153 research outputs found
Profil Genetik Escherichia coli yang Diisolasi dari Tempe Berdasarkan Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR)
No full textTempe merupakan makanan khas Indonesia yang berasal dari fermentasi kacang kedelai yang diinokulasi menggunakan kapang Rhizopus spp. Pembuatan tempe dilakukan dengan cara yang sangat bervariasi oleh para pengrajin dan umumnya pada kondisi yang tidak terkontrol. Kondisi yang tidak higienis mengakibatkan tumbuhnya Escherichia coli yang dikenal sebagai bakteri indikator kebersihan lingkungan. Beberapa strain E. coli dapat menimbulkan diare, gastroenteritis akut atau infeksi saluran pencernaan. E. coli pada tempe kemungkinan berbeda dengan E. coli patogen pada manusia. Perbedaan genetik dapat mempengaruhi karakteristik E. coli, terutama dalam hubungannya dengan bidang medis. Analisis molekuler berdasarkan sifat genotipik penting dilakukan untuk melakukan identifikasi dan karakterisasi, mempelajari evolusi serta epidemiologi tentang patogenitas dari suatu bakteri. Salah satu metode molekuler yang digunakan untuk mengkaji keragaman mikroorganisme adalah Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membandingkan keragaman genetik E. coli pada tempe dengan isolat medis dengan menggunakan metode ERIC-PCR. Sampel tempe diperoleh dari pengrajin tempe EMP, DRG, WJB dan CLR di Bogor. Tiga isolat medis digunakan untuk dibandingkan dengan isolat E. coli dari tempe yaitu E. coli ATCC 25922 (koleksi Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, Jakarta), E. coli O157 (koleksi Departemen Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Atma Jaya, Jakarta), dan EPEC K.1.1 (koleksi Laboratorium Mikrobiologi Institut Pertanian Bogor, Bogor). E. coli DH5α sebagai kontrol positif (koleksi Fakultas Teknobiologi Universitas Katolik Atma Jaya, Jakarta). Klebsiella pneumoniae yang diisolasi dari tempe digunakan sebagai outgroup. Isolasi E. coli dari tempe dilakukan dengan metode pengenceran bertingkat 10-2 sampai 10-5 dan disebar ke dalam media Eosin Methylene Blue (EMB) kemudian diuji dengan media Simmon Sitrat Agar (SSA). DNA genom E. coli diisolasi menggunakan Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB). Gen 16S rRNA E. coli diamplifikasi menggunakan primer 63f dan 1387r. Hasil sekuensing dianalisis menggunakan program MEGA 5.2. Sekuen ERIC E. coli diamplifikasi menggunakan primer ERIC 1R dan ERIC 2. Profil pita DNA diinterpretasikan menjadi matriks data biner untuk pembuatan pohon filogenetik dengan menggunakan program MEGA 5.2. Konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Unweighted Pair Groups Method Analysis (UPGMA). Sebanyak 81 isolat yang diduga E. coli telah berhasil diisolasi dari tempe. Namun, setelah diuji lebih lanjut pada media SSA hanya 33 isolat yang menunjukkan positif E. coli. Tiga puluh tiga isolat E. coli tersebut terdeteksi diantara pengrajin EMP atau CLR. Tidak ditemukan E. coli dari dua pengrajin lainnya (DRG dan WJB). Sampel tempe yang sama dapat membawa genotip yang berbeda dari E. coli. Dilain pihak, genotip yang sama dapat ditemukan didalam sampel tempe yang berbeda. Gen 16S rRNA setiap isolat E. coli telah berhasil diamplifikasi menggunakan primer 63f dan 1387r dengan pita DNA berukuran sekitar 1.3 kb. Hasil BLASTN sekuen gen 16S rRNA menunjukkan 33 isolat tersebut adalah E. coli dengan persentase kemiripan 96%-100% dengan E-value 0.0. Visualisasi profil ERIC-PCR menunjukkan bahwa pola pita isolat E. coli yang berasal dari tempe berbeda dengan isolat medis. Profil pita isolat E. coli dari tempe menghasilkan pola pita DNA yang unik berukuran 0.25 kb dan 1.0 kb. Pada penelitian ini, tidak ada satupun E. coli yang diisolasi dari tempe yang menunjukkan pola pita identik dengan isolat medis. Profil ERIC-PCR isolat E. coli dari tempe CLR menunjukkan pola yang sama sedangkan isolat E. coli dari tempe EMP memiliki pola yang beragam. Meskipun profil genetik E. coli dari tempe EMP lebih beragam daripada tempe CLR, tidak ada profil yang identik ketika isolat E. coli dari tempe dibandingkan dengan E. coli DH5α. Pohon filogenetik berdasarkan ERIC-PCR menunjukkan bahwa isolat medis dikelompokkan ke dalam kelompok terpisah dan khas sedangkan isolat E. coli dari tempe membentuk empat grup. Pada penelitian ini, menunjukkan bahwa isolat medis membentuk sebuah kelompok terpisah diluar cabang E. coli DH5α dan K. pneumoniae. Oleh sebab itu, isolat E. coli yang berasal dari tempe secara genetik berbeda dari isolat medis
