385 research outputs found
Azerbaijan and Azerbaijanis in the short story book of Cihan Aktaş titled
No full textDüşünce, inceleme kitaplarıyla olduğu kadar öyküleriyle de tanınan Cihan Aktaş, 1992 – 2009 yılları arasında dokuz öykü kitabı yayımlamıştır. Özellikle Azize’nin Son Günü (1997) adlı öykü kitabında olmak üzere, öykülerinde Azerbaycan’dan ve Azeri Türklerinden bahseden yazar, bu metinlerde gerek Azeri Türklerinden ilginç portreleri edebiyatımıza kazandırmakta, gerekse Azerbaycan kültürüyle, folkloruyla, sosyal ve siyasi hayatıyla, ekonomik şartlarıyla ilgili önemli bilgiler aktarmaktadır. Ayrıca başta Baku olmak üzere Azerbaycan coğrafyasına ve çevre bölgelere ilişkin izlenimlerini öyküleştirmektedir. Bu makalede, Cihan Aktaş’ın Azize’nin Son Günü adlı öykü kitabına yansıyan Azerbaycan ve Azeri Türkü imgesi/algısı incelenmeye çalışılacaktır.Cihan Aktaş who is known by his books of thought and review as well as short stories published nine short story books between 1992 and 2009. The author, who refers to Azerbaijan and Azerbaijanis, especially in his short story book titled the Last Day of Azize (1997), either brought interesting portraits of Azerbaijani Turks in these texts or conveyed important information related to the culture, folklore, social and political life and economical conditions of Azerbaijan. He also narrated his impressions related to Azerbaijan geography and environmental area, especially to Baku. In this article, we will attempt to understand image/perception of Azerbaijan and Azerbaijanis reflecting on the book of Cihan Aktaş titled “the Last Day of Azize”
Cihan Aktaş’ın "Azize’nin Son Günü" adlı öykü kitabında Azerbaycan ve Azeriler
No full textDüşünce, inceleme kitaplarıyla olduğu kadar öyküleriyle de tanınan Cihan Aktaş, 1992 – 2009 yılları arasında dokuz öykü kitabı yayımlamıştır. Özellikle Azize’nin Son Günü (1997) adlı öykü kitabında olmak üzere, öykülerinde Azerbaycan’dan ve Azeri Türklerinden bahseden yazar, bu metinlerde gerek Azeri Türklerinden ilginç portreleri edebiyatımıza kazandırmakta, gerekse Azerbaycan kültürüyle, folkloruyla, sosyal ve siyasi hayatıyla, ekonomik şartlarıyla ilgili önemli bilgiler aktarmaktadır. Ayrıca başta Baku olmak üzere Azerbaycan coğrafyasına ve çevre bölgelere ilişkin izlenimlerini öyküleştirmektedir. Bu makalede, Cihan Aktaş’ın Azize’nin Son Günü adlı öykü kitabına yansıyan Azerbaycan ve Azeri Türkü imgesi/algısı incelenmeye çalışılacaktır.Cihan Aktaş who is known by his books of thought and review as well as short stories published nine short story books between 1992 and 2009. The author, who refers to Azerbaijan and Azerbaijanis, especially in his short story book titled the Last Day of Azize (1997), either brought interesting portraits of Azerbaijani Turks in these texts or conveyed important information related to the culture, folklore, social and political life and economical conditions of Azerbaijan. He also narrated his impressions related to Azerbaijan geography and environmental area, especially to Baku. In this article, we will attempt to understand image/perception of Azerbaijan and Azerbaijanis reflecting on the book of Cihan Aktaş titled “the Last Day of Azize”
Farklı çevresel koşulların süt ürünleri endüstrisinde sorun teşkil eden geobacillus ve anoxybacillus biyofilmleri üzerine olan etkilerinin ve biyogiderim mekanizmalarının belirlenmesi
No full textÖncelikle 84 Anoxybacillus ve 20 Geobacillus cinsi üyesi termofilik basilin genel biyofilm üretim karateristikleri belirlenmiştir. Ayrıca, bakterilerin tam yağlı süt içeriğindeki biyofilm üretim kapasiteleri saptanmıştır. Tam yağlı sütte birçok Anoxybacillus üyesi önemli düzeyde biyofilm üretmiştir. Toplam 104 bakteriden 23‘ünün (8 Geobacillus, 15 Anoxybacillus) tam yağlı süt ortamındaki 316 L tipi paslanmaz çelik yüzeyler üzerindeki biyofilm üretim miktarları belirlenmiş ve 8 bakteri (4 Geobacillus, 4 Anoxybacillus) seçilmiştir. Bu 8 bakteride temel çevresel parametrelerin biyofilm fizyolojisi üzerindeki etkileri değerlendirilmiştir. Bu etkiler, suş düzeyinde farklılık göstermiş, cins düzeyinde ise özellikle