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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Calcification in a marginal sea - influence of seawater [Ca2+] and carbonate chemistry on bivalve shell formation
No full textIn estuarine coastal systems such as the Baltic Sea, mussels suffer from low salinity which limits their distribution. Anthropogenic climate change is expected to cause further desalination which will lead to local extinctions of mussels in the low saline areas. It is commonly accepted that mussel distribution is limited by osmotic stress. However, along the salinity gradient environmental conditions for biomineralization are successively becoming more adverse as a result of reduced [Ca2+] and dissolved inorganic carbon (CT) availability. In larvae, calcification is an essential process starting during early development with formation of the prodissoconch I (PD I) shell which is completed under optimal conditions within 2 days.
Experimental manipulations of seawater [Ca2+] start to impair PD I formation in Mytilus larvae at concentrations below 3 mM, which corresponds to conditions present in the Baltic at salinities below 8 g kg-1. In addition, lowering dissolved inorganic carbon to critical concentrations (< 1 mM) similarly affected PD I size which was well correlated with calculated ΩAragonite and [Ca2+][HCO3-]/[H+] in all treatments. Comparing results for larvae from the western Baltic with a population from the central Baltic revealed significantly higher tolerance of PD I formation to lowered [Ca2+] and [Ca2+][HCO3-]/[H+] in the low saline adapted population. This may result from genetic adaptation to the more adverse environmental conditions prevailing in the low saline areas of the Baltic.
The combined effects of lowered [Ca2+] and adverse carbonate chemistry represent major limiting factors for bivalve calcification and can thereby contribute to distribution limits of mussels in the Baltic Sea
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Veränderungen im Metabolismus und renal-tubuläre Kompensationsmechanismen in alten Mäusen mit lebenslangem Defekt im Elektrolyttransport der dicken aufsteigenden Henle Schleife durch Claudin-16 Knockdown
Full text linkDer Knockdown von Claudin-16 stellt ein Tiermodell für die Krankheit FHHNC dar. Den Erkrankten drohen durch den renalen Verlust an Calcium und Magnesium schwerwiegende Entgleisungen der Plasmaelektrolyte sowie eine terminale Niereninsuffizienz.
Ausgangspunkt unserer Untersuchungen waren 5-25 Wochen alte KD, die typische Symptome der FHHNC sowie eine metabolische Alkalose, Hypotonie, Hypokaliämie und Azidurie zeigten. In dieser Arbeit untersuchten wir im Vergleich wesentlich ältere Versuchstiere (> 80 Wochen) mit morphologischen, metabolischen und funktionellen Techniken, um Kompensationsmechanismen im Bereich renal-tubulärer Transportsysteme aufzuzeigen. Wie die jungen Tiere waren auch die Knockdown-Mäuse signifikant kleiner und leichter als ihre gesunden Geschwister. Die metabolischen Daten wiesen weiterhin einen renalen Calcium- und Magnesiumverlust sowie eine Hypomagnesiämie nach. Die Kaliumkonzentration sowie der Säure-Base-Haushalt im Plasma waren ausgeglichen. Die Azidurie persistierte, allerdings boten nun auch die gesunden alten Tiere einen ähnlich aziden Urin. Ein wichtiger Befund war der Verlust von NaCl über den Urin. Der im Vergleich konzentriertere Urin, ein verminderter Quotient UNatrium/UKalium sowie ein erhöhter Hämatokrit wiesen auf eine chronische Hypovolämie und auf eine erhöhte Aldosteronkonzentration hin. Mittels Immunfluoreszenz konnten wir die vermehrte Membranexpression von Transportproteinen nachweisen, die einer kompensatorischen Steigerung der NaCl und Ca2+-Resorption dienen. Hierzu gehörten die erhöhte Expression des Cl-/HCO3--Austauschers Pendrin, die vH+-ATPase, der Na+,K+,2Cl--Kotransporter sowie der Calciumkanal TRPV5 und der Kaliumkanal KCNJ16.
Die hier beschriebenen Veränderungen sind Ausdruck einer langfristigen metabolischen Umstellung zur Aufrechterhaltung der Volumen- und Elektrolythomöostase und damit einer Anpassung zur Verhinderung von möglichen Spätschäden. Hierbei scheint langfristig vor allem die NaCl-Bilanzierung problematisch, und könnte Ansatz für therapeutische Überlegungen sein
Untersuchungen zur Ammoniakleitfähigkeit von Aquaporinen
Full text linkAmmonia is a molecule similar in size and polarity to water, yet its rate of permeation through water-selective aquaporins (AQP) is comparatively low.
The amino acids lining the narrowest region of the water-selective rat AQP1, the so-called aromatic/arginine (ar/R) constriction, were altered by site-directed mutagenesis so as to resemble the corresponding region in the water- and ammonia-permeable human AQP8.
The resulting AQP1 mutants were tested for water permeability by osmotic assays with Xenopus laevis oocytes and with protoplasts of the yeast Saccharomyces cerevisiae. Permeability for ammonia and its analogue methylamine were tested with yeast growth assays.
All AQP1 mutants retained water permeability to some degree, even the H180F mutant which is expected to have an ar/R constriction narrower than that of the wild-type channel.
Ammonia- and methylamine permeability was found in those AQP1 mutants which had an alanine or isoleucine in place of Histidine 180, the latter being the corresponding amino acid in AQP8. In the case of ammonia, leucine was also permissible.
