183 research outputs found
Correction: The Role of Attachment Styles on Quality of Life and Distress Among Early-Stage Female Breast Cancer Patients: A Systematic Review (Journal of Clinical Psychology in Medical Settings, (2023), 10.1007/s10880-023-09940-w)
No full textDue to an oversight by this article’s authors, the orders of authors’ first and last names are given incorrectly in the original publication. The authors’ names should be listed as follows: Spyridoula Karveli, Petros Galanis, EiriniMarina Mitropoulou, Evangelos Karademas, & Christos Markopoulos. Likewise, the citation should be as follows: Karveli, S., Galanis, P., Mitropoulou, E. M., Karademas, E., & Markopoulos, C. (2023). The role of attachment styles on quality of life and distress among early-stage female breast cancer patients: A systematic review. Journal of Clinical Psychology in Medical Settings. https:// doi. org/ 10. 1007/ s10880- 023- 09940-w. © 2023 The Author(s)
Εξερεύνηση της γενετικής της βιταμίνης D στον ελληνικό πληθυσμό
No full textΒιβλιογραφία : σ. 51-53Η βιταμίνη D είναι μια λιποδιαλυτή βιταμίνη και στεροειδής προ-ορμόνη που παίζει σημαντικό ρόλο στην μυοσκελετική υγεία του ανθρώπου και παράγεται από το ανθρώπινο δέρμα ως απάντηση στην έκθεση σε ηλιακή ακτινοβολία. Παρόλου που οι Έλληνες ζουν σε μια ηλιόλουστη χώρα και εκθέτονται σε αρκετά μεγάλα ποσά ηλιακής ακτινοβολίας στην καθημερινότητά τους, ιδίως το καλοκαίρι, παρουσιάζουν χαμηλά επίπεδα αυτής της βιταμίνης. Επομένως, μια μελέτη που θα αποσκοπούσε στην ανάλυση του γενετικού υποβάθρου των Ελλήνων συγκριτικά με άλλους πληθυσμούς προκειμένου να αιτιολογηθεί το φαινόμενο αυτό είναι απαραίτητη. Έπειτα από αρκετές μελέτες βρέθηκαν ορισμένα γονίδια, καθώς και αρκετά SNPs που επεκτείνονται σε όλο το γονιδίωμα, τα οποία φαίνεται να σχετίζονται με τη βιταμίνη. Ύστερα από το Polygenic Risk Scoring (PRS) που πραγματοποιήθηκε στα SNPs της παρούσας μελέτης για τους υπό εξέταση πληθυσμούς, παρατηρήθηκαν ορισμένες διαφορές ως προς την επίδραση των SNPs τόσο μεταξύ των υπερπληθυσμών όσο και μεταξύ των πληθυσμών της ίδιας ηπείρου. Διαφορές, επίσης, παρατηρήθηκαν και για κάθε γονίδιο ξεχωριστά ως προς την επίδραση που φαίνεται να έχει στους πληθυσμούς όσον αφορά την παραγωγή της βιταμίνης D.Vitamin D is a fat-soluble vitamin and a steroid hormone precursor that plays an important role in human musculoskeletal health and is produced by the human skin in response to exposure to sunlight. Although Greeks live in a sunny country and are exposed to large amounts of sunlight in their daily lives, especially in the summer, they have low levels of this vitamin. Therefore, a study aimed at analyzing the genetic background of Greeks compared to other populations in order to justify this phenomenon is necessary. Certain studies have found several genes, as well as several SNPs that extend across the genome, which appear to be related to the vitamin. Following the Polygenic Risk Scoring (PRS) conducted in the SNPs of this study for the populations under consideration, some differences were observed regarding the effect of SNPs both among overpopulations and among populations of the same continent. Differences were also observed for each gene separately for the effect they appear to have in the populations in the production of vitamin D.53 σ
Analysis of the Culturable Skin Microbiome of Horses from Southern Germany
