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David DIAO. Peinture et document. Painting and document.
No full textFigure majeure de l’abstraction conceptuelle, David Diao questionne les usages et les institutions du monde de l’art. Les documents d’archive, photographies, listes, chiffres de ventes, biographies, carrières d’artistes — dont la sienne — bouleversent l’approche que l’on a de la peinture. Reproduits sur un fond monochrome très élaboré, les documents ont une valeur informative tout comme une valeur esthétique. Diao donne à la peinture une dimension conceptuelle effective : focalisée sur l’information et le contenu. Et s’il donne un rôle central à l’information, il affirme aussi la présence irréductible de la peinture, qui rend le rôle des documents plus complexe à définir, comme le montrent les essais du présent ouvrage.
Ce livre est tiré des conférences du colloque international « Peinture et document : David Diao » qui s’est tenu en 2014 à Strasbourg.
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Major figure of conceptual abstraction, David Diao questions the customs and institutions of the art world. Archive documents, photographs, lists, sales datas, artists’ careers, biographies — including his own — provoke a radical change in the approach that we have of painting. The documents are here reproduced on a sophisticated monochrome background, and their value is informative as well as aesthetic. Diao gives its conceptual value to painting: based on information and content. But if there is, in Diao’s work, a central place accorded to information, there is also the unyielding presence of painting, which makes the role of documents more complex to explain, as shown in the different contributions to this book.
This volume is based on the conferences of the international symposium “Painting and Document: David Diao”, that took place in 2014 in Strasbourg.
Texts and essays from : Hélène Chouteau-Matikian, Michael Corris, Felix Gmelin, Catherine Grout, James Harithas, Jean-Marc Huitorel, Marjolaine Lévy, Joseph Masheck, Stéphane Mroczkowski, Alexandra Pignol, Marshall N. Price, Ramon Tio Bellido, Hiram To, Marjorie Welish
Jeu de données pour tester l'interface logicielle "data2geo" de portage de métadonnées de Dataverse vers Geonetwork
No full textCe dépôt constitue le jeu de données de test pour le logiciel data2geo.
A partir du DOI d'un jeu de données déposé sur Dataverse, l'interface logicielle data2geo récupère les métadonnées du jeu de données (au format JSON) et les affecte aux champs de métadonnées proposées par GeoNetwork. La correspondance entre les formats de Dataverse et GéoNetwork étant imparfaite, l'interface propose des valeurs par défaut éditables par l'utilisateur avec data2geo ou GeoNetwork. Ces métadonnées respectent la norme ISO 19 139 et sont sauvées au format XML pour un import manuel dans GeoNetwork.
Les champs de cette fiche sont remplis soient avec des metadonnées décrivant ce jeu de données, soit avec des métadonnées indiquant dans quel "champ" de GeoNetwork seront importées les métadonnées lorsque la correspondance est imparfaite (par exemple dans Lineage)
Engineering and use of magnetosomes for medical applications
No full textLes magnetosomes sont des nanoparticules d’oxyde de fer produites génétiquement par les bactéries magnétotactiques. De part, la pureté de leurs cristaux, leur taille contrôlée, leur solubilité et biocompatibilité liées à la membrane les entourant ainsi que la possibilité de les fonctionnaliser par voie génétique, les magnétosomes peuvent être exploités dans un grand nombre d’applications biotechnologiques, rivalisant avec des particules magnétiques produites par voie chimique. C’est dans ce contexte que mon travail de thèse vise à explorer l’utilisation des magnétosomes comme agent théranostique. Mes travaux se sont centré sur l’utilisation de magnétosomes étiquetés génétiquement avec le peptide RGD (magnétosomes@RGD) comme outils biogéniques pour le diagnostic et le thérapie du cancer. En effet, nous démontrons que la présence du peptide RGD, se liant au récepteur ανβ3, permet le ciblage des cellules cancéreuses et augmente l'internalisation de la bioparticule de fer dans la tumeur. Après validation in cellulo, ces expériences ont été conduites chez la souris porteuse de tumeurs de la prostate, de mélanome ou de glioblastome. L'accumulation spécifique dans les tumeurs a été démontrée en imagerie par résonnance magnétique. La présence d'une grande quantité de fer dans les cellules nous a également permis d'aborder le potentiel thérapeutique des magnetosomes@RGD. Nous avons développé pour cela une approche par photothermie ainsi que par effet de radiosensibilisation aux rayons X ou protons appliquée in cellulo puis in vivo. L’ensemble de ces travaux contribue à démontrer le potentiel théranostique des magnétosomes bactériens via une fonctionnalisation adaptée.Magnetosomes are iron oxide nanoparticles produced genetically by magnetotactic bacteria. Due to the purity of their