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Prefazione [La fantasia del reale. Esopo e la favola]
No full textNella Prefazione al volume, i due curatori - Nicola Barbieri e Annamaria Contini - ricostruiscono le motivazioni all'origine della lettura della favola in chiave interdisciplinare, discutendo alcune teorie contemporanee e soffermandosi sulle valenze formative del racconto
Contini e i classici: Petrarca
No full textIl saggio indaga gli studi di Gianfranco Contini su Petrarca, individuando le costanti della sua riflessione sullo stile e sulla lingua del Canzoniere, in relazione con il Dante della Commedia e con gli sviluppi del linguaggio poetico italiano nei secoli successivi. Le difficoltà poste oggi dalla prospettiva storiografica di Contini non intaccano la profondità della sua lettura e l’ampiezza delle sue intuizioni.
This essay explores the studies on Petrarch of Gianfranco Contini, by identifying the constants of his reflections on the style and the language of the Canzoniere, in relation to Dante's Commedia and to the developments of the Italian poetic language in later centuries. The difficulties posed today by the historical perspective of Contini do not affect the depth of his interpretation and the extent of his insights
A semiautomated Nwat-MM-GBSA workflow for fast and accurate predictions of relative binding free energies
No full textDespite the development of high-throughput computational methods able to screen very large libraries in a short time, the reliable prediction of binding free energy can still be important in drug design.1,2 Although quite computationally expensive, molecular dynamics (MD), providing a statistically meaningful conformational ensemble for thermodynamic calculations, are within the most accurate tecqniques to predict interaction free energies of biomolecules. Among MD-based methods, one of the most popular is Molecular Mechanics Poisson−Boltzmann/Generalized Born Surface Area (MM-PB/GBSA).3
We recently reported on how the inclusion of a certain number of explicit waters (Nwat), chosen to be the closest to the ligand atoms, can improve the correlation between MM-PB and GBSA computed binding energy and experimental activities (Fig. 1).4
Fig. : Effect of the inclusion of explicit waters in the correlation of computed and experimental activities for a set of topoisomerase inhibitors
Here, we will present a semiautomated workflow to compute MM-GBSA relative binding energies starting from a set of complexes, either obtained through X-ray crystallography, homology modelling or docking simulations, by taking advantage of GPU calculations and with a minimal effort by the user.
We will also discuss specific examples of application on protein-ligand and protein-protein complexes.
REFERENCES
1. Durrant, J.D.; McCammon, J.A. Molecular dynamics simulations and drug discovery. BMC Biology 2011, 9:71
2. Zhao, H.; Caflish, A. Molecular dynamics in drug design. Eur. J. Med. Chem. 2014, doi:10.1016/j.ejmech.2014.08.004
3. Massova, I.; Kollman, P. Combined molecular mechanical and continuum solvent approach (MM-PBSA/GBSA) to predict ligand binding. Perspect. Drug Discov. 2000, 18 (1), 113-135
4. Maffucci, I.; Contini, A. Explicit Ligand Hydration Shells Improve the Correlation between
MM-PB/GBSA Binding Energies and Experimental Activities J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 2706-2717
Contini e i classici: Petrarca
No full textIl saggio indaga gli studi di Gianfranco Contini su Petrarca, individuando le costanti della sua riflessione sullo stile e sulla lingua del Canzoniere, in relazione con il Dante della Commedia e con gli sviluppi del linguaggio poetico italiano nei secoli successivi. Le difficoltà poste oggi dalla prospettiva storiografica di Contini non intaccano la profondità della sua lettura e l’ampiezza delle sue intuizioni.