Get PDFHorses have close interactions with humans and are important as working animals and livestock. In contrast to smaller companion animals like cats and dogs, there is only little information available about their skin microbiome. The objective of this study was to identify and characterize the culturable cutaneous microbiome of healthy horses. Samples were taken from 14 horses from Southern Germany which were randomly enrolled in this study. Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) was used as a method to detect the culturable microorganisms of horse skin. The most abundant culturable species of horse skin identified in this study include Bacillus cereus , Bacillus pumilus , Carnobacterium inhibens , Exiguobacterium sibiricum , Macrococcus carouselicus , Macrococcus goetzii and Staphylococcus equorum . Analyses of the bacteria across different body regions indicated the specific preferences of species for certain skin areas. In addition, our data hinted to an influence of the age of the horses tested and an influence between the four stables studied.This research was funded by Bayern Innovativ, grant number 2024-6459-MY-08.Bayern Innovati
a systematic review and meta-analysis of epidemiological studies
No full textΒιβλιογραφία: 55-69Η Μεσογειακή Διατροφή αποτελεί ένα παραδοσιακό διατροφικό πρότυπο, συμβάλλοντας σημαντικά στην προαγωγή της υγείας, την πρόληψη καρδιαγγειακών παθήσεων, τη διατήρηση της γνωστικής λειτουργίας και τη γενική ευεξία. Η εντερική μικροχλωρίδα αποτελείται από ένα σύνολο μικροοργανισμών που διαβιούν στο έντερο, συμβάλλοντας σημαντικά στην πέψη, τη λειτουργία του ανοσοποιητικού συστήματος και τη συνολική υγεία, ενώ μπορεί επίσης να επηρεάζει τη διάθεση και τις νοητικές διεργασίες. Στόχος της παρούσας εργασίας ήταν η διερεύνηση του ρόλου της Μεσογειακής Διατροφής στη μικροχλωρίδα του εντέρου σε ενήλικα άτομα με παχυσαρκία, μέσω συστηματικής ανασκόπησης και μετα-ανάλυσης επιδημιολογικών μελετών. Η βιβλιογραφική αναζήτηση στη βάση δεδομένων MEDLINE, μέσω των οδηγιών PRISMA, οδήγησε σε συνολικά 107 μοναδικές αναφορές, εκ των οποίων χρησιμοποιήθηκαν 12 επιδημιολογικές μελέτες. Η Μεσογειακή Διατροφή φαίνεται να επηρεάζει τη μικροχλωρίδα του εντέρου. Πιο συγκεκριμένα, χαμηλότερη προσκόλληση στη Μεσογειακή Διατροφή σχετίζεται με υψηλότερη αναλογία Firmicutes-Bacteroidetes, ενώ χαμηλότερη πρόσληψη ζωικής πρωτεΐνης σχετίζεται με μεγαλύτερη παρουσία Bacteroidetes. Η μετα-ανάλυση με χρήση του μοντέλου τυχαίων επιδράσεων αναφορικά με την ποικιλότητα της μικροχλωρίδας εντέρου (μέσω του Shannon index) που διενεργήθηκε έδωσε εκτίμηση για το μέγεθος της επίδρασης ίση με 2,87 (95% ΔΕ: 2,30 - 3,43). Αντίστοιχα, η μετα-ανάλυση με χρήση του μοντέλου τυχαίων επιδράσεων της σχετικής ισορροπίας στη μικροχλωρίδα του εντέρου (μέσω της αναλογίας Firmicutes/Bacteroidetes έδωσε εκτίμηση για το μέγεθος της επίδρασης ίση με 1,80 (95% CI: 0,60 - 3,00). Τα αποτελέσματα αυτά αποτελούν ενδείξεις ότι υπάρχει αξιοσημείωτη ποικιλία μικροοργανισμών στη μικροχλωρίδα του ανθρώπινου εντέρου αλλά και μια σχετική ισορροπία στη μικροχλωρίδα του. Δεδομένου ότι οι διατροφικές συνήθειες των ατόμων είναι χρήσιμες για την ανάπτυξη και διατήρηση μιας υγιούς μικροχλωρίδας, χρειάζεται περαιτέρω διερεύνηση του ρόλου που η Μεσογειακή Διατροφή διαδραματίζει στη μικροχλωρίδα του εντέρου.The Mediterranean Diet is a traditional dietary pattern that significantly contributes to health promotion, the prevention of cardiovascular diseases, the maintenance of cognitive function, and overall well-being. The intestinal microbiome (or gut microbiota) composition consists of a community of microorganisms residing in the intestine, playing a crucial role in digestion, immune system function, and overall health, while also potentially influencing mood and cognitive processes. The aim of this study was to investigate the role of the Mediterranean Diet in gut microbiota composition in adults with obesity, through a systematic review and meta-analysis of epidemiological studies.
