1,721,052 research outputs found
Fig. 5 in Genetic, morphological and chemical investigations reveal the genetic origin of Pompia (C. medica tuberosa Risso & Poiteau) - An old endemic Sardinian citrus fruit
No full textFig. 5. PCA of the diversity revealed by 18 fruit, leaf and seed phenotypic characters among Pompia, citron, sour orange and lemon samples and the contribution of the characters to the dispersion on the 1, 2 and 3 axes. (For interpretation of the references to color in this figure legend, the reader is referred to the Web version of this article.)Published as part of <i>Luro, François, Viglietti, Grazia, Marchi, Elodie, Costantino, Gilles, Scarpa, Grazia Maria, Tomi, Felix, Paoli, Mathieu, Curk, Franck & Ollitrault, Patrick, 2019, Genetic, morphological and chemical investigations reveal the genetic origin of Pompia (C. medica tuberosa Risso & Poiteau) - An old endemic Sardinian citrus fruit, pp. 1-10 in Phytochemistry 168</i> on page 6, DOI: 10.1016/j.phytochem.2019.112083, <a href="http://zenodo.org/record/10483648">http://zenodo.org/record/10483648</a>
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Species complex organization and deciphering the interspecific mosaic genome structure of cultivated citrus
No full textLes études préexistantes identifient quatre taxons de base (C. reticulata les mandariniers, C. maxima les pamplemoussiers, C. medica les cédratiers et C. micrantha) à l'origine de l'ensemble des formes cultivées suite à des événements de réticulations. Il en résulte des structures génotypiques complexes, généralement fixées par l'apomixie, fortement hétérozygotes et formées d'une mosaïque de grands fragments chromosomiques d'origines phylogénétiques différentes. La structuration de la variabilité phénotypique suggère que la différenciation initiale des taxons ancestraux est à l'origine d'une part importante de la variabilité utile des agrumes. La connaissance de l'origine des formes cultivées et de leurs structures phylogénomiques est donc indispensable à la bonne gestion des collections et à l'optimisation des programmes d'amélioration génétique. A cette fin, cette thèse explore différentes approches d'analyse de la diversité des génomes. Elle a bénéficié de l'évolution rapide des NGS et propose une utilisation raisonnée des outils disponibles en fonction des questions de recherches. Une analyse plus poussée a été conduite sur les limettiers et citronniers. Le pyroséquençage 454 (Roche) d'amplicons a été utilisé pour décrypter la structure en mosaïque interspécifique du chromosome 2 de 50 variétés à partir d'une information haplotypique multiloci et pour identifier des marqueurs diagnostiques des taxons ancestraux. Ces marqueurs ont permis, en association avec des SSR et indels, d'apporter un nouvel éclairage sur l'origine des limettiers et citronniers, par un génotypage exhaustif des collections Inra/Cirad et Ivia. Enfin, les données de re-séquençage complet Illumina de sept variétés de limettiers et de citronniers comparées à celles de représentants des taxons ancestraux nous ont permis de reconstituer la structure interspécifique de leurs génomes et de schématiser leurs caryotypes phylogénomiques. Les différentes approches ont conduit à des conclusions convergentes. Nos résultats confirment les hypothèses concernant la séquence évolutive à l'origine des bigaradiers (C. aurantium), des orangers (C. sinensis) et des pomelos (C. paradisi) à partir des pools géniques de C. maxima et C. reticulata. Ils mettent en évidence de fréquentes introgressions de C. maxima dans le génome de mandariniers considérées comme représentatifs de C. reticulata. Les contributions relatives de ces deux taxons ancestraux aux génomes de nombreuses variétés de petits agrumes (mandariniers, tangors et tangelos) ont pu être estimées. Les limettiers et citronniers résultent de multiples évènements de réticulation et C. medica est identifié comme parent mâle de la majorité des variétés diploïdes. Deux grands groupes de citronniers, sont différenciés, ceux issus d'hybridations directes C. reticulata × C. medica et ceux impliquant trois taxons ancestraux (C. maxima, C. reticulata et C. medica). Le bigaradier serait le parent femelle à l'origine des citronniers type Lisbonne (C. limon). Les limettiers de type Mexicain (C. aurantifolia) seraient issus d'une hybridation directe C. micrantha × C. medica. Enfin, les limes à gros fruits, triploïdes, ont deux origines. Les