1,721,064 research outputs found
The Effect of Diallyl Disulfide Administration on miR34a and Apoptosis Mechanism in Rats with Experimental Colon Cancer Models
No full textCancer; It is a disease that causes changes in body functions with abnormal cell formation and
growth. Although it is known that cancer is caused by uncontrolled cell proliferation, the main cause of
the disease is still not fully understood. Colon cancer is one of the most common types of cancer in the
world. Therefore, experimentally inducing colon cancer in rats with azoxymethane makes a very
important contribution to revealing the process of colorectal carcinogenesis in humans. In addition,
many studies are conducted with the idea that miRNAs can lead to the early diagnosis and treatment of
diseases. The research area of miRNAs is quite high today, especially in order to detect cancers that
show clinical signs in the late period. In this study, an experimental colon cancer model was created in
rats and expression differences were examined. In addition, the effectiveness of diallyl disulfide
(DADS), one of the oil-soluble components of garlic, was also evaluated in our study.
60 male Winstar albino rats used in the study were divided into 5 groups, 12 in each group:
healthy control (K), cancer control (AOM), healthy diallyl disulfide (K + DADS), cancer DADS (AOM
+ DADS), corn oil (K + corn oil). Azoxymethane (AOM, 15 mg/kg, sc, 2 times with 1 week interval)
was administered to all cancer groups for the first two weeks. DADS groups were given 50 mg/kg
DADS (oral) for 3 weeks (5 days a week) from week 15. Corn oil group was given 50 mg/kg (oral) corn
oil for 3 weeks (5 days a week) starting from the 15th week. At the end of 18 weeks, all rats were
euthanized and tissue samples were taken. In the study, the levels of Bcl-2 and Bax genes and miR34a
expression were determined by Real Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR), as well as the level
of Bax, Bcl protein and MDA with Elisa. In addition, abnormal crypt foci (ACF) formation was
determined histopathologically in the colon tissue.
As a result of the study, no statistical difference was observed in MDA levels between the
groups (P>0.05). It was observed that there was no difference in Bcl mRNA and protein levels between
the groups (P>0.05) when compared to the control group, there was an increase in Bax mRNA level in
other groups compared to the control group (P<0.05), and there was no statistical difference in Bax
protein level (P>0.05). MiR 34a expression was found to be significantly increased in the DADS and
AOM+DADS groups compared to the control (P<0.05). As a result, it was concluded that the location
of the primary tumor, the size of the tumor, the results of Bcl-2 and Bax expression may vary depending
on the progression of the disease, and DADS application may lead to apoptosis.Kanser; anormal hücre oluşumu ve büyümesi ile vücut fonksiyonlarında değişikliğe sebep olan
bir hastalıktır. Kansere kontrolsüz hücre çoğalmasının neden olduğu bilinmesine rağmen, hastalığın ana
nedeni tam olarak hala anlaşılamamıştır. Kolon kanseri de dünyada oldukça yaygın olarak görülen
kanser türleri arasındadır. Bu yüzden azoksimetan ile deneysel olarak ratlarda kolon kanseri oluşturmak
insanlarda kolorektal karsinogenezin sürecini ortaya koymada çok önemli katkı sağlamaktadır. Ayrıca
miRNA’ların, hastalıkların erken teşhisinde ve tedavisinde yol gösterebileceği düşüncesiyle çok sayıda
araştırma yapılmaktadır. Özellikle geç dönemde klinik belirti veren kanserleri erken teşhis edebilmek
için miRNA’ların araştırma alanı günümüzde oldukça fazladır. Bu çalışmada ratlarda deneysel kolon
kanser modeli oluşturulup ekspresyon farklılıkları incelenmiştir. Ayrıca yaptığımız çalışmada
sarımsağın yağda çözünen bileşenlerinden biri olan dialil disülfit’in (DADS) etkinliğide
değerlendirilmiştir.
