1,720,966 research outputs found
Zn transporters and their role in Zn homeostasis and tolerance mechanisms in the ectomycorrhizal fungus Suillus luteus.
No full textThe ectomycorrhizal fungus Suillus luteus is a pioneer species that associates mutualistically with the
roots of young pine trees. Zinc-tolerant ecotypes of this species have been isolated from zinc-polluted
sites. Due to the high degree of zinc toxicity on these sites, organisms are subjected to a high selection
pressure for adaptive zinc tolerance. Studies investigating adaptive zinc tolerance in S. luteus have
reported that this fungal symbiont is able to protect its host plant from zinc stress. This feature makes
the Suillus-Pinus association interesting for use in a phytostabilisation application for the remediation of
zinc-polluted soils. Yet, in order to optimize such an application, more knowledge on the zinc toleramce
mechanism and general zinc homeostasis in S. luteus is necessary. However, little is known about the
molecular mechanism(s) and the genetic basis of the zinc tolerance trait.
Since (1) zinc transporter are indispensable for maintaining Zn homeostasis in eukaryotes and (2)
previous studies on zinc tolerance in S. luteus have indicated that zinc exclusion (likely transportermediated) is of major importance in conferring zinc tolerance to zinc-tolerant isolates, zinc transporters
were inventoried in the S. luteus genome. Four CDF (Cation Diffusion Facilitator) and three ZIP (Zrt-, Irtlike Proteins) zinc transporters were identified in S. luteus. Phylogenetic analyses were performed to infer
functional predictions to the identified transporter proteins.
Two transporters of the ZIP family, SlZRT1 and SlZRT2, were further studied in chapter 2 and 3. Both
transporters were predicted to function as plasma membrane-located zinc importers. Heterologous
expression of SlZRT1 and SlZRT2 in a zinc-deficient yeast mutant confirmed these functional predictions.
SlZRT1, which almost completely restored the phenotype of the yeast mutant, has a higher affinity for
zinc than SlZRT2 and likely plays an important role in cellular zinc homeostasis in S. luteus. SlZRT2 on
the other hand, has a much lower affinity for zinc and only marginally improved the growth of the yeast
mutant. Subcellular localization of the SlZRT1::EFGP and SlZRT2::EGFP fusion proteins confirmed the
predicted plasma membrane localization of the proteins. SlZRT2::EGFP fluorescence, however, was also
observed in the membrane of the endoplasmatic reticulum. This could indicate a role for SlZRT2 in the
cellular redistribution of zinc, rather than zinc uptake. Since a transceptor function (i.e. a transporter that
also has a receptor function) is reported for the yeast transporters ScZRT1 and ScZRT2, this was also
investigated for the S. luteus ZRT homologues, SlZRT1 and SlZRT2. For neither proteins a receptor
function in addition to their transporter activity was observed.
Two CDF transporters, SlZnT1 en SlZnT2, were further studied in chapter 4. Phylogenetic analysis
revealed that the two transporters are most likely homologues of the Saccharomyces cerevisiae ScZRC1
vacuolar zinc importer. This function and localization were confirmed for SlZnT1 via heterologous
expression in yeast. However, we were not able to express functional SlZnT2 in yeast. Both SlZnT genes
are constitutively expressed in S. luteus and are not regulated by external Zn concentrations.
Furthermore, a labile Zn pool was detected in the vacuoles of S. luteus free-living mycelium. It is
therefore concluded that SlZnT1 is vital for maintenance of Zn homeostasis by transporting excess Zn
into the vacuole. The main findings of a candidate gene study to identify the adaptive zinc tolerance mechanism in S.
luteus are described in chapter 5. The expression of eigth genes (including SlZnT1, SlZnT2, and SlZRT1)
with various roles in metal homeostasis and detoxification was analysed in a selection of five zinc-tolerant
and five zinc-sensitive S. luteus isolates. SlZnT2 was identified in this initial screening as an interesting
candidate gene for further study.
SlZnT2 was subsequently studied in a larger sampling group consisting of thirthy S. luteus isolates with a
broad range in zinc tolerance. A clear correlation between constitutive SlZnT2 transcript levels and zinc
tolerance was observed in the thirty isolates (Pearson’s correlation r = 0.84; p < 0.0001). The expression
of SlZnT2 explains 72% of the variation observed in zinc tolerance. Differences in SlZnT2 promoter
sequences and gene copy numbers were observed among the isolates. These differences are suspected
to underly the variation observed in constitutive SlZnT2 expression in S. luteus. Despite the strong
correlation between SlZnT2 transcript levels and zinc tolerance, a functional characterization of SlZnT2 is
necessary in order to infer causation between the two variables.
