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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Sub-grid modelling of pitch-angle diffusion due to ion cyclotron and mirror instabilities
No full textThe near-Earth space environment is permeated by waves and instabilities which participate in the energy transfer and dissipation processes within the plasma. These processes have been extensively studied for years with the use of multiple satellite observations. Technological hardware improvements have made large numerical simulations, such as the global hybrid-Vlasov model Vlasiator, able to support observations and to provide an accurate description of plasma phenomena when in situ observations are not available. However, the discrete nature of numerical simulations leads to an inherent trade-off between accuracy of the simulation and its feasibility due to its cost in computational resources. This dissertation describes the impact of this trade-off on the physics at play in the system and proposes a model to alleviate this effect without an unacceptable increase in computational resources.
The peer-reviewed studies presented here describe space plasmas through the use of a hybrid-Vlasov plasma model named Vlasiator. This dissertation consists of an introduction to space plasma physics and the mathematical models used for their description. Key instabilities observed in the Earth's magnetosheath are presented, in addition to the numerical methods used to model the plasma description.
The impact of spatial resolution on the proton cyclotron and mirror instabilities in the context of a 2D global hybrid-Vlasov simulation of the Earth's magnetosheath is first presented. Then, a sub-grid method is described that is used to model the pitch-angle diffusion process absent in low-resolution simulations. Finally, a parameterisation of pitch-angle coefficients based on key plasma parameters is detailed and applied to a global simulation of the Earth's magnetosheath. We show that this method is able to alleviate the effect of unresolved instabilities without the increase of precious computational resources. This sub-grid model should be able to accurately describe pitch-angle diffusion when used in the recently developed 3D global hybrid-Vlasov simulations, where the resources requirement are important.Auringosta virtaa jatkuvasti kuuman plasman hiukkasia aurinkokuntaamme. Tätä virtaa kutsutaan aurinkotuuleksi. Aurinkotuulen ja maan magneettikentän kohdatessa ne vuorovaikuttavat keskenään monella tavalla. Nämä vuorovaikutukset johtavat erilaisiin avaruussääilmiöihin ilmakehän vaihteluista aina suoriin yhteiskunnallisiin ja infrastrukturaalisiin haasteisiin.
Näitä vuorovaikutuksia on tutkittu laajalti satelliittihavainnoilla jo vuosikymmenten ajan. Laskennallisiin menetelmiin käytettävien supertietokoneiden kehitys on mahdollistanut suurten numeeristen simulaatioiden käyttämisen havaintojen tukemiseen ja plasmailmiöiden tarkkaan kuvaamiseen silloin, kun paikan päällä tehtävia havaintoja ei ole saatavilla. Numeeristen simulaatioiden diskreettisyys johtaa kuitenkin siihen, että simulaation tarkkuuden ja sen toteutettavuuden välillä tehdään luonnostaan kompromissi, joka johtuu laskentaresursseihin liittyvistä kustannuksista. Tässä väitöskirjassa kuvataan tämän kompromissin vaikutusta fysikaalisiin ilmiöihin ja esitetään mallia, jolla tätä vaikutusta voidaan lieventää ilman laskentaresurssien kohtuutonta lisäämistä.
Tämän väitöskirjan vertaisarvioiduissa julkaisuissa avaruusplasmoja kuvataan Vlasiator-nimisen hybridi-Vlasov-plasmamallin avulla. Tämä väitöskirja koostuu johdannosta avaruusplasmafysiikkaan ja avaruusplasmojen kuvaamiseen käytettävien matemaattisten mallien esittelystä. Plasman mallintamiseen käytettyjen numeeristen menetelmien lisäksi tässä esitellään keskeiset Maan magneettisessa välivyöhykkeessä havaitut plasman instabiliteetit.
