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Polimeri "imprinted" per l'analisi proteomica - Molecularly imprinted Polymers for proteome analysis
No full textIl lavoro di ricerca nell’ambito del Corso in Dottorato in Biotecnologie
Industriali e Ambientali è stato svolto nel dipartimento Scientifico
Tecnologico dell’Università di Verona, nei Laboratori di Metodologie
Biochimiche. Il lavoro è stato svolto in cotutela con l’università di
Cranfield, UK e supervisionato dalla Dr.ssa Alessandra Bossi e dal
Prof. Sergey Piletsky.
Il lavoro si è svolto nell’ambito della proteomica, nel tentativo di
risolvere uno dei principali problemi che affligge lo studio del
proteoma d’organismi complessi. Come è ben noto in fluidi biologici o
campioni complessi sono presenti diversi intervalli di espressione di
proteine. Alcune (geni strutturali o house-keeping) sono presenti
nell’ordine dei mg/ml mentre altre sono espresse nell’ordine dei
ug/ml o pg/ml). Spesso quindi la presenza di proteine molto espresse
maschera il segnale di proteine meno abbondanti, queste ultime
generalmente considerate potenziali biomarcatori per diverse
malattie. La rivelazione di questi potenziali biomarcatori risulta
difficile e con esso la diagnosi della patologia.
La letteratura riporta differenti approcci che permettono la rimozione
di proteine molto abbondanti; essi si basano su approcci di tipo
cromatografico, elettroforetico o metodologie coadiuvate da anticorpi.
In questo progetto di tesi, si è voluto creare e applicare una tecnologia
innovativa all’analisi del proteoma, mai applicata fino ad ora: la
creazione di polimeri selettivi per una specifica proteina. In
particolare, sono stati creati polimeri specifici per una delle proteine
più problematiche nell’analisi del siero umano vale a dire l’albumina,
che rappresenta circa il 60% delle proteine totali espresse. Tali
polimeri sono creati con una particolare tecnologia, in altre parole
durante la fase di polimerizzazione, la proteina che deve essere
rivelata nel campione è aggiunta alla miscela di polimerizzazione, in
modo da creare, durante la fase di polimerizzazione una specifica
cavità nella matrice polimerica, come un vero e proprio stampo. Le
proprietà di tali polimeri chiamati “MIP” vengono confrontate con le
proprietà dello stesso polimero in cui durante la fase di
polimerizzazione non è stato usata nessuna proteina (il controllo). In
seguito alla polimerizzazione la proteina utilizzata è rimossa
lasciando libera una cavità che è in grado di ospitare la stessa
proteina una volta che essa verrà messa in contatto con il polimero
stesso.
La tesi che si fonda su questa tecnologia si può quindi dividere in due
sezioni:
Sezione I: Sviluppo di una tecnologia per derivatizzare palline di silice
con acido 3-amminofenilboronico e in grado di riconoscere l’albumina
di siero umano.
Sezione II: Creazione di nuovi polimeri costituiti da poliacrilammide
(PAA) e capaci di rimuovere l’albumina di siero umano.The research work carried out in the last three years and presented
in this thesis, has been conduced in the Laboratory of Biochemical
Methodologies of the Scientific and Technologic Department of the
University of Verona, in collaboration with Cranfield Health of the
University of Cranfield (UK).
One of the main problems in proteome analysis is the presence of
high abundance proteins from house-keeping or structural genes,
that mask the signal of low abundance ones. The low ones are often
potential biomarkers to study specific diseases.
In literature different approaches for the removal of high abundance
proteins are described, among which electrophoretic and
chromatographic pre-fractionation techniques and antibodymediated
depletion of specific proteins from biological fluids (i.e.,
human serum, cerebrospinal fluid).
The aim of my PhD thesis has been using Molecularly Imprinted
Polymers (MIPs) to manufacture a polymeric synthetic receptor
capable of recognising Human Serum Albumin from human serum
(60% of the total serum proteins). Molecular imprinting can be
defined as the process of template-induced formation of specific
recognition sites (binding or catalytic) in a material, where the
template drives the positioning and orientation of the material’s
structural components by a self-assembling mechanism. The
polymer are very easy to prepare and to use, finally cheaper than
some methods usually applied. Such a MIP would then be used to
remove albumin from serum samples, in order to improve and to
help the analysis of the “hidden” proteome.
The objectives of my PhD project can be grouped in two different
sections, according to which the present thesis is structured:
Section I: Development of a new methodology for imprinting silica
beads for the recognition of Human Serum Albumin.
Section II: Creation of new imprinted polymers made of
polyacrylamide gel capable of removing Human Serum Albumin from
human serum, thus increasing the signal of low abundance proteins
in two-dimensional maps
La nobiltà nel pensiero medievale
No full textIl volume è dedicato ai significati medievali della «nobilitas», un tema trattato in ciascun contributo in relazione ad autori, discipline e contesti diversi. Pur nella loro varietà tematica, tutti i contributi con- vergono nell’evidenziare lo spessore filosofico di questo concetto, che finora è stato prevalentemente trascurato dagli studiosi di filosofia e teologia medievale, mentre è stato studiato in altri ambiti disciplina- ri: il diritto, la letteratura, la storia. I contributi partono da prospettive diverse, adottano approcci differenziati e si muovono in ambiti culturali distinti, tracciando in questo modo una mappa medievale dell’ampia gamma di significati, temi, dottrine e dibattiti che ruotarono intorno alla nobiltà.
In particolare nel volume vengono esaminate la concezione della nobiltà di Maimonide (Diana Di Segni), Guglielmo Peraldo (Irene Zavattero) e Alberto Magno (Andrea Colli); vengono studiate le fonti del concetto di nobiltà in Dante (Diego Quaglioni); vengono ricostru- iti alcuni dei dibattiti filosofici e teologici tardomedievali intorno alla nobiltà (Silvia Negri, Pasquale Porro, Valérie Cordonier); un contributo fa luce sulle forme di eccellenza nell’Islam medievale (Massimo Campanini); un altro analizza il rapporto tra nobiltà e verità (Andrea Aldo Robiglio); un altro ancora traccia la storia del concetto di igno- biltà dalla tradizione antica fino agli ultimi esiti nel pensiero contemporaneo (Olivier Boulnois). È una panoramica che, pur non esaustiva, è certo indicativa della fecondità dottrinale del tema della «nobilitas» e fa da stimolo a proseguire questo filone di ricerca allargando l’inda- gine ad altri autori e altri contesti
The Lectura Thomasina in Its Context. Philosophical and Theological Issues
No full textThe volume provides a first comprehensive study on the so-called Lectura Thomasina, a commentary on the Sentences written by William of Peter of Godin at the beginning of the 14th century. The conspicuous number of verbatim quotations from Thomas Aquinas’ writings makes the text a very interesting case study: Godin does not aim at writing a mere collection of Aquinas’ dicta, but rather a sort of “Thomistic” teaching handbook. This peculiarity makes the Lectura Thomasina a fundamental piece to the mosaic of the reworking of Aquinas in late medieval teaching activity before his canonization. The first section of the volume is devoted to a textual analysis of the Lectura and its sources. The second section examines certain themes in Godin’s theology and philosophy. The last section is devoted to Godin’s influence on the Dominican tradition
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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