1,720,986 research outputs found
Going Beyond Counting First Authors in Author Co-citation Analysis
Get PDFThe present study examines one of the fundamental aspects of author co-citation analysis (ACA) - the way co-citation
counts are defined. Co-citation counting provides the data on which all subsequent statistical analyses and mappings
are based, and we compare ACA results based on two different types of co-citation counting - the traditional type that
only counts the first one among a cited work's authors on the one hand and a non-traditional type that takes into
account the first 5 authors of a cited work on the other hand. Results indicate that the picture produced through this non-traditional author co-citation counting contains more coherent author groups and is therefore considerably clearer. However, this picture represents fewer specialties in the research field being studied than that produced through the traditional first-author co-citation counting when the same number of top-ranked authors is selected and analyzed. Reasons for these effects are discussed
Investigation of snps during development of atrial fibrilation in elderly patients
No full textAtriyal fibrilasyon (AF), kardiyolojik patolojiler içerisinde en sık gözlenen aritmi tipidir. AF patogenezinde birçok faktör rol oynamaktadır. Güncel literatür bilgileri hastalığın etiyopatolojisini tam olarak aydınlatamamaktadır. Tezin amacı, 65 yaş ve üzeri olan ve AF gelişen hastalarda aday proteinlere ait tek nükleotid gen polimorfizmlerinin araştırılarak AF'nin moleküler açıdan daha iyi anlaşılmasıdır. Bu tez projesi için, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Kardiyoloji Anabilim Dalı'na başvuran ve AF tanısı alan 151 hasta ve 150 sağlıklı gönüllüden alınan kan örnekleri kullanılmıştır. Alınan kan örneklerinden total DNA izole edilmiş, real time PCR (RT-PCR) yöntemi ile belirlenen mutasyonların genotiplendirilmesi yapılmış ve sonuçlar istatistiksel açıdan değerlendirilmiştir. AF ile ilişkisi araştırılacak aday genlerin tek nükleotid polimorfizm "Single nükleotide polymorphism (SNP)" varyantları çalışılmıştır. Bunlar, SMAD3 rs138550573, IGF-1 rs202145836, MMP2 rs243865 ve GJA1 rs13216675 ve IL6R rs4845625 polimorfizmleridir. Bu çalışmada araştırılan MMP2 (rs 243865) polimorfizminde için, hasta grubu ile kontrol grubu arasında C ve T allellerinin frekanslarında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmuştur (p=0.0053). Çalışılan diğer polimorfizmlerde ise hasta ve kontrol grupları arasında genotip ve allel frekansları açısından istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilmemiştir. Elde ettiğimiz sonuçlar, MMP2 rs243865'in AF ile ilişkisini desteklemektedir. Bu sonuç, matriks metalloproteinazların yaş ve atriyal fibrilasyon arasındaki ilişkinin açıklanmasında ayrıntılı incelenmesi gereken bir faktör olabileceğini düşündürmektedir.Atrial Fibrillation (AF) is the most commonly observed type of arrhythmia among all cardiological pathologies. Several factors are involved in the pathogenesis of AF. Current knowledge existing in the literature cannot elucidate the exact etiopathology of the disease. The aim of this thesis is to investigate the single nucleotide gene polymorphisms of the candidate proteins who are over the age of 65 and who developed atrial fibrillation and thereby to have a better understanding of AF from a molecular perspective. For this thesis project, blood samples taken from 150 healthy volunteers and from 151 patients, who applied to the department of Cardiology, Ege University Medical Faculty and diagnosed with AF, were used. From the blood samples, total DNA was isolated, genotyping of the determined mutations using real time PCR (RT-PCR) was performed and the results were statistically analysed and evaluated. Single Nucleotide Polymorphism (SNP) variants of the candidate genes thought to be associated with AF were determined. These are SMAD3 rs138550573, IGF-1 rs202145836, MMP2 rs243865 and GJA1 rs13216675 and IL6R rs4845625 polymorphisms. In the MMP2 (rs 243865) polymorphism studied in this study, a statistical significance was found in C and T allele frequencies between patients and controls (p=0.0053). There are no statistically significant differences determined for genotype and allele frequencies in other polymorphisms studied. The results we obtained support the association of MMP2 rs243865 with AF. This result suggests that matrix metalloproteinases could be a factor that needs to be studied in more detail to explain the relationship between age and atrial fibrillation
