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Study of the relationship between arthropods and bacteria : molecular epidemiology and experimental models
No full textCe travail s’articule sur trois axes ; le premier est une contribution à l'étude du répertoire des bactéries associées aux arthropodes vecteurs (tique et puces) en Afrique du nord (Algérie) et en Afrique Sub-saharienne (Bénin, Tanzanie et République Démocratique du Congo). Nous avons pu ainsi détecter par biologie moléculaire (qPCRs, PCR standard et séquençage) et pour la première fois au Bénin, Rickettsia typhi (l'agent du typhus murin), et Bartonella sp dans des puces collectées sur des rongeurs à Cotonou. Dans ce travail, nous avons également détecté Yersinia pestis, l'agent de la peste et R. felis (responsable de la fièvre boutonneuse) dans des puces de la RD du Congo. En Tanzanie, nous avons mis en évidence la présence de R. felis et R. typhi dans des puces de rongeurs. En Algérie, nous avons décrit pour la première fois la présence d'agent de borréliose de Lyme (Borrelia garinii) dans les tiques. Nous avons confirmé la présence de R. massiliae, R. monacensis R. aeschlimannii, R. slovaca et R. felis et nous avons également détecté pour la première fois en Algérie, Bartonella tamiae, une bactérie dont la pathogénicité est peu connue et Coxiella burnetii, l'agent de la fièvre Q.Dans la deuxième partie de notre travail, nous nous sommes intéressés à l’évaluation des compétences vectorielles des puces de chat (Ctenocephalides felis) et punaises de lit (Cimex lectularius) dans la transmission de l’agent de la fièvre des tranchées (Bartonella quintana) dont le vecteur connu est le pou de corps. Trois approches ont été utilisées : la qPCR, la culture et l’immunohistochimie.This work focuses on three areas; the first is a contribution to the study of the repertoire of bacteria associated with arthropod vectors (tick and flea) in North Africa (Algeria) and in Sub-Saharan Africa (Benin, Tanzania and the Democratic Republic of Congo). We could thus detected by molecular tools (qPCRs, standard PCR and sequencing) and for the first time in Benin, Rickettsia typhi (the agent of murine typhus) and Bartonella sp in fleas collected from rodents in Cotonou. In this work, we have also associated the agent of plague (Yersinia pestis), and for the first time in fleas of DR of Congo, and we detected also R. felis (the causative agent of spotted fever). In Tanzania, we have highlighted the presence of R. typhi and R. felis fleas on rodents. In Algeria, we described for the first time the presence of Lyme disease agent (Borrelia garinii) in hard ticks. We confirmed the presence of R. massiliae, R. monacensis, R. aeschlimannii, R. slovaca and R. felis, we also detected for the first time Bartonella tamiae and Coxiella burnetii associated with bat ticks in Algeria.Regarding the second part we was interested in the evaluation of vector competence of cat fleas (Ctenocephalides felis) and bed bugs (Cimex lectularius) in the transmission of trench fever agent (Bartonella quintana) that is known to be transmitted by lice. Three approaches have been tested; qPCR, culture and immunohistochemistry
Etudes des relations puces et bactéries en zone méditerranéenne et tropicale : épidémiologie moléculaire et modèles expérimentaux
No full textLes puces sont des arthropodes hématophages obligatoires. L’importance des puces en santé publique humaine est surtout liée à leur capacité de transmission d’agents de maladies infectieuses. La présence de ces agents infectieux dans certaines régions et leur association avec différentes espèces de puces restent peu étudiées dans certains endroits du monde. Dans cette étude, nous avons analysé par outils épidémiologiques, microbiologiques et moléculaires, la présence de bactéries zoonotiques émergentes chez des puces collectées sur des animaux domestiques et sauvages en France, sur l’île de Tahiti, sur l’île de Bornéo, au Laos et en Algérie. Grâce à nos investigations, nous avons contribué à enrichir la carte de répartition des bactéries véhiculées par les puces.La deuxième partie de notre travail a été initié par la détection dans des puces de Bartonella quintana , alors que cette bactérie est connue pour être habituellement transmise par les poux de corps. Nous avons donc décidé d’étudier cette relation entre les puces et Bartonella quintana. Pour réaliser cette étude, nous avons mis en place un protocole d’élevage sur membrane artificielle de puces de l’espèce Ctenocephalides felis. Il s’agit du deuxième en Europe. Nous avons ensuite mis au point un système de confinement pour les puces infectées. Enfin, nous avons développé un modèle expérimental d’infection des puces par B. quintana. Les résultats préliminaires démontrent un pouvoir d’acquisition de cette bactérie par les puces C. felis et son élimination dans les fèces, qui sont en général la source de contamination des humains par les bartonella.Fleas are found worldwide on mammals and birds, and are vectors of several zoonoses of public health importance. Consequently, flea-borne infections are emerging or reemerged throughout the world, and their incidence is on the rise. Yet their occurrence in some regions and their association with different flea species remain poorly studied in several countries in the world. We analyzed