1,720,976 research outputs found
Analisis Variasi Morfologi Dan Genetik Undurundur Laut Albunea Symmysta, Linnaeus 1758 (Crustacea: Hippoidea) Di Perairan Sumatera Dan Jawa.
No full textAlbunea symmysta merupakan salah satu jenis undur-undur laut yang
memiliki peranan baik secara ekologi maupun secara ekonomi untuk manusia. A.
symmysta di Indonesia dapat ditemukan dibeberapa wilayah seperti di pesisir
Sumatera dan pesisir Jawa. Kondisi habitat yang berbeda mengharuskan A.
symmysta untuk beradaptasi dengan habitatnya. Tujuan penelitian ini adalah
menganalisis hubungan kekerabatan undur-undur laut (Albunea symmysta)
berdasarkan karakter morfologi dan mengidentifikasi jenis undur-undur laut dari
pesisir Aceh, Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta melalui pendekatan molekuler
dengan marka gen 16s rRNA.
Contoh A. symmysta diambil dari empat wilayah pesisir, yaitu Aceh,
Bengkulu, Cilacap, dan Yogyakarta. Karakter morfologi yang dihitung dan diukur
mencakup jumlah spine, panjang karapas (PK), lebar karapas (LK), panjang telson
(PT), lebar telson (LT), panjang ocular peduncle (POP), lebar ocular peduncle
(LOP), panjang merus (PM), panjang carpus (PC), panjang propudus (PP), dan
panjang dactylus (PD). Karakter tersebut diukur dengan kaliper ketelitan 0.01
mm. Bobot tubuh ditimbang dengan timbangan digital ketelitian 0.0001 gr.
Sedangkan untuk keperluan molekuler, jaringan yang digunakan berasal dari otot
kaki. Analisis karakter morofometrik mencakup analisis panjang dan bobot,
analisis hubungan panjang dan lebar telson, studi alometrik karakter lebar karapas,
panjang propudus, serta panjang dactylus terhadap panjang karapas, dan analisis
cluster. Analisis molekuler mencakup analisis situs spesifik, analisis jarak genetik,
dan analisis filogeni.
Jumlah spine menunjukkan biota kajian adalah jenis A. symmysta, serta
menunjukkan adanya perbedaan jumlah spine antara A. symmysta yang berasal
dari Sumatera dan yang berasal dari Jawa. Berdasarkan uji Mann Whitney
terdapat 2 karakter (POP, LOP) yang berbeda antara Cilacap dan Yogyakarta, 3
karakter (LK, POP, LT) berbeda antara Bengkulu dan Yogyakarta, 4 karakter
(LK, LT, M, D) yang berbeda antara Aceh dan Yogyakarta, 5 karakter (LK, POP,
LOP, P, D) yang berbeda antara Bengkulu dan Cilacap, serta 7 karakter berbeda
antara Aceh dan Bengkulu (POP, PT, LT, M, C , P, D) serta Aceh dan Cilacap
(LK, POP, LOP, PT, LT, M, D). Pola pertumbuhan secara keseluruhan
berdasarkan hubungan panjang dan bobot untuk A. symmysta adalah isometrik.
Analisis cluster menunjukkan individu dari Aceh mengelompok dengan
Bengkulu, dan yang berasal dari Cilacap mengelompok dengan Yogyakarta.
Identifikasi secara molekuler memastikan bahwa undur-undur laut dari keempat
wilayah adalah jenis Albunea symmysta. Terdapat 78 situs nukleotida spesifik
yang dapat membedakan A. symmysta dengan jenis Albunea lain. Analisis filogeni
menunjukkan undur-undur laut dari Aceh dan Cilacap memiliki hubungan
kekerabatan yang dekat
Identifikasi Molekuler Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) Lobster Genus Panulirus di Yogyakarta: sebagai Dasar Pengelolaan Sumberdaya.
