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Epidemiology and clinical impact of Pseudomonas aeruginosa infection in cystic fibrosis using AP-PCR fingerprinting
No full textArbitrarily primed PCR (AP-PCR) was utilized to genetically fingerprint 252 Pseudomonas aeruginosa strains isolated from the sputa of 50 cystic fibrosis (CF) patients attending the Cork CF clinic over a period of 3 years. Ten distinct P. aeruginosa strains were identified and the distribution, temporal trends and clinical impact of colonization with these individual P. aeruginosa clones was studied. A number of random isolates from each AP-PCR group were analysed using pulsed field gel electrophoresis (PFGE) in order to confirm the discriminatory power of the AP-PCR technique. The majority of patients were colonized with a single strain over the time period of the study, but it was also possible to harbour two or more strains transiently or simultaneously. Four main strains were relatively evenly distributed throughout the CF population, and it was noted that patients from the same family or attending the same school tended to harbour the same P. aeruginosa clone. Disease severity was significantly associated with the age of the patient (P<0.001), clearly indicating an increase in severity with increase in age. The general clinical status of the CF patients was not significantly associated with the P. aeruginosa variant isolated from their sputa. Lung status was defined by FEV1 measurement and chest X-ray score (CXR). The non parametric Kruskal-Wallis significance test of FEV1, CXR and age by colonizing P. aeruginosa clone indicated that FEV1 (P=0.017), but not CXR (P=0.19) or age (P=0.842), differed significantly across the clones of P. aeruginosa isolated. Patients harbouring P. aeruginosa strains B, F or G clearly had lower FEV1 scores while those harbouring clones A, C, D or H generally had higher FEV1 scores. Thus, the sub-species variant of P. aeruginosa colonizing CF patients may be associated with the severity of progressive lung disease
L'analyse des inclusions fluides et magmatiques des dépôts aurifères dans la région du Lac Shortt, Abitibi, Québec : l'interprétation thermodynamique et métallogénétique du rôle des fluides minéralisants à l'Archéen
No full textL'origine ou source des fluides des dépôts aurifères mésothermaux trouvés dans certains terrains d'association roches vertes-granitoïdes de l'Archéen a été déjà imputée à plusieurs processus. Dans la région du Lac Shortt, tant le style de la minéralisation comme les patrons d'altération associés aux mines Lac Shortt, Lac Bachelor et aux indices diffèrent nettement des dépôts classiques de l'Archéen de type filonien.
À la mine du Lac Shortt la présence des intrusifs d'une suite alcaline, qui comporte une carbonatite sövitique, un gabbro alcalin et une syénite, soulève un problème d'interprétation métallogénétique, compliqué par les altérations sodique et hématitique associées à la minéralisation aurifère. La zone minéralisée se présente sous forme disséminée dans une mylonite rouge de forme tabulaire à fragments de syénite. La minéralisation au Lac Bachelor recoupe typiquement les unités volcaniques et une partie de l'intrusif granodioritique de O'Brien. Les assemblages d'altération potassiques et propylitiques accompagnent la silicification et l'hématisation.
Par l'analyse microthermométrique des inclusions fluides, nous avons reconnu quatre types d'inclusions fluides basés sur les proportions relatives des phases à température ambiante ou à des températures sous-zéro: Type 1: Inclusions aqueuses (H2O-NaCl - faible salinité), riches en liquides, monophasées ou biphasées (2-5% vol. de vapeur) d'origine secondaire. Type 2: Inclusions aqueuses biphasées (10-20% vol. de vapeur) qui constituent la très grande majorité des inclusions présentes dans les différentes générations de quartz correspondant à des saumures (H2O-NaCl -MgCl2?, -KCl?, CaCl2?). Type 3: Inclusions carboniques (H2O-CO2-NaCl) avec des rapports des phases variables en groupes planaires ou isolées (caractéristiques primaires). Type 4: Inclusions carboniques incluant des assemblages de CO2-H2O-CH4 (+N2?, +H2S?) avec des rapports variables des phases: riches en vapeur à une phase apparente et riches en liquide et CO2-CH4 liq. + vap.
