1,720,981 research outputs found
Impact de l’urbanisation sur la structuration des communautés bactériennes construites à partir de phénomènes de spillovers et de coalescence conduisant à l’émergence de souches synurbiques
No full textUrbanization is an expanding process leading to a wide variety of urban morphologies and typologies which are matching social functions. The incidence of these organizations on the urban microbiology of outdoor surface environments remains to be characterized. A few reports presented recurrent bacterial taxa among cities and highlighted the presence of some human pathogens. However, the structuring processes of bacterial communities colonizing city surfaces remain poorly understood including the identification of the metabolic properties at the origin of the success of some bacterial taxa able to face the strong selective pressures induced by urban living conditions. This thesis explored the hypothesis of an emergence of reproducible urban outdoor surface microbiomes structured by socio-urbanistic parameters that would lead to the emergence of synurbic bacterial strains (i.e. adapted to urban living conditions). Deep socio-urbanistic surveys of two morphologies (industrial and city-center) were performed in order to characterize urban parameters and human activities that had a strong impact on the bacterial community structuring processes. In parallel, the bacterial communities of city surfaces were investigated by culture dependent and DNA-based approaches (qPCR and metabarcoding) with runoff waters used as proxies of the diversity found over delineated urban sub-catchments. Metabarcoding analyses were carried out using the universal 16S rRNA gene (classification at the genus level) and the tpm marker (developed during this thesis) allowing the discrimination of species and subspecie of genera belonging the gamma-proteobacteria, especially the Pseudomonas and Aeromonas. The inferred urban surface bacterial communities were found to be structured following the r/K ecological principle with (1) K-strategists forming core (i.e. highly recurrent among cities) and flexible sub-cores (i.e. specialists of one urban form) microbiomes, and (2) r-strategists representing opportunistic taxa whose the abundance was related to particular nutrient or chemical spillovers. The inferred core microbiome (K-strategists) was found to be made by about thirty genera including the Pseudomonas. The development of the tpm gene as a metabarcoding marker allowed to refine the understanding of these distribution patterns and to identify key synurbic species like P. koreensis and the human opportunistic pathogen P. aeruginosa. Structure of urban outdoor surface bacterial communities was found related to some socio-urbanistic parameters (e.g. high traffic, occurrences of wastes). To illustrate, r-strategists taxa such as Novosphingobium or Sulfurospirillum showed environmental bursts (almost half of the total bacteria) in line with a chemical spill near their sampling sites. Areas highly impacted by petroled engines showed higher rates of several genera of Actinobacteria, and of the P. stutzeri and P. extremaustralis species which are all known to be implicated in hydrocarbon degradation process. High tpm read numbers affiliated to the highly virulent P. aeruginosa PA7 clade were also recorded over city surfaces impacted by motorized trafic. The peculiar distribution patterns of P. aeruginosa led to the isolation and sequencing of almost 100 genomes of urban isolates. This allowed the characterization of a mobile genetic element involved in the degradation of alkanes among genomes of synurbic P. aeruginosa. Isolates of these synurbic P. aeruginosa and those of the PA7 clade were found cytotoxic towards A549 pulmonary cells.L'urbanisation est un processus grandissant qui conduit à une grande variété de morphologies et de typologies urbaines qui correspondent à des fonctions sociales. L'incidence de ces organisations sur la microbiologie des surfaces urbaines extérieures reste à caractériser. En fait, les processus de structuration des communautés bactériennes colonisant les surfaces urbaines restent mal compris, notamment l'identification des propriétés métaboliques à l'origine du succès de certains taxons bactériens capables de faire face aux fortes pressions sélectives induites par les conditions de vie urbaines. Cette thèse a exploré l'hypothèse de communautés bactériennes qui coloniseraient les surfaces urbaines de façon reproductible et qui seraient structurés par des paramètres socio-urbanistiques conduisant à l'émergence de souches bactériennes synurbiques (i.e. adaptées aux conditions de vie urbaines). Des études socio-urbanistiques approfondies de deux morphologies (industrielle et centre-ville) ont été réalisées afin de caractériser les paramètres urbains et les activités humaines ayant un fort impact sur les processus de structuration des communautés bactériennes. En parallèle, les communautés bactériennes des surfaces urbaines ont été étudiées par des approches basées sur les formes cultivables et sur l'ADN (qPCR et métabarcoding), les eaux de ruissellement étant utilisées comme