A literature search was conducted in the MEDLINE database following PRISMA guidelines, yielding a total of 107 unique references, from which 12 epidemiological studies were finally selected for analysis.
The Mediterranean Diet appears to influence intestinal microbiome composition. Specifically, lower adherence to the Mediterranean Diet is associated with a higher Firmicutes-to-Bacteroidetes ratio, while lower animal protein intake is linked to a greater presence of Bacteroidetes. A meta-analysis using the random-effects model for gut microbiota diversity (measured via the Shannon index) estimated an effect size of 2.87 (95% CI: 2.30 - 3.43). Similarly, a meta-analysis using the random-effects model for the relative balance of gut microbiota (based on the Firmicutes/Bacteroidetes ratio) estimated an effect size of 1.80 (95% CI: 0.60 - 3.00). These findings suggest a remarkable variety of microorganisms in the human gut microbiota, as well as a relative balance within it. Given that dietary habits are essential for the development and maintenance of a healthy gut microbiota, further research is needed to elucidate the role of the Mediterranean Diet in shaping gut microbiota composition.70 σ
Employment of bioinformatic tools for the development of molecular methodologies for the identification of potentially probiotic microorganisms
No full textΒιβλιογραφία : σ. 51 - 58Σύμφωνα με τους FAO/WHO, τα προβιοτικά είναι ζωντανοί μικροοργανισμοί, οι οποίοι, όταν χορηγούνται σε επαρκείς ποσότητες προσφέρουν όφελος για την υγεία του ξενιστή. Πολλά βακτήρια γαλακτικού οξέος (Lactic Acid Bacteria, LAB), έχει αποδειχθεί ότι διαθέτουν προβιοτικές ιδιότητες και λειτουργικά χαρακτηριστικά, συμπεριλαμβανομένων των βακτηρίων του τροποποιημένου γένους Lactobacillus. Ως εκ τούτου, παρουσιάζουν μεγάλο βιοτεχνολογικό ενδιαφέρον και έχουν χρησιμοποιηθεί για την παραγωγή μεγάλου εύρους ζυμωμένων τροφίμων.
Είναι πολύ σημαντικό για τη βιομηχανία τροφίμων, να μπορεί να ελέγχει εάν διατηρούνται η βιωσιμότητα και η λειτουργία των βακτηριακών στελεχών, κατά τη διάρκεια επεξεργασίας και αποθήκευσης του προϊόντος στο οποίο έχουν ενσωματωθεί. Μέχρι σήμερα, χρησιμοποιούνται συνηθέστερα μικροβιολογικές τεχνικές για την ταυτοποίηση προβιοτικών στελεχών, ωστόσο εμφανίζουν μειωμένη διακριτική ικανότητα. Σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν η ανάπτυξη μιας μοριακής μεθόδου για την ακριβή και ταχεία ανίχνευση του δυνητικά προβιοτικού στελέχους Lactiplantibacillus plantarum L125, το οποίο έχει απομονωθεί από ζυμωμένα προϊόντα κρέατος και το γονιδίωμά του έχει αλληλουχηθεί πρόσφατα από την ερευνητική μας ομάδα. Αρχικά, μέσα από μια σειρά βιοπληροφορικών βημάτων, σχεδιάστηκαν εκκινητές ειδικοί για μοναδικές περιοχές του γονιδιώματος του στελέχους L125. Στη συνέχεια, η ειδικότητα και η ακρίβεια των σχεδιασμένων εκκινητών επιβεβαιώθηκαν in vitro μέσω απλών και Multiplex PCR δοκιμασιών. Τα αποτελέσματα αυτής της μεθόδου δείχνουν ότι μπορεί να αξιοποιηθεί ως ένα απλό, ακριβές και χαμηλού κόστους εργαλείο, για την ταυτοποίηση βακτηρίων σε επίπεδο στελέχους.According to FAO/WHO, probiotics are live microorganisms, which when administered in adequate amounts confer a health benefit to the host. Many Lactic Acid Bacteria (LAB) are proven to possess probiotic attributes and functional characteristics, including bacteria of the amended Lactobacillus genus. Hence, they are of a great biotechnological interest and have been used for the production of a plethora of fermented foodstuffs.
