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Identification moléculaire d'une chitinase CHT-1, sa localisation et son rôle chez le nématode 'Caenorhabditis elegans'
Full text linkThèse de doctorat : Université de Neuchâtel, 2001 ; 1606La présence des chitinases actives chez Caenorhabditis elegans n'est pas connu jusqu'à ce jour. Par contre F. Aleaddine dans son travail de thèse a pu démontrer une activité chitinolytique dans tous les stades de développement de ce nématode. En plus, un plasmide YK9 contenant un gène appelé cht qui présente certaines caractéristiques d'enzyme chitinase a été isolé et caractérisé (J.M. Neuhaus, communication personnelle). La séquence codante du gène cht a été donc amplifiée à partir de l'ADN complémentaire de C.elegans. La partie N-terminal avec le site catalytique conservé chez toutes les chitinases de la famille 18 a été trouvé. La partie C-terminal contenant deux domaines riches en cystéines qui sont liés entre eux et au domaine N-terminal par une région riche en thréonines est aussi présente. Ce gène classé comme une enzyme chitinase de la famille 18 a été nommé cht-1. Deux fragments FC 1 et DF amplifiés à partir de la séquence codante de cht-1 furent clonés, exprimés et purifiés. Deux anticorps anti-FC 1 et anti-DF ont été obtenus par l'immunisation des souris avec les deux protéines isolées. Une réactivité de l'anticorps anti-FC 1 avec deux bandes protéiques de 45 et 60 kDa fut révélée dans les stades de développement L1, L2, L3 et L4. Par contre une seule bande protéique de 45 kDa des mêmes stades a réagi avec l'anticorps anti-DF. Ces deux anticorps n'ont pas réagi avec les protéines de stades adultes et œufs de C.elegans. L'immunofluorescence fut utilisée pour localiser la chitinases CHT-1. En effet, l'anticorps anti-FC 1 a révélé une fluorescence au niveau de la bouche et du pharynx de C.elegans, alors que l'anti-DF a démontré une importante fluorescence au niveau de la surface externe du nématode. L'immunocytochimie sur des coupes transversales du pharynx de C.elegans a démontré le marquage des canaux glandulaires avec l'anticorps anti-FC 1, selon Albertson et Thomoson (1976) ces trois canaux pourraient avoir un rôle dans la sécrétion des enzymes de digestions qui sont synthétisées par les cellules glandulaires (bulbe terminal). Alors que l'anticorps anti-DF a révélé un marquage aux grains d'or des cellules hypodermiques de ce nématode. J. E. Sulston et G. N Cox ont prouvé l'existence de plusieurs protéines riches en cystéines chez les nématodes et parmis eux C.elegans. Ceci pourrait permettre des réactions croisées de l'anticorps anti-DF avec ces protéines car cet anticorps a été produit contre la protéine (DF) de CHT-1 riche en cystéine. L'études fonctionnelle de la chitinase CHT-1 par la technique d'inhibition de l'ARN a été effectué sur deux populations de C.elegans nourris séparément avec des bactéries transformées. Sur l'aspect physiologique, les vers descendants n'ont subi aucune transformation détectable. Alors que sur l'aspect moléculaire, les anticorps anti-FC 1 n'ont réagi qu'avec la protéine d'environ 60 kDa et les anticorps anti-DF n'ont pas réagi avec les protéines totales des C.elegans transformées. Il apparait donc que, la protéine de 45 kDa pourrait être la chitinase CHT-1 reconnu par les anticorps anti-FC 1 et anti-DF. L'immunofluorescence réalisée avec l'anticorps anti-FC1 sur les vers transformés des deux populations a révélé l'absence de fluorescence au niveau du pharynx et sa présence au niveau de la bouche de ces nématodes. Ce résultat pourrait confirmer la synthèse de la chitinase CHT-1 par les cellules glandulaires, et sa sécrétion effectuée par les canaux glandulaires. La fluorescence détectée par l'anticorps anti-FC 1 au niveau de la bouche pourrait correspondre à une réaction croisée de ces anticorps avec la protéine de 60 kDa qui pourrait être la chitinase T13H5.3 homologue dans sa région N-terminal avec la protéine FC 1. La présence de la chitinase CHT-1 au niveau du pharynx pourrait avoir un rôle dans la digestion totale des structures chitineuses ainsi que la digestion partielle des chitosanes et des peptidoglycanes trouvés dans les bactéries ou dans d'autres organismes digérés par ces nématodes. Pour compléter ce travail, l'activité chitinolytique de ce gène cht-1 devrait être démontrée in-vivo et le rôle des autres chitinases connues devrait être étudié
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Etudes moléculaires de la surface des nématodes
Full text linkThèse de doctorat : Université de Neuchâtel, 2000 ; 154
