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Genomic and ecological consequences of the loss of a life cycle stage : Pelagia noctiluca as a case study
No full textLes cnidaires, groupe frère des bilatériens, sont des invertébrés principalement marins divisés en deux classes : les anthozoaires, des organismes benthiques regroupant les anémones de mer et les coraux, et les médusozoaires, caractérisés par la présence d’un stade nageant, la méduse. Les médusozoaires sont ubiquitaires et présentent une grande diversité de formes, de développement et de cycle de vie. Le cycle de vie ancestral, appelé méroplanctonique, alterne entre une larve planula, un stade polype benthique à reproduction asexuée, et une méduse pélagique assurant la reproduction sexuée. Au cours de l'évolution, de nombreux taxons de médusozoaires ont acquis un cycle holoplanctonique par perte du stade benthique. C’est notamment le cas du scyphozoaire Pelagia noctiluca, méduse la plus abondante de la mer Méditerranée, dont les juvéniles appelées éphyrules se développent directement à partir d’un œuf fécondé sans passer par un stade polype. Au cours de ma thèse, je me suis intéressé aux conséquences écologiques et génomiques de la perte du stade fixé en utilisant P. noctiluca comme modèle d’étude. Afin de déterminer l’impact écologique de la perte du polype à l’échelle globale et à l’échelle des médusozoaires, j’ai exploité les données de metabarcoding et environnementales générées durant l’expédition Tara Oceans. En intégrant ces données dans un contexte phylogénétique, nous avons pu montrer que chaque acquisition indépendante d’un cycle de vie holoplanctonique est corrélée avec la colonisation de l’océan ouvert. Nous avons également mis en évidence que les méduses holoplanctoniques représentent une abondance relative supérieure, mais une plus faible diversité que les méduses méroplanctoniques et qu’elles sont également moins centrales dans le réseau de cooccurrence du plancton. Afin d’étudier les conséquences génomiques de la perte du stade benthique, je me suis concentré sur le cas de la perte du polype chez Pelagia noctiluca. J’ai généré des ressources génomiques et transcriptomiques aux différents stades du développement chez P. noctiluca, et chez l’espèce la plus proche présentant un stade polype, Chrysaora colorata. La comparaison de ces données a permis de montrer que le génome de P. noctiluca n’a pas subi d’importants réarrangements interchromosomiques, malgré de nombreux réarrangements intrachromosomiques. L’analyse des gènes perdus chez P. noctiluca a révélé une perte privilégiée des gènes spécifiquement exprimés au stade polype chez des espèces présentant ce stade. J’ai de plus étudié l'expression temporelle et spatiale de gènes impliqués dans le développement des cnidaires pendant l'embryogenèse de P. noctiluca et le développement de l’éphyrule. L’intégration de l’ensemble de ces données dans un contexte comparatif avec des espèces apparentées présentant un stade polype permet de proposer des hypothèses sur les mécanismes du développement agissant pendant l'embryogenèse et la formation des méduses chez les scyphozoaires. Les travaux réalisés au cours de cette thèse permettent de mieux comprendre les processus écologiques, génomiques et du développement sous-jacent à la simplification du cycle de vie chez les animaux.Cnidaria, the sister group to bilaterians, are mainly marine invertebrates divided into two classes: the Anthozoa, composed of benthic organisms such as sea anemones and corals, and the Medusozoa, characterized by the presence of a swimming stage, the medusa. Medusozoans are ubiquitous organisms. They exhibit a great diversity of forms, development and life cycle. Their ancestral meroplanktonic life cycle alternates between a planula larva, an asexually reproducing benthic polyp stage, and a pelagic medusa ensuring sexual reproduction. During evolution, many medusozoan taxa have acquired a holoplanktonic life cycle by loss of the benthic stage. This is the case of the scyphozoan species Pelagia noctiluca, the most abundant jellyfish in the Mediterranean Sea, whose juvenile medusae called ephyrae develop directly from a fertilized egg without passing through a polyp stage. During my thesis, I investigated the ecological and genomic consequences of the loss of the fixed stage using P. noctiluca as a case study. To determine the ecological impact of the loss of the in Medusozoa, I exploited the metabarcoding and environmental data generated during the Tara Oceans expedition. By integrating these data into a phylogenetic context, we were able to show that each independent