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Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Contribution of statistical data monitoring in the management of multicenter clinical trials in Africa
No full textLa qualité des données est une préoccupation fondamentale de la recherche clinique. Pour garantir cette qualité, il faut pratiquer un monitorage continu des données. Les organismes internationaux de régulation des médicaments recommandent que ce monitorage soit ciblé, basé sur une analyse des risques. De cette recommandation a germé le concept de « monitoring statistique centralisé » (MSC) qui consiste à détecter des distributions de variables atypiques dans un centre par rapport aux autres centres. Cette thèse recense les méthodes de MSC existants, en propose de nouvelles, et compare les performances des unes et des autres. Dans la première partie, nous rappelons l’intérêt du sujet, dans un contexte marqué par l’accroissement du nombre d’essais cliniques, la nécessité de travailler de plus en plus à distance et le besoin de nouveaux paradigmes de monitorage. Dans la seconde partie, nous recensons les méthodes de MSC existantes, analysons leurs performances rapportées dans la littérature et en tirons deux observations majeurs : (i) le nombre de méthodes est limité; (ii) leurs évaluations par des travaux de simulations et des applications sur données réelles rapportées dans la littérature sont également limitées. Dans la troisième partie nous proposons deux nouvelles méthodes de MSC pour détecter les distributions de variables atypiques dans les essais multicentriques, l’une pour données quantitatives qui utilise une mesure de distance standardisée (méthode de la Distance) et l’autre pour données catégorielles, qui utilise un modèle Bayésien hiérarchique bêta-binomial (HBBB). Nous évaluons les performances de ces méthodes en utilisant des simulations d'essais cliniques, puis les comparons à d’autres méthodes de MSC identifiées dans la littérature. Pour les données quantitatives, la méthode de la Distance a des performances similaires à la méthode proposée par Desmet et al., et supérieures à celles des deux autres méthodes existantes. Pour les données catégorielles, la méthode HBBB a des performances similaires à la seule autre méthode existante, également proposée par Desmet et al. Pour les deux méthodes, Distance et HBBB, la sensibilité est globalement médiocre, mais la spécificité excellente, y compris dans de nombreux scénarios impliquant de petits effectifs. La sensibilité faible suggère que le MSC est un outil supplémentaire pouvant être utilisé en complément des autres procédures de monitoring conventionnelles, mais ne les remplace pas. La spécificité forte et le caractère convivial suggère que ces méthodes peuvent être appliquées en routine dans tous les essais cliniques, car leur utilisation ne prendra pas beaucoup de temps au niveau central et n'engendrera pas de charge de travail inutile dans les centres investigateurs.Data quality is a fundamental concern of clinical research. To ensure this quality, continuous data monitoring must be practiced. International drug regulatory bodies recommend that this monitoring be targeted, based on a risk analysis. From this recommendation emerged the concept of “centralized statistical monitoring” (CSM) which consists of detecting atypical distributions of variables in a center compared to other centers. This thesis identifies existing CSM methods, proposes new ones, and compares the performances of each. In the first part, we recall the interest of the subject, in a context marked by the increase in the number of clinical trials, the need to work increasingly remotely and the need for new monitoring paradigms. In the second part, we identify existing CSM methods, analyze their performances reported in the literature and draw two major observations: (i) the number of methods is limited; (ii) their assessments through simulation studies and applications on real data reported in the literature are also limited. In the third part we propose two new CSM methods to detect the distributions of atypical variables in multicenter trials, one for quantitative data which uses a standardized distance measure (Distance method) and the other for categorical data, which uses a hierarchical Bayesian beta-binomial (HBBB) model. We evaluate the performance of these methods using clinical trial simulations and then compare them to other CSM methods identified in the literature. For quantitative data, the Distance method has performances similar to the method proposed by Desmet et al., and superior to those of the two other existing methods. For categorical data, the HBBB method has similar performance to the only other existing method, also proposed by Desmet et al. For both methods, Distance and HBBB, the sensitivity is poor overall, but the specificity is excellent, including in many scenarios involving small sample sizes. The low sensitivity suggests that the CSM is an additional tool that can be used in addition to other conventional monitoring procedures, but does not replace them. The strong specificity and user-friendliness suggest that these methods can be routinely applied in all clinical trials, as their use will not be centrally time consuming and will not create unnecessary workload in investigational centers