crystals, their controlled size, their solubility and biocompatibility related to the surrounding membrane and the possibility of their genetic functionalization, magnetosomes can be exploited in a large number of biotechnological applications, competing with chemically produced magnetic particles. It is in this context that my thesis work aims to explore the use of magnetosomes as theranostic agents. My work has focused on the use of magnetosomes genetically labelled with the RGD peptide (magnetosomes@RGD) as biogenic tools for cancer diagnosis and therapy. Indeed, we demonstrate that the presence of the RGD peptide, which binds to the ανβ3 receptor, allows the targeting of cancer cells and increases the internalization of the iron bioparticle in the tumor. After validation in cellulo, these experiments were conducted in mice with prostate tumours, melanoma or glioblastoma. Specific accumulation in tumours has been demonstrated in magnetic resonance imaging. The presence of a large amount of iron in the cells also allowed us to address the therapeutic potential of magnetosomes@RGD. For this purpose, we have developed an approach based on photothermia as well as on radiosensitivity to X-rays or protons applied in cellulo and then in vivo. All this work contributes to demonstrating the theranostic potential of bacterial magnetosomes through appropriate functionalization
Characterization of MamK and MamK-like the "actins-like" responsible for the alignment of magnetosomes in Magnetospirillum magneticum AMB-1.
No full textLes bactéries magnétotactiques (MTB) ont la capacité de s'orienter dans un champ magnétique grâce à un organite procaryote constitué d'un nanocristal magnétique biominéralisé et entouré d'une membrane biologique : le magnétosome. La synthèse de cet organite est un processus complexe contrôlé génétiquement par une série de gènes spécifiques aux MTB (les gènes mam) qui sont regroupés sur le chromosome bactérien. Chez la souche modèle Magnetospirillum magneticum AMB-1 cet ensemble de gènes forme un îlot génomique (MAI) auquel s'ajoute un second groupe distinct de 7 gènes homologues aux gènes mam (gènes mam-like) récemment identifié dont le rôle physiologique est très peu caractérisé. Parmi les produits des gènes mam, MamK est impliqué dans l'alignement des magnétosomes. Cette « actin-like » prokaryote qui forme des filaments selon un processus ATP-dépendant a été caractérisée ces dernières années. Dans le MIS de AMB-1, un gène homologue mamK-like a été identifié. Ainsi différentes approches pluridisciplinaires ont été mises en place pour comprendre le rôle de MamK et MamK-like. L'expression des gènes du MIS a été quantifiée. Les souches dépourvues des gènes mamK et mamK-like ainsi que le double mutant ont été obtenues puis phénotypées par différentes techniques d'imagerie. Les interactions entre les deux protéines ont été également testées. Enfin, les deux protéines ont été et leurs propriétés biochimiques caractérisées. L'ensemble de ces données nous permet de proposer un modèle selon lequel MamK et MamK-like participeraient tous deux à l'alignement des magnétosomes bactériens, vraisemblablement par la formation de filaments hybrides.Magnetotactic bacteria (MTB) have the ability to orient in a magnetic field through a prokaryotic organelle composed of a magnetic nanocrystal surrounded by a biological membrane: the magnetosome. The synthesis of this organelle is a genetically complex process controlled by a series of specific genes (mam genes) grouped together on the bacterial chromosome. In the strain model Magnetospirillum magneticum AMB-1 this set of genes form a genomic island (MAI) and a second distinct group of seven genes homologous to mam genes (mam-like genes) recently identified. The physiological role of this islet magnetosome (MIS) is very little characterized to date.Among the products of mam genes, MamK is involved in the alignment of the magnetosomes. This « actin-like » which forms prokaryote filaments according an ATP - dependent process has been characterized in recent years. In the MIS of AMB-1, a homologous gene mamK-like was identified. And various multidisciplinary approaches have been developed to understand the role of MamK and MamK-like. The MIS gene expression was quantified. The strains lacking genes of mamK, mamK-like and the obtained of double mutant were then phenotyped by different imaging techniques. The interactions between the two proteins were also tested. Finally, the two proteins were overexpressed and their biochemical properties characterized. All of these data allows us to propose a model whereby MamK and MamK-like participate in both the alignment of bacterial magnetosomes, presumably by the formation of hybrid filaments
From genome to protein : characterization of a new actin-like protein in M. magneticum AMB-1
