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Effects of genetic and anti-nutritional substances on performance, metabolism, feed efficiency and milk quality of lactating dairy cows
No full textIn tutto il mondo, uno degli obbiettivi dell’allevamento dei bovini da latte è produrre un elevata quantità di latte ad alta qualità, con un basso costo di produzione ed impatto ambientale, garantendo il benessere animale. Diverse razze da latte sono allevate nel mondo per produrre latte, ognuna con le proprie caratteristiche. Per decenni gli allevatori hanno selezionato i loro animali per migliorare diversi aspetti: produzione quanti-qualitativa, morfologia funzionale e salute. I diversi miglioramenti genetici hanno cambiato le capacità di adattamento e i fabbisogni della razza per la produzione di latte. Un altro importante fattore che influenza l’efficienza dell’allevamento è la presenza e controllo di sostanze anti-nutrizionali, tra le quali le più importanti sono le micotossine. Lo scopo della tesi è stato quello di investigare gli effetti di diverse razze da latte (Bruna e Frisona) e di sostanze anti-nutrizionali (micotossine da Fusarium) sulle performance, metabolismo, efficienza alimentare e qualità del latte. Il nostro studio ha riportato che le vacche di razza bruna hanno un diverso comportamento alimentare, qualità del latte, metabolismo azotato, fermentazioni ruminali e uso delle riserve rispetto alla frisona. I risultati suggeriscono che uno specifico management e nutrizione della razza bruna dovrebbe essere considerato per raggiungere le migliori performance produttive e di benessere. In aggiunta abbiamo riscontrato che le micotossine da Fusarium hanno un impatto negativo sulle performance produttive e riproduttive delle vacche da latte. Tuttavia, l’utilizzo di prodotti de-attivanti tali micotossine risultano essere in grado di mitigare tali effetti negativi.All over the world, one of the objectives of dairy cattle breeding is to produce high quantity and high-quality milk at low cost and at the same time ensuring animal welfare and guaranteeing a low environmental impact. Different dairy breeds are bred around the world to produce milk, each with specific characteristics. For many decades farmers selected their cows to improve different aspects: milk production and quality, functional morphology, and health performance. The different genetic selection plans led to different adaptations ability and changed the breed's requirements for milk production. Another very important factors that can influence the efficiency of dairy cow breeding, there is the presence and control of anti-nutritional substances, among which, most importantly, mycotoxins stand out. This thesis aims to investigate the effect of different genetic dairy breeds (Brown Swiss and Holstein) and anti-nutritional substances (i.e., Fusarium mycotoxins) on dairy performance, cow metabolism, feed efficiency and production quality. Our study reported that Brown Swiss had a different feeding behavior, milk quality performance, nitrogen metabolism, rumen fermentation and use of body reserve than Holstein. Results suggested that a specific Brown Swiss management and nutrition should be considered in Brown Swiss farms to achieve the best milk performance and high standard of welfare conditions. Moreover, we found that Fusarium mycotoxins had a negative impact on the dairy productive and reproductive performances. However, the use of some commercial mycotoxin deactivating products resulted able in mitigating many of these negative effects
Development of rapid molecular diagnostics methods for the agro-food sector
No full textL’elaborato è stato strutturato in base alle matrici analizzate. Il primo capitolo è dedicato alla caratterizzazione genetica e conseguente possibilità di utilizzo dei marcatori microsatellitari all’interno di 28 popolazioni locali di mais. L’analisi ha permesso di valutare lo stato di conservazione delle accessioni e realizzare un albero filogenetico per individuare le relazioni esistenti tra le diverse varietà. Su un numero più ridotto di materiali è stata valutata la possibilità di utilizzare i marcatori molecolari per la tracciabilità della filiera maidicola, in particolare farina destinata al consumo umano. La seconda parte mostra un esempio di tracciabilità vegetale nel caso di cacao. L’uso di marcatori molecolari hai ha permesso di identificare un profilo microsatellitare per la cultivar CCN51 (clone) permettendo di distinguerla dalla varietà “National” (popolazione) e, quindi, creare una metodologia per la certificazione delle partite costituite esclusivamente dal clone CCN51. Il terzo capitolo è dedicato alla filiera enologica e vede l’ottimizzazione di metodologie per l’estrazione del DNA da uve, mosto, mosto durante le varie fasi di fermentazione, fino al vino finito sia pre che post imbottigliamento, ottenendo DNA amplificabile lungo tutta la filiera produttiva e utilizzabile per una analisi microsatellitare permettendo di identificare le uve utilizzate con attendibilità diversa nelle varie fasi di lavorazione.The thesis is organized according to the different experiments. The first chapter focus on genetic characterisation of 28 local maize populations. The analysis assessed the conservation status of the accessions and allowed the construction of a phylogenetic tree to identify the relationships existing between the different varieties. The possibility to use a molecular marker based traceability approach