Dinamika Pertumbuhan Bakteri dan Identifikasi Bakteri Asam Laktat Terkultur yang Dominan selama Fermentasi Tempe pada Dua Industri Rumah Tangga yang Berbeda
No full textTempe merupakan makanan fermentasi tradisional Indonesia yang telah dikenal secara global. Kultur starter utama pada fermentasi tempe ialah Rhizopus oligosporus, namun beberapa penelitian telah mendeteksi adanya bakteri asam laktat (BAL) pada tempe dan mikroorganisme lainnya. Pada umumnya, tempe diproduksi pada industri rumah tangga dengan skala kecil dan proses fermentasi yang kurang terkontrol, sehingga pada fermentasi tempe terdapat berbagai jenis mikroorganisme. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi keberadaan, pertumbuhan dan interaksi bakteri asam laktat, spora bakteri dan Enterobacteriaceae; serta untuk mengidentifikasi keberadaan bakteri asam laktat (BAL) terkultur dominan dengan T-RFLP pada dua industri rumah tangga di Bogor dengan metode produksi yang berbeda. Sampel diambil dari tujuh tahap produksi dari dua metode produksi tempe yang berbeda yaitu produksi dengan satu kali perebusan sebelum perendaman kedelai dan dua kali perebusan sebelum dan sesudah proses perendaman kedelai. Analisis dilakukan dengan metode perhitungan koloni pada media sesuai dengan bakteri yang akan dianalisis. Identifikasi BAL dilakukan dengan terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) terhadap koloni BAL dominan yang diisolasi dari media MRSA natrium azida dari tiap tahap fermentasi. Analisis T-RFLP menggunakan primer 16S rRNA dan enzim restriksi HhaI. Proses yang menerapkan perebusan kedua sebelum inokulasi memiliki jumlah BAL pada tahap awal fermentasi jauh lebih rendah daripada proses yang menerapkan satu kali perebusan sebelum perendaman kedelai. Hasil ini mengindikasikan BAL telah terlibat sejak proses perendaman dan terbawa ke tahap fermentasi kapang. Hasil analisis T-RFLP juga menunjukkan pada proses dengan satu kali perebusan sebelum perendaman, BAL pada tahap setelah perendaman kedelai terbawa selama fermentasi tempe dan menjadi dominan. Jumlah BAL yang tinggi pada tahap awal fermentasi berkorelasi dengan pH yang rendah pada tahap awal fermentasi dan dapat berkontribusi terhadap penghambatan pertumbuhan Enterobacteriaceae dan spora bakteri. Keberadaan BAL hingga 8 log cfu/g selama fermentasi mengindetifikasikan bakteri tersebut berkontribusi terhadap proses fermentasi tempe. Hasil analisis T-RFLP mengindikasikan keberadaan BAL terkultur yang dominan yang sama selama proses fermentasi tempe pada industri rumah tangga dengan perebusan satu kali sebelum perendaman. BAL tersebut diprediksi sebagai Lactobacillus reuteri, Lactobacillus fermentum dan Lactobacillus sp. Pada industri rumah tangga yang melakukan perebusan kedua setelah perendaman, jenis BAL terkultur yang dominan memiliki variabilitas yang lebih tinggi selama fermentasi tempe yaitu Enterococcus pseudoavium, Enterococcus sulfureus dan Enterococcus italicus dominan setelah tahap perendaman kedelai, fermentasi jam ke-24 dan 72; Lactobacillus sp. pada fermentasi jam ke-0; P. pentosaceus pada fermentasi jam ke-12; Pediococcus pentosaceus dan Weissella kandleri pada fermentasi jam ke-48. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dua persiapan fermentasi tempe yang berbeda menyebabkan komposisi mikroba yang berbeda dan juga berkontribusi terhadap perbedaan BAL terkultur yang mendominasi selama fermentasi sebagaimana yang diidentifikasi dengan T-RFLP. Penelitian ini merupakan penelitian awal untuk mengidentifikasi BAL terkultur dominan selama fermentasi tempe dengan T-RFLP. Untuk studi selanjutnya, diperlukan konfirmasi metode identifikasi untuk mendapatkan hasil yang optimal