À la mine du Lac Shortt, secteur est, les inclusions fluides sont pseudo-secondaires/primaires du type 2, dans des veinules précoces de calcite. Dans les veinules de quartz et de carbonates tardives associées à la galène, on distingue des inclusions carboniques secondaires du type 4 qui se trouvent en fractures cicatrisées avec >60% vol. de CO2 liq. Dans le secteur ouest de la mine du Lac Shortt, les veines minéralisées sont associées à des inclusions du type 2 qui se trouvent en relation spatiale avec des inclusions des types 3 et 4 en groupes planaires.
Dans la Zone principale minéralisée au Lac Bachelor, les inclusions secondaires du type 2 sont très abondantes en coexistence spatiale avec les inclusions du type 3. La minéralisation est associée avec la fluorine, qui contient des inclusions du type 2. La minéralisation dans le granite au Lac Bachelor est associée à des inclusions secondaires du type 3 très abondantes, disposées aussi en relation spatiale avec des inclusions aqueuses du type 2.
Les résultats d'une étude des inclusions fondues et fluides fondues indiquent des températures d'homogénéisation de <600°C pour la carbonatite; des points de solidus du granité entre 650 et 700°C, et de la syénite, entre 900 et 950°C. Les inclusions fondues, surtout dans le granite et la syénite sont très riches en phases aqueuses (vapeur et liquides) de composition saline, ce qui indique un milieu riche en phases volatiles pendant les derniers épisodes de cristallisation.
Les inclusions à salinité élevée (20-47% pds. équiv. NaCl) sont prédominantes surtout dans la partie est de la mine, associées à des phases syénitiques. Dans les conditions estimées de P-T (200-220 MPa, 300-310°C), l'équilibre de phases de ce système suggère un piégeage hétérogène sub-solvus des mélanges de deux fluides: un fluide riche en C02 de température plus élevée, suivi par une saumure de plus faible température. Les inclusions aqueuses dans le secteur est ont été formées probablement par le refroidissement des saumures plus concentrées et la dilution avec des fluides moins salins responsables de la formation des veines de quartz.
Dans les veines de quartz minéralisées au Lac Shortt ouest et dans les indices minéralisés, les fluides sont faiblement à modérément salins (4,5 à 9,3% pds. équiv. NaCl -salinité moyenne). Le piégeage à des pressions maximales est du type lithostatique (entre 400-500 MPa). Ces pressions diminuent lors des événements de bréchification, fracturation et microfracturation autour de 180-220 MPa. Les conditions P-T pour la carbonatite indiquent un piégeage des fluides entre 240 à 420 Mpa pour une température maximale de 510°C. On fait appel à deux fluides, l'un piégé à une température plus élevée suivi par le piégeage d'un fluide de plus faible température.
Au Lac Bachelor (comme au Lac Shortt), des phases multiples de bréchification implique une évolution progressive des fluides issus possiblement des phases intrusives mises en place séparément dans le temps: la granodiorite suivie par le granite porphyrique-pegmatitique, puis la syénite suivie tout près par la carbonatite. Des fluides aqueux et carboniques dans le granite minéralisé ont été piégés dans des conditions d'équilibre à 400 MPa et 675°C. Les textures primaires, les températures et salinités modérément élevées indiquent que ces fluides représentent des phases séparées d'un magma en voie de cristallisation. La veine dans la zone minéralisée enregistre un patron de dilution à plus faibles températures. La distribution des fluides carbonique et aqueux indique un piégeage hétérogène par mélange successif des fluides avec refroidissement.