The use of the CEPAC model to support clinical research in the era of the care of HIV-infected adults in sub-Saharan Africa
No full textDans la première partie de ce travail, nous passons en revue les sujets qui ont fait l’objet d’essais thérapeutiques randomisés dans le domaine de la prévention et de la prise en charge de l’adulte infecté par le VIH en Afrique sub-saharienne. Nous en tirons deux conclusions : (i) que beaucoup de questions de recherche n’ont pas été explorées par des essais, soit parce qu’elles n’ont pas été jugées prioritaires, soit parce qu’un essai pour répondre à la question n’était pas jugé possible ; (ii) que les essais ayant des résultats positifs débouchent souvent eux même sur de nouvelles questions, notamment sur l’interprétation à donner à leurs résultats, les implications pratiques, les projections à long terme, et la réplicabilité dans différents contextes. Il arrive que ces questions paralysent les décisions. La question se pose donc d’utiliser au mieux les outils complémentaires aux essais thérapeutiques, incluant l’outil « modélisation ». Dans la deuxième partie, nous situons les modèles multi-états d’histoire naturelle de la maladie dans le spectre des différents modèles mathématiques utilisés en recherche médicale, et nous décrivons en détail un de ces modèles, le modèle « Cost Effectiveness of Preventing Aids Complication » (CEPAC) conçu aux USA, et développé puis appliqué ensuite dans la collaboration « CEPAC international » avec des équipes françaises, ivoirienne, Sud-Africaine et indienne pour des analyses cout-efficacité. Dans la troisième partie, nous utilisons le modèle CEPAC pour explorer deux questions : La première question porte sur le choix entre efavirenz, potentiellement tératogène, et la névirapine, pouvant être responsable d’une toxicité sévère, pour servir de base à la première ligne de traitement antirétroviral chez les femmes en âge de procréer en Afrique subsaharienne. En projetant à 10 ans la survie chez la mère et le nombre cumulé de malformations chez l’enfant, nous montrons que la tératogénicité de l’efavirenz devrait être 2,3 fois plus élevée que celle de la nevirapine pour que le nombre de malformations chez les enfants dont les mères ont pris de l’efavirenz soit supérieur au nombre de décès chez les femmes qui ont pris de la nevirapine. La deuxième question porte sur l’efficacité et le coût-efficacité de plusieurs stratégies thérapeutiques après l’échec de la deuxième ligne de traitement ARV chez des adultes en Côte d’Ivoire. Cette analyse montre que l’utilisation des médicaments ARV de troisième ligne serait dores et déjà non seulement efficace mais également coût-efficace en Côte d’Ivoire, si elle était utilisée dans une stratégie comportant une phase de renforcement intensif de l’adhérence avant décision de changement de ligne. En conclusion, nous proposons de définir en quatre groupes les situations dans lesquelles la modélisation peut aider la recherche clinique : (i) pour aider à la conception d’un essai clinique ; (ii) pour mettre en perspective les résultats d’essais cliniques, en les projetant à plus long termes ou dans différents contextes ; (iii) pour étudier une question pour laquelle un essai clinique n’est pas faisable ; (iv) pour stimuler la réflexion sur de nouvelles questions sur lesquelles il n’y a pas encore eu d’essai. En même temps qu’on expérimente l’utilisation pratique de ces modèles, il y a également une réflexion à avoir sur les aspects de validation, de transparence et de standardisation, notamment au moment de la publication des études, pour les rendre accessibles aux cliniciens et aux chercheurs qui ne sont pas familiers avec la modélisation.In the first part of this work, we review the issues that have been the subject of randomized clinical trials in the field of prevention and care of HIV-infected adults in sub-Saharan Africa. From this research, we draw two conclusions: (i) many research questions have not been explored with clinical trials, either because they were not considered as a priority, or because conducting a trial was not a feasible way to answer the question; (ii) trials with positive results often lead to new issues, especially regarding interpretation of results, practical implications, long-term projections, and replication in different contexts. At times, these issues paralyze health decisions. The question therefore becomes how to best use tools that complement clinical trials, including "disease modelling" tools. In the second part of this work, we place multi-state models of natural history of disease within different mathematical models used in medical research. We describe, in detail, one of these models--the “Cost Effectiveness of Preventing Aids Complication” (CEPAC) model, designed in the USA and then developed and implemented by the “CEPAC-International” collaboration, which includes French, Ivorian, South