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Circulation du virus de la fièvre aphteuse au Sultanat d’Oman (2018-2023) et risques associés
No full textInternational audienc
Development of a DNA vaccine against the Porcine Reproductive and Respiratory Virus (PRRSV)
No full textLe Syndrome Dysgénésique et Respiratoire Porcin (PRRS) est la maladie infectieuse endémique la plus couteuse en élevage porcin dont l'agent responsable est un Arterivirus, le PRRSV, qui présente une grande diversité génétique. L'infection par le PRRSV est fréquemment associée à l'infection par les virus influenza. La vaccination est une méthode de lutte adaptée contre ces virus. Dans le cas du PRRSV, les vaccins les plus utilisés sont des virus vivants modifiés (MLV) qui induisent une immunité protectrice peu efficace contre les variants viraux. Dans le cas du virus influenza, les vaccins inactivés utilisés présentent la même insuffisance.Dans ce travail de thèse, j'ai évalué des stratégies vaccinales visant à induire une immunité efficace contre des variants viraux, en utilisant des antigènes conservés entre souches, adressés aux cellules présentatrices d'antigènes (APC), et j'ai analysé l'effet de différentes voies et modes d'administration.Dans le cas du virus grippal, le ciblage d'antigènes conservés (HA2, M2e, NP) au CD11c a permis d'augmenter la réponse T uniquement lors d'administration par voie intramusculaire (IM) et fut sans effet sur la réponse anticorps. La vaccination par voie intradermique s'est traduit par une exacerbation de la pathologie lors d'une épreuve virale, alors que la vaccination par voie IM a réduit les symptômes, la durée d'excrétion virale en corrélation avec une meilleure réponse anticorps anti-HA2 et M2e.Dans le cas du virus PRRSV qui fut mon sujet principal d'étude, j'ai cherché à optimiser des réponses lymphocytaires T IFNγ en employant une stratégie vaccinale ADN codant des antigènes contenant des épitopes T conservés entre souches, ciblés aux APC. En effet, alors que les mutations virales conduisent à un échappement aux anticorps neutralisants, la réponse lymphocytaire T IFNγ a été proposée impliquée dans la protection croisée. J'ai montré que l'immunogénicité optimale de vaccins ADN PRRSV, conduisant à la réponse T la plus large, est obtenue par l'administration intradermique associée aux nanoparticules de PLGA (NP), suivi d'une électroporation (EP), par rapport à EP seul ou délivrance intradermique ou transcutanée avec des patches à micro-aiguilles résorbables. Cette immunogénicité optimale est associée à une bonne transfection des cellules de la peau, à une accumulation de cellules inflammatoires, et à une mobilisation des cellules dendritiques. J'ai ensuite utilisé ce mode d'administration EP+NP pour immuniser des porcs avec des plasmides codant des antigènes conservés du PRRSV adressés ou non aux APC via CD11c ou XCR1. Les porcs ont été immunisés soit avec des injections répétées d'ADN seul soit en prime-boost ADN-MLV. Le régime ADN-MLV s'est montré supérieur pour l'induction de réponse B et T à celui de l'ADN ou du MLV seuls, et le ciblage aux APC a nettement augmenté la réponse anticorps mais pas la réponse T IFNγ. Dans une expérience suivante à visée d'application sur le terrain, j'ai utilisé le régime ADN-MLV (sans NP cette fois), délivré avec EP ou avec jet sous pression (PJ). Dans ces conditions, la primo-vaccination avec ADN n'a pas significativement augmenté la réponse T IFNγ induite par le MLV, mais elle a clairement augmenté la réponse anticorps avec un bénéfice du ciblage des APC. L'immuno-potentialisation induite par la primo-vaccination ADN n'a pas conduit à l'amélioration de la protection contre une épreuve avec un virus hétérologue et a montré que cette protection n'est au final pas corrélée avec la réponse lymphocytaire T IFNγ et opère en l'absence d'anticorps neutralisants détectables. Enfin, l'ensemble de ce travail montre que l'effet du ciblage des APC chez le porc est influencé par la voie d'administration et par le régime d'administration comme le prime-boost ADN-MLV.The Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome (PRRS) is the most damaging infectious disease in pigs worldwide. The etiologic agent is an Arterivirus, the PRRSV, which presents a large genetic diversity. PRRSV infection is frequently associated with influenza virus co-infection. Vaccination is a highly suitable way to control these viruses. In the case of PRRSV, the most effective commercial vaccines are modified live vaccines (MLV) which induce