Ganoderma lucidum ekstraktlarının MCF-7 meme kanseri hücre hattında miRNA profiline ve telomeraz aktivitesine etkisi
No full textGanoderma lucidum basidiomiset grubu bir fungus olup tamamlayıcı ve alternatif tıpta, özellikle Asya ülkeleri tarafından son 2 bin yıldır kullanılan, yenilebilir ve tedavi edici bir mantardır. Ganoderma lucidum ekstraktlarının kanser hücrelerine spesifik kemoterapötik etkiye sahip komponentler içerdiği bilinmektedir. Ganoderma lucidum' un meme kanseri hücreleri üzerinde antikarsinojenik etkileri olduğu daha önce yapılan çalışmalarla belirlenmiştir. Bununla beraber, G. lucidum' un antikarsinojenik etki mekanizmaları tam olarak aydınlatılamamıştır. Bu çalışmada, Ganoderma lucidum ekstraktlarının MCF-7 meme kanseri hücre hattında miRNA profiline ve telomeraz aktivitesine etkileri araştırılmıştır. MCF-7 meme kanseri hücrelerinde Ganoderma lucidum ekstraktlarının farklı dozları ve inkübasyon süreleri denenerek IC50 dozunun belirlendiği hücre kültürü denemeleri gerçekleştirilmiştir. Yapılan hücre kültürü denemelerinde en düşük dozda en etkili ekstraktın eter ekstraktı olduğu saptanmıştır (100 og/mL). Daha sonra MCF-7 hücrelerinde miRNA profil analizi ve telomeraz aktivite tayini yapılmıştır. 100 og/mL IC50 dozunda MCF-7 hücrelerinde, telomeraz aktivitesinin ekstrakt uygulanmayan hücrelere göre düşük olduğu ve miRNA ekspresyon profilinde farklılıklar bulunduğu tespit edilmiştir. G.lucidum antikanser etkileri iyi bilinen bir mantardır. G.lucidum' un kanser hücrelerini öldürücü etkilerinde miRNA' ların ve telomeraz aktivitesinin beraberce rolü olabilir. Bu etki mekanizmasının daha iyi aydınlatılması yeni kemoterapi stratejilerinin geliştirilmesi için önemli olacaktır
Investigation of the effects of GW8510 pharmacological inhibitor on in vitro pancreatic cancer model
No full textPankreas kanseri yüksek insidans ve kötü prognoz ile karakterize bir hastalıktır. Pankreas kanseri hastalarının birçoğu, hastalığın ileri evrelerine kadar asemptomik olarak kalabilmektedirler. Güncel koşullarda hastalığın etkin bir tedavisi bulunmamakta ve tedavi edilebilen hastalarda bile hayatta kalma süresinin çok kısa olduğu bilinmektedir. Yaşam süresinin bu denli kısa olduğu bilinen pankreas kanseri hastalığını tedavi etmeye yönelik yeni stratejilerin geliştirilmesinin önemli ve gerekli olduğu görülmektedir. Bu tez kapsamında yapılan ön çalışmada TCGA (The Cancer Genome Atlas- Kanser Genom Atlası) veri bankasında bulunan 176 pankreas kanseri hastasından alınan doku örneklerinden elde edilen tüm genom gen ekspresyon mikroarray verileri ve hastaların klinik bulguları değerlendirilmiştir. Bu değerlendirme sonucunda Ribonükleotid Redüktaz Alt ünite M2 proteinini kodlayan RRM2 geninin pankreas kanseri hastalarında yüksek oranda eksprese olduğunu ve bu yüksek ekspresyonun hastalarda düşük yaşam oranı ve kötü prognoz ile ilişkisinin istatistiksel olarak anlamlı olduğunu tespit edilmiştir (p= 1.62e-4). Kötü prognoz ve yüksek mortalite ile ilişkili bulunan RRM2'ye yönelik literatürde yapılan inhibitör araştırması GW8510'un RRM2 üzerinde inhibitör etkili olduğu fakat bu etkiye yönelik pankreas kanserinde hiçbir araştırma bulunmaması sebebiyle GW8510'un pankreas kanserindeki terapötik etkinliğini araştırmaya yönelik olarak bu tez projesi tasarlanmıştır. Bu amaçla, pankreas kanseri tedavisinde sıklıkla kullanılan Gemsitabin ile GW8510'in sinerjik etkinliği araştırılmıştır. Hücre canlılığı analizi WST-8 metodu ile gerçekleştirilmiş, ardından kullanılan iki kimyasal ajanın sinerjitik etki gösterdiği dozlar CompuSyn kombinasyon analiz programı ile belirlenmiştir. Apoptoz ve hücre döngüsü deneyleri akış sitometri yöntemi kullanılarak, laboratuvar ortamında oluşturulan yara iyileşme modelinin analizi ise Image-J programı ile gerçekleştirilmiştir. GW8510 ajanının RRM2 protein seviyeleri üzerine olan etkisi ise ELISA yöntemi ile belirlenmiştir. Elde ettiğimiz sonuçlar, 10 µM dozda GW8510 uygulanan PANC-1 hücrelerinde % 34 oranında hücre canlılığının inhibe olduğu göstermiştir. Kombinasyon analizi ile 10 µM GW8510 : 10 µM Gemcitabin kombinasyonunun sinerjistik etkileşim gösterdiği belirlenmiştir. Bu kombinasyon dozunun % 89.9 oranında hücrelerin migrasyonunu inhibe ettiği tespit edilmiştir. Bu tez ile GW8510 ajanının PANC-1 pankreatik karsinom hücrelerinde RRM2 protein