National Library of Finland DSpace Services
Not a member yet
86391 research outputs found
Sort by
Tietoisku: Tilannekatsaus kestävyys- ja vastuullisuustyöhön Finnassa
Get PDFFinnassa on selvitetty palvelun kestävyys- ja vastuullisuustyön olennaisimpia teemoja yhdessä aineistoja tarjoavien organisaatioiden ja käyttäjien kanssa. Tässä esityksessä kerrotaan, miten Finna tukee jo nyt monia kestävän kehityksen tavoitteita ja millaiset teemat ovat nousseet esiin tärkeimpinä edistettävinä asioina. Esityksessä kerrotaan myös Finnan käyttäjäkyselyn 2023 tuloksista: mitkä vastuullisuuden osa-alueet ovat olennaisimpia Finnan käyttäjille
“Spindeln i nätet” : Ambulerande speciallärare inom småbarnspedagogik och deras uppfattning om sin arbetsroll vid stödåtgärder
Get PDFAmbulerande speciallärare inom småbarnspedagogik har en mångfacetterad roll. Sedan lag om småbarnspedagogik (540/2018) trädde i kraft år 2018 samt genomgick en reform år 2022, har speciallärarens roll och ansvar genomgått en förändring. Ökade krav och en konstant förändring i arbetsmiljön påverkar arbetet. Arbetsbördan varierar mycket bland speciallärarna och bristen på tydliga riktlinjer skapar utmaningar då det kommer till att definiera arbetsrollen. Ett av de områden där oklarheter kring speciallärarens roll kan uppstå är inom de tre nivåerna av stöd.
Speciallärare är en del i ett mångprofessionellt samarbete. Det finns ett gemensamt ansvar mellan speciallärare och annan personal inom småbarnspedagogiken att ge barn i behov av stöd de stödåtgärder de har rätt till, vilket backas upp av både lagar och styrdokument. Dock fungerar detta inte alltid i praktiken.
Syftet med denna studie är att undersöka hur ambulerande speciallärare inom småbarnspedagogik upplever sin roll och sitt ansvar inom småbarnspedagogik och förskola. Utgående från syftet har två forskningsfrågor formulerats:
1. Hur upplever ambulerande speciallärare inom småbarnspedagogik sin roll och sitt ansvar vid förverkligande av stöd inom småbarnspedagogik och förskola?
2. Vilka utmaningar upplever ambulerande speciallärare inom småbarnspedagogik att det finns då det kommer till mångprofessionellt samarbete?
Avhandlingen är en kvalitativ studie som baserar sig på data från fyra fokusgruppintervjuer med ambulerande speciallärare inom småbarnspedagogik våren 2021. Tematisk analys har använts för att få fram olika teman som svarar på forskningsfrågorna.
Resultatet visar att speciallärarna upplever att deras arbete formas av kontexten, som till exempel barngruppens storlek och behovet av stöd i gruppen. De upplever sig också fungera som handledare och stöd för personal inom småbarnspedagogik. Speciallärarna upplever sig också ha en nätverkande och sammanförande roll mellan personal, föräldrar, terapeuter och andra personer inom det mångprofessionella samarbetet. Det mångprofessionella samarbetet upplevs också i vissa fall som utmanande.
Studiens slutsats visar på att speciallärarna har en mångfacetterad och oklar roll som förändrats över tid. Arbetet kan se mycket olika ut beroende på kontextuella faktorer så som antal grupper, antal barn i behov av stöd samt personalens attityd, arbetserfarenhet och kunskap. Det finns även en förväntning på att specialläraren bör fungera som spindeln i nätet inom det mångprofessionella arbetet
On the development of the ECOWAS Court of Justice into a sub-regional human rights body and its particular implications for women’s rights in West Africa
Get PDFWest African women are entitled to seek relief for their human rights violations by means of two parallel African systems for the protection of human rights, the African system at the regional level, and the ECOWAS system at the sub-regional level. The combination of broad interpretation and application of human rights instruments, direct individual access and accessibility without the need to exhaust local remedies explains why the ECOWAS system is more frequently resorted to than the African system when it comes to filing complaints for alleged human rights violations in West Africa.
