1,721,604 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Pertinence des indicateurs de contamination fécale pour surveiller et maîtriser la contamination par Salmonella et Campylobacter dans les filières belges de production de viande
Full text linkLes toxi-infections d’origine alimentaire ont un impact important sur la santé humaine. Cette étude cible les principaux agents bactériens pathogènes pour l’homme transmis par les denrées alimentaires d’origine animale en Europe et aux USA, à savoir Salmonella et Campylobacter, ainsi que leurs éventuels germes index.Globalement, trois types de surveillance permettent de vérifier l’efficacité des mesures prises dans le but de diminuer les zoonoses. La première est le suivi de l’hygiène et d’indicateurs par le dénombrement des flores indicatrices, surtout de contamination fécale. La deuxième est la surveillance d’index pour certains pathogènes tels que Salmonella et Campylobacter. La troisième est la recherche ou le dénombrement direct des flores pathogènes. Le type de surveillance est déterminé par les objectifs visés. L’objectif principal de ce travail était de déterminer la pertinence de l’utilisation d’indicateurs de contamination fécale pour surveiller et maîtriser la contamination des filières belges de production de produits carnés par Salmonella et Campylobacter. Dans un premier temps, un plan de surveillance des filières de production et de transformation des viandes a dû être mis en place et optimisé. Les différents paramètres à préciser étaient le choix des agents pathogènes devant faire l’objet d’un monitoring dans chacune des filières, et le choix de la méthodologie d’échantillonnage et d’analyse. Cette étude a montré la qualité et la représentativité des plans de surveillance mis en place en Belgique pour la production carnée. Ils permettent en effet de nombreux types d’interprétation des résultats et cadrent parfaitement avec les programmes de contrôle intégrés pluriannuels imposés récemment par la Commission européenne.Dans un deuxième temps, une étude spécifique a évalué la pertinence de la méthode belge de prélèvement des carcasses de porc (par écouvillonnage) par rapport à la méthode de référence européenne (destructive), qui a fait l’objet d’un nouveau règlement européen fin 2005. Une comparaison entre les deux méthodes pour le dénombrement d’E. coli et de germes aérobies totaux ainsi que la recherche de Salmonella et de Campylobacter a montré l’efficacité de la méthode belge de prélèvement sur les carcasses de porc.Dans un troisième temps, le plan de surveillance mis en place a permis de suivre l’évolution de la contamination par Salmonella et Campylobacter des viandes de bovin, de porc et de volaille depuis 2000. Cette étude a confirmé la forte contamination par Salmonella et Campylobacter des carcasses et viandes de volaille. Elle a également montré la plus faible contamination par Campylobacter et, dans une moindre mesure, par Salmonella, des échantillons issus de bovins et de porcs. Une diminution significative de la contamination par Salmonella de la viande de porc et de la prévalence de Campylobacter sur certains échantillons de volaille a été observée entre 2000 et 2003. Cette étude a également souligné l’importance de disposer de données nationales de contamination par les microorganismes pathogènes des aliments. Elles permettent en effet de suivre l’évolution et de la comparer d’un point de vue international. Ces données pertinentes peuvent être utilisées pour une évaluation quantitative des risques et pour la détermination de critères microbiologiques adaptés.Dans un quatrième temps, cette étude a évalué la pertinence du suivi des principaux indicateurs d’hygiène et des bonnes pratiques lors des processus de transformation (les germes aérobies totaux, les entérobactéries et les E. coli ), ainsi que de leur qualité d’index des principaux agents pathogènes non sporulés d’origine digestive. Ce chapitre propose une procédure pour fixer des critères d’hygiène des procédés adaptés à la Belgique pour les carcasses et la viande de bœuf, de porc et de volaille. Cette étude a montré que la situation belge en matière de microorganismes indicateurs est comparable à la situation décrite par plusieurs autres études publiées, et que la méthode de détermination de critères d’hygiène des procédés en se basant sur les résultats des plans de surveillance est à privilégier pour aider le secteur de production à améliorer la qualité microbiologique de ses produits. Cette approche peut aider à la diminution de la contamination par les agents pathogènes d’origine digestive mais ne peut, à elle seule, donner des garanties de maîtrise de ces dangers.Enfin, il peut être conclu que le dénombrement d’E. coli est très utile pour la détermination de l’hygiène des procédés de production de viande en tant qu’indicateur de contamination fécale et en tant qu’index d’agents zoonotiques d’origine intestinale tels que Salmonella et Campylobacter. Cependant, la recherche, voire le dénombrement direct des agents pathogènes reste nécessaire pour évaluer le risque et s’assurer de l’efficacité