only a partial protection against heterologous strains. In the case of the influenza virus, the available inactivated vaccines show the same weakness.With the goal to control emerging influenza and PRRSV variants, I evaluated vaccine strategies involving conserved viral antigens between strains which were targeted to antigen-presenting cells (APC) and delivered by different routes and methods.In the case of influenza virus, the targeting of conserved antigens (HA2, M2e and NP) to CD11c led to increased IFNγ T cell responses only when vaccines were delivered by the intramuscular (IM) route and had no effect on the humoral response. The intradermal route exacerbated disease following challenge whereas the IM route reduced the symptoms, the duration of viral excretion in correlation with higher anti-HA2 and anti-M2e antibody responses.In the case of PRRSV, which was my main subject, I sought to optimize the IFNγ T cell responses by using DNA vaccines encoding antigens with conserved T-epitopes between strains, and targeted to APC. Indeed, whereas viral mutants escape neutralizing antibodies, it has been proposed that the IFNγ T cell responses are instrumental for cross-protection. I showed that the broadest T cell responses were induced by DNA vaccines combined to nanoparticles PLGA (NP) injected by the intradermal route, followed by electroporation (EP) compared with EP-only, intradermal route-only or transcutaneous dissolvable microneedles. This optimal immunogenicity was associated with a high transfection level of skin cells, an accumulation of inflammatory cells, and dendritic cells mobilisation. Next I used the EP+NP method to immunize pigs with plasmids encoding conserved PRRSV antigens targeted or not to APC via CD11c or XCR1. Pigs were immunized either with repeated injections of DNA alone or with a prime-boost DNA-MLV. The DNA-MLV regimen induced improved humoral and IFNγ T cell responses compared to DNA alone or MLV alone and the APC-targeting significantly increased the humoral response but not the IFNγ T cell response. Finally, I evaluated the DNA-MLV regimen efficacy, with an applied perspective, using naked DNA without NP and delivered by EP or by a convenient needle free injection technology (PJ). In these conditions, the DNA prime did not significantly increase the IFNγ T cell response induced by the MLV, but clearly increased the humoral response with a benefit of the APC-targeting. However, the immune potentiation induced by the DNA prime did not lead to an improved protection following a heterologous challenge. The heterologous protection was not correlated to the measured humoral and IFNγ T cell responses, and neutralizing antibodies were undetectable. Thus cross-protective effectors have not been sufficiently activated by our DNA-MLV strategy and the immune correlates of protection against heterologous PRRSV are still to be identified to develop cross-protective vaccines. Finally, this work shows that the effect of APC-targeting in pigs is influenced by delivery routes and methods and by vaccine regimen such as the prime-boost DNA-MLV
Développement d'un vaccin à ADN contre le virus du Syndrome Dysgénésique et Respiratoire Porcin (PRRSV)
No full textThe Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome (PRRS) is the most damaging infectious disease in pigs worldwide. The etiologic agent is an Arterivirus, the PRRSV, which presents a large genetic diversity. PRRSV infection is frequently associated with influenza virus co-infection. Vaccination is a highly suitable way to control these viruses. In the case of PRRSV, the most effective commercial vaccines are modified live vaccines (MLV) which induce only a partial protection against heterologous strains. In the case of the influenza virus, the available inactivated vaccines show the same weakness.With the goal to control emerging influenza and PRRSV variants, I evaluated vaccine strategies involving conserved viral antigens between strains which were targeted to antigen-presenting cells (APC) and delivered by different routes and methods.In the case of influenza virus, the targeting of conserved antigens (HA2, M2e and NP) to CD11c led to increased IFNγ T cell responses only when vaccines were delivered by the intramuscular (IM) route and had no effect on the humoral response. The intradermal route exacerbated disease following challenge whereas the IM route reduced the symptoms, the duration of viral excretion in correlation with higher anti-HA2 and anti-M2e antibody responses.In the case of