Finally, in the last chapter, chapter 6, the major conclusions of this PhD project were summarized and
discussed and outlooks and remarks for future studies are given. In general, it is concluded that: (1) S.
luteus is a suitable ectomycorrhizal model organism, (2) that the knowledge on zinc homeostasis
mechanisms in S. luteus is relevant and extrapolable to other species (wich is supported by phylogenetic
analyses), (3) that the SlZnT2 gene, whose function and subcellular localization remain unclear, is likely
involved in conferring zinc tolerance to zinc tolerant S. luteus isolates.De ectomycorrhizaschimmel Suillus luteus is een pionierssoort die in symbiose samenleeft met de wortels
van jonge dennnen. Zinktolerante ecotypes van deze soort zijn teruggevonden op zinkverontreinigde
sites. De adaptieve zinktolerantie die geobserveerd wordt in deze ecotypes is het gevolg van een
verhoogde selectiedruk door metaaltoxiciteit. Studies hebben aangetoond dat deze schimmels hun
gastheerplanten kunnen beschermen tegen zinktoxiciteit. Het moleculaire mechanisme(n)
verantwoordelijk voor de zinktolerantie, evenals de geassocieerde genetische determinant(en), zijn
echter onbekend. Nochtans heeft de Suillus-Pinus associatie veel potentieel om gebruikt te worden in een
bioremediatietoepassing. Voor de ontwikkeling van zulke toepassing is echter meer kennis vereist, zowel
over het zinktolerantiemechanisme als over algemene zinkhuishouding in S. luteus.
Aangezien (1) zinktransporters een zeer belangrijke rol spelen bij de homeostase van zink en (2)
voorgaande studies hebben aangetoond dat zinktolerantie in S. luteus hoogstwaarschijnlijk berust op een
zinkexclusiemechanisme, mogelijks transporter-gemedieerd, werd er een inventarisatie van alle
zinktransporters in het genoom van S. luteus uitgevoerd. Vier CDF (Cation Diffusion Facilitator) en drie
ZIP (Zrt-, Irt- like Proteins) zinktransporters werden geïdentificeerd in S. luteus. Fylogenetische analyses
werden uitgevoerd om functionele voorspellingen over de desbetreffende transporters te bekomen.
In hoofdstuk 2 en 3 worden twee transporters van de ZIP familie verder bestudeerd, namelijk SlZRT1
en SlZRT2. Van beide transporters was voorspeld dat ze gelokaliseerd zijn op het plasmamembraan en
zink importeren in de cel. Functionele expressie van SlZRT1 en SlZRT2 in een zinkdeficiënte gistmutant
bevestigde deze voorspellingen. SlZRT1 heeft een hogere affiniteit voor zink dan SlZRT2, herstelt het
fenotype van de gistmutant bijna volledig, en speelt waarschijnlijk een zeer belangrijke rol in cellulaire
zinkhomeostase in S. luteus. SlZRT2 heeft een veel lagere affiniteit voor zink, vertoont weinig
zinkimportactiviteit en herstelt het fenotype van de gistmutant slechts minimaal. Lokalisatie van
SlZRT1::EFGP en SlZRT2::EGFP fusieproteïnen in gist bevestigde voor beide transporters een lokatie in
het plasma membraan. SlZRT2::EGFP fluorescentie werd daarnaast ook in het membraan van het
endoplasmatisch reticulum geobserveerd. Dit zou kunnen wijzen op een primaire rol voor dit proteïne in
de cellulaire redistributie van zink. Tenslotte werd in hoofdstuk 3 ook onderzocht of SlZRT1 en SlZRT2
kunnen fungeren als transceptors (transporters met ook een receptorfunctie), zoals is aangetoond voor
de gisthomologen ScZRT1 en ScZRT2. Noch voor SlZRT1, noch voor SlZRT2 kon een receptorfunctie
worden aangetoond.
In hoofdstuk 4 worden 2 transporters van de CDF familie, SlZnT1 en SlZnT2, verder onderzocht.
Fylogenetische analyse toonde aan dat beide transporters homologen zijn van de Saccharomyces
cerevisiae ScZRC1 vacuolaire Zn importer. Deze locatie en functie konden bevestigd worden voor SlZnT1.