types Tahiti résulteraient probablement de la fécondation d'un ovule de citronnier type Lisbonne par un gamète diploïde de limettier type Mexicain. L'autre grand type serait issu d'un backcross entre C. aurantifolia (gamète diploïde) et C. medica. Ces connaissances sur la structure génomique des espèces secondaires permettent d'envisager une reconstruction d'idéotypes à partir du germplasm des taxons ancestraux. Elles ouvrent également la voie à des études de génétique d'association s'appuyant sur la phylogénomique des gènes impliqués dans l'élaboration des caractères de qualité, de résistance et d'adaptation. Enfin, les marqueurs diagnostiques d'espèces développés trouveront de nombreuses applications pour la caractérisation des collections et diverses études de génétiques.Citrus fruit, the most important fruit crop in the world, show a wide phenotypic diversity. Previous studies (molecular markers) identified four ancestral taxa (Citrus reticulata Blanco, mandarins; C. maxima (Burm.) Merr., pummelos; C. medica L., citrons; C. micrantha Wester, papedas) as the ancestors of all cultivated Citrus after reticulate evolutions. As a result, modern citrus varieties have complex and highly heterozygous genotypic structures, generally fixed by apomixis, and formed by a mosaic of large chromosomal fragments of different phylogenetic origins. Furthermore, the structuration of the phenotypic variability suggests that the initial differentiation of the basic taxa is the main source of most of the variability of the useful citrus phenotypic diversity. A thorough knowledge of the origin of cultivated citrus and their phylogenomic structure are essential for the management of biological resources and breeding program optimization. This thesis explores different approaches for analyzing genome diversity in order to identify the phylogenetic origins of the various horticultural citrus groups and to decipher their phylogenomic genome's structures. We focused on limes and lemons. This thesis takes advantage of the rapid evolution of NGS and proposes a rational use of available tools, based on research questions. Roche 454 parallel sequencing of amplicons provides multi-loci haplotype information on 500 base fragments. It was used to decipher the interspecific mosaic structure of chromosome 2 for fifty varieties and to identify ancestral taxa diagnostic SNP markers. The genotyping of all limes and lemons of the Inra/Cirad and Ivia germplasms with these markers, in association with SSR and indel markers, allowed to propose new hypothesis on the origins of limes and lemons. Data from Illumina whole genome re-sequencing of 7 varieties of limes and lemons, compared to those of representatives of the ancestral taxa, allowed to infer the interspecific structure of their genomes and to map out, for the first time, their phylogenomic karyotypes. The different approaches led to similar conclusions. Our results confirm previous hypothesis about the evolutionary steps at the origin of sour orange (C. aurantium), sweet orange (C. sinensis) and grapefruit (C. paradisi) involving C. maxima and C. reticulata gene pools. They highlight frequent introgressions of C. maxima in the genome of mandarin varieties despite the fact they were considered as representative of C. reticulata. We were also able to quantify the relative proportions of these two ancestral taxa in the genome of many varieties of small citrus fruit (mandarin hybrids, tangors and tangelos). Our work on limes and lemons demonstrate that C. medica is the male parent of this varietal group at the diploid level. Two groups of lemons are clearly differentiated: one from direct hybridizations between C. reticulata and C. medica, and one from crosses between hybrids (C. maxima × C. reticulata) and C. medica. Sour orange seems to be the female parent of ‘Eureka' type lemons (C. limon). The ‘Mexican' limes (C. aurantifolia) seems to come from a direct hybridization C. micrantha × C. medica. Finally, triploid big fruit limes have two major origins. The ‘Tahiti' type probably results from an ‘Eureka' type lemon (C. limon) ovule fecundated by a diploid gamete of a ‘Mexican' type lime (C. aurantifolia), while the other type would come from a back-cross between C. aurantifolia (diploid gamete) and C. medica. This new insights in genomic structure of secondary species makes to consider possible a reconstruction of these ideotypes from ancestral taxa germplasm. They also open new ways for association genetic studies based on phylogenomics of genes involved in the development of quality, resistance and adaptation traits. Finally, developed specific taxa diagnostic markers will find many applications for the characterization of collections and further genetic studies