It is of high importance for the food industry that the probiotic strain can retain its viability and function during and after the manufacturing process. Today, microbiological techniques are mainly employed for strain identification, despite their low discrimination power. The aim of this study was to develop a molecular method for the accurate and rapid detection of the potential probiotic strain Lactiplantibacillus plantarum L125, which was isolated from fermented sausages. For this purpose, paired-end sequencing reads of the strain’s genome, obtained by a previous shotgun sequencing project carried out by our team, were used to design a strain-specific Multiplex PCR assay. First, through an in silico analysis, specific primers for unique regions of the genome of the strain L125 were designed. After that, the specificity and accuracy of the designed primers were validated in vitro. The results of this method indicate that it can be used as a simple, accurate and low-cost tool for the identification of bacteria with biotechnological interest at the strain level.58 σ
Μελέτη της προσκόλλησης του προβιοτικού στελέχους Lactobacillus paracasei Κ5 σε κύτταρα του εντέρου
No full textΒιβλιογραφία: σ. 31-33Τα προβιοτικά είναι ένας τομέας της Βιομηχανίας Τροφίμων ο οποίος αναπτύσσεται με ταχύς ρυθμούς. Ολοένα και περισσότερα τρόφιμα εμπλουτίζονται με προβιοτικούς μικροοργανισμούς και η οικονομική αξία του παραπάνω τομέα παραγωγής τροφίμων είναι ταχέως εξελισσόμενη. Ένας μικροοργανισμός για να χαρακτηριστεί προβιοτικός θα πρέπει να πληροί ένα σύνολο κριτηρίων εκ των οποίων ένα είναι η ικανότητα προσκόλλησης του στο εντερικό επιθήλιο. Στα πλαίσια αυτής της πτυχιακής εργασίας μελετήθηκε η ικανότητα προσκόλλησης του μικροοργανισμού Lactobacillus paracasei K5 σε καρκινικά κύτταρα του εντέρου. Ο Lactobacillus paracasei K5 απομονώθηκε από το τυρί φέτα και έχει επιδείξει προβιοτικό δυναμικό. Η μελέτη της προσκόλλησης πραγματοποιήθηκε μέσω μικροβιολογικών αναλύσεων αλλά και με την χρήση μικροσκοπίας φθορισμού. Τα αποτελέσματα έδειξαν πώς ο Lactobacillus paracasei K5 έχει την ικανότητα να προσκολλάται στα εντερικά κύτταρα σε ποσοστό που είναι συγκρίσιμο με ήδη μελετημένους προβιοτικούς μικροοργανισμούς.Nowadays there is a growing interest in developing foods containing probiotic microorganisms and the financial benefits of this market are rapidly increasing. A microorganism needs to fulfill a list of criteria in order to get characterized as probiotic. One of the criteria is the adhesion capacity to colonic epithelium. The aim of the present study was to investigate the adhesion ability of Lactobacillus paracasei K5 to colon cancer cells. Lactobacillus paracasei K5 was recently isolated from feta cheese and is considered as a potentially probiotic strain. To evaluate the adhesion ability, in vitro methods such as microbial analysis and live confocal fluorescent microscopy, were applied. The results showed that Lactobacillus paracasei K5 possesses considerable adhesion ability to colon cells in comparison to known probiotics strains.33 σ
Μοριακή ταυτοποίηση ενός προβιοτικού λακτοβακίλλου, απομονωμένου από αλλαντικά, με τη μέθοδο της RAPD-PCR