This essay explores the studies on Petrarch of Gianfranco Contini, by identifying the constants of his reflections on the style and the language of the Canzoniere, in relation to Dante's Commedia and to the developments of the Italian poetic language in later centuries. The difficulties posed today by the historical perspective of Contini do not affect the depth of his interpretation and the extent of his insights
Uomini e lupi: la metafora nella favola esopica
No full textIl presente lavoro fa emergere una diversa immagine della favola, non più appiattita sugli astratti meccanismi di allegorizzazione a cui viene spesso ricondotta. A tal fine, si cerca di sospendere il rapporto favola-allegoria a favore di quello favola-metafora. La metafora di cui si parla qui non è una semplice figura retorica, ma uno strumento euristico-cognitivo in grado di istituire inedite connessioni tra domini dapprima separati. Rifacendosi alla concezione della metafora elaborata in particolare da Max Black e da Paul Ricœur, Annamaria Contini individua come nodo centrale della favola esopica quell’interazione tra un soggetto primario (il mondo degli uomini) e un soggetto secondario (il mondo degli animali) che è all’origine della “ridescrizione del mondo” operata da una rete di enunciati metaforici. Come la metafora ha il potere di mettere in relazione due ambiti usando il linguaggio direttamente appropriato all’uno come una lente per vedere l’altro, così anche la favola non si limita a parlare di una cosa attraverso un’altra (cioè degli uomini attraverso gli animali), ma riorganizza l’immagine complessiva di una certa realtà (ad esempio, i rapporti di forza che vigono all’interno della società), permettendoci di scorgere aspetti altrimenti opachi e confusi
Improving the reliability of MM-PBSA and MM-GBSA binding energy predictions by explicitly considering ligand solvation shells
No full textMolecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (MM-PBSA) and Molecular Mechanics Generalized Born Surface Area (MM-GBSA) are interesting techniques for drug design/discovery applications, but sometimes the correlation between predicted and experimental binding energies might result unsatisfactory.
Nowadays, a certain effort is focused on ameliorating the solvation term in MM-PB/GBSA calculations and some strategies were applied to obtain a better correlation between calculations and experiments.
Some authors reported that the predictivity of MM-PB/GBSA calculations might be improved by modulating the internal dielectric constant (εin).1 Unfortunately, a universal εin, suitable for all systems was not found and a thorough analysis of the binding pocket is needed to choose the proper value of εin.
MM-PB/GBSA binding energy predictions might also be improved by explicitly considering selected water molecules in the calculation, however this strategy is controversial.2-5
Herein, we report on how the explicit inclusion of variably populated ligand hydration shells might improve the correlation between MM-PB/GBSA computed binding energy and experimental activities.
DNA-topoisomerase, α-thrombin, penicillopepsin, avidin, and neuraminidase complexes with different ligands were considered as test sets, and ligand hydration shells populated by an increasing number of water molecules were systematically evaluated.
We found that the consideration of a hydration shell populated by a number of water residues (Nwat) between 30 and 70 provided in all the considered examples a positive effect on correlation between MM-PB/GBSA calculated binding affinities and experimental activities, with a negligible increment of computational cost.6
REFERENCES
1. Hou, T.; Wang, J.; Li, Y.; Wang, W., J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 69-82.
2. Wong, S.; Amaro, R. E.; McCammon, J. A., J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 422-429.
3. Hayes, J. M.; Skamnaki, V. T.; Archontis, G.; Lamprakis, C.; Sarrou, J.; Bischler, N.; Skaltsounis, A.-L.; Zographos, S. E.; Oikonomakos, N. G., Proteins 2011, 79, 703-19.
4. Freedman, H.; Huynh, L. P.; Le, L.; Cheatham, I. I. I. T. E.; Tuszynski, J. A.; Truong, T. N., J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2227-2237.
5. Checa, A.; Ortiz, A. R.; de Pascual-Teresa, B.; Gago, F., J. Med. Chem. 1997, 40 (25), 4136-45.
6. Maffucci, I.; Contini, A., J. Chem. Theory Comput. 2013, 9 (6), 2706-2717
Contini e il teatro religioso del Medioevo. Per la storia di un’antologia
No full textRipercorre la storia di un'originale antologia curata da Contini per il "Pantheon", relativa alle diverse manifestazioni del teatro nell'Europa medievale. Il saggio delinea i rapporti culturali tra personalità coinvolte da Contini nell'opera di traduzione (ad esempio, per l'inglese Stanislaus Joyce)
Religione, Cultura e Società
No full textL’ultimo ventennio, e l’ultimo “salto generazionale”, ha mostrato la crasi profonda tra le generazioni, l’una – la più recente – portatrice della cultura postmoderna, le altre impegnate nella contestazione al novum e in forte difficoltà rispetto alla capacità di assolvere alla funzione di agenzie di socializzazione primaria e (soprattutto) secondaria.
Questa difficoltà interessa non solo i singoli o gli adulti nel rapporto genitori /figli o educatori/educati, ma si manifesta in un rapporto assai conflittuale tra quelle istituzioni percepite come “rigide” e normativizzanti (assolutamente estranee alla cultura postmoderna) e le giovani generazioni.