Au Lac Shortt, la carbonatite moins altérée et la syénite à la mine et dans les indices minéralisés sont caractérisées par des conditions de fugacité de l'oxygène plus élevées, tandis que dans des veines et des brèches minéralisées, la fugacité baisse jusqu'en dessous de la courbe QFM. Au Lac Bachelor, les fugacités calculées entre les courbes QFM et HM indiquent des conditions qui deviennent progressivement plus réductrices dans les zones et veines minéralisées. Les conditions d'oxydation changent au fur et à mesure que les phases fluides rentrent en équilibre avec la roche encaissante où du matériel graphitique a déjà été observé. D'après les données résultantes de la spectrométrie de masse, des phases vapeur de CH4, N2 et H2S détectées se sont possiblement partagées dans les fluides riches en CO2, d'où une chimie plus réductrice.
L'uniformité des compositions en S13C indique des sources de CO2 similaires dans la région en général et que le carbone pourrait être d'origine magmatique (les valeurs typiques sont normalement entre -4 à -5%o). S180 H2O s'étalent entre +4,67%o et +8,42%o, semblables à ceux des dépôts aurifères archéens ailleurs.
Dans la région du Lac Shortt, For introduit est précoce ou synchrone à la paragénèse des sulfures suite à la dérivation d'un magma felsique. L'or dans les sulfures fracturés et déformés des schistes associés à des zones des failles indique une mise en place synchrone à la déformation, pendant le développement des zones de cisaillement durant une période fragile-ductile. Des fluides secondaires de H2O, CO2 et CH4 se sont formés lors de la cristallisation du quartz et d'autres minéraux hôtes dû à un abaissement dans la pression associée à la bréchification présente aux deux gisements. Cette chute de pression a causé l'expansion adiabatique et irréversible du fluide et donc, une chute de la température.
Comme l'or n'est pas particulièrement concentré dans les intrusifs eux-mêmes, les fluides plus tardifs sont ramenés par des épisodes d'ébullition rétrogrades subséquents pendant la montée des intrusifs (le granite au Lac Bachelor, la syénite suivie par la carbonatite au Lac Shortt), pour produire des phases aqueuses dans lesquelles l'Au, l?Ag et d'autres métaux de base, tels que le Cu et le Pb, se partagent préférentiellement.
Les fluides des indices minéralisés montrent des comportements et des propriétés analogues à ceux du gîte du Lac Shortt, ce qui indique que les indices appartiennent au même processus minéralisateur. Les conditions de température et pression s'étalent typiquement ente 190° à 350°C et 130 à 320 MPa pour le Lac Shortt et de 275° à 410°C et 110 à 310 MPa pour le Lac Bachelor.
Cette étude d'inclusions fluides indique que le mécanisme prédominant pour la précipitation de l'or est l'exsolution des phases vapeurs carboniques et aqueuses-salines pour provoquer la minéralisation disséminée lors de la mise en place des intrusifs. Des chutes dans la pression et des variations dans la densité et la fugacité des fluides déclenchent la démixion intermittente des phases des fluides riches en CO2-H2O ?NaCl qui sont associés à la minéralisation en veines de quarte. Nos travaux démontrent que des plutons de compositions alcalines et non alcalines mis en place en même temps que la minéralisation joue un rôle important en déterminant la localisation de la minéralisation et les différents styles de minéralisation aurifère à l'Archéen
Caractéristiques, chronologie et typologie des minéralisations aurifères de la région du Lac Shortt (Québec), sous-province archéenne de l'Abitibi
No full textLa région du lac Shortt est située dans la partie nord-est de la Sous-province archéenne de l'Abitibi (SPA). Site de deux anciennes mines d'or ?les mines du lac Bachelor et du lac Shortt ? et d'un bon nombre d'indices aurifères, la région soulève des interrogations relatives à la classification typologique des gisements aurifères à l'Archéen. La plupart des indices aurifères de la région peuvent se regrouper sous le type «veine de quartz», commun dans la SPA. Les deux mines d'or de la région constituent quant à elles des gisements particuliers de la SPA. Ces gisements se distinguent des gisements d'or de type «veine de quartz» de la SPA par du minerai associé à des corps de remplacement hydrothermal où les minéralisations sont disséminées et les veines de quartz absentes ou accessoires, par l'hématitisation des roches et la présence de feldspath potassique en association avec les zones minéralisées, ainsi que par leur association à de petites intrusions felsiques et alcalines. Ces distinctions sont-elles le reflet de types de gisements fondamentalement différents, pouvant avoir une position chronologique différente par rapport à l'évolution régionale, ou s'expliquent-elles par des variantes d'un type unique de gisement? Les mêmes interrogations apparaissent aussi spécifiquement pour les gisements de type «veine de quartz» de la région en raison de l'association spatiale de ces derniers avec deux catégories de failles distinctes (failles «E-O» et «NE»). La présente étude a donc cherché à répondre à cette problématique sur la typologie en tentant d'établir avec plus de précision les caractéristiques et la position chronologique, par rapport à l'évolution géologique régionale, du gisement d'or particulier du lac Shortt et de plusieurs gisements (indices) aurifères de type «veine de quartz».