PRRSV, which was my main subject, I sought to optimize the IFNγ T cell responses by using DNA vaccines encoding antigens with conserved T-epitopes between strains, and targeted to APC. Indeed, whereas viral mutants escape neutralizing antibodies, it has been proposed that the IFNγ T cell responses are instrumental for cross-protection. I showed that the broadest T cell responses were induced by DNA vaccines combined to nanoparticles PLGA (NP) injected by the intradermal route, followed by electroporation (EP) compared with EP-only, intradermal route-only or transcutaneous dissolvable microneedles. This optimal immunogenicity was associated with a high transfection level of skin cells, an accumulation of inflammatory cells, and dendritic cells mobilisation. Next I used the EP+NP method to immunize pigs with plasmids encoding conserved PRRSV antigens targeted or not to APC via CD11c or XCR1. Pigs were immunized either with repeated injections of DNA alone or with a prime-boost DNA-MLV. The DNA-MLV regimen induced improved humoral and IFNγ T cell responses compared to DNA alone or MLV alone and the APC-targeting significantly increased the humoral response but not the IFNγ T cell response. Finally, I evaluated the DNA-MLV regimen efficacy, with an applied perspective, using naked DNA without NP and delivered by EP or by a convenient needle free injection technology (PJ). In these conditions, the DNA prime did not significantly increase the IFNγ T cell response induced by the MLV, but clearly increased the humoral response with a benefit of the APC-targeting. However, the immune potentiation induced by the DNA prime did not lead to an improved protection following a heterologous challenge. The heterologous protection was not correlated to the measured humoral and IFNγ T cell responses, and neutralizing antibodies were undetectable. Thus cross-protective effectors have not been sufficiently activated by our DNA-MLV strategy and the immune correlates of protection against heterologous PRRSV are still to be identified to develop cross-protective vaccines. Finally, this work shows that the effect of APC-targeting in pigs is influenced by delivery routes and methods and by vaccine regimen such as the prime-boost DNA-MLV.Le Syndrome Dysgénésique et Respiratoire Porcin (PRRS) est la maladie infectieuse endémique la plus couteuse en élevage porcin dont l'agent responsable est un Arterivirus, le PRRSV, qui présente une grande diversité génétique. L'infection par le PRRSV est fréquemment associée à l'infection par les virus influenza. La vaccination est une méthode de lutte adaptée contre ces virus. Dans le cas du PRRSV, les vaccins les plus utilisés sont des virus vivants modifiés (MLV) qui induisent une immunité protectrice peu efficace contre les variants viraux. Dans le cas du virus influenza, les vaccins inactivés utilisés présentent la même insuffisance.Dans ce travail de thèse, j'ai évalué des stratégies vaccinales visant à induire une immunité efficace contre des variants viraux, en utilisant des antigènes conservés entre souches, adressés aux cellules présentatrices d'antigènes (APC), et j'ai analysé l'effet de différentes voies et modes d'administration.Dans le cas du virus grippal, le ciblage d'antigènes conservés (HA2, M2e, NP) au CD11c a permis d'augmenter la réponse T uniquement lors d'administration par voie intramusculaire (IM) et fut sans effet sur la réponse anticorps. La vaccination par voie intradermique s'est traduit par une exacerbation de la pathologie lors d'une épreuve virale, alors que la vaccination par voie IM a réduit les symptômes, la durée d'excrétion virale en corrélation avec une meilleure réponse anticorps anti-HA2 et M2e.Dans le cas du virus PRRSV qui fut mon sujet principal d'étude, j'ai cherché à optimiser des réponses lymphocytaires T IFNγ en employant une stratégie vaccinale ADN codant des antigènes contenant des épitopes T conservés entre souches, ciblés aux APC. En effet, alors que les mutations virales conduisent à un échappement aux anticorps neutralisants, la réponse lymphocytaire T IFNγ a été proposée impliquée dans la protection croisée. J'ai montré que l'immunogénicité optimale de vaccins ADN PRRSV, conduisant à la réponse T la plus large, est obtenue par l'administration intradermique associée aux nanoparticules de PLGA (NP), suivi d'une électroporation (EP), par rapport à EP seul ou délivrance intradermique ou transcutanée avec des patches à micro-aiguilles résorbables. Cette immunogénicité optimale est associée à une bonne