Repozytorium UW
Not a member yet
2396 research outputs found
Sort by
Studying the influence of substrates structure on the course and selectivity of alkene and alkyne metathesis
No full textMetateza alkenów jaki i alkinów jest wysoce użytecznym narzędziem syntetycznym, ponieważ otrzymywane są w niej związki zawierające wiązania wielokrotne, które mogą być poddane kolejnym transformacjom prowadzącym do złożonych cząsteczek niejednokrotnie trudnych do uzyskania innymi metodami. Jednak zakres stosowalności metatezy krzyżowej jest ograniczony przez brak skutecznych metod kontroli selektywności tej reakcji. Dlatego opracowanie metod selektywnego prowadzenia metatezy krzyżowej stanowiło główny cel niniejszej rozprawy.
Etapy pracy obejmowały:
a) syntezę substratów do łączenia - pochodnych propynylobenzenu,
b) łączenie substratów z łącznikiem przez grupy funkcyjne – w wyniku którego uzyskałam pochodne meta i para,
c) łączenie substratów z łącznikiem poprzez utworzenie wiązania Si-C – w wyniku którego uzyskałam pochodne orto,
d) testowanie związków w metatezie alkinów,
e) obliczenia kwantowo-chemiczne,
f) syntezę pochodnych disiloksanowych i testowanie ich w metatezie alkenów.
Przeprowadzone badania, doprowadziły do opracowania przeze mnie struktur trzech różnych łączników, które zastosowałam w syntezie ośmiu różnych związków. Jeden z zaproponowanych łączników okazał się być użytecznym narzędziem w syntezie kombretastatyny A4. Możliwe są modyfikacje łącznika, które pozwolą na dostosowanie jego budowy do struktury innych substratów, które mają być poddane makrocyklizacji.
Prowadząc reakcję metatezy zaobserwowałam, że miejsce przyłączenia łącznika w pierścieniu cząsteczki ma wpływ na jej reaktywność. W żadnym z zaproponowanych przypadków nie dochodziło do degradacji łącznika na etapie metatezy, co świadczy o właściwym doborze łączników do warunków reakcji. Sukcesem zakończyła się próba usunięcia po przeprowadzeniu reakcji metatezy jednego z łączników z cząsteczki. Okazało się, że zaproponowane połączenie jest na tyle labilne, że na etapie modyfikacji postmetatetycznych (podczas reakcji uwadarniania) ulega samorzutnemu usunięciu z cząsteczki.
Badania teoretyczne doprowadziły do uzyskania informacji o strukturze przestrzennej i energii wybranych związków - zawierających i nie zawierających łączników silanowych. Pozwoliły również na ustalenie optymalnej długości łańcucha dla związków łączonych w różnych pozycjach.
Zaproponowany łącznik można z powodzeniem stosować do łączenia substratów zarówno poprzez wiązania krzem-tlen jak i krzem-węgiel, a wnioski płynące z obliczeń teoretycznych stosować do optymalizacji jego długości w zależności od struktury stosowanych substratów.Both olefin and alkyne metathesis reactions constitute as very useful synthetic tools for the synthesis of compounds containing multiple bonds, which can be further transformed to highly complex molecules, that are often difficult to obtain by other methods. However, their applicability is limited by the lack of effective methods to control the selectivity of cross-metathesis reactions. Therefore, the development of selective cross-metathesis has constituted to be the main goal of this research, and included:
a) the synthesis of substrates for linking – propynylbenzene derivatives
b) linking substrates with linkers through functional groups, which has led to forming meta and para derivatives
c) linking substrates with linkers by the formation of the carbon-silicon bond, resulting in forming orto derivatives
d) testing compounds in alkyne metathesis reaction,
e) quantum chemical calculations,
f) synthesis of disiloxane derivatives and the investigation of their applicability within olefin metathesis.
The conducted studies have led to the development of three different linkers, subsequently used in the synthesis of eight different compounds. One of the proposed linkers can be useful in the synthesis of Combretastatine A4. It is also possible to tailor the structure of linkers, so they can be adapted to the structure of substrates which shall be macrocyclized.
Investigation of the metathesis reaction has revealed that the position of the linker in the molecule ring affects its reactivity. All linkers have been stable under the reaction condition, which confirms the proper choice of the latter with regard to the reaction conditions. Additionally, one of the linkers has been also successfully removed from the molecule after the metathesis reaction. This shows that the proposed linker is labile enough for the spontaneous removal from the molecule at the postmetathetical stage.
Theoretical studies have allowed for a deeper insight into the structure and energy of selected compounds, with and without silane linkers. They have also allowed to determine the optimal chain length for compounds linked at different positions.
The proposed linker can be successfully used for connecting substrates both by silicon-oxygen and silicon-carbon bonds. Moreover, the conclusions driven from theoretical calculations can be used to optimize the length of linker, depending on the structure of the used substrates
Synthesis of 1 α,25-dihydroxyvitamin D3 analogues with D ring modifcations
No full textHistoria odkrycia związku, który dziś nazywamy kalcytriolem, lub bardziej
systematycznie, 1,25-dihydroksywitaminą D3, sięga XVIII wieku. Wtedy to, w Anglii
miała miejsce tzw. rewolucja przemysłowa. Był to złożony proces społecznoekonomiczny,
podczas którego ludność masowo migrowała do miast by pracować w
powstałych tam fabrykach. Specyficzny klimat, duże zadymienie oraz dieta oparta
głównie na produktach mącznych, spowodowały masowe wystąpienie krzywicy u
dzieci. Badania na temat przyczyny tak wysokiej zachorowalności doprowadziły do
odkrycia witaminy D3. Jak się później okazało, jest to prekursor aktywnej biologicznie
formy, jaką jest kalcytriol. Związek ten jest nazywany hormonem witaminowym ze
względu na sposób działania i mnogość funkcji, jakie spełnia w organizmie. Do
głównych można zaliczyć kontrolę homeostazy wapniowo-fosforanowej i
przeciwdziałanie chorobom autoimmunologicznym, takim jak łuszczyca. Coraz
częściej jednak jest również podkreślana znaczna rola kalcytriolu w odporności oraz
przeciwdziałaniu zmianom nowotworowym. Nic więc dziwnego, że wiele zespołów
naukowych skupionych w ośrodkach akademickich, jak i firmach farmaceutycznych,
zajęło się syntezą pochodnych witaminy D3 oraz kalcytriolu. Poszukiwano i
poszukuje się nadal związków posiadających unikalny profil biologiczny,
charakteryzujący się selektywnym i/lub wzmocnionym działaniem terapeutycznym.
