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Nova variante da proteína fluorescente DSRED2 com potencial aplicação na piscicultura ornamental
Full text linkA rentabilidade econômica gerada pela aquicultura ornamental a torna um dos
importantes componentes da indústria aquícola. O aumento da demanda de peixes
ornamentais gera a necessidade da utilização de técnicas que permitam a produção de
novas variedades. Neste cenário, genes codificantes para proteínas fluorescentes têm sido
inseridos com êxito no genoma de diversas espécies de peixes, gerando novas variedades
ornamentais. Porém, a disponibilidade de proteínas fluorescentes no mercado é limitada.
Desse modo, este trabalho teve como objetivo desenvolver novas variantes de proteínas
fluorescentes para aplicação na aquicultura ornamental. Para isso, o gene DsRed2 que
codifica para a proteína vermelha fluorescente do coral Discosoma sp. foi utilizado como
base para a produção de novas variantes através de mutagênese randômica induzida por
error-prone PCR (epPCR). Um total de 12 genes variantes foram isolados, sequenciados
e analisados. A variante denominada Mutante #10 apresentou alterações interessantes nas
suas propriedades espectrais, possuindo xxxx emissão de fluorescência quando excitada
nos comprimentos de onda de xxx e xxxxx nm, respectivamente. Esta nova variante foi
expressa em Escherichia coli e também no tecido muscular do zebrafish (Danio rerio),
apresentando a xxxxxx emissão de fluorescência em ambos modelos. Uma proteína com
xxxxx emissão de fluorescência pode ter aplicações em diversas áreas, desde as ciências
básicas até a aquicultura ornamental.The economic profitability generated by ornamental aquaculture makes it one of the
important components of the aquaculture industry. The increased demand for ornamental
fish generates the need to use techniques that permit the production of new varieties. In
this scenario, genes encoding fluorescent proteins have been successfully inserted into
the genome of several species of fish, generating new ornamental varieties. However, the
availability of fluorescent proteins in the market is limited. Thus, this study aimed to
develop new variants of fluorescents proteins for use in ornamental aquaculture. For this,
the DsRed2 gene encoding the red fluorescent protein from coral Discosoma sp. was used
as the basis for production of new variants by random mutagenesis induced by errorprone PCR (epPCR). A total of 12 gene variants were isolated, sequenced and analyzed.
The variant named Mutante #10 showed interesting changes in its spectral properties,
having xxxx fluorescence emission, when excited at wavelengths of xxx and xxx nm,
respectively. This new variant was expressed in Escherichia coli and in the muscle tissue
of zebrafish (Danio rerio), with xxxx fluorescence emission in both models. A protein
with xxxx fluorescence emission may have applications in various fields, ranging from
basic sciences to the ornamental aquaculture
Nova variante da proteína fluorescente DsRed2 com potencial aplicação na piscicultura ornamental
Full text linkA rentabilidade econômica gerada pela aquicultura ornamental a torna um dos
importantes componentes da indústria aquícola. O aumento da demanda de peixes
ornamentais gera a necessidade da utilização de técnicas que permitam a produção de
novas variedades. Neste cenário, genes codificantes para proteínas fluorescentes têm sido inseridos com êxito no genoma de diversas espécies de peixes, gerando novas variedades ornamentais. Porém, a disponibilidade de proteínas fluorescentes no mercado é limitada. Desse modo, este trabalho teve como objetivo desenvolver novas variantes de proteínas fluorescentes para aplicação na aquicultura ornamental. Para isso, o gene DsRed2 que codifica para a proteína vermelha fluorescente do coral Discosoma sp. foi utilizado como base para a produção de novas variantes através de mutagênese randômica induzida por error-prone PCR (epPCR). Um total de 12 genes variantes foram isolados, sequenciados e analisados. A variante denominada Mutante #10 apresentou alterações interessantes nas suas propriedades espectrais, possuindo xxxx emissão de fluorescência quando excitada nos comprimentos de onda de xxx e xxxxx nm, respectivamente. Esta nova variante foi expressa em Escherichia coli e também no tecido muscular do zebrafish (Danio rerio), apresentando a xxxxxx emissão de fluorescência em ambos modelos. Uma proteína com xxxxx emissão de fluorescência pode ter aplicações em diversas áreas, desde as ciências básicas até a aquicultura ornamental.The economic profitability generated by ornamental aquaculture makes it one of the
important components of the aquaculture industry. The increased demand for ornamental
fish generates the need to use techniques that permit the production of new varieties. In
this scenario, genes encoding fluorescent proteins have been successfully inserted into
the genome of several species of fish, generating new ornamental varieties. However, the
availability of fluorescent proteins in the market is limited. Thus, this study aimed to
develop new variants of fluorescents proteins for use in ornamental aquaculture. For this,
the DsRed2 gene encoding the red fluorescent protein from coral Discosoma sp. was used
as the basis for production of new variants by random mutagenesis induced by errorprone PCR (epPCR). A total of 12 gene variants were isolated, sequenced and analyzed.