acquisition of a holoplanktonic life cycle is correlated with the colonization of the open ocean. We also found that holoplanktonic medusozoans represent a higher relative abundance, but lower diversity than meroplanktonic medusozoans and are also less central in the plankton co-occurrence network. In order to study the genomic consequences of the loss of the benthic stage, I focused on the loss of the polyp stage in Pelagia noctiluca. I generated genomic and transcriptomic resources at different developmental stages in P. noctiluca as well its closest relative comprising a polyp stage, Chrysaora colorata. Comparing these data, we could demonstrate that the genome of P. noctiluca has not undergone significant inter-chromosomal rearrangements, despite numerous intra-chromosomal rearrangements. The analysis of lost genes in P. noctiluca revealed a privileged loss of genes specifically expressed at the polyp stage across Scyphozoa. I also studied the temporal and spatial expression of genes involved in cnidarian development during P. noctiluca embryogenesis and ephyra development. The integration of all these data in a comparative context, notably with related species exhibiting a polyp stage, made it possible to propose hypotheses on the developmental mechanisms acting during embryogenesis and formation of the medusa in scyphozoans. The work carried out during this PhD thesis provides a better understanding the ecological, development and genomic pattern and processes underlying life cycle simplification in animals
Conséquences génomiques et écologiques de la perte d'un stade du cycle de vie : Pelagia noctiluca comme cas d’étude
No full textCnidaria, the sister group to bilaterians, are mainly marine invertebrates divided into two classes: the Anthozoa, composed of benthic organisms such as sea anemones and corals, and the Medusozoa, characterized by the presence of a swimming stage, the medusa. Medusozoans are ubiquitous organisms. They exhibit a great diversity of forms, development and life cycle. Their ancestral meroplanktonic life cycle alternates between a planula larva, an asexually reproducing benthic polyp stage, and a pelagic medusa ensuring sexual reproduction. During evolution, many medusozoan taxa have acquired a holoplanktonic life cycle by loss of the benthic stage. This is the case of the scyphozoan species Pelagia noctiluca, the most abundant jellyfish in the Mediterranean Sea, whose juvenile medusae called ephyrae develop directly from a fertilized egg without passing through a polyp stage. During my thesis, I investigated the ecological and genomic consequences of the loss of the fixed stage using P. noctiluca as a case study. To determine the ecological impact of the loss of the in Medusozoa, I exploited the metabarcoding and environmental data generated during the Tara Oceans expedition. By integrating these data into a phylogenetic context, we were able to show that each independent acquisition of a holoplanktonic life cycle is correlated with the colonization of the open ocean. We also found that holoplanktonic medusozoans represent a higher relative abundance, but lower diversity than meroplanktonic medusozoans and are also less central in the plankton co-occurrence network. In order to study the genomic consequences of the loss of the benthic stage, I focused on the loss of the polyp stage in Pelagia noctiluca. I generated genomic and transcriptomic resources at different developmental stages in P. noctiluca as well its closest relative comprising a polyp stage, Chrysaora colorata. Comparing these data, we could demonstrate that the genome of P. noctiluca has not undergone significant inter-chromosomal rearrangements, despite numerous intra-chromosomal rearrangements. The analysis of lost genes in P. noctiluca revealed a privileged loss of genes specifically expressed at the polyp stage across Scyphozoa. I also studied the temporal and spatial expression of genes involved in cnidarian development during P. noctiluca embryogenesis and ephyra development. The integration of all these data in a comparative context, notably with related species exhibiting a polyp stage, made it possible to propose hypotheses on the developmental mechanisms acting during embryogenesis and formation of the medusa in scyphozoans. The work carried out during this PhD thesis provides a better understanding the ecological, development and genomic pattern and processes underlying life cycle simplification in animals.Les cnidaires, groupe frère des bilatériens, sont des invertébrés principalement marins divisés en deux classes : les anthozoaires, des organismes