Analizując doniesienia literaturowe na temat analogów 1,25-dihydroksywitaminy
D3, można zauważyć, że tylko nieliczne z nich dotyczą związków z modyfikacjami
steroidowego pierścienia D. Postanowiłem zatem skupić sięna poszerzeniu wiedzy
na temat możliwości syntez pochodnych kalcytriolu, charakteryzujących się takimi
strukturalnymi modyfikacjami.
Jako pierwszy cel syntetyczny obrałem analog z aromatycznym, sześcioczłonowym
pierścieniem D. Związek ten posiadał ponadto zmodyfikowany układ podwójnych
wiązań. Tak więc, typowy układ trienowy zamieniłem na dienowy, który nieco obniża
aktywność biologiczną, znacznie natomiast upraszcza syntezę. Podczas realizacji
pożądanego produktu użyłem -tetralon jako związek wyjściowy, będący
jednocześnie fragmentem zawierającym bicykliczny układ pierścieni C/D. W trakcie
dobudowywania łańcucha bocznego wykorzystałem asymetryczną epoksydację
Sharplessa, dzięki której w sposób wydajny i w pełni stereokontrolowany utworzyłem
centrum stereogeniczne na C-20. Kluczową reakcją była również reakcja
Sonogashiry, która umożliwiła wydajne sprzęgnięcie tryflanu zawierającego „górny”
fragment budulcowy z dienynem będącym syntonem pierścienia A. Wykorzystując
różne bloki budulcowe zawierające pierścień A, otrzymałem dwa związki finalne.
Pierwszy z nich zawierał pierścień A, identyczny z tym występującym w formie
prewitaminowej kalcytriolu. W drugim, zsyntezowanym według autorskiego projektu,
występowała dodatkowa grupa metylenowa w pozycji C-2.
Analizując ponownie dotychczasowe doniesienia literaturowe postanowiłem
zsyntezować kolejną grupę analogów, w których główną modyfikacją był pierścień D
w formie otwarto-łańcuchowej (związki D-seko). Dodatkowymi strukturalnymi
zmianami, w porównaniu do kalcytriolu, było wprowadzenie podwójnego wiązania
pomiędzy C-17 a C-20, brak grupy metylowej przy C-20, oraz brak grupy
metylenowej przy C-10. W tej grupie pochodnych postanowiłem otrzymać -oprócz
związków z „naturalną” konfiguracją absolutną - również diastereomery, które
posiadały odwrotną konfigurację na centrach C-13 oraz C-14. Wśród tej ostatniej
podgrupy była również pochodna z pierścieniem A identycznym z kalcytriolowym.
Kluczową reakcją w trakcie realizacji projektu była ponownie reakcja Sharplessa,
która ostatecznie pozwoliła w sposób w pełni stereokontrolowany wprowadzić trzy
centra stereogeniczne w chiralnym związku, powstałym z -kaprolaktonu. Dzięki
zastosowaniu D- lub L-winianu otrzymałem odpowiedni stereoizomer. Wykorzystując
reakcję Wittiga-Hornera połączyłem keton zawierający „górny” fragment analogu z
odpowiednim tlenkiem fosfiny zawierającym pierścień A. W przypadku pochodnej z
„naturalnym” pierścieniem A, sprzęganie dużych fragmentów wykonałem za pomocą
reakcji Sonogashiry, przekształcając uprzednio keton w odpowiedni tryflan.
Dla wszystkich zsyntezowanych przeze mnie analogów kalcytriolu wykonane zostały
badania biologiczne. Przetestowana została zdolność wiązania tych związków z
receptorem witaminy D (VDR) oraz zdolność różnicowania komórek ludzkiej białaczki
linii HL-60. Dla wybranych związków wykonano testy funkcjonalne pod kątem
aktywacji transkrypcji 24-hydroksylazy oraz testy in vivo określające właściwości
kalcemiczne.
Uzupełnieniem prowadzonych przeze mnie badań nad analogami kalcytriolu ze
zmodyfikowanym pierścieniem D, była synteza pochodnych hydrindanu i dekaliny,
które mogą posłużyć jako syntony zawierające bicykliczny układ pierścieni C/D.
Związki te posiadały podwójne wiązanie C(15)-C(16)(w numeracji steroidowej), co
umożliwia dalszą funkcjonalizację w tym miejscu cząsteczek.
Przedstawiona praca doktorska poszerza wiedzę na temat zależności strukturaaktywność
w obszarze badań nad 1,25-dihydroksywitaminą D3. Niewątpliwym
atutem przedstawionych badań są wyniki otrzymane dla jej analogów posiadających
modyfikacje strukturalne w steroidowym pierścieniu D, rzadko dotychczas
eksplorowanym fragmencie cząsteczek witamin grupy D.