Organisation du complexe d'espèce et décryptage des structures des génomes en mosaïque interspécifiques chez les agrumes cultivés
Get PDFLes études préexistantes identifient quatre taxons de base (C. reticulata les mandariniers, C. maxima les pamplemoussiers, C. medica les cédratiers et C. micrantha) à l'origine de l'ensemble des formes cultivées suite à des événements de réticulations. Il en résulte des structures génotypiques complexes, généralement fixées par l'apomixie, fortement hétérozygotes et formées d'une mosaïque de grands fragments chromosomiques d'origines phylogénétiques différentes. La structuration de la variabilité phénotypique suggère que la différenciation initiale des taxons ancestraux est à l'origine d'une part importante de la variabilité utile des agrumes. La connaissance de l'origine des formes cultivées et de leurs structures phylogénomiques est donc indispensable à la bonne gestion des collections et à l'optimisation des programmes d'amélioration génétique. A cette fin, cette thèse explore différentes approches d'analyse de la diversité des génomes. Elle a bénéficié de l'évolution rapide des NGS et propose une utilisation raisonnée des outils disponibles en fonction des questions de recherches. Une analyse plus poussée a été conduite sur les limettiers et citronniers. Le pyroséquençage 454 (Roche) d'amplicons a été utilisé pour décrypter la structure en mosaïque interspécifique du chromosome 2 de 50 variétés à partir d'une information haplotypique multilocus et pour identifier des marqueurs SNP diagnostiques des taxons ancestraux. Ces marqueurs ont permis, en association avec des SSR et indels, d'apporter un nouvel éclairage sur l'origine des limettiers et citronniers, par un génotypage exhaustif des collectionsInra/Cirad et Ivia. Enfin, les données de reséquençage complet Illumina réalisé par le Consortium Citruseq/Citrusgenn de sept variétés de limettiers et de citronniers comparées à celles de représentants des taxons ancestraux nous ont permis de reconstituer la structure interspécifique de leurs génomes et de schématiser leurs caryotypes phylogénomiques. Les différentes approches ont conduit à des conclusions convergentes. Nos résultats confirment les hypothèses concernant la séquence évolutive à l'origine des bigaradiers (C. aurantium), des orangers (C. sinensis) et des pomelos (C. paradisi) à partir des pools géniques de C. maxima et C. reticulata. Ils mettent en évidence de fréquentes introgressions de C. maxima dans le génome de mandariniers considérées comme représentatifs de C. reticulata. Les contributions relatives de ces deux taxons ancestraux aux génomes de nombreuses variétés de petits agrumes (mandariniers, tangors et tangelos) ont pu être estimées. Les limettiers et citronniers résultent de multiples évènements de réticulation et C. medica est identifié comme parent mâle de la majorité des variétés diploïdes. Deux grands groupes de citronniers, sont différenciés, ceux issus d'hybridations directes C. reticulata × C. medica et ceux impliquant trois taxons ancestraux (C. maxima, C. reticulata et C. medica). Le bigaradier serait le parent femelle à l'origine des citronniers type Lisbonne (C. limon). Les limettiers de type Mexicain (C. aurantifolia) seraient issus d'une hybridation directe C. micrantha × C. medica. Enfin, les limes à gros fruits, triploïdes, ont deux origines. Les types Tahiti résulteraient probablement de la fécondation d'un ovule de citronnier type Lisbonne par un gamète diploïde de limettier type Mexicain. L'autre grand type serait issu d'un backcross entre C. aurantifolia (gamète diploïde) et C. medica. Ces connaissances sur la structure génomique des espèces secondaires permettent d'envisager une reconstruction d'idéotypes à partir du germplasm des taxons ancestraux. Elles ouvrent également la voie à des études de génétique d'association s'appuyant sur la phylogénomique des gènes impliqués dans l'élaboration des caractères de qualité, de résistance et d'adaptation. Enfin, les marqueurs diagnostiques d'espèces développés trouveront de nombreuses applications pour la caractérisation des collections et
- …