Among the human rights instruments that the ECOWAS Court is mandated to interpret and apply, some are more reflective of the particular protection needs of women, e.g. CEDAW, and others of the specific cultural context of sub-Saharan Africa, e.g. the African Charter. Yet, one instrument stands out as the most comprehensive one in terms of legal protection of women placed in the particular cultural context of sub-Saharan Africa, namely the Maputo Protocol. It does so by upholding an intersectional approach in the wording and substance of the rights contained in it. On one hand, it is sensitive to the specific needs of women throughout the document. On the other hand, it places the protection of women’s rights in their cultural context. In doing so, it offers a less contentious alternative to e.g. CEDAW, which has been claimed to perpetuate a cultural hegemony reflecting Western values. With specific regard to gender-based violence, the Maputo Protocol offers extensive and progressive protection running as a golden thread throughout the document.
Yet, the application of the Maputo Protocol by the ECOWAS Court appears to be inconsistent in cases concerning gender-based violence against women, as the Court seems to give application priority to indeed relevant, yet more general instruments, such as CEDAW and the African Charter. This is problematic because it increases the risk of inadequate, or at least not as adequate, protection in future cases pertaining to West African women’s human rights. Furthermore, the inconsistent application of the Maputo Protocol by the ECOWAS Court limits its visibility and potential as well as its solidification as the primary choice of application as long as African women are concerned, at least in West Africa.
The aim of this thesis is to study whether and how the development of the ECOWAS Court into a human rights body has impacted the protection of women’s rights in West Africa. More specifically, it seeks to illustrate the role of the Maputo Protocol in protecting the rights of African women as compared to other relevant human rights instruments, as well as the potential repercussions on the protection of women’s rights in West Africa of the way in which the ECOWAS Court has applied the Protocol
Hur påverkar sedimentation och reducerat ljus tillväxten hos Chara tomentosa?
Get PDFGrunda skyddade vikar är viktiga habitat för en mångfald av organismer och bidrar med viktiga ekosystemtjänster. Dessa habitater är hotade av både mänsklig aktivitet, som båttrafik och muddring som orsakar återsuspension. Kransalgen rödsträfse (Chara tomentosa L. 1753) kan i dessa skyddade miljöer vara den dominerande undervattensvegetationen och bilda ett viktigt habitat som bidrar med föda och skydd åt fiskar, evertebrater och andra organismer. Kransalger har även visats minska mängden växtplankton och binda sediment genom att minska på vattenströmmar, vilket bidrar till att minska på grumligheten i kustvattnen. Under grumliga förhållanden har rödsträfse visats växa sig lång och smal på bekostnad av strukturell styrka. Denna avhandling undersöker hur den kombinerade effekten av sedimentation och en reduktion i tillgängligt ljus kan påverka tillväxten och den strukturella komplexiteten, antal förgreningar, hos rödsträfse genom akvarieexperiment. Experimentet bestod av tre olika ljusstyrkor motsvarande 1,5 m, 2 m och 3 m djup i relativt klart vatten, <1 Nephelometric Turbidity Units (NTU). Varje ljusstyrka hade tre akvarier som tilldelades sedimentationsbehandling och tre akvarier som agerade kontrollbehandlingar utan sedimentation. Reduktionen av tillgängligt ljus förväntades påverka tillväxten samt den strukturella komplexiteten negativt. Sedimentation i kombination med reducerad ljustillgång förväntades förstärka den negativa effekten på tillväxt och komplexitet. Resultaten visade att sedimentation i kombination med ljusstyrka hade en inverkan på tillväxten, men att tillväxten var högre i sedimentationsbehandlingen. Den tydligaste skillnaden mellan kontroll- och sedimentationsbehandling fanns i den starkaste ljusstyrkan medan skillnaden avtog med minskande ljusstyrka. Komplexiteten hos rödsträfse visade ingen skillnad inom och mellan de olika ljusstyrkorna eller sedimentationsbehandling. Från resultaten kan det tolkas att bestånd av rödsträfse är mer utsatta av återsuspension och sedimentering orsakad av småbåtstrafik och muddring vid deras vanligaste djuputbredning ner till 1,5 m djup och påverkan av sedimentering på tillväxten avtar med ett ökande djup.Shallow sheltered bays are important habitats for many organisms and provide important ecosystem services. These habitats are threatened by human activities, like recreational boating and dredging that cause resuspension. The charophyte coral stonewort (Chara tomentosa L. 1753) can often be the dominating species of underwater vegetation in these shallow sheltered habitats. Here they provide shelter and food for fish, invertebrates, and other organisms. Charophytes has been shown to reduce the number of phytoplankton