transfection des cellules de la peau, à une accumulation de cellules inflammatoires, et à une mobilisation des cellules dendritiques. J'ai ensuite utilisé ce mode d'administration EP+NP pour immuniser des porcs avec des plasmides codant des antigènes conservés du PRRSV adressés ou non aux APC via CD11c ou XCR1. Les porcs ont été immunisés soit avec des injections répétées d'ADN seul soit en prime-boost ADN-MLV. Le régime ADN-MLV s'est montré supérieur pour l'induction de réponse B et T à celui de l'ADN ou du MLV seuls, et le ciblage aux APC a nettement augmenté la réponse anticorps mais pas la réponse T IFNγ. Dans une expérience suivante à visée d'application sur le terrain, j'ai utilisé le régime ADN-MLV (sans NP cette fois), délivré avec EP ou avec jet sous pression (PJ). Dans ces conditions, la primo-vaccination avec ADN n'a pas significativement augmenté la réponse T IFNγ induite par le MLV, mais elle a clairement augmenté la réponse anticorps avec un bénéfice du ciblage des APC. L'immuno-potentialisation induite par la primo-vaccination ADN n'a pas conduit à l'amélioration de la protection contre une épreuve avec un virus hétérologue et a montré que cette protection n'est au final pas corrélée avec la réponse lymphocytaire T IFNγ et opère en l'absence d'anticorps neutralisants détectables. Enfin, l'ensemble de ce travail montre que l'effet du ciblage des APC chez le porc est influencé par la voie d'administration et par le régime d'administration comme le prime-boost ADN-MLV
Développement d'un vaccin à ADN contre le virus du Syndrome Dysgénésique et Respiratoire Porcin (PRRSV)
No full textThe Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome (PRRS) is the most damaging infectious disease in pigs worldwide. The etiologic agent is an Arterivirus, the PRRSV, which presents a large genetic diversity. PRRSV infection is frequently associated with influenza virus co-infection. Vaccination is a highly suitable way to control these viruses. In the case of PRRSV, the most effective commercial vaccines are modified live vaccines (MLV) which induce only a partial protection against heterologous strains. In the case of the influenza virus, the available inactivated vaccines show the same weakness.With the goal to control emerging influenza and PRRSV variants, I evaluated vaccine strategies involving conserved viral antigens between strains which were targeted to antigen-presenting cells (APC) and delivered by different routes and methods.In the case of influenza virus, the targeting of conserved antigens (HA2, M2e and NP) to CD11c led to increased IFNγ T cell responses only when vaccines were delivered by the intramuscular (IM) route and had no effect on the humoral response. The intradermal route exacerbated disease following challenge whereas the IM route reduced the symptoms, the duration of viral excretion in correlation with higher anti-HA2 and anti-M2e antibody responses.In the case of PRRSV, which was my main subject, I sought to optimize the IFNγ T cell responses by using DNA vaccines encoding antigens with conserved T-epitopes between strains, and targeted to APC. Indeed, whereas viral mutants escape neutralizing antibodies, it has been proposed that the IFNγ T cell responses are instrumental for cross-protection. I showed that the broadest T cell responses were induced by DNA vaccines combined to nanoparticles PLGA (NP) injected by the intradermal route, followed by electroporation (EP) compared with EP-only, intradermal route-only or transcutaneous dissolvable microneedles. This optimal immunogenicity was associated with a high transfection level of skin cells, an accumulation of inflammatory cells, and dendritic cells mobilisation. Next I used the EP+NP method to immunize pigs with plasmids encoding conserved PRRSV antigens targeted or not to APC via CD11c or XCR1. Pigs were immunized either with repeated injections of DNA alone or with a prime-boost DNA-MLV. The DNA-MLV regimen induced improved humoral and IFNγ T cell responses compared to DNA alone or MLV alone and the APC-targeting significantly increased the humoral response but not the IFNγ T cell response. Finally, I evaluated the DNA-MLV regimen efficacy, with an applied perspective, using naked DNA without NP and delivered by EP or by a convenient needle free injection technology (PJ). In these conditions, the DNA prime did not significantly increase the IFNγ T cell response induced by the MLV, but clearly increased the humoral response with a benefit of the APC-targeting. However, the immune