1,720,973 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Plasmodiale Formiat-Nitrit-Transporter: Biophysikalische Charakterisierung und Entwicklung eines phänotypischen Wirkstoff-Screenings
Full text linkMalaria stellt mit über 200 Millionen Fällen im Jahr 2018 eine der schlimmsten Infektionskrankheiten weltweit dar. Von der Malaria tropica, ausgelöst durch Plasmodium falciparum, ist vor allem Afrika betroffen. Die vier anderen humanpathogenen Erreger – Plasmodium vivax, Plasmodium knowlesi, Plasmodium ovale und Plasmodium malariae – führen im Rest der Welt vermehrt zu Infektionen. Die Behandlung wird durch eine zunehmende Resistenzbildung immer schwieriger. Es ist deshalb wichtig weitere targets für die Behandlung zu erschließen. Seit den neunziger Jahren werden dazu Substanzbibliotheken an vielversprechenden targets getestet.
Die plasmodialen FNTs sind für den Abtransport des Stoffwechselendproduktes Laktat zuständig. Wird der FNT gehemmt, stirbt der Malariaerreger ab. Der FNT zeigt sich also als neues target durchaus erfolgsversprechend. Zu Beginn dieser Arbeit waren schon eine Leitstruktur sowie Analoga bekannt. Um das Repertoire zu erweitern und möglichst an einem anderen Teil des Proteins zu wirken, wurde in dieser Arbeit eine phänotypische Screening-Methode entwickelt, mit der viele Substanzen in kurzer Zeit auf ihre Hemmung des FNTs getestet werden können. Dieses Screening wurde dabei an der forcierten Resistenzmutante, G107S, für die bisherige Leitstruktur durchgeführt, um eine weitere Bindungsstelle zu identifizieren.
Mit dieser Methode wurde die TCAMS-Substanzbibliothek, bestehend aus knapp 13.000 Verbindungen, getestet. Im primären Screening waren zunächst 92 Substanzen als hits identifiziert worden. Nach Überprüfung in einem biophysikalischen Assay, welcher direkt die Aufnahme von radioaktiv markiertem Laktat messen kann, konnte keiner der hits bestätigt wer-den. Es konnte demnach unter den getesteten 13.000 Substanzen keine gefunden werden, welche den FNT besser hemmt als die bereits bekannte Kontrolle.
Des Weiteren wurden die FNT der humanpathogenen Plasmodien miteinander verglichen. Aufgrund ihrer hohen Aminosäuren-Sequenzanalogie lag die Vermutung nahe, dass diese Transporter ähnlich transportieren. Wichtiger, dass sie ähnlich gut gehemmt werden können. Es wurde dabei gezeigt, dass vor allem der FNT aus P. falciparum und der aus P. malariae in der Transportrate einen signifikanten Unterschied aufweisen. Bei den anderen Proteinen konnte dieser signifikante Unterschied nicht festgestellt werden. Bei der Hemmung bekannter Substanzen konnten Unterschiede im Hemmprofil der Transport-Proteine festgestellt werden
Pelargonium sidoides DC:Vermehrung mittels somatischer Embryogenese sowie Charakterisierung von biologisch aktiven Arabinogalaktan-Proteinen
Full text linkIm Rahmen dieser Arbeit wurden erstmalig Arabinogalaktan-Proteine (AGPs) in der Familie der Geraniaceae - speziell von der Art Pelargonium sidoides - nachgewiesen, isoliert und charakterisiert. Dabei dienten getrocknete und frische Wurzeln sowie etablierte Zellkulturen, die ein optimales Wachstum in MS-Medium mit 1 mg/l 2,4-Dichlorphenoxyessigsäure, 0,2 mg/l Kinetin und je 50 mg/l Ascorbin- und Citronensäure zeigten, als Ausgangsmaterial. Die Isolierung von reinem AGP aus dem Wurzelmaterial erwies sich als schwierig, da die Glykoproteine mit den in der Pelargonium-Wurzel vorkommenden Proanthocyanidinen und hydrolysierbaren Gerbstoffen sowie der Stärke vermutlich nicht-kovalente Interaktionen ausbildeten. Im Gegensatz dazu war die Isolierung von reinen AGPs sowohl aus Kalluskulturen als auch aus den Zellen und dem Kulturmedium von Suspensionskulturen erfolgreich. Im Rahmen ihrer Charakterisierung konnte der 10% große Proteinanteil mit einer für klassische AGPs annähernd typischen Aminosäurezusammensetzung mit hohen Mengen an Ala (12%), Ser (11%), Asx (11%) und Thr (8%), sowie relativ niedrigen Anteilen von