yüksek sıcaklığın (65 ºC) ve alkali pH‘nın biyofilm üretimini teşvik ettiği görülmüştür. Biyofilm üretiminde sütteki organik bileşenlerin (kazein ve laktoz) belirleyici olmadığı ancak; inorganik bileşenlerden magnezyum ve kalsiyumun önemli olduğu görülmüştür. Tam yağlı sütte bakterilerin 55 ºC‘de cam gibi yüksek hidrofilik karakteristikte yüzeyleri, 65 ºC‘de ise görece hidrofilik paslanmaz çelik yüzeyleri biyofilm üretimi için tercih ettiği görülmektedir. Tam yağlı sütün, yarım yağlı ve yağsız süt tiplerine oranla biyofilm üretimini ve sporulasyonu daha çok tetiklediği görülmüştür. Geobacillus ve Anoxybacillus biyofilmlerdeki hücre dışı DNA‘nın (eDNA) rolü ilk kez gösterilmiştir. Biyofilmlerin gideriminde, en çok proteinleri degrade eden ajanların etkin olduğu saptanmıştır. Dinamik koşullarda statik koşullara nispeten daha kompozit ve kalın olan biyofilmlerin, en etkin olarak belirlenen ajanlarla giderilebilmesi için sanitasyon müdahalesinin kritik noktalarda yapılması gerektiği anlaşılmıştır. Termofilik basillerin oluşturdukları biyofilm yapıları ve biyofilmlerin yüzeylerden giderim stratejisi sonuçları, CLSM analizleriyle de ortaya konulmuştur. Süt endüstrisinde sorun teşkil eden yeni termofilik basiller tanımlanmış ve termofilik biyofilmler ilk kez bu kadar geniş kapsamda ele alınmıştır.
The general biofilm forming characteristics of 84 Anoxybacillus and 20 Geobacillus were determined. Also, the biofilm producing capacities of these bacteria in whole milk were demonstrated. Most of the members of Anoxybacillus produced considerable amount of biofilm in whole milk. The biofilm producing quantities of 23 (8 Geobacillus, 15 Anoxybacillus) out of 104 bacteria were determined on type 316 L stainless steel surfaces in whole milk and 8 bacteria (4 Geobacillus, 4 Anoxybacillus) were selected. In these 8 bacteria, the effects of environmental parameters on biofilm physiology were assessed. While these effects differed on the strain level, especially higher temperatures (65 ºC) and alkaline pH were shown to promote biofilm production on genus level. While organic components (casein and lactose) of milk were not found to be determinative on biofilm formation, the inorganic components including calcium and magnesium were found to trigger the biofilm formation. In whole milk, bacteria were found to prefer high hydrophilic surfaces such as glass at 55 ºC and relatively hydrophilic surfaces such as stainless steel at 65 ºC. Compare to semi-skimmed and skimmed milk types, the whole milk was found to promote better biofilm production and sporulation. The role of extracellular DNA (eDNA) in biofilms of Geobacillus and Anoxybacillus was firstly demonstrated. In biofilm eradication, the sanitation agents degrading proteins were determined to be most effective. The biofilms of bacteria formed under dynamic conditions were more composite and thick and their eradication by using the most effective agents were found to require sanitation treatments at critical points. The structure and removal strategies of biofilms produced by thermophilic bacilli were revealed with CLSM analyses. New thermophilic bacilli that pose problems in milk industry were identified and their biofilms were addressed comprehensively for the first time
Purification and biochemical characterization of carbonic anhydrase from radioresistant bacterium deinococcus radiodurans
No full textRadyasyonun insanlar üzerine zararlı etkileri olmasına rağmen, yüksek seviyedeki iyonize radyasyon varlığında hayatta kalabilen, ekstremofil bakterilerden biri olarak bilinen Deinococcus radiodurans, kuruluk, oksidanlar, Ultra Viole Radyasyon (UVR) gibi aşırı strese olağanüstü karşı koyma yeteneğindedir. Bu çalışma kapsamında, D.radiodurans R1'in direnç fizyolojisinde önemli olduğunu düşündüğümüz hücre içi DrCA enziminin klonlanması, saflaştırılması ve kısmi karakterizasyon çalışmaları yapılmıştır. Ayrıca bakterinin çeşitli dozlarda gama radyasyon uygulaması ve farklı pH değerlerine sahip TGYB besiyerlerinde geliştirilmesi sonucunda radyasyon ve pH ile ilişkili DrCA enzim aktivitelerindeki değişimler