The variant named Mutante #10 showed interesting changes in its spectral properties,
having xxxx fluorescence emission, when excited at wavelengths of xxx and xxx nm,
respectively. This new variant was expressed in Escherichia coli and in the muscle tissue
of zebrafish (Danio rerio), with xxxx fluorescence emission in both models. A protein
with xxxx fluorescence emission may have applications in various fields, ranging from
basic sciences to the ornamental aquaculture
Superexpressão do hormônio do crescimento (GH) e as respostas ao estresse abiótico em um modelo de zebrafish (Danio rerio) transgênico
Full text linkPeixes transgênicos que superexpressam o gene do hormônio do crescimento (GH) podem apresentar taxas de crescimento almejadas para a produção na aquicultura. No entanto, o aumento do nível de GH causado pela transgenia pode modificar as respostas biológicas frente à presença de estressores bióticos e abióticos. Desta forma, o principal objetivo deste estudo foi analisar os efeitos do excesso de GH promovido pela transgenia sobre a tolerância a diferentes estressores abióticos, em um modelo de peixe (Danio rerio) transgênico para o GH. A exposição às variações de salinidade, temperatura e oxigênio foram os parâmetros considerados como estressores abióticos. A alteração da tolerância a estes fatores, promovida pela superexpressão do GH foi avaliada em nível de expressão de genes, atividades enzimáticas e produtos metabólicos, com a finalidade de entender os mecanismos destas modificações. No primeiro estudo, peixes transgênicos adultos foram expostos à salinidade hiperosmótica de 11 ppt e os resultados demonstraram que o excesso de GH aumenta a atividade da enzima Na+,K+14 ,ATPase e aumenta, consequentemente, a absorção de Na+. O excesso de Na+ 15 nos peixes transgênicos pode justificar a maior taxa de mortalidade destes animais. No segundo estudo, as respostas ao estresse térmico foram analisadas em peixes transgênicos adultos e juvenis expostos à alta temperatura (39o17 C) e baixa temperatura (13o18 C). Estes experimentos demonstraram um aumento na sobrevivência dos peixes transgênicos juvenis expostos à 13o19 C, e uma diminuição nos adultos e juvenis transgênicos expostos à 39 o20 C. Associado a estes resultados, houve uma alteração no padrão de expressão das proteínas de choque térmico (HSPs), relacionado à idade e à temperatura. No último estudo, peixes transgênicos e não-transgênicos foram expostos ao estresse hipóxico (1.5 mgO2/L). Os resultados indicam que os peixes transgênicos são mais suscetíveis à baixa concentração de oxigênio. Adicionalmente, foi observado um aumento na atividade da enzima lactato desidrogenase (LDH) e na concentração de lactato nos peixes transgênicos. Assim estes resultados sugerem que o excesso de GH promovido pela transgenia prejudica a habilidade de manter o metabolismo aeróbico em baixos níveis de oxigênio, ativando o metabolismo anaeróbico nestes animais. Em conclusão, a exposição a distintos estressores abióticos mostrou que a superexpressão do GH pode alterar, de forma diferenciada, a tolerância termal, osmótica e hipóxica, de acordo com a idade e ao tipo de estresse.Growth hormone (GH) transgenic fish may show growth rates sought for production in aquaculture. Nevertheless, the increased GH level caused by transgenesis can modify the biological responses to presence of biotic and abiotic stressors. Therefore, this study aimed to analyze the effects of GH excess on tolerance to variations of salinity, temperature and oxygen, in a GH transgenic fish (Danio rerio) model. In addition, gene expression, enzymatic activities and metabolic products were evaluated after tolerance tests, in order to understand the physiologic alteration promoted by GH overexpression. In the first study, adult transgenic fish were exposed to hyperosmotic salinity of 