1,720,982 research outputs found
Investigation of the effects of wj460 molecule and its potential synergistic interactions with gemcitabine in an in-vitro model of pancreatic cancer
No full textPankreatik duktal adenokarsinom, henüz etkili bir tedavisi olmayan kötü prognozlu bir kanser türü olup, tanı, izlem ve tedavisinde yeni biyobelirteçlerin ve moleküler hedeflerin keşfine ihtiyaç bulunmaktadır. Çalışmamızda TCGA PAAD kohortunda gerçekleştirdiğimiz analizler neticesinde MYOF gen ekspresyonunun pankreatik kanser tümör dokularında normal pankreatik dokulara göre daha yüksek oranda eksprese olduğunu (ntumor=179, nnormal=171, pF)= 0,00351) gösterdik. Genel sağkalım üzerine olan verilerin valide edilmesi ve farklı TNM evrelerinde bulunan hastalarda MYOF ekpresyonunun genel sağkalım ilişkisinin değerlendirilmesi için daha geniş bir hasta kohortu oluşturduk (n=783; TCGA PAAD, ICGC_Array, GSE28735, ICGC_Seq, GSE62452, GSE71729, EMTAB6134). Yüksek MYOF mRNA ekspresyonunun hastalarda düşük genel sağkalım ile korele olduğunu valide ettik (yüksek %30 (n=392) vs. düşük %30 (n=391); p=0, HR=1,69). MYOF gen ekspresyon yüksekliğinin evre I, II ve III hastalarda düşük genel sağkalım ile korele olduğunu (sırasıyla p=0,0097 (HR=4,62), p=0,0005 (HR=1,7), p=0,0004 (HR=2,04)), fakat evre IV seviyesinde anlamlı bir korelasyon olmadığını ortaya çıkardık (p=0,9, HR=0,96). Daha sonra, bir in vitro pankreas kanseri modelinde, WJ460 MYOF inhibitörünün hücre canlılığı, apoptoz, hücre döngüsü ve hücre göçü üzerindeki etkilerini sırasıyla kristal viyole hücre canlılığı tahlili, akış sitometrisi ve yara iyileşmesi tahlili ile değerlendirdik. Sonuçlar, tek ajanlı Gemsitabin tedavisinin etkinliği ile karşılaştırıldı ve iki ilaç arasındaki etkileşimler, kombinasyon indeksi (CI) analizi ile değerlendirildi. Çalışma sonucunda elde edilen veriler, tek ajanlı WJ460 tedavisinin hücre canlılığını inhibe ettiğini, apoptozu tetiklediğini, G2 fazı tutulumunu indüklediğini ve PANC-1 hücrelerinde göçü baskıladığını göstermektedir. Tüm analizlerde tek ajanlı WJ460 tedavisinin tek ajanlı gemsitabin tedavisine göre daha etkili olduğu bulundu. Kombinasyon tedavisinin hücre canlılığı üzerindeki etkileri değerlendirildiğinde, düşük dozlarda sinerjistik etkileşimler gözlenmesine rağmen, yüksek dozlarda ilaçlar arasında antagonizm gözlenmiştir. Kombinasyon tedavisinden sonra hücrelerde hücre döngüsü durması gözlenmedi ve apoptotik hücre oranının, tek ajan WJ460 ile tedavi edilen hücrelere kıyasla daha az olduğu bulundu. Göçün inhibisyonunda, tek ajanlı WJ460 tedavisi, kombinasyon tedavisinden daha yüksek bir inhibisyon oranı gösterdi. Çalışma sonucunda elde edilen veriler, MYOF mRNA ekspresyonunun pankreas kanserinde hem tanısal hem de prognostik bir biyobelirteç olma potansiyelinin yüksek olduğunu ve miyoferlin inhibisyonunun pankreas kanseri için umut verici bir tedavi stratejisi olabileceğini göstermektedir. Bu çalışmada elde edilen verilerin daha ileri in vivo çalışmalarda doğrulanması gerekmektedir.Pancreatic ductal adenocarcinoma is a cancer type with a poor prognosis for which there is no effective treatment yet, and the discovery of new biomarkers and molecular targets is needed in the diagnosis, follow-up and treatment. As a result of the analyzes we performed in the TCGA PAAD cohort in our study, we showed that MYOF gene expression was higher in pancreatic cancer tumor tissues than in normal pancreatic tissues (ntumor=179, nnormal=171, pF)= 0,00351). To validate data on overall survival and evaluate the association of MYOF expression with overall survival in patients at different TNM stages, we established a larger patient cohort (n=783; TCGA