1,721,038 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Evolution of self-incompatibility : modelization of the conditions for maintenance and diversification in finite populations
No full textL'auto-incompatibilité est un mécanisme génétique très répandu chez les Angiospermes. Elle permet aux plantes hermaphrodites d'éviter l'autofécondation et les croisements entre individus apparentés par un mécanisme de reconnaissance et de rejet du pollen par le pistil, lorsque ceux-ci expriment la même spécificité. Ces spécificités dépendent des allèles au locus d'auto-incompatibilité (le locus S) qui est composé de deux gènes strictement liés, l'un s'exprimant dans le pollen, l'autre dans le pistil. Dans le cadre de cette thèse, je me suis intéressée au maintien et à l'évolution de l'auto-incompatibilité, que j'ai étudiés par une approche de modélisation. La première partie de ma thèse traite de l'évolution conjointe de l'auto-incompatibilité et de la dépression de consanguinité, et s'attache notamment à étudier les conditions permettant le maintien de l'auto-incompatibilité. Cette étude est basée sur des simulations en population finie. Nos résultats montrent que le maintien de l'auto-incompatibilité est associé à une forte dépression de consanguinité, et qu'il est facilité par un taux élevé d'auto-pollinisation. La seconde partie traite des conditions permettant l'évolution de nouveaux allèles d'auto-incompatibilité (allèles S), ce que nous avons étudié d'une part analytiquement en population infinie, et d'autre part par des simulations en population finie. Nos résultats montrent que les conditions permettant la diversification au locus S sont beaucoup moins stringentes en population finie, et que le processus de diversification est d'autant plus rapide qu'il y a peu d'allèles S présents dans la population.Self-incompatibility is a widespread genetic system, which enables hermaphrodite plants to avoid self-fertilization and mating with close relatives. It is based on the pistil's capacity to recognize and reject pollen when they express cognate specificities. Specificities are encoded by alleles at the self-incompatibility gene complex (known as the S-locus), composed of two linked genes, one expressed in pollen and the other expressed in pistils. During my PhD, I studied the maintenance and evolution of self-incompatibility from a theoretical standpoint, using a modeling approach. The first part of my thesis examined the co-evolution of self-incompatibility and inbreeding depression in finite populations, focusing on the conditions for maintenance of self-incompatibility when self-compatible mutants were repeatedly introduced in the population by recurring mutations. Our results showed that the maintenance of self-incompatibility is associated with high inbreeding depression, and is facilitated by high rates of self-pollination. The second part of my thesis explored the conditions for evolution of novel self-incompatibility alleles (S alleles), which we have studied both analytically in infinite populations and in finite populations via computer simulations. Our results showed that the conditions for diversification at the S locus are much less stringent in finite than in infinite populations, and that there is more diversification at this locus when few S alleles are present in the population
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
Origine et trajectoire évolutive des gènes de microARN chez les espèces d'Arabidopsis
No full textComprendre les origines des nouveautés génomiques est une question centrale en biologie évolutive. Les différences dans la régulation de l'expression des gènes sont une cause importante de la variabilité phénotypique, et les microARNs (miARNs) sont apparus comme des régulateurs essentiels de l'expression des gènes dans les génomes végétaux et animaux. Les miARNs régulent négativement l'expression des gènes au niveau post-transcriptionnel en interagissant avec les cibles ARN messager. Si certains miARNs sont profondément conservés, beaucoup semblent être spécifiques à une espèce, ce qui soulève la question de savoir comment ils émergent et s'intègrent dans les réseaux de régulation cellulaire. Cependant, nous ne comprenons toujours pas bien les origines évolutives des nouveaux gènes de miARN et les processus par lesquels ils se spécialisent progressivement sur le plan fonctionnel. Dans le cadre de mon projet de doctorat, je me suis concentrée sur deux espèces étroitement apparentées du genre Arabidopsis, A. halleri et A. lyrata, qui ont divergé il y a environ un million d'années. Dans le premier chapitre, j'ai utilisé un grand nombre de données de séquençage de petits ARNs pour réaliser une annotation détaillée des gènes de miARN dans les génomes d'A. halleri et d'A. lyrata. J'ai étudié l'état de conservation de ces gènes de miARN parmi quatre-vingt-cinq espèces de plantes afin de caractériser le processus par lequel les gènes de miARN nouvellement apparus acquièrent progressivement les propriétés des gènes de miARN "canoniques" au cours de l'évolution (en termes de caractéristiques du précurseur en épingle à cheveux, de niveau de polymorphisme dans les populations naturelles, de chargement dans les protéines Argonaute et de nombre de gènes cibles). Dans l'ensemble, mes résultats suggèrent un processus rapide de naissance et de mort du répertoire des miARNs, par lequel des "proto" gènes de miARN apparaissent régulièrement avec peu ou pas de contraintes fonctionnelles, et dont seul un petit nombre sera maintenu au fil du temps et finalement intégré dans des processus biologiques "centraux". Dans le deuxième chapitre, j'ai émis l'hypothèse que les