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Vorkommen und Bedeutung von Mutationen im NT5C2-Gen in der rezidivierten T-ALL des Erwachsenen
Full text linkIntroduction: Relapse specific focal mutations in the cytosolic 5’-nucleo- tidase II gene (NT5C2) were shown to be associated with chemoresistance to purine analogues (e.g. 6-mercaptopurine) in childhood acute lymph- oblastic leukemia (ALL), in 10% of B-precursor ALL and 19% of T-ALL. Patients with acquired mutations in NT5C2, on average, relapse early typically during the phase of maintenance therapy, where 6-mercaptopurine is assumed to have a predominant role in treatment. Relapse specific mutations occur, if ever, only low frequent at diagnosis supporting the specific association of NT5C2 mutations with relapsed disease. Hotspot mutations (non-synonymous) in NT5C2 were determined in exon 9 (R238W) and exon 13 (R367Q). To date, no data are available in terms of activating NT5C2 mutations in relapsed adult T-ALL.
Methods: We investigated DNA of bone marrow specimens from 60 adult patients (18–81 years of age) with relapsed/refractory T-ALL after being treated within the German Multicenter ALL Study Group (GMALL) study protocols and who subsequently received Nelarabine as salvage treatment. Matched samples of diagnosis and relapse were analysed. Sanger Sequencing of exon 9, 13 and 15 and amplicon-based targeted next generation sequencing (NGS) of all exonic regions in NT5C2 was performed (Illumina MiSeq) to screen for NT5C2 mutations. Furthermore analysis of the most common hotspot mutations in exon 9 (R238W) and 13 (R367Q) were done using allele-specific PCR in an extended cohort of 255 relapsed adult T-ALL. Positive controls, har- boring R238W and R367Q mutations, were used to analyse the reliability and sensitivity of the NGS and allele-specific PCR for NT5C2 mutation identification.
Results: Expected hotspot variants R238W and R367Q in NT5C2 were detected by NGS in serial dilutions of the positive controls up to a sensitiv- ity of 2%. No NT5C2 mutations were identified with Sanger Sequencing in the matched diagnostic and relapse samples of 60 adult T-ALL patients. NGS has found 1 relapse sample being positive for R367Q. Allele-specific PCR identified 4 sample being positive for R367Q in the extended panel of 255 relapse T-ALL samples.
Discussion: In contrast to childhood T-ALL, relapse-specific NT5C2 mutations are rare in adults, indicating potential differences in biological pathways between both groups. Resistance to 6- mercaptopurine may not be a crucial factor contributing to relapse in adult T-ALL, and NT5C2 mu- tational events during treatment in adult T-ALL seemingly do not drive the progression of T-ALL from primary disease to relapse
Die Bedeutung von Vitamin B6-Defizienzen für ätiologisch ungeklärte Epilepsien des frühen Kindesalters
Full text linkVitamin B6-abhängige Epilepsien weisen ein breites phänotypisches Spektrum mit zahlreichen atypischen Merkmalen auf, sodass die klinische Diagnose eine Herausforderung darstellt. Um die Häufigkeit dieser Erkrankungen bei Patienten mit ungeklärten, frühkindlichen Epilepsien zu ermitteln und das phänotypische Spektrum genauer zu beschreiben, wurde in dieser Studie eine Kohorte von 113 Patienten
auf pathogene Mutationen in den Genen ALDH7A1 und PNPO gescreent. Ein Patient mit einem Dravet-ähnlichen Phänotyp wurde als compound-heterozygot für zwei pathogene Mutationen im ALDH7A1-Gen identifiziert. Unsere Daten lassen daher vermuten, dass PDE in bis zu 1% der Fälle unter ungeklärten Epilepsien beginnend im ersten Lebensjahr vorkommt. Ein partielles Ansprechen auf antiepileptische Medikamente, eine normale Entwicklung bis zum dritten Lebensjahr und anfallsfreie Intervalle ohne Pyridoxintherapie sowie eine besondere Empfindlichkeit für das Auftreten von Anfällen bei Fieber und Infekten auch nach dem 6. Lebensjahr können definitierte Epilepsie-Phänotypen wie das Dravet-Syndrom imitieren.
Die PNPO-Defizienz scheint in Fällen von ungeklärten frühkindlichen Epilepsien sehr selten zu sein, was auf die im Vergleich zu PDE niedrigere Prävalenz und den schwereren Phänotyp zurückzuführen ist. Das Fallbeispiel eines 3½-jährigen Patienten mit einem klassischen Phänotyp zeigt, dass eine frühzeitige Diagnose und Behandlung entscheidende Faktoren für eine normale psychomotorische Entwicklung sind
Versuch des Nachweises von KI 67-Messenger-RNA in derGaumenmandel mittels In Situ-Reverse TranskriptasepolymeraseKetten Reaktion
Full text linkDie in den 1990er Jahren vorgestellte In Situ-(RT)-PCR stellt die Kombination der hochspezifischen In Situ Hybridisierung und der hoch sensitiven Polymerase Kettenreaktion dar. Festgelegte DNA- oder RNA-Abschnitte sollten hierdurch nachgewiesen und im histologischen Schnitt lokalisiert werden können. Auch in Material, welches in Paraffin eingebettet und in Formalin fixiert wurde, eines der ältesten und am häufigsten angewandten Konservierungsmethoden, sollten Nachweise möglich sein.
