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Dendritic cell maturation and cross-presentation: timing matters!
Get PDFAs a population, dendritic cells (DCs) appear to be the best cross-presenters of internalized antigens on major histocompatibility complex class I molecules in the mouse. To do this, DCs have developed a number of unique and dedicated means to control their endocytic and phagocytic pathways: among them, the capacity to limit acidification of their phagosomes, to prevent proteolytic degradation, to delay fusion of phagosomes to lysosomes, to recruit ER proteins to phagosomes, and to export phagocytosed antigens to the cytosol. The regulation of phagocytic functions, and thereby of antigen processing and presentation by innate signaling, represents a critical level of integration of adaptive and innate immune responses. Understanding how innate signals control antigen cross-presentation is critical to define effective vaccination strategies for CD8+ T-cell responses.Fil: Alloatti, Andrés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Inserm; FranciaFil: Kotsias, Fiorella. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Inserm; Francia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento Virologia; ArgentinaFil: Magalhaes, Joao Gamelas. Inserm; FranciaFil: Amigorena, Sebastian. Inserm; Franci
Implication of the ESCRT-III complex in antigen export to the cytosol during cross-presentation by dendritic cells
No full textLes Cellules Dendritiques (DC) constituent une population de cellules présentatrices d'antigène professionnelles capables d'activer les Lymphocytes T et d'initier une réponse immunitaire adaptative. En plus de leur capacité à présenter des antigènes exogènes et endogènes (du soi ou viraux) respectivement via les Complexes Majeurs d'Histocompatibilité (CMH) de classe II et de classe I, elles peuvent également capturer, apprêter et présenter des antigènes extracellulaires par le CMH-I. Ce processus, appelé Présentation Croisée («cross-presentation» ou PC), peut être réalisé selon deux voies, la voie vacuolaire et la voie cytosolique, majoritaire. Dans cette dernière, les antigènes sont phagocytés/endocytés avant d'être exportés depuis les phago/endosomes vers le cytosol où ils sont dégradés par le protéasome. Les peptides ainsi générés sont ensuite transférés par les transporteurs TAP dans le réticulum endoplasmique ou dans des compartiments intracellulaires, lieux de leur association aux molécules de CMH-I. Cependant, les mécanismes par lesquels les antigènes sont transférés depuis les endosomes/phagosomes vers le cytosol demeurent mal caractérisés. Deux hypothèses sont proposées pour tenter d'expliquer le déroulement de cette étape clé. La première suppose l'implication d'un transporteur tandis que la seconde avance que l'export des antigènes vers le cytosol résulterait d'une perturbation temporaire de la membrane endo/phagosomale. Longtemps rejeté, le modèle de la «rupture membranaire» nécessiterait la mise en oeuvre de mécanismes de réparation compensatoires pour contenir les dommages endomembranaires et ainsi préserver la viabilité cellulaire. Les travaux réalisés au cours de ma thèse ont porté sur l'étude de l'implication du complexe ESCRT-III (Endosomal Sorting Complex Required for Transport), responsable de la réparation des membranes biologiques, dans l'export cytosolique des antigènes et la PC. Nous avons montré que les DC CD8+, sous-population la plus efficace en termes d'export et de PC, présentent un plus grand nombre de dommages intracellulaires que leurs homologues CD11b+, suite à un traitement par une drogue lysosomotropique. Cette susceptibilité accrue quant à la survenue de dommages endomembranaires dans les DC CD8+ corrèle avec le recrutement de différents composants d'ESCRT-III spécifiquement dans les compartiments intracellulaires de cette sous-population de DC. Par ailleurs, dans une lignée de DC CD8+, l'extinction de l'expression de Chmp4b ou de Chmp2a, deux sous-unités effectrices du complexe, conduit à une augmentation drastique de l'export cytosolique d'un antigène modèle ainsi qu'à une amélioration spécifique de l'efficacité de la PC, in vitro et in vivo. Enfin, au regard de l'implication d'ESCRT-III dans la réparation de dommages membranaires causés par la formation de canaux d'octamères de phospho-MLKL au cours de l'induction de la