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Histopathologie virtuelle de la maladie d’Alzheimer
No full textAlzheimer’s disease is the most frequent dementia among the elderly, as it affects more than 30 million people worldwide. Its pathological pathway involves the aggregation of two abnormal proteins: amyloid-β into amyloid-β plaques and phosphorylated tau into neurofibrillary tangles. Two hypotheses describe Alzheimer’s pathology: the amyloid cascade and the metal dysregulation. Its diagnosis is difficult; a few in vivo techniques but it is only confirmed at death, upon the analysis of microscope slides: this is histology. In this thesis, the brain samples were not sliced; instead, they were imaged in 3D and studied digitally: this is virtual histology. To do so, we used x-ray phase-contrast tomography. Following an introduction to Alzheimer’s Disease and x-ray phase-contrast tomography, four studies from the thesis are reported in the manuscript. The first study focused on white-matter-tracts. We proved that their signal in our images comes from myelin, and we studied lesions from 3 pathological models. In the second study, we performed 3D measurements on amyloid-β plaques in the brains of transgenic mice with free open-source software. The third study revealed that the amyloid-β plaques are detected in our images because of the metals they entrap. In the (ongoing) fourth study, we built a cohort of patients with cerebral amyloid angiopathy: amyloid deposits are found in the blood vessels, that we could study by virtual histology. Through this work, we highlighted the contribution of x-ray phase-contrast tomography to the (pre-)clinical study of Alzheimer’s disease. We also developed specific tools and processing pipeline for the analysis of these data.La maladie d’Azheimer est la maladie neurodégénérative la plus fréquente chez les per-sonnes âgées. Dans sa progression, 2 protéines anormales s’agrègent : l’amyloïde-β en plaques amyloïdes, et la protéine tau phosphorylée en dégénérescences neurofibrillaires. Deux hypothèses décrivent la progression de la maladie : la cascade amyloïde et la déré-gulation des métaux. Son diagnostic est difficile ; des techniques in vivo existent mais la confirmation se fait au décès du patient, à partir de lames de microscope : c’est l’histologie. Dans cette thèse, les échantillons de cerveau sont imagés en 3D et étudiés numériquement : c’est l’histologie virtuelle. Pour cela, nous utilisons la tomographie par contraste de phase des rayons X. Après l’introduction à la maladie d’Alzheimer et à la tomographie X, quatre études sont rapportées. La première étude s’intéresse aux faisceaux de matière blanche. Nous avons démontré que leur signal dans nos images provient de la myéline, et étudié les lésions dans 3 modèles pathologiques. Dans la deuxième étude, nous avons mesuré en 3D les plaques amyloïdes dans des souris transgéniques grâce à des outils libres. La troisième étude nous a appris que nous voyons les plaques grâce aux métaux qu’elles accumulent. Dans la dernière étude (en cours), nous avons constitué une cohorte de patients atteints d’angiopathie cérébrale amyloïde : l’amyloïde se retrouve dans les vaisseaux sanguins, que nous étudions par histologie virtuelle. Sur l’ensemble de ces travaux, nous avons montré le potentiel (pré-)clinique de la tomogra-phie à contraste de phase des rayons X dans l’étude de la maladie d’Alzheimer. Nous avons développé des outils spécifiques au traitement de ces données, qui pourront servir à la communauté
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Histopathologie virtuelle de la maladie d’Alzheimer
No full textAlzheimer’s disease is the most frequent dementia among the elderly, as it affects more than 30 million people worldwide. Its pathological pathway involves the aggregation of two abnormal proteins: amyloid-β into amyloid-β plaques and phosphorylated tau into neurofibrillary tangles. Two hypotheses describe Alzheimer’s pathology: the amyloid cascade and the metal dysregulation. Its diagnosis is difficult; a few in vivo techniques but it is only confirmed at death, upon the analysis of microscope slides: this is histology. In this thesis, the brain samples were not sliced; instead, they were imaged in 3D and studied digitally: this is virtual histology. To do so, we used x-ray phase-contrast tomography. Following an introduction to Alzheimer’s