and binds the sediment by reducing current velocity, in this way charophytes reduce the turbidity in coastal waters. Coral stonewort has been shown to grow long and thin in turbid water at the cost of structural strength. This thesis examines how the combined effect of sedimentation, and a reduction of available light affects the growth and structural complexity, number of branchlets, of coral stonewort through aquarium experiments. The experiment was comprised of three different light levels equivalent to 1.5 m, 2 m, and 3 m depth in relatively clear water, <1 Nephelometric Turbidity Units (NTU). Every light level had three aquariums that got sedimentation treatments and three aquariums that acted as control treatments. The reduction of available light was hypothesised to reduce growth and structural complexity. Sedimentation in combination with reduced light availability were hypothesised to increase the negative effect on growth and structural complexity. The results showed that sedimentation in combination with light availability had an impact on growth, where growth was higher amongst the samples in the sedimentation treatments. The clearest difference was found in the brightest treatment and the difference in growth was reduced with a reduction of brightness. The complexity of coral stonewort showed no difference in and between the different light levels and the sedimentation treatment. From the results it can be interpreted that resuspension from small boat traffic and dredging have their greatest impact on the growth of coral stonewort at their most common depth distribution down to 1.5 m depth and that the effect of sedimentation on growth is reduced with increasing depth
Det komplexa välbefinnandet : En studie av individuella och kontextuella förklaringar till subjektivt välbefinnande i Europa
Get PDFSubjektivt välbefinnande är ett komplext fenomen som inte bara omfattar individers subjektiva upplevelser, värderingar och tankar om sitt liv, utan som även kan anses omfatta yttre faktorer och delområden i en individs liv som bygger upp grunder för välmående och funktionsförmåga. Den komparativa välfärdsforskningen strävar till att urskilja faktorer som inverkar på välbefinnande i olika länder eller regioner och det finns ett utbrett samhälleligt intresse för att förstå vilka faktorer som påverkar detta fenomen.
Syftet med denna avhandling i socialpolitik, som samtidigt utgör en avhandling i socialt arbete, är att studera subjektivt välbefinnande som fenomen samt att redogöra för individuella och kontextuella förklaringar som påverkar detta i Europa. Som indikatorer för subjektivt välbefinnande i avhandlingens kvantitativa analys används variablerna livstillfredsställelse, lycka och subjektiv hälsa. Indikatorerna används för att förstå välbefinnande och dess olika dimensioner. Vidare undersöks hur välbefinnandet varierar mellan olika välfärdsstatsregimer samt vilka variabler som på individnivå förklarar eventuella skillnader i det subjektiva välbefinnandet. I avhandlingen används The European Social Surveys data från år 2018 (Rond 9) för att studera välbefinnande som fenomen.
Resultaten visar att subjektivt välbefinnande byggs upp av faktorer både på individuell- och samhällelig nivå. Individuella faktorer såsom sociala kontakter, trygghetskänsla, ekonomisk stabilitet och utbildning inverkar positivt på välbefinnande även om sambandens styrka kan variera beroende på vilken indikator för subjektivt välbefinnande som analyseras. Ytterligare kan i avhandlingen urskiljas att välfärdsstatsregimtillhörighet också inverkar på välbefinnande. Vidare kan välbefinnande konstateras vara ett så pass mångdimensionellt fenomen att det inte finns enstaka definitioner för vad som bygger upp begreppet som helhet. Därav är det mycket svårt att mäta välbefinnande och dylika fenomen som subjektivt välbefinnande bör därför mätas multidimensionellt
Onlineundervisning som möjlighet för ett utvidgat utbud av främmande språk i finlandssvenska gymnasier
No full textIn dieser Arbeit wird der Online-Unterricht als Möglichkeit für die Erweiterung des Fremdsprachenangebots in finnlandschwedischen Gymnasien untersucht. Durch eine Befragung der Schuldirektor*innen in finnlandschwedischen Gymnasien wird festgestellt, dass es regionale Unterschiede beim Fremdsprachenangebot gibt, und deswegen Maßnahmen erforderlich sind, um allen Gymnasialstudierenden gleiche Möglichkeiten bieten zu können.
Wegen des abnehmenden Interesses an Fremdsprachen gibt es aber nicht in einzelnen Gymnasien die Ressourcen und Möglichkeiten, Unterricht in mehreren Fremdsprachen zu veranstalten. Deswegen werden Zusammenarbeiten zwischen finnlandschwedischen Gymnasien in dieser Arbeit als eine mögliche Lösung untersucht. Studierende aus verschiedenen Orten könnten dann im Online-Unterricht teilnehmen und auch eine größere Auswahl haben. Solche Zusammenarbeiten gibt es schon zwischen finnlandschwedischen Gymnasien, mit „Vi7“ und „GNet“, aber sie könnten in größerem Ausmaß auch für den Fremdsprachenunterricht genutzt werden.