indicateurs de la diversité trouvée dans les sous-bassins versants urbains étudiés. Des analyses de métabarcoding ont été réalisées en utilisant le gène universel de l'ARNr 16S (classification au niveau du genre) et le marqueur tpm (développé au cours de cette thèse) permettant la discrimination des espèces et sous-espèces de genres appartenant aux gamma-protéobactéries, en particulier les Pseudomonas et Aeromonas. Les communautés bactériennes inférées colonisant les surfaces urbaines se sont avérées être structurées selon le principe écologique r/K avec (1) des stratèges K formant le microbiome core (c'est-à-dire hautement récurrents parmi les villes) et flexible (c'est-à-dire spécialistes d'une forme urbaine), et (2) des stratèges r représentant des taxons opportunistes dont l'abondance est liée à des déversements particuliers de nutriments ou de produits chimiques. Le microbiome core (stratèges K) s'est avéré être composé d'une trentaine de genres, dont les Pseudomonas. Le développement du gène tpm comme marqueur métabarcoding a permis d'affiner la compréhension des distributions bactériennes observées et d'identifier des espèces synurbiques clés comme P. koreensis et le pathogène opportuniste humain P. aeruginosa. La structure des communautés bactériennes des surfaces urbaines extérieures s'est avérée liée à certains paramètres socio-urbanistiques (par exemple le trafic élevé, la présence de déchets). Pour illustrer, les taxons à stratégie r tels que Novosphingobium ou Sulfurospirillum ont montré des flambées environnementales (presque la moitié des bactéries totales) en rapport avec un déversement de produits chimiques près de leurs sites d'échantillonnage. Les zones fortement impactées par les moteurs à essence ont montré des taux plus élevés de plusieurs genres d'Actinobactérie, et les espèces P. stutzeri et P. extremaustralis qui sont toutes connues pour être impliquées dans le processus de dégradation des hydrocarbures. Des nombres élevés de reads tpm affiliés aux P. aeruginosa PA7, un clade très virulent, ont également été enregistrés sur les surfaces urbaines impactées par le trafic motorisé. Les schémas de distribution particuliers de P. aeruginosa ont conduit à l'isolement et au séquençage de près de 100 génomes d'isolats urbains. Cela a permis de caractériser un élément génétique mobile impliqué dans la dégradation des alcanes parmi les génomes de P. aeruginosa synurbique. Les isolats de ces P. aeruginosa synurbiques et ceux du clade PA7 se sont révélés cytotoxiques envers les cellules pulmonaires de type A549
Impact of urbanization on the structuration of bacterial communities built from spillovers and coalescence processes leading to an emergence of synurbic strains
No full textL'urbanisation est un processus grandissant qui conduit à une grande variété de morphologies et de typologies urbaines qui correspondent à des fonctions sociales. L'incidence de ces organisations sur la microbiologie des surfaces urbaines extérieures reste à caractériser. En fait, les processus de structuration des communautés bactériennes colonisant les surfaces urbaines restent mal compris, notamment l'identification des propriétés métaboliques à l'origine du succès de certains taxons bactériens capables de faire face aux fortes pressions sélectives induites par les conditions de vie urbaines. Cette thèse a exploré l'hypothèse de communautés bactériennes qui coloniseraient les surfaces urbaines de façon reproductible et qui seraient structurés par des paramètres socio-urbanistiques conduisant à l'émergence de souches bactériennes synurbiques (i.e. adaptées aux conditions de vie urbaines). Des études socio-urbanistiques approfondies de deux morphologies (industrielle et centre-ville) ont été réalisées afin de caractériser les paramètres urbains et les activités humaines ayant un fort impact sur les processus de structuration des communautés bactériennes. En parallèle, les communautés bactériennes des surfaces urbaines ont été étudiées par des approches basées sur les formes cultivables et sur l'ADN (qPCR et métabarcoding), les eaux de ruissellement étant utilisées comme indicateurs de la diversité trouvée dans les sous-bassins versants urbains étudiés. Des analyses de métabarcoding ont été réalisées en utilisant le gène universel de l'ARNr 16S (classification au niveau du genre) et le marqueur tpm (développé au cours de cette thèse) permettant la discrimination des espèces et sous-espèces de genres appartenant aux gamma-protéobactéries, en particulier les Pseudomonas et Aeromonas. Les communautés bactériennes inférées colonisant les surfaces urbaines se sont avérées être structurées selon le principe écologique r/K avec (1) des stratèges K formant le microbiome core (c'est-à-dire hautement récurrents parmi les villes) et flexible (c'est-à-dire spécialistes d'une forme urbaine), et (2) des stratèges r représentant des taxons opportunistes dont l'abondance est liée à des déversements particuliers de nutriments ou de produits chimiques. Le microbiome core (stratèges K) s'est avéré être composé d'une trentaine de genres, dont les Pseudomonas. Le développement du gène tpm comme marqueur métabarcoding a