nécroptose, nous avons étudié les interactions entre cette voie de mort cellulaire et l'export cytosolique des antigènes en supposant qu'en l'absence d'ESCRT-III, ces canaux persistent dans les membranes et sont à l'origine d'une perméabilité accrue, pouvant expliquer le phénotype d'export cytosolique. A la suite de l'inhibition pharmacologique de RIPK3, la kinase phosphorylant MLKL, nous observons une forte diminution de l'export cytosolique dans les DC déficientes pour ESCRT-III. Nos résultats démontrent un rôle majeur de la fonction réparatrice d'ESCRT-III dans la régulation de l'export cytosolique des antigènes et de la PC. Ils renforcent l'idée selon laquelle les antigènes sont exportés dans le cytosol des DC à la suite de perturbations membranaires, plutôt que par l'intermédiaire de transporteurs. La découverte de l'importance fonctionnelle d'ESCRT-III dans une voie immunologique illustre la cooptation de mécanismes eukaryotes ancestraux dans des fonctions propres aux vertebrés supérieurs, telles que l'initiation de réponses immunitaires adaptatives.Dendritic cells (DCs) play a central role in immune homeostasis by linking innate signals to adaptive responses. In addition to their capacity to expose exogenous antigens on Major Histocompatibility Complex (MHC) class II molecules or endogenous antigens (derived from self or viral proteins) on MHC class I, they also show a remarkable ability to take-up, process and present extracellular antigens on MHC class I molecules. This process, termed Cross-Presentation (CP) plays a critical role in eliciting Cytotoxic T Cell responses to tumors and pathogens that do not readily infect DCs. So far, two main intracellular pathways have been described for CP, namely the vacuolar and the cytosolic pathways, the latter being predominant in CD8+ DC at homeostasis. The first step of the cytosolic pathway resides in the phagocytosis of exogenous antigens that are subsequently exported into the cytosol, where they are processed by the proteasome. The resulting processed antigens can then be channeled through the TAP transporter into the endoplasmic reticulum or into intracellular compartments where they are loaded on MHC class I. While the contributions of the proteasome and TAP transporter to this process are now well established, the way endocytosed antigens gain access to the cytosol remains unclear and is a long-standing matter of controversy, that confronts two main models: transfer through specific transporters or rupture of endocytic membranes and leakage of luminal content. Although the latter hypothesis has been repeatedly dismissed owing to its presumable lack of control, we reasoned that it could only be operational if membrane damages were contained by effective repair, to preserve cell survival. My PhD work thereby focused on the possible implication of the ESCRT-III (Endosomal Sorting Complex Required for Transport) complex, the main repair system for biological membranes, in antigen export to the cytosol during antigen CP by DCs. We showed that CD8+ DCs, corresponding to the most efficient exporting and cross-presenting DC subset, display higher amounts to intracellular damages triggered by a lysosomotropic drug, compared to their CD11b+ counterparts. This increased susceptibility to intracellular damages in CD8+ DCs correlates with the observed enriched recruitment of ESCRT-III subunits in this DC subset's endocytic compartments, relatively to CD11b+ DCs. Additionally, in a CD8+ DC cell line, silencing of Chmp2a or Chmp4b, two effector subunits of ESCRT-III, enhances cytosolic antigen export, as well as in vitro and in vivo CP, without affecting MHC-II presentation. Finally, in the light of recent studies demonstrating that ESCRT-III is repairing steady-state necroptotic damages formed by channels of phospho-MLKL octamers, we studied interactions between the induction of necroptosis and export to the cytosol in ESCRT-III-silenced cells. We supposed that, in absence of a functional repair system, MLKL channels could persist at biological membranes (plasma or endocytic) and result in increased membrane permeability, possibly explaining the increased antigen export phenotype displayed by ESCRT-III-silenced cells. Indeed, following pharmacological inhibition of RIPK3, the kinase phosphorylating MLKL, we observed a strong reduction of antigen export to the