benthiques regroupant les anémones de mer et les coraux, et les médusozoaires, caractérisés par la présence d’un stade nageant, la méduse. Les médusozoaires sont ubiquitaires et présentent une grande diversité de formes, de développement et de cycle de vie. Le cycle de vie ancestral, appelé méroplanctonique, alterne entre une larve planula, un stade polype benthique à reproduction asexuée, et une méduse pélagique assurant la reproduction sexuée. Au cours de l'évolution, de nombreux taxons de médusozoaires ont acquis un cycle holoplanctonique par perte du stade benthique. C’est notamment le cas du scyphozoaire Pelagia noctiluca, méduse la plus abondante de la mer Méditerranée, dont les juvéniles appelées éphyrules se développent directement à partir d’un œuf fécondé sans passer par un stade polype. Au cours de ma thèse, je me suis intéressé aux conséquences écologiques et génomiques de la perte du stade fixé en utilisant P. noctiluca comme modèle d’étude. Afin de déterminer l’impact écologique de la perte du polype à l’échelle globale et à l’échelle des médusozoaires, j’ai exploité les données de metabarcoding et environnementales générées durant l’expédition Tara Oceans. En intégrant ces données dans un contexte phylogénétique, nous avons pu montrer que chaque acquisition indépendante d’un cycle de vie holoplanctonique est corrélée avec la colonisation de l’océan ouvert. Nous avons également mis en évidence que les méduses holoplanctoniques représentent une abondance relative supérieure, mais une plus faible diversité que les méduses méroplanctoniques et qu’elles sont également moins centrales dans le réseau de cooccurrence du plancton. Afin d’étudier les conséquences génomiques de la perte du stade benthique, je me suis concentré sur le cas de la perte du polype chez Pelagia noctiluca. J’ai généré des ressources génomiques et transcriptomiques aux différents stades du développement chez P. noctiluca, et chez l’espèce la plus proche présentant un stade polype, Chrysaora colorata. La comparaison de ces données a permis de montrer que le génome de P. noctiluca n’a pas subi d’importants réarrangements interchromosomiques, malgré de nombreux réarrangements intrachromosomiques. L’analyse des gènes perdus chez P. noctiluca a révélé une perte privilégiée des gènes spécifiquement exprimés au stade polype chez des espèces présentant ce stade. J’ai de plus étudié l'expression temporelle et spatiale de gènes impliqués dans le développement des cnidaires pendant l'embryogenèse de P. noctiluca et le développement de l’éphyrule. L’intégration de l’ensemble de ces données dans un contexte comparatif avec des espèces apparentées présentant un stade polype permet de proposer des hypothèses sur les mécanismes du développement agissant pendant l'embryogenèse et la formation des méduses chez les scyphozoaires. Les travaux réalisés au cours de cette thèse permettent de mieux comprendre les processus écologiques, génomiques et du développement sous-jacent à la simplification du cycle de vie chez les animaux
Conséquences génomiques et écologiques de la perte d'un stade du cycle de vie : Pelagia noctiluca comme cas d’étude
No full textCnidaria, the sister group to bilaterians, are mainly marine invertebrates divided into two classes: the Anthozoa, composed of benthic organisms such as sea anemones and corals, and the Medusozoa, characterized by the presence of a swimming stage, the medusa. Medusozoans are ubiquitous organisms. They exhibit a great diversity of forms, development and life cycle. Their ancestral meroplanktonic life cycle alternates between a planula larva, an asexually reproducing benthic polyp stage, and a pelagic medusa ensuring sexual reproduction. During evolution, many medusozoan taxa have acquired a holoplanktonic life cycle by loss of the benthic stage. This is the case of the scyphozoan species Pelagia noctiluca, the most abundant jellyfish in the Mediterranean Sea, whose juvenile medusae called ephyrae develop directly from a fertilized egg without passing through a polyp stage. During my thesis, I investigated the ecological and genomic consequences of the loss of the fixed stage using P. noctiluca as a case study. To determine the ecological impact of the loss of the in Medusozoa, I exploited the metabarcoding and environmental data generated during the Tara Oceans expedition. By integrating these data into a phylogenetic context, we were able to show that each independent acquisition of a holoplanktonic life cycle is correlated with the colonization of the open ocean. We also found that holoplanktonic medusozoans represent a higher relative abundance, but