permis d'affiner la compréhension des distributions bactériennes observées et d'identifier des espèces synurbiques clés comme P. koreensis et le pathogène opportuniste humain P. aeruginosa. La structure des communautés bactériennes des surfaces urbaines extérieures s'est avérée liée à certains paramètres socio-urbanistiques (par exemple le trafic élevé, la présence de déchets). Pour illustrer, les taxons à stratégie r tels que Novosphingobium ou Sulfurospirillum ont montré des flambées environnementales (presque la moitié des bactéries totales) en rapport avec un déversement de produits chimiques près de leurs sites d'échantillonnage. Les zones fortement impactées par les moteurs à essence ont montré des taux plus élevés de plusieurs genres d'Actinobactérie, et les espèces P. stutzeri et P. extremaustralis qui sont toutes connues pour être impliquées dans le processus de dégradation des hydrocarbures. Des nombres élevés de reads tpm affiliés aux P. aeruginosa PA7, un clade très virulent, ont également été enregistrés sur les surfaces urbaines impactées par le trafic motorisé. Les schémas de distribution particuliers de P. aeruginosa ont conduit à l'isolement et au séquençage de près de 100 génomes d'isolats urbains. Cela a permis de caractériser un élément génétique mobile impliqué dans la dégradation des alcanes parmi les génomes de P. aeruginosa synurbique. Les isolats de ces P. aeruginosa synurbiques et ceux du clade PA7 se sont révélés cytotoxiques envers les cellules pulmonaires de type A549.Urbanization is an expanding process leading to a wide variety of urban morphologies and typologies which are matching social functions. The incidence of these organizations on the urban microbiology of outdoor surface environments remains to be characterized. A few reports presented recurrent bacterial taxa among cities and highlighted the presence of some human pathogens. However, the structuring processes of bacterial communities colonizing city surfaces remain poorly understood including the identification of the metabolic properties at the origin of the success of some bacterial taxa able to face the strong selective pressures induced by urban living conditions. This thesis explored the hypothesis of an emergence of reproducible urban outdoor surface microbiomes structured by socio-urbanistic parameters that would lead to the emergence of synurbic bacterial strains (i.e. adapted to urban living conditions). Deep socio-urbanistic surveys of two morphologies (industrial and city-center) were performed in order to characterize urban parameters and human activities that had a strong impact on the bacterial community structuring processes. In parallel, the bacterial communities of city surfaces were investigated by culture dependent and DNA-based approaches (qPCR and metabarcoding) with runoff waters used as proxies of the diversity found over delineated urban sub-catchments. Metabarcoding analyses were carried out using the universal 16S rRNA gene (classification at the genus level) and the tpm marker (developed during this thesis) allowing the discrimination of species and subspecie of genera belonging the gamma-proteobacteria, especially the Pseudomonas and Aeromonas. The inferred urban surface bacterial communities were found to be structured following the r/K ecological principle with (1) K-strategists forming core (i.e. highly recurrent among cities) and flexible sub-cores (i.e. specialists of one urban form) microbiomes, and (2) r-strategists representing opportunistic taxa whose the abundance was related to particular nutrient or chemical spillovers. The inferred core microbiome (K-strategists) was found to be made by about thirty genera including the Pseudomonas. The development of the tpm gene as a metabarcoding marker allowed to refine the understanding of these distribution patterns and to identify key synurbic species like P. koreensis and the human opportunistic pathogen P. aeruginosa. Structure of urban outdoor surface bacterial communities was found related to some socio-urbanistic parameters (e.g. high traffic, occurrences of wastes). To illustrate, r-strategists taxa such as Novosphingobium or Sulfurospirillum showed environmental bursts (almost half of the total bacteria) in line with a chemical spill near their sampling sites. Areas highly impacted by petroled engines showed higher rates of several genera of Actinobacteria, and of the P. stutzeri and P. extremaustralis species which are all known to be implicated in hydrocarbon degradation process. High tpm read numbers affiliated to the highly virulent P. aeruginosa PA7 clade were also recorded over city surfaces impacted by motorized trafic. The peculiar distribution patterns of P. aeruginosa led to the isolation and sequencing of almost 100 genomes of urban isolates. This allowed the characterization of a mobile genetic element involved in the degradation of alkanes among genomes of synurbic P. aeruginosa. Isolates of these synurbic P. aeruginosa and those of the PA7 clade were found cytotoxic towards A549 pulmonary cells
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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