cytosol in ESCRT-III-deficient DCs. Altogether, these results show a critical role for membrane repair in containing cytosolic antigen export and CP in DCs. They identify a new fundamental cellular mechanism involved in antigen CP and strengthen the idea that antigens are exiting intracellular compartments following membrane disruption, rather than through transporters. The discovery of the functional relevance of ESCRT-III in a key immunological pathway illustrates the fascinating co-option of ancestral cellular mechanisms present in early eukaryotes in new crucial functions specifically carried by higher vertebrates, such as the induction of adaptive immune responses
Use of a monoclonal antibody anti-Tn in cancer immunotherapy
No full textLa transformation des cellules normales de l’organisme en un phénotype malin est souvent accompagnée de changements dans leur antigénicité. L’antigène Tn (GalNac-O-Ser/Thréo) est un antigène (Ag) glycopeptidique spécifique des tumeurs et exprimé à la membrane plasmique des cellules cancéreuses dans la majorité des carcinomes humains ainsi que dans certaines tumeurs hématologiques, tandis qu’il n’est pas détecté dans les cellules normales. Il représente donc une cible potentielle très intéressante pour l’immunothérapie passive par anticorps, car il n’est pas détectable dans les cellules normales, mais est démasqué dans environ 90% des cancers épithéliaux du fait d’une dérégulation des processus de glycosylation. Les anticorps monoclonaux (AcM) spécifiques d’antigènes exprimés à la membrane des cellules tumorales ont une efficacité prouvée dans le traitement de certains cancers. Ces AcM thérapeutiques sont particulièrement intéressants pour le traitement des cancers du fait de leur forte spécificité pour les cellules tumorales et de leur faible toxicité pour les cellules normales, contrairement aux chimiothérapies conventionnelles, mais leur mécanisme d’action est encore mal connu. L’AcM Chi-Tn est un anticorps chimérique homme/souris capable de se fixer de façon spécifique à l’antigène tumoral Tn, alors qu’il ne se fixe pas sur les cellules normales. Cet AcM pourrait donc être envisagé comme agent thérapeutique dans le traitement des cancers épithéliaux par immunothérapie passive.Nous nous sommes intéressés à l’AcM Chi-Tn non couplé en vue d’analyser son mécanisme d’action et d’évaluer son efficacité thérapeutique in vivo. Nous avons montré que l’AcM Chi-Tn seul ne possède pas d’effet toxique direct sur les lignées de cellules tumorales Tn-positives in vitro. Cependant, en présence de macrophages, cet AcM est capable d’induire la lyse de ces cellules par un mécanisme d’ADCC. In vivo, l’AcM Chi-Tn, associé à la cyclophosphamide, induit le rejet d'une tumeur du sein dans plus de 80% des souris. Cette inhibition de la croissance tumorale est abolie chez les souris déficientes pour la chaine associée aux récepteurs RFc activateurs, suggérant in vivo un mécanisme d’ADCC. Par l’étude microscopique du microenvironnement tumoral, nous avons observé que les cellules tumorales forment in vivo des synapses avec des macrophages, des neutrophiles, mais aussi des lymphocytes B. Des expériences de survie in vivo chez des souris déficientes pour différentes populations cellulaires montrent que les lymphocytes T semblent nécessaires à la protection des souris par Chi-Tn contre la tumeur. Ainsi, ces résultats confirment le rôle des effecteurs exprimant des RFc activateurs, mais aussi le rôle indispensable de la réponse immune adaptative pour assurer l'effet thérapeutique des AcM.Nous nous sommes également intéressés à l’utilisation potentielle de l’AcM Chi-Tn comme vecteur d’agents cytotoxiques. In vivo, dans un modèle de tumeurs solides chez la souris, des expériences de biodistribution montrent que l’AcM Chi-Tn est capable de cibler spécifiquement les zones tumorales, ce qui en fait un anticorps potentiellement utilisable comme vecteur de molécules toxiques. L’internalisation du complexe anticorps/antigène cible est un pré-requis nécessaire à l’utilisation de l’anticorps conjugué. Nous avons montré in vitro que l’AcM Chi-Tn est internalisé dans les endosomes précoces et de recyclage pendant un temps relativement long, faisant de cet AcM un bon candidat pour être couplé à des agents cytotoxiques. Durant ma thèse, nous avons couplé l’AcM Chi-Tn à la toxine saporine ou à la molécule cytotoxique auristatine F, et nous avons montré in vitro que ces conjugués sont cytotoxiques sur des lignées cellulaires Tn-positives.Pas de résumé en anglai