Çalışmada kullanılan 60 adet erkek Winstar albino rat her grupta 12 adet olacak şekilde 5 gruba
ayrıldı: Sağlıklı kontrol (K), kanser kontrol (AOM), sağlıklı dialil disülfit (K + DADS), kanser DADS
(AOM + DADS), Mısır yağı (K + mısır yağı). Kanser gruplarının tamamına ilk iki hafta azoksimetan
(AOM, 15 mg/kg, sc, 1 hafta ara ile 2 defa) uygulandı. DADS gruplarına 15. haftadan itibaren 50 mg/kg
DADS (oral) 3 hafta (haftada 5 gün) süresince verildi. Mısır yağı grubuna da 15. haftadan itibaren 50
mg/kg (oral) 3 hafta (haftada 5 gün) süresince mısır yağı verildi. 18 haftanın sonunda tüm ratlar ötanazi
edilerek doku örnekleri alındı. Çalışmada Real Time Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PZR) ile Bcl-2
ve Bax, genlerinin düzeyleri ile miR 34a ekspresyonu ayrıca Elisa ile Bax, Bcl proteini ve MDA seviyesi
belirlendi. Ayrıca kolon dokusunda histopatolojik olarak anormal kript odakları (ACF) oluşumu
belirlendi.
Yapılan çalışmanın sonucunda gruplar arasında MDA seviyesinde istatistiki olarak fark
gözlenmedi (P>0.05). Kontrol grubuyla kıyaslandığında Bcl mRNA ve protein seviyesinde gruplar
arasında (P>0.05) herhangi bir fark olmadığı, Bax mRNA seviyesinde kontrol grubuna kıyasla diğer
gruplarda yükselme olduğu (P<0.05), Bax protein seviyesinde ise istatistiksel fark olmadığı (P>0.05)
gözlemlendi. miR34a ekspresyonunda kontrole göre DADS ve AOM+DADS grubunda anlamlı
yükselme (P<0.05) olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak primer tümörün yerleşimi, tümörün boyutu,
hastalığın ilerlemesine bağlı Bcl-2 ve Bax ekspresyon sonuçlarının değişiklik gösterebileceği DADS
uygulamasının apoptoza götürebileceği kanısına varıldı
Investigation of genetic similarities and differences among domestic and wild goats in Turkey
No full textPopulasyonların moleküler düzeyde karakterizasyonu, populasyon içi ve populasyonlar arası genetik uzaklıkların belirlenebilmesine olanak sağlar. Bu amaçla mikrosatellitler; doğal seçilimden etkilenmedikleri ve populasyon içi ve arası farklılaşmaları zamana ve mutasyon hızına bağlı olarak doğrudan yansıttıkları için populasyon genetiği çalışmalarında sıklıkla tercih edilmektedir. Sunulan bu çalışmada Kilis, Shami, Honamlı, Saanen, Kıl ve Ankara Keçisi ile Yaban keçileri arasındaki genetik benzerlik ve farklılıklar 320 adet birey kullanılarak araştırılmıştır. Standart fenol/kloroform yöntemi kullanılarak DNA izolasyonu yapılmıştır. Toplam 20 farklı lokus (MM12, ILSTS030, CSSM39, RT1, CSRP26, ETH10, BMC1009, BM848, INRABERN172, ILSTS11, TGLA122, ILSTS05, ETH152, CSSM43, IDVGA29, FCB20, INRA05, BM203, FCB304, MB25) kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu ile mikrosatellit bölgeleri çoğaltılmıştır. PZR ürünleri Beckman Coulter CEQ-8000 Genetik Analiz Sistemi kullanılarak kapiller elektroforeze tabi tutulmuş ve markör genotipleri (allelleri) belirlenmiştir. İstatistiksel analizlerde temel parametreler olan toplam allel sayısı, allel frekansları, gözlenen heterezigotluk (Ho), beklenen heterezigotluk (He), Hardy-Weinberg Dengesine (HWE) uygunluk parametreleri hesaplanmıştır. Toplam allel sayılarınınfarklı lokuslar için 4 ile 25 arasında değiştiği gözlenmiştir. Ortalama gözlenen heterezigotluk (Ho) değerlerinin 0.499 ile 0.632 arasında, beklenen heterezigotluk (He) değerlerinin ise 0.609 ile 0.705 arasında değiştiği belirlenmiştir. Yapılan Structure analizi ve FCA grafiğine göre Yaban keçilerinin genetik olarak diğer evcil keçilerden daha saf olduğu ve ayrı olarak gruplanabildiği gözlemlenmiştir. Ayrıca yapılan analizlerde Ankara keçilerinin Eskişehir ve Lalahan diye tabir edilen hatlarının genetik olarak bir farklılığının bulunmadığı belirlenmiştir.Characterization of populations on molecular level makes it possible to define genetic distances among and between the populations. For