No full textLes bactéries magnétotactiques synthétisent des organites spécialisés appelés magnétosomes. Ils sont composés d'un cristal magnétique entouré d'une membrane et de protéines spécifiques. Arrangés en chaîne dans la bactérie, ils orientent la bactérie dans le champ magnétique, ce qui simplifierait sa recherche d’environnements microaérophiles. Dans le génome de toutes les souches magnétotactiques séquencées, l'îlot génomique de magnétotaxie contient les gènes impliqués dans la formation des magnétosomes. Nous avons procédé à l’annotation du génome de la souche magnétotactique marine QH-2 et montré que la région du génome codant les gènes de la magnétotaxie n'est, dans ce cas, pas définie comme un îlot génomique, bien qu’elle ait été acquise par transfert latéral de gènes. Dans le génome de M. magneticum AMB-1, nous avons identifié un nouvel îlot génomique de petite taille que nous avons appelé l'îlet de magnétotaxie portant 7 gènes homologues à des gènes liés à la synthèse des magnétosomes. Pour répondre à la question de la fonction biologique de cet îlet génomique, nous avons examiné le rôle de l'un des sept gènes, mamK-like. MamK-like exprimée dans E. coli forme des filaments, comme observé pour MamK. La polymérisation in vitro des deux protéines est également comparable, mais présente des différences structurales. En outre, nous démontrons que mamK-like est transcrite dans AMB-1 de type sauvage et dans le mutant ΔmamK. Par immuno-marquage, nous montrons la présence d'un filament dans le mutant ΔmamK, probablement dû à MamK-like. Nous émettons l'hypothèse que ce filament contribue à maintenir l’organisation en chaîne des magnétosomes dans la souche mutante.Magnetotactic bacteria synthesise specialised organelles called magnetosomes. They are composed of a magnetic crystal surrounded by a lipid bilayer and specific proteins. Arranged in chains, they orient magnetotactic bacteria in the geomagnetic field, thereby simplifying their search for their microaerophilic environments. In each sequenced magnetotactic strain, the magnetotaxis genomic island contains the genes involved in magnetosomes formation. Our annotation of the newly sequenced genome of the magnetotactic strain QH-2 shows that the region coding the magnetotaxis genes is not a genomic island, though it has been acquired by lateral genes transfer. In the genome of M. magneticum AMB-1 we identified a new, small genomic island we termed the magnetotaxis islet, encoding 7 genes homologous to genes related to the magnetosomes synthesis. To assess the question of the biological function of this genomic islet, we further investigated the role of one of the seven genes, mamK-like. Filaments were observed in E. coli cells expressing MamK-like-Venus fusion by fluorescence microscopy. In vitro polymerization of both isoforms is comparable, though some differences are present at the structural level. In addition, we demonstrate that mamK-like is transcribed in AMB-1 wild-type and ΔmamK mutant cells. Immunolabelling assay using an anti-MamK antibody reveals the presence of a filament in the ΔmamK mutant. We hypothesise that this filament is due to MamK-like and that it helps maintaining a chain-like organisation of magnetosomes in the mutant strain
Biosynthesis of a novel bacterial metalophore based on plant's nicotianamine
No full textAssurer la disponibilité d'un métal afin de croitre est un processus microbien vital,particulièrement critique lorsque la source devient rare comme à l'intérieur d'un hôte. Dans ces travaux, nous décrivons et étudions deux opérons prédits pour coder les différentes fonctions permettant la synthèse, l'export et la récupération d'un nouveau métallophorebactérien analogue à nicotianamine des plantes. Des études préliminaires ainsi que d'autresétudes indiquent que ces systèmes sont fonctionnels, qu'ils permettent l'import de nickel et decobalt et que les transporteurs prédits sont importants pour la virulence de S. aureus. Encombinant des approches de biochimie, de génétique et de métabolomique nous proposons lastructure de ce métallophore chez S. aureus et P. aeruginosa et proposons aussi leurs modesde biosynthèse. Ce modèle reste encore à valider par des approches complémentaires maispermettrait de décrire pour la première fois un métallophore spécifique du nickel et du cobaltet un mode de synthèse original faisant appel à une épimérase, une enzyme apparentée auxnicotianamine synthase et enfin à une protéine appartenant à la famille DUF2338. Laconnaissance et l'utilisation de ces systèmes permettent aussi d'envisager des systèmes debioremédiation ou bien de récupération du nickel et du cobalt.Ensuring the availability of a given metal for growth is a vital microbial process,especially critical when the source becomes scarce like inside a host. In this work, wedescribe and study two operons predicted to encode the various functions for the synthesis,export and recovery of a new bacterial metallophore similar to plant's nicotianamine.Preliminary studies as well as studies in the literature indicate that these systems arefunctional, participate in the import of nickel and cobalt and that the predicted transporters areimportant for the virulence of S. aureus. By combining approaches from biochemistry,genetics and metabolomics we propose the structure of this metallophore in S. aureus and P.aeruginosa and also offer ways of their biosynthesis. This model remains to be validated butwould describe for the first time a specific metallophore for nickel and cobalt and an originalbiosynthetic route involving an epimerase, an enzyme related to nicotianamine synthase andfinally a protein belonging to the DUF2338 family. The knowledge of these systems alsooffers the possibility to exploit them in the bioremediation or recovery of nickel and cobalt