No full textΒιβλιογραφία : σ. 58 - 64Τα τελευταία χρόνια παρατηρείται μια ραγδαία ανάπτυξη της αγοράς νέων λειτουργικών τροφίμων τα οποία περιέχουν προβιοτικούς μικροοργανισμούς με ωφέλιμες για τον ανθρώπινο οργανισμό ιδιότητες. Ένα στέλεχος που έχει απομονωθεί από σαλάμι αέρος Λευκάδος και έχει επιδείξει σημαντικό προβιοτικό δυναμικό είναι το Lactobacillus plantarum L125. Στόχος της παρούσας μελέτης ήταν η ανάπτυξη μιας γρήγορης και αποτελεσματικής τεχνικής για την μοριακή ανίχνευση και ταυτοποίηση του συγκεκριμένου στελέχους. Για το σκοπό αυτό, εφαρμόστηκε η τεχνική της RAPD - PCR (Random Amplified Polymorphic DNA - PCR). Χρησιμοποιήθηκαν συνολικά 24 εκκινητές τυχαίας νουκλεοτιδικής αλληλουχίας. Οι εκκινητές RAPD-23 και RAPD-31 έδωσαν ένα χαρακτηριστικό πρότυπο ζωνών για το στέλεχος L. plantarum L125 σε σχέση με 10 συγγενικά στελέχη L. plantarum. Οι εν δυνάμει πολυμορφικές θέσεις που ανιχνεύτηκαν πρόκειται στη συνέχεια να επιβεβαιωθούν με αλληλούχηση, στοίχιση στο Blast και ανάλυση σε βάσεις δεδομένων, ώστε να σχεδιαστούν ειδικοί εκκινητές που θα χρησιμοποιηθούν σε μια νέα εξειδικευμένη αντίδραση PCR για την μοριακή ταυτοποίηση του εν λόγω στελέχους.Nowadays, there is a rapid growth for functional foods containing probiotic microorganisms with beneficial effects on human health. Lactobacillus plantarum L125 is a lactic acid bacteria strain that has been isolated from a traditional meat product. It has been demonstrated in vitro experiments that L. plantarum L125 displays significant probiotic potential. The aim of the present study was the development of an efficient and accurate method for the molecular identification and detection of this strain. Thus, RAPD-PCR methodology (Random Amplified Polymorphic DNA - PCR) was employed. A total of 24 random decamer primers were tested. Primers RAPD-23 and RAPD-31 resulted in a distinct polymorphic pattern for L. plantarum L125 in comparison to ten relative L. plantarum strains. The detected polymorphic sites will be further evaluated following sequencing and Blast analysis. The obtained information will be used to design specific primers for a novel highly specific PCR assay for the molecular detection of the strain of interest.64 σ
Μελέτη και αξιολόγηση του προβιοτικού δυναμικού οξυγαλακτικών βακτηρίων
No full textΒιβλιογραφία : σ. 62 - 69Τα προβιοτικά είναι μικροοργανισμοί οι οποίοι μπορούν να επιφέρουν θετικά αποτελέσματα στην υγεία του ξενιστή μετά από την κατανάλωση επαρκούς ποσότητας. Η πρόοδος της επιστημονικής έρευνας έχει φέρει στο προσκήνιο πληθώρα δεδομένων που υποδηλώνουν την πιθανή συμβολή των προβιοτικών στη διαχείριση και πρόληψη παθήσεων, όπως στο σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου. Το μικροβίωμα του εντέρου είναι ένας σημαντικός δείκτης υγείας, που επηρεάζεται από πολλούς παράγοντες, και ασκεί προστατευτική και ρυθμιστική δράση έναντι διαφόρων παθήσεων. Διαταραχές στη σύστασή του σχετίζονται με πολλές ασθένειες, όπως ο καρκίνος του παχέος εντέρου. Η παρούσα εργασία στοχεύει στην μελέτη του αντιπολλαπλασιαστικού δυναμικού μεταβολιτών του βακτηρίου Pediococcus pentosaceus SP2 στην ανθρώπινη αδενοκαρκινωματική κυτταρική σειρά παχέος εντέρου ΗΤ-29. Η μέθοδος της κλασμάτωσης που εφαρμόστηκε στοχεύει στον διαχωρισμό των μεταβολικών προϊόντων βάσει του μοριακού τους βάρους. Φάνηκε ότι η μέγιστη ελάττωση της βιωσιμότητας των HT-29 κυττάρων παρουσιάστηκε