No full textPanulirus homarus (lobster pasir) dan Panulirus penicillatus (lobster batu) adalah jenis dari crustase laut yang termasuk dalam genus Panulirus Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi lobster genus Panulirus berdasarkan marka genetik Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) yang dapat membantu pengungkapan terjadinya fenomena spesies kriptik sebagai informasi dasar dalam pengelolaan sumberdaya yang akurat. Tahap isolasi dan ekstraksi DNA menghasilkan dua DNA total yang baik untuk diamplifikasi dengan PCR hingga tahap sekuensing gen COI. Gen COI P. homarus dan P. penicillatus disejajarkan dengan beberapa gen COI spesies lain, yaitu genus Palinurus sebagai outgroup yang didapatkan dari GenBank hingga menghasilkan pohon filogeni dan membuktikan perbedaan yang jelas antara genus Panulirus dengan genus Palinurus. Panulirus homarus and Panulirus penicillatus memiliki perbedaan yang signifikan dari spesies Palinurus. Kedua spesies tersebut berbeda secara signifikan berdasarkan gen COI
Konsentrasi Logam Berat Dan Bioekologi Ikan Sapu-Sapu, Pterygoplichthys Pardalis (Castelnau, 1855) Di Sungai Ciliwung
No full textIkan sapu-sapu (Loricariidae), Pterygoplichthys pardalis jumlahnya
berlimpah di Sungai Ciliwung. Ikan ini digunakan sebagai salah satu sumber
protein hewan, tetapi kondisinya yang tercemar logam berat menjadikannya
beresiko terhadap kesehatan jika dikonsumsi. Penelitian ini bertujuan untuk
menganalisis konsentrasi Cd, Hg, dan Pb pada insang, hati, dan otot ikan sapusapu
secara spasial maupun temporal; menganalisis kerusakan jaringan organ ikan
sapu-sapu; menganalisis karakteristik pertumbuhan dan faktor kondisi ikan sapusapu
(P. pardalis) di Sungai Ciliwung.
Pengambilan sampel dilakukan pada musim penghujan dan kemarau di
ketiga lokasi sepanjang Sungai Ciliwung, yaitu Bogor (hulu), Depok (tengah), dan
Jakarta (hilir). Seluruh sampel ikan tangkapan diukur panjang total dan beratnya
untuk analisis bioekologi ikan. Enam ekor ikan berukuran seragam dikoleksi dari
masing-masing lokasi, diambil insang, hati, dan ototnya untuk analisis konsentrasi
logam berat dan analisis kerusakan jaringan. Konsentrasi logam berat diukur
menggunakan spektrofotometer serapan atom (SSA), selanjutnya dianalisis
menggunakan uji ANOVA dan uji Tukey dengan program R. Untuk analisis
kerusakan jaringan, sampel organ fisiologis, yakni insang dan hati dibuat preparat
histologi menggunakan metode parafin dan pewarnaan rhodizonate,
didokumentasikan, selanjutnya dianalisis tingkat kerusakannya. Sampel air
dikoleksi untuk analisis logam berat dalam perairan dan uji kualitas air.
Bioekologi ikan yang menggambarkan kesehatan ikan diukur melalui dua
parameter, yaitu karakteristik pertumbuhan dan faktor kondisi ikan. Keduanya
dianalisis menggunakan uji t pada Ms. Excel dan Elevan I FiSAT II.