African and Indian teams, to conduct cost-effectiveness analyses. In the third part, we use the CEPAC model to explore two questions: The first question is concerned with whether to use efavirenz, which is potentially teratogenic, or nevirapine, which can induce severe toxicity, in first-line antiretroviral regimen for women of child-bearing age in sub-Saharan Africa. Projecting at 10 years the survival of the mothers and the cumulative number of malformations in their children, we show that the teratogenicity of efavirenz would have to be 2.3 times higher than that of nevirapine for the additional number of defects in children whose mothers are taking efavirenz to be greater than the number of additional deaths among women who are taking nevirapine. The second question focuses on the effectiveness and cost-effectiveness of different treatment strategies after the failure on second-line antiretroviral therapy (ART) in HIV-infected adults in Côte d'Ivoire. This analysis shows that the use of third-line ART would be effective and cost-effective in Côte d'Ivoire, if used within a strategy that mandated an intensive adherence reinforcement intervention before deciding to switch patients to third-line. In conclusion, we define four situations within which modelling can help inform clinical research: (i) to assist the design of clinical trials, (ii) to put in perspective the results of clinical trials, by projecting the results in the long term or in different contexts, (iii) to study any questions for which a clinical trial is not suitable, (iv) to fuel the discussion on new issues for which testing has not yet be done. While we experiment with the practical use of these models, we also have to reflect on the validation, standardization, and transparency of the model, especially at the time of publication, to make sure studies are accessible to clinicians and researchers who are not familiar with modelling
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
Interest of early antiretroviral therapy in adults infected with HIV in sub-Saharan Africa
No full textLes pays africains au sud du Sahara ont vu leur nombre de patients sous traitement antirétroviral (ARV) croître de façon rapide depuis 2005. Si l’impact individuel et collectif de cette montée en puissance des traitements est positif dans l’ensemble, les défis demeurent nombreux en termes de dépistage, d’observance, d’adhésion aux soins, de résistance aux ARV, de dépendance vis-à-vis des bailleurs de fonds, et de disponibilité des personnels. Dans ce contexte, la question du moment idéal pour proposer le début du traitement ARV doit être abordée de façon médicale individuelle (quel est le rapport bénéfices/risques individuel à débuter à des seuils différents ?), mais également de façon collective en terme de bénéfices et risques pour la communauté, d’organisation des soins, d’analyse médico-économique, de prioritisation et d’équité. Cette thèse, qui est une thèse de recherche clinique, aborde le premier volet de la question, celui des bénéfices et des risques pour l’individu à débuter un traitement plus tôt. Sur ce sujet, le raisonnement a beaucoup évolué au cours des 15 dernières années. Après l’arrivée des multithérapies ARV à la fin des années 1990, la crainte de la toxicité des médicaments a d’abord incité à une approche prudente, et à recommander le seuil de début à 200 CD4/mm3 chez les personnes asymptomatiques. Cette crainte de la toxicité a conduit au début des années 2000 à essayer de pratiquer des « interruptions programmées » d’ARV, pour tenter d’obtenir le maintien au dessus d’un seuil de 200 CD4/mm3, tout en limitant l’exposition aux médicaments. Nous avons participé à un de ces essais d’interruptions programmées en Côte d’Ivoire, au cours duquel nous avons contribué à affiner les connaissances sur la toxicité des ARV (Moh, Antivir Ther 2005). Les essais d’interruptions programmées ont conduit à constater que : (i) les personnes qui interrompaient entre 350 et 250 CD4/mm3 avaient plus de risque de morbidité sévère que celles qui n’interrompaient pas, (ii) les personnes qui débutaient leur premier traitement avant 350 CD4/mm3 avaient moins de risque de morbidité que celles qui débutaient plus tard (Moh, AIDS 2007), et (iii) dans l’essai d’interruption Trivacan réalisé en Côte d’Ivoire, cette morbidité sévère intermédiaire était plus fréquente que dans l’essai SMART réalisé sur d’autres continents, et avait un spectre différent, dominé par la tuberculose et les maladies bactériennes sévères. Les conclusions de ces essais ont donc été que le traitement ARV devait être débuté beaucoup plus tôt que ce qui était auparavant recommandé, et que ceci était probablement encore plus vrai en Afrique sub-Saharienne que dans le reste du monde. En 2008, nous avons lancé en Côte d’Ivoire l’essai Temprano ANRS 12136, dont l’objectif est d’évaluer les bénéfices et risques d’un traitement ARV précoce avec ou sans 6 mois de prophylaxie par isoniazide (INH) chez des adultes infectés par le VIH-1 ayant entre 250 et 800 CD4/mm3. De Mars 2008 à Juillet 2012, 2076 adultes ont été inclus dans l’essai