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The Burrows-Wheeler Transform of an Elastic-Degenerate String
No full textDegenerate strings (DS) and elastic degenerate strings (EDS) are a way to represent, in a compact form, strings that contain a high degree of similarity. They can be particularly useful in some fields, such as text processing or the study of DNA mutations in computational biology, where it is necessary to efficiently manage several variations of a sequence. In practice, a degenerate string is a string whose symbols, called degenerate, can have several alternatives (hence a degenerate symbol is a set). In the literature different constraints have been imposed on degenerate string symbols. For example, the symbol can only be i) a set of letters of the alphabet, ii) a set of strings of the same length, or iii) a set of strings of variable length (including the empty string). We consider the latter in its most general form, which is known as elastic degenerate strings. Our contribution is the introduction of the Burrows-Wheeler transform of an elastic-degenerate string (EDS-BWT). We show that EDS-BWT is reversible and that it can be used to solve the pattern matching problem, i.e., the problem of finding a standard string pattern within an EDS, by adapting the inner properties of the classical Burrows-Wheeler transform. Finally, we implemented the EDS-BWT encoding/decoding and the prototype edsBWTSearch to experimentally compare our pattern matching approach to other existing tools managing elastic degenerate strings
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
GESTIONE DEL RISCHIO BIOLOGICO NELLE ACQUE MARINE DI BALNEAZIONE: SVILUPPO DI UN MODELLO QMRA (QUANTITATIVE MICROBIAL RISK ASSESSMENT)
No full textValutazione quantitativa del rischio biologico (QMRA) da bioaerosol in vari ambienti lavorativi
No full textIntroduzione: La valutazione e la gestione del rischio di esposizione
lavorativa a bioaerosol risultano in genere difficili. Il processo QMRA (Quantitative Microbial Risk Assessment), già applicato
a livello internazionale nella sicurezza alimentare e delle acque, potrebbe rivelarsi uno strumento efficace per la tutela della
salute dei lavoratori. Obiettivo di questo studio è stato quello di elaborare ed applicare un modello QMRA all’esposizione
a patogeni aerodispersi in diversi ambienti di lavoro. Metodi: Poiché l’applicazione del modello richiede dati di infettività
e patogenicità è stato scelto HAdV (Human Adenovirus) come patogeno indice, giudicato rappresentativo di vari contesti
e modalità di infezione: molto diffuso, facilmente reperibile con metodi colturali e biomolecolari e patogeno a livello sia
respiratorio che enterico, con dosi infettanti note. Nel modello sono state utilizzate le concentrazioni di HAdV (in CG/m3)
trovate nell’aria di impianti di trattamento di reflui e di rifiuti solidi urbani ed in ambienti ospedalieri, misurate attraverso la
q-PCR, mentre gli altri parametri necessari sono stati ricavati dalla letteratura scientifica. Risultati: Il monitoraggio virologico
ha evidenziato la presenza di HAdV in tutti gli ambienti considerati confermando la loro ampia diffusione. Le concentrazioni
sono risultate tuttavia differenti. Il modello ha mostrato che per gli ambienti a maggiore contaminazione l’esposizione per
periodi superiori a 3 minuti porterebbe ad una probabilità di infezione del 100% mentre negli ambienti meno contaminati
anche dopo 15 minuti la probabilità rimane al di sotto dell’1%. Conclusioni: Questo strumento potrebbe essere utile per
stabilire la necessità di adottare DPI respiratori. Tuttavia, poiché rappresenta un approccio innovativo, il modello dovrà essere
implementato e validato su ulteriori dati
Quantitative Microbial Risk Assessment (QMRA): metodo innovativo per stimare il rischio biologico occupazionale
No full textINTRODUZIONE
La valutazione del rischio biologico occupazionale da esposizione a bioaerosol contaminato si basa usualmente sul monitoraggio di indicatori generici di contaminazione e fornisce una classificazione approssimativa in livelli di rischio, senza considerare patogeni eventualmente presenti e relazioni dose-risposta. Lo sviluppo delle conoscenze microbiologiche ed epidemiologiche consente oggi di applicare un metodo di stima del rischio, basato sul paradigma del rischio chimico, che prende il nome di QMRA. Questo lavoro ha applicato tale metodo in diversi contesti e condizioni.
METODI
E’ stato scelto come patogeno indice l’Adenovirus umano (HAdV) per la sua grande diffusione. Per descrivere la probabilità di infezione è stato implementato un modello dinamico che usa una relazione dose-risposta di tipo esponenziale (ricavata dalla letteratura) per l’HAdV, ed ha come dati di ingresso i valori delle concentrazioni di HAdV nell’aria. L’applicazione del metodo Monte Carlo ha consentito di rappresentare la variabilità e l’incertezza delle distribuzioni di probabilità delle variabili coinvolte. Il modello è stato applicato ai dati ottenuti da vari studi che hanno monitorato la concentrazione di Human Adenovirus (HAdV) in diversi ambienti occupazionali: i) discariche RSU, ii) impianti di depurazione di acque reflue, iii) bagni ospedalieri e iv) bagni di uffici.
RISULTATI
L’applicazione del modello ha consentito di simulare la probabilità di infezione in diversi ambienti lavorativi e per diversi tempi di esposizione evidenziando ad esempio un maggior rischio in ambienti confinati rispetto a quelli esterni (Figura 1).
CONCLUSIONI
Applicando la QMRA con il metodo Monte Carlo è stato possibile stimare il rischio di infezione per i lavoratori esposti ad aerosol per determinati periodi di tempo. E’ necessario tuttavia sottolineare che il modello attuale non tiene conto dell’immunità dei soggetti esposti. Questo parametro potrà essere inserito negli sviluppi futuri
Retrospective study in canine routine Hemograms. Occurrence of hemathological modifications.
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