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Régulateurs transcriptionnels chez les archées hyperthermophiles et leurs virus (analyse moléculaire, fonctionnelle et génétique)
Get PDFChez les Archaea, tous les processus informationnels, transcription incluse, sont effectués par des protéines proches de celles des Eukarya. Alors que la machinerie transcriptionnelle des archées a été bien caractérisée structurellement et fonctionnellement, très peu d'informations sont disponibles sur la régulation de son activité. En travaillant à la fois avec des modèles cellulaires (crénarchée hyperthermophile Sulfolobus islandicus) et viraux, nous avons pu réaliser une étude approfondie de trois régulateurs transcriptionnels et mieux comprendre les mécanismes de régulation transcriptionnelle chez les archées. Au cours de cette thèse, deux régulateurs viraux, SvtR et AFV1p06, et un régulateur cellulaire, Sta1, ont été étudiés. Concernant SvtR, codé par le virus SIRV1 qui infecte S. islandicus, nous avons poursuivi la recherche précédente, qui avait permis de déterminer sa structure et sa fonction, en nous focalisant sur la caractérisation de l'ensemble de ses cibles dans le génome viral et sur l'étude de son mécanisme d'action. Pour cela, la séquence du site consensus reconnu par SvtR a été établie à l'aide de la mutagénèse systématique d'un de ses sites déjà caractérisés. Ce site est présent dans les promoteurs de dix gènes de SIRV1 montrant que SvtR pourrait réguler l'activité de plus de 20% des gènes viraux. Ses cibles incluent tous les gènes codant pour les protéines de la capside virale. L'analyse fonctionnelle réalisée sur une partie des sites de liaison de SvtR a permis de démontrer qu'il s'agit d'un régulateur polyvalent agissant, selon la cible, en tant que activateur ou répresseur transcriptionnel. En prenant comme modèle le promoteur du gène gp30, nous avons pu démontrer par plusieurs approches que la régulation de ce promoteur inclut la polymérisation de la protéine depuis son site de liaison principal jusqu à la TATA-box du promoteur. Il s agit d un mécanisme de régulation de transcription à distance original et inédit chez les archées. La structure de l autre régulateur viral étudié, AFV1p06, codé par le virus AFV1 qui infecte Acidianus hospitalis, révèle la présence au sein de cette protéine d un domaine en doigt de zinc C2H2, considéré jusqu à présent comme spécifique des eucaryotes. Nous avons démontré la capacité d AFV1p06 à se lier à l ADN avec une préférence pour les régions riches en GC. AFV1p06 est la première DNA binding protéine d archées de ce type caractérisée in vitro. Le troisième régulateur transcriptionnel, Sta1, est codé par le génome des Sulfolobales. Il est capable d activer la transcription de gènes viraux, ainsi que du gène chromosomique radA en réponse à un dommage à l ADN. Pour comprendre son rôle dans la cellule, nous avons tenté de réaliser, sans succès, un mutant knock-out du gène sta1 de S. islandicus RYE15A, ce qui indique que le gène sta1 serait un gène essentiel. L étude de l interaction hôte-virus sur le modèle S. islandicus LAL14/1 est un des sujets principaux de notre laboratoire. Le séquençage du génome de cette souche a ouvert la voie pour établir un système génétique. Plusieurs mutants KO de LAL14/1 (pyrEF-; CRISPR1) ont été construits. L impossibilité d inactiver un autre gène candidat, topR2, codant pour une réverse gyrase, indique qu il s agit d un gène essentiel. La construction du mutant CRISPR1 est la première étape pour obtenir un dérivé de LAL14/1 dépourvu de système CRISPR, un mutant très utile pour mieux comprendre l implication des CRISPRs dans le phénotype de résistance de LA14/1 au virus SIRV1 et leur rôle chez les archées en général. L ensemble des résultats de cette thèse contribue à la meilleure compréhension du fonctionnement moléculaire chez les archées et leurs virus.In Archaea cells all information processes, including transcription, are performed by the Eukarya-like proteins. While the transcriptional machinery of archaea has been well characterized structurally and functionally, very few information concerning the regulation of its activity is available. By working with both cell (crenarchaeota Sulfolobus islandicus) and viral models, we have performed an in-depth study of three transcriptional regulators: two viral regulators, SvtR and AFV1p06, and a cell regulator Sta1. The obtained results allow to better understand the mechanisms of transcriptional regulation in archaea. Concerning the protein SvtR encoded by the virus SIRV1 that infects S. islandicus, we continued the research project that had identified its structure and function. We were focused on identification and characterization of all of SvtR targets in the viral genome and on the study of the mechanisms of regulation. For this purpose, we established the sequence of consensus site recognized by SvtR using systematic mutagenesis of one of its previously characterized binding sites. This site is present in the promoters of 10 genes meaning that SvtR may regulate the activity of more than 20% of SIRV1 genes. Its targets include all known genes encoding proteins of the viral capsid. Functional analysis of SvtR has demonstrated that, according to the target, this protein is a versatile regulator acting as transcriptional activator or repressor. Taking as a model the gp30 gene promoter, we demonstrated by several approaches that regulation of this promoter includes the polymerization of the protein from its primary binding site towards the TATA-box. Such a mechanism of transcriptional regulation is new in archaea. Second, we performed a structural analysis of the protein AFV1p06 encoded by the virus AFV1 which infects Acidianus hospitalis. The structural analysis of AFV1p06 revealed the presence of a C2H2 zinc finger domain regarded hitherto as specific to eukaryotes. We demonstrated that AFV1p06 has ability to bind specifically to DNA sequences rich in GC. AFV1p06 is the first archaeal DNA binding protein with zinc finger domain characterized in vitro. The third transcriptional regulator, Sta1 is encoded by the genome of Sulfolobales. The protein RadA is able to activate the transcription of viral as well as chromosomal genes in response to DNA damage. To understand its role in the cell, we attempted, without success, to knockout the sta1 gene in S. islandicus RYE15A. This result indicates that the sta1 gene is probably essential. The strain S. islandicus LAL14 /1 is a model strain to study host-virus interaction in archaea. The sequencing of the genome of this strain opened the way to establish a genetic system for this model and allowed us to construct knockout mutants for several LAL14/1 genes (pyrEF-; CRISPR1). Our unsuccessful attempts to inactivate topR2, another candidate gene encoding reverse gyrase indicate that topR2 function could be essential. The construction of the CRISPR1 mutant opens the way to obtain a derivative of LAL14/1 entirely lacking the CRISPR system. Such a mutant will be very useful for the future studies of function and role of CRISPRs in archaea in general but also will allow to verify the hypothesis of involvement of CRISPRs in the phenotype of resistance of LA14/1 to SIRV1. All the results of this thesis contribute to an improved understanding of molecular mechanisms in archaeal cells and their viruses.PARIS-JUSSIEU-Bib.électronique (751059901) / SudocSudocFranceF
Place des blocs allogéniques dans les greffes préimplantaires
No full textLa perte du volume osseux est inévitable après une extraction et cette résorption augmente au fil du temps. Or le volume doit être suffisant pour la pose d implant, d où l intérêt des greffes osseuses. Nombreux auteurs considèrent l autogreffe comme le protocole idéal. Elles ont un grand recul, une incorporation rapide et ne sont pas concernées par la transmission d antigènes. Cependant, elles ont des risques et des inconvénients qui sont au centre des discussions (morbidité, complications lors des prélèvements, résorption non prévisible et volume limité). La recherche s est donc tournée vers différentes alternatives dont les allogreffes qui proviennent d une même espèce. Cependant, quelle place a cette technique dans les greffes préimplantaires ? La revue bibliographique réalisée ne permet pas une conclusion définitive. Les allogreffes sont illimitées et standardisées et évitent les sites secondaires. Cependant elles restent fragiles et sont dépendantes aux caractéristiques du site receveur. Leur réglementation et traçabilité sont lourdes, elles sont chères et le risque de transmission n est pas complètement exclu. Elles sont praticien-dépendant et