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Neutralizing antibodies against simian foamy virus in infected humans
No full textLes virus foamy simiens (VFS) sont la troisième famille des rétrovirus complexes exogènes infectant l'Homme. Ces virus, zoonotique, sont transmis par des fluides biologiques (principalement la salive), lors d'un contact direct entre un individu et un singe infecté. Ils établissent une infection chronique chez l'hôte infecté. À ce jour, aucune pathologie n'a été associée à au cas d'infections humaines par le VFS, et aucun cas de transmission secondaire n'a été rapporté dans la population. L'infection VFS représente un modèle naturel de la restriction de l'émergence d'un rétrovirus simien chez l'Homme. Lors de ma thèse, j'ai caractérisé la réponse humorale contre les VFS chez des personnes vivant au Cameroun ou au Gal infectées suite à des morsures lors d'épisodes de chasse. J'ai montré la présence d'anticorps neutralisants les VFS dans 48 sujets infectés, à des titres élevés. La population étudiée est infectée par des virus de deux génotypes qui diffèrent dans le domaine central de la protéine impliqué dans la liaison au récepteur cellulaire. J'ai montré des réponses neutralisantes spécifiques de chaque génotype des sujets étudiés et des réactivités croisées chez 40% d'entre-eux. Parmi ces derniers, la moitié est infectée par deux souches virales. En conclusion, mon travail de thèse est la première caractérisation des anticorps neutralisants chez des personnes infectées chroniquement par un VFS zoonotique : ces anticorps sont fréquemment détectés, à des titres élevés et sont dirigés contre des épitopes conservés entre les VFS de chimpanzé et de gorille.Simian foamy virus (SFV) are the third family of exogenous complex retroviruses infecting humans. These viruses, of origins, are transmitted by body fluids (mainly saliva), through a direct contact between an individual and an infected m establish a chronic infection in the infected human host. To date, neither pathology, nor secondary transmission has be to be associated with SFV infection in humans. Therefore, SFV represents a natural model of restriction emerging simiar in humans. During my PhD, I characterized the humoral response against SFV in people living in Cameroon and Gabon, mainly infected bites during hunting episodes. I showed the presence of SFV neutralizing antibodies in the plasma of 48 infected individ titers. Our study population is infected with viruses of 2 different genotypes, which differ in the central region of the En region involved in binding to the cellular receptor.While in 60% of cases, neutralizing response was specific to a single genotype, 40% of cases showed cross-reactivity. Cr( was associated in 50% of cases with co-infection with viruses from both genotypes.In conclusion, my PhD is the first study to characterize neutralizing antibodies in individuals chronically infected with a zoonotic SFV : these antibodies are frequently detected at high titers and are directed against epitopes commonly found in chimpanzee and gorilla SFV
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Infection humaine par des rétrovirus foamy simiens (VFS) zoonotiques : caractérisation des régions épitopiques reconnues par les anticorps neutralisants chez les personnes infectées
No full textContexte : Les virus foamy simiens (VFS) sont des rétrovirus de type complexe anciens et très répandus. Ils ont évolué conjointement avec leur espèce hôte pendant des millions d'années. Ces virus peuvent être transmis à l'homme, principalement par des morsures, entraînant l'établissement d'une infection persistante. Malgré la transmission zoonotique fréquente des VFS des PNH aux humains en Afrique centrale et en Asie, aucune pathologie manifeste ou transmission interhumaine des VFS n'a encore été signalée. Mon laboratoire a émis l'hypothèse que le système immunitaire contrôle efficacement la réplication virale chez les humains infectés par des zoonoses. Ils ont démontré que des anticorps neutralisants (AcN) sont présents à des titres élevés chez les chasseurs d'Afrique centrale infectés par des souches de VFS de gorille et de chimpanzé. Deux génotypes viraux circulent parmi les primates non humains (PNHs) et les hommes infectés par le VFS. Une région variante au sein du domaine de surface (SU) de la glycoprotéine d'enveloppe virale (Env), appelée SUvar, constitue la base des deux génotypes. Le domaine de liaison des récepteurs (RBD) chevauche la région SUvar. Ces anticorps neutralisants ciblent strictement la région SUvar de l'Env du VFS. Objectifs du projet de thèse : Mon objectif était de caractériser les épitopes des AcN situés dans la région SUvar de l'Env du VFS. Méthodes : Pour cartographier les épitopes AcN au sein de la SUvar, j'ai réalisé des tests de neutralisation en présence de protéines SU recombinantes agissant comme compétiteurs de l'enveloppe des particules virales pour la liaison