Im Rahmen dieser Arbeit sollte das Verfahren am Beispiel der Verteilung des Proliferationsgens Ki-67 in der Gaumenmandel erprobt werden. Bekannt war die charakteristische, halbmondförmige Signalverteilung im histologischen Präparat und damit das Ausmaß der Genexpression in den Reaktionszentren der Tonsillenfollikel.
Aus in Formalin fixierten und in Paraffin eingebetteten Präparaten konnten Intron-überspannende mRNA-Abschnitte mit einer Größe bis zu 450 Basenpaaren extrahiert und mittels konventioneller RT-PCR dargestellt werden. Durch die Southern Blot-Methode und die In Situ Hybridisierung mit einer Digoxigenin-markierten Sonde konnte die Spezifität des RNA-Nachweises belegt werden. Der Nachweis der Ki-67 spezifischen mRNA mittels In Situ-RT-PCR gelang jedoch nicht. Unterschiedliche Variationen des Verfahrens, Versuche der Prozessoptimierung und Fehlerelimination konnten diesen Umstand nicht ändern. Ein positiver Signalnachweis im Zellkern der Lymphozyten wird als unspezifisch gewertet oder ist nur spekulativ zu deuten.
Die hier vorgelegten Ergebnisse deuten darauf hin, dass dieses Verfahren, trotz des ursprünglich eingeschätzten gewaltigen Potentials, für eine breite Anwendung, wie in der klinischen Diagnostik, nicht geeignet ist
Untersuchung der miR-29 Bindestelle in der 3‘-untranslatierten Region des COL4A1 Gens bei Patient*innen mit Infarkten im vertebrobasilären Stromgebiet und Leukenzephalopathie
Full text linkDie Ursachen von Hirninfarkten bei jungen Menschen sind vielfältig und bleiben häufiger ungeklärt als bei älteren Patient*innen. Ein kleiner Anteil der juvenilen Hirninfarkte kann durch monogen vererbte, familiäre zerebrale Mikroangiopathien erklärt werden. Die pontine autosomal dominante Mikroangiopathie mit Leukenzephalopathie (PADMAL) ist eine sehr seltene familiäre zerebrale Mikroangiopathie, die zu rezidivierenden lakunären ischämischen Infarkten mit auffälliger Affektion der Pons und zu einer progredienten Leukenzephalopathie führt. Ursächlich ist eine Mutation in einer Bindestelle der MikroRNA miR-29, die in der 3’-untranslatierten Region (UTR) des COL4A1 Gens liegt. Da die miR-29 die Genexpression reguliert, führt eine gestörte Bindung an die 3’UTR von COL4A1 zu einer Überexpression mit vermehrter Kollagen IV Synthese. Um die Rolle dieser Variante bei jungen Menschen mit sporadischem Hirninfarkt zu untersuchen, wurden 649 Patient*innen unter 55 Jahre mit Hirninfarkten im vertebrobasilären Stromgebiet und Leukenzephalopathie auf Mutationen in der 3’UTR getestet. Eine Mutation in der miR-29 Bindestelle wurde bei keiner der Patient*innen dieser Kohorte nachgewiesen, allerdings zeigten sich zwei Varianten außerhalb der miR-29 Bindestelle unklarer Pathogenität. Die Ergebnisse dieser Arbeit sprechen gegen ein gehäuftes Auftreten von Mutationen in der miR-29 Bindestelle bei sporadischen Fällen juveniler Hirninfarkte und unterstreichen die Seltenheit der pontinen autosomal dominanten Mikroangiopathie mit Leukenzephalopathie
Sequenzierung des NR5A1-Genlokus bei Patienten mit Besonderheiten der Geschlechtsentwicklung unklarer Ursache
Full text linkContext The NR5A1 gene encoding the steroidogenic factor-1 is a critical factor involved in testis development and a mutation in this gene can cause gonadal dysgenesis with or without adrenal insufficiency in 46,XY individuals. Such a condition can be distinguished from Androgen insensitivity syndrim (AIS), which is characterized by the resistance of the androgen receptor (AR) to male steroid hormones due to a mutation in the AR gene. The clinical phenotypes of individuals with AIS range from external genitalia being completely or partially masculinized to completely female genitalia. An undervirilization can manifest for example in micropenis, bifid scrotum, cryptorchism, hypospadia, labial fusion, and clitoromegaly. AIS Type II has the same range of clinical features but is characterized by reduced AR-activity despite the lack of AR coding gene mutations. Previous studies indicate that patients who were diagnosed with AIS due to their clinical features and hormone levels but lacking AR gene mutations may in fact have a mutation in the NR5A1 gene. Objective The purpose of this study was to identify mutations in the NR5A1 gene in patients with 46,XY DSD of unknown etiology and in patients with AIS Type II. Methods Sanger Sequencing and NGS of the NR5A1 coding sequence from exon 1 to exon 7 was performed. Available patient data was collected, including detailed physical examination of the patient and its genitalia, measurements of hormone levels, diagnostics, and surgeries. Conclusion This study identified seven heterozygous NR5A1 mutations causing variable clinical features. Conclusively, AIS patients who do not harbor any mutation and patients with 46,XY DSD of unknown etiology should be screened for NR5A1 mutations