Ensimmäisessä vertaisarvioidussa artikkelissa kuvataan alhaisen spatiaalisen resoluution vaikutusta kahteen keskeiseen plasman instabiliteettiin simulaatiossa. Huomaamme, että yksi näistä ilmiöistä katoaa resoluution ollessa liian alhainen. Toisessa artikkelissa esitellään erillisellä numeerisella hilalla toimiva malli, jonka tarkoituksena on mallintaa puuttuvan instabiliteetin vaikutus lisäämättä laskentaresurssien tarvetta. Kolmannessa artikkelissa kuvataan lopuksi kyseisen mallin parametrisointia keskeisten plasmaparametrien avulla.
Tässä väitöskirjassa osoitamme, että mallimme pystyy lieventämään ratkaisemattomien instabiliteettien vaikutusta ilman arvokkaiden laskentaresurssien lisätarvetta, ja että sitä voidaan käyttää realistisempaan plasman mallintamiseen suurissa kolmiulotteisissa numeerisissa simulaatioissa.ei saavutettav
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Coquillages et crustacés : dynamiques spatio-temporelles de métacommunautés en eau douce
No full textSpecies communities vary as a result of many processes: filtering of species by environments, interspecific interactions, dispersal, and stochastic processes. Empiricists often try to evaluate their respective roles based on the traces they leave on the spatial structure of communities. Unfortunately these traces are often ambiguous. Temporal data (surveys repeated through time) convey historical information that may help resolve ambiguities. In this thesis, I explore and develop different methods to analyze spatio-temporal data in order to understand the dynamics of sets of communities linked by dispersal within fragmented landscapes (metacommunities). These methods are applied to three long-term datasets from freshwater metacommunities (snails in the Guadeloupe and Martinique islands and Daphnia spp. in Finland). I first analyze the metacommunity of Guadeloupe snails using both pattern-based approaches (using successive years as replicates) and joint species distribution models explicitly relating time t to time t-1. This approach documents how species interactions, filtering by local environmental conditions, and stochastic colonizations and extinctions shape spatio-temporal variation in community richness and composition. Second, I develop explicit multi-species metapopulation models to analyze two- or three-species systems (taken in Guadeloupe and Finland). The fitted parameters are used in simulations to analyze how competition and niche differences contribute to species coexistence. Remarkably, in both cases, although competition significantly limits species co-occurrence at a local scale, it is far for being strong enough to threaten coexistence at the landscape level. Regional exclusion seems to require uncommonly strong competition, in the presence of highly stochastic colonization-extinction dynamics. Such conditions (strong interactions and weak stochasticity) may characterize the Martinique dataset (a set of 11 clonal, related invasive taxa inhabiting permanent rivers). In this case, I develop an approach inspired by population genetics, inferring one- or two-dimensional competitive hierarchies among taxa and how they vary in space and time to explain exclusion and/or coexistence patterns. Overall, this work shows that the temporal dimension carries a lot of information on community processes acting both at the local and regional scales. An even more integrative view may, in the future, arise from metacommunity models explicitly coupling the dynamics of local and regional species abundances.Les variations de composition et d'abondances relatives dans les communautés biologiques résultent de nombreux processus : filtres environnementaux, interactions inter-spécifiques, dispersion et stochasticité. Le plus souvent, les empiristes essaient d'évaluer leur importance relative sur la base des traces qu'ils laissent sur la structure spatiale des communautés. Cependant, ces traces sont souvent ambiguës. Les données temporelles (lorsque les échantillonnages sont répétés dans le temps) contiennent des informations sur l'histoire des communautés qui pourraient permettre de résoudre, du moins en partie, ces ambiguïtés. Dans ma thèse, je développe et explore des méthodes pour analyser les données spatio-temporelles afin de comprendre la dynamique d'un ensemble de communautés liées par la migration (métacommunauté). Ces méthodes ont été appliquées a trois jeux de données long-terme de métacommunautés d'organismes d'eau douce (escargots en Guadeloupe et Martinique, et Daphnia spp. en Finlande). J'analyse dans un premier temps