Temprano, dont le suivi se terminera en décembre 2014. L’état du suivi est bon, et les incidences de morbidité et mortalité actuellement constatées sont conformes aux hypothèses du protocole. La pratique de la prophylaxie par INH s’avère bien tolérée, et la procédure choisie par notre équipe (radiographie de thorax systématique et période tampon d’observation de un mois avant le début de l’INH) apporte une grande sécurité de prescription (Moh, Plos One, manuscrit en révision). Notre équipe a traversé une crise politico-militaire au 1er semestre 2011, qui n’a pas eu de retentissement sur la qualité de l’essai en cours. Cette crise a par contre eu des effets délétères pour les patients sous traitement ARV, puisque les échecs virologiques retardés sont significativement associés au fait d’avoir été sous traitement pendant cette période (Moh, manuscrit soumis). .The African countries situated in the South of the Sahara have seen their number of patients under antiretroviral therapy (ART) grow rapidly since 2005. If the individual and collective impact of this rise of the treatments is positive overall, challenges remain in terms of screening, compliance, accession to care, resistance to ARTs, dependence on donors, and availability of the staff. In this context, the question of the ideal time to propose initiation of ART must be addressed in the individually medical way (what is the individual benefit-harm ratio to start at different thresholds?) but also collectively in terms of benefits and risks for the community, organization of care, medico-economic analysis, prioritization and equity. This thesis, which is a clinical research thesis, addresses the first part of the question, the benefits and risks for the individual to start treatment earlier. On this subject, the rationale has changed considerably over the past 15 years. After the arrival of ART multitherapy at the end of the 1990s, the fear of drug toxicity first prompted a cautious approach, and to recommend the threshold from beginning to 200 CD4/mm3 in the asymptomatic people. This fear of toxicity led in the early 2000s to try to practice "scheduled interruptions" of ARTs, to try to get the maintenance above a threshold of 200 CD4/mm3, in limiting exposure to the drug. We have participated in one of these trials of interruptions programmed in Côte d'Ivoire, in which we have helped to refine the knowledge on the toxicity of ARTs (Moh, Antivir Ther 2005). Testing scheduled interruptions led to see that: (i) persons who interrupted between 350 and 250 CD4/mm3 had greater risk of severe diseases than those who didn’t interrupt, (ii) persons who started their first treatment prior to 350 CD4/mm3 had less risk of morbidity than those who started later (Moh, 2007 AIDS), and (iii) in trial interruption Trivacan launched in Côte d'Ivoire, this intermediate severe morbidity was more frequent than in the SMART trial carried out on other continents, and had a different spectrum dominated by tuberculosis and severe bacterial diseases. The findings of these trials were that the ART should be started much earlier than was previously recommended, and that this was probably even truer in sub-Saharan Africa than in the rest of the world. In 2008, we launched in Ivory Coast the clinical trial, Temprano ANRS 12136, whose objective is to assess the benefits and risks of early ART with or without 6 months of prophylactic isoniazid (INH) in HIV-1 infected adults with CD4 250 and 800/mm3. From March 2008 to July 2012, 2076 adults were included in the trial Temprano, which follow-up will be completed by December 2014. The state of the follow-up is good, and the impact of morbidity and mortality currently observed are consistent with the assumptions of the Protocol. The practice of INH prophylaxis is well tolerated, and the procedure chosen by our team (systematic chest x-ray and period buffer observation of one month before the beginning of the INH) brings a prescription safety (Moh, Plos One manuscript in review). Our team went through a crisis politico-military 1St half 2011, which had no impact on the quality of the ongoing trial. This crisis has however had deleterious effects for patients under ART, since delayed virological failure are significantly related to the fact of having been under treatment during this period (Moh, submitted manuscript)
koamabayili/VECTRON-author-checklist: VECTRON author checklist
No full textWe have done our best to complete the author checklist relating to the use of animals in the hut study. Note that the objective for the hut study was to evaluate the IRS treatment applications for residual efficacy against Anopheles mosquitoes, including the local An. coluzzii mosquito population. Cows were only used to attract mosquitoes into the huts and no tests were carried out directly on the cows. The author checklist is intended for use with studies where experiments are carried out on animals, which is why we have had such difficulty in completing this for the hut study, as many of the questions do not relate to how the cows were used
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