Die Beurteilung von Geschwisterwahrscheinlichkeiten in der rechtsmedizinischen Praxis
Full text linkDas Thema der vorliegenden Arbeit war die Bestimmung von Geschwisterwahrscheinlichkeiten anhand von Untersuchungen des genetischen Materials potentieller Geschwister. Aktuell existieren diesbezüglich noch keine Richtlinien. Das Ziel der Untersuchung war es daher, Kriterien auszuarbeiten, um in defizienten Fällen eine Voll- oder Halbgeschwisterschaft mit bestimmter Wahrscheinlichkeit voraussagen zu können. Speziell ging es um die folgenden Fragestellungen:
• Welcher Wahrscheinlichkeitswert sollte als Mindestgrenze für den Nachweis einer Geschwisterschaft festgelegt werden?
• Wie viele STR-Merkmale mit komplett unterschiedlichen Allelen sind für die Bestimmung einer Geschwisterschaft notwendig?
• Wie viele STR-Merkmale sind für eine sichere Aussage über das Verwandtschaftsverhältnis zweier potentieller Geschwister notwendig?
Letztendlich konnten anhand der gewonnenen Daten nur Richtwerte genannt werden, die eine Vollgeschwisterschaft, Halbgeschwisterschaft oder Nicht-Verwandtschaft mit hoher Wahrscheinlichkeit vorhersagten. So zeigte sich eine Mindestgrenze von 90% als optimal für die Festlegung der Wahrscheinlichkeit für eine Vollgeschwisterschaft. Dieses Ergebnis wurde anhand der Berechnung mit 15 STR-Merkmalen erreicht. Die Hinzunahme von zusätzlichen STR-Merkmalen brachte keine wesentlichen Vorteile. Die besondere Schwierigkeit lag in der Unterscheidung zwischen Voll- und Halbgeschwistern. In beiden Gruppen war die berechnete Wahrscheinlichkeit für beide Fälle ähnlich hoch. Umso wichtiger war die Erkenntnis, dass die Allelkonstellation von Vollgeschwistern im Durchschnitt mehr Ähnlichkeiten an den Genorten aufwies, als die der Halbgeschwister.
Die in dieser Arbeit gewonnen Daten können nur eine Tendenz für die Bestimmung von Geschwisterkonstellationen vorgeben. Es wird empfohlen, zusätzliche molekulargenetische Analysemethoden, wie z.B. die geschlechtsspezifische STR-Analyse, anzuwenden, um sichere Aussagen bezüglich der Geschwisterschaft treffen zu können
A Specific Mutation in the Distant Sonic Hedgehog (SHH) Cis-Regulator (ZRS) Causes Werner Mesomelic Syndrome (WMS) While Complete ZRS Duplications Underlie Haas Type Polysyndactyly and Preaxial Polydactyly (PPD) With or Without Triphalangeal Thumb
No full textWerner mesomelic syndrome (WMS) is an autosomal dominant disorder with unknown molecular etiology characterized by hypo- or aplasia of the tibiae in addition to the preaxial polydactyly (PPD) of the hands and feet and/or five-fingered hand with absence of thumbs. We show that point mutations of a specific nucleotide within the sonic hedgehog (SHH) regulatory region (ZRS) cause WMS. In a previously unpublished WMS family, we identified the causative G>A transition at position 404 of the ZRS, and in six affected family members of a second WMS family we found a 404G>C mutation of the ZRS. The 404G>A ZRS mutation is known as the "Cuban mutation" of PPD type II (PPD2). Interestingly, the index patient of that family had tibial hypoplasia, as well. These data provide the first evidence that WMS is caused by a specific ZRS mutation, which leads to strong ectopic SHH expression. In contrast, we show that complete duplications of the ZRS region lead to type Haas polysyndactyly or triphalangeal thumb, polysyndactyly syndrome, but do not affect lower limb development. We suggest the term "ZRS-associated syndromes" and a clinical subclassification for the continuum of limb malformations caused by different molecular alterations of the ZRS. Hum Mutat 31:81-89, 2010. (C) 2009 Wiley-Liss, Inc
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
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