plus sensibles à l infection ; il faut donc une technique opératoire méticuleuse. Il ne semble pas avoir de différence pour le taux de survie implantaire et du greffon, et l incorporation du greffon semble satisfaisante même si les délais de cicatrisation sont encore flous. L allogreffe pourra donc être une technique d avenir qui pourra alléger les chirurgies en termes de suites opératoires pour le patient. Il faut encore attendre le recul nécessaire pour pouvoir conclure.The volume of bone loss is inevitable after the extraction and resorption over time increases. However, the volume must be sufficient for implant placement, hence the importance of bone grafts. Many authors consider the autograft as the ideal protocol. It is reproductible, it has got a rapid incorporation and are not affected by the transmission of antigens. However, they have risks and disadavantages that are in focus (mordibidity, complications, unpredictable resorption and limited volume). So alternatives are researched like allografts which come from the same species. But, what place has this technique in bone grafts before implants ? The literature review does not allow a definitive conclusion. Allografts are unlimited and standardized andavoid secondary sites. But, they remain fragile and dependent of the characteristics of the recipient site. Regulation and traceability are binding, they are expensive and the risk of transmission is not completely excluded. They are practitioner-dependent and more susceptible to infection, and therefore requires a meticulous surgical technique. There seems to be no difference in the rate of implant survival and graft, and incorporation of the graft appears to be satisfactotry even if the time of healing are still unclear. The allograft may be a promising technique that can reduce surgery in terms of postoperative for the patient. We have to wait the necessary perspective to conclude.BORDEAUX1-Bib.electronique (335229901) / SudocSudocFranceF
Recherche d'informations médicales sur l'internet par les patients et les médecins généralistes (représentations croisées et influence sur la relation)
No full textÉtudier l'utilisation de l'Internet comme outil de recherche d'informations médicales par les patients et les médecins. Analyser les représentations croisées des patients et des médecins. En déduire l'influence exercée sur la relation médecin-patient. Étude qualitative à partir de quatorze entretiens de patients et quatre Focus groups de médecins généralistes de la région Rhône-Alpes. Les représentations du patient et du médecin entrent souvent en résonance, notamment en ce qui concerne la qualité de l'information sur Internet, la difficulté à s'y retrouver et le caractère anxiogène du contenu. Les patients insistent sur le rôle irremplaçable des médecins, qui ne se sentent pas menacés par l'Internet, mais réagissent souvent mal à l'évocation des recherches. Le comportement de remise en cause du médecin par le patient est limité, le médecin étant le destinataire d'une grande confiance. La relation médecin-patient reste asymétrique, le patient surestimant les compétences biomédicales et informationnelles du médecin. Internet apparaît parfois comme un intrus perturbant le raisonnement médical et déséquilibrant la relation. Il est le support d'une connaissance étendue pour le patient. L'intégration des recherches Internet favorise un dialogue enrichi où le patient devient majeur, et le médecin le partenaire d'une prise de décision partagée. Parler des recherches Internet et les intégrer à la consultation paraît nécessaire pour un partenariat médecin-patient de qualité. Bien que le patient s'émancipe, la relation reste asymétrique et le médecin ne peut se dédouaner de la responsabilité de la décision, conservant un rôle de guideLYON1-BU Santé (693882101) / SudocSudocFranceF
L' influence des nouvelles technologies de l information et de la communication sur l automédication
No full textMONTPELLIER-BU Pharmacie (341722105) / SudocSudocFranceF
L' impact des oligo-éléments essentiels en thérapeutique humaine
No full textAIX-MARSEILLE2-BU Pharmacie (130552105) / SudocSudocFranceF
Propulsion biomimétique de structures élastiques
No full textPARIS7-Bibliothèque centrale (751132105) / SudocSudocFranceF
Propriétés physiques et acoustiques de nanoparticules de fluorocarbures.