Karakterisasi isolat bakteri penghasil fitase asal kutu jagung (Sitophilus zeamays)
No full textPhytic acid, the main storage form of phosphorus in seed, could not be digested by monogastric animal. The negatively charge phosphate of this compound strongly bind to metallic cations, proteins and polysaccharides making them insoluble and unavailable as nutritional factors. This compound can be hydrolyzed by phytases to released phosphate, inositol and nutrients. In the study about community of corn weevil bacteria some phytase producing bacterial isolates have been isolated. In this study, four of these isolates have been characterized. Morphological and physiological identification using microbactÔ showed that all four isolates have 99% similarity to Serratia rubidaea. Partial amplification of their 16S rRNA gene also showed highest identity to S. rubidaea (84%, 93%, 98%, and 80% respectively for KJ07, KJ13, KJ14, and KJ16). Employing from these result we proposed that all isolates were closely related to S. rubidaea. Using primers for phytase putative gene designed from Escherichia coli phytase, a 1500 bp DNA fragment was amplified. One of these fragments originated from KJ07 was chosen for further analysis. This fragment was cloned in E. coli and sequenced. Sequence analysis indicated that it showed similarity to phosphoenol piruvate protein phospho transferase (89%) and prolipoprotein diacylglycerol transferase (93%). Therefore, this strategy failed to isolate phytase gene from S. rubidaea
Isolasi dan Identifikasi Bakteri Termofilik Penghasil Selulase dari Kelapa Sawit (Elaeis guineensis)
No full textCellulase is an enzyme catalyzing hydrolysis of cellulose which usually consists of endoglucanases (EC.3.2.1.4), exoglucanases (EC.3.2.1.91) and β-glucosidases (EC.3.2.1.21). Cellulase is a very important enzyme due to its numerous industrial applications. The aim of this research were to isolate and identify cellulase-producing thermophilic bacteria that can be used to increase value added in oil palm industries. Samples of soil, empty fruit bunch compost and palm kernel meal were collected from oil palm plantation for obtained thermophilic bacteria. The samples were screened of cellulase-producing thermophilic bacteria by using a Congo Red method were made on carboxymethyl cellulose (CMC) agar plates. The bacterial cultures were incubated in a shaking incubator (140 rpm) at 50oC for 24 hours. The assay for the enzymatic activity was based on the release of glucose that was detected using 3,5-dinitrosalicylic acid (DNS). In this research, 19 isolates of bacteria were isolated. It was found that 11 isolates of bacteria showed positive results with clear zone around the cultures by using Congo Red method. The result showed that isolates for CK1, EM4 and CK3 possesed the highest enzyme activity of 13.56, 12.50 and 10.49 U mL-1 for cellulase was detected at pH 7, respectively. The results of strain identification based on 16S rRNA showed that strain CK1, EM4 and CK3 were identified as Bacillus subtilis
Konsistensi Produksi Nata Dalam Media Fermentasi Yang Mengandung Hidrolisat Ubi Kayu
No full textNata de coco dikenal sebagai substansi menyerupai agar-agar, berwarna
putih hingga krem kekuningan, kokoh, mengkilap, dan tidak lengket, diproduksi
oleh beberapa bakteria, yang terbentuk di atas media air kelapa selama fermentasi.
Acetobacter xylinum (nama sekarang: Gluconacetobacter xylinus) adalah bakteri
yang umum digunakan untuk mensintesis nata de coco. Selain air kelapa terdapat
beberapa alternatif untuk membuat nata, seperti jus buah dan ubi kayu.
Gluconacetobacter sp. digunakan pada penelitian ini untuk produksi nata
dari media hidrolisat ubi kayu (U) yang dibandingkan secara kualitatif dan
kuantitatif dengan media air kelapa (K) untuk melihat konsistensi produk nata.