was evaluated on a smaller number of maize accession. This analysis focused on maize flour for direct human consumption. The second part is an example of food traceability along the cocoa-chocolate chain. The use of molecular markers allowed the identification of the genetic of the CCN51 cultivar (clone) allowing the discrimination between CCN51 and the 'National' variety (population). The identification and traceability of “pure” CCN51 cocoa batches is possible following this approach. The third chapter focused on wine production chain with the aim of the optimisation of methodologies for DNA extraction from grapes and must during the various winemaking steps until pre and post bottling. The obtained DNA was successfully amplified and used for a microsatellite analysis allowing the identification of the grape varieties used for winemaking process
RICERCA E INNOVAZIONE NELLE IMPRESE AGRO-ALIMENTARI: L'IMPATTO DEI FONDI EUROPEI
No full textObiettivo della ricerca è quello di analizzare l’integrazione fra due importanti fondi strutturali – il Fondo europeo di sviluppo regionale (FESR) e il Fondo europeo agricolo per lo sviluppo rurale (FEASR) - al fine di definire possibili margini di miglioramento grazie ad un coordinamento tra i due strumenti di finanziamento che possono operare, in modo diverso e su fasi diverse, sulla filiera agro-alimentare. In secondo luogo, la ricerca si propone anche di elaborare e testare indicatori di efficacia della spesa, rapportandola alle principali finalità con le quali tali finanziamenti sono erogati (competitività e sostenibilità in primo luogo). La ricerca si prefigge, inoltre, l’obiettivo di individuare il livello di utilizzo dei fondi suddetti da parte delle PMI e delle GI.The aim of this research is to analize the correlation between two important structural fund – The EU Regional Development Fund (ERDF) and The EU Agricultural Fund for Rural Development (EAFRD) – to define possible margins of improvement with the coordination between these two financial instruments that can cooperate in different ways or phases of the agri-food supply chain. Secondly, the elaborate is focused on the development and test of expense indicators’ impact and efficiency, in relation with the main finalities of funding erogation (competitivity and sustainability firstly). The other research purpose is to find funds’ utilization level by SME and BE
Conversion of perennial cropping systems to arable land: keyelements for an ecologically sustainable transition
No full textLa coltivazione dei sistemi colturali poliennali su terreni marginali combina la produzione sostenibile di biomassa per diversi utilizzi a benefici di carattere ambientale come il sequestro del C atmosferico nel suolo. La limitata longevità di questi sistemi colturali (10-20 anni), fornisce la possibilità di sfruttarli come una tecnica temporanea per rigenerare la fertilità dei terreni marginali e di studiare il loro effetto nel lungo periodo sul carbonio del suolo. Con questa tesi, avevo l'obiettivo di studiare l'effetto della riconversione a coltura annuali dei sistemi agricoli poliennali sul carbonio del suolo: per raggiungere questo obiettivo, ho combinato ad una meta-analisi di letteratura sull'effetto della riconversione, con un esperimento di campo di lungo periodo, un esperimento di incubazione in laboratorio e l'uso di un modello matematico del carbonio del suolo. L'uso combinato di questi approcci mi ha permesso di mostrare il potenziale che i sistemi colturali poliennali hanno nel sostenere il sequestro del C ne suolo anche dopo la loro riconversione. Quindi i sistemi colturali poliennali sono una pratica sostenibile promettente che può essere integrata in rotazioni agricole di 13 anni sui terreni marginali del nord d'Italia per ripristinare il carbonio del suolo.The cultivation of perennial cropping systems on marginal lands combines the production of sustainable biomass for multiple uses with environmental benefits such as carbon (C) sequestration in soil. In this thesis, we studied the effect of perennial cropping system on soil C considering the scenario of perennial cropping systems reversion to arable land. The limited longevity (10-20 years) of perennial cropping systems, gives the possibility of using these crops as a temporary- option to restore soil fertility of marginal lands and to study the long-term legacy of these cropping systems on soil C. In this thesis I aimed to study the effect of perennial cropping systems reversion to arable land on soil C: to achieve this objective, I combined a literature meta-analysis on the effect of reversion of perennial cropping systems on soil C, with a long-term field experiment on perennial cropping systems, an incubation experiment and the use of a process-based soil C model. The combined use of these approaches gave me the chance to show the potential of perennial cropping systems to support C sequestration even after their reversion. Therefore, perennial cropping systems are a promising sustainable practice which could be integrated on a 13-year agricultural rotation on marginal lands of northern Italy to restore soil C
APPLICATIONS OF BIOMOLECULAR METHODS ALONG THE PDO WINES CHAIN PRODUCTION
No full textIl presente progetto di dottorato ha cercato di rispondere a questioni, esigenze e preoccupazioni riguardanti l'intera produzione della filiera vitivinicola. In particolare, si è articolato in due filoni di ricerca principali, strettamente integrati tra loro.