No full textDans cette thèse, des propriétés acoustiques et physiques de suspensions nanométriques ont été étudiées afin de fournir des éléments importants permettant leurs modifications en vue d'application théragnostique. Deux types de suspensions ont été considérées: des gouttelettes fluorocarbonées stabilisées par une capsule soit polymérique (PLGA, PLGA-PEG), soit composé d'un tensioactif semifluoré (FTAC). La préparation des particules polymériques ont déjà été développés. Nous avons donc commencé par l'étude des facteurs influant sur le diamètre moyen, la distribution en taille, et le comportement temporel de gouttelettes stabilisées par du FTAC. Les paramètres mécaniques durant l'émulsification ainsi que la longueur des FTAC ont été optimisé pour obtenir les gouttelettes les plus petites possibles (~200 nm de diamètre) et qui restent principalement nanométriques pendant plusieurs semaines. De plus, une caractérisation des tensioactifs a été menée. Pour les applications envisagées, il fallait améliorer notre connaissance des mécanismes d'interactions entre ultrasons et particules en suspension. La propagation ultrasonore à travers des suspensions diluées a étudiée sur une large gamme de fréquences (3-90 MHz) et fut associée au développement d'un modèle analytique. Le modèle a ajusté correctement nos résultats sur les particules polymériques et des paramètres difficilement mesurables de la coque ont été déduit : épaisseur, vitesse du son, coefficient de cisaillement et fréquence de relaxation. Un tel modèle permet donc de fournir des éléments indispensables permettant de savoir quels paramètres physico-chimiques il faut modifier afin de les optimiser.In this thesis, acoustical and other physical properties of soft submicron suspensions were investigated in order to provide invaluable clues for their adaptation in theragnostic applications. Two types of dispersions were studied: fluorocarbon droplets stabilised with a polymeric (PLGA, PLGA-PEG) shell or a semifluorinated surfactant (called FTAC) shell. Since preparation of polymeric particles had been already developed, we first studied factors affecting mean diameter, size distribution, and coarsening of emulsions made of FTAC stabilising droplets of various fluorocarbons. Mechanical parameters used for emulsion synthesis and surfactants length were optimised to get the smallest droplets (~200 nm in diameter) that stay mainly submicrometric for several weeks. In addition, a full characterisation of surfactant properties was conducted. Next, for ultrasonic theragnostic purpose, it was necessary to improve our understanding in the mechanisms underlying interactions between ultrasonic waves and particles of a suspension. To do so, ultrasound propagation studies through dilute suspensions were carried out in a large frequency range (3-90 MHz) with subsequent modelling. The model could fit with a good accuracy our experimental data on polymeric particles and reveals information about unknown parameters of the shell: the geometrical parameters (shell thickness) and the viscoelastic parameters of the shell (speed of sound, shear moduli at infinite and zero frequencies, and the relaxation frequency). Therefore, such a model provides the required feedback for tuning the physicochemical parameters of nanoparticles in order to optimize their design.PARIS-JUSSIEU-Bib.électronique (751059901) / SudocSudocFranceF
Obésité et pathologies chroniques associées
No full textAIX-MARSEILLE2-BU Pharmacie (130552105) / SudocSudocFranceF
Physiologie de la reproduction chez la femme (traitements hormonaux associés et conseils à l'officine)
No full textAIX-MARSEILLE2-BU Pharmacie (130552105) / SudocSudocFranceF
Dépistages des cancers gynécologiques en médecine générale - Variabilité des pratiques de soins
No full textActuellement les gynécologues sont en France les professionnels de santé les plus impliqués dans le dépistage des cancers gynécologiques, mais les généralistes, qui voient l ensemble de la population, sont les mieux placés pour dispenser des soins préventifs à tous et de façon équitable.Ce travail visait à comprendre la variabilité des pratiques de dépistage des cancers gynécologiques (par le frottis cervico-utérin et la mammographie) chez les femmes consultant en médecine générale, en fonction notamment de la position sociale des patientes et de l organisation du cabinet de leur médecin.Il s intègre dans une étude menée en 2005-06 sur les principaux soins préventifs destinés aux adultes des deux sexes. Sur une période de deux semaines, toutes les patientes de 50 à 69 ans de 59 généralistes franciliens tirés au sort (taux de participation des généralistes : 39 %) ont été incluses au fil des consultations. Les données ont été recueillies auprès des patients par téléphone et auprès des médecins en face-à-face à leur cabinet. L essentiel des analyses a été réalisé avec des modèles logistiques mixtes à intercept aléatoire pour tenir compte de la structure hiérarchique des données.Au total, 66,7 % des patients éligibles (n=4106) ont participé à l étude, sans différence selon le sexe des patients.Même parmi des femmes utilisant le système de santé, on observe des inégalités sociales, mais uniquement concernant le frottis (n=858). Un gradient de dépistage défavorable au bas de la hiérarchie sociale existe