Tot op heden blijven de functie en locatie van SlZnT2 echter onbekend. Vacuolaire opslag van Zn in S.
luteus werd aangetoond met behulp van de fluorescente merker voor vrij zink FluoZin3. Er werd besloten
dat SlZnT1 een belangrijk rol speelt in de detoxificatie van zink in S. luteus.
In hoofdstuk 5 werd het zinktolerantiemechanisme van zinktolerante S. luteus isolaten verder
onderzocht. De expressie van acht genen (waaronder SlZnT1, SlZnT2, en SlZRT1) met uiteenlopende
rollen in metaalhomeostase en detoxificatie werd gescreend in een selectie van zinktolerante en
zinksensitieve S. luteus stammen. Deze intiële screening duidde SlZnT2 aan als een interessant
kandidaatgen voor verdere studie naar het zinktolerantiemechanisme. SlZnT2 werd verder onderzocht in een grotere studiepopulatie bestaande uit dertig S. luteus isolaten met
een wijde spreiding in zinktolerantielevels. Er werd een duidelijke correlatie gevonden tussen SlZnT2
transcipt levels en zinktolerantie in S. luteus (Pearson’s correlatie r = 0.84; p < 0.0001). De expressie
van SlZnT2 kon 72% van de variatie in zinktolerantie verklaren. Verschillen in SlZnT2 promotersequentie
en genkopienummer werden vastgesteld. Deze observaties verklaren het verschil in constitutionele
SlZnT2 expressie in S. luteus. Om aan te tonen dat de duidelijke associatie tussen SlZnT2 expressie en
zinktolerantie ook een causaal verband heeft, is het echter nodig om SlZnT2 functioneel te
karakteriseren.
Ten slotte wordt er in het laatste hoofdstuk, hoofdstuk 6, een algemene samenvatting gegeven van de
belangrijkste bevindingen van de studies uitgevoerd in dit doctoraatsonderzoek. Deze bevindingen
worden bediscussieerd en een aantal toekomstperspectieven worden aangereikt. Algemene besluiten die
getrokken worden zijn: (1) S. luteus is een goed ectomycorrhizaschimmel modelorganisme, (2) op basis
van de fylogenetische analyses wordt verwacht dat de inzichten in de zinkhomeostasemechanismen van
S. luteus extrapoleerbaar zijn naar vele andere soorten ectomycorrhizaschimmels, en (3) dat het SlZnT2
gen, waarvan noch de functie, noch de subcellulaire lokatie van achterhaald kon worden, waarschijnlijk
verantwoordelijk is voor het zinktolerante fenotype van sommige S. luteus isolaten. Om deze hypothese
te kunnen aantonen is echter een functionele karakterisatie van het gen noodzakelijk.This work was financially supported by the Research Foundation Flanders (FWO project G079213N). LC holds a Flanders Innovation and Entrepreneurships PhD fellowship (IWT project 141461) and her
research visit at INRA Grand Est Nancy was funded by the Laboratory of Excellence Advanced Research on the Biology of Tree and Forest Ecosystems (ARBRE; grant ANR-11-LABX-0002-01). Part of the Chapter 2 computations were performed at the INRA Grand Est-Nancy Ecogenomics facilities. The Mycorrhizal Genomics Initiative is supported by the French National Institute for Agricultural Research (INRA), the US
Department of Energy (DOE) Joint Genome Institute (JGI; Office of Science of the US Department of Energy), the Region Lorraine Research Council and the European Commission (European Regional
Development Fund (ERDF))
Zn transporters and their role in Zn homeostasis and tolerance mechanisms in the ectomycorrhizal fungus Suillus luteus.
No full textThe ectomycorrhizal fungus Suillus luteus is a pioneer species that associates mutualistically with the
roots of young pine trees. Zinc-tolerant ecotypes of this species have been isolated from zinc-polluted
sites. Due to the high degree of zinc toxicity on these sites, organisms are subjected to a high selection
pressure for adaptive zinc tolerance. Studies investigating adaptive zinc tolerance in S. luteus have
reported that this fungal symbiont is able to protect its host plant from zinc stress. This feature makes
the Suillus-Pinus association interesting for use in a phytostabilisation application for the remediation of
zinc-polluted soils. Yet, in order to optimize such an application, more knowledge on the zinc toleramce
mechanism and general zinc homeostasis in S. luteus is necessary. However, little is known about the
molecular mechanism(s) and the genetic basis of the zinc tolerance trait.