Disease and x-ray phase-contrast tomography, four studies from the thesis are reported in the manuscript. The first study focused on white-matter-tracts. We proved that their signal in our images comes from myelin, and we studied lesions from 3 pathological models. In the second study, we performed 3D measurements on amyloid-β plaques in the brains of transgenic mice with free open-source software. The third study revealed that the amyloid-β plaques are detected in our images because of the metals they entrap. In the (ongoing) fourth study, we built a cohort of patients with cerebral amyloid angiopathy: amyloid deposits are found in the blood vessels, that we could study by virtual histology. Through this work, we highlighted the contribution of x-ray phase-contrast tomography to the (pre-)clinical study of Alzheimer’s disease. We also developed specific tools and processing pipeline for the analysis of these data.La maladie d’Azheimer est la maladie neurodégénérative la plus fréquente chez les per-sonnes âgées. Dans sa progression, 2 protéines anormales s’agrègent : l’amyloïde-β en plaques amyloïdes, et la protéine tau phosphorylée en dégénérescences neurofibrillaires. Deux hypothèses décrivent la progression de la maladie : la cascade amyloïde et la déré-gulation des métaux. Son diagnostic est difficile ; des techniques in vivo existent mais la confirmation se fait au décès du patient, à partir de lames de microscope : c’est l’histologie. Dans cette thèse, les échantillons de cerveau sont imagés en 3D et étudiés numériquement : c’est l’histologie virtuelle. Pour cela, nous utilisons la tomographie par contraste de phase des rayons X. Après l’introduction à la maladie d’Alzheimer et à la tomographie X, quatre études sont rapportées. La première étude s’intéresse aux faisceaux de matière blanche. Nous avons démontré que leur signal dans nos images provient de la myéline, et étudié les lésions dans 3 modèles pathologiques. Dans la deuxième étude, nous avons mesuré en 3D les plaques amyloïdes dans des souris transgéniques grâce à des outils libres. La troisième étude nous a appris que nous voyons les plaques grâce aux métaux qu’elles accumulent. Dans la dernière étude (en cours), nous avons constitué une cohorte de patients atteints d’angiopathie cérébrale amyloïde : l’amyloïde se retrouve dans les vaisseaux sanguins, que nous étudions par histologie virtuelle. Sur l’ensemble de ces travaux, nous avons montré le potentiel (pré-)clinique de la tomogra-phie à contraste de phase des rayons X dans l’étude de la maladie d’Alzheimer. Nous avons développé des outils spécifiques au traitement de ces données, qui pourront servir à la communauté
Histopathologie virtuelle de la maladie d’Alzheimer
No full textAlzheimer’s disease is the most frequent dementia among the elderly, as it affects more than 30 million people worldwide. Its pathological pathway involves the aggregation of two abnormal proteins: amyloid-β into amyloid-β plaques and phosphorylated tau into neurofibrillary tangles. Two hypotheses describe Alzheimer’s pathology: the amyloid cascade and the metal dysregulation. Its diagnosis is difficult; a few in vivo techniques but it is only confirmed at death, upon the analysis of microscope slides: this is histology. In this thesis, the brain samples were not sliced; instead, they were imaged in 3D and studied digitally: this is virtual histology. To do so, we used x-ray phase-contrast tomography. Following an introduction to Alzheimer’s Disease and x-ray phase-contrast tomography, four studies from the thesis are reported in the manuscript. The first study focused on white-matter-tracts. We proved that their signal in our images comes from myelin, and we studied lesions from 3 pathological models. In the second study, we performed 3D measurements on amyloid-β plaques in the brains of transgenic mice with free open-source software. The third study revealed that the amyloid-β plaques are detected in our images because of the metals they entrap. In the (ongoing) fourth study, we built a cohort of patients with cerebral amyloid angiopathy: amyloid deposits are found in the blood vessels, that we could study by virtual histology. Through this work, we highlighted the contribution of x-ray phase-contrast tomography to the (pre-)clinical study of Alzheimer’s disease. We also developed specific tools and processing pipeline for the analysis of these data.La