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Dimer-dimer stacking interactions are important for nucleic acid binding by the archaeal chromatin protein Alba
No full textArchaea use a variety of small basic proteins to package their DNA. One of the most widespread and highly conserved is the Alba (Sso10b) protein. Alba interacts with both DNA and RNA in vitro, and we show in the present study that it binds more tightly to dsDNA (double-stranded DNA) than to either ssDNA (single-stranded DNA) or RNA. The Alba protein is dimeric in solution, and forms distinct ordered complexes with DNA that have been visualized by electron microscopy studies; these studies suggest that, on binding dsDNA, the protein forms extended helical protein fibres. An end-to-end association of consecutive Alba dimers is suggested by the presence of a dimer-dimer interface in crystal structures of Alba from several species, and by the strong conservation of the interface residues, centred on Are and Phe(60). In the present study we map perturbation of the polypeptide backbone of Alba upon binding to DNA and RNA by NMR, and demonstrate the central role of Phe(60) in forming the dimer dimer interface. Site-directed spin labelling and pulsed ESR are used to confirm that an end-to-end, dimer dimer interaction forms in the presence of dsDNA.Peer reviewe
Glassy properties and viscous slowing down: an analysis of the correlation between nonergodicity factor and fragility
No full textIsolamento e elucidação estrutural de compostos polares de Lippia alba (Miller) N. E. Brown Ex Britt. & Wils.
No full textDissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Farmácia.Estudos etnobotânicos têm demonstrado que a espécie Lippia alba (Miller) N. E. Brown Ex Britt. & Wils, família Verbenaceae, é uma das plantas mais utilizadas no Brasil, principalmente na forma de infuso. Popularmente, esta planta é conhecida como melissa, erva cidreira, erva cidreira de arbusto, entre outros. Na medicina popular é utilizada em problemas digestivos e como calmante. Esta dissertação dá sequência a uma série de trabalhos realizados anteriormente com L. alba, visando isolar e identificar substâncias oriundas da fração n-butanólica, para a qual foram relatadas atividades sedativa e anticonvulsivante. Assim, o objetivo deste trabalho é dar continuidade ao isolamento de saponinas, rever a elucidação estrutural da saponina LA3 realizada por Correa (2005), elucidar a estrutura da substância LA4. Partindo-se de um extrato hidroalcoólico das folhas do material vegetal, seguido de partição com solventes de polaridade crescente, utilizou-se a fração n-butanólica para o estudo. Após purificação das subfrações, foi possível isolar as substâncias: verbascosídeo, LA3, LA4 e uma pró-sapogenina. O verbascosídeo e a substância LA3 foram caracterizados por CCD e/ou UV. A pró-sapogenina foi obtida a partir da fração n-butanólica, submetida à cromatografia em coluna hidrostática, cromatografia líquida de alta eficiência e, finalmente, a uma hidrólise alcalina. A pró-sapogenina foi identificada como o ácido 3-O-ß-D-glicopiranosil-16a,23-diidroxi-olean-12-en-28-óico por meio de espectrometria de RMN mono e bidimensionais, além de uma hidrólise ácida. A substância LA4 foi obtida por meio de uma seqüêcia de cromatografias em colunas hidrostáticas e foi identificada como o éster glicosídico 28-O-a-L-ramnopiranosil-(1?3)-ß-D-xilopiranosil-(1?4)-a-L-ramnopiranosil-(1?3)-a-L-arabinopiranosídeo do ácido 3-O-ß-D-glicopiranosil-16-a,23-diidróxi-olean-12-en-28-óico. A estrutura da saponina LA4 foi elucidada por RMN mono e bidimensionais e espectrometria de massas. Desta forma, a espécie L. alba se mostrou fonte de glicosídeos, sobre as quais há poucos trabalhos na literatura, além de derivados do ácido caféico, tipo verbascosídeo. Ethnopharmacological studies have demonstrated that Lippia alba (Miller) N. E. Brown Ex Britt. & Wils, Verbenaceae, is one of the most widely utilized plants in Brazil, mainly in infusion form. In folk medicine it is used in the treatment of digestive disorders and as a calmant. This dissertation seeks to continue a series of experiments previously conducted with L. alba, and aims to isolate and