seviyeleri üzerindeki inhibitör etkisi ilk kez gösterilmiştir. GW8510 'un RRM2 geninin inhibisyonu aracılığıyla pankreas kanseri tedavisindeki kullanım potansiyeli umut vericidir. GW8510'un pankreatik karsinom hücreleri üzerine olan sitotoksik etkinliğinde farklı metabolik yolakların olası rolünün aydınlatılması için ileri çalışmalara ihtiyaç bulunmaktadır.Pancreatic cancer is a disease characterized by high incidence and poor prognosis. Many patients with pancreatic cancer remain asymptomatic until the later stages of the disease. Currently, there is no effective treatment of the disease and it is known that survival time is very short even in patients who can be treated. It is seen that the development of new strategies to treat pancreatic cancer disease, is important and necessary. In this study, all genome gene expression microarray datas obtained from tissue samples taken from 176 pancreatic cancer patients in TCGA (The Cancer Genome Atlas) database and clinical findings of patients were evaluated. As a result of this evaluation, we showed that RRM2 gene which encodes the Ribonucleotide Reductase subunit M2 protein is highly expressed in patients with pancreatic cancer and it is statistically significant that this high expression correlates with low survival rate and poor prognosis in patients (p= 1.62e-4). In the literature review on inhibitors of RRM2, GW8510 has been found to have an inhibitory effect on RRM2 which is associated with poor prognosis and high mortality. This study was designed to investigate the therapeutic efficacy of GW8510 in pancreatic cancer since GW8510 molecule-mediated RRM2 inhibition, has not previously been shown in PANC-1 pancreatic cancer cells in the current literature. Cell viability analysis was performed by WST-8 method, and dosages in which two chemical agents show synergistic effects used in this study were determined by the CompuSyn combination analysis program. Apoptosis and cell cycle assays were performed using flow cytometry. The effect of GW8510 on the RRM2 protein levels was determined using the ELISA method. It was observed that the cell viability was inhibited 34 % in PANC-1 cells treated with 10 µM GW8510. When combination analysis was performed, it was determined that the combination of 10 µM GW8510 : 10 µM Gemcitabin showed synergistic interaction. t was found that this combination dose inhibited the migration of cells by 89.9%. In addition, the inhibitory effect of GW8510 agent on RRM2 protein levels in PANC-1 cells was shown for the first time with this thesis. The potential use of GW8510 in the treatment of pancreatic cancer through the inhibition of the RRM2 gene is promising. Further studies are needed to clarify the possible role of different metabolic pathways in the cytotoxic activity of GW8510 on pancreatic carcinoma cells
Uterus myomunda elektron transport zincirinden sorumlu genlerin ekspresyon düzeylerinin araştırılması
No full textUterus myomları, uterusunun düz kas hücrelerinden köken alan benign tümörlerdir. Yaşam kalitesini ve sağlığı şiddetli bir şekilde tehdit eden myomlar, etkilenen kadınlarda historektemi sebebidir. Pelvik ağrı, kanama, kısırlık ve cinsel verimsizlik gibi semptomlar göstermektedir. Böylece uterus myomları etkilenen kadınlarda iş, aile ve cinsel yaşamlarında sınırlılıklara neden olmaktadır. Ailesel ve epidemiyolojik çalışmalar, genetik değişikliklerin myom gelişiminde önemli bir rol oynadığına kanıt sağlar. Ancak, uterus myomlarının etki mekanizmaları tam olarak anlaşılamamıştır. Bizim çalışmamızın amacı, elektron transport zincirinden sorumlu genlerin ekspresyon profillerinin uterus myomlarında ve sağlıklı uterus düz kas dokularında araştırılmasıdır. Bu araştırma için, Ege Üniversitesi Kadın Doğum Polikliniğine başvuran, myom tanısı alan 6 olgunun uterus myom örnekleri ve komşu dokunun sağlıklı uterus düz kas örnekleri kullanılmıştır. Uterus myomunda, elektron transport zincirinden sorumlu 84 genin ekspresyon düzeyleri araştırılmıştır. Araştırmada Kantitatif Real - Time PCR yöntemi kullanılmıştır. PCR sonuçları, sağlıklı uterus düz kas dokularının ekspresyonu ile karşılaştırıldığında uterus myom olgularında genel olarak ekspresyonunun arttığı bulunmuştur. NDUFB4, NDUFS5, UQCR11 genlerinin ekspresyonları sağlıklı uterus düz kas dokularına göre uterus myom olgularında anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Bu sonuçlara göre NDUFB4, NDUFS5, UQCR11 genleri uterus myomu patolojisinde önemli bir rol oynayabilir. Yapılan bu çalışma uterus myomunun tanı ve tedavisinde kullanılabilecek yeni stratejilerin gelişimine ve ilerlemesine öncülük edecektir