PAAD, ICGC_Array, GSE28735, ICGC_Seq, GSE62452, GSE71729, EMTAB6134). We validated that high MYOF mRNA expression was correlated with lower overall survival in patients (high 30% (n=392) vs. low 30% (n=391); p=0, HR=1.69). High MYOF gene expression was correlated with lower overall survival in stage I, II, and III patients (p=0.0097 (HR=4.62), p=0.0005 (HR=1.7), p=0.0004, respectively (HR=2.04)), but we found no significant correlation in stage IV patients (p=0.9, HR=0.96). Next, in an in vitro pancreatic cancer model, we evaluated the effects of WJ460 MYOF inhibitor on cell viability, apoptosis, cell cycle, and cell migration by crystal violet cell viability assay, flow cytometry, and wound healing assay, respectively. The results were compared with the efficacy of single Gemcitabine therapy and interactions between the two drugs were evaluated by combination-index (CI) analysis. The data obtained as a result of the study show that WJ460 treatment inhibits cell viability, triggers apoptosis, induces G2 phase arrest, and suppresses migration in PANC-1 cells. WJ460 single-agent treatment was found to be more effective than single-agent gemcitabine treatment in all analyzes. When the effects of combination therapy on cell viability were evaluated, although synergistic interactions were observed at low doses, antagonism was observed between drugs at high doses. Cell cycle arrest was not observed in cells after combination treatment, and the proportion of apoptotic cells was found to be less compared to cells treated with single-agent WJ460. In inhibition of migration, the single-agent WJ460 treatment showed a higher inhibition rate than the combination treatment. The data obtained as a result of the study show that MYOF mRNA expression has a high potential to be both a diagnostic and prognostic biomarker in pancreatic cancer, and myoferlin inhibition may be a promising treatment strategy for pancreatic cancer. The data obtained in this study need to be validated in further in vivo studies
Investigation of molecular pathogenesis and novel biomarkers in hepatitis C virus-associated hepatocellular carcinoma by bioinformatics analysis
No full textKronik hepatit C virüslü hastalarda başlıca ölüm nedeni olan hepatosellüler karsinom (HCC), tüm karaciğer kanseri vakalarının %90'ını oluşturmaktadır. Fakat HCV ile ilişkili HCC gelişiminin moleküler patogenezi hakkındaki bilgiler oldukça sınırlıdır. HCV-ilişkili HCC'nin moleküler patogenezinin aydınlatılması, yeni terapötik moleküler hedeflerle birlikte alternatif tanısal ve prognostik biyobelirteçlerin tanımlanması için önemli bir adımdır. Bu çalışmada, HCV ile ilişkili HCC hastalarının tümör dokularında, eşlenik komşu tümör-içermeyen karaciğer dokularına kıyasla tüm genom gen ekspresyon seviyelerindeki değişiklikler ve ilgili moleküler mekanizmalar araştırıldı. Bunun için hepatosellüler karsinom dokularının transkriptomik verilerini içeren veri setleri NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanında tarandı. Dahil etme kriteri, "insan kaynaklı hepatoselüler karsinomun tek kanallı gen ekspresyonu mikrodizi sinyal yoğunluğu dosyaları ve eşleştirilmiş bitişik tümör olmayan karaciğer dokuları" olarak belirlendi. CEL. uygun veri setlerinin dosyaları indirildi ve her bir veri seti Partek Genomics Suite (PGS) ile ayrı ayrı analiz edildi. Tüm veri kümeleri, RMA algoritması kullanılarak normalleştirildi. Farklı şekilde ifade edilen genler, tek Yönlü ANOVA yöntemiyle belirlendi ve ardından sonuçlar, aşağıdaki kriterlere göre filtrelendi: 1,5 0.05 ve HR>1). GSE19665, GSE12941 ve GSE69715 veri setlerinde amino asit metabolizması, sitokin-sitokin reseptör etkileşimi, ECM-reseptör etkileşimi ve TGF-beta yolu dahil olmak üzere