Greigite and magnetite : environmental and genetic determinants controlling biomineralization in magnetotactic bacteria
No full textLes bactéries magnétotactiques représentent un groupe d’une grande diversité écologique et phylogénétique. Elles sont capables de biominéraliser des nanocristaux de magnétite [un oxyde de fer (Fe(II)Fe(III)2O4)] ou de greigite [un sulfure de fer (Fe(II)Fe(III)2S4)] dans leurs magnétosomes, organites alignés en chaînes permettant la navigation le long des lignes de champ magnétique terrestre. Jusqu'à récemment, seules des souches produisant de la magnétite étaient disponibles en culture pure, conduisant à des études sur les mécanismes de biominéralisation de cet oxyde de fer. En 2011, une nouvelle bactérie capable de former de la magnétite et de la greigite, Desulfamplus magnetovallimortis souche BW-1, a été cultivée avec succès en laboratoire. Dans cette thèse, nous proposons d'utiliser une approche intégrée et multidisciplinaire pour comprendre les mécanismes de biominéralisation de la greigite en utilisant comme modèle d’étude la souche BW-1. Nous avons donc cherché à déterminer les conditions environnementales et biologiques favorisant la formation de la magnétite et de la greigite. Ces travaux ont également conduit à la caractérisation physiologique et phylogénétique de BW-1. Puis, l’utilisation d’approches globales et ciblées de transcriptomique ont permis d'évaluer le taux d'expression des gènes impliqués dans la formation des magnétosomes (magnétite vs. greigite) dans diverses conditions de croissance. Une approche de protéomique a permis d’apporter des informations supplémentaires à cette étude. Ces résultats ont permis de progresser dans la compréhension fondamentale de la biominéralisation in vivo, en particulier pour des bactéries formant de la greigite.Magnetotactic bacteria represent a phylogenetically and ecologically diverse group of prokaryotes able to biomineralize magnetic nanocrystals composed of magnetite [an iron oxide (Fe(II)Fe(III)2O4)] or greigite [an iron sulfide (Fe(II)Fe(III)2S4)] in their magnetosomes, a prokaryotic organelle whose cytoplasmic alignement in chain allows the cell to navigate along the Earth’s magnetic field lines. Until recently, only magnetite-producing strains were available in pure culture. Thus, only the magnetite biomineralization has been studied. In 2011, a new bacterium able to form both magnetite and greigite, Desulfamplus magnetovallimortis strain BW-1, was isolated from Death Valley, California and cultivated in pure culture. In this work, we propose to use an integrated and multidisciplinary approach to understand the mechanisms involved in greigite biomineralization in BW-1 strain. First, we determined the environmental and biological conditions in which magnetite and greigite are formed. This first part of my thesis also contributed to the physiologic and phylogenetic characterization of this bacterium. Secondly, we used global and targeted transcriptomic approaches to evaluate the transcription levels of genes putatively involved in magnetosomes formation (magnetite vs. greigite) under various growth conditions. A proteomic approach provided additional informations to this study.Results obtained during my thesis contribute to the understanding of in vivo biomineralization, particularly for greigite production in magnetotactic bacteria
Synthetic biology for the detection of arsenic by magnetotactic bacteria
No full textL’arsenic est le contaminant qui affecte la santé du plus grand nombre de personnes dans le monde. Les populations touchées nécessitent un moyen économique, efficace et facile à utiliser pour détecter l’arsenic. Les biodétecteurs cellules entières répondent à ces critères mais nécessitent souvent des adaptations spécifiques comme l’optimisation de leur sensibilité. De ce fait, les bactéries magnétotactiques seraient des châssis cellulaires prometteurs puisque leur magnétisme intrinsèque permettrait de les concentrer aisément pour amplifier le signal de détection. Dans une première étape, nous avons évalué la résistance de ces bactéries à différents toxiques. Puis, par une approche in silico confirmée par des analyses RT-PCR, nous avons identifié dans le génome de deux bactéries magnétotactiques, AMB-1 et MSR-1, des promoteurs potentiellement inductibles par l’arsenic. Nous avons ensuite construit des biodétecteurs magnétotactiques en plaçant l’opéron de luciférase, luxCDABE, sous