μετά από την επίδραση με μεγαλομοριακό κλάσμα. Πιο συγκεκριμένα, το κλάσμα μεταβολιτών με μοριακό βάρος >30kDa επέφερε την μεγαλύτερη μείωση της βιωσιμότητας των καρκινικών κυττάρων (66%). Βέβαια, επιπρόσθετα πειράματα με τη χρήση χρωματογραφικών τεχνικών είναι απαραίτητα προκειμένου να ταυτοποιηθεί πλήρως δομή, η λειτουργία και ο μηχανισμός δράσης των μορίων που παρουσιάζουν την αντιπολλαπλασιαστική δράση.Probiotics are microorganisms that can beget positive effects to the host's health after sufficient consumption. Scientific data suggest the possible contribution of probiotic consumption on the management and prevention of several aliments, one example being irritable bowel syndrome, thus inducing positive health outcomes. The gut microbiota is an important indicator of health, and it has a protective and regulatory effect against several diseases. Structural and functional disorders of the gut microbiota could cause many illnesses, including colon cancer. This study seeks to pinpoint the metabolic products of the bacterium Pediococcus pentosaceus SP2 that may be involved in the antiproliferative effects against colon adenocarcinoma cell line HT-29. The fractionation method applied aimed at the separation of the metabolic products based on their molecular weight. The results were that the macromolecular fraction of each experiment had the greatest effect on the survival of the HT-29 cells. The fraction of >30kDa had the largest impact, as it limited survival to 66%. However, it is important more experiments using chromatographic techniques be conducted for the structure and function of the anti-proliferative molecules to be fully identified.69 σ
Μελέτη της αντιπολλαπλασιαστικής δράσης ενός δυνητικά προβιοτικού μικροοργανισμού στην καρκινική σειρά παχέος εντέρου Caco-2
No full textΒιβλιογραφία: σ. 55-69Ως προβιοτικοί χαρακτηρίζονται οι ζωντανοί, μη παθογόνοι μικροοργανισμοί, που η επιστημονική έρευνα έχει δείξει ότι έχουν θετική επίδραση στον καταναλωτή, όταν λαμβάνονται σε κατάλληλες ποσότητες. Στην παρούσα μελέτη έγινε έλεγχος της ικανότητας ενός στελέχους Lactobacillus paracasei που απομονώθηκε από γαλακτοκομικό προϊόν, να αναστείλει την ανάπτυξη καρκινικών επιθηλιακών κυττάρων παχέος εντέρου Caco-2. Ειδικότερα, εφαρμόστηκε η τεχνική της SRB (Sulforhodamine B assay) η οποία βασίζεται στην ικανότητα της χρωστικής Sulforhodamine B να προσδένεται ηλεκτροστατικά σε κυτταρικές πρωτεΐνες επιτρέποντας με αυτόν τον τρόπο, τον προσδιορισμό της κυτταρικής πυκνότητας. Στην παρούσα πειραματική διαδικασία μελετήθηκε η αντιπολλαπλασιαστική δράση του L. paracasei, μετά από χορήγηση του θρεπτικού μέσου ανάπτυξης του σε καρκινικά κύτταρα του παχέος εντέρου. Πιο συγκεκριμένα, για τις επιδράσεις στα κύτταρα, το θρεπτικό μέσο ανάπτυξης του μικροοργανισμού χρησιμοποιήθηκε σε έξι διαφορετικές συγκεντρώσεις (αναραίωτο, 1:2, 1:4, 1:10, 1:20 και 1:50), και για τρία χρονικά διαστήματα (24, 48 και 72 ώρες). Βρέθηκε ότι η επίδραση ήταν τόσο δοσοεξαρτώμενη όσο και χρονοεξαρτώμενη. Επίδραση των καρκινικών κυττάρων για 72 ώρες με το θρεπτικό μέσο ανάπτυξης του μικροοργανισμού, προκαλούσε ως και 75% μείωση της κυτταρικής επιβίωσης. Για τον έλεγχο του κυτταρικού πολλαπλασιασμού χρησιμοποιήθηκε επίσης η δοκιμασία σχηματισμού αποικιών (colony formation