çeşitli yolaklarda zenginleştiği tespit edilen toplam 34 ortak gen ekspresyonu değişikliği bulundu. Bu genlerden ANLN, ASPM, HMMR ve TOP2A genlerinin tümöral yukarı regülasyonu, HCV-ilişkili HCC'li hastaların genel sağkalım oranlarının azalması ile anlamlı olarak ilişkili bulundu (p1). Ayrıca bu dört genin ürünlerinin PPI analizinde birbirleriyle yakın etkileşim içinde olduğu ve esas olarak mitotik hücre döngüsü süreci ile ilgili olduğu belirlendi. Burada, HCV ile ilişkili hepatoselüler karsinomda tanısal ve prognostik biyobelirteç olma potansiyeline sahip farklı şekilde eksprese edilen genleri ve hastalığın moleküler patogenezi hakkında yeni verileri rapor ediyoruz. İleri çalışmalarda elde edilen verilerin daha geniş hasta gruplarında valide edilmesi planlanmaktadır.Hepatocellular carcinoma (HCC), the major cause of death in patients with chronic hepatitis C virus, constitutes 90% of all liver cancer cases. however, the knowledge about the molecular pathogenesis of HCV-associated HCC development is rather limited. Enlightening the pathogenesis of HCV-associated HCC is an important step for the identification of alternative diagnostic and prognostic biomarkers, together with novel therapeutic molecular targets.
In this study, changes in whole-genome gene expression levels and related molecular mechanisms were investigated in tumor tissues of HCV-associated HCC patients compared to matched adjacent non-tumor liver tissues. For this, data sets containing transcriptomic data of hepatocellular carcinoma tissues were screened in the NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) database. The inclusion criterion was determined as "single-channel gene expression microarray signal intensity files of human-derived hepatocellular carcinoma and matched adjacent non-tumor liver tissues". CEL. files of the appropriate data sets were downloaded, and each dataset was analyzed separately with the Partek Genomics Suite (PGS). All datasets were normalized using the RMA algorithm. Differently expressed genes were determined by the one Way ANOVA method and then the results were filtered according to the following criteria:1,5 <fold change <-1,5, FDR adjusted p-value <0,05. Pathway enrichment, Gene Ontology, and protein-protein interaction (PPI) analyzes were used to determine the functional importance of the identified differentially expressed genes. Finally, Kaplan-Meier survival analysis was used to investigate the effect of these genes on the overall survival (OS) rate of patients with HCV-associated HCC.
Four GEO datasets (GSE19665, GSE12941, GSE64041, GSE69715) including 30 HCV-associated tumors and 43 matched adjacent non-tumor tissues were included in the study. Down-regulation of the CLEC1B, COLEC10, OIT3 and STAB2 genes was determined in tumor tissues in all four data sets compared to adjacent non-tumor tissues. These genes were found to be associated with the C-type lectin receptor signaling pathway. However, no association was found between the downregulation of these genes and the rate of OS of patients (p>0,05 ve HR>1). A total of 34 common gene expression changes enriched in various pathways including amino acid metabolism, cytokine-cytokine receptor interaction, ECM-receptor interaction, and TGF-beta pathway were found in the GSE19665, GSE12941, and GSE69715 datasets. Among these genes, the up-regulation of ANLN, ASPM, HMMR, and TOP2A genes was found to be significantly associated with the decreased overall survival rate of patients with HCV-associated HCC (p1). In addition, the products of these four genes were determined to be in close interaction with each other in PPI analysis and mainly related to the mitotic cell cycle process.