Konsentrasi total logam pada organ ikan tidak signifikan antar lokasi
maupun musim, tetapi signifikan antar organ (p = 0.0378) dan antar ketiga logam
(p = 5.12 x 10-7). Konsentrasi logam tertinggi hingga terendah ditemukan di hati,
insang, kemudian otot. Pb merupakan logam dengan konsentrasi tertinggi yang
ditemukan pada organ ikan sapu-sapu di Sungai Ciliwung, disusul Hg kemudian
Cd. Konsentrasi Pb pada insang, hati, dan otot berturut-turut 0.002571, 0.005467,
dan 0.001609 μg/g, dengan konsentrasi rata-rata 0.003216 μg/g. Konsentrasi Hg
pada insang, hati, dan otot berturut-turut 0.002826, 0.004333, dan 0.003960 μg/g,
dengan konsentrasi rata-rata 0.003707 μg/g. Konsentrasi Cd pada insang, hati, dan
otot berturut-turut 0.000146, 0.00828, dan 0.0075 μg/g, dengan konsentrasi ratarata
0.00035 μg/g. Konsentrasi ketiga logam pada otot ikan berada di bawah nilai
ambang batas (NAB) menurut SNI 2009 maupun FAO, sehingga ikan sapu-sapu
dari Sungai Ciliwung aman untuk dikonsumsi. Batas aman konsumsi otot ikan per
minggu per kg berat badan untuk masing-masing logam Cd, Hg, dan Pb
berdasarkan Badan Kesehatan Dunia (WHO) dan FAO berturut-turut adalah 0.077,
0.721, 6.213 kg.
Konsentrasi logam berat dalam perairan umumnya rendah, kecuali Hg.
Konsentrasi Hg tertinggi ditemukan di segmen tengah pada musim penghujan dan
di segmen hilir pada musim kemarau, yaitu 0.0039 dan 0.0021 mg/L. Konsentrasi
tersebut telah melebihi NAB menurut Peraturan Pemerintah Nomor 20 Tahun
1990, sehingga ditinjau dari besarnya konsentrasi Hg, air Sungai Ciliwung tidak
layak digunakan sebagai sumber air minum maupun untuk keperluan perikanan
maupun peternakan.
Analisis histologi menunjukkan insang dan hati ikan yang ditemukan di
Jakarta (hilir) mengalami kerusakan lebih tinggi dibandingkan daerah lain.
Kerusakan insang pada musim penghujan lebih tinggi dibandingkan musim
kemarau. Hal ini berkorelasi positif dengan meningkatnya konsentrasi Hg pada
musim tersebut. Insang ikan sapu-sapu mengalami kerusakan struktur serta
plasma epitel lamella sekunder dan jaringan ikat, atropi, nekrosis, dan hipertropi.
Sedangkan hati mengalami haemorrhage, kerusakan struktur hepatosit, jaringan
ikat, dan duktus bilirubin (bile duct), atropi, nekrosis, dan hipertropi. Kerusakan
jaringan hati tidak konsisten berdasarkan musim seperti pada insang. Hal ini
berkaitan dengan waktu depurasi logam di hati membutuhkan waktu yang lama,
sehingga baik konsentrasi maupun kerusakan yang terjadi umumnya tidak
dipengaruhi oleh musim. Deposit logam terdapat pada jaringan ikat insang, serta
hepatosit dan jaringan ikat hati.
Ikan sapu-sapu di Sungai Ciliwung mengalami pertumbuhan bersifat
allometrik negatif (b = 0.241-2.679) dengan laju pertumbuhan 8.2 per tahun.