Les gisements aurifères de type «veine de quartz» étudiés sont encaissés dans toute une gamme de lithologies et leur mise en place est contrôlée par des failles au comportement fragile. Deux familles de failles occupées par des veines aurifères de quartz sont distinguées : 1) des failles à rejet pendage prédominant, inverses et inverses-dextres et 2) des failles à rejet directionnel et oblique. Les premières ont des directions variant entre NE et ESE et des pendages abrupts, N et S. La seconde famille regroupe des failles de directions NNE à ESE à rejet senestre et senestre-oblique, et des failles de directions NO à NNO à rejet dextre-oblique, ayant toutes des pendages abrupts. La composante oblique est en sens normal sur les failles inclinées de cette seconde famille. L'ampleur du phénomène hydrothermal et minéralisateur associé à chacune des deux familles de failles est comparable. Des études pétrographiques et géochimiques ne laissent voir aucune différence significative dans les minéralisations et les altérations entre les gisements associés aux failles à rejet pendage prédominant et ceux associés aux failles à rejet directionnel et oblique. Les minéralisations sont dominées par la pyrite. L'or est à l'état natif. Il soit en étroite association avec la pyrite ou bien libre. Les minéralisations aurifères ont précipité plus tard que la plupart des minéraux de la gangue et après la majeure partie de la déformation. Elles sont associées à de l'altération hydrothermale qui se manifeste par la formation de carbonates, de chlorite, de séricite, de biotite, de muscovite vert clair, d'albite et de quartz. L'altération hydrothermale a détruit et remplacé les minéraux produits par le métamorphisme régional au faciès des schistes verts. Deux assemblages minéralogiques d'altération qui définissent une zonalité ont été distingués : l'assemblage albite - carbonates - pyrite - quartz - micas (séricite et biotite) - chlorite, qui se trouve au contact des veines aurifères et avec lequel la majeure partie des minéralisations aurifères est en général observée, et l'assemblage carbonates - chlorite - micas (séricite et biotite) - albite - quartz - pyrite qui enveloppe l'assemblage précédent. La zonalité dans l'altération s'interprète mieux comme résultant de la migration d'un seul fluide que de la circulation de deux fluides différents. L'altération est marquée par l'addition générale de C, S, H et K. Le Na semble redistribué à l'intérieur des zones d'altération et il y a parfois une faible soustraction du Si, du Mn et du Mg. Les éléments traces les plus communément ajoutés avec l'or sont le As, le Cs, le Li, le Rb et le W.