des mesures de maîtrise.L’ensemble des résultats de cette étude et les stratégies appliquées sont également très utiles aux autorités belges dans le cadre de négociations au niveau européen pour la détermination de critères microbiologiques.Il est donc important que des plans de surveillance adaptés aux exigences réglementaires européennes continuent de suivre l’évolution des agents pathogènes en Belgique en respectant les objectifs fixés au niveau européen. De plus, les critères d’hygiène des procédés doivent être régulièrement revus, sur base des résultats des plans de surveillance. Il faut également tenir compte des indicateurs les plus pertinents pour surveiller et maîtriser la contamination par des microorganismes pathogènes émergents, ou d’autres agents pathogènes. Ces critères d’hygiène des procédés devraient être repris dans les guides d’autocontrôle sectoriels.La méthodologie de détermination de critères de sécurité des aliments en se basant sur une évaluation quantitative du risque, conformément aux directives du Codex Alimentarius, devrait être développée, standardisée et appliquée aux niveaux européen et belge. Dans ce cadre, disposer de plans de surveillance performants et quantitatifs sera essentiel pour alimenter les modèles à l’échelle de la Belgique
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Prévalence et caractérisation de souches d’Escherichia coli O157 producteurs de shigatoxines isolées de denrées alimentaires d’origine animale en Belgique et en Algérie
No full textDESCRIPTION DU SUJET ABORDECertains Escherichia coli producteurs de shigatoxines (STEC) ou Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC) sont responsables de toxi-infections d’origine alimentaire qui se traduisent par des diarrhées mais aussi par des syndromes plus graves pour l’homme comme le syndrome hémolytique urémique pouvant provoquer la mort. Ils apparaissent comme un problème important de santé publique. La souche de STEC du sérotype O157:H7 est responsable d’épidémies dans le monde causant des milliers de malades et des dizaines de morts. Le réservoir principal est le bovin et les autres ruminants. Les principaux modes de transmission des infections à STEC à l’homme sont la consommation d’aliments contaminés, la transmission de personne à personne, l’ingestion d’eau contaminée et le contact avec des animaux (notamment les bovins) et leur environnement. Les facteurs de virulence des Escherichia coli producteurs de Shigatoxines (STEC) sont principalement les protéines codées par un îlot de pathogénicité, le LEE “Locus of Enterocyte Effacement”, impliquées dans la formation de la lésion d’attachement et d’effacement et de la diarrhée et les toxines de Shiga codées par des bactériophages et impliquées dans les syndromes extra- intestinaux. A partir des années nonante, le nombre croissant d’épidémies liées à STEC, en Amérique du Nord et en Europe, ont interpellé les professionnels du secteur qui ont concentré leurs efforts pour mettre au point des moyens de recherche, d’identification, de maîtrise et de prévention du danger. Le premier objectif de ce travail était donc d’approcher le plus précisément possible la situation en Belgique dans les principales filières de production de denrées alimentaires d’origine animale (DAOA). Pour ce faire, les études suivantes ont été entreprises: i) une étude préliminaire de la contamination par les STEC O157 des carcasses de bœuf et de porc (étude I) ; ii) une étude visant à la détermination du taux de contamination des viandes hachées de bœuf par les STEC O157 et autres sérotypes ; iii) des études extensives basées sur des plans annuels de surveillance couvant toute la production nationale visant à établir le taux de prévalence et l’évolution temporelle de la contamination par les STEC O157 dans les principales DAOA mais surtout dans la filière de la viande de bœuf. Les plans de recherche de ces pathogènes ont été couplés à la détermination du nombre d’E. coli totaux pour juger du niveau de maîtrise de la contamination fécale dans les établissements afin d’apporter des éléments quantitatifs pour une évaluation du risque lié aux STEC.Le second objectif visait à déterminer le taux de contamination par les STEC et les STEC O157 dans deux abattoirs algériens, l’un de bœuf, l’autre de moutons afin de savoir si ces pathogènes posaient des problèmes de santé publique en Algérie. Le niveau de contamination fécale a aussi été étudié afin de juger de la maîtrise de l’hygiène de l’abattage.RESULTATSEn BelgiqueEvaluation du taux de contamination par les STEC de sérotype O157 de carcasses de bœuf et de porcs dans 9 abattoirs en 1996Dans le cadre de l’implémentation du système HACCP (directive 93/43/CE), trois cent dix carcasses de bœuf et 245 carcasses de porcs ont été soumises à un écouvillonnage en surface au niveau de sites spécifiques. La méthode de recherche était basée sur les étapes i) un enrichissement non sélectif, ii) une méthode de séparation immuno-magnétique, iii) une détection immuno-enzymatique (VIDAS ECO, BioMérieux), iv) un isolement sur milieu Mac Conkey au sorbitol. Cette