Différentiation des cellules T CD8+ vers l'épuisement dans les cancers humains
No full textLe traitement des cancers par immunothérapie permettant de réactiver les cellules T CD8+ tumeur spécifique en bloquant les inhibiteurs de point de contrôle immunitaire (ICB), a émergé comme une option de traitement prometteuse contre de nombreux types de cancers. Cependant, toutes les cellules T ne sont pas revigorées et, par conséquent, il existe encore une grande proportion de patients présentant des réponses limitées aux stratégies d'immunothérapie. Pour cela, une meilleure caractérisation des sous-populations de lymphocytes infiltrant les tumeurs (TIL) CD8+ et d'identification des caractéristiques uniques aux CD8+ TIL réactifs aux tumeurs, est importante. Dans cette étude, en utilisant une combinaison de séquençage des ARN sur cellules unique et du récepteur des cellules T (TCR), ainsi qu'une analyse par cyrtométrie en flux, nous avons initialement étudié l'organisation fonctionnelle des sous-populations de TIL CD8+ dans le cancer du poumon non à petites cellules (CBNPC). Nous avons caractérisé deux sous-ensembles distincts de lymphocytes T CD8+ précurseurs de type mémoire d'origine différente : l'un étant également présent dans le sang (circulant) et l'autre étant présent uniquement dans la tumeur et dans le tissu tumoral adjacent (résident- tissu). Au sein de la tumeur, les deux sous-ensembles convergent à travers un état de transition unique en cellules CD8+ T différenciées terminales, souvent appelées épuisées ou dysfonctionnelles. La différenciation vers ce sous-ensemble dysfonctionnel s'est avérée corrélée avec le cycle cellulaire intratumoral et l'expansion des TCR. Nous avons ensuite examiné comment ces différentes sous-populations CD8+ TIL sont corrélées avec la réponse au traitement et le prognostic de la maladie. L'analyse transcriptomique et celle des TCR dans les biopsies dérivées de patients atteints d'un cancer du sein métastatique triple négatif (TNBC), avant et après traitement, ont dévoilé des sous-ensembles et des marqueurs uniques des lymphocytes T CD8+ corrélés à la réponse, ainsi que des clones qui se développent chez les patients après traitement. À la suite du traitement, nous avons observé une expansion globale des lymphocytes T, mais en nous concentrant sur les sous-ensembles de lymphocytes T CD8+, des populations distinctes coexprimant des marqueurs liés à l'activation et à l'épuisement étaient associées à un meilleur pronostic de la maladie. Ensemble, ces résultats nous permettent de mieux comprendre la dynamique des réponses antitumorales, d'identifier les voies qui pourraient contribuer au succès des traitement par immunothérapie et de proposer de nouveaux biomarqueurs pour la stratification des patients et l'amélioration des stratégies actuelles de traitement contre le cancer.Cancer immunotherapies, that reactivate tumor-specific CD8+ T cells, through blockade of immune checkpoint inhibitors (ICB), have emerged as a promising treatment option for many cancers. However, not all T cells are reinvigorated and thus, there is still a large proportion of patients exhibiting limited responses to immunotherapeutic strategies. Hence, better characterization of CD8+ tumor-infiltrating lymphocyte (TIL) subpopulations, as well as features unique to tumor-reactive TILs, is important. In this study, using a combination of single-cell RNA and T cell receptor (TCR) sequencing, together with flow cytometry analysis, we initially investigated the functional organization of CD8+ TILs subpopulations in primary non-small-cell lung cancer (NSCLC). We characterized two distinct subsets of memory-like, precursors CD8+ T cells of different origin: one being present also in blood (circulating) and one being present only in tumor and normal-adjacent to tumor tissue (tissue-resident). Intratumorally, both subsets converge through a unique transitional state into terminal differentiated CD8+T cells, often referred to as exhausted or dysfunctional. Differentiation towards this dysfunctional subset was found to be correlated with intratumor cycling and TCR expansion (Gueguen* , Metoikidou* et al., 2021). Next, we examined how these different CD8+ TIL