la métacommunauté d'escargots en Guadeloupe à l'aide d'approches fondées sur les processus (en utilisant les différentes dates d’échantillonnage comme des réplicats) et de modèles d'estimation conjointe de distributions d'espèces considérant explicitement la dépendance d'un échantillon au précédent. Cette approche montre comment les interactions inter-spécifiques, les filtres environnementaux et les dynamiques stochastiques de colonisation/extinction forment les variations spatio-temporelles de richesses spécifiques et de composition des communautés. Dans un second temps, je développe des modèles de métapopulation multi-espèces pour analyser des systèmes à deux ou trois espèces (Guadeloupe et Finlande). Les paramètres estimés sont ensuite utilisés dans des simulations pour analyser comment la compétition et les différences de niches contribuent à la coexistence. Dans les deux cas, bien que la compétition réduit de manière significative les co-occurrences au niveau local, cette dernière est loin d'être suffisante pour menacer la coexistence à l'échelle du paysage. L'exclusion régionale semble en effet nécessiter des niveaux de compétition particulièrement forts, notamment lorsque les dynamiques stochastiques de colonisation/extinction sont importantes. De telles conditions (interactions fortes et faible stochasticité) sont retrouvées dans le jeu de données Martinique (un ensemble de onze taxa fortement apparentés et à reproduction clonale habitant des rivières permanentes). Dans ce dernier cas, je développe une approche inspirée de la génétique des populations, pour inférer les hiérarchies compétitives le long d'une ou de deux dimensions, et comment ces hiérarchies varient dans l'espace et le temps pour expliquer les patrons d'exclusion et de coexistence. Pour conclure, ce travail montre que la dimension temporelle permet d'extraire de nombreuses informations sur les processus agissant aux échelles locale et régionale. A l'avenir, une perspective plus intégrative pourrait émerger de modèles de métacommunautés couplant de manière explicite les dynamiques locale et régionale
Coquillages et crustacés : dynamiques spatio-temporelles de métacommunautés en eau douce
No full textSpecies communities vary as a result of many processes: filtering of species by environments, interspecific interactions, dispersal, and stochastic processes. Empiricists often try to evaluate their respective roles based on the traces they leave on the spatial structure of communities. Unfortunately these traces are often ambiguous. Temporal data (surveys repeated through time) convey historical information that may help resolve ambiguities. In this thesis, I explore and develop different methods to analyze spatio-temporal data in order to understand the dynamics of sets of communities linked by dispersal within fragmented landscapes (metacommunities). These methods are applied to three long-term datasets from freshwater metacommunities (snails in the Guadeloupe and Martinique islands and Daphnia spp. in Finland). I first analyze the metacommunity of Guadeloupe snails using both pattern-based approaches (using successive years as replicates) and joint species distribution models explicitly relating time t to time t-1. This approach documents how species interactions, filtering by local environmental conditions, and stochastic colonizations and extinctions shape spatio-temporal variation in community richness and composition. Second, I develop explicit multi-species metapopulation models to analyze two- or three-species systems (taken in Guadeloupe and Finland). The fitted parameters are used in simulations to analyze how competition and niche differences contribute to species coexistence. Remarkably, in both cases, although competition significantly limits species co-occurrence at a local scale, it is far for being strong enough to threaten coexistence at the landscape level. Regional exclusion seems to require uncommonly strong competition, in the presence of highly stochastic colonization-extinction dynamics. Such conditions (strong interactions and weak stochasticity) may characterize the Martinique dataset (a set of 11 clonal, related invasive taxa inhabiting permanent rivers). In this case, I develop an approach inspired by population genetics, inferring one- or two-dimensional competitive hierarchies among taxa and how they vary in space and time to explain exclusion and/or coexistence patterns. Overall, this work shows that the temporal dimension carries a lot of information on community processes acting both at the local