Since (1) zinc transporter are indispensable for maintaining Zn homeostasis in eukaryotes and (2)
previous studies on zinc tolerance in S. luteus have indicated that zinc exclusion (likely transportermediated) is of major importance in conferring zinc tolerance to zinc-tolerant isolates, zinc transporters
were inventoried in the S. luteus genome. Four CDF (Cation Diffusion Facilitator) and three ZIP (Zrt-, Irtlike Proteins) zinc transporters were identified in S. luteus. Phylogenetic analyses were performed to infer
functional predictions to the identified transporter proteins.
Two transporters of the ZIP family, SlZRT1 and SlZRT2, were further studied in chapter 2 and 3. Both
transporters were predicted to function as plasma membrane-located zinc importers. Heterologous
expression of SlZRT1 and SlZRT2 in a zinc-deficient yeast mutant confirmed these functional predictions.
SlZRT1, which almost completely restored the phenotype of the yeast mutant, has a higher affinity for
zinc than SlZRT2 and likely plays an important role in cellular zinc homeostasis in S. luteus. SlZRT2 on
the other hand, has a much lower affinity for zinc and only marginally improved the growth of the yeast
mutant. Subcellular localization of the SlZRT1::EFGP and SlZRT2::EGFP fusion proteins confirmed the
predicted plasma membrane localization of the proteins. SlZRT2::EGFP fluorescence, however, was also
observed in the membrane of the endoplasmatic reticulum. This could indicate a role for SlZRT2 in the
cellular redistribution of zinc, rather than zinc uptake. Since a transceptor function (i.e. a transporter that
also has a receptor function) is reported for the yeast transporters ScZRT1 and ScZRT2, this was also
investigated for the S. luteus ZRT homologues, SlZRT1 and SlZRT2. For neither proteins a receptor
function in addition to their transporter activity was observed.
Two CDF transporters, SlZnT1 en SlZnT2, were further studied in chapter 4. Phylogenetic analysis
revealed that the two transporters are most likely homologues of the Saccharomyces cerevisiae ScZRC1
vacuolar zinc importer. This function and localization were confirmed for SlZnT1 via heterologous
expression in yeast. However, we were not able to express functional SlZnT2 in yeast. Both SlZnT genes
are constitutively expressed in S. luteus and are not regulated by external Zn concentrations.
Furthermore, a labile Zn pool was detected in the vacuoles of S. luteus free-living mycelium. It is
therefore concluded that SlZnT1 is vital for maintenance of Zn homeostasis by transporting excess Zn
into the vacuole. The main findings of a candidate gene study to identify the adaptive zinc tolerance mechanism in S.
luteus are described in chapter 5. The expression of eigth genes (including SlZnT1, SlZnT2, and SlZRT1)
with various roles in metal homeostasis and detoxification was analysed in a selection of five zinc-tolerant
and five zinc-sensitive S. luteus isolates. SlZnT2 was identified in this initial screening as an interesting
candidate gene for further study.
SlZnT2 was subsequently studied in a larger sampling group consisting of thirthy S. luteus isolates with a
broad range in zinc tolerance. A clear correlation between constitutive SlZnT2 transcript levels and zinc
tolerance was observed in the thirty isolates (Pearson’s correlation r = 0.84; p < 0.0001). The expression
of SlZnT2 explains 72% of the variation observed in zinc tolerance. Differences in SlZnT2 promoter
sequences and gene copy numbers were observed among the isolates. These differences are suspected
to underly the variation observed in constitutive SlZnT2 expression in S. luteus. Despite the strong
correlation between SlZnT2 transcript levels and zinc tolerance, a functional characterization of SlZnT2 is
necessary in order to infer causation between the two variables.