Wyniki zaprezentowane w niniejszej rozprawie zostały częściowo opublikowane w
formie artykułów:
1. Sibilska I. K., Szybinski M., Sicinski R. R., Plum L. A., DeLuca H. F., J. Steroid
Biochem. Mol. Biol, 136, 9-13 (2013). IF= 4.095
2. Sibilska I. K., Szybinski M., Sicinski R. R., Plum L. A., DeLuca H. F., J. Med.
Chem., 58, 9653-9662 (2015). IF= 6.253
3. Szybinski M., Sokołowska K., Sicinski R. R., Plum L. A., DeLuca H. F., J.
Steroid Biochem. Mol. Biol., 173, 57-63 (2017). IF= 4.095
4. Szybinski M., Sektas K., Sicinski R. R., Plum L. A., Frelek J., DeLuca H. F.,
J. Steroid Biochem. Mol. Biol., 171, 144-154 (2017). IF= 4.095
5. Szybinski M., Brzeminski P., Fabisiak A., Berkowska K., Marcinkowska E.,
Sicinski R. R., Int. J. Mol. Sci., 18, 2162-2176 (2017). IF= 3.687The history of the discovery of calcitriol, i.e., 1α,25-dihydroxyvitamin D3, dates back
to the eighteenth century when the industrial revolution began in England. It was a
complex socio-economic process, during which the population was massively
migrating to the cities to work in the factories created at that time. The specific
climate, large smokiness, and diet based mainly on farinaceous products caused a
massive occurrence of rickets in children. Research on the cause of such a high
incidence has led to the discovery of vitamin D3. As it turned out later, this was a
precursor of a biologically active form, named calcitriol. This compound is considered
as a vitamin D hormone due to its mode of action and a multitude of functions it
performs in the body. The main ones include the control of calcium-phosphate
homeostasis and prevention of autoimmune diseases such as psoriasis. The role of
calcitriol in the immunological system was also discovered. Therefore, this is not
surprising that many scientific teams gathered in academy and industry attempted to
synthesize calcitriol analogues characterized by selective and/or enhanced
therapeutic effects. Reviewing literature reports on the synthesis of 1α,25-
dihydroxyvitamin D3 analogues, one can see that only few publications describe the
synthesis of calcitriol analogues with the modified steroidal D ring. Therefore, I
decided to expand our knowledge about the possibility of the synthesis of different
calcitriol derivatives with D-ring modifications.
As the first synthetic target, I selected the analogue with an aromatic, six-membered
D ring. This compound additionally had a modified double bond system. I replaced a
“natural” triene system with the diene fragment, which usually slightly decreases the
biological activity, but significantly simplifies the synthesis. I used α-tetralone as the
starting compound, containing a bicyclic C/D ring system. During the addition of the
side chain, I used the Sharpless asymmetric epoxidation, that allowed to create a
stereogenic centre on C-20 in an efficient and fully stereocontrolled manner. The
Sonogashira reaction was also a key process, which enabled me to couple a triflate
containing the "upper" fragment with the dienyne being the A-ring synthon. Using
various building blocks containing the A ring, I obtained two final compounds. The
first one possessed the A ring identical to that one present in the previtamin form of
calcitriol. The second, synthesized according to the original project, was
characterized by the presence of an additional methylene group at the C-2 position.
After analysing the previous literature reports, I decided to synthesize another group
of calcitriol analogues, in which the main structural modification was the D ring in the
open-chain form (D-seco). Additional structural changes – as compared to calcitriol –
comprised introduction of a C(17)-C(20) double bond, lack of methyl group at C-20
and lack of methylene group at C-10. Among these derivatives, I decided to create
compounds with a "natural" absolute configuration, and also diastereomers that had
the reverse configuration at C-13 and C-14 stereogenic centres. In the latter
subgroup, there was also a derivative with its A ring identical with that of calcitriol.
The key reaction during the project was again the Sharpless asymmetrical
epoxidation, which enabled the stereocontrolled introduction of three stereogenic
centres into a chiral compound derived from -caprolactone. Using the D- or Ltartrate
in this process resulted in the desired stereoisomer. Utilizing the Wittig-
Horner reaction, I coupled a ketone containing the "upper" building block of the
analogue with an appropriate A-ring phosphine oxide derivative. In the case of a
derivative having the "natural" A ring, coupling of large fragments was carried out by
the Sonogashira reaction performed after converting the ketone into the respective
enol triflate.
Biological testing was performed for all the synthesized analogues. The affinity of
new compounds to bind the vitamin D receptor (VDR) and their ability to differentiate
human leukaemia HL-60 cells have also been tested. For the selected compounds,
additional tests were performed such as activation of 24-hydroxylase transcription
and in vivo tests indicating calcaemic potency.
My research on calcitriol analogues with the modified D ring was extended to the
synthesis of hydrindane and decalin derivatives, that can be used as synthons
containing the bicyclic C/D-ring system. These compounds have a C(15)-C(16)
double bond (according to the steroid numbering), which allows further
functionalization in the ring D.
The presented doctoral dissertation expands the knowledge about the structureactivity
relationship in the vitamin D area. Undoubtedly, advantages that arise from
the presented research are the results obtained for the calcitriol analogues
characterized by structural modifications in their steroidal ring D, being rarely
explored structural fragment of the vitamin D molecules
Myśl błądząca po pustyni. Rola metafory w poezji Mirzy Galiba
No full textAnalizując poezję Galiba, wyróżniliśmy trzy warstwy semantyczne
gazalu, z których te bardziej konkretne służą zasadniczo (jednak nie bez
licznych i znaczących wyjątków) do opisu tych bardziej abstrakcyjnych.