étude a permis de standardiser la méthode d’échantillonnage et a révélé, pour la première fois en Belgique, la présence d’une souche STEC O157 :H- (stx1+, stx2+, eae+) potentiellement pathogène sur des carcasses bovines.Prévalence des Escherichia coli producteurs de shigatoxines dans les viandes hachées en 1997Aucune souche de STEC O157 (eae stx) n’a été isolée à été isolée à partir des 627 échantillons de viande hachées analysées. La PCR a permis de détecter le gène stx dans 5,1 % des échantillons positifs (n=45). Seulement 7 souches ont été isolées par une méthode d’hybridation ADN/ADN sur colonies basée sur les principaux gènes des facteurs de virulence des STEC : Deux E. coli de sérotype O91 (stx2+, eae-), deux des E. coli entéropathogènes de sérotype O128 et trois de sérotypes non identifiés. La qualité bactériologique des viandes hachées testées était satisfaisante puisque plus de 80 % des échantillons avaient un taux d’E. coli inférieur à 50 unités formant colonies (ufc) par gramme donc au critère légal de m=50 ufc/gramme (Arrêté Royal du 4 juillet 1996)Surveillance du taux de contamination des denrées alimentaires d’origine animale par des souches d’Escherichia coli du sérotype O157 de 1998 à 2004Cette étude répond aux exigences des directives (92/117/CEE et 2003/99/CEE) et présente les plans de surveillance des STEC O157 dans les denrées alimentaires. Aucune souche de STEC O157 n’a été isolée à partir des 1025 échantillons (matrices issues de bovins, porcs, volailles, lapins) testés en 1997. En 1998, une modification de la méthode analytique (méthode SP-VG M001) a permis d’isoler neuf souches d’E. coli de sérotype O157 (stx+) à partir de surfaces de 6010 carcasses regroupées en pools de 5 carcasses par échantillon. Quatre vingt pourcents des souches STEC O157 sont stx2 eae et ehxA et 90 % portaient l’antigène H7. Une majorité de firmes n’ont pas satisfait aux critères microbiologiques pour les E. coli (arrêté royal du 20 Août 2002). Cependant, aucune relation statistiquement significative entre les niveaux de contamination par les E. coli totaux et la présence d’E. coli O157 n’a pu être établie.Les années 1999 à 2004 ont été marquées par une surveillance des STEC O157 sur un plus grand nombre d’entreprises, un plus grand nombre d’échantillons (filière bovine, porcine, poulet, poule et poissons), une plus grande surface de carcasses écouvillonnées (décision 2001/471/CE) et des recherches au stade du consommateur. La méthode de recherche des STEC O157 a été la méthode SP-VG M001. Le dénombrement des E. coli a été réalisé selon la méthode validée par l’AFNOR, SDP-07/1-07/93. Des prévalences de STEC O157 égales à 1,3 % (n=1984) en 1999, 0,4 % (n=1501) en 2000, 1,08 % (n=1388) en 2001, 1,07% (n=1225) en 2002, 0,82 % (n=1497) en 2003 et à 1,35 % (n=1337) en 2004 ont été mises en évidence sur les surfaces de carcasses de bœuf, ce qui correspond à une moyenne pondérée de 0,95 %. En ce qui concerne les viandes hachées, la prévalence des STEC O157 est faible soit 0,1 % (1/974) en 1999, 0,4 % (1/487) en 2000, 1,68 % (5/298) en 2003 et aucun STEC O157 en 2001, 2002 et 2004 pour une moyenne pondérée de 0,27 %. La présence de souches dans du haché de bœuf prélevé en grandes surfaces montre que des souches pathogènes se retrouvent parfois au stade de la distribution. Entre 1999 et 2004, Deux souches STEC O157 ont été isolées en 2003 et deux autres en 2004 à partir de 764 viandes de découpe de bœuf analysées soit une prévalence de 0,52 %. Les matrices de porcs, de poules, poulets et de poissons ne semblent pas présenter un danger à l’heure actuelle puisque aucun STEC O157 n’y a été mis en évidence à ce jour en Belgique. Une amélioration de la contamination par les Escherichia coli a pu être observée au cours des années dans les firmes échantillonnées. Les 106 souches de STEC O157 isolées à partir des matrices de bovins sont en majorité des E.coli O157 :H7, stx2, eae et ehxA, fréquemment impliqué dans les formes graves des infections. En AlgérieEvaluation du taux de contamination des carcasses bovines par les Escherichia coli entérohémorragiques du sérotype O157 et d’autres Escherichia coli pathogènesUne méthode simplifiée de la recherche des STEC O157 a permis de révéler la présence de 18 souches (7,8 %) STEC O157 à partir de 230 carcasses de bœuf échantillonnées. Septante huit pourcents d’entre elles sont stx2, eae et ehxA. De même, 66 colonies possédant au moins un des gènes de virulence recherchés, ont été isolées à partir de trente carcasses positives à l’hybridation ADN/ADN sur colonies. Quarante (60,6 %) sont des E. coli entéropathogénes (eae+, stx-), 23 (34,8 %) sont (stx+, eae-) et trois (4,5 %) sont (eae+, stx+). Aucune des trois n’appartient aux sérotypes STEC les plus fréquents (O26, O111, O128, O103, O91, O145). Plus de 65 % des carcasses avaient des niveaux d’E. coli supérieurs à la limite d’acceptabilité (M) définie par le critère microbiologique belge (20 ufc/cm2). Evaluation du taux de contamination par les Escherichia coli producteurs de shigatoxines sur les carcasses ovines et dans les matières fécales.Cette étude