Pertumbuhan allometrik negatif pada ikan sapu-sapu diduga berkaitan dengan
bentuk tubuhnya yang pipih dorsoventral. Faktor kondisi ikan berkisar antara
0.631 hingga 1.278. Kondisi ikan di hilir lebih gemuk dibandingkan kondisi ikan
di hulu. Hal ini berkaitan dengan kelimpahan pakan yang tinggi di hilir karena
tidak adanya kompetitor, serta kesesuain antara topografi hilir sungai dengan
perilaku makan (feeding habits) ikan sapu-sapu. Paparan logam yang lebih tinggi
menyebabkan ikan sapu-sapu di hilir tidak mampu memaksimalkan pertumbuhan
panjang tubuhnya sehingga berukuran relatif lebih pendek dibandingkan ikan di
hulu. Terdeteksinya logam berat baik pada ikan maupun air Sungai Ciliwung
menjadikan perlu adanya kewaspadaan penggunaan sumber daya dari perairan
tersebut baik untuk konsumsi maupun untuk perikanan dan peternakan
Keragaman Morfometrik Lobster Air Tawar (Cherax quadricarinatus von Martens, 1868) dari Beberapa Situ di Jawa Barat
No full textLobster air tawar (Cherax quadricarinatus) sebagai spesies introduksi yang sudah banyak berkembang di luar habitat aslinya, mampu beradaptasi pada habitat yang baru melalui keragaman karakter morfometrik. Keragaman morfometrik ini dapat disebabkan adanya perbedaan kondisi ekosistem perairan. Tujuan penelitian ini untuk membandingkan karakter morfometrik populasi lobster air tawar (C. quadricarinatus) yang berasal dari beberapa ekosistem perairan situ di Jawa Barat dengan menggunakan metode baku dan truss morphometric. Lokasi pengambilan contoh berada di Situ Tonjong, Situ Gede, dan Situ Lengkong. Pengukuran karakter morfometrik menggunakan dua metode, yaitu metode baku dan truss morphometric. Hasil analisis Kruskal Wallis menunjukkan terdapat perbedaan karakter morfometrik yang signifikan pada 21 karakter pada pengukuran truss morphometric dan 12 karakter pada pengukuran baku. Analisis kluster memperlihatkan C. quadricarinatus yang berasal dari Situ Gede dan Situ Tonjong membentuk kelompok yang sama. Analisis diskriminan menunjukkan terdapat tiga populasi C. quadricarinatus, yaitu populasi di Situ Tonjong, Situ Gede, dan Situ Lengkong
Validasi Basa Nukleotida Gen 16S rRNA sebagai Dasar Pengelolaan Sumberdaya Mimi (Carcinoscorpius rotundicauda Lattreille, 1802) dari Perairan Pulau Jawa dan Madura.
No full textMimi (Carcinoscorpius rotundicauda) merupakan hewan fosil yang hidup
di perairan estuari dan bermangrove yang telah mengalami diversifikasi sejak
zaman paleogene (65-23 Mya). Keberadaan spesies ini termasuk dalam kategori
data deficient (2015) yang dinyatakan oleh IUCN. Maka dari itu, perlu adanya
identifikasi mimi (C. rotundicauda) melalui pendekatan biomolekuler agar
diketahui informasi identitas molekuler mimi. Tujuan penelitian ini adalah untuk
mengidentifikasi urutan basa nukleotida spesifik gen 16S rRNA dan mengkaji
hubungan kekerabatan mimi C. rotundicauda dari Perairan Pulau Jawa dan
Madura. Metode yang digunakan yaitu DNA barcoding. Penggunaan marka gen
16S rRNA menghasilkan panjang nukleotida sebesar 451 bp. Konstruksi pohon
filogeni memperlihatkan perbedaan yang jelas antara genus Carcinoscorpius
dengan genus Tachypleus dimana terdapat 28 situs nukleotida spesifik sebagai
penciri spesies
Hubungan Kekerabatan Lobster Air Tawar (Cherax quadricarinatus von Marten, 1868) di Perairan Jawa Barat Berdasarkan Marka Gen 16S rRNA
No full textLobster air tawar (Cherax quadricarinatus) telah diintroduksi dan dibudidayakan oleh beberapa masyarakat Jawa Barat. Meskipun memiliki nilai ekonomis yang tinggi, biota ini bersifat invasif apabila jumlahnya tidak terkontrol.Oleh karena itu, perlu adanya suatu informasi yang tepat sebagai dasar dari penentuan pengelolaan, diantaranya adalah dengan pendekatan molekuler. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis hubungan kekerabatan Cherax quadricarinatus yang berada di perairan Jawa Barat berdasarkan marka gen 16S rRNA. Penelitian dilakukan mulai Maret-April 2018 dengan lokasi pengambilan sampel pada Situ Ciburuy, Situ Salabenda, Situ Cilala, Danau Lido, dan Waduk Cirata. Sampel diambil sebanyak dua individu dari setiap lokasi.Daging pada bagian capit lobster air tawar diekstraksi dan diisolasi kemudian dilakukan amplifikasi PCR dan sekuensing.Sekuen basa contoh lobster air tawar disejajarkan dengan spesies lain yang berasal dari GenBank menggunakan software MEGA 5.2. Hasil analisisgenetik diketahui bahwa seluruh contoh lobster air tawar pada lokasi penelitian adalah jenis Cherax quadricarinatus dengan nilai kedekatan 99-100%. Jarak genetik antar spesies C. quadricarinatus pada lokasi penelitian adalah 0,000-0,003 menunjukkan bahwa C. quadricarinatus yang ada pada lokasi penelitian memiliki hubungan kekerabatan yang dekat
Validasi Molekuler Berdasarkan Marka Gen 16S rRNA di Perairan Bintan sebagai Tahap Awal Pengelolaan Kuda Laut (Hippocampus spp.)