Pada media U, glukosa adalah produk utama yang berasal dari hidrolisis ubi kayu
secara enzimatis. Fermentasi dilakukan tiga kali dengan menggunakan inokulum
dari fermentasi sebelumnya. Semua data dianalisis dengan IBM SPSS Statistics
23. Produk fermentasi nata media U relatif lebih stabil dilihat dari ketebalan,
bobot basah, bobot kering, yield, kadar air dan total bakteri (variabel kuantitatif)
dan stabil pada warna, tekstur, transparansi, dan permukaan nata (variabel
kualitatif). Glukosa lebih cepat dikonsumsi oleh bakteri daripada gula lainnya
(fruktosa and sukrosa) berdasarkan hasil High Performance Liquid
Chromatography (HPLC). Konsumsi glukosa dan yield nata dipengaruhi oleh
jumlah bakteri, akan tetapi yield nata tidak dipengaruhi signifikan oleh konsumsi
glukosa. Yield nata dapat dipengaruhi oleh faktor lain seperti nutrisi yang terdapat
pada media U. Dinamika pertumbuhan Gluconacetobacter sp. diamati pada media
Hassid-Barker Agar (HBA) demikian pula untuk pengukuran jumlah relatif gen
16S rRNA. Pertumbuhan bakteri selama fermentasi pada media U relatif lebih
stabil dari fermentasi media K meskipun yield pada media K meningkat secara
bertahap dan menjadi lebih besar dari yield fermentasi pada media U.
Konsistensi media U terlihat dari stabilitas selama fermentasi yaitu stabil
pada dinamika bakteri dan kondisi fisik nata. Kebutuhan gula Gluconacetobacter
sp. dapat tercukupi oleh glukosa dari hidrolisat ubi kayu, sehingga tidak
diperlukan gula tambahan pada fermentasi nata de coco. Glukosa mudah
dikonsumsi Gluconacetobacter sp. sehingga hidrolisat ubi kayu dapat dijadikan
media untuk produksi inokulum dan media produksi nata menggantikan media air
kelapa
Enterobacteriaceae dan Bakteri Asam Laktat pada Tempe Sebagian Besar Berasal dari Kedelai
No full textTempe merupakan rumah dari berbagai jenis mikroorganisme (microbiome
alami), seperti cendawan dan bakteri. Bakteri dari filum Fermicutes dan
Proteobacteria merupakan prokariota dominan pada tempe segar. Bakteri pada
tempe turut andil dalam pembentukan cita rasa, tekstur, dan kandungan nutrisi.
Proses perebusan kedelai dianggap sebagai kegiatan pemanasan yang dapat
mengurangi atau menghilangkan populasi bakteri pada tempe secara signifikan.
Studi ini bertujuan untuk menghitung dan menelusuri komunitas
Enterobacteriaceae dan Bakteri Asam Laktat (BAL) pada kedelai sebelum direbus,
kedelai setelah direbus dan tempe segar asal dua pengrajin tempe, Rumah Tempe
Indonesia (RTI) dan Empang (EMP). Penelitian ini menggunakan penggabungan
beberapa metode, yaitu metode hitungan cawan dan Quantitative Real Time
Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) yang digunakan untuk menentukan bakteri
yang terkultur dan tidak terkultur, serta metode Enterobacterial Repetitive
Intergenic Consensus-Polymerase Chain Reaction (ERIC-PCR) untuk menentukan
variasi antar spesies dengan menelusuri organisme dari isolat tertentu.