In dieser Arbeit wird bisherige Forschung zum Thema Online-Unterricht analysiert, um einen Vorschlag dafür, wie so eine Lösung im Kontext der finnlandschwedischen Gymnasien aussehen könnte, vorlegen zu können. Laut der Literatur wäre ein Modell, in welchem synchrones und asynchrones Lernen gemischt werden, ideal. Für die Aufrechterhaltung der Lernmotivation sind die zwei Aspekte Autonomie und Interaktion, besonders im Online-Unterricht, entscheidend, und sie müssen im Unterricht geübt und implementiert werden. Dazu müssen auch technische Aspekte, sowie digitale Kompetenz und die Angemessenheit und Anwenderfreundlichkeit der Hardware und Software beachtet werden.
Im finnischen Lehrplan werden sowohl digitale Lehrmilieus als auch Zusammenarbeiten mit anderen Ausbildungsinstitutionen als Möglichkeiten für die Erweiterung des Unterrichtsangebots beschrieben. Dazu werden vielseitige Sprachstudien und Gleichheit im Unterricht betont. Davon ausgehend, und in Anbetracht der bisherigen Forschung, die keine bedeutenden Nachteile beim Online-Unterricht gefunden hat, kann die Idee des Online-Unterrichts durch Zusammenarbeiten zwischen Gymnasien für die Erweiterung des Fremdsprachenangebots als erforderlich und zulässig betrachtet werden. Weil in dieser Arbeit nur die pädagogischen, und nicht die organisatorischen, Aspekte beachtet werden, sind Überlegungen dazu, wie der Vorschlag in der Praxis funktionieren könnte, nötig
Selvitys Pohjois-Pohjanmaan ELY-keskuksen toimivalta-alueen pääpysäkeistä
Get PDFRaportti on osa selvitystä Pohjois-Pohjanmaan elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskuksen (jäljempänä ELY-keskus) toimivalta-alueen pääpysäkeistä. Selvityksen tavoitteena oli tunnistaa ELY-keskuksen joukkoliikenteen toimivalta-alueen pääpysäkit, luokitella pysäkit ja määrittää niiden palvelutasotavoitteet. Tavoitteena oli myös kannustaa kuntia pysäkkien yhteiseen kehittämiseen jo työn aikana samoin kuin sen jälkeen. Työ aloitettiin toukokuussa 2022 ja se valmistui maaliskuussa 2023.
Suunnittelualueena työssä oli ELY-keskuksen toimivalta-alue, yhteensä 30 kuntaa. Pohjois-Pohjanmaan ELY-keskus järjestää tieliikenteen toimivaltaisena viranomaisena joukkoliikennepalveluita toimivalta-alueellaan, johon kuuluvat Pohjois-Pohjanmaan ja Kainuun maakuntien kunnat lukuun ottamatta Oulun ja Kajaanin kaupunkien toimivalta-alueille kuuluvia kuntia. Oulun kaupungin toimivalta-alueeseen kuuluvat Iin, Kempeleen, Limingan, Lumi-joen, Muhoksen ja Tyrnävän kunnat sekä Oulun kaupunki. Kajaani on tieliikenteen toimivaltainen viranomainen omalla alueellaan.
Työ jakautui neljään päävaiheeseen: pääpysäkkien tunnistaminen, pysäkkien luokittelu, palvelutasotavoitteiden määrittely ja pysäkkien kehittämistoimenpiteiden kokoaminen. Työ tehtiin vuorovaikutuksessa kuntien ja alueella toimivien liikenteenharjoittajien kanssa. Työn aluksi kuntien edustajille ja liikenteenharjoittajille kohdistettiin kyselytutkimus, jonka tarkoituksena oli kerätä tietoa vastaajien tärkeiksi kokemista pysäkeistä ja niiden kehittämistarpeista. Syyskuussa 2022 järjestettiin kuntien edustajille etätyöpaja, jossa tarkennettiin pääpysäkkien ja niiden kehittämistarpeiden määrittelyä ja kerättiin tietoa eri pysäkkiluokissa tarvittavasta palvelutasosta. Syksyn 2022 ai-kana järjestettiin myös kuntakohtaiset palaverit 14 kunnan kanssa. Palavereissa neuvoteltiin tarkemmin kunnan pääpysäkeistä, yleensä kunnan keskuspysäkin sijainnista.