a permis de mettre en évidence, la présence de STEC O157:H7 sur 2,5 % des 160 carcasses écouvillonnées (décision 2001/471/CE). Le pathotype principal était stx2 eae et ehxA. Parmi les neuf souches STEC O157 stx2 isolées et testées par PCR pour les sous-types c, d, e, f, seulement trois sont stx2d. L’étude du portage des STEC dans les matières fécales d’ovins a montré la présence du gène stx dans 25,4% des prélèvements (n=106). Le pathotype principal identifié sur un échantillon composite était stx1 (50 %) suivi du pathotype stx1, eae (46, 4%). L’ovin est donc aussi un réservoir potentiel de STEC pathogènes et une source de contamination pour l’homme CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES, L’existence de souches STEC O157 potentiellement pathogènes a été confirmée dans la filière bovine. La prévalence de ces agents pathogènes observée sur les carcasses bovines en Belgique (en moyenne de 0,95%) est proche des valeurs enregistrées dans d’autres pays : 0,7 % au Danemark, (EC, 2001), 1 % en Tchécoslovaquie (Lukasova, 2004) et 1,4 % en Grande Bretagne (Chapman, 2001). La prévalence des STEC O157 enregistrée en Algérie (7,8 % dans cette étude) est significativement supérieure aux prévalences observées en Belgique. Des prévalences du même ordre de grandeur ont été rapportées dans la littérature soit 17,1% aux USA (Elder et al., 2000), 12% en Italie (Bonardi etal., 2001), 11% en Irlande (Mc Evroy et al., 2003). La prévalence des STEC O157 dans les viandes hachées est faible, en général inférieure à 1 %. Elle est de 0,27 % en Belgique (cette étude). De plus, la présence de souches dans du haché de bœuf prélevé en grandes surfaces a montré que des souches pathogènes se retrouvent parfois au stade de la distribution et constituent un danger direct pour le consommateur. Des résultats similaires ont été enregistrés 0,15 % en Angleterre (Chapman, 2001), 0,11 % en France (AFSSA, 2003). Les matrices de porcs, de poules, poulets et de poissons ne semblent pas présenter un danger à l’heure actuelle puisque aucun STEC O157 n’y a été mis en évidence à ce jour en Belgique. Comme l’ont mentionné la plupart des études relatives à la prévalence des STEC O157, il est difficile de comparer les résultats obtenus à cause des différences constatées au niveau de la taille des échantillons, des méthodes de prélèvements et de détection de ces agents pathogènes. La standardisation de la méthode de détection des Escherichia coli O157 (norme ISO16654) ainsi que l’application de la directive de la commission européenne (2001/471/ CE) définissant les quatre sites d’écouvillonnage au niveau des carcasses de bœuf et d’ovins ont permis d’asseoir une méthodologie de recherche performante. La majorité des souches STEC O157 isolées en Belgique et en Algérie présentent le pathotype stx2 eae ehxA considéré comme le plus dangereux pour la santé publique Aucune association directe entre les taux élevés d’E. coli totaux et la présence de STEC O157 n’a pu être établie. E. coli ne semble pas être un indicateur pour la présence de cet agent pathogène mais, bien sûr, le niveau de contamination par les souches pathogènes doit diminuer en parallèle à la charge en E. coli totaux et que, donc, globalement le risque qu’elles présentent doit diminuer.En ce qui concerne l’espèce ovine, Une prévalence égale à 0,7 % a été mise en évidence dans une autre étude en Grande Bretagne (Chapman et al., 2001). les résultats obtenus concernant le portage des STEC obtenus sont proches des résultats d’une étude en Suisse qui a révélé la présence de STEC sans préciser le sérotype dans 29,9 % des matières fécales (Zweifel et al., 2004). Les taux élevés de contamination fécale observés en Algérie laissent supposer que, si les animaux sont porteurs de STEC O157, le niveau de contamination des carcasses devrait être plus important qu’en Belgique. En perspectives, au niveau belge, les plans de surveillance doivent être maintenus surtout au niveau des matrices bovines: carcasses, viandes hachées, découpes afin d’évaluer les évolutions. Ces études devraient être couplées en amont avec des études de prévalence au niveau des exploitations agricoles et en aval avec les données en pathologie humaine. Une plus grande coordination devrait s’opérer entre le secteur vétérinaire et la santé publique. En Belgique, le laboratoire de référence pour les EHEC est le même dans les deux cas (UZ-Brussel) ce qui signifie que les méthodes de typage appliquées aux souches des deux origines sont les mêmes. Les critères microbiologiques européens du Règlement (CE) N°2073/2005 vont encore accentuer les efforts des industriels pour la maîtrise des agents pathogènes dans les filières à risque, même si les STEC O157 ne sont pas encore repris dans les critères de sécurité de ce Règlement. Le développement de méthodes efficaces pour la recherche des autres sérotypes devrait permettre d’étendre la surveillance aux STEC non O157 les plus importants. Les données collectées au cours des plans de surveillance vont permettre de compléter les données disponibles pour une analyse du risque STEC O157 dans les filières à