belirlenmiştir. Bakterinin en iyi gelişim gösterdiği pH aralığı 6.75-7.75 olarak belirlenmiş ve 24 saat süresince DrCA enziminin en yüksek aktivite değişiminin olduğu pH değeri 7.0 olarak bulunmuştur. Radyasyon uygulaması sonrası DrCA aktivite sonuçlarında, ilk 800 Gy'a kadar aktivitenin 5.4 kat olacak şekilde sürekli arttığı, bu noktadan sonra aktivitede bir düşüş görüldüğü tespit edilmiştir. PCR ile çoğaltılan DrCA geni, pFN2K Flexi vektörüne klonlanmış ve sonuçlar dizi analizi ile de teyit edilmiştir. Sub-klonlama çalışmaları için E. coli DH5α ve protein ekspresyonu için ise E. coli BL21 (DE3) konakları kullanılmıştır Saflaştırma aşamasında MagneGST saflaştırma sistemi kullanılmış ve enzim %94.68 oranında yüksek bir verim ve 494.5 saflaştırma kat sayısı ile saflaştırılabilmiştir. Ayrıca rekombinant E.coli BL21 konağında enzimin spesifik hidrataz aktivitesi 0.109 U/mg iken, saf enzimin spesifik aktivitesi 5 kat artarak 0.539 U/mg olarak belirlenmiştir. Enzimin pH 9.0'de optimum aktivite ve termostabilite gösterdiği sıcaklık 30oC olarak bulunmuştur. Enzimin pH 8.0'de, 25oC'de en yüksek hidrataz aktivitesi gösterdiği saptanmıştır. Saf enzimin esteraz aktivitesi ise eser miktarda (0.0002 U/ml) bulunmuştur. Saf enzim üzerinde metal iyonlarından Zn+2 aktivatör, sülfonamid ise inhibitör etki göstermiştir. Saf enzimin pNP-asetat substrata afinitesinin çok düşük olduğu ve diğer β-DrCA'lar gibi CO2'e yüksek spesifite gösterdiği belirlenmiştir.Although the radiation has harmful effects on humans, Deinococcus radiodurans, known as one of the extremophile bacteria which is capable of surviving at high levels of ionizing radiation, has the ability to resist extreme stresses such as dryness, oxidants, Ultra-Viole Radiation (UVR). In this study, cloning, purification and partial characterization studies of the intracellular DrCA enzyme, which we considered that important in the resistance physiology of D.radiodurans R1, have been conducted. In addition, changes in radiation and pH-related DrCA enzyme activities as a result of gamma irradiation at various doses, and development of the bacterium in TGYB media with different pH values have been identified. The pH range at which the bacteria showed the best improvement was 6.75-7.75 and the pH value at which the highest activity change of DrCA enzyme was found to be 7.0 for 24 hours. DrCA activity data after radiation treatment showed that the activity continuously increased by 5.4 fold, up to the first 800 Gy, which a decrease in activity was observed thereafter. The PCR-amplified DrCA gene was cloned into the pFN2K Flexi vector and the results confirmed by sequence analysis. For gene subcloning studies E. coli DH5α and for protein expression E. coli BL21 (DE3) was used as the host. The MagneGST purification system was used during the purification step and the enzyme was purified with a yield of 94.68% and a purification index of 494.5. Also, the specific hydratase activity of the enzyme in the recombinant E. coli BL21 was 0.109 U/mg, while the specific activity of the pure enzyme was found to be 0.539 U/mg with a 5-fold increase. The temperature at which the enzyme exhibits optimum activity and thermostability at pH 9.0 was found to be 30°C. The esterase activity of the pure enzyme was found in trace amounts (0.0002 U/ml). It has been found that the enzyme exhibited high activity at 25oC and pH 8.0 Among the divalent metal ions, Zn+2 showed activatory and sulfonamide showed inhibitory effect on the pure enzyme. It has been determined that the affinity of the pure enzyme to the pNP-acetate was very low and exhibited high specificity to CO2 as other β-DrCAs
Identification of thermophilic amylase producing Anoxybacillus isolates proposed as novel bacterial species by using phenotypic, chemotaxonomic and molecular taxonomic approaches