Työn tulokset on koottu tähän raporttiin ja pysäkkikortteihin, joissa on esitetty kunkin pääpysäkin nykytila, palvelu-tasotavoitteet ja kehittämistoimenpiteet. Lisäksi pääpysäkeistä ja niiden luokittelusta on koottu erillinen Excel-taulukko ja paikkatietoaineisto. Aineistoja voi tiedustella ELY-keskukselta.ei tietoa saavutettavuudest
Fermat's Last Theorem
No full textI den här pro gradu-avhandlingen presenteras Fermats sista sats, som är en sats inom talteori. Enligt satsen finns det inte några positiva heltalslösningar till a^n + b^n = c^n då n > 2. Satsen är uppkallad efter Pierre de Fermat, som cirka 1637 påstod att han hade bevisat denna sats. Hans bevis publicerades inte, och är inte heller bevarat. Flera matematiker försökte under påföljande århundraden bevisa satsen. Många av dem bevisade viktiga resultat, till exempel gjorde Sophie Germain en hel del framsteg. Några av dessa resultat presenteras. Satsen bevisades slutligen av Andrew Wiles 1995.
I den här pro gradu-avhandlingen bevisas satsen för n = 3 och n = 4. Några andra satser som underlättar beviset av själva satsen bevisas, och några relaterade ekvationer presenteras. Satsen bevisas inte i sin helhet i denna avhandling, men Andrew Wiles bevis presenteras i mycket stora drag. Slutligen presenteras en tillämpning av satsen
Assessing accuracy of machine learning-based protein structure prediction model with molecular dynamics stabilization simulations
Get PDFMed dagens teknik är det möjligt att syntetiskt skapa material med önskade egenskaper. Kärnan i den här avhandlingen är digital design av material. Med hjälp av bioteknik är det möjligt att bygga godtyckliga proteiner med önskad aminosyrauppsättning. För forskningsvärlden är det önskvärt att kunna förutsäga hur ett slumpmässigt utvalt protein kommer att vika sig samt skapa nya syntetiska proteiner med valfri tredimensionell struktur. Målet med avhandlingen är att testa noggrannheten hos en AlphaFold-ekvivalent maskininlärningsmodell på syntetiskt konstruerade ideala tandemupprepningsproteiner genom att köra dem genom molekylärdynamiksimuleringar i Gromacs.
Det har länge varit känt att strukturen är kritisk för att ett protein ska kunna fungera som det ska, men det finns ännu mycket som behöver utvecklas för att förstå sambandet mellan sekvens, struktur och funktion. Databaserade beräkningsverktyg behövs som stöd för materialutveckling, eftersom det finns oändligt många kombinationer av aminosyror och det är omöjligt att experimentellt undersöka dem alla. Maskininlärningstekniker är snabbare och mer kostnadseffektiva. Maskininlärningsmodellen kan också föreslå nya sekvenser som inte har testats. Mitt arbete undersöker stabiliteten hos de strukturer som har förutspåtts, vilket senare kan användas som data tillbaka till maskininlärningsmodellen.
År 2020 vann DeepMind Technologies överlägset med AlphaFold2, vilket var ett stort steg för maskininlärningsbaserad förutsägelse av proteinstrukturer. DeepMind tävlade först med AlphaFold1 i CASP13, men AlphaFold2 var en betydande uppgradering. Strukturerna för proteinerna i proteindatabanken PDB bestäms experimentellt med röntgenkristallografi, kärnmagnetisk resonansspektroskopi eller elektronmikroskopi. AlphaFold tränades att hitta mönster bland dessa proteiner och kunde inte ha gjorts utan existerande experimentella data. AlphaFold är bättre på att förutsäga sidokedjor och letar även efter evolutionära kopplingar till proteinerna i sina förutsägelser.
Maskininlärningsalgoritmer matas med befintliga data och använder de för att hitta mönster och förutsäga resultat för godtyckliga indata, dvs. ju mer kända data maskininlärningsmodellen har, desto bättre kommer förutsägelserna att bli. Maskininlärningsmodeller minskar mänskliga påverkningar, vilket kan leda till nya upptäckter. En nackdel med maskininlärningsmodeller är att de förlitar sig på bekanta data, vilket innebär att det alltid finns en möjlighet att indata är för obekanta för att maskininlärningsmodellen ska kunna bearbeta dem.
