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Geni e molecole dell’immunità degli invertebrati. Struttura, funzioni, precursori evolutivi e trasferibilità nella ricerca applicata.
No full textOgni ambiente acquatico ospita una ricchissima biodiversità di microrganismi eucarioti, oltre che di microrganismi procarioti. Il successo evolutivo e adattativo di questi microrganismi risiede in misura determinante nella loro capacità di utilizzare differenti tipi di molecole, sia specificamente sintetizzate, sia di derivazione
secondaria da varie catene metaboliche, che ne presiedono le più basilari funzioni vitali quali la comunicazione chimica, il riconoscimento self/nonself, l'interazione
con l'ambiente e con prede/predatori, la difesa contro patogeni, il controllo dell'espansione demografica (proliferazione vegetativa), i fenomeni sessuali. Tra questi
microrganismi, forti ragioni pratiche e scientifiche indicano che i protozoi ciliati rappresentano un materiale sperimentale particolarmente eccellente per lo studio di biomolecole, come chiaramente specificato in vari libri di testo di protozoologia a partire dalla metà del secolo scorso e testimoniato dai Premi Nobel per la Medicina conferiti a Tom Cech (1989), Elisabeth Blackburn (2009) e Carol Greider (2009), che hanno tutti sviluppato le loro ricerche sui ciliati Tetrahymena e Euplotes. Le
principali ragioni pratiche risiedono prima di tutto nel fatto che i ciliati sono molto ricchi di specie - ne sono state descritte circa 10.000 specie sulla sola base morfologica - ubiquitariamente distribuite e facilmente isolabili da ogni habitat acquatico, nonché dal suolo. Ceppi selvatici rappresentativi di diverse specie possono poi essere facilmente adattati a moltiplicarsi (virtualmente all'infinito) in colture di laboratorio che possono essere ampliate (con costi molto ridotti) a dimensioni
praticamente illimitate. Infine l'organizzazione genetica dei ciliati è unica, in quanto il loro genoma trascrizionalmente attivo (contenuto nel nucleo somatico, o macronucleo) è formato da geni che non sono organizzati in cromosomi, ma in singole molecole di DNA sub-cromosomiche ciascuna replicata in migliaia di copie. Questa organizzazione quindi facilita enormemente l'identificazione e il clonaggio dei geni trascrizionalmente attivi. Per quanto riguarda le ragioni scientifiche, può essere qui sufficiente ricordare che i ciliati sono unanimemente riconosciuti come depositari della maggior parte delle fondamentali "invenzioni" eucariotiche, poichè insieme ai Dinozoa e agli Apicomplexa (che sono i loro parenti filogeneticamente più stretti) formano uno dei cladi (gli Alveolata) di organismi eucarioti che ha avuto maggior successo evolutivo all'origine della vita eucariotica. Pertanto, si può essere certi che le conclusioni tratte dall'analisi sperimentale di queste invenzioni - coesistenti in un unica matrice biologica direttamente esposta all'ambiente e quindi soggette a diretta pressione selettiva - sono pienamente applicabili agli organismi più complessi e difficili da esaminare.
Questa UR è centrata sullo studio di proteine segnale (feromoni) e metaboliti secondari dei ciliati: i feromoni in relazione alla loro attività nei meccanismi di riconoscimento cellulare self/nonself; i metaboliti secondari in prospettiva applicativa in campo farmacologico e medico. Varie attività di ricerca di questa UR
prevedono la collaborazione con le UR delle Università della Tuscia e di Trento, con cui già esiste una stretta e proficua collaborazione maturata in relazione a precedenti PRIN e testimoniata da lavori pubblicati e in pubblicazione in riviste di riconosciuto prestigio. Nei laboratori di queste tre UR sono già disponibili le necessarie risorse tecnologiche e strumentali, oltre che il necessario materiale di ricerca rappresentato da una vasta collezione di specie di ciliati, sia marine sia di acqua dolce, frutto di anni di campionamento e raccolta da una svariatissima gamma di aree geografiche (quelle estreme delle aree polari incluse).
Questo progetto si articola su 4 obiettivi principali: (1) determinazione di nuove strutture molecolari di feromoni di Euplotes in prospettiva evolutiva e adattativa; (2) espressione dei geni codificanti i feromoni di Euplotes e caratterizzazione dei recettori dei feromoni; (3) caratterizzazione chimica di nuovi metaboliti secondari; (4) potenzialità applicative del climacostolo come antitumorale, antiparassitario e antimicrobico
GENI ORTOLOGHI E PARALOGHI NEL MECCANISMO DI RICONOSCIMENTO SEL/NON-SELF DEI CILIATI
No full textIl riconoscimento self/non-self dei ciliati si manifesta in relazione al fenomeno sessuale della coniugazione ed è legato all’evoluzione dei mating type, due come i sessi di animali e piante in alcune specie, multipli con numero sia determinato che indeterminato in altre. Le specie di Euplotes sono esemplificative dei sistemi multipli di tipo “aperto”, con mating-type chimicamente distinti uno dall’altro da proteine-segnale diffusibili nell’ambiente, note come feromoni. Sulla base di analisi mendeliane dell’eredità dei mating-type, è stato per anni ritenuto che il locus genico del mating type (locus mat) fosse unico in tutte le specie di Euplotes. La caratterizzazione strutturale di alcuni feromoni purificati da tre ceppi interfecondi di E. crassus ci ha permesso di condurre una caratterizzazione strutturale anche dei geni che codificano questi feromoni nel genoma trascrizionalmente attivo (macronucleare) della cellula. E’ risultato che E. crassus (e verosimilmente le specie che gli sono strettamente correlate come E. minuta e E. vannus) contiene non uno, ma due distinti loci mat. Un locus, ortologo, appare essersi diversificato per evoluzione del locus mat di specie filogeneticamente distanti da E. crassus, come E. raikovi e E. nobilii; vi segregano geni determinanti i feromoni che sono mating-type specifici. L’altro locus, paralogo, appare invece essersi originato per duplicazione genica; vi segregano geni determinanti feromoni che non sono mating-type specifici. Ipotizziamo che questi feromoni strutturalmente identici tra mating type mutualmente compatibili siano in grado di interagire con i feromoni mating-type specifici e con i loro recettori di membrana, provocando un segnale “self” che previene l’appaiamento in coniugazione e scambio genico tra cellule di uno stesso mating-type
Ciliate Pheromones: Primordial Self-/Nonself-Recognition Signals
No full textAs is common among multicellular life forms, single-cell organisms also use pheromones to communicate among members of the same species. In protist ciliates, pheromones have been identified in functional association with mating systems. Consistent with this association, they have been regarded only as nonself-signals committed to eliciting a mating response of cells to which they bind in paracrine-like (heterologous) fashion. However, their spectrum of activity has revealed wider borders. It also includes a self-activity, which promotes the vegetative growth of the same cells from which pheromones are secreted and to which they continuously bind in autocrine fashion. This double self- and nonself-activity is made possible by the pheromones’ ability to compete with one another in cell-binding reactions. In the Euplotes species, which synthesizes pheromone families under the control of multiple series of alleles at a single locus, this ability is ensured by the relationships of the structural homology that link these molecules into species-specific globular, disulfide-rich protein families having a common three-helix fold
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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