subpopulations are correlated with response to treatment and disease prognosis.Transcriptomic and TCR analysis in biopsies derived from metastatic triple-negative breast cancer (TNBC) patients before and after treatment, unveiled unique CD8+ T cell subsets and markers correlated with response, as well as clones that expand upon ICB. Upon treatment we observed an overall T cell expansion, but upon focusing on the CD8+ T cell subsets, distinct populations co-expressing effector- and exhaustion- related markers were associated with better disease prognosis. Together these results allow us to better understand the dynamics of anti-tumor responses, identify pathways that could contribute to successful ICB and propose new biomarkers for patients' stratification and improvement of the current cancer treatment strategies
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Découverte et caractérisation d'éléments transposables spécifiques de la tumeur comme potentiels nouveaux biomarqueurs
No full textLes éléments transposables (ETs) sont des séquences mobiles d'ADN répétées qui constituent jusqu'à 50% du génome des mammifères. Autrefois considérés comme de l'ADN « poubelle », leur rôle dans divers processus est de plus en plus étudié et compris, notamment dans la régulation du transcriptome et les réarrangements chromosomiques. Leur transcription est épigénétiquement réprimée dans les cellules adultes mais active pendant le développement embryonnaire, dans les cellules souches et dans les tumeurs. La dérépression et la réactivation des ETs dans les cellules cancéreuses est liée à une hypométhylation globale du génome. Cette expression caractéristique des ETs dans les cancers en font des cibles intéressantes dans les immunothérapies. L'objectif principal de ma thèse est de caractériser des signatures spécifiques d''ETs dans les populations cellulaires du micro-environnement tumorale grâce à des analyses omiques. Tout d'abord, nous avons étudié l'expression des ETs dans les cellules tumorales. Pour ce faire, en utilisant des données de single cell RNA-seq de patients atteints de glioblastome, nous avons quantifié l'expression des ETs dans 7 populations cellulaires du microenvironnement tumoral et identifié une signature d'ETs différentiellement exprimés dans les cellules tumorales par rapport aux autres cellules. L'analyse de données bulkRNA-seq de tissus normaux et de tumeurs a permis de valider cette signature. Ensuite, nous avons effectué des analyses d'immunopeptidomiques pour évaluer si ces ETs pouvaient coder pour des peptides présentés à la surface des cellules tumorales par les molécules HLA-I, déclenchant ainsi une réponse anti-tumorale par les lymphocytes T. Ces analyses ont identifié des centaines de peptides dérivés d'ETs, dont beaucoup sont encodés par des ETs de jeunes sous-familles de LINE-1, LTR et SVA, avec, dans certains cas, des milliers de copies codant pour un seul peptide. En revanche, d'autres peptides sont exclusivement codés par des ETs uniques et dégénérés issus d'anciennes sous-familles. Ces ETs sont fortement exprimés dans les glioblastomes et faiblement exprimés dans les tissus normaux, ce qui souligne leur potentiel intérêt en tant que cibles dans les immunothérapies. La seconde partie de ma thèse a porté sur l'expression des ETs dans les lymphocytes T infiltrant la tumeur (TILs). Ces cellules subissent un processus d'épuisement lors d'infections chroniques ou dans les cancers, conduisant à leur état dysfonctionnel. Des études récentes montrent que les régulations épigénétiques joue un rôle dans ce processus d'épuisement. Du fait que les ETs sont contrôlés épigénétiquement, nous nous sommes intéressés à leur expression pendant ce processus d'épuisement. Pour ce faire, nous avons quantifié l'expression des ETs dans des données transcriptomiques de TILs. Ces analyses ont identifié VL30, une famille de jeunes ERV1, comme fortement réprimée dans lymphocytes T épuisées. Nous avons confirmé que cette répression des VL30 est liée à l'épuisement en analysant des données d'infection chronique par LCMV. Ces VL30 exprimés dans les progéniteurs des cellules épuisées se situent principalement dans des régions intergéniques et sont transcrits indépendamment de leur gène le plus proche. L'analyse de données épigénomiques montre que les VL30 sont préférentiellement situés dans des régions transcriptionnellement