lower diversity than meroplanktonic medusozoans and are also less central in the plankton co-occurrence network. In order to study the genomic consequences of the loss of the benthic stage, I focused on the loss of the polyp stage in Pelagia noctiluca. I generated genomic and transcriptomic resources at different developmental stages in P. noctiluca as well its closest relative comprising a polyp stage, Chrysaora colorata. Comparing these data, we could demonstrate that the genome of P. noctiluca has not undergone significant inter-chromosomal rearrangements, despite numerous intra-chromosomal rearrangements. The analysis of lost genes in P. noctiluca revealed a privileged loss of genes specifically expressed at the polyp stage across Scyphozoa. I also studied the temporal and spatial expression of genes involved in cnidarian development during P. noctiluca embryogenesis and ephyra development. The integration of all these data in a comparative context, notably with related species exhibiting a polyp stage, made it possible to propose hypotheses on the developmental mechanisms acting during embryogenesis and formation of the medusa in scyphozoans. The work carried out during this PhD thesis provides a better understanding the ecological, development and genomic pattern and processes underlying life cycle simplification in animals.Les cnidaires, groupe frère des bilatériens, sont des invertébrés principalement marins divisés en deux classes : les anthozoaires, des organismes benthiques regroupant les anémones de mer et les coraux, et les médusozoaires, caractérisés par la présence d’un stade nageant, la méduse. Les médusozoaires sont ubiquitaires et présentent une grande diversité de formes, de développement et de cycle de vie. Le cycle de vie ancestral, appelé méroplanctonique, alterne entre une larve planula, un stade polype benthique à reproduction asexuée, et une méduse pélagique assurant la reproduction sexuée. Au cours de l'évolution, de nombreux taxons de médusozoaires ont acquis un cycle holoplanctonique par perte du stade benthique. C’est notamment le cas du scyphozoaire Pelagia noctiluca, méduse la plus abondante de la mer Méditerranée, dont les juvéniles appelées éphyrules se développent directement à partir d’un œuf fécondé sans passer par un stade polype. Au cours de ma thèse, je me suis intéressé aux conséquences écologiques et génomiques de la perte du stade fixé en utilisant P. noctiluca comme modèle d’étude. Afin de déterminer l’impact écologique de la perte du polype à l’échelle globale et à l’échelle des médusozoaires, j’ai exploité les données de metabarcoding et environnementales générées durant l’expédition Tara Oceans. En intégrant ces données dans un contexte phylogénétique, nous avons pu montrer que chaque acquisition indépendante d’un cycle de vie holoplanctonique est corrélée avec la colonisation de l’océan ouvert. Nous avons également mis en évidence que les méduses holoplanctoniques représentent une abondance relative supérieure, mais une plus faible diversité que les méduses méroplanctoniques et qu’elles sont également moins centrales dans le réseau de cooccurrence du plancton. Afin d’étudier les conséquences génomiques de la perte du stade benthique, je me suis concentré sur le cas de la perte du polype chez Pelagia noctiluca. J’ai généré des ressources génomiques et transcriptomiques aux différents stades du développement chez P. noctiluca, et chez l’espèce la plus proche présentant un stade polype, Chrysaora colorata. La comparaison de ces données a permis de montrer que le génome de P. noctiluca n’a pas subi d’importants réarrangements interchromosomiques, malgré de nombreux réarrangements intrachromosomiques. L’analyse des gènes perdus chez P. noctiluca a révélé une perte privilégiée des gènes spécifiquement exprimés au stade polype chez des espèces présentant ce stade. J’ai de plus étudié l'expression temporelle et spatiale de gènes impliqués dans le développement des cnidaires pendant l'embryogenèse de P. noctiluca et le développement de l’éphyrule. L’intégration de l’ensemble de ces données dans un contexte comparatif avec des espèces apparentées présentant un stade polype permet de proposer des hypothèses sur les mécanismes du développement agissant pendant l'embryogenèse et la formation des méduses chez les scyphozoaires. Les travaux réalisés au cours de cette thèse permettent de mieux comprendre les processus écologiques, génomiques et du développement sous-jacent à la simplification du cycle de vie chez les animaux
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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