potentiation induced by the DNA prime did not lead to an improved protection following a heterologous challenge. The heterologous protection was not correlated to the measured humoral and IFNγ T cell responses, and neutralizing antibodies were undetectable. Thus cross-protective effectors have not been sufficiently activated by our DNA-MLV strategy and the immune correlates of protection against heterologous PRRSV are still to be identified to develop cross-protective vaccines. Finally, this work shows that the effect of APC-targeting in pigs is influenced by delivery routes and methods and by vaccine regimen such as the prime-boost DNA-MLV.Le Syndrome Dysgénésique et Respiratoire Porcin (PRRS) est la maladie infectieuse endémique la plus couteuse en élevage porcin dont l'agent responsable est un Arterivirus, le PRRSV, qui présente une grande diversité génétique. L'infection par le PRRSV est fréquemment associée à l'infection par les virus influenza. La vaccination est une méthode de lutte adaptée contre ces virus. Dans le cas du PRRSV, les vaccins les plus utilisés sont des virus vivants modifiés (MLV) qui induisent une immunité protectrice peu efficace contre les variants viraux. Dans le cas du virus influenza, les vaccins inactivés utilisés présentent la même insuffisance.Dans ce travail de thèse, j'ai évalué des stratégies vaccinales visant à induire une immunité efficace contre des variants viraux, en utilisant des antigènes conservés entre souches, adressés aux cellules présentatrices d'antigènes (APC), et j'ai analysé l'effet de différentes voies et modes d'administration.Dans le cas du virus grippal, le ciblage d'antigènes conservés (HA2, M2e, NP) au CD11c a permis d'augmenter la réponse T uniquement lors d'administration par voie intramusculaire (IM) et fut sans effet sur la réponse anticorps. La vaccination par voie intradermique s'est traduit par une exacerbation de la pathologie lors d'une épreuve virale, alors que la vaccination par voie IM a réduit les symptômes, la durée d'excrétion virale en corrélation avec une meilleure réponse anticorps anti-HA2 et M2e.Dans le cas du virus PRRSV qui fut mon sujet principal d'étude, j'ai cherché à optimiser des réponses lymphocytaires T IFNγ en employant une stratégie vaccinale ADN codant des antigènes contenant des épitopes T conservés entre souches, ciblés aux APC. En effet, alors que les mutations virales conduisent à un échappement aux anticorps neutralisants, la réponse lymphocytaire T IFNγ a été proposée impliquée dans la protection croisée. J'ai montré que l'immunogénicité optimale de vaccins ADN PRRSV, conduisant à la réponse T la plus large, est obtenue par l'administration intradermique associée aux nanoparticules de PLGA (NP), suivi d'une électroporation (EP), par rapport à EP seul ou délivrance intradermique ou transcutanée avec des patches à micro-aiguilles résorbables. Cette immunogénicité optimale est associée à une bonne transfection des cellules de la peau, à une accumulation de cellules inflammatoires, et à une mobilisation des cellules dendritiques. J'ai ensuite utilisé ce mode d'administration EP+NP pour immuniser des porcs avec des plasmides codant des antigènes conservés du PRRSV adressés ou non aux APC via CD11c ou XCR1. Les porcs ont été immunisés soit avec des injections répétées d'ADN seul soit en prime-boost ADN-MLV. Le régime ADN-MLV s'est montré supérieur pour l'induction de réponse B et T à celui de l'ADN ou du MLV seuls, et le ciblage aux APC a nettement augmenté la réponse anticorps mais pas la réponse T IFNγ. Dans une expérience suivante à visée d'application sur le terrain, j'ai utilisé le régime ADN-MLV (sans NP cette fois), délivré avec EP ou avec jet sous pression (PJ). Dans ces conditions, la primo-vaccination avec ADN n'a pas significativement augmenté la réponse T IFNγ induite par le MLV, mais elle a clairement augmenté la réponse anticorps avec un bénéfice du ciblage des APC. L'immuno-potentialisation induite par la primo-vaccination ADN n'a pas conduit à l'amélioration de la protection contre une épreuve avec un virus hétérologue et a montré que cette protection n'est au final pas corrélée avec la réponse lymphocytaire T IFNγ et opère en l'absence d'anticorps neutralisants détectables. Enfin, l'ensemble de ce travail montre que l'effet du ciblage des APC chez le porc est influencé par la voie d'administration et par le régime d'administration comme le prime-boost ADN-MLV
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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