Na samym szczycie znajduje się suficka koncepcja Boga, świata i człowieka
oraz ludzkiego przeznaczenia i duchowego doskonalenia. W wypadku Galiba
szczególnie wyraźnie obecna jest myśl Ibn Arabiego. W pierwszym rozdziale
przedstawiliśmy główne jej elementy oraz najważniejsze z punktu widzenia
poezji urdu i twórczości Galiba aspekty praktycznego sufizmu, do czego
potem odwoływaliśmy się przy opisie mniej ogólnej i abstrakcyjnej tematyki
Spectroscopy of CdSe/ZnSe quantum dots with individual Fe2+ ions
Get PDFThis work is devoted to the spectroscopic studies of self-organized CdSe/ZnSe quantum dots doped with individual Fe2+ ions. Such dots belong to a wide class of quantum dots containing single transition metal ions. The main advantage of these systems consists in a possibility of all-optical control of the spin of a magnetic impurity interacting with the semiconductor lattice, but being isolated from any other magnetic ions located in a macroscopic sample. The results presented in this dissertation uncover a new, yet unexplored opportunity offered by such quantum dots, that is the possibility to tune and, eventually, to completely alter the magnetic properties of a single dopant. Such properties are mainly governed by the ground state of the dopant, which in the case of the Fe2+ ion embedded in a bulk II-VI semiconductor is a singlet, nondegenerate state. We have demonstrated that this physical picture becomes qualitatively modified after placing the Fe2+ ion in an epitaxial quantum dot, in which the ion ground state turns out to be nearly doubly degenerate, consisting of states corresponding to the ion spin projections onto the quantum dot growth axis of ±2. This finding has been evidenced both theoretically and experimentally. The theoretical investigation has been carried out within the frame of a relatively simple point charge model describing the influence of the crystal environment on the properties of a magnetic dopant. Based on the model calculations, we have shown that the underlying reason for the qualitative change of the Fe2+ ground state character is a strong structural strain of the quantum dot related to the lattice mismatch between the dot and barrier materials. Such strain alters the spectrum of the ion orbital states, which in turn induces distinctive changes in the ordering of the ion spin levels due to the spin-orbit and spin-spin couplings. The predictions of the developed theoretical model regarding the energy structure of the Fe2+ ion states have been confirmed by extensive magneto-optical experiments carried out on single CdSe/ZnSe quantum dots containing individual Fe2+ ions. Based on the results of such experiments, performed on over thirty randomly selected dots, we have established a general pattern of the photoluminescence spectra of various excitonic complexes coupled to the Fe2+ spin via the s,p–d exchange interaction. We have also closely examined the way in which these spectra evolve upon application of the magnetic field in both Faraday and Voigt geometries. All presented experimental results have been precisely reproduced by a spin Hamiltonian model. On this basis, we have determined typical values of the parameters describing the structure of the low-energy Fe2+ ion states in the studied dots as well as the character and strength of the exchange interaction between the ion and each confined carrier: the electron and the hole.Praca poświęcona jest spektroskopowym badaniom samozorganizowanych kropek kwantowych CdSe/ZnSe zwierających pojedyncze jony Fe2+. System ten należy do szerokiej rodziny kropek domieszkowanych pojedynczymi jonami metali przejściowych. Największą zaletą tych kropek jest możliwość optycznej kontroli nad spinem jonu, który oddziałuje z siecią krystaliczną, ale jest dobrze odizolowany od pozostałych jonów magnetycznych znajdujących się w makroskopowej próbce. Wyniki zaprezentowane w tej pracy ukazują zupełnie nową funkcjonalność oferowaną przez tego typu kropki, jaką jest możliwość sterowania własnościami magnetycznymi pojedynczej domieszki, a w szczególności — ich jakościowej modyfikacji. Własności te są zdeterminowane przede wszystkim przez stan podstawowy jonu, który w przypadku jonu Fe2+ znajdującego się w objętościowym półprzewodniku II-VI jest niezdegenerowanym singletem. Jak pokazano w niniejszej pracy, obraz ten ulega zasadniczej zmianie po umieszczeniu jonu Fe2+ w epitaksjalnej kropce kwantowej, w której jego stan podstawowy składa się nie z jednego, lecz z dwóch niemal zdegenerowanych stanów o rzutach spinu na oś wzrostu kropki równych ±2. Odkrycie to zostało potwierdzone zarówno na gruncie teoretycznym, jak i doświadczalnym. Analizę teoretyczną przeprowadzono w oparciu o stosunkowo prosty model ładunków punktowych opisujący wpływ otoczenia krystalicznego na własności jonu magnetycznego. Na podstawie wyników tego modelu pokazano, że podstawową przyczyną zmiany charakteru stanu podstawowego jonu Fe2+ w kropce jest jej silne strukturalne naprężenie wynikające z niedopasowania stałych sieci materiałów kropki i bariery. Naprężenie to w istotny sposób modyfikuje energie stanów orbitalnych jonu Fe2+, co z kolei wprowadza jakościowe zmiany w charakterze rozszczepień stanów spinowych wywołanych przez oddziaływania spin-orbita i spin-spin. Przewidywania skonstruowanego modelu dotyczące struktury stanów jonu Fe2+ zostały potwierdzone w szeroko zakrojonych magnetooptycznych pomiarach pojedyn- czych kropek kwantowych CdSe/ZnSe zawierających pojedyncze jony Fe2+. Na podstawie wyników tych eksperymentów, przeprowadzonych dla ponad trzydziestu losowo wybranych kropek, określono ogólną postać widm fotoluminescencji różnych kompleksów ekscytonowych sprzężonych wymiennie ze spinem jonu za pośrednictwem oddziaływania s,p–d. Ustalono również charakter ewolucji tych widm w polu magnetycznym przykładanym w dwóch podstawowych konfiguracjach: Faradaya i Voigta. Uzyskane wyniki doświadczalne precyzyjnie odtworzono przy użyciu modelu Hamiltonianu spinowego. Na tej podstawie wyznaczono typowe wartości parametrów opisujących strukturę niskoenergetycznych stanów jonu Fe2+ w badanych kropkach oraz siłę i charakter oddziaływania wymiennego pomiędzy jonem a każdym z dwóch rodzajów nośników: elektronem i dziurą
