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Structure and hydration of BamHI DNA recognition site: a molecular dynamics investigation
No full textThe results of a 3-ns molecular dynamics simulation of the dodecamer duplex d(TATGGATCCATA)2 recognized by the BamHI endonuclease are presented here. The DNA has been simulated as a flexible molecule using an AMBER force field and the Ewald summation method, which eliminates the undesired effects of truncation and permits evaluation of the full effects of electrostatic forces. The starting B conformation evolves toward a configuration quite close to that observed through x-ray diffraction in its complex with BamHI. This configuration is fairly stable and the Watson-Crick hydrogen bonds are well maintained over the simulation trajectory. Hydration analysis indicates a preferential hydration for the phosphate rather than for the ester oxygens. Hydration shells in both the major and minor groove were observed. In both grooves the C-G pairs were found to be more hydrated than A-T pairs. The “spine of hydration” in the minor groove was clear. Water residence times are longer in the minor groove than in the major groove, although relatively short in both cases. No special long values are observed for sites where water molecules were observed by x-ray diffraction, indicating that water molecules having a high probability of being located in a specific site are also fast-exchanging
La cultura a Bologna, dalla pandemia alla centralità dei processi di Welfare
No full textLa pandemia di COVID-19 ha portato una crisi senza precedenti nel settore culturale. In tutto il mondo, musei, cinema, teatri e sale da concerto – luoghi di creazione e condivisione – hanno chiuso i battenti. Secondo le prime stime, riportate nel report Re Shaping Policies for Creativity di Unesco, «il Valore Aggiunto Lordo delle industrie culturali e creative nel mondo si è contratto di 750 miliardi di dollari nel 2020 e sono stati persi almeno 10 milioni di posti di lavoro» (2022, p.33) e per molti operatori e culturali ed artisti la situazione che era già di per sé precaria è diventata insostenibile.
Pur tuttavia la cultura, così tanto penalizzata, è diventata un elemento imprescindibile delle nostre vite durante la pandemia, basti pensare all'aumento di libri letti, film guardati e serie tv divorate, spettacoli teatrali e concerti visti on-demand, audiolibri e podcast ascoltati durante i giorni di segregazione. Questo contributo vuole indagare le possibili prospettive per il futur
Turismo e affitti brevi: l’impatto del Covid-19 sul mercato Airbnb a Bologna
Full text linkQuesto contributo si concentra sull’offerta e sulla domanda a scala urbana di short-term rental attraverso il caso studio della piattaforma Airbnb a Bologna. Analizzare l’offerta della piattaforma è infatti un passo centrale per poter cogliere gli effetti della pandemia poiché implica indagarne, specularmente, l’eterogeneità degli impatti sulla platea degli attori e, in maniera più ampia, rispondere alla domanda sugli effetti socio-economici del Covid-19 sul tessuto urbano cittadino nella definizione di nuove diseguaglianze. Chi, nonostante la crisi, è stato in grado di “taking part in the sharing” e chi, invece, è stato penalizzato e secondo quali fattori
Bologna e le sue cittadine. Dati di genere per un’agenda politica locale capace di rispondere alle sfide della pandemia
Full text linkSecondo Leslie Kern (2020) e altre autrici, storicamente gli spazi urbani sono stati il centro di relazioni di potere diseguali, di strutture socio-politiche oppressive e di pratiche discriminatorie. Nonostante alcuni progressi, le donne, le persone disabili, le persone razzializzate, le minoranze sessuali e di genere e i e le migranti sono ancora marginalizzati ed esclusi dai processi decisionali e politici. Questo modello sembra essere universale e potrebbe essere applicato anche all'esperienza delle aree metropolitane italiane. Anche a Bologna, città sedicente progressista, è difficile trovare dati e studi in grado di descrivere nel dettaglio le disuguaglianze e di supportare politiche basate sui dati. Per colmare questa lacuna di dati di genere e raccogliere dati utili per orientare la visione politica di una città femminista, abbiamo applicato l'approccio femminista ai dati già disponibili e alla raccolta di dati quantitativi e qualitativi mancanti sia nella sfera pubblica che nel processo di policy making. L'obiettivo della ricerca è avviare una riflessione aperta e suggerire ai decisori politici una nuova agenda politica locale basata sul