risque et particulièrement la filière bovine. En Algérie, une application des plans HACCP au niveau des entreprises agroalimentaires et une surveillance des agents zoonotiques sont nécessaires. Des études complémentaires et approfondies grâce à la mise en place de moyens de diagnostic doivent être menées aussi bien au niveau humain qu’au niveau vétérinaire. Les résultats de ces études devront être considérés par la Direction des Services Vétérinaires du Ministère de l’Agriculture en Algérie.REMERCIEMENTSCette étude a été menée grâce au soutien financier de l’Institut d’Expertise Vétérinaire(IEV) puis de l’Agence Fédérale pour la sécurité de la Chaine Alimentaire (AFSCA) par le laboratoire de microbiologie des denrées alimentaires de la Faculté de Médecine Vétérinaire de l’Université de Liège (ULg) et la collaboration du laboratoire Vakgroep Diergeneeskundig Toezicht op Eetwaren, Diergeneeskunde Faculteit, Universiteit Gent (U Gent); le laboratoire de microbiologie alimentaire de l’Institut Scientifique de la Santé Publique : Louis Pasteur (ISP-LP) et deux laboratoires de l’AFSCA qui ont participé aux analyses à partir de 2003 et le laboratoire de.(UZ-Brussel)Les études en Algérie ont été réalisées grâce au soutien du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique et de l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alger avec la collaboration du laboratoire national de référence de microbiologie alimentaire de la faculté de médecine vétérinaire de l’ULg
Étude des virus recombinants chez les norovirus humains et murins en conditions naturelles et expérimentales
Full text linkNoroviruses (NoVs) are among the most important causes of both sporadic cases and outbreaks of gastroenteritis in humans of all ages and are responsible for approximately 90% of epidemic non-bacterial outbreaks of gastroenteritis in industrialised countries. In Belgium, NoVs have been identified as the first cause of foodborne gastroenteritis outbreaks before Salmonella spp and Bacillus cereus. Transmission routes are multiple and outcomes of NoV infections can be particularly severe in health care settings due to the presence of vulnerable patients with underlying severe illnesses. NoVs have been detected in a broad variety of animal species (Scipioni et al., 2008a), raising important, yet partly unanswered, questions about the possibility of zoonotic transmissions and the existence of an animal reservoir for NoVs.NoVs are highly swift viruses and characterised by great genetic variability that can be attributed to two main evolutionary forces: point mutation and recombination. Both mechanisms allow NoVs to continuously generate mutant genomes. The study on NoV biology including recombination has long been hampered by the lack of cell culture systems and small animal models. Consequently, the discovery of cultivable NoVs that naturally infect laboratory mice gave new perspectives in NoV research. Despite the description of numerous human and animal recombinant NoVs by phylogenetic analysis (Bull et al., 2007), no experimental evidence of NoV recombination after cell culture co-infection is available yet. The aim of this thesis was to evaluate the importance and the potential implications of NoV recombination on the evolution of NoV in natural conditions and in experimental conditions.NoVs found associated with foodborne suspected gastroenteritis outbreaks reported to the Belgian Scientific Institute of Public Health between December 2006 and December 2010 were systematically characterised. Therefore, we established a genotyping procedure based upon phylogenetic analyses of the partial sequences of the polymerase and the capsid genes.A second part was dedicated to the in vitro creation of NoV recombinants after the set up of the murine model. Molecular methods allowing the distinction between two parental wild-type MNVs in different regions of the genomes were implemented in order to detect hybrid genomes among the progeny viruses of co-infections. Furthermore, the consequences of recombination on the biological properties of the recombinant viruses in comparison with the parental ones were assessed in vitro and in vivo.Among all foodborne suspected outbreaks, NoVs were implicated in 11.8% of the cases and responsible for 34.5% of the persons reported ill. Genogroup 2 (GII) NoVs predominated widely (90.4% of all outbreaks) and GII genotype 4 (GII.4) was detected in 16 of the 28 (57.1%) typed outbreaks. GII.4 2006 variants were repeatedly detected circulating with variants 2007 and 2008 until 2009 before being replaced by a novel variant GII.4 2010 the year after. The latter variant constituted the only GII.4 variant circulating in 2010 and was involved in 8/18 typed outbreaks reported in the winter 2009-2010. Phylogenetic analyses allowed the identification of 5 different combinations of NoVs recombinants associated with 14 outbreaks; four novel GII intergenotype and intersub-genotype recombinants (GII.e/GII.3, GII.g/GII.1, GII.4 2006b/GII.4 2007 and GII.4 2010/GII.4 2010b) were detected along with 1 previously published recombinant (GII.e/GII.4 