Computational and Statistical Methods for Mass Spectrometry Data Analysis
No full textThis dissertation covers a series of related topics in the mathematical modelling of mass spectrometry data. The dissertation opens with a presentation of an optimal algorithm for the generation of the fine isotopic structure. We further show the applications of that algorithm to the problem of deconvoluting mixed isotopic signals, in two different ways. We also approach the problem of estimating the deep parameters of mass detectors, estimating the parameters of a function that relates the instrument-generated intensities to the numbers of ions. These solutions are applied to the problem of understanding Electron Driven reactions, whose principal aim is to induce ion fragmentation and, in that way, enhance the instrument’s identification capabilities. Finally, we show how to apply the mathematical theory of reaction kinetics to estimate the reaction rates of the electron transfer reactions.Niniejsza rozprawa doktorska dotyczy szeregu tematyk z zakresu matematycznego modelowanie widm masowych. W pracy przedstawiam algorytm służący obliczeniom związanym z rozkładami izotopowymi cząsteczek. Algorytm ów wykorzystuję w problemie dekonwolucji mieszanek sygnałów ze znanych źródeł molekularnych, na dwa różne sposoby. Przedstawiam również sposób na wyznaczenie zależności pomiędzy zarejestrowanym sygnałem a liczbą jonów dla różnych detektorów jonów. Powyższe rozwiązania zostają również wykorzystane w celu dokładniejszego zrozumienia za- sad działania fragmentacji jonów za pomocą transferu elektronu, która znacząco poszerza możliwości identyfikacji substancji. Pokazuję również sposób na wyestymowanie parametrów tych reakcji, wykorzystując w tym celu matematyczny model kinetyki reakcji
Inhibition of bacterial growth by peptide nucleic acids complementary to bacterial rRNA
No full textNowadays antibiotics are overused in human treatment, agriculture and animal
breading. Bacteria can effectively acquire resistance when exposed to antibiotics so it is crucial
to find new antimicrobial drugs to combat antibiotic-resistant pathogens. The ribosome is one
of the bacterial targets for clinically used antibiotics. However, the ribosome can be also
sterically blocked by complementary oligomers for example peptide nucleic acids (PNA).
PNAs are synthetic analogues of DNA with a neutral peptide-mimicking backbone.
Importantly, they are not digested by enzymes such nucleases and proteases. Antisense
modified oligonucleotides such PNA, which inhibit bacteria translation, could become useful
tools for controlling in the future the spread of bacteria
The main goal of this research was to design PNA sequences that would bind to bacterial
rRNA and inhibit bacterial growth. I designed four PNA sequences complementary to rRNA
and control sequences that included different versions of PNA with peptide, without and with
fluorescein what gives together nineteen conjugates tested during my studies. I verified the
sequence-specific hybridization of PNAs with isolated rRNA from Escherichia coli. I
determined that PNA inhibits translation in a bacterial cell-free translation/transcription system.
Then, I showed that PNA targeted to functional site in the ribosome inhibits the growth of E.
coli cultures. Furthermore, I proved by agarose gel electrophoresis that PNA binds rRNA
present in isolated total RNA, and also binds 70S ribosomes.
The results of my study indicate that targeting rRNA with PNA could be a promising
way to inhibit bacterial growth and to search for new target sites in bacterial RNA.Zastosowanie antybiotyków na szeroką skalę, w leczeniu ludzi i hodowli zwierząt,
przyczyniło się do rozwinięcia oporności bakterii na konwencjonalne antybiotyki. Ważne jest,
aby znaleźć środki za pomocą których można będzie zwalczać oporne szczepy bakteryjne.
Docelowym miejscem działania dla wielu klas antybiotyków jest rybosom bakteryjny.
Oligonukleotydy, stosowane do zahamowania procesu syntezy białek niezbędnych do życia
bakterii, mogą okazać się pomocne w zwalczaniu chorób bakteryjnych. Peptydowe kwasy
nukleinowe (PNA) są syntetycznymi analogami kwasów nukleinowych, które zawierają
neutralny szkielet, są niewrażliwe na działanie enzymów degradujących kwasy nukleinowe i
białka oraz tworzą stabilne kompleksy zarówno z DNA jak i RNA.
Głównym celem mojej rozprawy doktorskiej było poszukiwanie oligonukleotydów PNA
wiążących się do rybosomowego RNA (rRNA), które wydajnie hamowałyby wzrost bakterii
Escherichia coli. Zaprojektowałam cztery sekwencje PNA komplementarne do rRNA i ich
warianty z peptydem umożliwiającym dostarczanie do komórki bakteryjnej, a także
z fluoresceiną oraz sekwencje kontrolne. Łącznie pracowałam z dziewiętnastoma
oligonukleotydami PNA. Wykazałam, że zaprojektowane oligomery PNA
oddziałują komplementarnie z określonymi fragmentami rRNA E. coli. Udowodniłam również,
że PNA komplementarne do rRNA hamuje proces bakteryjnej translacji oraz wzrost komórek
bakteryjnych. Ponadto pokazałam, że PNA wiąże się z izolowanymi rybosomami
bakteryjnymi.
Otrzymane wyniki mogą być pomocne w trakcie poszukiwania nowych miejsc
docelowych w rRNA bakterii dla cząsteczek przeciwbakteryjnych, a także wskazują, że PNA
komplementarne do wybranych miejsc w rRNA mogą skutecznie hamować wzrost komórek
bakteryjnych
The meaning of gender in the judicial punishment
No full textPraca doktorska jest poświęcona jakościowej analizie skazujących wyroków sądowych w sprawach o dwa przeciwstawne przestępstwa: zabójstwa i fałszowanie pieniędzy. Analiza została przeprowadzona w oparciu o dwie socjologiczne perspektywy: feministyczną oraz interakcjonizm symboliczny.
