ADMA tayin yöntemlerinin yüksek maliyeti, uzun analiz süresi ve rutin analizlerde kullanılabilirliklerinin zor olması yeni yöntemlere ihtiyacı arttırmaktadır. Nükleik asit aptamerleri stabilite, kolay sentez ve maliyet gibi birçok özellikleri açısından antikorlara üstünlük sağlayan tek iplikli DNA veya RNA molekülleridir. Bu açıdan, ELISA'ya alternatifi kitlerin tasarlanması için aptamerler ideal moleküllerdir. Bu projede, biyobelirteç potansiyeline sahip bir aminoasit türevi olan asimetrik dimetilarginin (ADMA) molekülünün tayinine yönelik yeni bir yöntem geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, proje kapsamında önce ADMA aptamerleri geliştirilmesi ve ardından floresans temelli tayin yönteminin tasarlanması hedeflenmiştir. Proje kapsamında SELEX yöntemi kullanılarak literatürde ilk kez ADMA aptameri geliştirilmiştir. İleriye yönelik bir kit tasarımı için farklı floresans temelli yöntemler karşılaştırılmıştır. Bu yöntemler arasında, 3' pozisyonundan FAM ile işaretlenmiş aptamerin floresans yanıt oluşturduğu belirlendi ve kit tasarımı için gerekli tayin yöntemi elde edildi.;Aptamer, Asimetrik Dimetilarginin (ADMA), SELEX.;Aptamers, Asymmetric Dimethylarginine (ADMA), SELEX
Prolin ile modifiye edilmiş pankreatik lipazın karakterizasyonu
No full textDomuz pankreatik lipazı (EC 3.1.1.3), yağ-su ara yüzeyinde fonksiyon gösterdiği için endüstriyel öneme sahip enzimlerden biridir. Bu enzimin endüstriyel proses koşullarına karşı daha kararlı hale getirilmesinin bir yolu kimyasal modifikasyondur. Bu çalışmada domuz pankreatik lipazı, üzerindeki serbest amino grupları ile, Z-prolinin 1-etil-3-(3-dimetilaminopropil) karbodiimid (EDC) ile aktive edilmiş karboksil grupları arasında amid bağı oluşumu yoluyla modifiye edilmiştir. Lipaza değişik oranlardaki L-prolin bağlanmıştır. Modifikasyon düzeyi 2,4,6-trinitrobenzensülfonik asit (TNBS) ile ve lipazdaki serbest amino gruplarının azalan miktarına dayanarak belirlenmiştir. Z-prolinin seçilme nedeni kendine has yapısal özellikleri, amino gruplarının korunmuş olması ve lipaz molekülünün hareketini kısıtlayarak protein konformasyonunu etkilemesi sonucu lipazı pH ve sıcaklıktaki değişimlere karşı daha kararlı kılmasıdır. Modifikasyon sonucu domuz pankreatik lipazı alkali pHʼda pH stabilitesi ve optimum pH, yüksek sıcaklıklarda termal kararlılık gibi yeni ve endüstride kullanılması açısından avantajlı fizikokimyasal özellikler kazanmıştır
Homovanilik asit (HVA) için DNA aptamerinin geliştirilmesi
No full textHomovanilik asit çok çeşitli hastalıkların tanısında, tedavi takibinde ve ilaç optimizasyonunda kullanılan, dopamin katabolizmasının son ürünü olan bir maddedir. Günümüzde homovanilik asidin çeşitli biyolojik ortamlarda hassas bir şekilde tayin edilmesi bu hastalıklarla mücadelenin vazgeçilmez bir parçası olmuştur. Düşük hassasiyet, yüksek maliyet ve kalifiye eleman gereksinimi gibi sebepler dolayısıyla homovanilik asit tayini için yenilikçi, pratik ve daha hassas yöntemler geliştirilmesi ihtiyacı doğmuştur. Bunun bir sonucu olarak, bu metodlara alternatif olabilecek, daha az maliyetli olmasına karşın daha hızlı ve hassas olan yöntemlere ihtiyaç artmıştır. Bu çalışmada, homovanilik asit moleküllerine karşı ssDNA aptamerleri GO-SELEX (Grafen Oksit-Ligandların Üstel Zenginleştirilmesi ve Sistematik Evrimi) metoduyla seçilmiştir. Aptamerler; amino asitler, ilaçlar, proteinler, organik ve inorganik moleküller ya da diğer moleküller gibi hedeflere karşı özel olarak geliştirilen, RNA ve tek zincirli ssDNA gibi oligonükleotidlerdir. Spesifik üç boyutlu yapıları sayesinde aptamerler, büyük küçük çok çeşitli hedeflere yüksek afinite ve spesifiklikle bağlanabilme yeteneklerine sahiptir. Küçük boyutlu molekül aptameri geliştirilmesi için en uygun yöntem grafen oksit-SELEX (GO-SELEX)'dir.Homovanillic acid, as the final product of dopamine catabolism, is a crucial compound used in the diagnosis of various diseases, monitoring treatment progress, and optimizing drug dosages. Today, the sensitive detection of homovanillic acid in different biological environments has become an indispensable part of combating these diseases. Challenges such as low sensitivity, high costs, and the need for skilled personnel have highlighted the necessity of developing innovative, practical, and more precise detection methods for homovanillic acid. Consequently, there is a growing demand for alternative methods that are faster, more cost-effective, and more sensitive. In this study, ssDNA aptamers targeting homovanillic acid molecules were selected using the GO-SELEX (Graphene Oxide-Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment) method. Aptamers are oligonucleotides, such as RNA or single-stranded DNA, specifically developed to bind with high affinity and specificity to various targets, including amino acids, drugs, proteins, organic and inorganic molecules, or other compounds. Due to their specific three-dimensional structures, aptamers exhibit the ability to bind to a wide range of targets, both large and small, with exceptional affinity and specificity. For the development of aptamers targeting small molecules, the most appropriate method is Graphene Oxide-SELEX (GO-SELEX)
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Development of specific dna aptamers against virulence protease of streptococcus pyogenes
No full textYanlış veya gereksiz antibiyotik kullanımı nedeni ile antibiyotik dirençliliği kazanmış patojen bakteriler tüm dünya için bir tehdit oluşturmaktadır. S. pyogenes, penisiline duyarlıdır ve günümüzde S. pyogenes enfeksiyonlarının tedavisinde ilk aşamada kullanılmaktadır. Penisiline direnç rapor edilmemiştir, ancak penisilin alerjisi olan kişilerde kullanılan makrolid antibiyotiklere dirençli izolatların sayısı giderek artmaktadır.
Bu sorunun çözümü için potansiyel ilaç moleküllerinin elde edilmesi amacı ile S. pyogenes’in virulans mekanizmasında rol oynayan SpyCEP enzimi hedef olarak seçildi. DNA aptamerlerinin geliştirilmesi amacı ile SELEX yöntemi kullanılarak SpyCEP enzimine bağlanan ve inhibe eden DNA aptamerleri geliştirildi.Pathogenic bacteria that have acquired antibiotic resistance due to incorrect or unnecessary use of antibiotics pose a threat to the whole world. S. pyogenes is penicillin sensitive and penicillin is currently used in the first step in the treatment of S. pyogenes infections. Penicillin resistance has not been reported, but the number of macrolide antibiotic resistant isolates used in people with penicillin allergy is increasing.
To solve this problem, SpyCEP enzyme, which plays a role in the virulence mechanism of S. pyogenes, was selected as a target for obtaining potential drug molecules. DNA aptamers were developed using the SELEX method to develop DNA aptamers that bind to and inhibit the enzyme SpyCEP
- …
