1,720,991 research outputs found
Tüberküloz tanısında LED floresan mikroskop yöntemi ve Ziehl-Neelsen yönteminin karşılaştırılması
Full text linkBu çalışmada Dicle Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Laboratuvarına direk mikroskopi ve kültür işlemleri için gönderilen 758 klinik örnek alınmıştır. Bu örnekler EZN boyama yöntemi, Auramin-O boyama yöntemi, BACTEC MGIT sıvı besiyeri kültür sistemi ve Löwenstein-Jensen katı besiyeri kültür yöntemi ile çalışılmış; aside dirençli basilleri saptamada bu testlerin etkinliği araştırılmıştır. Çalışmada fluorokrom yöntem olarak tek bir aparat ile ışık mikroskobuna uygulanabilen LED-FM kullanılmıştır. İncelenen 758 klinik örneğin 102'si (%13.4) kültür pozitif olarak değerlendirilmiş ve bunun 50'si (%49) EZN ile, 66'sı (%64.7) Auramin-O ile pozitif olarak tespit edilmiştir. EZN yöntemi ile pozitif olarak bulunan 1 örnek, Auramin-O ile pozitif bulunan 24 örnek kültür negatif olarak belirlenmiştir. Boyama yöntemlerinin kültür yöntemleri referans test alınarak yapılan karşılaştırılmada, EZN boyama yöntemi için duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer sırasıyla %49.02, %99.85, %98.08, % 92.64 olarak saptanmıştır. Auramin-O için duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer ve negatif prediktif değer sırasıyla %64.7, %96.3, %73.33, % 94.6 olarak saptanmıştır. Çalışmada LED-FM yönteminin EZN yöntemine göre sensitivitesi yüksek, spesifitesi düşük olarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak LED-FM, yüksek sensitivitesinden dolayı iş yükü fazla olan laboratuvarlarda EZN'ye alternatif olarak kullanılabilir ve aside dirençli basil şüphesi olan preparatların EZN ile doğrulanması gerekir.A total of 758 clinical samples which were sent to Dicle University Faculty of Medicine, Microbiology Laboratory for direct microscopy and culture were included in this study. EZN staining method, Auramine - O staining method, MGIT broth culture system and Löwenstein -Jensen agar culture method were conducted and the activity of these tests were investigated for detection of acid-fast bacilli. LED-FM applicable to a single apparatus with the light microscope was used as a fluorochrome method in this study. Of examined 758 clinical samples, 102 ( 13.4%) samples were evaluated as cultures positive and of those samples 50 (49%) samples were found to be positive by EZN, 66 (64.7%) were positive by Auramine-O. One EZN positive sample and 24 Auramine-O positive sample were found to be culture negative. In comparison of both staining methods with the culture method which was taken as a reference test method, sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value for EZN staining method were found to be 49.02 %, 99.85% , 98.08%, and 92.64 %, respectively. Sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value for Auramine-O was found to be 64.7 %, 96.3 %, 73.33 %, 94.6 %, respectively. In this study sensitivity of LED - FM method was higher and specificity was lower than EZN staining method. As a result, LED-FM can be used as an alternative to EZN for its higher sensitivity in laboratory with high workload and the smears with suspicion of acid-fast bacilli should be confirmed with EZN staining method
Antibiotic susceptibility patterns of gram-negative anaerobic bacteria isolated from clinical samples
No full textAmaç:Anaeropbakteriler vücudun normal flora elemanı olmasına karşın, bağışıklık sisteminin zayıflamasıyla enfeksiyona neden olabilirler. Bu bakterilerin izolasyonları ve identifikasyonları güç olduğu içinçoğu laboratuvarda yapılmamaktadır. Bu sebeple çoğu zaman anaerop bakteriler göz ardı edilebilmektedir.Bunun sonucu olarak da gelişen antibiyotik direnç durumları tespit edilememektedir.Bizim bu çalışmadaki amacımız, anaerop bakterilerin antibiyotik direnç profillerinin bilinmesinin tedavinin seyri açısından gerekli olduğunu ve belirli periyodlarda antibiyotik duyarlılık testlerinin yapılması gerektiğini ortaya koymaktır.Gereç ve Yöntem:Çalışmaya, 11.06.2019 -04.03.2020tarihleri arasında Dicle Üniversitesi Tıp FakültesiTıbbi Mikrobiyoloji AD. Bakteriyoloji/Kültür laboratuvarına, çeşitli klinik birimlerden anaerop kültür istemiylegönderilmiş372 numune dahil edilmiştir. Bu numuneler, ilk olarak bakteri izolasyonu için Brucellakanlı agara ekildi.