No full textAnoxybacillus sp. E184aa ve E208a izolatlarının tür teşhisi çalışmaları neticesinde termofilik, Gram (+), fakültatif anaerobik, endosporlu, hareketli ve yüksek kantitatif amilolitik aktiviteye sahip basiller oldukları belirlenmiştir. 16S rRNA gen dizilerine dayalı filogenetik analizler, izolatların en çok birbirlerine (% 99.4) ve A. kamchatkensis subsp. asaccharedens, A. salavatliensis, A. kamchatkensis, A. ayderensis ve A. gonensis (% 97.9-98.7) referans suşlarına benzediklerini göstermiştir. E184aa (55°C, pH 7.5, % 1.0-1.5 NaCl) ve E208a (55°C, pH 7.0, % 0.5-1.0 NaCl) izolatlarının optimum üreme parametreleri belirlenmiştir. Hücre zarlarındaki temel melakinonun MK-7, yağ asitlerinin iso-C15:0 ve iso-C17:0 ve hücre duvarlarındaki tanılayıcı diamino asitin meso-Dpm olduğu belirlenmiştir. E184aa ve E208a izolatlarının genomik DNA G+C içerikleri sırasıyla 41.9 ile 42.2 % mol'dür. Morfolojik, fizyolojik ve kemotaksonomik testler, HaeIII-ARDRA, ITS-PCR, (GTG)5-PCR ve filogenetik analizler sonucunda en yakın akraba oldukları türlerle aralarındaki farklılıklar saptanmıştır. DNA-DNA hibridizasyon analizlerine göre, izolatlar birbirlerine ve yakın akraba oldukları A. gonensis, A. kamchatkensis, A. salavatliensis ve A. kamchatkensis subsp. asaccharedens türlerine % 70'den fazla DNA homolojisi göstermişlerdir. Tüm hibridizasyon analizleri neticesinde, izolatların ve bu referans türlerin tek bir türe ait bakteriler oldukları kesinlik kazanmıştır. Ayrıca, amilolitik aktivite gösteren Anoxybacillus cinsi 17 bakterinin, GH13 familyası enzimlerini kodlayan 15 α-amilaz ve 2 CGTaz genleri dizilenerek, annotasyon çalışmaları yapılmış ve GenBank veri tabanına kaydedilmiştir. Bu enzimlerin olası amino asit dizilerinin filogenetik ve in siliko analizleri de gerçekleştirilmiştir. Bu tez çalışması ile Anoxybacillus cinsinin taksonomik revizyonuna önemli katkılar sağlayacak veriler elde edilmiş, özellikle endüstriyel anlamda katma değeri olabilecek ve yeni araştırmalara kaynak oluşturabilecek Anoxybacillus cinsi termostabil α-amilaz ve CGTaz üreticisi suşlara ait gen kaynakları belirlenerek literatüre kazandırılmıştır.As a result of species identification studies, Anoxybacillus sp. isolates, E184aa and E208a were identified as thermophilic, Gram (+), facultative anaerobic, endospore-forming, motile bacilli with high quantitative amylolytic activity. Phylogenetic analyses based on the 16S rRNA gene sequences revealed that isolates showed the greatest sequence similarity to each other (99.4%) and the type strains of A. kamchatkensis subsp. asaccharedens, A. salavatliensis, A. kamchatkensis, A. ayderensis ve A. gonensis (97.9-98.7%). The optimum growth parametres were determined of E184aa (55°C, pH 7.5, 1.0-1.5% NaCl) and E208a (55°C, pH 7.0, 0.5-1.0% NaCl) isolates. It was found that the major menaquinone was MK-7, the dominant cellular fatty acids were iso-C15:0 and iso-C17:0 in their cell membranes, and the diagnostic diamino acid was meso-Dpm in their cell walls. The genomic DNA G+C contents of E184aa and E208a isolates were 41.9 and 42.2 mol %, respectively. Their differences between closely related species were determined with morphological, physiological, chemotaxonomical tests and HaeIII-ARDRA, ITS-PCR, (GTG)5-PCR and phylogenetic analyses. According to the results of DNA-DNA hybridization analyses, the isolates showed DNA homologies higher than 70% with each other and A. gonensis, A. kamchatkensis, A. salavatliensis ve A. kamchatkensis subsp. asaccharedens, the closest relatives of isolates. As a result of all hybridization analyzes, it became clear that the isolates and these reference strains were bacterial strains of a single species. Also, 15 α-amylase and 2 CGTase genes encoding GH13 family enzymes of 17 Anoxybacillus strains having amylolytic activity were sequenced, annotation studies were performed, and were recorded in the GenBank database. Phylogenetic and in silico analyzes of probable amino acid sequences of these enzymes have also been carried out. In conclusion, data were obtained to provide significant contribution to the taxonomic revision of genus Anoxybacillus and the genetic resources of strains producing thermostable α-amylase and CGTase genes of genus Anoxybacillus, that could be especially important in terms of industry and a source for new researches, have been included in the literature