Rozprawa ma trzy części. Pierwsza z nich dotyczy różnych teoretycznych możliwości ujmowania trzech kluczowych terminów pracy: znaczenia, płci oraz sądowego wymiaru kary.
Druga część obejmuje analizę znaczenia płci w sądowym wymiarze kary jako zagadnienia prawnego i socjologicznego. W pierwszej kolejności omówione zostało miejsce płci w polskich przepisach prawa i komentarzach do nich oraz w polskich badaniach nad czynnikami wpływającymi na sądowy wymiar kary. Następnie przedstawione zostały wyników polskich i zagranicznych na temat wpływu płci na sądowy wymiar kary.
Trzecia część rozprawy dotyczy metodologicznych założeń przeprowadzonych badań oraz uzyskanych w tych badaniach wyników. Badania obejmują dwie grupy spraw: 11 studiów przypadków spraw karnych wybranych z referatu jednego z największych sądów okręgowych w Polsce oraz 38 uzasadnień do spraw pochodzących z powszechnie dostępnego Portalu Orzeczeń Sądów Powszechnych. Obie grupy spraw zostały potraktowane jako źródła argumentów płci używanych przez sędziów przy uzasadnianiu wymiaru orzeczonych kar.
Podsumowanie badań stanowi interpretacja wyników badań, które obejmują kilka najważniejszych wniosków: sędziowie w większym stopniu używają argumentów płci dotyczących kobiecości niż męskości, w uzasadnieniach sądowych kobiety są prezentowane przede wszystkim w kategoriach „naturalnych” cech odnoszących się do ról społecznych kobiet jako matek i żon, sędziowie w ramach uzasadniania swoich decyzji o wymiarze kary mogę brać w społecznym konstruowaniu płci (nie piszą tylko o przestępstwie i karze ale także o tym, co akceptowane u kobiet i mężczyzn).
W rozprawie doktorskiej został zaproponowany model analityczny w którym znaczenie płci w sądowym wymiarze kary jest rozumiany jako sposób użycia argumentów płci w uzasadnianiu wymiaru kary.Dissertation “The meaning of gender in the judicial punishment” is a qualitative analysis of judicial justification of the punishment in court cases about of opposite crimes: murders and money forgery. The analysis is based on two sociological perspectives: the feminist one and symbolic interactionism.
The dissertation consists of three parts. The first one is devoted to discussing the theoretical possibilities for understanding the key notions: “meaning”, “gender” and “judicial punishment”. The aim of this part is to find the way in which sociological analysis of the meaning of gender in the judicial punishment could be made.
The second part is the analysis of the meaning of gender as a legal and sociological issue. Firstly, there is the description of the importance of gender in the polish criminal law and in legal commentaries on punishment and the place of gender in the polish research on penalties. Then, there is the presentation of numerous polish and foreign research findings concerning the impact of gender on the judicial decisions resulting in punishment.
The third part contains methodological assumptions of the research and the results of it. Here two groups of cases have been analysed. The first one being the group of 11 case studies of murders and money forgery, carefully selected from within one of the biggest district courts in Poland. Case studies cover all court documents, not only judgments and their justifications. The second one was the group of 38 judicial decisions of murders and money forgery chosen from the public and open portal of judicial decisions from polish courts. The above mentioned two groups of cases were the source of diversity of gender arguments used by judges in justification of punishment, that have been presented in detail.
The summary of the dissertation is the interpretation of the research results which took the form of general conclusions: judges are more concerned with the feminine of women than the masculine of men; in judicial justification women are presented in notions based on their “natural” characteristics which are closely linked to their social roles as mothers and wives; judges in justifying their decisions about punishment may be involved in social process of construction of gender (they do not write only about a crime and punishment but also about what is acceptable for women and men).
In dissertation analytic model has been proposed, in which the meaning of gender in the judicial punishment could be understood as the way of using gender arguments in justification of the chosen penalty
Textual variations in contemporary literature – a category of the text composition and a dimension of the experience of the modernity
No full textPisarstwo, określane zbiorczo mianem sylwy, ma dwa bieguny – jeden tekstowy, a drugi refleksyjny i psychologiczny. W trakcie pracy pisarskiej bowiem pomysł „brulionu w nieznane”, jakim jest sylwa, niekoniecznie przybiera zorientowaną na tekstową niespodziankę, postać. Bywa też często rodzajem brulionu pojmowanego jako krążenie wokół pewnego nie zawsze widocznego tematu, w którym „brudnopis” stwarza możliwość grania formą niedokończoną i wariantywną. Brulion w takim tekście pozwala na gospodarowanie czymś nie zamkniętym, nie skategoryzowanym, jest jakby zapisem krążenia wokół nie nazwanego ośrodka, zaniemówionego, wypartego, ukrytego pod traumą i niesposobnego do wyrażenia wprost.
Zjawisko to ze względu na swój charakter, nie pozwala na zamknięcie w jednoznacznej formule – próba określenia będzie miała charakter kolejnych przybliżeń, pokazujących jego genezę oraz różnorodne konteksty: kulturowe, antropologiczne, filozoficzne, socjologiczne.
W rozumieniu przyjętym w niniejszej pracy, dla wariacji literackiej charakterystyczne byłoby takie gospodarowanie tematem utworu, który staje się punktem wyjścia dla rozmaitych przekształceń. Przekształcenia te mogą mieć bardzo różnorodny charakter, jednak nie sprowadzają się wyłącznie do zabiegów czysto tekstowych – ich istotą jest próba dotarcia do głębszego sensu.