AlphaFold har bidragit till att lägga till förutspådda strukturer för det mänskliga proteomet och andra organiska proteiner. Den höga noggrannheten hos AlphaFold baseras på lokal atomprecision med låg standardavvikelse. När man undersöker närmare, uppvisade även dessa dåligt förutspådda regioner. Studier visar att AlphaFold endast kan förutsäga 40 % av det mänskliga proteomet med ett högt konfidensintervall.
Studier visar att AlphaFold-modellen har svårigheter att förutsäga delar som kan bilda alternativa konformationer samt förhållandet mellan olika domäner. Det finns forskning som tyder på att komplettering av experimentell information, t.ex. elektrondensitetskartor och avstånd mellan sidokedjor, ökar prediktionsnoggrannheten. En densitetskarta kan skapas med kristallografiska data från PDB och jämföras med en densitetskarta som erhålls genom att itererade AlphaFold-predicerade strukturerna. Jämförelserna visar att proteiner som ansetts ha en korrekt struktur i många fall består av felaktigt förutsagda domänorienteringar på global nivå och fel i ryggrad och sidokedjor på lokal nivå.
Maskininlärningsmodellen som strukturstabilitetsanalyserna baseras på är jämförbar med AlphaFold. Dessa maskininlärningsförutsägelser är användbara för att förutsäga den initiala strukturen, baserat på dihedriska vinklar, men har fortfarande stora avvikelser jämfört med experimentellt bestämda strukturer och kan för närvarande inte ersätta experiment. Resultaten av denna avhandling visar att de flesta av de maskininlärning förutsagda strukturerna som undersöktes inte är stabila under molekyldynamiksimuleringar.
Gromacs är ett simuleringsprogram för molekylär dynamik som är användbart vid undersökningen av proteinstabilisering. Simuleringarna är baserade på peptider som består av upprepade aminosyraenheter. De ursprungliga peptiderna var 210–300 aminosyror långa. På grund av den stora beräkningsbelastningen reducerades peptiderna initialt till kortare sekvenser för att få en förståelse för deras beteende.
Oönskat beteende i MD-simuleringarna innebär att ML-modellen misslyckas med att förutsäga proteinstrukturen korrekt. Ett sätt att bestämma framgången med maskininlärningsförutsägelsen är att titta på icke-fysiskt beteende i proteinerna. Problem under simuleringarna uppstod huvudsakligen av överlappande atomer. Istället för att utesluta dessa proteiner helt och hållet tillämpades ett extra steg i simuleringen för att separera atomerna från varandra. Dessa steg kan vara användbara i inlärningen av maskininlärningsmodellen. De korrigerade strukturerna är initialt icke-fysikaliska, men kan hjälpa till att justera maskininlärningsmodellen mot mer exakta förutsägelser och ge information om oönskat beteende. Upptäckterna i denna avhandling tyder på att det finns utrymme för förbättringar i ML-modellen. Även om strukturerna överlag är väl förutspådda, kan experimentella data hjälpa till att justera proteinet på en mer detaljerad nivå. När en region är fixerad korrigeras även resten av proteinet, vilket utnyttjas i en iterativ korrigeringsprocess.The ability to synthetically create materials with desired properties has been greatly enhanced by advances in biotechnology. One important application of biotechnology is the design of synthetic proteins with the ability to fold in any confguration and predict their folding in advance. However, the connection between sequence, structure, and function is not yet fully understood, and there are endless combinations of amino acids that cannot be experimentally examined. Therefore, computational tools such as machine learning techniques are needed to guide material development.
This thesis evaluates the accuracy of machine learning-based protein structure predictions by subjecting the predicted structures to molecular dynamics simulations using Gromacs software. The focus of the study is on synthetically constructed perfect tandem repeat proteins, and the goal is to test the stability of the predicted structures. The RMSD metric, often used to compare the structural similarity of proteins during molecular dynamics simulations, has limitations in its interpretation. To address this, a new measure of structural similarity called ρsc is proposed and used to assess the stability of the proteins.
The results of the simulations show that many of the proteins generated by the machine learning model are unstable, with signifcant conformational changes observed. This suggests that the current model may not accurately predict the stability of all proteins. The predicted proteins also contained nonphysical structures with overlapping atoms. The study highlights the importance of combining machine learning approaches with other computational approaches to improve the accuracy of protein structure prediction.
In conclusion, this study provides insights into the limitations of current machine learning models for protein structure prediction, and suggests the need for further research to better understand the underlying reasons for the observed instability. These findings could lead to improvements in protein design and prediction, ultimately leading to the creation of more advanced and functional materials with desired properties