miARNs spécifiques à une espèce étant apparus récemment, ils pourraient avoir conservé une trace de leur origine mutationnelle. Pour tester cette idée, j'ai évalué la contribution relative de plusieurs sources proposées de gènes de miARN (autres gènes de miARN, gènes codant pour des protéines, éléments transposables, ADN intergénique non-codant) en comparant leurs séquences génomiques aux bases de données de ces progéniteurs évolutifs supposés. Dans l'ensemble, cette thèse fournit une image détaillée de la micro- et de la macro-évolution des gènes de miARN dans le genre Arabidopsis. Les résultats qu'elle contient montrent que le réseau de régulation constitué par les gènes de miARN et leurs gènes cibles peut être rapidement remanié ou rester stable sur de longues périodes d'évolution. Ils donnent un aperçu de la signification évolutive de la fluidité du répertoire des gènes de miARN dans les génomes végétaux.Understanding the origins of genomic novelties is a central question in evolutionary biology. Differences in the regulation of gene expression are an important cause of phenotypic variability, and microRNAs (miRNAs) have emerged as pivotal regulators of gene expression in plant and animal genomes. miRNAs negatively regulate gene expression at the post-transcriptional level by interacting with messenger RNA targets. While some miRNAs are deeply conserved, many appear to be species-specific, raising the question of how they emerge and integrate into cellular regulatory networks. However, we still lack a proper understanding of the evolutionary origins of new miRNA genes and of the processes by which they progressively become functionally specialized. In my PhD project, I focused on two closely related species of the plant genus Arabidopsis, A. halleri and A. lyrata that diverged about one million years ago. In the first chapter, I used a large set of small RNA sequencing (sRNA-seq) data, to perform a detailed annotation of miRNA genes in the A. halleri and A. lyrata genomes. I investigated the conservation status of these miRNA genes among eighty five plant species to characterize the process by which newly emerged miRNA genes progressively acquire the properties of “canonical” miRNA genes over the course of evolution (in terms of features of the hairpin precursor, level of polymorphism in natural populations, loading into Argonaute proteins and number of target genes). Overall, my results suggest a rapid birth-and-death process of the miRNA repertoire, whereby “proto” miRNA genes appear steadily with little to no functional constraint, only a small number of which will be maintained over time and eventually integrated into "core" biological processes. In the second chapter, I reasoned that since species-specific miRNAs have emerged recently, they may have retained a record of their mutational origin. To test this idea, I evaluated the relative contribution of several proposed sources of miRNA genes (other miRNA genes, protein-coding genes, transposable elements, non-coding intergenic DNA) by comparing their genomic sequences to databases of these putative evolutionary progenitors. Overall, this thesis provides a detailed picture of the micro- and macro-evolution of miRNA genes in the Arabidopsis genus. The results it contains show that the regulatory network constituted by miRNA genes and their target genes can be either rapidly rewired or remain stable over extended evolutionary times. They provide insight into the evolutionary significance of the fluidity of the repertoire of miRNA genes in plant genomes
Mechanisms and evolutionary consequences of dominance at the self-incompatibility locus in Arabidopsis
No full textLa dominance entre allèles S chez les Brassicaceae est contrôlée par un ensemble de petits ARNs non codants et de leurs séquences cibles. Les relations de dominance qu'ils établissent ont un ensemble de conséquences sur l'accumulation du polymorphisme au locus S lui-même mais également dans les régions immédiatement liées. L'idée du projet a été d'étudier 1) les critères d'appariement selon lesquels les petits ARNs non-codants provoquent le silencing transcriptionnel, 2) la diversité des petits ARNs, de leurs précurseurs et de leurs cibles en populations naturelles afin de déterminer si les contraintes fonctionnelles qu'ils subissent s'apparentent à celles qui pèsent en général sur les miRNAs et enfin 3) la diversité des séquences flanquantes, afin de déterminer d'une part l'ampleur du pic de polymorphisme attendu en raison de la sélection balancée et d'autre part si on peut détecter un fardeau de mutations délétères spécifique à chaque allèle le long de la hiérarchie de dominance.The dominance between S-alleles in the Brassicaceae is controlled by a set of small non-coding RNAs and their cognate targets. These dominance relationships have important consequences on the polymorphism accumulated at the S-locus itself but also at the flanking regions. The aim of the project was to study 1) the base-pairing criteria by which the small non-coding RNAs transcriptionally silence their target gene, 2) the diversity of these small RNAs, of their precursors and targets in natural populations in order to determine if the selective constraint they undergo is similar to what we know for other miRNAs genes in the genome, and finally, 3) the diversity of the flanking regions, to determine the size of the predicted peak of polymorphism peak caused by balancing selection, test whether genes in these regions show evidence of the predicted sheltered load and whether polymorphisms at these genes are specifically associated with S-alleles
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