Le gisement du lac Shortt est encaissé dans la faille de Shortt : une discontinuité de direction ENE et à pendage abrupt vers le N, matérialisée par un couloir de déformation ductile de puissance décamétrique. Les observations aux échelles mésoscopiques et microscopiques ainsi qu'une étude d'anisotropie de susceptibilité magnétique démontrent que le couloir de déformation se caractérise par des linéations vers la verticale, favorisant ainsi l'idée d'une faille à rejet pendage prédominant. Il s'agirait d'une faille inverse d'après les signes de sens de cisaillement perçus. Les observations directes et les mesures d'anisotropie de susceptibilité magnétique révèlent aussi que la faille a rejoué en coulissage. Les intrusions alcalines se sont mises en place durant ou avant la déformation ductile principale vers la verticale associée à la faille. Le gisement du lac Shortt ne semble pas résulter de plusieurs phénomènes minéralisateurs superposés ou de la remobilisation d'une préconcentration aurifère. Les minéralisations, dominées par la pyrite et qui marquent la déformation ductile de la faille, ont précipité durant la déformation principale vers la verticale associée à la faille.
Six étapes de l'évolution structurale régionale ont été définies en considérant l'ensemble des observations structurales. L'étape Dl est à l'origine de plis mal connus sans fabrique associée. L'étape D2 est responsable de la formation de plis subverticaux, serrés à isoclinaux, orientés ENE et à plongée abrupte, et d'une fabrique de plan axial, qui sont prédominants à l'échelle régionale. Probablement en continuum avec l'étape D2, l'étape D3 est marquée par le développement des failles majeures ductiles de direction ENE et à rejet pendage prédominant, telles les failles d'Opawica et de Shortt. L'étape D4 correspond à la formation des failles fragiles à rejet pendage prédominant, de sens inverse. Ces failles représenteraient un motif anastomosé de plans de faiblesse inhérents à la structuration régionale préexistante illustrée par les plis et couloirs de déformation régionaux subverticaux et orientés ENE des étapes D2 et D3. L'analyse par la méthode graphique indique que les jeux sur ces plans préexistants de faiblesse expriment une extension subverticale et un raccourcissement NO-SE. Cette étape D4 a pu se faire dans un continuum avec les étapes D3 et D2 dans le cadre d'une déformation progressive non coaxiale dextre pouvant correspondre à un régime en transpression dextre. L'étape D5 se rapporte aux failles fragiles à rejet directionnel et oblique. D'après l'analyse par la méthode graphique, ces failles traduisent une extension E-0 et un raccourcissement N-S. Aussi, cette étape D5 semble disjointe du continuum de déformation envisageable pour les étapes D2, D3 et D4. L'étape D6 est celle de la formation des failles discrètes de direction NNE à NE et à jeu dextre-oblique.
Dans le schéma d'évolution structurale proposé, les gisements étudiés se mettent en place durant les étapes structurales D3, D4 et D5. Le gisement du lac Shortt se met en place durant l'étape D3 alors que les étapes D4 et D5 voient la mise en place de gisements de type «veine de quartz». Des comparaisons structurales et les données géochronologiques disponibles laissent envisager que les trois étapes se sont produites entre 2 691 et 2 680 Ma environ. Il s'agit de trois catégories de gisements qui semblent représenter un seul type fondamental de gisement. Le schéma de mise en place proposé permet d'envisager une explication pour le style disséminé et le style veine des gisements aurifères étudiés en relation avec l'évolution de la nature des contrôles structuraux qui autorisent la circulation des fluides aurifères. Le style disséminé particulier au gisement du lac Shortt est lié à une déformation continuelle de nature ductile alors que le style veine est lié à une déformation épisodique de nature fragile. L'existence de plusieurs étapes de formation de gisements hydrothermaux d'or implique qu'il faut considérer plusieurs situations pour la recherche de minéralisations aurifères dans la partie nord-est de la SPA. La nature et l'âge des contrôles structuraux possibles sont variés et la possibilité d'un lien génétique avec le magmatisme alcalin doit être prise en compte
Seasonal and temporal variations of field-aligned currents and ground magnetic deflections during substorms