İzole edilen bakterilerin identifikasyonlarıMALDI-TOF MS ile yapıldıktan sonra antimikrobiyal duyarlılık profillerinin belirlenmesi için E –test yöntemi kullanıldı.Bulgular:İzole edilen 17 Bacterioidestüründe antimikrobiyal direncin en yüksekolduğu antibiyotiklersırasıyla % 100 oranındapenisilin(P), % 41,2oranındaklindamisin (CM)ve % 35,3oranındaise amoksisillin-klavulanik asid (AMC)olarak belirlendi.İzole edilen 22 Prevotellatüründe iseantimikrobiyal direncin en yüksekolduğu antibiyotikler% 45,5oranındapenisilin(P) ve % 27,3 oranındamoksifloksasin (MX)olarak belirlendi. Yine izole edilen 1 Dialister pneumosintesbakterisinde sadecemetronidazol (MZ)direnci gözlemlenirken, 1 Veillonellaparvulabakterisindeise penisilin(P),imipenem(IP)ve piperasillin-tazobaktam (TPZ)antibiyotiklerine karşı direnç gözlemlenmiştir. Son olarakdaizole edilen 4Fusobacteriumtüründeise hiçbir antibiyotiğe karşı direnç gözlemlenmemiştir. Sonuç:Çalışmamızda izole edilen Gram-negatifanaeropbakterilerin büyük çoğunluğunun penisilin, klindamisin, moksifloksasin, metronidazol ve amoksisillin-klavulanik aside karşı bir direnç geliştirdiği veya bu antibiyotiklere karşı artan bir dirence sahip olduğu görülmüştür.Aim:Although anaerobic bacteria are the normal flora of the body, they can cause infection with the weakening of the immune system.Isolation and identification of these bacteria are difficult and not performed in most laboratories.For this reason, anaerobic bacteria can often be ignored.As a result, antibiotic resistance situations that develop cannot be detected.We carried out this study to reveal that anaerobic bacteria are important, that knowing antibiotic resistance profiles is necessary for the courseof treatment, and that antibiotic susceptibility tests should be performed at certain periods.Material and Method:Between 11.06.2019 -04.03.2020 dates,Dicle University Faculty of Medicine Medical Microbiology Department to the Bacteriology / Culture laboratory 372 samples were sent with the request of anaerobe culture from various clinical units.These samples were first inoculated on Brucellablood agar for bacteria isolation.After identifying the isolated bacteria with MALDI-TOF MS, the E-test method was used to determine the antimicrobial susceptibility profiles.Results:Antibiotics with the highest antimicrobial resistance were determined as 100% penicillin (P), 41.2% clindamycin (CM) and 35.3% amoxicillin-clavulanic acid (AMC), respectively in 17 isolated Bacterioidesspecies.Antibiotics with the highest antimicrobial resistance in the 22 isolated Prevotellaspecies were determined as 45.5% penicillin (P) and 27.3% moxifloxacin (MX).Again, only metronidazole (MZ) resistance was observed in 1 Dialister pneumosintesbacteria, whereas resistance was observed against penicillin (P), imipenem (IP) and piperacillin-tazobactam (TPZ) antibiotics in 1 Veillonella parvulabacteria.Finally, resistance was observed against any antibiotic in 4 Fusobacteriumspecies isolated.Conclusion:It was observed that the majority of the Gram-negativeanaerobic bacteria isolated in our study developed resistance to penicillin, clindamycin, moxifloxacin, metronidazole and amoxicillin-clavulanic acid, or had an increased resistance to these antibiotics, and were also sensitive to the remaining antibiotics.Dicle Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü (DÜBAP
Hepatit B Virüsü'nün serolojik göstergeleri ile serum hepatit B virüs DNA düzeyleri arasındaki ilişki