actives. De plus, à la fois chez la souris et chez les patients atteints de cancer, l'expression des ETs augmente après traitement par les inhibiteurs de point de contrôles immunitaires, indiquant qu'ils peuvent être utilisés comme biomarqueurs pour la réponse au traitement. Dans l'ensemble, ces résultats montrent que les ETs permettent de définir des signatures et des biomarqueurs spécifiques. À l'instar des gènes, les ETs peuvent être utilisés pour distinguer les populations cellulaires, soulignant leur importance pour mieux comprendre l'identité et l'hétérogénéité des différents types cellulaires.Transposable elements (TEs) are mobile repeated DNA sequences which constitutes up to 50% of mammalian genomes. Previously considered as "junk DNA", recent advances in genomic research have revealed their critical role in various processes, including transcriptome regulation and chromosomal rearrangements. To mitigate their potential deleterious effects, most TEs are epigenetically repressed in adult cells, but their transcription is more active during embryonic development, in stem cells, and intriguingly, in tumors. This de-repression in tumors is due to a global hypomethylation of the genome during cancer development leading to reactivation of these elements. This specific expression of TEs in tumors makes them interesting targets for cancer immunotherapies. The main aim of my PhD project was to characterize specific transposable elements signatures in tumor cell populations through various omics analyses. First, the analysis focused on TE expression in tumor cells. Using a human single cell RNA-seq dataset of glioblastoma patients, we quantified TE expression in 7 cell populations from the brain tumor microenvironment. Statistical analyses identified several thousands of individual TE copies differentially expressed in tumor cells compared to other cell populations. Higher expression of these TEs in tumor cells was validated using bulk RNA-seq cohorts from healthy tissues and tumor samples. To assess whether these TEs could code for peptides presented by HLA-I molecules at the cell surface of tumor cells, and thus, trigger an anti-tumoral response by T cells, we performed immunopeptidomics analyses and identified hundreds of TE-derived peptides. Many of these peptides are encoded by recent LINE-1, LTR, and SVA subfamilies with, in some instances, thousands of conserved copies from these subfamilies coding for one peptide. In contrast, other HLA-I-bound peptides are encoded by unique degenerated copies from old TE subfamilies. These TEs are highly expressed in GBM tumors and lowly expressed in normal tissues which highlight their potential benefit as tumor-specific target for cancer immunotherapies. In the second part of my PhD project, we studied TE expression in tumor infiltrating lymphocytes (TILs) which, upon persistent stimulations by the tumor microenvironment or chronic infections, undergo exhaustion, resulting in their dysfunctional state. Recent studies show that epigenetic programming plays a major role in the establishment and development of exhaustion. As TEs are epigenetically regulated, we sought to study their expression upon exhaustion in TILs. To achieve this, we first quantified TE expression in transcriptomics data of TILs in mice. This analysis revealed VL30, a specific family of young ERV1, to be strongly repressed in exhausted T cells. We validated VL30 repression is linked to the exhaustion process using LCMV chronic infection, another model of exhaustion. VL30 TEs expressed in progenitor exhausted CD8+ T cells are mostly located in intergenic regions and transcribed independently of their closest gene. Epigenomics analyses show that VL30 TEs are preferentially located in open and H3K27ac-enriched regions. Moreover, in both mice and cancer patients, TE expression increases upon immune checkpoint blockade indicating that they can be used as response biomarkers. Altogether, these results show that TE analysis can open new ways of defining distinct signatures and biomarkers. As genes, TEs can be used to distinguish cell populations as well as cell states, highlighting their importance to better understand cell population identity and heterogeneity
Le protéome non canonique dérivé des éléments transposables représente une source d'isoformes de protéines fonctionnelles et de néoantigènes associés à la tumeur