contrôle de ces promoteurs. Une réponse spécifique à l’arsénite est obtenue en 30 minutes avec une limite de détection de 0,5 \muM. Après concentration magnétique, la sensibilité est améliorée pour atteindre 10 nM, en dessous des seuils recommandés pour l’arsenic dans l’eau potable (0,13 \muM). De plus, ces biodétecteurs peuvent se conserver plusieurs mois sous forme lyophilisée, facilitant leur transport pour des mesures sur le terrain. Enfin, nous avons détourné la voie de biosynthèse du magnétisme des bactéries pour la rendre inductible à l’arsenic, une première étape inédite dans la conception de biodétecteurs basés sur l’acquisition du magnétisme par l’induction du métalloïde.Arsenic is the contaminant that affects the health of the largest number of people in the world. Impacted populations require an affordable, efficient and easy-to-use way to detect arsenic. Whole-cell biosensors meet these criteria but often require specific adaptations such as optimizing their sensitivity. Therefore, magnetotactic bacteria would be promising cell chassis since their intrinsic magnetism would allow them to be easily concentrated to amplify the detection signal. In a first step, we evaluated the resistance of these bacteria to various toxics. Then, using an in silico approach confirmed by RT-PCR analyses, we identified in the genome of two magnetotactic bacteria, AMB-1 and MSR-1, promoters potentially inducible by arsenic. We then constructed magnetotactic biosensors by placing the luciferase operon, luxCDABE, under the control of these promoters. A specific arsenite response is obtained within 30 minutes with detection limit of 0.5 \muM. After magnetic concentration, the sensitivity is improved to reach 10 nM, below the recommended guideline for arsenic in drinking water (0.13 \muM). In addition, these biosensors can be stored for several months in freeze-dried form, facilitating their transport for in situ measurements. Finally, we have rerouted the biosynthetic pathway of magnetism of the bacteria to make it arsenite-inducible, an innovative first step in the design of biosensors based on the acquisition of magnetism by metalloid induction
546 The Leading Edge
No full textThe Tempest Project-Addressing challenges in deepwater Gulf of Mexico depth imaging through geologic models and numerical simulation P erforming depth imaging is an essential part of deepwater Gulf of Mexico (GOM) exploration. Over the years, depth-imaging technology has provided the most reliable seismic images below salt and has been implemented in the workfl ows of the prospect generation process. But how accurate are these images? Since model building for depth imaging is partially an interpretative process, and depth imaging involves resolving seismic propagation through complicated geologic features, it is easy for the resulting prestack depth-migrated images to include imaging and positioning errors. Much deepwater GOM exploration focuses on targets beneath the regional allochthonous salt. Due to the complex structural geometries associated with salt tectonics and the geophysical characteristics of salt, the acquired seismic data sets universally include areas of very poor signal. Over the years, improvements in both seismic acquisition techniques and implementation of new imaging algorithms have improved subsalt imaging. However, there are still large areas where the image quality is not suffi cient to generate confi dent interpretations, impacting prospect generation in ways ranging from the ability to estimate value for lease sale acquisition to maturing prospects to drill-ready status ( In order to improve our ability to correctly interpret areas of low illumination and poor signal-to-noise ratio as illustrated in Leveraging the growth of compute power in conjunc- ADAM SEITCHIK, DANA JURICK, ALEX BRIDGE, RICHARD BRIETZKE, and KEN BEENEY, Devon Energy Corporation JEFF CODD, FATMIR HOXHA, CLAUDE PIGNOL, and DAVID KESSLER, SeismicCity Corporation tion with aff ordability, the industry has improved its ability to simulate fi eld-acquired data phenomena such as optimal acquisition geometry, optimal processing fl ows, and selection of prestack depth-migration algorithms. Th is growth in compute power enabled us to move from ray-based numerical simulation to wave-based numerical simulation. As importantly, simulation projects can now be done using appropriate key parameters such as large apertures and high-frequency bandwidth and can be done in a timely manner so their results will be used as part of an exploration project. In order to analyze subsalt depth imaging accuracy and algorithm limitations, Devon Energy, in collaboration with SeismicCity, decided to create a model and a data set that represent true GOM geology. Th e model and data set were given the name "Tempest." Th e key component of the simulation part was to use wave-equation techniques for generating the seismic data. Th e Tempest project was executed in thre
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