Penelitian ini memberikan hasil bahwa tempe segar dari RTI dan EMP
masing-masing mengandung BAL sekitar 109 dan 1010 CFU g-1, serta
Enterobacteriaceae sekitar 107 dan 108 CFU g-1. Enterobacteriaceae pada kedelai
sebelum direbus berjumlah 10,000 kali lebih sedikit dibandingkan pada tempe
segar. Sekitar 103–104 CFU g-1 BAL yang bertahan hidup masih ditemukan pada
kedelai setelah direbus. Namun, populasi Enterobacteriaceae hampir sepenuhnya
hilang setelah proses perebusan. Penelitian ini juga mengindikasikan bahwa
beberapa BAL merupakan bakteri termofilik atau termotoleran yang mampu
bertahan dari proses perebusan. Sebagian besar Enterobacteriaceae mengalami
luka yang cukup parah atau dalam kondisi diam (quiescent) selama proses
perebusan dan kemudian melakukan pemulihan diri hingga 109 CFU g-1 setelah
proses perebusan hingga menjadi tempe. Hasil identifikasi dari 36 isolat dominan
pada medium EMBA berdasarkan gen 16S rRNA menunjukkan adanya 16 isolat
yang merupakan Klebsiella. Isolat Klebsiella yang ditemukan pada tempe secara
genetik mirip dengan Klebsiella pada kedelai, tetapi berbeda secara genetik dengan
isolat medis Klebsiella berdasarkan analisis ERIC-PCR. Oleh karena itu, kedelai
dapat dianggap sebagai sumber utama Klebsiella pada tempe
TRANSPOSITION AND EXPRESSION OF GEP GENE IN THE GENOME OF Vibrio harveyi TO MONITOR ITS ADHERENCE IN SHRIMP LARVAE
No full textExpression of green fluorescent protein encoded by GFP gene in Vibrio harveyi was investigated to understand the ability of the gene as a molecular marker for adherence of this pathogenic Vibrio in shrimp larvae. The GFP gene was inserted into pUC18Not and pUTmini-Tn5 to generate a recombinant plasmid pWGO2 and pWGO3, respectively, which was transferred into the three isolates of V. harveyi employing diparental mating. Recombinant E. coli carrying pWGO2 and pWGO3 resulted in green-fluorescent colonies and cells due to the production of GFP. However, al1 of mini-Tn5, including mini-Tn5-gfp were not successful1y transferred to V. harveyi. Therefore, we used mini-Tn10 (pLOFKm-gfp) for inserting of gfp gene into V. harveyi genome. Although we could obtain relatively high (l0 pangkat -8) transconjugans employing Tn10, only one of Tnl0 derived isolate of V. harveyi G3 (G3-Tn1Ogfp) showed gfp expression and was further employed for adherence assay. Fluorescent 03-TnlOgfp cells could be observed inside the digestive tract of shrimp larvae and could be distinguished from vibrio that naturally exist in shrimp larvae
Molecular genetics of Rhodobacter sphaeroides 2.4.1: Genome structure, plasmid characterization and chromosome transfer
No full textPhysical mapping techniques were employed to construct both a physical and genetic maps of the Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 genome. It was found that this -purple, nonsulfur photosynthetic bacterium carries two different circular chromosomes whose sizes are 3046 95 and 914 17 kb in addition to five endogenous plasmids with a total size of approximately 450 kb.The smallest, 42 kb, endogenous plasmid was observed to be self transmissible. As little as an 425 bp oriT-containing DNA fragment isolated from this plasmid was able to confer transfer, between R. sphaeroides strains, when it was cloned into an otherwise non-transmissible plasmid. The DNA sequence of this oriT containing fragment reveals an A-T rich region, several direct and inverted repeats, as well as putative IHF-binding sites.Random insertion of oriT into the R. sphaeroides 2.4.1 genome generated Hfr-like strains which exhibit a gradient of marker transfer, and has further provided classical genetic evidence for the circularity as well as the presence of two distinct chromosomal linkage groups in this bacterium.Made available in DSpace on 2011-05-07T12:38:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2
license.txt: 4922 bytes, checksum: 910b249b4beec47e7ab768910c8f966f (MD5)
9215894.pdf: 8412906 bytes, checksum: 21a75aac7ce82a4a0881dfe9c3564318 (MD5)
Previous issue date: 1992Item marked as restricted to the 'UIUC Users [automated]' Group (id=2) by Howard Ding ([email protected]) on 2011-05-07T14:43:49Z
Item is restricted indefinitely.Restriction data tranferred 2014-07-01T11:19:13-05:00
Original Data
Group with Access UIUC Users [automated]
Release Date: none
Reason: ETDs are only available to UIUC Users without author permissionETDs are only available to UIUC Users without author permissionU of I Onl
Karakterisasi Lipase dan Kloning Gen α/β Hidrolase dari Acinetobacter junii Asal Tanah Terkontaminasi Oli Bekas Kendaraan Bermotor
No full textLipase merupakan enzim yang dapat mengkatalisis proses hidrolisis senyawa trigliserida menjadi asam lemak dan gliserol. Pemanfaatan lipase sudah banyak digunakan dalam produksi skala industri, terutama lipase yang bersumber dari mikrob. Lipase mikrob memiliki aktivitas katalitik unik, mudah dimanipulasi genetik, dan murah. Tujuan penelitian ini adalah mengkarakterisasi lipase dan kloning gen α/β hidrolase dari Acinetobacter junii yang diisolasi dari tanah terkontaminasi oli bekas kendaraan bermotor. Karakterisasi dilakukan menggunakan metode pNP-ester dan kloning menggunakan vektor pGEM-T Easy. Hasil karakterisasi menunjukkan lipase A. junii memiliki suhu dan pH optimum berurutan yaitu 50⁰C dan 8.5. Substrat spesifik lipase bakteri ini adalah heksanoat dan dapat ditingkatkan aktivitasnya dengan penambahan CaCl2 dan menggunakan pelarut n-heksana. Keberhasilan gen α/β hidrolase diklon juga mendukung bahwa lipase A. junii berpotensi untuk diaplikasikan skala industri
Isolasi Bakteri Penghasil Lipase Termofilik Kloning Dan Ekspresi Gen Penyandi Lipase.