2007). For all the recombinants, the recombination cross-over was located at the junction of the genes that code for the polymerase and the capsid proteins.Using the murine NoV (MNV) model, we investigated recombination between two wild-type MNV strains co-infecting mouse monocyte and macrophage cell line (RAW 264.7). A PCR-based genotyping tool capable of discriminating between parental viruses allowed the detection of a viable chimeric virus (Rec MNV) among the progeny viruses. Genetic analysis confirmed the Rec MNV genome to be a chimera created by a homologous recombination event located at the overlap between the ORFs coding for the polymerase and the capsid proteins. In comparison with the parental viruses, Rec MNV showed distinct multiplication kinetics and produced significantly smaller plaques in cell culture. After per oral infections of immunocompetent Balb/c mice with 5.106 plaque forming units of parental viruses and Rec MNV, Rec MNV infected mice showed lower body weight losses at days 2 and 3 post-infection (2-3 dpi) compared to those infected with the parental viruses. Rec MNV was more rapidly cleared from faeces because, contrary to what was observed for the parental viruses, no detectable Rec MNV viruses were found at 3 dpi. Meanwhile, virus titres observed for Rec MNV in faeces and in different organs (small intestine, spleen, mesenteric lymph nodes, left lung) at 2-3 dpi did not differ much from those observed for the parental viruses. Also, the presence of detectable levels of viruses in all organs analysed suggest that, similarly to the parental viruses, Rec MNV can induce a systemic infection and disseminate beyond organs associated with the digestive tract.The study of NoVs implicated with suspected foodborne gastroenteritis outbreaks in Belgium over a 4-year period highlight the importance of NoVs for public health in our regions. NoVs circulating during this period exhibit great genetic variability due to point mutations and recombination events. The GII.4 2006 until then predominantly present across the globe was successfully displaced by the newly emerging GII.4 2010 variant. Similarly, GII.b recombinants previously considered as endemic on the European continent seem to have been substituted by the nascent recombinants GII.e in 2009 and GII.g in 2010. Among these recombinants, two novel recombinant combinations (GII.e/GII.3 and GII.g/GII.1) have been characterised. Our results also suggested that part of the viruses of the highly successful GII.4 lineage were in fact mosaics of former GII.4 NoVs suggesting recombination might play a role in the divergent evolution of GII.4 NoVs. The emergence of new GII.4 variants together with GII recombinants could explain the explosive increase in reported cases of gastroenteritis that was observed in 2008 and 2010.The high genetic diversity of NoVs plays a key role in the difficulty to implement efficient prophylactic and therapeutic measures. Consequently, the determination of NoVs predominantly involved in large and cost-effective gastroenteritis outbreaks will allow targeting the development of these procedures on the most prevalent strains. Moreover, taking into account that NoVs undergo point mutations and recombination, the availability of regularly updated vaccines will require the assessment of contemporaneously circulating strains.Through the use of the MNV model, the present work offers the first experimental evidence of NoV recombination after the co-inoculation in cell culture of two distinguishable MNV strains. The obtaining of a recombinant in permissive conditions without any pressure of selection suggests that the phenomenon is not rare. Nevertheless, different adaptations could be foreseen in order to use the model for the study of NoV recombination. Similarly to what was observed for recombinant HuNoVs in natural conditions, the localisation of the crossing-over at the ORF1-2 overlap with the identification of a stem-loop structure at the anti-genomic strand is in line with the recombination model proposed by Bull and collaborators (2007). This model proposes that the exchange of genetic material occurs during the switch of the polymerase from one genomic strand to the other during RNA negative strand transcription into positive strand RNA.The evaluation of the biological characteristics of Rec MNV in comparison to the parental viruses both in vitro and in vivo suggests that recombination can result in the creation of chimeric viruses whose properties differ from the parental ones. Its consequences could have a major impact on NoVs evolution like the creation of highly pathogenic viruses or viruses with broadened host ranges. Indeed, the adaptation of a virus in a novel host by point mutations could take years whereas recombination can quickly generate the required genetic combinations.This thesis allowed the implementation of an in vitro and in vivo NoV study model in our laboratory. The results obtained both in natural conditions for HuNoVs and in experimental conditions for MNVs indicate that recombination, along with point mutation, seem