Pro (3%) und Hyp (4%) detektiert werden. Den Hauptteil des AGPs macht das Polysaccharid aus, welches ein stark verzweigtes Arabinogalaktan (AG) des Typ-II darstellt. Dabei bildet eine β-1,3-glykosidisch verknüpfte Galaktosekette das Rückgrat des AGs, welches über 1,3,6-Galp-Verzweigungspunkte mit 1,6-Gal-Seitenketten verbunden ist, die ihrerseits 1,2- und 1,5-verknüpfte furanosidische Arabinosen tragen. Mit ca. 28% bilden die terminalen Arabinosen neben 6-7% terminaler Glukuronsäure und ca. 4% terminaler Galaktose die dominierenden Endgruppen des Moleküls. Neben diesen stark verzweigten Arabinogalaktaneinheiten, die unterschiedliche Größen aufweisen, lassen sich auch kleine Oligosaccharide aus Arabinose finden. Die Zucker sind vor allem über O-glykosidische Bindungen via Hyp und eventuell auch via Ser und Thr mit dem Proteinteil verknüpft und bilden ein 90 kDa großes AGP. Neben der analytischen Charakterisierung wurden verschiedene biologische Aktivitäten der AGPs sowohl auf den menschlichen Organismus als auch auf die pflanzlichen Gewebe und ihre Entwicklung getestet. Im Gegensatz zu AGPs aus Echinacea purpurea konnte keine signifikante Inhibition oder Aktivierung des humanen Komplementsystems über die drei verschiedenen möglichen Wege (klassisch, alternativ und Lektin-abhängig) durch aufgereinigtes Pelargonium-Zellkultur-AGP ermittelt werden. Anhand von Suspensionskulturen wurde nachgewiesen, dass die Blockade von AGPs durch Zugabe von Yariv-Reagenz zum programmierten Zelltod (PCD) der behandelten Zellen führt. In speziell angefertigten Nasenkolben zeigten mit β-Glc-Yariv-Reagenz behandelte Zellkulturen von P. sidoides nicht nur eine konzentrations- und zeitabhängige Wachstumsinhibition, sondern auch die typischen morphologischen Veränderungen von Zellen, die dem PCD unterliegen, wie z.B. das Schrumpfen des Zytoplasmas. Des Weiteren konnte erfolgreich die beim PCD mittels Endonukleasen entstehenden DNA-Bruchstücke isoliert, gelelektrophoretisch aufgetrennt und als DNA-Ladder detektiert werden. Daneben wurde der Einfluss der AGPs auf die somatische Embryogenese bzw. in der Induktion der Embryonen an dem erstmals für P. sidoides etablierten Vermehrungsverfahren nachgewiesen
In planta studies on the biosynthesis of pyrrolizidine alkaloids and the involvement of copper-containing amine oxidases
Full text linkMany plants especially from the families of Asteraceae, Boraginaceae, Heliotropiaceae, Fabaceae and Orchidaceae produce pyrrolizidine alkaloids (PAs) that are often toxic to fend off herbivores. Till this work only the first step of PA biosynthesis was elucidated. The entry-step of the PA biosynthesis is performed by an enzyme called homospermidinesynthase (HSS) which transfers an aminobutyl moiety of spermidine onto putrescine and creates the symmetric triamine, homospermidine. This enzyme, resulting from a duplication of the gene encoding the enzyme deoxyhypusine synthase (DHS) was shown to have developed several times independently.
Using common comfrey (Symphytum officinale, Boraginaceae) as a model, different aspects of PA biosynthesis have been studied. It was shown that PA biosynthesis, though constitutive, is dynamic with respect to its regulation. A second site of PA biosynthesis was identified in planta within leaves subtending the reproductive parts (inflorescence) of the plants.
Furthermore the work showed that this variability is also found on the intraspecific and intraindividual level by analyzing PA distribution and amounts in common comfrey. This result was validated also in another model system the Indian heliotrope (Heliotropium indicum, Heliotropiaceae) in respect to the variability of PA levels. This variability of PA levels was mirrored by the expression levels of HSS, an observation that was also valid for a copper-containing amine oxidase (CuAO). This CuAO was regarded as a candidate for a further step in PA biosynthesis, i.e. the oxidation of homospermidine.