No full textLes progrès récents de la protéomique basée sur la spectrométrie de masse (MS) et sur le séquençage ribosomique (RiboSeq) ont permis la découverte de protéines non canoniques, élargissant ainsi les répertoires précédemment décrits. Les éléments transposables (ET) sont des séquences répétées d'ADN capable de se disperser dans le génome, et représentent 45% du génome humain. Les ET jouent un rôle majeur dans la génération de nouveaux cadres de lecture ouverts appelés Open Reading Frame en anglais (ORF). En effet, les TE sont des éléments clefs pour former des ORFs à partir de régions intergéniques ou à partir de leur exonisation non canonique dans des transcrits codant pour une protéine. Dans ce projet, nous avons étudié i) la traduction autonome des ET comme une source de néoantigènes dans le cancer, et nous avons caractérisé l'épissage non canonique entre les ET et les exons de protéines ii) pouvant être présentés par le système des antigènes de leucocytes humains (HLA), ou iii) pouvant donné lieu à des isoformes non annotées mais potentiellement fonctionnelles. Nous avons décrit une population d'antigènes dérivés de ET associés à la tumeur, récurrents dans les glioblastomes et les cancers pulmonaires, et codant pour des peptides présentés par le système HLA-I. Ces antigènes nouvellement identifiés sont immunogéniques in vitro, et sont reconnus par les cellules T CD8 infiltrant la tumeur. Ensuite, nous avons cherché à savoir si ces isoformes récurrentes et dérivées des ET pouvaient générer des protéines stables et fonctionnelles. Nous avons observé que ces isoformes peuvent être traduites efficacement, générant une population d'isoformes peu abondantes, globalement plus courtes mais stables, avec des localisations subcellulaires définies et des fonctions modifiées par rapport aux isoformes canoniques. De plus, ces isoformes non canoniques, bien que récemment acquises durant l'évolution, dérivent préférentiellement de gènes anciens. Enfin, les sites d'épissage cryptiques dans les ET sont plus conservés dans les isoformes les plus récurrentes. Nos résultats suggèrent que les ORF dérivés des ET sont des protéines en cours d'évolution qui, en quête de nouvelles fonctions, aboutissent à des produits rapidement dégradés pouvant représenter une source d'antigènes récurrents, immunogéniques et spécifiques de la tumeur.Recent advances in ribosome profiling (RiboSeq) and mass spectrometry (MS)-based proteomics allows the discovery of non-canonical proteins, thus enlarging proteome repertoires. Transposable elements (TEs) are repetitive sequences of DNA that spread throughout the genome and that represent 45% of the human genome. TEs play a major role in the generation of novel open reading frames from non-genic regions or from non-canonically spliced TEs within protein-coding transcripts. Here, we investigated three contributions of TEs to the human proteome: i) the autonomous translation of TEs to generate neoantigens, the splicing of TEs within coding exons to form ii) tumor-associated neoantigens or iii) functional unannotated isoforms. First, we characterized a population of tumor-associated TE-derived antigens recurrent in glioblastoma and lung tumors and encoding HLA-I presented peptides. Then, we demonstrated that these TE-derived peptides are immunogenic in vitro and are recognized by tumor-infiltrating CD8 T cells. Additionally, we explored the stability and function of these recurrent TE-derived isoforms. We found that the exonized TEs can be efficiently translated generating a population of low abundance isoforms that are overall shorter but stable, we defined their subcellular locations, and we showed that their functions are divergent from the canonical ones. Finally, we described that the encountered non-canonical isoforms, while recently acquired during evolution, derive preferentially from evolutionary ancient genes and that the conservation of the cryptic splicing sites in TEs is higher in more recurrent isoforms. Our findings suggest that TEs are a source of proteins that are currently evolving, and while probing for new functions, may result in rapidly degraded products generating recurrent, immunogenic, and tumor-specific antigens in cancer patients
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
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