Uterus srolapsusunda rolü olan bazı genlerin ekspresyonlarının western blot analizi ile doğrulanması
No full textPelvik organ prolapsusu (POP) pelvisteki organların desteklenmesinde rol oynayan bağ, kas ve sinir dokularının yapısal ve/veya fonksiyonel bozukluğu sonucu bu organların normal anatomik yerlerinden aşağıya doğru yer değiştirmeleridir. POP tüm dünyada milyonlarca kadını etkilemektedir. POP hayatı tehdit eden bir hastalık olmasa da hastaların hayat kalitelerini belirgin olarak bozmakta, iş, aile ve cinsel yaşamlarında sınırlılıklara neden olmaktadır. POP'un etiyolojisi multifaktöryeldir. Ancak predispozan faktörlere sahip her kadında POP gelişmez. POP fizyopatolojisi hala tam olarak aydınlatılamamıştır. POP'ta altta yatan nedenin bağ dokusu hastalığı olduğu düşünülmektedir. Bu sebeplerle, POP patofizyolojisinde yer alan proteinlerin belirlenmesi erken tanı ve tedavi açısından yeni ufuklar açacaktır. Tez çalışmamda, ilerlemiş POP (evre 3-4) nedeni ile opere olan hastalar ile kontrol grubu hastalara ait (evre 0-1) uterosakral ligament dokularında versikan ve CREB5 (cAMP response element binding protein 5) proteinlerinlerindeki ekspresyon değişimleri Western blot yöntemi ile araştırılmıştır. Sonuç olarak, ileri evre POP'lu hastalarda artmış versikan ve CREB5 ekspresyonları tespit edilmiştir. Bu sonuçlar, POP'un progresyonunda hasarlı bağ dokusunun tamir mekanizmalarındaki bozukluğun önemli rol oynadığını göstermektedir
Variations on the Author
Get PDF“Variations on the Author” discusses two of Eduardo Coutinho’s recent films (Um Dia na Vida, from 2010, and Últimas Conversas, posthumously released in 2015) and their contribution to the general question of documentary authorship. The director’s filmography is characterized by a consistent yet self-effacing form of authorial self-inscription: Coutinho often features as an interviewer that rather than express opinions propels discourses; an interviewer that is good at listening. This mode of self-inscription characterizes him as an author who is not expressive but who is nonetheless markedly present on the screen. In Um Dia na Vida, however, Coutinho is completely absent form the image, while Últimas Conversas, on the contrary, includes a confessional prologue that moves the director from the margins to the center of his films. This article examines the ways in which these works stand out in the filmography of a director who offers new insights into the notion of cinematic authorship
Appropriate Similarity Measures for Author Cocitation Analysis
Get PDFWe provide a number of new insights into the methodological discussion about author cocitation analysis. We first argue that the use of the Pearson correlation for measuring the similarity between authors’ cocitation profiles is not very satisfactory. We then discuss what kind of similarity measures may be used as an alternative to the Pearson correlation. We consider three similarity measures in particular. One is the well-known cosine. The other two similarity measures have not been used before in the bibliometric literature. Finally, we show by means of an example that our findings have a high practical relevance.information science;Pearson correlation;cosine;similarity measure;author cocitation analysis
Dispelling the Myths Behind First-author Citation Counts
Get PDFWe conducted a full-scale evaluative citation analysis study of scholars in the XML research field to explore just how different from each other author rankings resulting from different citation counting methods actually are, and to demonstrate the capability of emerging data and tools on the Web in supporting more realistic citation counting methods. Our results contest some common arguments for the continued
use of first-author citation counts in the evaluation of scholars, such as high correlations between author rankings by first-author citation counts and other citation
counting methods, and high costs of using more realistic citation counting methods that are not well-supported by the ISI databases. It is argued that increasingly available digital full text research papers make it possible for citation analysis studies to go beyond what the ISI databases have directly supported and to employ more
sophisticated methods
- …