this purpose, microsatellites are frequently preferred for that they are not subject to natural selection and that they show variations among and between populations directly according to time and mutation speed. In this study, the genetic similarities and differences between Kilis, Shami, Honamlı, Saanen, Hair, Angora and Wild goats were investigated through the use of 320 individuals. DNA isolation was conducted through standard phenol/chloroform method. By using 20 different locus, polymerase chain reaction and microsatellite regions were multiplied. Though the uses of Beckman Coulter CEQ-8000 Genetic Analysis System, PZR products were electrophoresed and their marker genotypes were identified. Total number of alleles (which are the basic parameters in statistical analysis), heterozygosis with observed allele frequencies, expected heterozygosis and Hardy-Weinberg Equilibrium compatibility parameters were calculated. It was observed that the number of total alleles vary between 4 and 25 for different loci. While observed average heterozygosis value differ between 0,499 and 0,632, it was seen that expected heterozygosis is between 0,609 and 0,705. According to Structure analysis and FCA graph, it was observed that Wild goats are genetically purer than other domestic goats and that they can be classified separately. Furthermore, it was found that there were no genetic differences between Ankara goats Eskişehir and Lalahan genres.Bu proje TÜBĠTAK- Kamu Araştırma Grubu (KAMAG) tarafından 109 G103 proje numarası ile desteklenmiştir.
Bu proje SELÇUK ÜNİVERSİTESİ Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü
(BAP) tarafından 15202004 proje numarası ile desteklenmişti
Investigation of gamma glutamyl transferase (ggt), aspartate aminotransferase (ast) and alkaline phosphatase (alp) from liver enzymes by lipid profiling in rats fed with trans fat containing oil obtained from cotton oil
No full textSunulan çalışmada, trans ve pamuk yağlarının organizmada meydana getirdiği biyokimyasal değişikliklerin belirlenmesi amaçlandı. Çalışmada 18 adet 12 haftalık Wistar cinsi erkek rat kullanıldı. Ratlar 1. Grup kontrol, diğer 2 grup çalışma grubu olarak toplam 3 gruba ayrıldı. 1. Grup standart rat yemi ve su, 2. Grup pamuk yağlı yem ve su, 3. Grup trans yağlı yem ve su ile 8 hafta süresince ad libitum olarak sağlandı. Çalışma gruplarından 0. günde supraorbital ve 60. günde ise intrakardiyak yöntemle anestezi altında kan alımı gerçekleştirildi. Ratlardan alınan kan örneklerinden glikoz, HbA1c, trigliserit, kolesterol, HDL, LDL, AST, ALT, ALP, SOD ve GGT analizleri yapıldı. Analizler için SPSS programı kullanıldı. Sunulan çalışmada trans yağların, LDL ve trigliserit konsantrasyonunu arttırdığı, HDL konsantrasyonunu azalttığı, bazı karaciğer enzim değerlerinde değişmelere neden olduğu görülmüştür. Trigliserit, LDL, ALP analizlerinde istatistiksel açıdan anlamlı sonuçlar elde edilmiştir (p<0.05). GGT ve AST analizlerinde ise istatistiksel açıdan anlamlı sonuçlar elde edilememiştir (p>0.05). Bu çalışma S.Ü. BAP Koordinatörlüğü tarafından desteklenmiştir (Proje No: 17202049).In this study, it was aimed to determine the biochemical changes caused by trans and cotton oils in the organism. A total of 18 Wistar Albino male rats were used. The research was executed in SUDAM unit. Rats were divided into 3 equal groups. Rats were formed as control of 1st group; 2nd and 3rd study groups. 