La prima parte ha riguardato l'applicazione dell’analisi del DNA per la tracciabilità delle produzioni vinicole di qualità, utilizzando banche dati di profili SSR per l’attribuzione varietale ad uve, mosti e vini come VIVC - Vitis International Variety Catalogue, VitisDB -Italian Vitis Database, ecc. Per consolidare il lavoro di tracciabilità, in un secondo momento, si è prestata particolare attenzione alla delicata fase di conservazione del vino, al fine di valutare per quanto tempo fosse possibile tracciare le produzioni enologiche durante la fase di pre-imbottigliamento e vino confezionato.
Mentre, la seconda parte del lavoro, ha avuto come focus l’analisi metagenomica della diversità batterica e la profilazione metabolomica di mosti (in varie fasi di lavorazione) e vini di Buttafuoco Storico prodotti, considerando diversi regimi colturali, in un'area produttiva di nicchia dell'Oltrepò Pavese.
Conoscere i meccanismi d'azione dei microrganismi coinvolti e capire come questi possano influenzare positivamente o negativamente la qualità del prodotto finito è di grande aiuto per arrivare alla bottiglia con il miglior risultato.The present doctoral project has attempted to respond to the issues, needs and concerns regarding the entire wine chain production. In particular, it consisted of two main, closely integrated research strands.
The first part dealt with the application of DNA analysis for the traceability of quality wine production by using databases of SSR profiles used as references for grapevine varietal identification as VIVC - Vitis International Variety Catalogue, VitisDB -Italian Vitis Database, etc (recognition of varieties used for wine production). To consolidate the traceability work, special attention was paid to the delicate phase of wine storage in order to assess how long it was possible to trace the productions in the case of pre-bottling stage and packaged wine.
While the second part of the work focused on metagenomic bacterial diversity and metabolomics profiling of Buttafuoco Storico musts (at various stages of processing) and wines production, considering different cultural regimes, in a niche production area of Oltrepò Pavese.
Knowing the mechanisms of action of the microorganisms involved and understanding how they can positively or negatively influence the quality of the finished product would be a great help in getting to the bottle with the best result
Hazelnut defects: characterization of causal agent and basic knowledge for disease management
No full textLe principali anomalie evidenziate nelle nocciole avariate riguardano la presenza di macchie necrotiche, imbrunimenti interni rilevati inseguito al taglio dei frutti e la presenza di marciumi parziali o totali su di essi con conseguente riduzione del prodotto disponibile sul mercato e ingenti perdite economiche.
Sulla base di quanto premesso, lo scopo principale di questa tesi è stato quello di identificare e caratterizzare l'agente causale/i dei difetti del nocciolo e di definire un protocollo di gestione del problema, secondo i principi IPM. È stata quantificata l'incidenza dei generi fungini isolati da nocciole provenienti da diverse aree geografiche (Caucaso e Turchia), raccolte in diversi anni e in diverse fasi di crescita della coltura. Diaporthe è stato identificato come il principale genere fungino associato ai difetti della nocciola, e la caratterizzazione molecolare ha confermato il ruolo predominante della specie D. eres. Sono state studiate le caratteristiche ecologiche di questo fungo e l'efficacia in vitro di fungicidi chimici e biologici per controllarne la crescita miceliale, lo sviluppo di picnidi e la formazione di cirri.