and regional scales. An even more integrative view may, in the future, arise from metacommunity models explicitly coupling the dynamics of local and regional species abundances.Les variations de composition et d'abondances relatives dans les communautés biologiques résultent de nombreux processus : filtres environnementaux, interactions inter-spécifiques, dispersion et stochasticité. Le plus souvent, les empiristes essaient d'évaluer leur importance relative sur la base des traces qu'ils laissent sur la structure spatiale des communautés. Cependant, ces traces sont souvent ambiguës. Les données temporelles (lorsque les échantillonnages sont répétés dans le temps) contiennent des informations sur l'histoire des communautés qui pourraient permettre de résoudre, du moins en partie, ces ambiguïtés. Dans ma thèse, je développe et explore des méthodes pour analyser les données spatio-temporelles afin de comprendre la dynamique d'un ensemble de communautés liées par la migration (métacommunauté). Ces méthodes ont été appliquées a trois jeux de données long-terme de métacommunautés d'organismes d'eau douce (escargots en Guadeloupe et Martinique, et Daphnia spp. en Finlande). J'analyse dans un premier temps la métacommunauté d'escargots en Guadeloupe à l'aide d'approches fondées sur les processus (en utilisant les différentes dates d’échantillonnage comme des réplicats) et de modèles d'estimation conjointe de distributions d'espèces considérant explicitement la dépendance d'un échantillon au précédent. Cette approche montre comment les interactions inter-spécifiques, les filtres environnementaux et les dynamiques stochastiques de colonisation/extinction forment les variations spatio-temporelles de richesses spécifiques et de composition des communautés. Dans un second temps, je développe des modèles de métapopulation multi-espèces pour analyser des systèmes à deux ou trois espèces (Guadeloupe et Finlande). Les paramètres estimés sont ensuite utilisés dans des simulations pour analyser comment la compétition et les différences de niches contribuent à la coexistence. Dans les deux cas, bien que la compétition réduit de manière significative les co-occurrences au niveau local, cette dernière est loin d'être suffisante pour menacer la coexistence à l'échelle du paysage. L'exclusion régionale semble en effet nécessiter des niveaux de compétition particulièrement forts, notamment lorsque les dynamiques stochastiques de colonisation/extinction sont importantes. De telles conditions (interactions fortes et faible stochasticité) sont retrouvées dans le jeu de données Martinique (un ensemble de onze taxa fortement apparentés et à reproduction clonale habitant des rivières permanentes). Dans ce dernier cas, je développe une approche inspirée de la génétique des populations, pour inférer les hiérarchies compétitives le long d'une ou de deux dimensions, et comment ces hiérarchies varient dans l'espace et le temps pour expliquer les patrons d'exclusion et de coexistence. Pour conclure, ce travail montre que la dimension temporelle permet d'extraire de nombreuses informations sur les processus agissant aux échelles locale et régionale. A l'avenir, une perspective plus intégrative pourrait émerger de modèles de métacommunautés couplant de manière explicite les dynamiques locale et régionale
"Coquillages et crustacés" : spatiotemporal dynamic of freshwater metacommunities
No full textLes variations de composition et d'abondances relatives dans les communautés biologiques résultent de nombreux processus : filtres environnementaux, interactions inter-spécifiques, dispersion et stochasticité. Le plus souvent, les empiristes essaient d'évaluer leur importance relative sur la base des traces qu'ils laissent sur la structure spatiale des communautés. Cependant, ces traces sont souvent ambiguës. Les données temporelles (lorsque les échantillonnages sont répétés dans le temps) contiennent des informations sur l'histoire des communautés qui pourraient permettre de résoudre, du moins en partie, ces ambiguïtés. Dans ma thèse, je développe et explore des méthodes pour analyser les données spatio-temporelles afin de comprendre la dynamique d'un ensemble de communautés liées par la migration (métacommunauté). Ces méthodes ont été appliquées a trois jeux de données long-terme de métacommunautés d'organismes d'eau douce (escargots en Guadeloupe et Martinique, et Daphnia spp. en Finlande). J'analyse dans un premier temps la métacommunauté d'escargots en Guadeloupe à l'aide d'approches fondées sur les processus (en utilisant les différentes dates