The sequence of the CuAO candidate was used to design virus-induced gene silencing (VIGS) experiments to knock down the candidate CuAO. Successful knock-downs showed reduced PA levels confirming the hypothesis of this CuAO is involved in PA biosynthesis. Chemical elucidation of the homospermidine transformation by the candidate CuAO resulted in the identification of a double oxidized and already double cyclized PA precursor. This result was further validated by tracer-feeding experiments to further support the involvement of the candidate CuAO, now named homospermidine oxidase in PA biosynthesi
Die Zellwände und Arabinogalaktan-Proteine von streptophytischen Algen, Moosen und Farnen im Kontext der Evolution
Full text linkWhile much is known about the cell walls of seed plants, there is a significant gap in the knowledge on the cell walls of streptophyte algae and spore-producing land plants. To expand this knowledge, the cell walls of several streptophyte algae, bryophytes and ferns were isolated and characterized in this work. Analytical investigations revealed that the main polysaccharide classes of the cell walls of seed plants were also present in the cell walls of the species investigated, although there were differences in quantity and structure within the subclasses. In addition to polysaccharides, cell wall glycoproteins, especially arabinogalactan-proteins (AGPs), are also part of the cell wall. The search for these AGPs in the cell walls of the Charales members demonstrated that only the galactan core structure of pyranosidic 1,3-, 1,6- and 1,3,6-galactose (Galp) known from seed plant AGPs was found, but not the connection of the carbohydrate and the protein part via hydroxyproline. Furthermore, the branched galactans were characterized by a unique feature: high amounts of the unusual monosaccharide 3-O-methyl Gal. In all investigated land plant species, AGPs were present. Within the bryophytes, a hornwort AGP was isolated for the first time and revealed an unusual 1,3,4-Galp branching point. Furthermore, terminal furanosidic arabinose (t-Araf) residues dominated and were accompanied by low amounts of pyranosidic t-Ara and 1,3-Araf. The AGP of the eusporangiate fern Psilotum exhibited mainly 1,3-linked Araf and both t-Ara residues, but these in an equal ratio and thus resembled the AGP isolated from a lycophyte. In contrast, all leptosporangiate ferns were characterized by 1,2-linked Araf and t-Araf. All AGPs of the analysed species had in common that they contained end groups with rhamnose (Rha) and/or the unusual 3-O-methylated Rha, which is not part of angiosperm cell walls
Arzneimittelresistenz-assoziierte, protozoische Membranproteine: Untersuchungen zur Struktur und Inhibitorfindung des plasmodialen Chloroquin-Resistenz-Transporters sowie zum Pentamidin-Aufnahmemechanismus über das trypanosomale Aquaglyceroporin 2
Full text linkDie Kontrolle der vektorübertragenen Krankheiten Malaria und humanen afrikanischen Trypanosomiasis hängt von der Wirksamkeit der verfügbaren Chemotherapeutika ab. Zwei membranständige Transportproteine der protozoischen Erreger Plasmodium falciparum und Trypanosoma brucei werden mit Arzneistoffresistenzen in Verbindung gebracht. Insbesondere die Verwendung von Chloroquin als kosteneffizienten antiplasmodialen Arzneistoff mit umfangreicher klinischer Erfahrung ist dadurch eingeschränkt. Der plasmodiale Chloroquin-Resistenz-Transporter (PfCRT) ist eine potenzielle pharmakologische Zielstruktur. Ein Ziel dieser Arbeit war die rekombinante Produktion und Reinigung, um korrekt gefaltetes, reines Protein in großen Mengen einer Strukturaufklärung zugänglich zu machen. Basierend auf einem Ribosomenextrakt aus Escherichia coli wurde der Wildtyp PfCRT-3D7 in einem zellfreien System produziert und mittels Affinitäts- und Größenausschlusschromatographie gereinigt. Durchschnittlich wurden 1,5 mg Protein pro ml des zellfreien Reaktionsansatzes hergestellt. Die Qualität wurde mit Hilfe eines C-terminal fusionierten grün fluoreszierenden Proteins (GFP) als Faltungsindikator und mittles Transmissionselektronenmikroskopie (TEM) bewertet. SDS-resistente Oligomere und TEM-Bilder von in Brij® 78 solubilisiertem PfCRT indizierten eine Dimerisierung, welche für eine zukünftige Strukturaufklärung mittels Kryo-EM von Vorteil sein könnte. Ein weiteres Ziel war die Etablierung eines target-basierten Assays zur Inhibitorfindung, wozu PfCRT-3D7 in Saccharomyces cerevisiae exprimiert wurde. Ein Chloroquin-Influx über PfCRT-3D7 in das Hefezytosol manifestierte