maladie d’Azheimer est la maladie neurodégénérative la plus fréquente chez les per-sonnes âgées. Dans sa progression, 2 protéines anormales s’agrègent : l’amyloïde-β en plaques amyloïdes, et la protéine tau phosphorylée en dégénérescences neurofibrillaires. Deux hypothèses décrivent la progression de la maladie : la cascade amyloïde et la déré-gulation des métaux. Son diagnostic est difficile ; des techniques in vivo existent mais la confirmation se fait au décès du patient, à partir de lames de microscope : c’est l’histologie. Dans cette thèse, les échantillons de cerveau sont imagés en 3D et étudiés numériquement : c’est l’histologie virtuelle. Pour cela, nous utilisons la tomographie par contraste de phase des rayons X. Après l’introduction à la maladie d’Alzheimer et à la tomographie X, quatre études sont rapportées. La première étude s’intéresse aux faisceaux de matière blanche. Nous avons démontré que leur signal dans nos images provient de la myéline, et étudié les lésions dans 3 modèles pathologiques. Dans la deuxième étude, nous avons mesuré en 3D les plaques amyloïdes dans des souris transgéniques grâce à des outils libres. La troisième étude nous a appris que nous voyons les plaques grâce aux métaux qu’elles accumulent. Dans la dernière étude (en cours), nous avons constitué une cohorte de patients atteints d’angiopathie cérébrale amyloïde : l’amyloïde se retrouve dans les vaisseaux sanguins, que nous étudions par histologie virtuelle. Sur l’ensemble de ces travaux, nous avons montré le potentiel (pré-)clinique de la tomogra-phie à contraste de phase des rayons X dans l’étude de la maladie d’Alzheimer. Nous avons développé des outils spécifiques au traitement de ces données, qui pourront servir à la communauté
Virtual histopathology of Alzheimer's disease
No full textLa maladie d’Azheimer est la maladie neurodégénérative la plus fréquente chez les per-sonnes âgées. Dans sa progression, 2 protéines anormales s’agrègent : l’amyloïde-β en plaques amyloïdes, et la protéine tau phosphorylée en dégénérescences neurofibrillaires. Deux hypothèses décrivent la progression de la maladie : la cascade amyloïde et la déré-gulation des métaux. Son diagnostic est difficile ; des techniques in vivo existent mais la confirmation se fait au décès du patient, à partir de lames de microscope : c’est l’histologie. Dans cette thèse, les échantillons de cerveau sont imagés en 3D et étudiés numériquement : c’est l’histologie virtuelle. Pour cela, nous utilisons la tomographie par contraste de phase des rayons X. Après l’introduction à la maladie d’Alzheimer et à la tomographie X, quatre études sont rapportées. La première étude s’intéresse aux faisceaux de matière blanche. Nous avons démontré que leur signal dans nos images provient de la myéline, et étudié les lésions dans 3 modèles pathologiques. Dans la deuxième étude, nous avons mesuré en 3D les plaques amyloïdes dans des souris transgéniques grâce à des outils libres. La troisième étude nous a appris que nous voyons les plaques grâce aux métaux qu’elles accumulent. Dans la dernière étude (en cours), nous avons constitué une cohorte de patients atteints d’angiopathie cérébrale amyloïde : l’amyloïde se retrouve dans les vaisseaux sanguins, que nous étudions par histologie virtuelle. Sur l’ensemble de ces travaux, nous avons montré le potentiel (pré-)clinique de la tomogra-phie à contraste de phase des rayons X dans l’étude de la maladie d’Alzheimer. Nous avons développé des outils spécifiques au traitement de ces données, qui pourront servir à la communauté.Alzheimer’s disease is the most frequent dementia among the elderly, as it affects more than 30 million people worldwide. Its pathological pathway involves the aggregation of two abnormal proteins: amyloid-β into amyloid-β plaques and phosphorylated tau into neurofibrillary tangles. Two hypotheses describe Alzheimer’s pathology: the amyloid cascade and the metal dysregulation. Its diagnosis is difficult; a few in vivo techniques but it is only confirmed at death, upon the analysis of microscope slides: this is histology. In this thesis, the brain samples were not sliced; instead, they were imaged in 3D and studied digitally: this is virtual histology. To do so, we used x-ray phase-contrast tomography. Following an introduction to Alzheimer’s Disease and x-ray phase-contrast tomography, four studies from the thesis are reported in the manuscript. The