pour la profession (indice relatif d inégalité = 2,3), le niveau d études (IRI = 2,0) et les revenus (IRI = 3,0). L analyse des contributions à ces gradients de diverses dimensions de la position sociale (logement, quartier, richesse du foyer, statut vis-à-vis de l emploi, relations sociales et assurance santé) montre que la richesse du foyer, les caractéristiques du quartier et le type d assurance santé expliquent entre 20 et 60 % de ces inégalités.L investissement des généralistes dans le dépistage semble restreint comme en témoignent les taux de renseignement d une date de dernier frottis ou de dernière mammographie dans les dossiers médicaux (23 % pour le cancer du col utérin et 38 pour le cancer du sein). Les praticiens semblent mieux renseigner les dossiers des patientes du bas de la hiérarchie professionnelle et les dossiers des femmes dont ils savent qu elles ne sont pas suivies par un gynécologue.L organisation des consultations apparaît centrale dans notre enquête. La participation des patients à l étude était meilleure parmi les médecins proposant des consultations sur rendez-vous (OR = 2,12 pour les patients hommes et 3,38 pour les femmes). Cette organisation jouerait aussi sur les pratiques de soins : les médecins ayant des consultations plus courtes s impliquent moins dans le dépistage du cancer du sein (n=898, OR = 0,65). Ces aspects organisationnels permettent d expliquer environ un quart de la variabilité des pratiques entre les médecins.Ces résultats devraient inciter les généralistes à investir davantage les dépistages des cancers gynécologiques et peut-être à opérer des changements organisationnels. Ce travail, au croisement de la recherche en médecine générale et de l épidémiologie sociale, a fait émerger une réflexion sur l analyse de données provenant de patients suivis sur le long cours par des professionnels de santé. Il ouvre aussi des perspectives sur la mise en place d interventions pour réduire les inégalités sociales observées dans les patientèles.Currently gynecologists are the healthcare professionals most involved in screening for gynecologic cancers in France, but general practitioners, who see the entire population, are best placed to provide preventive care equitably and to all.The aim of this work was to understand the variability in practices of screening for gynecologic cancers (by Pap smears and mammography) among women seeing general practitioners, especially as a function of the patient's social position and the organization of their doctor's office.It was included as part of a study conducted in 2005-06 of the principal types of preventive care for adults of both sexes. Over a two-week period, this study included all consecutive patients aged 50-69 years seen by 59 randomly drawn general practitioners in the Paris metropolitan region (participation rate of general practitioners: 39%). Data were collected from the patients by telephone and from the physicians in face-to-face interviews in their office. Most of the analyses were performed with mixed logistic models with a random intercept to take the hierarchical structural of the data into account.Overall, 66.7% of the eligible patients (n=4106) participated in the study; this rate did not differ by sex.Social inequalities were observed even among women who use the health-care system, but only for the Pap smear (n=858). A gradient with screening lowest at the bottom of the social hierarchy was observed for occupation (relative index of inequality = 2.3), educational level (RII = 2.0), and income (RII = 3.0). Analysis of the contributions to these gradients of diverse dimensions of social position (housing, neighborhood, household wealth, employment status, social relations, and health insurance) showed that household wealth, neighborhood characteristics, and type of health insurance explain between 20 and 60% of these inequalities.General practitioners' investment in screening seems limited, as shown by the rates of information in the medical files about the date of the last Pap smear (23%) or the last mammography (38%). Physicians appear to keep this information better for women at the bottom of the occupational hierarchy and women whom they know are not seeing a gynecologist.The organization of doctors' consultations appeared central in our survey. Patient participation in this study was best among the physicians who offered appointments for consultations (OR = 2.12 for male patients and 3.38 for the women). This organization also appeared to play a role in care practices: physicians with shorter consultations were less involved in screening for breast cancer (n=898, OR = 0.65). These organizational aspects explained approximately a quarter of the variability of practices between physicians.These results should encourage general practitioners to spend more time in screening for gynecologic cancers and perhaps to modify the organization of their practice. This study, at the intersection between research in general practice and in social epidemiology, leads to a discussion about the different strategies for analysis of data from patients followed over the long-term by healthcare professionals. It also opens up perspectives for interventions to reduce social inequalities in patient lists.PARIS11-SCD-Bib. électronique (914719901) / SudocSudocFranceF