Tak rozumiana wariacja literacka nie byłaby „nowym gatunkiem literackim”, a raczej – zjawiskiem, pojawiającym się w różnorodnych utworach powojennej literatury, związanej z indywidualnym przeżyciem XX wieku, zarówno wielkiej historii i traumatycznych zdarzeń II wojny światowej oraz Zagłady, jak i doświadczeń późniejszych. W utworach, które są nieustanną interlokucją z kształtem tradycyjnie realistycznej opowieści, i jej uporządkowanego kompozycyjnie przedstawienia, a także uporządkowanego systemu wartości, za tym przedstawieniem stojącym.
W niniejszej pracy zjawisko wariacji zostaje omówione na przykładzie wybranych dzieł czterech pisarzy, reprezentantów „pokoleń 1910 i 1920” - roczników, na których losach silne piętno odcisnęła burzliwa historia XX wieku. Są to autorzy, którzy przyjmują strategię obrony przed kryzysem, a nie ulegania mu i swoją rozsypującą się historię ubierają w kształt literatury, która również zagrożona jest rozsypką i dekompozycją. Broniąc się przed tym, powtarzają gesty organizacji materiału płynnego, trudnego do ułożenia w sposób jasny i przejrzysty – krążą repryzami wokół przeklętych tematów.
U Jerzego Andrzejewskiego – reliteracja wcześniejszych utworów służy rozliczeniu się z postawami z przeszłości oraz z kompleksem wieszcza. Każde kolejne dzieło pisarza „opowiada na nowo” wątki z wcześniejszej powieści, rozwijając je lub poddając krytyce.
Czesław Miłosz dzięki strategii wariacyjnej krąży wokół traumatycznych, głęboko ukrytych w pamięci, zdarzeń z biografii, z których próbuje wytłumaczyć się przed czytelnikiem, a przede wszystkim – przed samym sobą. Pisarz „oswaja” bolesne fakty metodą kolejnych przybliżeń oraz metodą „socjologizowania” ich – wpisywania losu jednostki w różne warianty interpretacyjne dziejów zbiorowości.
Tadeusz Konwicki wciąż rozdaje tę samą „talię kart” danych przez los: kolekcję motywów z przeszłości (podwileńskie dzieciństwo, wojenna partyzantka, stalinizm) ukazywanych w dramatycznych „rozbłyskach” pamięci traumatycznej.
Stanisław Dygat natomiast w performansowej narracji poddaje analizie psychikę schizofrenicznego bohatera obarczonego ciężarem „biografii bez zdarzeń”.
Wszystkie te drogi pisarskie łączy poszukiwanie sensu biografii własnej i pokolenia, uwikłanych w trudne zagadnienia polskiej historii, tożsamości oraz sytuacji ponowoczesnej, w traumatyczne doświadczenia XX wieku, które nie dają się opowiedzieć wprost, wobec czego niejako wymuszają na autorach strategię napomknień, nawiązań, reliteracji, powtórzeń. Wariacja w tym świetle stanowi formę literatury pamięci, rozliczającej się z XX wiekiem, z wiekiem idei, dramatycznych wyborów, aporii i rozczarowań.So-called silvas in the contemporary literature have in fact two poles: one textual and one reflective and psychological. Sometimes it is not only the textual game but it reveals also an important – but not always visible from the first sight – topic which is too traumatic to be expressed in a traditional way; in this light hinting, repeating and circulating around important facts, memories, experiences or heritage is the only strategy. This aspect of the contemporary literature is the main subject of this work.
Textual variations (in the meaning used in this work) are not a ‘new genre’ but rather a phenomenon which can be seen in many contemporary works of literature, especially those talking about the difficult experience of the 20th century, age of wars and ideology – whose authors have lost faith in the traditional means of the literature but still want to tell the readers some important truths which are the essence of the variation.
In this work the phenomenon of the textual variations is shown on the examples of selected works of four authors, born in the 1910s and 1920s: Jerzy Andrzejewski, Czesław Miłosz, Tadeusz Konwicki and Stanisław Dygat; so the writers who chose to stand up for the crisis of the literature instead of surrendering. Each one of them developed his own strategy. Jerzy Andrzejewski is re-writing the ideas from his previous books to the settle the accounts with his attitudes from the past and the ‘complex of the bard. Czesław Miłosz’s narration is circulating around traumatic events from the past; trying to ‘sociologize’ them and include in the wider historic context of the Eastern-European fate. Tadeusz Konwicki is still shuffling ‘one deck of cards’ that are his obsessions: childhood in the Valley, underground army and fascination by the Stalinism ideology. For Stanisław Dygat life and literature is a kind of a performance – a game performed on the verge of schizophrenic ‘life with no events’…
All these different ways of writing have one important thing in common – searching for the hidden sense of the biography of oneself and his generation tied up with the complicated history and traumatic experience of the 20th century which couldn’t be described in a straight way; which imposes the strategy of hinting, repeating and circulating around important facts
Wykorzystanie teorii chaosu do badania bankructwa spółek giełdowych w Polsce
No full textStreszczenia pracy wersja polska i angielska - załączone jako pliki.pdfThe dissertation is an attempt to create the fractal analysis of Polish capital market on the example of selected companies listed on the Warsaw Stock Exchange in terms of their economic condition.
The aim of this thesis is to analyze the use of deterministic chaos methods to investigate the bankruptcy of listed companies in Poland.
The main hypothesis of the dissertation is to demonstrate that bankruptcy of stock companies in Poland can be effectively predicted by the use of the theory of deterministic chaos.