Here we report the differentially expressed genes that have the potential to be diagnostic and prognostic biomarkers in HCV-associated hepatocellular carcinoma and novel data on the molecular pathogenesis of the disease. Further studies are planned to confirm these data in larger patient groups
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Integrated transcriptome meta-analysis of pancreatic ductal adenocarcinoma and matched adjacent pancreatic tissues
No full textA comprehensive meta-analysis of publicly available gene expression microarray data obtained from human-derived pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) tissues and their histologically matched adjacent tissue samples was performed to provide diagnostic and prognostic biomarkers, and molecular targets for PDAC. An integrative meta-analysis of four submissions (GSE62452, GSE15471, GSE62165, and GSE56560) containing 105 eligible tumor-adjacent tissue pairs revealed 344 differentially over-expressed and 168 repressed genes in PDAC compared to the adjacent-to-tumor samples. the validation analysis using TCGA combined GTEx data confirmed 98.24% of the identified up-regulated and 73.88% of the down-regulated protein-coding genes in PDAC. Pathway enrichment analysis showed that "ECM-receptor interaction", "PI3K-Akt signaling pathway", and "focal adhesion" are the most enriched KEGG pathways in PDAC. Protein-protein interaction analysis identified FN1, TIMP1, and MSLN as the most highly ranked hub genes among the DEGs. Transcription factor enrichment analysis revealed that TCF7, CTNNB1, SMAD3, and JUN are significantly activated in PDAC, while SMAD7 is inhibited. the prognostic significance of the identified and validated differentially expressed genes in PDAC was evaluated via survival analysis of TCGA Pan-Cancer pancreatic ductal adenocarcinoma data. the identified candidate prognostic biomarkers were then validated in four external validation datasets (GSE21501, GSE50827, GSE57495, and GSE71729) to further improve reliability. A total of 28 up-regulated genes were found to be significantly correlated with worse overall survival in patients with PDAC. Twenty-one of the identified prognostic genes (ITGB6, LAMC2, KRT7, SERPINB5, IGF2BP3, IL1RN, MPZL2, SFTA2, MET, LAMA3, ARNTL2, SLC2A1, LAMB3, COL17A1, EPSTI1, IL1RAP, AK4, ANXA2 , S100A16, KRT19, and GPRC5A) were also found to be significantly correlated with the pathological stages of the disease. the results of this study provided promising prognostic biomarkers that have the potential to differentiate PDAC from both healthy and adjacent-to-tumor pancreatic tissues. Several novel dysregulated genes merit further study as potentially promising candidates for the development of more effective treatment strategies for PDAC
Kanser tedavisi alan çocuklarda semptom sıklığı ve semptom kümelerinin belirlenmesi
No full textAraştırma, kanser tedavisi alan 10–18 yaşları arasında çocuklarda tedavinin birinci, ikinci ve üçüncü aylarındaki, semptom sıklığının ve semptom kümelerinin belirlenmesi amacıyla yapılan metadolojik ve tanımlayıcı tipte bir araştırmadır. Araştırma, Ege üniversitesi Tıp Fakültesi Pediatrik Onkoloji Bilim Dalı, Yenişehir Çocuk Hastanesi Onkoloji Kliniği, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp fakültesi Pediatrik Hematoloji-Onkoloji Bilim Dalı ve Dr.Behçet Uz Çocuk Hastanesi Onkoloji Kliniğinde kanser tanısı nedeniyle kemoterapi alan 10-18 yaşları arasındaki kanserli çocuklarla