assay). Στη παρούσα εργασία έγιναν επιδράσεις στα κύτταρα με το θρεπτικό μέσο ανάπτυξης του μικροοργανισμού, το οποίο χρησιμοποιήθηκε αναραίωτο και σε αραίωση 1:2. Ως δείγμα ελέγχου χρησιμοποιήθηκαν κύτταρα στα οποία δεν έγινε επίδραση με το θρεπτικό μέσο του μικροοργανισμού, αλλά μόνο με απλό θρεπτικό κυτταροκαλλιέργειας. Η επίδραση του βακτηριακού μέσου ανάπτυξης μελετήθηκε, για τρία διαφορετικά χρονικά διαστήματα (24h, 48h & 72h) και στο τέλος μετρήθηκε ο αριθμός των αποικιών, για να προσδιοριστεί το χρονικό διάστημα επώασης στο οποίο παρουσιάζεται η μεγαλύτερη μείωση στην ανάπτυξη των κυττάρων. Αυτό που βρέθηκε ήταν ότι μετά από 72h παρατηρήθηκε η μεγαλύτερη μείωση στον αριθμό των αποικιών. Τα αποτελέσματα αυτά είναι μια θετική ένδειξη για την αντιπολλαπλασιαστική δράση του στελέχους L. paracasei και μια καλή αφορμή για περεταίρω μελέτες.Probiotics are defined as live, non-pathogenic microorganisms which, when administered in adequate quantity, have a positive impact on the health of the host. In the present study we tested the ability of a Lactobacillus paracasei strain, isolated from dairy products, to inhibit the growth of epithelial colon cancer cells. In particular, our results were obtained by performing the SRB assay (Sulforhodamine B assay). This assay is based on the ability of Sulforhodamine B to bind electrostatically to cellular proteins, allowing the determination of cell density. Thus, this technique is a suitable and reliable tool to determine the cytotoxic activity of a substance under study. In this particular experimental procedure, we studied the anti-proliferative effect of L. paracasei, following the administration of the growth medium, in which the microorganism was incubated overnight (24h), in colon cancer cells. Specifically, for the identification of the effects on the cells, the growth medium of the microorganism was used in six different concentrations (undiluted, 1:2, 1:4, 1:10, 1:20 and 1:50) and three different time points (24h, 48h & 72h). It was observed that the effect was both dose-dependent and time-dependent. The results showed that the effect of the growth medium on the cancer cells after 72 hours, caused up to 75% reduction in cell survival. In addition, colony formation assay was used in order to examine the development of cancer cells. Colony formation assay enables an assessment of the differences in development between untreated cells (control) and cells that have undergone various treatments. In the present study, cells were treated with the conditioned medium of the Lactobacillus paracasei undiluted and in dilution ratio 1:2. The effect of conditioned medium was observed in three different time points (24h, 48h, 72h). Finally, the number of the colonies was counted in order to define the incubation period in which the greatest reduction in cell growth occurred. It was observed that after 72h the number of the colonies decreased significantly. These results are a positive indication of the anti-proliferative effect of the L. paracasei strain and a good motive for further studies.69 σ
Molecular detection and identification of probiotic strains using bioinformatic tools