No full textHBV üne karşı etkin bir aşı bulunmasına ve çeşitli antiviral ajanlara rağmen halen dünyada 350 milyondan fazla HBV'ü ile infekte kişi bulunmakta ve bunların büyük çoğunluğu kronik hepatit, siroz, hepatosellüler karsinoma nedeniyle (yılda en az bir milyon kişi) ölmektedir. Türkiye'nin HBsAg seroprevalansı -en yüksek değerler doğudan olmak üzere- %1-14.3 arasında değişmektedir. HBV infeksiyonunda geniş serolojik göstergelere ve bunları yorumlama olanaklarına sahip olmamıza rağmen, moleküler yöntemlerin bu alanda kullanılması ile görülmüştür ki, HBV infeksiyonun tanısında ve takibinde tek basma serolojik göstergeler yetersiz kalmaktadır. Mutasyonlann tammlanmasmdan sonra viral replikasyonun belirlenmesinde HBsAg, HBeAg ve anti-HBe' nin güvenilir parametreler olmadıkları anlaşılmıştır. Viral replikasyonun en sensitif göstergesi olması nedeni ile HBV DNA' nın moleküler tanı yöntemleri ile belirlenmesi gerekmektedir. Moleküler yöntemler bir balama HBV ünde serolojik ezberimizi bozmuştur. Çalışmamızda HBV DNA 4 farklı aralık içerisinde (O, 1-4, 5-100 ve >100 pg/ml) ve 7 farklı kombinasyondaki serolojik parametrelerle ilişkisi değerlendirilmiştir.. Birinci grubu oluşturan HBsAg negatif 124 serum örneğinin %92' sinde O pg/ml, %!' inde 1-4 pg/ml arasında, HBsAg negatif olmasına rağmen %7 serumda ise 5 pg/ml' nin üzerinde HBV DNA tespit edilmiştir. İkinci grubu oluşturan anti-HBs pozitif 96 serum örneğinin %92'sinde O pg/ml, %3' ünde 5-100 pg/ml arasında, anti-HBs pozitif olmasına rağmen %4 serumda 100 pg/ml' nin üzerinde HBV DNA miktarı tespit edilmiştir. Üçüncü grubumuz olan HBsAg' nin pozitif olduğu 831 serumun %35' inde HBV DNA tespit edilirken, 5 pg/ml ve üzerindeki HBV DNA miktarı ise 831 örneğin sadece %33' ünde tespit edilmiştir. Dördüncü grupta akut enfeksiyon olarak tanımlanan 66 HBsAg, HBeAg ve anti-HBcigM pozitif 12 serumun %33' ünde O pg/ml, %8' inde 5- 100 pg/ml arası, %59' unda ise 100 pg/ml' nin üzerinde HBV DNA miktarı tespit edilmiştir. Sadece HBsAg ve anti-HBcigG pozitif, diğer serolojik parametreleri negatif olan beşinci grubumuzda 5 serum örneğinin hiç birinde HBV DNA tespit edilmemiştir. Altıncı grupta HBsAg pozitif, HBeAg pozitif, anti-HBe negatif ve replikatif infeksiyon olarak tanımlanan 245 serum örneğinde %77 oranında 5 pg/ml' nin üzerinde HBV DNA tespit edilirken, yedinci grubumuzu oluşturan HBsAg pozitif, anti-HBe pozitif, HBeAg negatif olan ve non-replikatif infeksiyon olarak tanımlanan 530 serumda bu oran sadece %12 olarak tespit edilmiştir. Bütün bunlar HBV infeksiyonlannda serolojik göstergelerin infeksiyon hakkında genel anlamda bir fikir vermekle birlikte, HBV DNA' nin HBsAg negatif serumlarda, anti-HBs pozitif serumlarda ve anti-HBe pozitif, HBeAg negatif olan serumlarda bile tespit edilebilmesi nedeni ile serolojik göstergelerin yeterli duyarlılıkta olmadıklarını göstermektedir. Moleküler yöntemlerle HBV DNA tespiti en duyarlı yöntem olup serolojik göstergelerin bununla birlikte değerlendirilmesi gerekmektedir.Although an effective vaccine and various agents found for HBV, still more than 350 million individuals are infected and most of them are dying because of chronic hepatitis, cirrhosis and hepatosellüler carcinoma (at least 1 million individual are dying for a year). Seroprevalance for HBsAg -elevated values are especially in east part of is between 1-14.3 % in Turkey. Although we have various serologic signs and can comment on them, after starting to use the molecular methods, it seems to be; these are insufficient in diagnosis and follow up the HBV infection. Especially after the definition of mutation, HBsAg HBeAg and anti-HBeAg are not reliable to determine the viral replication. HBV DNA is the most sensitive method to determine the viral replication so that we use the molecular diagnosis methods to determine it. In our study HBV DNA is in four different interval (0, 1-4, 5-100 and >100 pg/ml) and relations evaluated with 7 different serological parameters. In the first group that have 124 serum samples which are HBsAg negative %92,2 is 0 pg/ml, %1 is between 1-4 pg/ml, although HBs Ag is negative in %7 serum more than 5 pg/ml HBV DNA determined. In the second group that have 96 serum samples which are anti-HBs positive %92 0 pg/ml, %3 is between 5-100 pg/ml, although anti HBs is positive in %4 serum more than 100 pg/ml HBV DNA determined. In the third group that have 831 serum samples with HBsAg positive, we determine %35 ratio HBV DNA, 5 pg/ml and more HBV DNA is only determined in %33 of all 831 serum samples. In the fourth group which is defined as acute