by epidemiological, microbiological and molecular tools the emerging zoonotic bacteria in fleas collected from wild and domestic animals in France, Tahiti Island, Borneo Island, Laos and Algeria. Through our investigations, we have helped to enrich the map of distribution of bacteria carried by fleas.Although the body louse is considered the main vector of B. quintana, the recent reports of the presence of B. quintana DNA in cat fleas (Ctenocephalides felis) and in human fleas (Pulex irritans) were reported. To evaluate the relationship between the fleas and B. quintana, including studies of maintenance and transmissions of B. quintana, require the use of large numbers of live laboratory-raised fleas. A protocol of maintenance and containment of laboratory un-infected and infected fleas were established. Subsequently, we developed an experimental model of infection fleas by B. quintana that is in progress. The preliminary results show a power of acquisition of this bacterium by C. felis fleas
Experimental development and field application of innovative tools for arthropods identification
No full textLes arthropodes hématophages tels que les moustiques, les tiques et les puces ont une importance significative en santé publique en raison de leur capacité à transmettre des maladies majeures aux humains et aux animaux. La lutte anti-vectorielle et la surveillance épidémiologique des vecteurs sont essentielles dans la stratégie de lutte contre ces maladies. Cette dernière n'est réussie que grâce à une identification correcte et précise des vecteurs. Ainsi dans ce travail nous avons mis au point les protocoles pour la préparation des échantillons pour l'identification des moustiques adultes et leur stades aquatiques ainsi que des tiques et des puces par MALDI-TOF MS. Cet outil s'est déjà distingué comme étant fiable pour l'identification des arthropodes. La deuxième partie de notre travail a consisté en l'application de ces protocoles sur des larves de moustiques collectées sur terrain durant une enquête entomologique menée dans la ville de Marseille. Lors de cette étude, la pertinence et la fiabilité du MALDI-TOF MS pour l'identification des larves de moustiques collectées sur terrain a été vérifiée. Enfin, nous avons réalisé l'inventaire des communautés virales de trois espèces de moustiques collectées à Marseille par métagénomique, qui a révélé la présence de nombreux nouveaux virus. L'ensemble des résultats présentés dans cette thèse souligne que l'utilisation d'outils innovants tels que le MALDI-TOF MS et la métagénomique pour étudier les vecteurs et les agents qu'ils portent est une stratégie prometteuse qui contribuera dans la connaissance des cycles de transmission zoonotique et des risques potentiels d'émergence des maladies vectorielles en population humaine.Hematophagous arthropods such as mosquitoes, ticks, and fleas are of significant importance in public health because of their ability to transmit major diseases to humans and animals. Vector control and epidemiological vector surveillance are essential in the strategy of combating vector-borne diseases. The latter is successful only by a correct and precise identification of the vectors. Thus in this work, we have developed and improved the protocols of samples preparation for the identification of adult mosquitoes and their aquatic stages, ticks, and fleas by MALDI-TOF MS. This tool has been already distinguished as being reliable for the arthropods identification. The second part of our work consisted in the application of these protocols on mosquito larvae collected in the field during an entomological investigation carried out in the city of Marseille. In this study, the relevance and reliability of MALDI-TOF MS for the identification of mosquito larvae collected in the field were verified. Finally, we carried out the inventory of the viral communities of three mosquito species collected in Marseille by metagenomics, which revealed the presence of numerous new viruses. All the results presented in this thesis emphasize that the use of innovative tools such as MALDI-TOF MS and metagenomics to study vectors and the agents they carry is a promising strategy that will contribute to the knowledge of zoonotic transmission cycles and the potential risks of the emergence of vector-borne diseases in human populations
Phenotypic and genotypic variations of human head and body lice
No full textLes poux sont de véritables marqueurs pour l'étude de l'évolution humaine car ils ont été associés à l’homme depuis nos ancêtres et se sont dispersés à travers le monde avec ses différentes migrations. Les poux de tête et les poux de corps ont été étudiés morphologiquement depuis longtemps. Les poux de tête vivent et pondent leurs lentes dans les cheveux tandis que les poux de corps vivent et pondent leurs lentes dans les vêtements. Ces derniers sont associés à une mauvaise hygiène de vie et sont responsables de la transmission du typhus épidémique, de la fièvre des tranchées et de la fièvre récurrente. L’un des objectifs de ma thèse était d'accroître les connaissances sur les poux de tête et les poux de corps de l’homme afin d’assurer un meilleur contrôle. Il est essentiel de déterminer si les poux de tête et les poux de corps sont allopatriques ou s’ils pourraient exister en sympatrie. Ainsi, les études d'ADN