Study of the epidemiology of ticks and tick-borne diseases in cattle in the South of the Ivory Coast using reverse line blot-PCR
No full textThèse de doctorat, Sciences, Biologi
Caractérisation de chitinases chez les nématodes
Full text linkThèse de doctorat : Université de Neuchâtel, 2007 ; 1935Les plantes possèdent des mécanismes de défense contre les attaques externes utilisant des moyens constitutifs et des molécules chimiques. Les premières études des chitinases de plantes les ont classées comme des "protéines associées à la pathogénèse" (PR protéines) ; divisées en 5 classes en fonction de leurs séquences en acides aminés. Des études postérieures ont indiqué que les chitinases sont non seulement trouvées chez les plantes mais également chez d'autres organismes comme les bactéries, les champignons et les animaux. Une nouvelle classification a donc établi une subdivision des chitinases en famille 18 et famille 19. La première famille est omniprésente alors que la famille 19 a longtemps été considérée comme spécifique aux plantes avant d’avoir récemment été décrite chez d'autres organismes comme les bactéries ou le ver Ascaris suum, mais pas chez l’Homme. Dans la lutte contre les parasites et l'infection de nouveaux hôtes, les chitinases ont été pressenties comme de bonnes cibles pour les vaccins. Des études ont été financées par l'OMS afin de développer de nouveaux vaccins pour empêcher la filariose lymphatique, maladie classée en troisième position en termes de pertes économiques dans les régions tropicales et subtropicales. La réaction croisée entre les chitinases de filaires et les chitotriosidases humaines a prématurément mis un terme à ce projet. Il est maintenant clair que ces études étaient basées sur l'analyse de chitinases de la famille 18. La biologie des nématodes est plutôt bien préservée dans le phylum et l'étude de C. elegans, modèle biologique pour les espèces de parasite, est une approche logique. Le but de cette étude était donc de décrire et d’analyser toutes les chitinases du génome de C. elegans. Les résultats ont ensuite été employés pour détecter et décrire des chitinases de la famille 19 chez les nématodes entomopathogènes, intestinaux et chez les filaires. La production de chitinases recombinantes a également été tentée. Quarante gènes ont été identifiés dans le génome de C.elegans parmi lesquels 34 codent pour des chitinases de la famille 18 et 6 pour des chitinases de la famille 19. Les chitinases de la famille 18 sont localisées sur tous les chromosomes excepté le chromosome I alors que les chitinases de la famille 19 sont toutes présentes sur le chromosome V. Les chitinases de la famille 18 semblent également être exprimées dans tous les stades de développement, excepté dans les larves L2. La chitinase cht-1 est jusqu’à présent la seule à avoir été étudiée en détails. L'identification des gènes codant pour des chitinases de la famille 19 chez C.elegans a également indiqué leur expression dans tous les stades de développement, excepté dans les oocytes et les adultes hermaphrodites de 10 jours. L'isolation et le séquençage de cette famille de gènes a permis l'utilisation d’amorces spécifiques afin d’également rechercher des chitinases de la famille 19 chez les nématodes parasites. La présence de ces chitinases a été détectée pour la première fois dans les vers entomopathogènes Heterorhabditis megidis, dans les filaires Brugia pahangi et B. malayi ainsi que dans les vers intestinaux A. suum. L'analyse de l'ADN génomique des larves L3 de H. megidis a indiqué la présence du gène chia-5, les trois chitinases (chia-2, 3 et 5) ont été détectées dans les banques d'ADN de B. pahangi, aux stades L3 et adulte. Ces trois chitinases ont également été détectées chez B. malayi, mais avec un modèle d'expression différent mais aussi dans le génome des vers adultes d’A. suum chez qui une chitinase (As-p50) a récemment été décrite. En dépit de nombreux efforts, l'expression des chitinases recombinantes n'a pas été réussie. Les résultats correspondent cependant aux observations faites par d'autres groupes. Le rôle précis et les fonctions des chitinases des deux familles doivent ainsi encore être élucidés pour comprendre leur implication en tant que protéines potentiellement associées à la pathogénèse
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Lyme borreliosis spirochete and its tick vector: relationship of protein expression, antigenecity and pathogenecity of Borrelia burgdorferi (Spirochaetales: Spirochaetaceae) sensu lato and Ixodes ricinus ticks (Acari: Ixodidae)
Full text linkThèse de doctorat : Université de Neuchâtel, 1997 ; 134
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