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Caratterizzazione strutturale e funzionale di AHb1 ed AHb2, emoglobine non simbiontiche da Arabidopsis thaliana
No full textLe globine costituiscono una famiglia evolutiva di grandi dimensioni. Il numero di
famiglie globiniche note è cresciuto progressivamente a partire dagli anni ’70, quando
esso si limitava principalmente alla mioglobina (Mb) e all’emoglobina (Hb) dei
vertebrati, e alle leg-emoglobine (legHbs) o emoglobine simbiontiche (sHbs), delle
piante leguminose. La recente scoperta di nuovi membri in diverse ed antiche forme di
vita, ha permesso di ampliare ulteriormente gli orizzonti evolutivi del mondo globinico
ed ha inoltre rinvigorito le ricerche delle funzioni globiniche oltre al classico
immagazzinamento e trasporto di ossigeno.
In particolare, la scoperta nel mondo vegetale delle cosiddette emoglobine non
simbiontiche (nsHbs), presenti anche in piante non leguminose, ha permesso di trovare
un chiaro razionale filogenetico per le emoglobine simbiontiche (sHbs), la cui origine
evolutiva era rimasta fino ad allora estremamente difficile da spiegare.
Sia le sHbs, che le nsHbs, infatti, si sarebbero evolute a partire da un’emoglobina
vegetale primordiale, che avrebbe poi originato per duplicazione genica e successiva
divergenza delle sequenze, due classi filogenetiche, denominate classe 1 e classe 2.
Si ritiene che nelle leguminose, dove si ritrovano i principali esempi di emoglobine di
trasporto dell’ossigeno nelle piante, le emoglobine di classe 2 sarebbero andate incontro
ad una specializzazione funzionale notevole, evolvendosi interamente nelle cosiddette
leg-emoglobine (legHbs), proteine coinvolte nella simbiosi tra queste piante ed i batteri
azotofissatori, e denominate pertanto anche emoglobine simbiontiche (sHbs).
La specializzazione funzionale delle legHbs (o sHbs) avrebbe trovato i suoi determinanti
molecolari non solo nella divergenza della struttura primaria rispetto agli altri membri di
classe 2, ma anche, e soprattutto, in una differente organizzazione strutturale del ferro
eminico: infatti, mentre le altre emoglobine vegetali, in assenza di ligandi esogeni,
presentano esacoordinazione del ferro, le legHbs presentano pentacoordinazione del
ferro, lasciando libero il sesto sito di coordinazione.
Mentre le legHbs, essendo note da tempo, sono state ben caratterizzate, le Hb
esacoordinate, essendo state scoperte più recentemente, non sono state ancora associate
ad una funzione fisiologica univoca nelle piante; quello che si può escludere con
certezza, sulla base della loro ubiquitarieta’ nel mondo vegetale, è che queste
emoglobine siano in qualche modo coinvolte nel processo simbiontico, e pertanto, esse
vengono anche denominate genericamente Hbs non simbiontiche (nsHbs).
Come per le sHbs, che vengono sovraespresse specificamente a livello del nodulo
radicale, anche per le nsHbs vi è tessuto-specificità dell’espressione, ma questa
specificità è classe-dipendente, ossia varia a seconda della classe considerata: infatti, i
prodotti genici di classe 1 vengono sovraespressi in condizioni di ipossia o in presenza
di NO3
-, a livello delle radici o delle foglie delle rosette; i geni di classe 2, invece,
vengono indotti in condizioni di ipotermia in tutta la pianta.
L’ubiquitarietà delle nsHbs nel mondo vegetale, da un lato, e la tessuto-specificità
dell’espressione, dall’altro, sottolineano la grande importanza funzionale di queste
proteine e la presenza di ruoli diversi tra i membri di questa famiglia. Denominatore
comune, tuttavia, della funzionalità delle nsHbs è senza dubbio, il possesso di
un’elevatissima affinità per l’ossigeno, di molto superiore a quella della controparte
simbiontica, e riconducibile principalmente ad una ridotta costante cinetica di
dissociazione dell’ossigeno (koff). I residui stabilizzatori della tasca distale dell’eme
giocano un ruolo chiave nel determinare la ridotta koff del ligando, stabilendo un legame
idrogeno con il ligando stesso e, pertanto, rallentandone la cinetica di dissociazione. La
necessità per una stabilizzazione chimica dell’ossigeno sarà tanto maggiore, quanto
maggiore sarà la parziale carica negativa sull’ossigeno, o, in altre parole, quanto più
l’ossigeno sarà attivato. Evidenze riguardanti funzioni enzimatiche antiche basate
sull’attivazione dell’ossigeno stanno diventando progressivamente più numerose; una di
queste, è rappresentata dalla conversione enzimatica diossigenasica, definita funzione
NOD, dell’·NO a nitrato, rilevata nelle flavoemoglobine batteriche e successivamente
confermata ed estesa anche alla Hb e Mb. In tutti i casi finora esaminati, la funzione
NOD ed il meccanismo catalitico associato sembrano dipendere pesantemente dal grado
di attivazione dell’ossigeno.
Nel complesso, quindi, le due prerogative imprescindibili per la funzionalità di una nsHb
sono l’esacoordinazione e l’alta affinità per l’ossigeno. Lo studio in vitro delle
implicazioni strutturali e funzionali di queste due proprietà può restituire importanti
informazioni circa il ruolo di queste proteine in vivo, ed eventualmente confermare o
smentire il loro possibile coinvolgimento in attività enzimatiche di tipo NOD. Con
questo obiettivo, ci si è pertanto rivolti ad uno studio di struttura e funzione per due
nsHb da Arabidopsis thaliana, denominate AHb1 ed AHb2.
Mediante tecniche spettroscopiche di assorbimento UV-Vis e di Raman risonante è stato
possibile dimostrare che, in assenza di ligando, il grado di esacoordinazione varia tra le
due proteine e che, mentre AHb1 è presente come miscela di due forme, una
esacoordinata, e l’altra pentacoordinata, AHb2, nelle stesse condizioni, è completamente
esacoordinata.
Inoltre, l’analisi spettroscopica in dicroismo circolare della regione Soret per le due
proteine ha evidenziato significative differenze tra le due isoforme anche a livello
dell’organizzazione strutturale della tasca di legame dell’eme, sottolineando, d’altra
parte, la vicinanza filogenetica di AHb2 alle legHbs.
L’analisi del comportamento autoossidativo di AHb1 in funzione del pH ha evidenzato
cinetiche più rapide rispetto a quelle delle proteine di trasporto, suggerendo per questa
isoforma un grado di specializzazione funzionale che va verso l’attivazione, più che
verso la stabilizzazione dell’ossigeno. Le evidenze risultanti dall’autoossidazione, in
particolare relativamente all’attivazione del ligando ed al grado di polarizzazione del
legame ferro-ligando, hanno trovato conferma nello studio Raman dei complessi di
AHb1 con CO...not availabl
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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