mitochondrial ont montré qu'il y a trois clades clairement divergents des poux de tête (A, B et C) et un seul clade des poux de corps qui est partagé avec les poux de tête (clade A). Chaque clade a une répartition géographique bien déterminée.Lice are effective markers for studying human evolution because they have been parasitizing humans since the emergence of our hominid ancestors and have been dispersed throughout the world by early human migrations. Human head and body lice have been studied morphologically for a long time. Head lice live and lay their eggs in human hair. Body lice live and lay their eggs in clothes, are associated with poor hygiene in clothing and are responsible for the transmission of epidemic typhus, trench fever and relapsing fever. One aim of my thesis was to increase the knowledge of human head lice and body lice for a better control. It is critical to determine if head lice and body lice are allopatric, with distinct epidemiology, or if they might exist in sympatry. Then, mitochondrial DNA studies have shown that there are three clearly divergent clades of head lice (A, B and C) and that only one clade of body lice is shared with head lice (clade A). Each clade has a unique geographic distribution. During the thesis work, extensive literature survey was done to write a review. Then we aimed to establish a molecular tool in order to distinguish between head and body lice. We found that only one gene (Phum_PHUM540560 gene) was able to differentiate the two ecotypes of Pediculus humanus. Moreover, we aimed to estimate the correlation between phenotypes and genotypes among human lice, and we found that the lice phylogeny (based on intergenic spacers) was correlated to the geographic origin of lice, but no correlation between the color and the phylogeny
La peste au Maghreb
No full textYersinia pestis, agent causal de la peste, persiste dans la nature maintenu par un cycle enzootique dans des foyers conduisant à la réémergence de la maladie. En Afrique du Nord, où une réémergence a eu lieu après des années de ‘silence’, nous avons répertorié les différents épisodes ainsi que le nombre de cas en sur six pays à compter de 1940 en mettant en évidence l’importation de la maladie et un mode de contamination négligé, la transmission par voie orale. Une étude en Algérie sur 237 micromammifères confirme deux foyers et en revèle trois nouveaux porteurs d’un nouveau génotype (MST) de biotype Orientalis. Apodemus sylvaticus est par la même ajouté à la liste des rongeurs pestiférés. La projection des foyers de peste ainsi actualisés sur une carte géographique et écologique met en évidence la proximité des foyers de peste aux points d’eau saumâtre. Une étude statistique a confirmé une corrélation significative entre foyer de peste/eau salée à une proximité minimale <3 km en comparaison à des zones d’eau douce. Des échantillons environnementaux salés ont permis l’isolement d’une souche Y. pestis Algeria 3. Cette découverte confortée par l’observation expérimentale de la résistance de Y. pestis à un milieu hyper salé à 150g/L NaCl se traduisant par un protéome spécifique en réponse à ce stress avec une forme d’adaptation de type forme L de la bactérie dans ce type d’environnement. Notre travail éclaire de façon originale un facteur méconnu de persistance tellurique de Y. pestis, conditionnant la réémergence de la peste dans des foyers séculaires au Maghreb contrairement aux rivages Nord de la Méditerranée où la peste autochtone a disparu depuis un siècle.Yersinia pestis, the causal agent of plague, persists in nature maintained by an enzootic cycle in foci leading to the re-emergence of the disease. In North Africa, where re-emergence took place after years of 'silence', we have listed the various episodes and the number of cases in six countries from 1940 onwards, highlighting the importation of the disease and A method of neglected contamination, oral transmission. A study in Algeria on 237 micromammals confirms two foci and reveals three new carriers of a new genotype (MST) of orientalis biotype. Apodemus sylvaticus is by the same added to the list of plague rodents. The projection of the plague foci thus updated on a geographical and ecological map highlights the proximity of plague foci to brackish water points. A statistical study confirmed a significant correlation between plague / salt water at a minimal proximity <3 km compared to freshwater areas. Saline environmental samples allowed the isolation of a Y. pestis Algeria 3 strain. This discovery was confirmed by the experimental observation of the resistance of Y. pestis to a hyper-saline medium at 150 g / L NaCl resulting in a specific proteome In response to this stress with an adaptation form of form L of the bacterium in this type of environment. Our work illuminates in an original way an unknown factor of telluric persistence of Y. pestis, conditioning the re-emergence of the plague in secular centers in the Maghreb unlike the northern shores of the Mediterranean where the indigenous plague has disappeared for a century
Approche moléculaire de l'épidémiologie des bactéries transmises par les puces en Algérie
No full textAIX-MARSEILLE2-BU Méd/Odontol. (130552103) / SudocSudocFranceF
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
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