Geobacillus türlerinde termostabil lipaz üretimi
No full textYürütülen bu çalışmada, Türkiye’den izole edilen 32 adet izolat ile 13 adet standart suşun termostabil lipaz üretimleri incelenmiştir. 45 bakteri içerisinde termostabil lipaz enzimi üretenler, fenol kırmızısı içeren tribütirinli ve zeytinyağlı katı besiyerileri kullanılarak belirlenmiştir. Yapılan tarama deneyleri sonucunda, 11 adet izolat ve 7 adet standart suş olmak üzere toplam 18 bakterinin termostabil lipaz ürettiği kalitatif olarak saptanmıştır. Seçilen bu 18 adet bakterinin lipaz üretim miktarları kantitatif olarak belirlenirken, bakteriler zeytinyağının ve tribütirinin substrat olarak kullanıldığı iki farklı enzim üretim besiyerinde 24, 48 ve 72 saat, pH 7.0’de ve 60˚C’de geliştirilmişlerdir. Aynı süreler içerisinde kültürlerin absorbans değerleri, enzim aktivitesi ölçümünde kullanılan kültürlerin yaş ağırlıkları ve besiyeri pH değerlerinde meydana gelen değişimler de ölçülmüştür. Aktivite tayininde substrat olarak paranitrofenol bütirat kullanılmış olup, enzim aktivitesi 50 mM’lık, pH 7.0’lik fosfat tamponunda, 60˚C’de gerçekleştirilmiştir. Substrat olarak zeytinyağının kullanıldığı besiyerlerinde izolatlar 0.008-0.052 U/ml arasında, tribütirinin substrat olarak bullanıldığı besiyerlerinde ise 0.002-0.019 U/ml arasında lipaz aktivitesi göstermişlerdir. İzolatların ve standartların lipaz üretim miktarlarını kıyaslamak amacıyla, ölçülen enzim miktarı, her bir kültürün yaş ağırlığına bölünerek, hücre başına düşen enzim miktarı U/mg cinsinden hesaplanıp, bir dizin oluşturulmuştur. Yapılan bu sıralamaya göre en yüksek termostabil lipaz aktivitesi zeytinyağlı besiyerinde, Geobacillus termodenitrificans subsp. calidus F84a(0.009 U/mg) ve F84b (0.008 U/mg) izolatları ile Geobacillus termodenitrificans DSM 465T standart suşu tarafından üretildiği belirlenmiştir. Ayrıca Geobacillus stearothermophilus A113 izolatının tribütirinli besiyerinde en yüksek lipaz aktivitesine sahip olduğu görülmüştür. Sonuç olarak taranan termofilik izolatların bazılarının, standart lipaz üreticisi termofilik suşlardan daha yüksek miktarda lipaz ürettikleri saptanmış ve biyoteknolojik olarak lipaz üreticisi olabilecek aday izolatlar belirlenmiştir. Abstract In this study, thermostable lipase production of 32 isolates and 13 standard strains were investigated all of which were isolated from Turkey. Among the 45 bacteria, those producing lipase enzyme are determined by using solid media containing tributyrin with phenol red and olive oil. The qualitative enzyme screening experiments revealed that totally 18 bacteria including the 11 isolates and 7 standard strains, produced lipase. When determining the level of lipase production of these 18 bacteria quantitatively, they were incubated at pH 7.0 and 60˚C in the media containing olive oil and tributyrin as substrate during 24, 48 and 72 hours. Over these time-spans the changes in the absorbance values of the cultures as well as the wet weights of the cultures and the pH values of the media were also monitored. In the lipase activity assay, para-nitrophenol butyrate (pNPB) is used as substrate and the enzymatic reaction was carried out in 50 mm phosphate buffer at pH 7.0 and 60˚C. In the media containing olive oil as substrate, the lipase activities of the isolates were between 0.008 U/ml and 0.052 U/ml, whereas a lipase production level between 0.002 U/ml and 0.019 U/ml were obtained in the media supplemented with tributyrin as substrate. In order to compare the lipase production capacities of the isolates and the standards, an index for enzyme level per cell weight (U/mg) was used by dividing the measured enzyme level to the wet weight of the cultures. In the ranking, the maximum thermostable lipase activity level was achieved by the isolates Geobacillus thermodenitrificans subsp. calidus F84a (0.009 U/mg) and F84b (0.008 U/mg) and by the standard strain of Geobacillus thermodenitrificans DSM 465T with in the media containing olive oil. It was also observed that Geobacillus stearothermophilus A113 had the maximum lipase activity in the media containing tributyrin. In conclusion, it was pointed out that some of the thermophilic isolates under investigation produce lipase at a higher rate in comparison to the standard lipase producing strains. In this study some lipase producing isolates potentially of importance for biotechnology were also determined