No full textBakteri termofil merupakan kelompok bakteri yang dapat tumbuh optimal pada suhu 70-80oC. Enzim lipase yang berasal dari bakteri ini memiliki ketahanan terhadap denaturan kimia seperti detergen, agen chaotropic (urea, guanidinium chloride), pelarut organik dan pH ekstrem, sehingga cukup menjanjikan hasil yang maksimal untuk digunakan dalam proses industri. Lipase (triacyl glycerol acylhidrolase EC 3.1.1.3) merupakan kelompok enzim kelas hidrolase yang mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan ester pada rantai panjang asam lemak (trigliserida) menjadi gliserol dan asam lemak bebas pada permukaan air dengan minyak. Selain itu lipase mendapat perhatian khusus karena keunikannya yaitu pada kondisi yang sedikit air (micro-aqueous) mampu mengkatalisis reaksi esterifikasi, trans-esterifikasi, aminolisis dan asidolisis. Tujuan penelitian ini ialah melakukan isolasi bakteri termofilik penghasil lipase; identifikasi dari isolat terpilih; kloning dan ekspresi gen lipase dari isolat terpilih yang berasal dari sumber air panas geiser di Cisolok, Sukabumi, Jawa Barat yang suhunya dapat mencapai 95oC. Bakteri termofil yang diisolasi dari sumber air panas geiser, Sukabumi, Jawa Barat, Indonesia yang memiliki pH 8 dan suhu mencapai 95oC menggunakan metode pengenceran bertingkat yang disebar pada media padat Luria Bertani Rhodamine B. Bakteri termofil ini memiliki kemampuan menghasilkan lipase secara ekstraseluler yang ditunjukkan dengan terjadinya pendaran orange bila diamati di bawah sinar UV dengan panjang gelombang 350 nm. Isolat yang diperoleh diukur kemampuannya dalam menghasilkan lipase dengan metode titrasi. Isolat bakteri termofilik S4-01 memiliki aktivitas tertinggi sebesar 3.91 U menit-1 yang dipilih untuk dilakukan uji selanjutnya. Identifikasi bakteri dilakukan secara molekuler dengan metode 16S rRNA, hasil sekuensing parsial gen 16S rRNA menunjukkan isolat ini berkerabat paling dekat dengan Bacillus amyloliquefaciens. Gen lipase yang berasal dari isolat S4-01 diisolasi dengan primer BamyKpnI-F dan BamyNotI-R yang didesain berdasarkan gen yang diambil dari genebank ncbi.nih.nlm.gov. Hasil isolasi menunjukkan gen lipase memiliki panjang 645 pb dan telah berhasil dikloning ke dalam vektor p-GEMT-Easy pada E. coli TOP10 dengan metode heat shock. Untuk ekspresi gen lipase dilakukan pada vektor ekspresi pET15-by dalam inang E. coli BL21(DE3) pLyss. Produksi lipase rekombinan dilakukan dengan induksi 0.5 mM IPTG pada nilai 0.5-0.6 OD600nm. Penentuan suhu optimum dilakukan dengan metode 4-para nitrofenil palmitat (pNPP) dan pH optimum menggunakan metode 4-para nitrofenil oktanoat (pNPC). Hasil uji menunjukkan lipase rekombinan ini memiliki suhu dan pH optimum pada 40oC dan pH 8. Pengujian terhadap pelarut organik dengan metode pNPP menunjukkan bahwa lipase rekombinan toleran terhadap n-heksan dan substrat nitrofenil ester dilakukan dengan metode pNPP dan pNPC yang menunjukkan lipase rekombinan lebih suka terhadap substrat C6 (heksanoat) dan C14 (miristat)
- …