gerçekleştirilmiştir. Araştırmanın örneklemini Ağustos 2006-Ağustos 2007 tarihleri arasında araştırma kriterlerine uygun 54 hasta oluşturmuştur. Araştırma sonunda elde edilen verilerin analizinde SPSS (Statistical Package For Social Science) 15.0 Paket programı ve Software Multi-Variate Statistical Package (MVSP) v.3.12 kullanılarak, sayı, yüzde, ortalama, standart sapma. tekrarlı ölçümlerde tek yönlü varyans analizi, ki kare, küme analizi kullanılmıştır. Kanser tedavisin ilk ayında en sık prevalansa sahip semptomlar iştahsızlık, bulantı, saç dökülmesi, ikinci ayında iştahsızlık, halsizlik ve bulantı, üçüncü ayında iştahsızlık halsizlik ve sinirlilik, üzgün olma belirlenmiştir. Otuz maddeli Memorial Semptom Memorial Semptom Değerlendirme Ölçeği kullanılarak belirlenen semptomlardan tedavinin ilk ayında dört, ikinci ayında dört ve üçüncü ayında beş semptom kümesi oluşmuştur. Bulgular kanserli çocukların tedavilerinin ilk aylarında çok sayıda eş zamanlı semptom deneyimlediklerini göstermektedir. Bu bulgulardan yola çıkılarak kanserli çocuklarda semptomların değerlendirilmesi ve semptom kümelerinin belirlenmesi önerilmiştir
Hipertrofik kardiyomiyopatili hastalarda β-miyozin ağır zincirinin aktin bağlama bölgesinde yer alan mutasyonların araştırılması
No full textHipertrofik kardiyomiyopati (HKMP); hipertrofiye yol açabilecek başka bir kardiyak veya sistemik hastalık olmaksızın gözlenen sol ventrikül hipertrofisi, miyozit hipertrofisi ile düzensizliği ve interstisyal fibrozis ile karakterize edilen primer kalp kası hastalığıdır. HKMP %55 oranında genetik geçişli olup, otozomal dominant kalıtım göstermektedir. Erişkin toplumdaki HKMP prevalansının yaklaşık % 0.2 (1/500) olduğu belirtilmektedir. Hastalığın klinik seyri asemptomatikten ani kardiyak ölüme kadar değişkenlik gösterebilmekte ve ayrıca klinik heterojenite yanında allelik ve non-allelik seviyede de oldukça yüksek genetik heterojenite gösterebilmektedir. Bugüne kadar kardiyak sarkomer proteinlerini kodlayan 11 gende HKMP'ye yol açan 800'den fazla mutasyon tanımlanmıştır. Ancak genotip ve histopatolojik bulgular arasındaki ilişki henüz tam olarak belirlenememiştir. Bu çalışmada; HKMP hastalarında , R403QLW, V606M , K615N ve R663H mutasyonlarının frekanslarının ve fenotipik ifadelerinin araştırılması hedeflenmiştir. HKMP tanısı konmuş 69 olgu (32 kadın, 37 erkek , yaş ort: 50) ve 50 sağlıklı bireyde mutasyonların genotiplendirilmesi Real time PCR yöntemi kullanılarak yapılmıştır. İncelenen 69 olguda herhengi bir mutasyon gözlenmemesine rağmen sadece kontrol grubundan 1 kişinin R663H mutasyonu açısından heterozigot genotipe sahip olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak hasta ve kontrol grubunda araştırılan mutasyonlar karşılaştırıldığında aralarında anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Daha İleri çalışmalarda HKMP'ye neden olan mutasyonların çeşitlendirilerek ve hasta sayısının arttırılarak incelenmesinin daha kesin sonuçlar vermesi açısından gerekli olduğu düşünülmüştür
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Protein kinase-coding genes as novel diagnostic and prognostic biomarkers for pancreatic ductal adenocarcinoma