Human and rat AQP8 mutants with histidine in place of Isoleucine 198 and 200, respectively, retained water permeability. Their ammonia and methylamine permeability could not be studied by yeast growth assays.
The ammonia influx assay makes use of a yeast strain lacking its ammonium transporters Mep1-3 as well as its ammonia-permeable aquaglyceroporin Fps1. It was found to indicate elevated ammonia tolerance at neutral or mildly alkaline pH, rather than facilitated influx of ammonia as nitrogen source. In addition, replacing ammonium ions by amino acids such as glutamine did not completely abolish this pH-dependent effect.
The methylamine efflux assay makes use of a yeast strain lacking its aquaglyceroporin Fps1 which would otherwise allow accumulated toxic methylamine to escape from the cell. It was found to indicate increased tolerance of yeast to pH 6.5 and 7.5, even in the absence of methylammonium in the growth medium.
Yeast growth assays and osmotic assays with yeast protoplasts and human erythrocytes were employed for the study of potential inhibitors of human AQP1, AQP9, and of Plas-modium falciparum AQP. The substances had been discovered by collaborators using in silico high-throughput screening. No test compound was found to be active. Inhibition of human AQP1 by mercuric chloride, and of human AQP9 by mercuric chloride and phloretin, was confirmed.Das Ammoniakmolekül ähnelt dem Wassermolekül hinsichtlich seiner Größe und seiner Polarität. Trotzdem ist seine Permeationsrate durch wasserselektive Aquaporine (AQP) ver-hältnismäßig gering.
Die aromatische/Arginin (ar/R)-Konstriktion des wasserselektiven AQP1 der Ratte, wurde durch einzelne sowie durch mehrfache gezielte Punktmutationen von Aminosäuren so geän-dert, dass sie der ar/R-Konstriktion des Wasser und Ammoniak leitenden AQP8 ähnelte.
Die erhaltenen AQP1-Mutanten wurden in osmotischen Tests mit Xenopus laevis Oozyten und Protoplasten der Bäckerhefe Saccharomyces cerevisiae auf ihre Wasserleitfähigkeit hin untersucht. Ammoniak- und Methylaminleitfähigkeit wurden in Hefewachstumstests geprüft.
Alle AQP1-Mutanten wiesen Wasserleitfähigkeit auf, sogar AQP1 H180F, dessen ar/R-Kon-striktion wahrscheinlich schmaler ist als die des Wildtypkanals.
Ammoniak- und Methylaminleitfähigkeit wurden festgestellt für AQP1-Mutanten in denen Histidin 180 durch Alanin oder Isoleucin ausgetauscht worden ist. Bezüglich der Ammoniak-leitfähigkeit war Leucin an dieser Stelle ebenfalls einsetzbar.
Die Wasserleitfähigkeit des AQP8 des Menschen und der Ratte blieb nach Austausch von Isoleucin 198 bzw. Isoleucin 200 durch Histidin bestehen. Ihre Ammoniak- und Methylamin-leitfähigkeit konnte mittels Hefewachstumstests nicht überprüft werden.
Der Ammoniakinfluxtest bedient sich eines Hefestammes welchem die Ammoniumtrans-porter Mep1-3 und das Ammoniak leitende Aquaglyceroporin Fps1 fehlen. Er zeigte eine durch heterologe AQP erhöhte Ammoniaktoleranz bei neutralem oder leicht alkalischem pH an, nicht jedoch den erleichterten Einstrom von Ammoniak als Stickstoffquelle. Außerdem konnte der Austausch von Ammoniumionen durch Aminosäuren, z. B. Glutamin, diesen pH-abhängigen Effekt nicht vollständig eliminieren.
Der Methylamineffluxtest bedient sich eines Hefestammes dem das Aquaglyceroporin Fps1 fehlt, welches ansonsten den Ausstrom von aufgenommenem, toxischem, Methylamin ermöglichen würde. Er zeigte eine zusätzliche methylaminunabhängige AQP-vermittelte Toleranz der Hefe gegenüber pH Werten von 6,5 und 7,5 an.
Hefewachstumstests und osmotische Tests mit Hefeprotoplasten und humanen Erythro-cyten wurden zur Untersuchung von potentiellen Inhibitoren der humanen Aquaporine AQP1 und AQP9, sowie des Plasmodium falciparum AQP, verwendet. Die Testsubstanzen waren von Kooperationspartnern mittels in silico Hochdurchsatz-Screening gefunden worden. Keine der Substanzen zeigte Aktivität. Die Blockierung von menschlichem AQP1 durch Queck-silber(II)chlorid, sowie von menschlichem AQP9 durch Quecksilber(II)chlorid und Phloretin, konnte bestätigt werden
Funktionelle und strukturelle Analyse pathogener Claudin-10-Varianten
Full text linkClaudin-10b spielt im humanen Organismus eine entscheidende Rolle in physiologischen Prozessen wie der Natrium-Sekretion in exokrinen Drüsen, der Regulation des Elektrolythaushalts und der Reabsorption von Natrium im dicken aufsteigenden Ast der Henle-Schleife und damit der Konzentrierung des Endharns. In dieser Arbeit wurden vier verschiedene Claudin-10b-Mutationen, die in Patienten das HELIX-Syndrom auslösen, in vitro exprimiert und funktionell untersucht. Es wurde gezeigt, dass alle Varianten auf verschiedenen Ebenen durch ihre jeweilige Mutation in einer Beeinträchtigung der Proteine resultieren, was zum Auftreten des Phänotyps führt
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