11 ppt. The results showed that GH transgenic fish were more susceptible to hyperosmotic salinity than non-transgenic fish. Besides, GH11 transgenic fish showed an increase of Na+, K+, ATPase enzyme activity, which could be associated to higher mortality in this group. In the second study, GH transgenic fish (juveniles and adults) and non-transgenic fish (juveniles and adults) were exposed to high temperature (39oC) and low temperature (13o14 C). These experiments showed that GH transgenesis increased survival in juveniles under low temperature, and decreased in both juveniles and adults, under high temperature. Associated to these results, there is an alteration in HSPs gene expression pattern related to age and temperature. In the last study, transgenic and non-transgenic fish were submitted to hypoxic stress. The results indicated that transgenic fish are more susceptible to low levels of oxygen (1.5 mgO2/L). Additionally, an increase of lactate dehydrogenase (LDH) activity and lactate concentration was observed in transgenic fish. Taken altogether, these findings indicate that GH-transgenesis impaired the ability of juvenile zebrafish to sustain the aerobic metabolism, thus inducing the anaerobic metabolism when fish were challenged to low oxygen levels in the water. In conclusion, the exposure to different abiotic stressors has shown that GH overexpression can alter thermal, osmotic and hypoxic stress tolerance differently according to the age and stress
Modelos in vivo e in vitro geneticamente modificados como biomarcadores de poluição aquática
No full textDissertação (mestrado)-Universidade Federal do Rio Grande, Programa de Pós-Graduação em Ciências Fisiológicas – Fisiologia Animal Comparada, Instituto de Ciências Biológicas, 2007.A indução de vários genes que codificam para enzimas envolvidas no processo de detoxificação celular e resposta antioxidante é mediada através de um mecanismo comum, o qual depende da presença dos elementos de resposta eletrofílicos (EpRE) na região promotora destes genes. No presente estudo foi analisada a homologia da seqüência central do EpRE, a qual representa um sítio de ligação para o fator de transcrição Nrf2, de regiões conservadas de promotores das enzimas glutationa S-transferase (Gsta1), subunidade catalítica da glutamato cisteína ligase (Gclc) e proteína de choque térmico (Hsp70) de zebrafish (Danio rerio) e camundongo (Mus musculus). A seqüência EpRE foi identificada
para ambas as espécies em todos os genes comparados, mostrando uma alta similaridade
com a seqüência central do EpRE. Adicionalmente, foi produzido um modelo de zebrafish transgênico carregando um transgene que contém um EpRE obtido do promotor da Gsta1 de camundongo fusionado ao promotor mínimo da metalotioneína (mt1) do camundongo direcionando a expressão do gene repórter da luciferase (luc). Este modelo in vivo foi exposto ao sulfato de cobre e o gene repórter foi significativamente ativado. Os genes gclc e hsp70 do zebrafish foram analisados nos peixes transgênicos carregando a construção EpRE-Luc e mostraram um padrão similar de expressão com o gene da luciferase. Também foi produzido um modelo alternativo carregando o transgene EpRE-GFP. Nesta construção genética o gene repórter da luc foi substituído pelo gene da proteína verde fluorescente (gfp). Os peixes carregando o transgene EpRE-GFP foram expostos ao cobre e a expressão da Gfp foi diretamente quantificada nas larvas vivas em fluorímetro. Neste caso, um aumento na expressão da Gfp só foi detectado na maior concentração de cobre, provavelmente, devido ao efeito do mosaismo ou da fluorescência basal das larvas. Na última etapa deste trabalho, foi produzida uma linhagem estável de hepatoma (HTC) carregando o transgene EpRE-GFP. A linhagem EpRE-GFP HTC foi tratada com sulfato de cobre e metil paration por 48 h. Para avaliar as respostas genéticas produzidas por estes poluentes, a expressão da Gfp foi diretamente quantificada e os resultados mostraram que a