sich in einer Wachstumsbeeinträchtigung. Diese wurde in einem turbidimetrischen Assay in einem 100-well-Plattenformat überwacht. In der Malaria-Box (Medicines for Malaria Venture) wurde kein Inhibitor von PfCRT-3D7 gefunden, der das durch 10 mM Chloroquin gestörte Wachstum regenerieren konnte. Die Expression der mit einer Resistenz assoziierten Variante PfCRT-Dd2 mit acht Mutationen führte zu einer stärken Wachstumsbeeinträchtigung. Dieses Ergebnis ist konsistent mit der Hypothese, dass ein mutierter PfCRT die Hauptdeterminante für die Chloroquinresistenz ist. In T. brucei wird der Mechanismus der Aufnahme des antitrypanosomalen Arzneistoffs Pentamidin über das Aquaglyceroporin 2 (TbAQP2) kontrovers dikutiert. In diesem Zusammenhang verwendeten einige Studien Ionophore. Diese Arbeit zeigt einen inhibitorischen Effekt von CCCP und Gramicidin auf die Funktion von TbAQP2 und TbAQP3 bei Verwendung eines neutralen Soluts bei neutralem pH-Wert. Dies verdeutlicht die Bedeutung geeigneter Kontrollen beim Einsatz von Ionophoren. Des Weiteren sollte der Aufnahmemechanismus mit einem biotin-gekoppelten Pentamidinderivats untersucht werden. Wie Pentamidin verhielt sich dieses als nanomolarer Inhibitor der Glycerolpermeabilität von TbAQP2, welche durch Lichtstreumessungen von osmotisch empfindlichen S. cerevisiae ermittelt wurde. Die Viabilität von Trypanosomen wurde nicht beeinträchtigt. Eine unspezifische Bindung an die Trypanosomenoberfläche behinderte die mikroskopische Überprüfung der vorgeschlagenen rezeptorvermittelten Endozytose.The control of the vector-borne diseases malaria and human African trypanosomiasis depends on the effectiveness of available chemotherapeutic agents. Two membrane transport proteins of the protozoan pathogens Plasmodium falciparum and Trypanosoma brucei are associated with drug resistance. In particular, the use of chloroquine as a cost-effective anti-plasmodial drug with extensive clinical experience is limited by resistance. Hereof, the plasmodial chloroquine resistance transporter (PfCRT) is a potential drug target. We aimed at a recombinant production and purification to provide properly folded, pure protein in large quantities amenable to structural elucidation. Based on an Escherichia coli ribosome extract, wild type PfCRT-3D7 was produced using a cell-free system and purified by affinity and size exclusion chromatography. An average of 1.5 mg of protein per ml of the cell-free reaction mixture was produced. Quality was assessed by using C-terminally fused green fluorescent protein (GFP) as a folding indicator and by transmission electron microscopy (TEM). SDS-resistant oligomers and TEM images of PfCRT solubilized in Brij® 78 indicated dimerization, which may promote future structural elucidation by cryo-EM. Furthermore, we aimed at establishing a target-based assay for inhibitor discovery by expressing PfCRT-3D7 in Saccharomyces cerevisiae. Chloroquine influx via PfCRT-3D7 into the yeast cytosol manifested in a growth impairment. This was monitored by a turbidimetric assay in a 100-well plate format. Within the malaria box (Medicines for Malaria Venture), we found no inhibitor of PfCRT-3D7 that was able to regenerate the impaired yeast growth in the presence of 10 mM chloroquine. The more severe growth impairment by expression of PfCRT-Dd2 carrying eight mutations is consistent with the hypothesis that a mutant PfCRT is the main determinant for chloroquine resistance. In T. brucei, the uptake mechanism of the antitrypanosomal drug pentamidine via the aquaglyceroporin isoform 2 (TbAQP2) is controversially dicussed. In this context, some studies based their findings on ionophore dependent effects. This work demonstrates an inhibitory effect of CCCP and gramicidin on the function of TbAQP2 and TbAQP3 upon using a neutral solute at neutral pH. This emphasizes the relevance of appropriate controls in the experimental employment of ionophores. Furthermore, we aimed at exploring the uptake mechanism od pentamidine using a biotin-coupled derivative. Like pentamidine, the derivative was a nanomolar inhibitor of the glycerol permeability of TbAQP2, which was determined by light scattering measurements of osmotically sensitive S. cerevisiae. In contrast, the viability of trypanosomes was not affected. Nonspecific binding to the trypanosome surface hindered a microscopic examination of the proposed uptake via receptor-mediated endocytosis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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