Analyses of biofilm structures on various surfaces produced by high amounts of biofilm-forming thermophilic bacilli and prevention of biocorrosion with biofilm removal
No full textTez kapsamında biyofilm oluşumu ve giderimi çalışmalarına Aeribacillus pallidus E334 izolatı ve Anoxybacillus rupiensis DSM 17127 suşu dahil edilmiştir. E334 ve DSM 17127 optimum biyofilm oluşumu değerleri sırasıyla, 60°C, pH 7.5, %1.5 NaCl ve 60°C, pH 8.0, %0 NaCl olarak belirlenmiştir. E334 ekstraselüler polimerik maddelerinin (EPS) çoğunlukla protein ve ekstraselüler DNA (eDNA) bileşenlerinden oluştuğu, fakat DSM 17127 EPS içeriğinin protein, karbonhidrat ve eDNA açısından daha zengin olduğu görülmüştür. E334 ve DSM 17127 genomik DNA ve eDNA'larının moleküler ağırlıkları sırasıyla 24.5 kb ile 27.6 kb ve 21.4 kb ile 20.9 kb olarak hesaplanmıştır. eDNA'lar, DNaz I enzimine duyarlı bulunmuş, E334 ve DSM 17127 olgun biyofilmlerinde yaklaşık %80.0 giderim sağlanmıştır. DNaz I saflaştırılan genomik DNA'yı parçalarken, saflaştırılan eDNA'ları etkilememiştir. Bu da, karbonhidrat ve proteinlerinden arınmış eDNA'ların muhtemelen daha ileri katlanmaları sonucu enzim dirençliliğiyle açıklanabilir. E334 ve DSM 17127 biyofilm oluşumu sırasıyla, polipropilen ile cam ve polikarbonat ile çelik yüzeylerde en iyi sonucu vermiştir. E334 ve DSM 17127 biyofilmleri sırasıyla, alkalen proteaz (ALP) ile SDS ve ALP ile tripsin ile giderilebilmiştir. Daha ileri giderim çalışmaları E334 ile yürütülmüştür. Konfokal Mikroskop (CLSM) analizlerinde, polipropilen yüzeyinde 17 µm biyofilm kalınlığı, EPS içeriğinin yoğun floresan özelliği ve EPS'nin mikrokolonileri ağa benzer yapıyla sardığı gözlenmiştir. Cam yüzeyinde, daha ince oluşum görülmüştür. Polipropilen yüzeyde E334 canlı hücrelerin ALP ile tamamı ve cam yüzeyden biyofilm kütlesinin (CLSM) %100'ü SDS ve ALP ile giderilebilmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma güçlü biyofilmler üretebilen E334 izolatının endüstriyel süreçler için bir risk oluşturduğu ve pek çok temizleme rejiminin yeniden ele alınması gerekliliğini ortaya koymuştur.In this thesis, the biofilm formation and removal works have been conducted with Aeribacillus pallidus E334 and Anoxybacillus rupiensis DSM 17127. The optimum biofilm formation values of strain E334 and DSM 17127 have been determined as 60°C, pH 7.5, 1.5 % NaCl and 60°C, pH 8.0, 0% NaCl, respectively. It has been found that the extracellular polymeric materials (EPS) of strain E334 are mostly composed of protein and extracellular DNA (eDNA) components, but the content of EPS of strain DSM 17127 is richer in terms of protein, carbohydrate and eDNA. The molecular weights of genomic DNA and eDNA of strains E334 and DSM 17127 were calculated as 24.5 kb with 27.6 kb and 21.4 kb with 20.9 kb, respectively. eDNAs were found to be sensitive to DNase I, and approximately 80.0% of the mature biofilms of strains E334 and DSM 17127 were removed. DNase I has cleaved the purified genomic DNA, but not the purified eDNAs. This is probably due to the further folding of carbohydrates and protein-free eDNAs, resulting in enzyme resistance. The biofilm formation of strains E334 and DSM 17127 gave the best results on polypropylene with glass and polycarbonate with steel surfaces, respectively. The biofilms of strains E334 and DSM 17127 were removed by alkaline protease (ALP) with SDS and ALP with trypsin, respectively. Further biofilm removal works have been carried out with strain E334. In confocal microscope (CLSM) analyzes, a 17 μm biofilm thickness on the polypropylene surface, the intense fluorescence of the EPS content were observed as well as wrapped microcolonies with a network-like structure by EPS. On the glass surface, thinner formation was observed. On the polypropylene surface, 100% of E334 viable cells were completely removed with ALP and 100% of the biofilm mass (CLSM) from the glass surface was removed by SDS and ALP. In conclusion, this study shows that the E334 isolate, which produces strong biofilms, poses a risk for industrial processes and it is necessary to reconsider many cleaning regimes