aux AcN. J'ai utilisé des échantillons de plasma provenant de chasseurs d'Afrique centrale infectés par le VFS du gorille et des vecteurs viraux foamy exprimant l'Env du VFS de l'un ou l'autre des deux génotypes. J'ai généré des protéines SU mutantes en supprimant systématiquement des sites de glycosylation, en insérant des sites de glycosylation pour modifier des épitopes et en échangeant des domaines entre les deux génotypes. Résultats : J'ai montré que les épitopes neutralisant ont une localisation spécifique au génotype. Grâce à une collaboration avec le laboratoire du professeur Felix Rey qui a résolu une structure d'un RBD du VFS du gorille, nous avons découvert que la plupart des AcNs spécifiques du VFS ciblent des épitopes situés à l'apex de Env, en particulier trois boucles mobiles situées à l'interface entre les protomères. Des vecteurs dont l'enveloppe est délétée pour chacune de ces boucles se fixent aux cellules mais sont non infectieux, ce qui suggère que les AcNs ciblent des épitopes ayant une importance fonctionnelle. De plus, nous avons trouvé un deuxième épitope majeur dans la partie inférieure du RBD ciblé par les AcNs provenant d'individus infectés par l'un des deux génotypes. Cette région est impliquée dans la fixation aux cellules. Conclusions et perspectives: Mes résultats suggèrent que les AcNs spécifiques du VFS pourraient bloquer l'entrée du virus, soit en inhibant l'interaction entre Env et la surface de la cellule soit en empêchant le changement de conformation de Env permettant la fusion des membranes virale et cellulaire. Mes données confirment que les AcNs pourraient contribuer à contrôler la réplication virale et la transmission interhumaine des VFS.Background: Simian foamy viruses (SFVs) are ancient and wide-spread complex-type retroviruses that have co-evolved with their non-human primate (NHP) species for millions of years. These viruses can be transmitted to humans, primarily through bites, leading to the establishment of a life-long persistent infection. Despite frequent zoonotic transmission of SFVs from NHPs to humans in Central Africa and Asia, no overt pathology or human-to-human transmission of SFVs have been reported yet. My host laboratory hypothesized that the immune system efficiently controls viral replication in zoonotically infected humans. They demonstrated that neutralizing antibodies (nAbs) are present at high titers in Central African hunters infected with gorilla and chimpanzee SFV strains. My colleagues showed that two viral genotypes are circulating among SFV-infected NHPs and humans. A variant region within the surface domain (SU) of the viral envelope glycoprotein (Env), termed SUvar, forms basis of the two genotypes. The receptor binding domain (RBD) overlaps the SUvar region. The nAbs strictly target the SUvar region on the SFV Env. PhD project aims: I aimed to characterize nAb epitopes located within the SUvar region of SFV Env. Methods: To map nAb epitopes within SUvar, I performed neutralization assays in presence of recombinant SU proteins that compete with Env at the surface of viral particles for nAb binding. I used plasma samples from Central African hunters infected with gorilla SFVs and foamy viral vectors expressing SFV Env from each of the two genotypes. I generated mutant SU proteins by systematically deleting glycosylation sites, inserting glycans to disrupt epitope and by swapping residues between the two genotypes. Results: I have described that nAb epitopes have a genotype-specific location. Through collaborative work with the laboratory of Prof. Felix Rey who solved the crystal structure of a gorilla SFV RBD, we have discovered that most SFV-specific nAbs target epitopes located at the apex of Env, in particular three mobile loops located at the interface between protomers. Vectors with deleted loops were produced and bound to cells but were non-infectious, suggesting that nAbs target epitopes with functional importance. In addition, we found a second major epitope in the bottom part of the RBD targeted by nAbs from individuals infected by one of the two genotypes. This region is involved in binding to cells. Conclusions and perspectives: My results suggest that SFV-specific nAbs could block viral entry either by preventing Env binding to the cell surface or by preventing conformational changes of the Env trimer and fusion of viral and cellular membranes. My data support the role of nAbs in the control of viral replication and human-to-human transmission
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
L’infection zoonotique par les virus foamy simiens : une réponse anticorps puissante
No full textInternational audienceL’homme n’est pas un hôte naturel des virus foamy (VF), mais il peut être infecté par des VF simiens (VFS), principalement suite à une morsure par un singe infecté [...
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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