No full textKuda laut merupakan biota yang dilindungi dan ditetapkan dalam kategori
vulnerable atau rentan dalam IUCN, serta termasuk ke dalam Appendiks II pada
CITES. Fenomena cryptic species dan complex species pada biota perairan sering
menyebabkan kesalahan identifikasi secara morfologi. Penelitian ini bertujuan
untuk mengidentifikasi spesies kuda laut berdasarkan marka gen 16S rRNA dan
menentukan hubungan kekerabatan kuda laut di perairan Bintan. Isolasi dan
ekstraksi DNA menggunakan kit komersial Qiagen menghasilkan DNA total yang
kemudian diamplifikasi menggunakan primer universal 16S rRNA, dan
dilanjutkan ke proses sekuensing. Analisis basa nukleotida menggunakan
BLASTn menunjukkan bahwa kelima contoh kuda laut mirip dengan
Hippocampus comes. Urutan basa nukleotida kemudian disejajarkan dengan
outgroup dari genus Hippocampus dan Syngnathus menggunakan software
MEGA 5.0. Terdapat 18 situs nukleotida spesifik pada H. comes yang
membedakannya dari spesies outgroup. Kajian ini menunjukkan bahwa gen 16S
rRNA mampu memvalidasi spesies H. comes dan dapat dijadikan sebagai penanda
molekuler yang akurat untuk H. comes
Kajian Morfologi Dan Genetik Mimi (Xiphosura, Limulidae) Sebagai Dasar Konservasi Dan Pengelolaan Di Pulau Jawa.
No full textMimi atau belangkas merupakan hewan dari famili Limulidae yang dikenal sebagai living fossils dan di Indonesia merupakan salah satu sumberdaya genetik yang dilindungi oleh SK Menteri Kehutanan No. 12/Kpts-II/1987 dan Peraturan Pemerintah RI No. 7/1999. Keberadaan ketiga spesies Asia yaitu Tachypleus gigas (Muller 1785), Tachypleus tridentatus (Leach 1819), dan Carcinoscorpius rotundicauda (Lattreille 1802) telah dinyatakan near threatened (2010), threatened (2014) dan data deficient (2015) oleh IUCN. Kajian mengenai mimi di Indonesia sangat jarang dilakukan dan belum diketahui dengan jelas status populasinya. Penelitian dilaksanakan pada bulan Oktober 2014 sampai Juni 2015. Penelitian menggunakan metode random sampling, mimi yang tertangkap jaring dibawa ke daratan dan diukur secara hidup-hidup, pengukuran karakteristik morfologi berupa karakter morfometrik yang meliputi panjang (total, telson, badan, prosoma, median ringe, depan occeli, marginal spine (I, II, III, IV, V, VI), ophistoma), tebal ventral messel, lebar maksimum prosoma, jarak antar (mata majemuk, auriculata spine, marginal proses, sudut posterior, sudut anal), lebar dan tinggi pertengahan telson, diameter (capit chelicera, capit pedipalpi, capit kaki jalan (I, II, III, IV)). Sedangkan analisis molekuler meliputi beberapa tahapan diantaranya yaitu isolasi dan ekstraksi DNA, elektroforesis DNA, amplifikasi dan visualisasi fragmen DNA, sekuensing DNA, dan PCR-RFLP. Penelitian ini bertujuan untuk 1) mengkaji karakteristik morfologi