No full textΒιβλιογραφία : σ. 56 - 68Τα προβιοτικά είναι ζωντανοί μικροοργανισμοί, οι οποίοι όταν χορηγούνται σε επαρκείς ποσότητες προσφέρουν οφέλη στην υγεία του ξενιστή τους. Οι πιο κοινοί μικροοργανισμοί που χρησιμοποιού-νται ως προβιοτικά αποτελούν τα βακτήρια γαλακτικού οξέος (LAB), τα οποία περιλαμβάνουν είδη από τις οικογένειες Lactobacillus, Bifidobacterium και Enterococcus. Τα LAB έχουν ιδιαίτερη σημασία στο χώρο της βιομηχανίας λόγω των ιδιοτήτων τους και της ευρείας χρήσης τους σε διάφορα προϊόντα. Ιδίως, τα στελέχη Lacticaseibacillus rhamnosus GG και Lacticaseibacillus casei ATCC 393 αποτελούν δύο εκτενώς μελετημένα LAB με ευρεία εφαρμογή στη βιομηχανία τροφίμων. Ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν ο σχεδιασμός στελεχο-ειδικών εκκινητών χρησιμοποιώντας μια in silico ροή ανάλυσης, για τη μοριακή ταυτοποίηση των δύο στελεχών με μια δοκιμασία πολυπλεκτικής αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (multiplex PCR). Αρχικά, συλλέχθηκαν τα πλήρη γονιδιώματα του είδους L. rhamnosus και L. casei από τη βάση δεδομένων Refseq Genome (NCBI). Ακολούθησε η στοίχιση των αναγνώσεων αλληλούχισης επόμενης γενιάς κάθε στελέχους, οι οποίες ανακτήθηκαν από τη βάση δεδομένων SRA του NCBI, στο σύνολο των γονιδιωμάτων βακτηρίων του είδους τους, χρησιμοποιώντας το εργαλείο Bowtie2. Η επιλογή των μοναδικών για κάθε στέλεχος αλληλουχιών έγινε με τη χρήση του εργαλείου εντολών SAMtools. Αυτές οι περιοχές συγκεντρώθηκαν σε συστάδες με τη βοήθεια του εργαλείου SPAdes. Έπειτα, κάθε συστάδα ελέγχθηκε για τη μοναδικότητά της στις βάσεις δεδομένων RefSeq Genome και nr (NCBI) με τη χρήση του BLASTn (NCBI). Το εργαλείο Primer-BLAST χρησιμοποιήθηκε για τον σχεδιασμό εκκινητών που στοχεύουν τις μοναδικές για τα στελέχη περιοχές των συστάδων. Μελλοντικές μελέτες θα επικεντρωθούν στην in vitro επιβεβαίωση της αποτελεσματικότητας των νέων εκκινητών σε μία δοκιμασία multiplex PCR.Probiotics are live microorganisms that, when administered in sufficient amounts, provide health benefits to their host. The most common microorganisms used as probiotics are lactic acid bacteria (LAB), which include species from the Lactobacillus, Bifidobacterium and Enterococcus families. LABs are of particular importance in industry due to their properties and their wide spread use in various products. Especially, the strains Lacticaseibacillus rhamnosus GG and Lacticaseibacillus casei ATCC 393 are two well-studied LAB with wide application in the food industry. The aim of this study was to design strain-specific primers using an in silico pipeline, for the molecular identification of the two strains by multiplex PCR assay. Initially, the complete genomes of the species L. rhamnosus and L. casei were collected from the Refseq Genome Database (NCBI). Next-generation sequencing reads of each strain, retrieved from the NCBI SRA database, were then aligned to the entire bacterial genomes of their species using Bowtie2. Strain-specific sequences were selected using the SAMtools. These regions were assembled into contigs using SPAdes. Each contig was then checked for its uniqueness in the RefSeq Genome and nr (NCBI) databases using BLASTn (NCBI). The Primer-BLAST tool was used to design primers targeting the strain-specific regions of the contigs. Future studies will focus on the in vitro validation of the new primers in a multiplex PCR assay.68 σ
- …