d’échantillonnage comme des réplicats) et de modèles d'estimation conjointe de distributions d'espèces considérant explicitement la dépendance d'un échantillon au précédent. Cette approche montre comment les interactions inter-spécifiques, les filtres environnementaux et les dynamiques stochastiques de colonisation/extinction forment les variations spatio-temporelles de richesses spécifiques et de composition des communautés. Dans un second temps, je développe des modèles de métapopulation multi-espèces pour analyser des systèmes à deux ou trois espèces (Guadeloupe et Finlande). Les paramètres estimés sont ensuite utilisés dans des simulations pour analyser comment la compétition et les différences de niches contribuent à la coexistence. Dans les deux cas, bien que la compétition réduit de manière significative les co-occurrences au niveau local, cette dernière est loin d'être suffisante pour menacer la coexistence à l'échelle du paysage. L'exclusion régionale semble en effet nécessiter des niveaux de compétition particulièrement forts, notamment lorsque les dynamiques stochastiques de colonisation/extinction sont importantes. De telles conditions (interactions fortes et faible stochasticité) sont retrouvées dans le jeu de données Martinique (un ensemble de onze taxa fortement apparentés et à reproduction clonale habitant des rivières permanentes). Dans ce dernier cas, je développe une approche inspirée de la génétique des populations, pour inférer les hiérarchies compétitives le long d'une ou de deux dimensions, et comment ces hiérarchies varient dans l'espace et le temps pour expliquer les patrons d'exclusion et de coexistence. Pour conclure, ce travail montre que la dimension temporelle permet d'extraire de nombreuses informations sur les processus agissant aux échelles locale et régionale. A l'avenir, une perspective plus intégrative pourrait émerger de modèles de métacommunautés couplant de manière explicite les dynamiques locale et régionale.Species communities vary as a result of many processes: filtering of species by environments, interspecific interactions, dispersal, and stochastic processes. Empiricists often try to evaluate their respective roles based on the traces they leave on the spatial structure of communities. Unfortunately these traces are often ambiguous. Temporal data (surveys repeated through time) convey historical information that may help resolve ambiguities. In this thesis, I explore and develop different methods to analyze spatio-temporal data in order to understand the dynamics of sets of communities linked by dispersal within fragmented landscapes (metacommunities). These methods are applied to three long-term datasets from freshwater metacommunities (snails in the Guadeloupe and Martinique islands and Daphnia spp. in Finland). I first analyze the metacommunity of Guadeloupe snails using both pattern-based approaches (using successive years as replicates) and joint species distribution models explicitly relating time t to time t-1. This approach documents how species interactions, filtering by local environmental conditions, and stochastic colonizations and extinctions shape spatio-temporal variation in community richness and composition. Second, I develop explicit multi-species metapopulation models to analyze two- or three-species systems (taken in Guadeloupe and Finland). The fitted parameters are used in simulations to analyze how competition and niche differences contribute to species coexistence. Remarkably, in both cases, although competition significantly limits species co-occurrence at a local scale, it is far for being strong enough to threaten coexistence at the landscape level. Regional exclusion seems to require uncommonly strong competition, in the presence of highly stochastic colonization-extinction dynamics. Such conditions (strong interactions and weak stochasticity) may characterize the Martinique dataset (a set of 11 clonal, related invasive taxa inhabiting permanent rivers). In this case, I develop an approach inspired by population genetics, inferring one- or two-dimensional competitive hierarchies among taxa and how they vary in space and time to explain exclusion and/or coexistence patterns. Overall, this work shows that the temporal dimension carries a lot of information on community processes acting both at the local and regional scales. An even more integrative view may, in the future, arise from metacommunity models explicitly coupling the dynamics of local and regional species abundances
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