I risultati ottenuti costituiscono una base per definire linee guida per la corretta gestione della coltura al fine di prevenire la comparsa del patogeno identificato e delle difettosità nelle noccioleDefects on hazelnuts are responsible for a significant reduction in the availability of high-quality hazelnuts with profound economic impacts. A reduction in the occurrence of defects, based on the identification of causal agents and on their control, is critical to improve the quality of raw nut products and reduce yield losses. Based on this background, the main aim of this thesis was to identify and characterize the causal agent/s of kernel defects in hazelnuts and to define a management protocol, according to IPM principles.
Defects affecting hazelnuts are cause of brown spots on the kernel surface and darkening/browning inside the kernel, visible after nuts are half-cut. The incidence of fungal genera in hazelnuts coming from different geographical areas (Caucasus and Turkey), collected in different years at different crop growth stages, was quantified. Diaporthe was identified as the main genus involved in hazelnut defects, and the molecular characterization confirmed the predominant role of D. eres. Its ecological needs were investigated, and the in vitro efficacy of chemical and biological fungicide were screened to control D. eres growth, pycnidial conidiomata development and cirrhi occurrence. This would be an essential tool for a sustainable crop protection approach in this economically important cro
La disciplina europea sui Novel Foods tra innovazione e trasparenza
No full textIl rapporto tra innovazione scientifica e innovazione giuridica trova nella disciplina europea sui novel food profili peculiari correlati all’accesso al mercato di alimenti innovativi, potenzialmente idonei a contribuire al raggiungimento degli obiettivi di sostenibilità e di sicurezza alimentare come individuati, nel contesto internazionale, dall’Agenda 2030 delle Nazioni Unite e successivamente declinati, nell’ambito dell’Unione europea, dall’European Green Deal e dalla Strategia Farm to Fork. Attraverso una ricostruzione dei cambiamenti che hanno interessato la regolazione europea in materia, il lavoro di ricerca illustra e discute le problematiche che l’applicazione del Reg. (UE) 2015/2283 sugli alimenti nuovi pone nella catena alimentare, con particolare attenzione al ruolo svolto dai principi di innovazione, precauzione e trasparenza nella procedura di autorizzazione pre-market dettata dal legislatore europeo. L’analisi giuridica esplora, in particolare, le garanzie di trasparenza previste nella procedura di risk assessment, come modificata dalla riforma introdotta dal Reg. (UE) 2019/1381, interrogandosi sulla idoneità della normativa a far fronte alle sfide che la produzione e la commercializzazione di alimenti nuovi pongono nel mercato agroalimentare europeo.The relationship between scientific innovation and legal innovation finds in the European regulation on novel foods peculiar profiles related to the market access of innovative foods, potentially suitable to contribute to the achievement of sustainability and food security objectives as identified, in the international context, by the United Nations 2030 Agenda and subsequently declined, within the European Union, by the European Green Deal and the Farm to Fork Strategy. Through a reconstruction of the changes that have affected the European regulation on the subject, the research work illustrates and discusses the issues that the application of Reg. (EU) 2015/2283 on novel foods poses in the food chain, with particular attention to the role played by the principles of innovation, precaution and transparency in the pre-market authorisation procedure dictated by the European legislator. The legal analysis explores, in particular, the guarantees of transparency provided in the risk assessment procedure, as amended by the reform introduced by Reg. (EU) 2019/1381, questioning the suitability of the legislation to meet the challenges that the production and marketing of novel foods pose in the European agri-food market
CONTRIBUTION OF AGROECOLOGICAL MEASURES TOWARDS CLIMATE-SMART AND MULTIFUNCTIONAL FARMING SYSTEMS
No full textLa continua crescita della popolazione mondiale, il progressivo degradamento dei suoli e il cambiamento climatico globale sono tra le più grandi sfide per l’umanità nel prossimo futuro. Pratiche non sostenibili di gestione del suolo e delle colture in agricoltura convenzionale hanno danneggiato lo stato di salute dell’agro-ecosistema e favorito il cambiamento climatico, attraverso la mineralizzazione della sostanza organica e il rilascio di forme reattive dell’azoto nelle acque e in atmosfera. L’adozione di nuove pratiche agricole sostenibili è stata indicata come una delle strade percorribili per l’adattamento dei sistemi agricoli ai cambiamenti climatici e per ridurre l’impatto negativo sull’ambiente. L’obiettivo principale di questa tesi è quello di valutare le performance delle pratiche sostenibili e clima-intelligenti (p.e., no-till, cover crop, e sub-irrigazione) in termini di potenziale produttivo delle colture, di incremento della qualità del suolo, e di riduzione dell’impatto climatico. Dai risultati emerge come le pratiche conservative (no-till e cover crop) siano in grado di generare rese colturali paragonabili ai sistemi convenzionali, mentre i sistemi irrigui efficienti (sub-irrigazione) siano particolarmente efficaci in condizioni climatiche siccitose. Inoltre, l’introduzione di queste pratiche agricole sostenibili ha consentito di preservare la qualità del suolo aumentandone il contenuto di azoto e carbonio e, allo stesso tempo, riducendo l’impatto climatico grazie al minor rilascio di nutrienti nell’ambiente.Growing population, land degradation and climate change are significant threats to food security and human development. Conventional intensive farming is usually associated with soil quality depletion and environment pollution, through soil organic matter mineralization as carbon dioxide (CO2) and nitrogen release as reactive forms to atmosphere and water, thus promoting global climate change.