identify substances deriving from the n-butanolic fraction, to which sedative and anticonvulsivant activities were related. Therefore, the objects of this work are: to continue to isolate L. alba saponins, to check the structural elucidation of saponin LA3 done by Correa (2005), and to elucidate the structure of the LA4 saponin. Starting with the hydroalcoholic extract from the leaves of the vegetal material, followed by partition with a higher polarity solvent, the n-butanolic fraction was used for the study. After the purification of the subfractions, the substances verbascoside, LA3, LA4 and a prosapogenin were isolated. Verbascoside and the substance LA3 were characterized via thin layer chromatography (TLC) and/or ultraviolet (UV) spectroscopy. The prosapogenin was obtained by the submission of the n-butanolic fraction to a hydrostatic chromatography column, then to high-performance liquid chromatography (HPLC) and finally to alkaline hydrolysis. The prosapogenin was identified as the 3-O-ß-D-glucopyranosyl-16a,23-dihydroxy-olean-12-en-28-oic acid and was elucidated by mono- and bidimensional nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, together with acid hydrolysis. The LA4 saponin was obtained by a sequence of hydrostatic chromatographic columns and was identified as 3-O-ß-D-glucopyranosyl-28-O-(a-L-rhamnopyranosyl-(1?3)-ß-D-xylopyranosyl-(1?4)-a-L-rhamnopyranosyl-(1?3)-a-L-arabinopyranosyl)-16a,23-dihydroxy-olean-12-en-28-oic acid. Its structural elucidation was carried out by mono- and bidimensional NMR and mass spectrometry. Thus, the L. alba species is a source of glycosides and also of caffeic acid verbascoside-type derivatives
Estudo fitoquímico da fração n-butanólica de Lippia Alba (Mill.) N. E. Br.
No full textDissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Farmácia, Florianópolis, 2005.Lippia alba é uma espécie medicinal que ocorre em todas as regiões do Brasil. Caracteriza-se pela sua ampla utilização na medicina popular, sendo utilizada, sobretudo, como tranquilizante. Trata-se de uma espécie que requer estudos científicos sobre isolamento e identificação de seus constituintes. Em estudos anteriores, a fração n-butanólica, obtida por partição do extrato hidroetanólico apresentou efeitos sedativo e anticonvulsivante. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi o estudo desta mesma fração, buscando o isolamento e a identificação de seus constituintes químicos, o acompanhamento sazonal qualitativo destas substâncias e a realização de ensaios farmacológicos (verificação da temperatura corporal e da atividade hipno-sedativa, através da indução com pentobarbital e com éter etílico). Assim, partindo-se de um extrato hidroalcoólico das folhas do material vegetal, seguido de partição com solventes de polaridade crescente, obteve-se a fração n-butanólica. Após purificação das subfrações, foi possível isolar as substâncias LA-1 (verbascosideo), LA-2, LA-3 (ácido 3 , 16 , 23 trihidroxiolean-12-en-28-óico bidesmosídico) e LA-4. Para a substância LA-2 estão sendo aguardados os espectros de RMN para sua elucidação estrutural; para a substância LA-4 deve-se primeiramente purificá-la por CLAE para que seja então igualmente elucidada. Em relação aos testes farmacológicos, não é possível afirmar que a fração n-butanólica apresenta atividade hipno-sedativa, uma vez que prolongou o tempo de sono induzido por barbitúrico (na dose de 300 mg/kg, no tempo de 1 h, v. o.) mas não potencializou o sono induzido por éter, na mesma dose e tempo anteriores; não alterou significativamente a latência do sono, inclusive no grupo diazepam; reduziu a temperatura corporal nas doses de 100 e 300 mg/kg significativamente nos tempos de 1 e 2 h, mas não é possível afirmar que seja devido a um mecanismo de ação central. Dessa forma, constatou-se que L. alba é uma espécie promissora para a obtenção de metabólitos secundários. Os constituintes químicos analisados neste trabalho puderam ser encontrados na espécie em todas as coletas realizadas, não havendo variação sazonal qualitativa. Sugere-se que estudos posteriores realizem pesquisas mais aprofundadas em relação às atividades farmacológicas da fração n-butanólica, bem como de seus