No full textAim: This study aims to identify the prognostic and diagnostic significance of protein kinase-coding genes in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), products of which constitute one of the main classes of drug targets in cancer treatment. Material and Methods: Whole-genome gene expression data from seven PDAC cohorts (GSE62452, GSE15471, GSE62165, GSE18670, GSE19280, GSE41368, GSE71989) were included in the integrative transcriptomic analysis (n tumor=252, ncontrol=131). the differentially expressed genes in PDAC compared to controls were identified using random- effects model and were further validated in TCGA (The Cancer Genome Atlas) combined GTEx (Genotype-Tissue Expression) cohort (n tumor=179, ncontrol=171). the prognostic significance of the identified genes was then evaluated by integrating survival and transcriptome data of over 530 (n=530-1302) patients using OSpaad. Results: the integrative transcriptomic analysis revealed a total of seven down-regulated and 33 up-regulated protein kinase-coding genes in PDAC (adjusted p-value = 2). Amongst, the elevated mRNA expressions of 9 genes (PTK2, TAOK1, CSNK1A1, EIF2AK2, WNK1, CDK12, CDK6, GSK3B, and MAP4K4) were found to be significantly correlated with worse overall survival of patients with PDAC (Logrank p 1). Overexpression of SYK and PRKACB were correlated with better overall survival (Logrank p <= 0,05, HR<1). Discussion: the results of this study suggest that mRNA expression of the identified eleven protein kinase-coding genes can be used as both prognostic and diagnostic biomarkers for further clinical validation
Pankreatik duktal adenokarsinom in-vitro modelinde kinürenin yolağının hedeflenmesi
No full textTıp Fakültesi, Tıbbi Biyokimya A.B.D. Araştırma ProjesiAraştırma Projesi elektronik ortamda bulunmaktadır.Çalışmamızda TCGA PAAD kohortunda gerçekleştirdiğimiz analizler neticesinde, kinüreninaz enzimini kodlayan KYNU geninin mRNA ekspresyonunun pankreatik kanser tümör dokularında normal pankreatik dokulara göre daha yüksek oranda eksprese olduğunu (ntumor=179, nnormal=171, pF)= 0, 0052) gösterdik. Daha sonra, bir in vitro pankreatik kanser modelinde Kinüreninaz (KYNU) enziminin substrat miktarını azaltan Ro 61-8048 ve kinüreninaz inhibitörü olan 3-Hidroksi hippürik asit (3-HHA)'in hücre canlılığı, hücre göçü ve hücre içi NAD+/NADH oranı üzerindeki etkilerini sırasıyla kristal viyole hücre canlılığı tahlili, yara iyileşmesi tahlili ve spektrofotometri ile değerlendirdik. Çalışma sonuçlarımız Ro 61-8048 ve 3-HHA tekil tedavilerinin pankreatik kanserde hücre canlılığını ılımlı düzeyde inhibe etme kapasitelerinin olduğunu göstermektedir. Ro 61-8048 tedavisinin DMSO kontrol grubuna göre %52, 40±6, 72 oranında bir migrasyon inhibisyonu sağladığı görülürken (p=0, 0003), tekil 3-HHA tedavisi DMSO kontrol grubuna göre %26, 53±7, 41 oranında migrasyonu inhibe etti (p=0, 0096). Ro 61-8048 ve 3-HHA tedavileri uygulanan hücrelerde DMSO kontrol gruplarına göre NAD+/NADH oranında ve seviyelerinde istatistiksel olarak anlamlı bir değişim gözlenmedi. Çalışma sonucunda elde edilen veriler, KYNU mRNA ekspresyonunun pankreatik kanserinde hem tanısal hem de prognostik bir biyobelirteç olma potansiyelinin olduğunu orta koymuş, Ro 61-8048 ve 3-HHA tedavilerinin pankreatik kanser hücrelerinde hücre içi NAD+ seviyelerini etkilemeden migrasyonu baskılayabileceğine dair kanıtlar sunmuştur. Elde edilen sonuçların in vivo çalışmalarda valide edilmesi pankreatik kanser tedavisinin başarısını kısıtlayan majör etkenlerden biri olan metastazın baskılanması için yeni stratejilerinin geliştirilmesinin yolunu açabilir.;Pankreatik kanser, KYNU, Kinürenin, Ro 61-8048, 3-Hidroksi hippürik asit.;Pancreatic cancer, KYNU, kynurenin, Ro 61-8048, 3-hydroxyhippuric acid
- …