The adoption of sustainable agroecosystems management is key for adapting to climate change while increasing soil quality and lowering agricultural impact on global warming. The main objective of this thesis is to evaluate the performances of climate-smart practices (i.e., no-till, cover crops, and subsurface drip irrigation) in terms of crop yield potential, soil quality increase and reduced impact on climate change. We concluded that conservation practices (no-till and cover crops) may ensure comparable crop yields to conventional system while high-efficient micro-irrigation systems (subsurface drip irrigation) are particularly effective under dry climate conditions. Moreover, such sustainable farming practices may (i) positively affect soil quality by enhancing carbon and nitrogen content into the soil, as well as (ii) reduce agricultural impact on climate change by lowering the release of nutrients to the environment
AN INTEGRATED APPROACH TO ENHANCE SUSTAINABILITY, TECHNOLOGY AND QUALITY IN COFFEE ROASTING COMPANIES
No full textQuesta ricerca ha fornito nuovi strumenti e strategie per migliorare la sostenibilità nel settore della tostatura del caffè. Il progetto di tesi ha adottato un approccio multidisciplinare che ha incluso l'adozione di tecnologie innovative e la realizzazione di indagini sulla qualità, con un focus specifico sulla tostatura del caffè. Considerata l'importanza dell'Italia come Paese consumatore ed esportatore di caffè, la fase iniziale dello studio ha valutato le performance di sostenibilità di un campione di torrefattori, rivelando un livello di responsabilità generalmente basso. Per migliorare la trasparenza e la tracciabilità, è stata condotta una revisione della letteratura ed è stato presentato un caso studio su un torrefattore italiano per valutare il potenziale della tecnologia blockchain (BCT). I risultati hanno evidenziato che l'adozione della BCT varia tra i diversi segmenti di qualità del caffè (convenzionale, premium e specialty) in termini di profondità della tracciabilità, tipo di blockchain e coinvolgimento degli stakeholder. Pertanto, è essenziale sviluppare strategie personalizzate basate sulla tecnologia BCT per ottimizzarne il valore per i diversi segmenti di mercato. Questo studio ha anche esaminato l'efficienza energetica della tostatura del caffè e ha proposto l'applicazione della BCT per la registrazione di dati relativi alla sostenibilità ambientale. Gli esperimenti condotti su C. canephora a tostatura media ottenuta con diverse tempistiche hanno permesso di confrontare i livelli di acrilammide, gli attributi sensoriali e i profili metabolomici e volatilomici. La tostatura più veloce è stata caratterizzata da un minor consumo energetico, livelli di acrilammide conformi e caratteristiche sensoriali favorevoli. Questo lavoro ha sottolineato l'importanza di integrare la sostenibilità nelle pratiche di tostatura del caffè, promuovendo una maggiore responsabilità aziendale, l'adozione di nuove tecnologie e l'ottimizzazione dei processi di tostatura. Inoltre, ha posto le basi per la realizzazione di una guida tecnica alla sostenibilità per il settore del caffè.This research aimed to provide new insights and strategies to enhance sustainability in the coffee roasting sector. A multidisciplinary approach was adopted, encompassing technology implementation and quality investigations, with a focus on coffee roasting. Given the importance of Italy as a major coffee consumer and exporter, the initial phase of the study assessed the sustainability performance of a panel of roasters, revealing a generally low level of commitment. To enhance transparency and traceability, a comprehensive literature review and a case study of an Italian roaster were conducted to evaluate the potential of blockchain technology (BCT). The findings indicated that BCT implementation varied across coffee quality segments (conventional, premium, and specialty) in terms of traceability depth, blockchain type, and stakeholder involvement. Therefore, customised BCT strategies are essential to optimise its value for different market segments. This study also examined