Finally, in the last chapter, chapter 6, the major conclusions of this PhD project were summarized and
discussed and outlooks and remarks for future studies are given. In general, it is concluded that: (1) S.
luteus is a suitable ectomycorrhizal model organism, (2) that the knowledge on zinc homeostasis
mechanisms in S. luteus is relevant and extrapolable to other species (wich is supported by phylogenetic
analyses), (3) that the SlZnT2 gene, whose function and subcellular localization remain unclear, is likely
involved in conferring zinc tolerance to zinc tolerant S. luteus isolates.De ectomycorrhizaschimmel Suillus luteus is een pionierssoort die in symbiose samenleeft met de wortels
van jonge dennnen. Zinktolerante ecotypes van deze soort zijn teruggevonden op zinkverontreinigde
sites. De adaptieve zinktolerantie die geobserveerd wordt in deze ecotypes is het gevolg van een
verhoogde selectiedruk door metaaltoxiciteit. Studies hebben aangetoond dat deze schimmels hun
gastheerplanten kunnen beschermen tegen zinktoxiciteit. Het moleculaire mechanisme(n)
verantwoordelijk voor de zinktolerantie, evenals de geassocieerde genetische determinant(en), zijn
echter onbekend. Nochtans heeft de Suillus-Pinus associatie veel potentieel om gebruikt te worden in een
bioremediatietoepassing. Voor de ontwikkeling van zulke toepassing is echter meer kennis vereist, zowel
over het zinktolerantiemechanisme als over algemene zinkhuishouding in S. luteus.
Aangezien (1) zinktransporters een zeer belangrijke rol spelen bij de homeostase van zink en (2)
voorgaande studies hebben aangetoond dat zinktolerantie in S. luteus hoogstwaarschijnlijk berust op een
zinkexclusiemechanisme, mogelijks transporter-gemedieerd, werd er een inventarisatie van alle
zinktransporters in het genoom van S. luteus uitgevoerd. Vier CDF (Cation Diffusion Facilitator) en drie
ZIP (Zrt-, Irt- like Proteins) zinktransporters werden geïdentificeerd in S. luteus. Fylogenetische analyses
werden uitgevoerd om functionele voorspellingen over de desbetreffende transporters te bekomen.
In hoofdstuk 2 en 3 worden twee transporters van de ZIP familie verder bestudeerd, namelijk SlZRT1
en SlZRT2. Van beide transporters was voorspeld dat ze gelokaliseerd zijn op het plasmamembraan en
zink importeren in de cel. Functionele expressie van SlZRT1 en SlZRT2 in een zinkdeficiënte gistmutant
bevestigde deze voorspellingen. SlZRT1 heeft een hogere affiniteit voor zink dan SlZRT2, herstelt het
fenotype van de gistmutant bijna volledig, en speelt waarschijnlijk een zeer belangrijke rol in cellulaire
zinkhomeostase in S. luteus. SlZRT2 heeft een veel lagere affiniteit voor zink, vertoont weinig
zinkimportactiviteit en herstelt het fenotype van de gistmutant slechts minimaal. Lokalisatie van
SlZRT1::EFGP en SlZRT2::EGFP fusieproteïnen in gist bevestigde voor beide transporters een lokatie in
het plasma membraan. SlZRT2::EGFP fluorescentie werd daarnaast ook in het membraan van het
endoplasmatisch reticulum geobserveerd. Dit zou kunnen wijzen op een primaire rol voor dit proteïne in
de cellulaire redistributie van zink. Tenslotte werd in hoofdstuk 3 ook onderzocht of SlZRT1 en SlZRT2
kunnen fungeren als transceptors (transporters met ook een receptorfunctie), zoals is aangetoond voor
de gisthomologen ScZRT1 en ScZRT2. Noch voor SlZRT1, noch voor SlZRT2 kon een receptorfunctie
worden aangetoond.
In hoofdstuk 4 worden 2 transporters van de CDF familie, SlZnT1 en SlZnT2, verder onderzocht.
Fylogenetische analyse toonde aan dat beide transporters homologen zijn van de Saccharomyces
cerevisiae ScZRC1 vacuolaire Zn importer. Deze locatie en functie konden bevestigd worden voor SlZnT1.
Tot op heden blijven de functie en locatie van SlZnT2 echter onbekend. Vacuolaire opslag van Zn in S.
luteus werd aangetoond met behulp van de fluorescente merker voor vrij zink FluoZin3. Er werd besloten
dat SlZnT1 een belangrijk rol speelt in de detoxificatie van zink in S. luteus.