expressão da Gfp é significativamente aumentada somente nas maiores concentrações de ambos os poluentes. Desta forma, os resultados obtidos neste estudo demonstram que o uso de EpRE associado a genes repórteres pode ser um modelo interessante para estudo de respostas genéticas das células frente a poluentes aquáticos, bem como uma ferramenta adequada para estudos toxicológicos in vivo e in vitro
Modelos in vivo e in vitro geneticamente modificados como biomarcadores de poluição aquática
No full textDissertação (mestrado)-Universidade Federal do Rio Grande, Programa de Pós-Graduação em Ciências Fisiológicas – Fisiologia Animal Comparada, Instituto de Ciências Biológicas, 2007.A indução de vários genes que codificam para enzimas envolvidas no processo de detoxificação celular e resposta antioxidante é mediada através de um mecanismo comum, o qual depende da presença dos elementos de resposta eletrofílicos (EpRE) na região promotora destes genes. No presente estudo foi analisada a homologia da seqüência central do EpRE, a qual representa um sítio de ligação para o fator de transcrição Nrf2, de regiões conservadas de promotores das enzimas glutationa S-transferase (Gsta1), subunidade catalítica da glutamato cisteína ligase (Gclc) e proteína de choque térmico (Hsp70) de zebrafish (Danio rerio) e camundongo (Mus musculus). A seqüência EpRE foi identificada
para ambas as espécies em todos os genes comparados, mostrando uma alta similaridade
com a seqüência central do EpRE. Adicionalmente, foi produzido um modelo de zebrafish transgênico carregando um transgene que contém um EpRE obtido do promotor da Gsta1 de camundongo fusionado ao promotor mínimo da metalotioneína (mt1) do camundongo direcionando a expressão do gene repórter da luciferase (luc). Este modelo in vivo foi exposto ao sulfato de cobre e o gene repórter foi significativamente ativado. Os genes gclc e hsp70 do zebrafish foram analisados nos peixes transgênicos carregando a construção EpRE-Luc e mostraram um padrão similar de expressão com o gene da luciferase. Também foi produzido um modelo alternativo carregando o transgene EpRE-GFP. Nesta construção genética o gene repórter da luc foi substituído pelo gene da proteína verde fluorescente (gfp). Os peixes carregando o transgene EpRE-GFP foram expostos ao cobre e a expressão da Gfp foi diretamente quantificada nas larvas vivas em fluorímetro. Neste caso, um aumento na expressão da Gfp só foi detectado na maior concentração de cobre, provavelmente, devido ao efeito do mosaismo ou da fluorescência basal das larvas. Na última etapa deste trabalho, foi produzida uma linhagem estável de hepatoma (HTC) carregando o transgene EpRE-GFP. A linhagem EpRE-GFP HTC foi tratada com sulfato de cobre e metil paration por 48 h. Para avaliar as respostas genéticas produzidas por estes poluentes, a expressão da Gfp foi diretamente quantificada e os resultados mostraram que a
expressão da Gfp é significativamente aumentada somente nas maiores concentrações de ambos os poluentes. Desta forma, os resultados obtidos neste estudo demonstram que o uso de EpRE associado a genes repórteres pode ser um modelo interessante para estudo de respostas genéticas das células frente a poluentes aquáticos, bem como uma ferramenta adequada para estudos toxicológicos in vivo e in vitro
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Full text linkThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Variations on the Author
Full text link“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Full text linkWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Full text linkWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
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