energy efficiency in coffee roasting, proposing the application of BCT for environmental sustainability accounting. Experiments involving C. canephora roasted at a medium degree through different speeds enabled the comparison of acrylamide levels, sensory attributes, and metabolomic and volatilomic profiles. Fast roasting resulted in lower energy consumption, compliant acrylamide levels, and favourable sensory characteristics. This research underscored the importance of integrating sustainability into coffee roasting practices through improved corporate responsibility, digital technologies, and optimized roasting processes, and laid the groundwork for a technical sustainability guide for the coffee sector
MODELLING THE ARCHITECTURE OF CORYLUS AVELLANA AND PARAMETRIZATION OF THE FUNCIONAL STRUCTURAL PLANT MODEL L-HAZELNUT
No full textI modelli funzionali-strutturali (FSPM) hanno la particolarità di unire due sotto modelli: uno riproducente l’architettura della pianta e l’altro la sua fisiologia in interazione con l’ambiente. Il nocciolo (Corylus avellana) è una pianta da frutto coltivata e apprezzata a livello globale per la qualità nutritiva dei suoi frutti. Due sperimenti sono stati programmati per investigare l’architettura di questa specie nella varietà “Tonda di Giffoni”. Il primo mirava a studiare la struttura dei germogli di un anno in tre diverse tesi: piante auto radicate di due età differenti (sei o 35 anni) e piante di sei anni innestate (su Corylus colurna). Il secondo esperimento ha analizzato le ramificazioni del nocciolo e la tipologia di gemme presenti su germogli di un anno in due anni consecutivi. Grazie a queste osservazioni e alle analisi esplorative è stato possibile disegnare un diagramma di flusso che consentisse la modellizzazione dei passaggi che contribuiscono alla costruzione dell’architettura dell’albero di nocciolo. Tre esperimenti sono stati studiati per indagare alcuni aspetti fisiologici di C. avellana. Il primo mirava a determinare l’effetto dell’accumulo dei carboidrati sulla fotosintesi; il secondo a comprendere come i cambiamenti di temperatura e del tasso di crescita relativo (RGR) avessero un impatto sulla respirazione di foglie, frutti e germogli; il terzo aveva l’obiettivo di studiare se ci fosse acclimatamento nelle foglie di nocciolo e quali potessero essere i fattori più significativi da includere in un modello della respirazione.Functional-structural plant models (FSPMs) have the peculiarity of coupling two different sub-models: one reproducing the architectural part of the tree or crop and the other simulating its physiology, in interaction with the environment. Hazelnut (Corylus avellana) is a tree nut crop that is widely cultivated and appreciated all over the world for its nutrient and edible fruits. Two experiments were settled to explore the architecture of C.avellana “Tonda di Giffoni”: The first one aimed to investigate one-year-old shoot structures, in three different treatments: own-rooted plants at two ages (either six or 35 years old) or grafted plants (on Corylus colurna seedlings) that were six years old. The second experiment aimed to analyse, over two successive years, hazelnut architectural development and bud fate pattern. From the base to the shoot tip, the number and fates of buds at each node were recorded. Based on direct observations and exploratory analyses that led to the definition of a flow diagram, we modelled the steps that lead to the construction of hazelnut tree architecture. Three experiments were settled to study some physiological processes of C.avellana: The first one aimed to determine the effect of carbohydrates in limiting photosynthesis; the second experiment aimed to investigate how changes in temperature and relative growth rate (RGR) impact dark respiration in leaves, stems and fruits of hazelnut. The third experiment aimed: 1) to notice if there was a variation in Rd that could be due to acclimation and/or organ growth; 2) which was the type of acclimation, and 3) which are the most significant factors to be included in a model of Rd
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