In hoofdstuk 5 werd het zinktolerantiemechanisme van zinktolerante S. luteus isolaten verder
onderzocht. De expressie van acht genen (waaronder SlZnT1, SlZnT2, en SlZRT1) met uiteenlopende
rollen in metaalhomeostase en detoxificatie werd gescreend in een selectie van zinktolerante en
zinksensitieve S. luteus stammen. Deze intiële screening duidde SlZnT2 aan als een interessant
kandidaatgen voor verdere studie naar het zinktolerantiemechanisme. SlZnT2 werd verder onderzocht in een grotere studiepopulatie bestaande uit dertig S. luteus isolaten met
een wijde spreiding in zinktolerantielevels. Er werd een duidelijke correlatie gevonden tussen SlZnT2
transcipt levels en zinktolerantie in S. luteus (Pearson’s correlatie r = 0.84; p < 0.0001). De expressie
van SlZnT2 kon 72% van de variatie in zinktolerantie verklaren. Verschillen in SlZnT2 promotersequentie
en genkopienummer werden vastgesteld. Deze observaties verklaren het verschil in constitutionele
SlZnT2 expressie in S. luteus. Om aan te tonen dat de duidelijke associatie tussen SlZnT2 expressie en
zinktolerantie ook een causaal verband heeft, is het echter nodig om SlZnT2 functioneel te
karakteriseren.
Ten slotte wordt er in het laatste hoofdstuk, hoofdstuk 6, een algemene samenvatting gegeven van de
belangrijkste bevindingen van de studies uitgevoerd in dit doctoraatsonderzoek. Deze bevindingen
worden bediscussieerd en een aantal toekomstperspectieven worden aangereikt. Algemene besluiten die
getrokken worden zijn: (1) S. luteus is een goed ectomycorrhizaschimmel modelorganisme, (2) op basis
van de fylogenetische analyses wordt verwacht dat de inzichten in de zinkhomeostasemechanismen van
S. luteus extrapoleerbaar zijn naar vele andere soorten ectomycorrhizaschimmels, en (3) dat het SlZnT2
gen, waarvan noch de functie, noch de subcellulaire lokatie van achterhaald kon worden, waarschijnlijk
verantwoordelijk is voor het zinktolerante fenotype van sommige S. luteus isolaten. Om deze hypothese
te kunnen aantonen is echter een functionele karakterisatie van het gen noodzakelijk.This work was financially supported by the Research Foundation Flanders (FWO project G079213N). LC holds a Flanders Innovation and Entrepreneurships PhD fellowship (IWT project 141461) and her
research visit at INRA Grand Est Nancy was funded by the Laboratory of Excellence Advanced Research on the Biology of Tree and Forest Ecosystems (ARBRE; grant ANR-11-LABX-0002-01). Part of the Chapter 2 computations were performed at the INRA Grand Est-Nancy Ecogenomics facilities. The Mycorrhizal Genomics Initiative is supported by the French National Institute for Agricultural Research (INRA), the US
Department of Energy (DOE) Joint Genome Institute (JGI; Office of Science of the US Department of Energy), the Region Lorraine Research Council and the European Commission (European Regional
Development Fund (ERDF))
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Fungal heavy metal adaptation through single nucleotide polymorphisms and copy‐number variation
No full textHuman-altered environments can shape the evolution of organisms. Fungi are no exception, although little is known about how they withstand anthropogenic pollution. Here, we document adaptation in the mycorrhizal fungusSuillus luteusdriven by soil heavy metal contamination. Genome scans across individuals from recently polluted and nearby unpolluted soils in Belgium revealed low divergence across isolates and no evidence of population structure based on soil type. However, we detected single nucleotide polymorphism divergence and gene copy-number variation, with different genetic combinations potentially conferring the ability to persist in contaminated soils. Variants were shared across the population but found to be under selection in isolates exposed to pollution and located across the genome, including in genes involved in metal exclusion, storage, immobilization and reactive oxygen species detoxification. Together, our results point toS. luteusundergoing the initial steps of adaptive divergence and contribute to understanding the processes underlying local adaptation under strong environmental selection.Joint Genome Institute Community Science Program, Grant/Award Number: 502931; NSF, Grant/Award Number: DEB-1554181; Flanders Innovation & Entrepreneurships PhD fellowship, Grant/Award Number: 141461; Hawaii's Agricultural Experiment Station; Montana's Agricultural Experiment Station; Fonds Wetenschappelijk Onderzoek, Grant/Award Number: G079213NBranco, S (corresponding author), Univ Colorado Denver, Dept Integrat Biol, Denver, CO 80202 USA.
Bazzicalupo, AL (corresponding author), Univ British Columbia, Dept Zool, Vancouver, BC, Canada.
[email protected]; [email protected]
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
- …