In this dissertation I managed to positively verify the following detailed hypotheses were, which were formulated as follows:
1. Positive Lapunov exponents are the determinant of the fractability of Polish listed companies and determine the rate at which we lose the ability to predict future behaviors of a given stock exchange company, and that the higher the Lapunov exponents, the greater the incoherence of the system and the uncertainty of prognosis ( H1).
2. Declining stock exchanges in Poland have a high fractal dimension compared to companies with good economic condition (H2).
3. Declining stock exchanges in Poland have a low Hurst exponent compared to companies with good economic condition (H3).
The dissertation is divided into five chapters. In the first chapter, I discussed the topic of business bankruptcy, describing the essence of business bankruptcy, the bankruptcy of an enterprise in selected economic theories, the essence of a bankruptcy of a listed company, and the selected methods of measuring and forecasting of business bankruptcy.
The second chapter covers selected elements of the theory of deterministic chaos. The essence of deterministic chaos, selected examples of the use of chaos in economics, as well as the methodology of own research concerning the fractal properties of selected companies in the Polish stock exchange are presented here.
In the third chapter, Lapunov exponents were analyzed as the determinants of fractal and the rate of loss of ability to predict future behaviors of listed companies of the Polish stock exchange. The structure of the chapter covered: the essence of Lapunov exponents, the identification of Lapunov's exponents on the example of selected listed companies of the Polish stock exchange (on the basis of own research) together with a summary of the considerations.
In the fourth chapter, I considered the issues related to the use of fractal dimensions for predicting the bankruptcy of listed companies in Poland, ie the essence of fractal and correlation dimensions, the analysis of selected listed companies in Poland using fractal dimensions (based on own research).
The fifth chapter concerns the application of R/S analysis to predict the bankruptcy of listed companies in Poland. The chapter presents the essence of R / S analysis and the analysis of selected stock companies in Poland using R / S analysis (based on own research).
The final part of the dissertation contains its summary and conclusions.
The problems presented in the dissertation depict that the chaos theory has a significant application in the analysis of investors' stock market decisions. This analysis can be successfully used on the Warsaw Stock Exchange.Rozprawa doktorska stanowi próbę analizy fraktalnej polskiego rynku kapitałowego na przykładzie wybranych spółek notowanych na Giełdzie Papierów Wartościowych w War-szawie w aspekcie ich kondycji ekonomicznej. Celem pracy doktorskiej jest analiza wykorzystania metod chaosu deterministycznego do badania bankructwa spółek giełdowych w Polsce. Główna hipoteza rozprawy doktorskiej dotyczy wykazania, iż bankructwo spółek gieł-dowych w Polsce można skutecznie prognozować, stosując teorię chaosu deterministycznego. W pracy doktorskiej dokonano pozytywnej weryfikacji poniżej zaprezentowanych hipotez szczegółowych, które zostały sformułowane następująco:
1. Dodatnie wykładniki Lapunowa stanowią wyznacznik fraktalności polskich spółek giełdowych i określają tempo, w jakim tracimy zdolność przewidywania przyszłych zachowań danej spółki na giełdzie, jak również, że im wykładnik Lapunowa jest wyższy, tym większa jest chaotyczność systemu oraz większa jest niepewność pro-gnozy (H1). 2. Notowania spółek giełdowych w Polsce chylących się ku upadkowi posiadają wy-soki wymiar fraktalny w porównaniu ze spółkami o dobrej kondycji ekonomicznej (H2). 3. Notowania spółek giełdowych w Polsce chylących się ku upadkowi posiadają niski wykładnik Hursta w porównaniu ze spółkami o dobrej kondycji ekonomicznej(H3).
Praca doktorska została podzielona na pięć rozdziałów. W pierwszym rozdziale uwzględniono zagadnienia upadłości przedsiębiorstw, przedstawiając: istotę upadłości przedsiębiorstwa, upadłość przedsiębiorstwa w wybranych teoriach ekonomicznych, istotę bankructwa spółki giełdowej, a także wybrane metody pomiaru i prognozowania upadłości przedsiębiorstw.
Drugi rozdział obejmuje wybrane elementy teorii chaosu deterministycznego. Zaprezentowano tu: istotę chaosu deterministycznego, wybrane przykłady zastosowania chaosu w zagadnieniach ekonomicznych, jak również metodologię badań własnych doty-czących analizy fraktalnych właściwości wybranych spółek z polskiej giełdy.
W trzecim rozdziale poddano analizie wykładniki Lapunowa jako wyznaczniki fraktal-ności i tempa tracenia zdolności przewidywania przyszłych zachowań spółek akcyjnych z polskiej giełdy. Struktura rozdziału objęła: istotę wykładników Lapunowa, identyfikację wykładników Lapunowa na przykładzie wybranych spółek akcyjnych z polskiej giełdy (na podstawie badań własnych) wraz z podsumowaniem rozważań.
W czwartym rozdziale rozpatrzono zagadnienia związane z wykorzystaniem wymiarów fraktalnych do prognozowania bankructwa spółek giełdowych w Polsce, tj.: istotę wymiaru fraktalnego i wymiaru korelacyjnego, analizę wybranych spółek gieł-dowych w Polsce z wykorzystaniem wymiarów fraktalnych (na podstawie badań własnych).
Piąty rozdział dotyczy zastosowania analizy R/S do prognozowania bankructwa spółek giełdowych w Polsce. W rozdziale zaprezentowano istotę analizy R/S oraz analizę wybranych spółek giełdowych w Polsce z wykorzystaniem analizy R/S (na podstawie badań własnych).
Ostatnia część dysertacji zawiera jej podsumowanie i wnioski końcowe.
Z zaprezentowanych w dysertacji zagadnień wynika, iż teoria chaosu ma znaczące zastosowanie w analizie decyzji inwestorów giełdowych. Analiza powyższa z powodzeniem może być wykorzystywana na Giełdzie Papierów Wartościowych w Warszawie