constituintes químicos isolados e do infuso. Além disso, devem ser elucidadas as estruturas ainda não identificadas.Lippia alba is a medicinal plant wich is find in all regions of Brazil. This especie is largely used in the folk medicine, especially as a tranquilizer. It needs cientific studies about isolation and identification of its constituents. In previous studies, the n-butanolic fraction, obtained from a hidroalcoolic extract showed sedative and anticonvulsant effects. The objective of this work was the study of the same fraction, searching the isolation and identification from its chemical constituents, the qualitative seasonal accompaniment of this substances and the achievement from pharmacological experiments (verification of the body temperature and sedative activity, through the induction with pentobarbital and ether). Thus, from a hidroalcoolic extract of the leaves from the vegetable material, followed by partition with solvents of increasing polarity, the n-butanolic fraction was obtained. After purification of subfractions, was possible to isolate the substances LA-1 (verbascoside), LA-2, LA-3 (3 , 16 , 23 trihydroxiolean-12-en-28 oic acid bidesmosidic) and LA-4. To the elucidation of the substance LA-2, is necessary wait for the NMR spectrum; to the substance LA-4, is necessary the purification from CLAE to its elucidation. About the pharmacological trials, it is no possible to assure that the n-butanolic fraction shows sedative activity; it increased the barbiturate sleeping time (300 mg/ Kg body wt., 1 h after the treatment v.o.) but not increased the ether sleeping time, at the same previously dose and time; not modified significative the latency of the sleep, including the control group; decreased the body temperature (100 and 300 mg/ Kg wt., 1 and 2 h after the treatment v.o.) but it is no possible to say that is because a central effect. In that way, L. alba is shown as a viable source of potentially active secondary metabolites. The chemical constituents analysed in this work could be find in all assessments, so there is no qualitative seasonal variation. Posterior studies could achieve more researches about the pharmacological activities from the n-butanolic fraction and from its chemical constituents isolated and from the infusion. Furthermore, could elucidate the structures not yet identified
Estudo tecnológico, fitoquímico e biológico de Lippia alba (Miller) N. E. Brown Ex Britt. & Wils. (Falsa-Melissa) Verbenaceae
No full textDissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde. Programa de Pós-Graduação em Farmácia.O desenvolvimento de soluções extrativas visando a elaboração de fitoterápico exige um estudo multidisciplinar caracterizado pela pesquisa no campo da botânica, etnofarmacologia, fitoquímica, tecnologia e biologia. A espécie Lippia alba (Mill.) N. E. Brown ex Britt. & Wils. da família Verbenaceae, popularmente conhecida como erva-cidreira, falsa melissa e outros, é muito utilizada em todo o Brasil, principalmente como antiespasmódica, sedativa e calmante. Num extensivo levantamento bibliográfico sobre o gênero Lippia, buscou-se informações que forneçam subsídios para o planejamento dos estudos tecnológicos, fitoquímicos e biológicos, analisando-se 95 citações bibliográficas referentes a 58 binômios científicos. Os dados sobre nomenclatura botânica (e sinonímias científicas) e sobre os constituíntes químicos de espécies do gênero foram sistematizados, verificando-se a predominância de trabalhos sobre os constituintes voláteis das plantas, além daqueles sobre flavonóides que aparecem com relativa freqüência em espécies do gênero. Informações sobre iridóides, verbascosídeos, fenilpropanóides, quinonas e outras substâncias menos freqüentes também foram encontradas. Constatou-se confusão quanto à denominação científica das espécies de Lippia devido a falta de uniformidade no uso de binômios válidos, gerando um grande número de sinonímias, que podem dificultar estudos posteriores. O estudo tecnológico de soluções extrativas (SEs) hidroalcoólicas a 70, 80 e 90% obtidas por maceração (SEM) e percolação (SEP) incluiu a caracterização da matéria-prima e soluções extrativas, com o objetivo de