No full textField-aligned currents (FACs), also known as Birkeland currents, are the agents by which energy and momentum are transferred to the ionosphere from the magnetosphere and solar wind. This coupling is enhanced at substorm onset through the formation of the substorm current wedge. Using FAC data from the Active Magnetosphere and Planetary Electrodynamics Response Experiment and substorm expansion phase onsets identified using the Substorm Onsets and Phases from Indices of the Electrojet technique, we examine the Northern Hemisphere FACs in all local time sectors with respect to substorm onset and subdivided by season. Our results show that while there is a strong seasonal dependence on the underlying FACs, the increase in FACs following substorm onset only varies by 10% with season, with substorms increasing the hemispheric FACs by 420 kA on average. Over an hour prior to substorm onset, the dayside currents in the postnoon quadrant increase linearly, whereas the nightside currents show a linear increase starting 20-30 min before onset. After onset, the nightside Region 1, Region 2, and nonlocally closed currents and the SuperMAG AL (SML) index follow the Weimer (1994, https://doi.org/10.1029/93JA02721) model with the same time constants in each season. These results contrast earlier contradictory studies that indicate that substorms are either longer in the summer or decay faster in the summer. Our results imply that, on average, substorm FACs do not change with season but that their relative impact on the coupled magnetosphere-ionosphere system does due to the changes in the underlying currents.</p
[Members of the 90th Division]
No full textCopy negative of Albert C. Martin, C. C. Mason, Major Joseph C. Anderson, Mayor W. F. Altman, Major General Henry Terrell, V. R. Gaston, O. R. McMurray, and Lt. Eugene Shortt standing together in a semi-circle
Development of a Detector for Gamma-Ray Spectroscopy Based on Silicon Drift Detector Arrays and 2 ′′ Lanthanum Bromide Scintillator
No full textThis work describes the development of a gamma detector based on silicon drift detectors (SDDs) to read out large LaBr3:Ce scintillators for gamma-ray astronomy applications, within an activity supported by the European Space Agency (ESA). SDDs, characterized by high quantum efficiency and low electronic noise, when coupled with a scintillator are good candidates for gamma-ray spectroscopy applications in a wide energy range, e.g., from 150 keV to 15 MeV. The gamma-ray detector prototype presented here is composed of a 2 '' x 2 '' LaBr3:Ce scintillator coupled with four SDD arrays arranged in a 2 x 2 format (a total of 36 SDDs). This detection system is operated with custom readout application specific integrated circuits (ASICs) and a data acquisition (DAQ) system. With this prototype gamma-camera, an energy resolution of 3.4% FWHM at 662 keV has been measured. Spectroscopy measurements have been carried out between 300 keV and 1800 keV and the achieved results are consistent with the electronic noise of the SDD technology. In this work, we report on the SDD based detection head's design, its X-ray characterization, readout electronics, experimental setups and gamma-ray spectroscopy results. Finally, perspectives with the possible use of an improved SDD technology are discussed
Evidence-based selection of environmental factors and datasets for measuring multiple environmental deprivation in epidemiological research
No full textThis Environment and Human Health project aims to develop a health-based summary measure of multiple physical environmental deprivation for the UK, akin to the measures of multiple socioeconomic deprivation that are widely used in epidemiology. Here we describe the first stage of the project, in which we aimed to identify health-relevant dimensions of physical environmental deprivation and acquire suitable environmental datasets to represent population exposure to these dimensions at the small-area level. We present the results of this process: an evidence-based list of environmental dimensions with population health relevance for the UK, and the spatial datasets we obtained and processed to represent these dimensions. This stage laid the foundations for the rest of the project, which will be reported elsewhere
Dissertatio medica inauguralis, de febri endemica, improprie dicta febri flava
No full textQuamdiu homies manserunt proprio solo adstricti, et nececiverunt reliquas partes orbis terrarum, sustentati et nutriti fructibus quos tellus sponte fundit, almaque rerum parens benigne suppeditat, morbi fere ignoti fuerunt, necdum exarserat vis eorum immansueta
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