Screening of antimicrobial effects of cell-free supernatants of members of thermophilic geobacillus and partial characterization of a potential bacteriocine-like a thermostable peptide
No full textBu çalışmada Geobacillus cinsine özgü türlerin (11 referans, 8 izolat) termostabil bakteriyosin üretim potansiyellerinin taranması amaçlanmıştır. Yapılan tarama sonucunda, Geobacillus sp. C304 izolatının gösterdiği antimikrobiyal etkinliğin kaynağının yeni bir bakteriyosin olarak tanımlanabilecek bir antimikrobiyal peptid olduğu, proteinaz K uygulaması ve kültür süpernatantının nötralizasyonu işlemleriyle dolaylı yollardan kanıtlanmıştır. Söz konusu izolatın ürettiği antimikrobiyal peptidin etkinliğini artırmak adına birtakım optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Bu bağlamda farklı inkübasyon sürelerinde (0., 4., 8., 12., 16., 20., 24., 30., 36., 48., 60., 72.) inkübasyon sıcaklıklarında (50°C, 55°C, 60°C, 65°C) ve farklı besiyeri pH değerlerinde (5.5, 6.0, 6.5, 7.0, 7.5, 8.0, 8.5, 9.0 ve 9.5) bakteriyosin üretim etkinlikleri test edilmiştir. 16 ila 20. saatlerde, 60 °C'de pH 7.5'ta tespit edilen optimum koşulların uygulanması sonrası elde edilen C304 süpernatantının; Staphyloccous aureus ATCC 25923, Enterococcus faecium 23, Enterococcus faecalis ATCC 25912, Bacillus subtilis DSM 1971, Listeria monocytogenes NCTC 5348, S. aureus MRSA ATCC 43300, Bacillus licheniformis DSM 13, Staphylococcus carnosus, Salmonella Enteritidis ATCC 13311, S. Typhimurium DMC4, Escherichia coli ATCC 35150, Salmonella Infantis DMC12, Klebsiella pneumoniae ATCC 7006003, E. coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Shigella sp. ve Candida albicans patojen suşları üzerindeki antimikrobiyal etkinliği damlatma tekniği kullanılarak analiz edilmiştir. C304 süpernatantının inhibisyon etki gösterdiği suşlar için ayrıca MİK değerleri ve antibiyofilm etkinlik de belirlenmiştir. Ayrıca elde edilen antimikorobiyal içeriğin pH ve sıcaklık toleransları da değerlendirilmiştir. Son olarak C304 süpernatantının referans bir termofilik suş olan Geobacillus toebii DSM 14590 üzerinde sergilediği antimikrobiyal aktivite, Native-PAGE (N-PAGE) analizinde görülen belirgin şeffaf inhibisyon zonu ile teyit edilmiştir. Elde edilen bu sonuçlarla, Geobacillus sp. C304 izolatında tespit edilen bu termostabil bakteriyosinin endüstriyel süreçlerde kullanım potansiyelinin olabileceği gündeme gelmiştir.In this study, the potential of thermostable bacteriocin production by species of the genus Geobacillus (11 references, 8 isolates) was investigated. As a result of monitoring, Geobacillus sp., the source of antimicrobial activity of isolate C304 is an antimicrobial peptide that might be defined as a new bacteriocin, which was indirectly demonstrated by the application of proteinase K and neutralisation of the culture supernatant. A series of optimisation studies were carried out to increase the efficacy of the antimicrobial peptide produced by the isolate. In this context, bacteriocin production activities were tested at different incubation times (0., 4., 8., 12., 16., 20., 24., 30., 36., 48., 60., 72.), incubation temperatures (50 °C, 55 °C, 60 °C, 65 °C) and different pH values of the media (5.5, 6.0, 6.5, 7.0, 7.5, 8.0, 8.5, 9.0 and 9.5). C304 supernatant obtained after applying optimal conditions at pH 7.5 at 60 °C for 16 to 20 hours; Antimicrobial activity against Staphylococcus aureus ATCC 25923, Enterococcus faecium 23, Enterococcus faecalis ATCC 25912, Bacillus subtilis DSM 1971, Listeria monocytogenes NCTC 5348, MRSA ATCC 43300, Bacillus licheniformis DSM 13, Staphylococcus carnosus, Salmonella Enteritidis ATCC 13311, Salmonella Typhimurium DMC4, Escherichia coli ATCC 35150, Salmonella Infantis DMC12, Klebsiella pneumoniae ATCC 7006003, E. coli ATCC 25922, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Shigella