contribuir para a otimização do processo extrativo. Os resultados confirmam as observações de trabalhos anteriores, onde o teor de resíduo seco (RS) e o teor de flavonóides totais (FT) apresentaram uma relação inversa. Os FTs para as SEs a 90% são os mais altos nas soluções analisadas. Estas soluções foram testadas frente à ação anticonvulsivante, nos modelos da convulsão induzida por pentilenotetrazol (PTZ) e eletrochoque máximo (ECM). Na análise fitoquímica de L. alba, obteve-se frações purificadas a partir do fracionamento de uma SEM80%, com o auxílio do monitoramento farmacológico. O grupo de substâncias que pode servir de marcador químico (SBN4-C) é composto de uma mistura de 4 substâncias, separadas por CLAE, necessitando ainda serem caracterizadas e identificadas. Resultados promissores foram obtidos, na análise da atividade antimicrobiana sobre S. aureus, com a SEM80% e suas frações acetato de etila e n-butanol. SEM40% e SEM80% foram testadas quanto à atividade antinociceptiva, sendo que a de 40% demonstrou melhor atividade. As preparações testadas quanto a ação anticonvulsivante foram a SEM80%, sua fração n-butanólica, subfrações originadas desta (precipitado e sobrenadante), e subfrações separadas do sobrenadante através de uma coluna de Sephadex LH-20 (SBN4-C e SBN4-D). Também foram testadas a SEM90% e SEP90%, resultantes do desenvolvimento tecnológico. A dose de 0,05 mg/Kg para a fração SBN4-C apresentou o melhor resultado no modelo de convulsão induzida por PTZ. Neste mesmo modelo, a SEM90% e a SEP90% mostraram os melhores resultados a partir da dose de 200 mg/Kg, para a maioria dos parâmetros avaliados. O modelo do PTZ foi considerado o método mais adequado para a avaliação da atividade anticonvulsivante de preparações extrativas a partir de folhas de L. alba e suas frações
Female barn owls (Tyto alba) advertise good genes
No full textThe good genes hypothesis of sexual selection postulates that ornamentation signals superior genetic quality to potential mates. Support for this hypothesis comes from studies on male ornamentation only, while it remains to be shown that female ornamentation may signal genetic quality as well. Female barn owls (Tyto alba) display more black spots on their plumage than males. The expression of this plumage trait has a genetic basis and it has been suggested that males prefer to mate with females displaying more black spots. Given the role of parasites in the evolution of sexually selected traits and of the immune system in parasite resistance, we hypothesize that the extent of female plumage `spottiness’ reflects immunological defence. We assessed the genetic variation in specific antibody production against a non-pathogenic antigen among cross-fostered nestlings and studied its covariation with the plumage spottiness of genetic parents. The magnitude of the antibody response was positively correlated with the plumage spottiness of the genetic mother but not of the genetic father. Our study thereby provides the first experimental support, to our knowledge, for the hypothesis that female ornamentation signals genetic quality.
Commerce et alimentation à Alba-la-Romaine
No full textRaphaël Marteau et Nabil Medaghri Alaoui (Projet Alba-la-Romaine) Voie d’Alba-la-romaine longeant le Forum (c) P. Fournier Alba-la-Romaine, située dans la plaine littorale à l’Ouest du Rhône, au niveau de Montélimar, fut durant la période tardo-antique une cité de droit romain. D’un rang secondaire, elle semble avoir eu, à partir du Ier siècle ap. J.-C. une certaine importance économique. Le site archéologique a été fouillé dès la première moitié du XXe siècle et plusieurs campagnes success..
La vigne à Alba : bref aperçu
No full textÉmilien Legendre et Léo Rosell (Projet Alba-la-Romaine) Feuille de vigne en bronze retrouvée à Alba-la-romaine (c) P. Fournier « On a découvert, il y a sept ans, à Alba helvia, dans la Narbonnaise, une vigne qui passe la fleur en un jour, ce qui la protège des accidents ; on la nomme carbunica et la province entière en est plantée aujourd’hui » (XIV, 43). C’est par ces mots de Pline, tirés de son Histoire naturelle, que nous apprenons que dès l’époque romaine la région était connue pour sa p..