Un esempio in questo senso è rappresentato, nel nostro Paese, dalla Chiesa Cattolica la quale sembra avere perso la capacità di influenza sulle coscienze, limitandosi a un ruolo di “presidio antropologico”, utile a segnare simbolicamente i rituali di passaggio, più per volere degli adulti che per convinzione dei giovani. La ricerca dell’Istituto Toniolo “Dio a modo mio” ha mostrato come, pur non essendo tramontata l’esigenza di sacro, pur rimanendo profondo il “senso” del sacro, sia in atto un processo di individualizzazione dell’esperienza religiosa che, rinunciando alla sua dimensione comunitaria, viene esperita – appunto – declinandosi al singolare.
In un contesto di questo genere, trova senso un ragionamento plurale sulla questione dell’educazione cattolica, che in Italia passa (non solo, ma anche) attraverso l’insegnamento della religione cattolica nelle scuole. Di fronte alla perdita di “forza centripeta” da parte delle parrocchie e dei presidi territoriali ecclesiali, mantiene ancora un forte appeal l’ora di religione a scuola, caricando dunque i docenti di un compito assai gravoso: quello di essere i nuovi (possibili) presidi della Chiesa sul territorio, i (possibili) volti di una “Chiesa in uscita”, secondo un ‘immagine spesso usata da Papa Francesco. I volti di una Chiesa che ha la possibilità di incontrare i giovani e i lontani sul loro terreno culturale, ma che potrà essere idonea al compito a condizione di conoscerne, accettarne e in certo modo amarne (alle volte soffrendone) la cultura, i linguaggi, gli stili. Occorre, a questo proposito essere capaci di vivere quella che Mons. Tonino Bello, compianto Vescovo di Molfetta, definiva “convivialità delle differenze”.
Si è soliti ragionare in termini di differenze osservando le macroquestioni, come il sesso, la provenienza geografica, le convinzioni politiche. Oggi sembra che la spaccatura tra generazioni richieda un nuovo patto, basato sull’impegno a riconoscere il giovane “in sè”, e non in quanto “adulto in divenire”: questo permetterà agli adulti e ai giovani di progettare il presente, e non di guardare l’universo giovanile come “il futuro della società”. Ritenere i giovani “il futuro”, vuol dire fare morire il loro presente. Occorre, oggi più che mai, ri-conoscere i giovani nel loro presente, diverso, strano, problematico, a tratti incomprensibile. E amarli, per “farci prossimi”, compagni di viaggio nel cammino della vita che, al di là delle apparenze, a tutti, a noi e a loro, incute timore.
Il volume raccoglie una pluralità di riflessioni da parte di accademici e docenti di Religione nelle scuole italiane che, ciascuna dalla propria prospettiva, tentano di spiegare questo volto della complessità
Metafora e conoscenza. Punti di vista filosofici
No full textIl saggio di Annamaria Contini dal titolo «Metafora e conoscenza. Punti di vista filosofici» è stato pubblicato in un volume collettaneo, a cura di Davide Astori, sul tema «La metafora e la sua traduzione». Il volume si articola in due sezioni: una prima teorica, che intende offrire uno status quaestionis sull’argomento attraverso i contributi di tre specialisti (dai differenti punti di vista del linguista, del filosofo e del neurolinguista), e una seconda, di carattere più esemplificativo, che presenta alcuni casi particolari, di natura più dimostrativo-applicativa. Il saggio di Annamaria Contini è collocato nella prima sezione e si prefigge di ricostruire alcune linee direttrici della riscoperta della metafora da parte della filosofia. Il saggio mostra infatti che l’interesse per la metafora da parte della filosofia si sviluppa, nella seconda metà del Novecento, a partire dalla crisi dell’epistemologia neopositivista e sulla scorta di un generale ripensamento della costellazione oggettività-verità. Le riflessioni sulla forza cognitiva della metafora svolte da Black e Goodman appaiono emblematiche: nonostante le diverse prospettive da cui muovono e i risultati non sempre sovrapponibili a cui giungono, sia Black che Goodman contribuiscono a un metaphorical revival che avrà importanti ricadute sulla tradizione della filosofia analitica. Ammettere la forza cognitiva del metaforico significa infatti contestare le dicotomie su cui il primo neopositivismo aveva costruito l’immagine di teoria scientifica: denotativo/connotativo, descrittivo/emozionale, razionalità/immaginazione, scienza/metafisica ecc
Introduzione
No full textin questo breve saggio introduttivo, ragionando sul tema della modernità, si è voluto contestualizzare l'intero lavoro e i numerosi saggi che lo compongono. Trattandosi di una raccolta di riflessioni circa la funzione dell'insegnamento della religione cattolica nelle scuole, si è elaborato un tentativo di proposta circa la vision e la mission di questa figura all'interno del composito panorama formativo
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