mimi dari pesisir Ujung Kulon Banten, Segara Menyan Subang, Semarang, Demak, Rembang, Pantai Kenjeran Surabaya, dan Campur Rejo Gresik, 2) mengidentifikasi mimi berdasarkan marka gen COI dan mengetahui haplotipe dengan menggunakan metode PCR-RFLP di Pulau Jawa (Banten, Segara Menyan Subang, Semarang, Demak, Rembang, dan Surabaya) sebagai informasi dalam penentuan strategi pengelolaan dan konservasi mimi di pesisir Pulau Jawa. Penelitian dilaksanakan pada bulan Oktober 2014 sampai Juli 2015 di lokasi sampling dan Laboratorium Biologi Molekuler MSP IPB FPIK. Secara morfologi, C. rotundicauda Subang memiliki ukuran tubuh lebih kecil, sedangkan Rembang memiliki ukuran rata-rata lebar maksimal prosoma paling besar. T. gigas Surabaya memiliki ukuran tubuh lebih besar. T. tridentatus Subang memiliki ukuran tubuh lebih kecil, Gresik memiliki ukuran tubuh lebih besar. Ukuran tubuh mimi secara berurutan dari yang paling besar T. gigas> T. tridentatus > C. rotundicauda. Subang merupakan lokasi terbanyak ditemukannya mimi (58 individu), serta memiliki ketiga spesies. Sedangkan Rembang merupakan daerah terbanyak ditemukannya spesies C. rotundicauda (21 individu). Identifikasi molekuler T. gigas dari penelitian ini telah menunjukan kepastian taksonomi (taxonomy certainty). Identifikasi spesies T. tridentatus dan C. rotundicauda tidak berhasil dengan menggunakan gen CO1. T. tridentatus identik dengan T. gigas, sedangkan C. rotundicauda perlu dilakukan analisis ulang. PCR-RFLP dengan menggunakan primer F1 dan F2 dapat diaplikasikan pada ketiga spesies mimi. Penggunaan enzim restriksi EcoR1 dapat memberikan hasil pemotongan pita DNA hasil PCR-RFLP. Terjadi ketidaksinkronan antara hasil molekuler dengan morfologi. Secara morfologi teridentifikasi tiga spesies sedangkan secara molekuler T. tridentatus identik dengan T. gigas dan C. rotundicauda perlu dilakukan analisis ulang. Berdasarkan hasil RFLP diperoleh Demak dapat ditentukan sebagai daerah gen stok untuk C. rotundicauda, Subang sebagai gen stok T. gigas, dan Semarang untuk T. tridentatus karena memiliki keanekaragaman haplotipe lebih tinggi dibandingkan dengan lokasi lain
Populasi dan Struktur Genetik Belangkas Tachypleus tridentatus Leach, 1819 sebagai Dasar Pengelolaan di Perairan Kota Balikpapan
No full textBelangkas (Tachypleus tridentatus) adalah salah satu hewan bentik laut yang
menghuni perairan pesisir Balikpapan Timur. Informasi tentang populasi belangkas
di lokasi masih terbatas, dan IUCN secara luas mengklasifikasikannya dalam
kategori data deficient. Pencantuman taksa dalam kategori ini menunjukkan bahwa
diperlukan lebih banyak informasi tentang populasinya. Penelitian ini bertujuan
untuk menganalisis populasi dan struktur genetik T. tridentatus di perairan pesisir
Balikpapan Timur.