The Anticancer Effect of Protein-Extract from Bidens Alba in Human Colorectal Carcinoma Sw480 Cells Via the Reactive Oxidative Species- and Glutathione Depletion-Dependent Apoptosis
No full textBidens alba has been used for healing cuts, injuries, swellings, hypertension, jaundice, and diabetes in some countries. However, the effect of B. alba oil human cancer remains poorly understood. The goal of this study was to investigate whether B. alba protein-extract could have an anticancer property against human colorectal cancer. The human colorectal cancer SW 480 cells treated with the protein-extract of B. alba would cause marked DNA damages and apoptosis-related cellular morphologies. Treatment with 225 mu g/ml R alba protein-extract also led to the SW480 cells to produce readily intracellular reactive oxygen species (ROS) after 1 h of treatment and last to 24 h. The intracellular glutathione (GSH) depletion occurred after 12- 24 h of treatment. The treatment of the protein-extract would also caused mitochondrial transmembrane potential ( Delta psi(m)) to decrease and cytosolic cytochrome c to increase. The caspase 3/7 activities were activated from 3 to 6 h after the treatment. The percentages of apoptosis induced by the protein-extract of R alba decreased 26.4%, 10 .1%, and 29.4% when the SW 480 cells were pretreated with Vitamin C, N-acetyleysteine, and Boc-Asp( OMe)-fmk, respectively. Taken together, we demonstrated for the first time that the protein-extract of B. alba could induce apoptosis that was related to the ROS production and GSH depletion in human colorectal cancer . The protein-extract of B. alba might have therapeutic value against the human colorectal cancer
Historia paleoecológica y modelo de idoneidad de Abies Alba Mill. en la cordillera pirenaica
No full text24 páginas, 5 figuras, 1 tabla.[ES] Presentamos una aproximación fitogeográfica de Abies alba Mill. en la vertiente española de la cordillera pirenaica, basada en “Modelos de Distribución de Especies” (MDEs) y una revisión del registro fósil paleopalinológico cuaternario más sobresaliente de los Pirineos. Articulando los resultados derivados del MDEs (perspectiva topoclimática), y una revisión del registro fósil palinológico cuaternario de los Pirineos (enfoque climático y antrópico), intentaremos realizar una interpretación histórica de la dinámica de estos bosques. El modelo presentado revela que los abetales españoles ocupan en la actualidad el 30% de su potencial geográfico óptimo y ofrece pruebas suficientes que demuestran que A. alba podría haber vivido en un gradiente altitudinal más amplio que el actual. Este trabajo sugiere el empleo de los MDEs para reforzar hipótesis acerca de la distribución cuaternaria de A. alba en la península Iberica, así como para ubicar geográficamente refugios que permitan la pervivencia a largo plazo de esta especie.[EN] A phytogeographic approach of Abies alba Mill. populations in the
Spanish side of the Pyrenees Range is provided. The methodology is based on “Species
distribution models” (SDMs) and palaeopalynological Quaternary records from
Pyrenees. Articulating the results derived from the SDMs (topo-climatic perspective),
and a review of the Quaternary fossil record (climate and anthropic approach), we try
to build a historical understanding of the dynamics of these forests. Both tools reveal
that Abies alba only occupy a small proportion of their potential distribution range
(30%) and offer geographic evidence demonstrating that these populations had a wider
altitudinal distribution in the past. We suggest the use of SDMs to reinforce
assumptions about the Quaternary distribution of the Iberian Abies alba forest, and
to locate refugia for the long-term persistence.Este trabajo se ha visto beneficiado por la financiación de los siguientes
proyectos: Programa Consolider TCP-CSD2007-00058 (Programa de
Investigación en Tecnologías para la valoración y conservación del
Patrimonio Cultural) y HAR2008-06477-C03-03/HIST (Plan Nacional de I + D
+ i, Ministerio de Educación y Ciencia).Peer reviewe
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