infection that is HBsAg, HBeAg and anti-HBcIgM positive 12 serum samples in %33 0 pg/ml, %8 is between 5-100 pg/ml and in %59 of them have more than 100 pg/ml HBV DNA. In the firm group only HBsAg and anti- 68 HBcIgG positive but the other serologic parameters are negative and in five serums samples no HBV DNA is determined. In the sixth group which is HBsAg positive, HBeAg positive, anti-HBe negative and described as replicative infection in 245 serum samples %77 ratio more than 5 pg/ml HBV DNA is determined, and in the seventh group which is HBsAg positive, anti-HBe positive HBeAg negative and described as non-replicative infection in 530 serum samples this ratio is determined as just %12. All these, although in HBV infections serologic parameters gives an common idea in HBsAg negative samples or anti-HBs positive samples or anti-HBe positive samples even in HBeAg negative samples HBV DNA can be established so that it seems to be the serologic parameters are not so sensitive. To determine the HBV DNA by using molecular methods is the most sensitive method and the serologic parameters must be evaluated with them
Lokalize Kutanöz Leishmaniasis'ten korunma ve duyarlılıkta HLA Class II Allellerinin rolü
Full text linkLeishmaniasis, Leishmania cinsi protozoonların neden olduğu, deride veya mukozalarda şekil bozuklukları yapan, lokalize kutanöz formlarından, ölüme neden olabilen generalize visseral formlarına kadar değişen ve farklı klinik belirtilerle ortaya çıkan hastalıkların genel adlandırılmasıdır. Dünyada 88 ülkede yaşayan 12 milyondan fazla insanın leishmania parazitleri ile infekte olduğu bilinmektedir. Ancak gerçek sayının bunun çok üzerinde olduğu tahmin edilmektedir. Her yıl 1,5 milyonu kutanöz ve 500 bini visseral leishmaniasis olmak üzere yaklaşık 2 milyon yeni vakanın meydan geldiği bildirilmektedir. Çalışmamızda hastalıktan korunma ve duyarlılıkta rol oynaması muhtemel HLA Class II allellerini tespit etmeyi amaçladık. Bu amaçla lokalize kutanöz leishmaniasis tanısı almış 25 hasta ve 15 sağlıklı kontrol vakası çalışmaya alındı. Bizim çalışmamızda, DRB1*0405 allelli sağlıklı kontrol vakalarında, hasta grupla karşılaştırıldığında anlamlı bir yükseklik göstermiştir. Bu durum tespit edilen allellin hastalığa karşı korunmada etkili olabileceği şeklinde yorumlanmıştır. Ancak farklı toplumlarda yapılan çalışmalarda farklı sonuçların elde edildiği göz önüne alındığında, HLA polimorfizminde etnik kökenin, hastalıktan sorumlu parazit türünün ayrıca kullanılan yöntemlerin, karşılaştırılan grup sayısının, yaşın, cinsiyetin, coğrafi faktörlerin, kalıtsal özelliklerin de sonuçlara etki etmesi beklenen bir durumdur. Anahtar Kelimeler: Kutanöz Leishmaniasis,HLA (Histokompatibilite antijenleri) klas II, Duyarlılık, KorunmaLeishmaniasis comprises a complex of vector-borne diseases, caused by more than 20 species of the protozoan genus Leishmania, and ranging from localized skin ulcers to lethal systemic disease. More than 12 million people in 88 countries are known to be infected with leishmaniasis, but the true burden remains largely hidden. Two million new cases 1,5 million of cutaneous leishmaniasis, 500 000 of the visceral form of the disease occur annually. The purpose of this study was to assess the contribution of HLA Class II alleles in the protection and/or the susceptibility to localized cutaneous leishmaniasis. Twenty-five patients with localized cutaneous leishmaniasis were recruited and 15 healthy controls were included for comparison. In this study, we detected that HLA DRB1*0405 allel, had significantly high frequency among control group in contrast to patients. This result was interpreted that the detected allel may be associated to protection. But considering different study results obtained from distinct populations, it is anticipated that several factors such as ethnic population, parasitic species, working method, age, sex, geographical and genetic factors may also affect the results. Key words: Cutaneous Leishmaniasis, HLA (Histocompatibility antigens) class II Sensitivity, Protectio
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