Belangkas diperoleh menggunakan alat tangkap nelayan setempat (dogol -
sejenis pukat dan jaring insang) pada fase bulan dan jarak yang berbeda dari garis
pantai, antara Januari hingga Maret 2018. Belangkas yang tertangkap dihitung dan
dicatat lokasi penangkapannya serta diamati karakter morfologinya. Untuk analisis
populasi, belangkas yang tertangkap diberi tanda dan selanjutnya dilepas kembali
di lokasi penangkapannya dan untuk analisis struktur genetik, sebanyak 32 individu
secara acak diambil darahnya. Analisis populasi yang dilakukan meliputi pola
sebaran dan ukuran populasi. Analisis struktur genetik yang dilakukan meliputi
kepastian taksonomi dengan menggunakan penanda gen CO1 dan keragaman
genetik dengan menggunakan penanda gen mikrosatelit.
Karakter morfologi utama berupa telson yang berbentuk segitiga dan duri
kecil yang banyak terdapat pada ophisthosoma, secara genetis menunjukkan bahwa
jenis yang dikumpulkan adalah T. tridentatus. Sebagian besar individu yang
ditemukan di lokasi penelitian adalah individu dewasa; dengan lebar prosoma
berkisar antara 22.5 hingga 30.5 cm untuk jantan dan 28.5 hingga 37.5 cm untuk
betina. Jumlah individu tertinggi ditemukan di lokasi 1 mil dari pantai Teritip dan
2 mil dari pantai Manggar. Hasil tangkapan bervariasi terkait fase bulan dan yang
tertinggi terjadi pada kuartal ketiga. Batas ukuran populasi T. tridentatus di perairan
Balikpapan Timur pada selang kepercayaan 95% adalah antara 18 sampai dengan
2 866 individu. Rata-rata keragaman genetik populasi berdasarkan heterozigositas
penanda gen mikrosatelit adalah 0.49 dengan rata-rata koefisien inbreeding sebesar
0.11. Kondisi ini menunjukkan keadaan moderat namun terdapat potensi ancaman
terhadap keragaman genetik.
Hasil penelitian ini dapat memperkuat informasi pengenalan jenis
T. tridentatus berdasarkan variasi morfologi, adanya keterkaitan populasi di
perairan Balikpapan Timur dan sekitarnya serta dampak lingkungan terhadap
genetika populasi
Aplikasi DNA Barcoding dan Metabarcoding pada Ikan Kerapu Lumpur (Epinephelus coioides) dan Jenis Makanannya dari Perairan Raja Ampat
No full textMakanan merupakan sumber nutrisi bagi makhluk hidup tidak terkecuali
untuk ikan dalam mempertahankan keberlangsungan hidup. Oleh karena itu perlu
adanya pengkajian makanan melalui kebiasaan makanan ikan. Penelitian ini
bertujuan mengidentifikasi spesies ikan kerapu lumpur Epinephelus coioides
melalui analisis DNA Barcoding serta keragaman jenis makanannya menggunakan
analisis Metabarcoding dengan marka molekular gen COI. Sampel jaringan
dianalisis dengan metode Sanger. Hasil identifikasi spesies melalui DNA
Barcoding menunjukkan terdapat basa nukleotida sebanyak 643 pb dengan tingkat
kemiripan sebesar 100%. Satu sampel isi perut ikan dianalisis dengan teknologi
Next Generation Sequencing. Hasil penelitian menggunakan software MEGA 5.02
dari sampel isi perut didominasi oleh kelompok ikan sebesar 91,80% dan kelompok
invertebrata sebesar 8,18%. Hasil serupa menggunakan software QIIME2 dengan
referensi database MIDORI LONGEST, makanan didominasi oleh kelompok ikan
E. coioides dengan frekuensi relatif berkisar 96% dan ivertebrata sebesar 2%
- …