to be highly implicated in the evolution of NoVs. Thus, the understanding of these phenomena will be crucial if therapeutic and prophylactic measures are to be implemented for NoV infections.Les norovirus (NoVs) constituent une cause majeure de cas sporadiques et des épidémies de gastro-entérites chez les humains de tout âge. Ils sont responsables d’environ 90 % des épidémies de gastro-entérites non bactériennes dans les pays industrialisés. En Belgique, les NoVs représentent la première cause de gastro-entérite d’origine alimentaire avant Salmonella spp et Bacillus cereus. Les voies de transmission peuvent être multiples et les infections à NoV peuvent avoir des impacts majeurs sur la santé publique particulièrement dans les établissements de soin avec la présence de personnes plus vulnérables souffrant d’autres pathologies. Des NoVs génétiquement proches des NoVs humains ont été identifiés chez des animaux domestiques tels que porcs, veaux et chiens (Scipioni et al., 2008a). Par consequent, la détection des NoVs chez les animaux pose la question de l’existence d’une transmission zoonotique ou de réservoir animal.Les NoVs sont des virus très dynamiques et sont caractérisés par une très grande variabilité génétique expliquée par deux mécanismes majeurs : les mutations ponctuelles et la recombinaison. Ces forces évolutives offrent aux NoVs l’opportunité de créer continuellement de nouveaux virus. La connaissance de la biologie des NoVs et notamment de la recombinaison reste limitée par le manque de systèmes de culture et de modèles animaux. Ainsi, la découverte de NoVs infectant naturellement la souris a permis d’entrevoir de nouvelles perspectives dans la recherche sur les NoVs. Malgré la description d’un grand nombre des NoVs recombinants humains et animaux par des analyses phylogénétiques (Bull et al., 2007), il n’y a aucune donnée expérimentale de recombinaison après co-infection en culture cellulaire par des NoVs.Le but de ce travail était l’évaluation de l’importance et des conséquences de la recombinaison sur l’évolution des NoVs en conditions naturelles pour les NoVs humains et en conditions expérimentales dans le modèle murin. Les NoVs associés à des épisodes de gastro-entérites suspectées d’origine alimentaire rapportés à l’Institut Scientifique de Santé Publique entre décembre 2006 et décembre 2010 ont été analysés et caractérisés de façon systématique. Pour cela, nous avons établi une procédure de génotypage basé sur l’obtention de séquences partielles des gènes de la polymérase et de la capside suivie d’analyses phylogénétiques.Une deuxième partie était consacrée à la génération in vitro de NoV recombinants, après la mise au point d’un modèle murin. Des méthodes moléculaires permettant la différenciation entre deux virus parentaux ont été mises au point pour différentes régions du génome pour la mise en évidence de génomes hybrides parmi les virus issus de co-infections. De plus, les conséquences de la recombinaison ont été évaluées en comparant les propriétés biologiques du virus recombinant avec les virus parentaux in vitro et in vivo. Parmi toutes les épidémies suspectées d’origine alimentaire, les NoVs étaient impliqués dans 11,8 % des cas et responsables de 34,5 % des personnes malades. Les NoVs de génogroupe 2 (GII) prédominaient de façon importante (90,4 % de tous les épisodes) avec le GII génotype 4 (GII.4) détecté dans 16 des 28 épisodes typés (57,1 %). Les variants GII.4 2006b ont été identifiés à plusieurs reprises en co-circulation avec les variants 2007 et 2008 jusqu’en 2009 avant d’être remplacés par un nouveau variant GII.4 2010 l’année suivante. Ce même variant était l’unique génotype GII.4 circulant en 2010 et était impliqué dans 8 des 18 épisodes typés durant l’hiver 2009-2010. Les analyses phylogénétiques ont mis en évidence 5 types de NoVs recombinants impliqués dans 14 épisodes dont 4 nouveaux recombinants GII inter génotype et inter sub-génotype (GII.e/GII.3, GII.g/GII.1, GII.4 2006b/GII.4 2007 and GII.4 2010/GII.4 2010b) et un recombinant décrit précédemment (GII.e/GII.4 2007). Pour tous ces NoVs recombinants, le point de recombinaison était toujours situé à la jonction entre les gènes codant les protéines de la polymérase et de la capside.En utilisant le modèle du NoV murin (MNV), nous avons investigué la recombinaison entre deux souches sauvages de MNV co-infectant des cellules de la lignée hématopoïétique de la souris. Un outil de génotypage basé sur la PCR a permis la discrimination des virus parentaux autorisant la détection d’un virus chimérique viable (Rec MNV) parmi les virus de nouvelle génération. D’après l’analyse génétique, le génome du virus recombinant était une chimère issue d’un évènement de recombinaison homologue localisé à l’endroit de chevauchement des cadres de lecture ouverts codant les protéines de la polymérase et de la capside. En comparaison avec les virus parentaux, le Rec MNV avait des courbes de multiplication distinctes et produisait des plages de lyse significativement plus petites en culture de cellules. Après infection orale de souris Balb/c