first study focused on white-matter-tracts. We proved that their signal in our images comes from myelin, and we studied lesions from 3 pathological models. In the second study, we performed 3D measurements on amyloid-β plaques in the brains of transgenic mice with free open-source software. The third study revealed that the amyloid-β plaques are detected in our images because of the metals they entrap. In the (ongoing) fourth study, we built a cohort of patients with cerebral amyloid angiopathy: amyloid deposits are found in the blood vessels, that we could study by virtual histology. Through this work, we highlighted the contribution of x-ray phase-contrast tomography to the (pre-)clinical study of Alzheimer’s disease. We also developed specific tools and processing pipeline for the analysis of these data
Histopathologie virtuelle de la maladie d’Alzheimer
No full textAlzheimer’s disease is the most frequent dementia among the elderly, as it affects more than 30 million people worldwide. Its pathological pathway involves the aggregation of two abnormal proteins: amyloid-β into amyloid-β plaques and phosphorylated tau into neurofibrillary tangles. Two hypotheses describe Alzheimer’s pathology: the amyloid cascade and the metal dysregulation. Its diagnosis is difficult; a few in vivo techniques but it is only confirmed at death, upon the analysis of microscope slides: this is histology. In this thesis, the brain samples were not sliced; instead, they were imaged in 3D and studied digitally: this is virtual histology. To do so, we used x-ray phase-contrast tomography. Following an introduction to Alzheimer’s Disease and x-ray phase-contrast tomography, four studies from the thesis are reported in the manuscript. The first study focused on white-matter-tracts. We proved that their signal in our images comes from myelin, and we studied lesions from 3 pathological models. In the second study, we performed 3D measurements on amyloid-β plaques in the brains of transgenic mice with free open-source software. The third study revealed that the amyloid-β plaques are detected in our images because of the metals they entrap. In the (ongoing) fourth study, we built a cohort of patients with cerebral amyloid angiopathy: amyloid deposits are found in the blood vessels, that we could study by virtual histology. Through this work, we highlighted the contribution of x-ray phase-contrast tomography to the (pre-)clinical study of Alzheimer’s disease. We also developed specific tools and processing pipeline for the analysis of these data.La maladie d’Azheimer est la maladie neurodégénérative la plus fréquente chez les per-sonnes âgées. Dans sa progression, 2 protéines anormales s’agrègent : l’amyloïde-β en plaques amyloïdes, et la protéine tau phosphorylée en dégénérescences neurofibrillaires. Deux hypothèses décrivent la progression de la maladie : la cascade amyloïde et la déré-gulation des métaux. Son diagnostic est difficile ; des techniques in vivo existent mais la confirmation se fait au décès du patient, à partir de lames de microscope : c’est l’histologie. Dans cette thèse, les échantillons de cerveau sont imagés en 3D et étudiés numériquement : c’est l’histologie virtuelle. Pour cela, nous utilisons la tomographie par contraste de phase des rayons X. Après l’introduction à la maladie d’Alzheimer et à la tomographie X, quatre études sont rapportées. La première étude s’intéresse aux faisceaux de matière blanche. Nous avons démontré que leur signal dans nos images provient de la myéline, et étudié les lésions dans 3 modèles pathologiques. Dans la deuxième étude, nous avons mesuré en 3D les plaques amyloïdes dans des souris transgéniques grâce à des outils libres. La troisième étude nous a appris que nous voyons les plaques grâce aux métaux qu’elles accumulent. Dans la dernière étude (en cours), nous avons constitué une cohorte de patients atteints d’angiopathie cérébrale amyloïde : l’amyloïde se retrouve dans les vaisseaux sanguins, que nous étudions par histologie virtuelle. Sur l’ensemble de ces travaux, nous avons montré le potentiel (pré-)clinique de la tomogra-phie à contraste de phase des rayons X dans l’étude de la maladie d’Alzheimer. Nous avons développé des outils spécifiques au traitement de ces données, qui pourront servir à la communauté
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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