1st group standard rat diet and water, 2nd group was added cotton oil to the diet and water and 3rdgroup forage was added oil trans fat and standart water. Ad libitum feeding was performed. It was performed blood taken by supraorbital method at 0. day and by intracardiac method at 60th dayunder anesthesia. It was performed analyzes of glucose, HbA1c, triglyceride, cholesterol, HDL, LDL, AST, ALT, ALP, SOD and GGT. The SPSS program was used for the analyzes. In the present study, trans fats increased LDL and triglyceride concentrations, decreased HDL concentration and caused some changes in liver enzymes. Triglyceride, LDL, ALP analysis showed statistically significant results (p<0.05). GGT and AST analysis showed no statistically significant results (p>0.05). This study was supported by S.U. BAP. Coordinator (Project Number: 17202049).Selçuk Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü tarafından 17202049 proje numarası ile desteklenmiştir
Evaluation of apoptotic effect of sinapic acid on canine d17 osteosarcoma cell line
No full textKöpeklerde kemik kanserinin oluşumu hakkında ve olası sinyal yolakları ile ilgili çeşitli çalışmalar gün geçtikçe artmakta ve yeni tedavi yöntemleri aranmaktadır. Bu çalışmada, D17 kemik kanseri hücre hattında çeşitli besinlerde fenolik bir bileşik olarak bulunan sinapik asitin (SA) hücre döngüsü, sinyal iletimi ve apoptoz yolaklarında gen ekspresyonları üzerine etkilerinin araştırılması hedeflenmiştir. Ekspresyon düzeyinin araştırılmasından önce uygun SA dozunu bulmak için XTT yöntemi ile SA'in hücre canlılığına etkisi belirlenmiştir. IC50 dozu D17 hücre hattında 72. saatte 750 μM olarak saptanmıştır. Ardından, tamamlayıcı DNA'nın (cDNA) sentezi için Transkriptor First Strand cDNA Sentez Kiti (Roche Diagnostics) kullanılarak çalışmalar yürütülmüştür. Sinapik asitin, D17 hücre hattında apoptoz yolaklarındaki gen ekspresyonu üzerine etkileri gerçek zamanlı kantitatif PZR (qPZR) ile analiz edilmiştir. Analiz sonucunda nörogenez biyobelirteçleri olan BAX, BCL2, CASP3, CASP7, CASP8, CASP9, CYCS, FAS ve P53 genlerinin ekspresyonları çalışılmıştır. Ayrıca internal kontrol ve referans gen olarak RPL32 ve YWHAZ genleri kullanılmıştır. BAX, CASP3, CASP7, CASP8, CASP9, FAS ve P53 genlerindeki ekspresyon artışlarının istatistiksel olarak anlamlı (p<0,05) olduğu belirlenmiştir. BCL2 ekspresyon düzeyindeki artış ve CYCS ekspresyon düzeyindeki azalmanın istatistiksel olarak anlamlı olmadığı anlaşılmıştır. Bulgulara göre, SA'in D17 osteosarkom hücre hattında hücreleri ektrinsik yolak üzerinden apoptoza götürebileceği anlaşılmıştır.Number of various studies on the formation of bone cancer in dogs and possible signal pathways are increasing day by day and new treatment methods are being investigated. In this study, it was aimed to investigate the effects of sinapic acid (SA), a phenolic compound in various nutrients, , on cell cycle signal transduction and gene expression in apoptosis pathways in the bone marrow cell line D17. Before investigating the expression level, the effect of SA on cell viability was determined by the XTT method to find the appropriate SA dose. IC50 was determined to be 750 μM at 72 h in D17 cell line. Subsequently, studies were performed using the Transcriptor First Strand cDNA Synthesis Kit (Roche Diagnostics) for the synthesis of complementary DNA (cDNA). The effects of sinapic acid on cell cycle in D17 cell line and expression in apoptosis pathways were analyzed by real time PZR. Expression of the BAX, BCL2, CASP3, CASP7, CASP8, CASP9, CYCS, FAS and P53 genes were studied. In addition, RPL32 and YWHAZ genes were used as the intenal control and reference genes. While there was a slight increase in BCL2 expression level, there was a decrease in CYCS level but not both. Increase was seen in BAX, CASP3, CASP7, CASP8, CASP9, FAS, and p53. It was statistically significant (p <0.05). According to findings, SA was found to be able to stop cell cycle in cell line D17.Bu araştırma Selçuk Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü tarafından 17202001 proje numarası ile desteklenmiştir
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