sp. and Candida albicans pathogenic strains were analysed using the drop technique. The MIC values and antibiofilm activity were also determined for the strains where the supernatant of C304 had an inhibitory effect. In addition, the pH and temperature tolerances of the antimicrobial content obtained were also evaluated. Finally, the antimicrobial activity of the C304 supernatant on a thermophilic reference strain, Geobacillus toebii DSM 14590, was confirmed by the clear zone of inhibition in the Native- PAGE (N- PAGE) analysis. With these results, it became clear that this thermostable bacteriocin detected in isolate C304 has the potential to be used in industrial processes
Adhesion of vegetative cells and spores of Thermophilic bacilli biofilms on some abiotic surfaces and elimination of these cells- spores from the surfaces
No full textTez kapsamında Geobacillus thermodenitrificans DSM 465T, Geobacillus thermoglucosidans B84a, Anoxybacillus kamchatkiensis subp F81 ve Anoxybacillus flavithermus DSM 2641T termofilik bakterilerin "yerinde temizlik" ajanları ile biyofilm giderimleri ve sporsidal ajanlar ile spor giderimleri çalışılmıştır. Süt endüstrisinde sıklıkla kullanılan altı farklı abiyotik yüzey üzerinde, bu termofilik bakterilere ait sporların tutunma desenleri epifloresan mikroskobisiyle incelenmiştir. DSM 465T ve F81'in sporlarının çoğunlukla kauçuk, polikarbonat, PTFE (teflon) ve paslanmaz çelik yüzeylere tutunduğu belirlenmiştir. Termofilik basillerde test edilen sporsidal ajanlardan en etkili olanlarının sadece perasetik asit, setilpiridinyum klorür ve formaldehit olduğu bulunmuştur. Sporlar üzerinde yüksek etkinlik gösteren sporisidal ajanlar arasından, en kısa temas süresine, düşük toksisiteye ve maliyete sahip olmalarından dolayı perasetik asit ve nitrik asit seçilmiştir. Seçilen ajanların LD50 değerleri belirlenerek ikili kombinasyon etkileri test edilmiş ve açık bir şekilde aralarında sinerjism olduğu sonucuna varılmıştır. Son olarak, ideal koşullar altında örneklenen biyofilmlerin 15 sanitasyon ajanı ile giderimleri değerlendirilmiştir. DSM 465T için tripsin, sodyum metaperiodat, subtilizin ve NaCl, B84a için tripsin ve TCA, F81 için nisin, DSM 2641T için ise alkalin proteaz, sodyum metaperiodat, tripsin, TCA, SDS ve nisin en iyi sanitasyon ajanı olarak seçilmiştir. Biyofilm giderimleri, termofilik sporların tutunma desenleri ve sporisidal ajanlarla giderimleri ayrıntılı bir şekilde çalışılmıştır.
Within the scope of thesis, Geobacillus thermodenitrificans DSM 465T, Geobacillus thermoglucosidans B84a, Anoxybacillus kamchatkiensis subp F81 and Anoxybacillus flavithermus DSM 2641T thermophilic members were studied for their biofilm eradication by "clean in place" agents and spore elimination by sporicidal agents. Thermophilic members were sporulated in order to investigate the spore adhesion patterns on different abiotic surfaces frequently used in dairy industry by epiflourescence microscopy. Thermophilic members such as DSM 465T and F81 mostly preferred rubber and polycarbonate, PTFE and stainless steel surfaces respectively in terms of their spore adhesion. Only peracetic acid, cetylpridinium chloride and formaldehyde were found to be effective on all tested thermophilic bacilli. Peracetic acid and nitric acid, mostly effective sporicidal agents, were selected considering their short contact time, low cost and toxicity. Dual combinative effects of these agents were tested by determining their LC50 values and, it was clearly concluded that there was a synergism. Finally, biofilm eradication capabilities of 15 sanitation agents were evaluated for thermophilic biofilms sampled under ideal environmental conditions. Trypsine, sodium metaperiodate, subtilisin and NaCl for DSM 465T, tyripsine and TCA for B84a, nisin for F81, alkaline protease, sodium metaperiodate, trypsine, TCA, SDS, and nisin for DSM 2641T, respectively, were selected as the best sanitation agents. Eradication of biofilms and most importantly sporicidal efficacy of thermophilic spores and their adhesion patterns researched in details
- …