contributo diretto delle cittadine, sui dati aperti e sull'approccio del femminismo dei dati. I dati sono stati raccolti con un sondaggio online nel novembre-dicembre 2020 integrato con sezioni più qualitative/aperte all'acquisizione di informazioni, costruito secondo una metodologia e un'epistemologia femminista che mette al centro la cura ma anche la possibilità di liberarsi di alcuni stereotipi come la dicotomia "lavoro produttivo vs lavoro di cura" come uniche attività rilevanti per le donne. La ricerca ha raccolto dati su due dimensioni principali: la vita privata e la vita pubblica. La prima, con un focus su come la pandemia abbia avuto un impatto sulle attività di cura, sul lavoro e sul tempo libero, riprendendo un sondaggio precedentemente distribuito. La seconda dimensione si concentra su come le donne percepiscono gli spazi cittadini (sicuri/non sicuri), esaminando potenziali fattori esterni e interni e quali temi prioritari l'amministrazione cittadina dovrebbe sviluppare per dare forma a una città più inclusiva, equa e paritaria. Conclusioni preliminari: per costruire politiche basate sui dati per città femministe, le donne e le minoranze devono essere ascoltate annualmente e i dati di genere devono essere raccolti e pubblicati in tutte le attività in cui sesso/genere sono rilevanti: alloggio, mobilità, lavoro, istruzione. Alcune delle tendenze emerse dagli intervistati sono legate alla grande consapevolezza della questione ambientale e alla richiesta di spazi all'aperto, verdi e gratuiti per praticare sport e altre attività sociali all'aperto; interventi negli spazi urbani percepiti come insicuri orientati a una trasformazione dei luoghi (migliore illuminazione stradale o vivacizzazione dell'area) piuttosto che alle misure di sicurezza pubblica tradizionalmente utilizzate (ad esempio, potenziamento delle pattuglie, TVCC o sorveglianza)
Stress Mice Portal. A gene expression atlas for different kinds of stress in mice brains http://hpc-bioinformatics.cineca.it/stress_mice/
No full textStressful experiences are part of everyday life and organisms have evolved physiological and behavioural responses aimed at coping with stress and maintain homeostasis. However, repeated or intense stress can induce maladaptive reactions leading to depression, anxiety or post-traumatic stress disorder. Functional and structural adaptations in the brain mediated by changes in gene expression, have a crucial role in the stress response. Recent years have seen a tremendous increase in scientific publications studying the transcriptional effects of several stressors on different areas of the brain. The input raw data of these studies are freely available on public repositories, such as Sequence Read Archive (SRA) operated by the National Center for Biotechnology Information (NCBI). These data represent a wealth of information for further global and integrative retrospective analyses. In order to identify convergent biological processes and signalling pathways affected by stress, and reveal possible novel candidate genes, we analyzed the RNA-seq transcriptomes obtained from the brain of mice exposed to different kinds of stress protocols. Thus we surveyed 18 published RNA-seq transcriptomic experiments obtained from SRA, whose detailed information are available here. Since each of the laboratories producing these 18 datasets analyzed their own data by following different protocols (e.g. in terms of adopted bioinformatic workflows, software, genomic versions, thresholds of significance), we re-analyzed the data by applying the same up-to-date transcriptomic computational workflow to the whole dataset in order to obtain a more comparable set of results. The results were systematized into this web portal for allowing an easy visualization, comparison, interrogation and downloading. Stress Mice Portal is a free, open-source, curated web server able to query stress-related differentially expressed genes (DEGs) using different criteria (please refer to the Help page or the paper for further information). This portal provides new insights into the transcriptional landscape of the mouse brain under several stress conditions and is useful for identifying factors contributing to vulnerability or resilience to stress
SARMA : a web resource for species assignment of high-throughput sequencing reads from Metagenomics Analysis.
No full textInteractions of GALT enzyme and of the galactosemia-associated variant p.Q188R with a potential pharmacological chaperone studied by a computational approach
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