immunocompétentes avec 5.106 unités formant plages des virus parentaux et de Rec MNV, les souris infectées avec le Rec MNV avaient des pertes de poids moindres que celles infectées avec les virus parentaux à 2 et 3 jours après infection (2-3 dpi). Toutefois, les charges virales détectées dans les matières fécales et différents organes (intestin grêle, rate, ganglions mésentériques, poumon gauche) à 2 et 3 dpi pour Rec MNV ne différaient que peu par rapport à celles observées pour les virus parentaux. Aussi, les titres observés pour le Rec MNV suggéraient une capacité similaire aux souches parentales à induire une infection généralisée et à disséminer au-delà des organes associés au tube digestif.L’étude des NoVs impliqués dans les épisodes de gastro-entérites suspectées d’être d’origine alimentaire en Belgique entre décembre 2006 et décembre 2010 soulève l’importance de ce virus dans la santé publique humaine dans nos contrées. Les NoVs circulant durant cette période présentent une diversité génétique remarquable soit par des mutations ponctuelles ou grâce à des évènements de recombinaison. Le variant GII.4 2006, jusqu’à lors prédominant à travers le monde, a été remplacé avec succès par un variant nouvellement émergent GII.4 2010. De la même façon, les recombinants GII.b précédemment décrits comme étant endémique en Europe de l’Ouest semblent être remplacés par les recombinants GII.e en 2009 et GII.g en 2010. Parmi ces recombinants, deux types de recombinants auparavant inconnus (GII.e/GII.3 et GII.g/GII.1) ont été caractérisés. De plus, l’étude suggérait que, parmi les GII.4, certains seraient en fait des mosaïques de GII.4 ayant circulé auparavant et indiquait que la recombinaison pourrait contribuer à l’évolution divergente à la base du succès des NoVs GII.4. L’apparition de nouveaux sous-types GII.4 ainsi que de nouvelles souches GII recombinantes pourrait expliquer l’augmentation explosive des cas de gastro-entérites observée en 2008 puis en 2010. L’extrême diversité génétique des NoVs joue un rôle majeur dans la difficulté d’élaboration de traitements et d’outils prophylactiques tels que les vaccins. Par conséquent, la caractérisation des NoVs qui sont préférentiellement impliqués dans de larges et coûteux épisodes de gastro-entérite pourrait permettre de cibler la mise au point de ces procédures sur ces souches en particulier. De plus, compte tenu de l’évolution rapide des NoVs, un suivi continu des souches de NoV qui circulent de façon contemporaine dans la population humaine est indispensable afin d’adapter régulièrement les méthodes de diagnostic.Grâce au modèle du MNV, ce travail offre la première évidence expérimentale de la recombinaison chez les NoVs après la co-inoculation en culture cellulaire de deux souches de MNV distinguables. L’obtention d’un virus recombinant en conditions permissives et sans qu’aucune pression de sélection n’ait été appliquée suggère que le phénomène n’est pas rare. Cependant, différentes adaptations du système pourraient être envisagées afin qu’il puisse servir de modèle d’étude pour la recombinaison chez les NoVs. De façon similaire à ce qui a été observé pour les NoVs humains recombinants en conditions naturelles (Bull et al., 2005), la localisation du point de recombinaison à la jonction des ORF1-2 où une structure secondaire de type tige-boucle a été identifiée au niveau du brin anti-sense du génome rejoint le modèle de recombinaison proposé par Bull et collaborateurs (Bull et al., 2007). Ce modèle propose que l’échange de matériel génétique s’effectue lors du saut de la polymérase d’un brin génomique à l’autre lors la transcription du brin d’ARN négatif en ARN positif. L’évaluation in vitro et in vivo des caractéristiques biologiques du Rec MNV par rapport aux souches parentales suggère que la recombinaison peut aboutir à la création de virus chimériques dont les propriétés diffèrent des virus dont ils sont issus. Par conséquent, la recombinaison pourrait avoir des répercussions majeures sur l’évolution des NoVs tels que des changements de tropisme d’hôte. En effet, après le franchissement d’une barrière d’espèce, l’adaptation complète du virus à un nouvel hôte par des mutations ponctuelles peut nécessiter des années alors que la rapidité avec laquelle la recombinaison permet de créer de nouvelles combinaisons génétiques pourraient favoriser ce phénomène. Les résultats obtenus tant en conditions naturelles qu’expérimentales indiquent que la recombinaison constitue, au côté des mutations ponctuelles, une force majeure d’évolution des NoVs.Le travail présenté dans cette thèse a permis la mise au point d’un modèle d’étude des NoV in vitro et in vivo dans notre laboratoire. Les résultats obtenus dans des conditions naturelles et expérimentales pour les NoVs humains et les NoVs murins respectivement indiquent que la recombinaison joue un rôle majeur dans leur évolution. Il sera impératif de tenir compte de ce phénomène si un vaccin est mis au point pour lutter contre les infections à NoV
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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