Jurnal AgroBiogen
Not a member yet
181 research outputs found
Sort by
Mapping of Resistance Genes to Brown Planthopper in Untup Rajab, an Indonesian Local Rice Variety
Get PDFBrown planthopper (BPH) is a major rice pest in Indonesia. The most economical and effective approach to control the insect pest is by using resistant varieties. Exploring for resistance genes is, therefore, a prerequisite for effective breeding program for BPH resistance. This study aimed to map BPH resistance genes in Untup Rajab, an Indonesian local rice variety. Genetic map was constructed using an F2 population from a cross between TN-1 and Untup Rajab, and SNP markers from RiceLD SNP Chip. Phenotyping was performed using bulk seedling test on F2:3 seedlings against two BPH populations, i.e. X1 and S1. Four QTLswere identified on chromosomes 5, 6, 8, and 11 with PVE values of 7.63%, 9.40%, 17.66%, and 3.05%, respectively. Relatively normal distribution of resistance phenotype and the relatively low PVE values indicate that Untup Rajab has a quantitative resistance to BPH with two different resistance loci identified for each BPH test population. The QTL on chromosome 8 overlaps with OsHI-LOX gene, which is associated with resistance to BPH, and adjacent to another QTL for resistance to green leafhopper. The QTL on chromosome 6 was found near OsPLDα4 and OsPLDα5 genes which are related to BPH resistance. Meanwhile, the QTL intervals on chromosome 5 and 11 did not overlap with any known BPH QTLs or genes, which make them attractive candidates for novel BPH resistance gene discovery
Evaluasi dan Identifikasi Marka Penanda Gen Ketahanan Penyakit Hawar Daun Bakteri pada Padi Lokal Sulawesi Selatan
Get PDFSalah satu faktor pembatas produksi padi, di Sulawesi Selatan khususnya, adalah serangan penyakit hawar daun bakteri(HDB) yang disebabkan oleh Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo). Upaya yang dipandang efektif untuk mengendalikanpenyakit HDB adalah penanaman varietas tahan. Perakitan varietas padi dengan menggunakan gen-gen tahan dari berbagaikultivar berpeluang menghasilkan varietas tahan HDB. Kultivar lokal berperan sebagai salah satu sumber keragaman genetikuntuk beberapa sifat ketahanan penyakit. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi dan mengidentifikasi marka penanda genketahanan penyakit hawar daun bakteri pada padi lokal Sulawesi Selatan berdasarkan sistem standar diferensial dan analisismolekuler. Analisis uji ketahanan fenotipe dilakukan menggunakan tiga ras HDB (ras III, IV, dan VIII) dan galur diferensial(galur IRBB). Analisis genotipe dilakukan menggunakan marka molekuler terkait ketahanan terhadap HDB yang ditampilkansebagai dendrogram keragaman. Analisis asosiasi dilakukan dengan analisis gabungan (U-joint) menggunakan generalizedlinear model (GLM). Hasil pengujian ketahanan menunjukkan galur isogenik dengan gen tunggal (IRBB 5, IRBB 7, dan IRBB21), galur isogenik dengan multipel gen (IRBB 50, IRBB 52, IRBB 53, IRBB 54, IRBB 56, IRBB 58, IRBB 64, dan IRBB 66), danaksesi Ase Andele bersifat tahan terhadap ketiga ras uji. Dari uji asosiasi, diperoleh satu marka signifikan yang berasosiasidengan ketahanan terhadap ras III (Xa26-STS2), empat marka signifikan berasosiasi dengan ketahanan terhadap ras IV (Xa1-STS15, Xa4-STS44, xa13-STS51, dan Xa21-STS6), dan dua marka signifikan berasosiasi dengan ketahanan terhadap ras VIII(Xa7-STS57 dan RM 20589)
Embriogenesis Somatik Tidak Langsung pada Tanaman Sagu (Metroxylon sagu Rottb.) Menggunakan Sistem Kultur Suspensi, Perendaman Sesaat, dan Media Padat
Get PDFMetode kultur in vitro yang tepat akan meningkatkan efektivitas dan efisiensi pada proses penggandaan kalus dan induksiembriogenesis somatik. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi efektivitas tiga metode kultur jaringan, yaitu sistem kultursuspensi, sistem perendaman sesaat (SPS) atau temporary immersion system (TIS), dan media padat, untuk proliferasi kalusdan pembentukan embrio somatik secara tidak langsung pada tanaman sagu “Alitir” yang berasal dari Merauke, Papua. Bahantanaman atau eksplan awal yang digunakan adalah kalus remah hasil induksi dari kultur meristem pucuk tunas anakan sagu.Kalus tersebut dikulturkan pada media Murashige dan Skoog (MS) modifikasi dengan penambahan 2,4-D 5,0–15,0 mg/l dikombinasikandengan kinetin 0,1 mg/l menggunakan ketiga metode kultur sehingga terdapat dua belas kombinasi perlakuan.Hasil penelitian menunjukkan bobot segar kalus tertinggi sebesar 12,0 g/bejana dicapai pada metode kultur suspensi denganpenambahan 2,4-D 15,0 mg/l dikombinasikan dengan kinetin 0,1 g/l. Perolehan jumlah embrio somatik tertinggi dicapai padametode kultur suspensi dengan penambahan 2,4-D 5,0 mg/l dikombinasikan dengan kinetin 0,1 g/l sebesar 384,7 buah/bejana.Daya hidup kultur sagu terbaik dan tertinggi (100%) diperoleh pada metode kultur suspensi pada semua perlakuankonsentrasi 2,4-D. Selama proses induksi embrio somatik, terjadi perubahan warna kalus dari sebagian besar kekuninganmenjadi krem dan putih-kekuningan
Virulensi Wereng Batang Cokelat (Nilaparvata lugens Stål) dan Strategi Pengelolaannya
Get PDFWereng batang cokelat (WBC) timbul menjadi hama utama padi di Asia sebagai dampak revolusi hijau. Ledakan populasi WBC didukung oleh perilaku WBC yang monofagus pada padi, keperidian tinggi, dan kemampuan migrasi jarak jauh. WBC bersifat labil dalam virulensi dan mampu beradaptasi pada varietas tahan. Penggunaan istilah ‘biotipe’ untuk pengelompokan virulensi WBC masih diperdebatkan karena adanya variasi virulensi dan genetik antarindividu dalam satu biotipe. Makalah tinjauan ini membahas aspek strategi hidup dan makan, biokimia, interaksi dengan endosimbion, dan genetik WBC untuk mengetahui basis adaptasi virulensi WBC sehingga dapat digunakan dalam perbaikan strategi pengelolaan hama ini. Pada level molekuler, virulensi ditandai dengan peningkatan profil ekspresi gen-gen yang berkaitan dengan detoksifikasi senyawa alelokemik tanaman; metabolisme lipid, karbohidrat, asam amino, dan nitrogen; jalur lintas penyinalan respons pertahanan, respons terhadap cekaman, dan respons kekebalan. Penelitian genomik mengungkap interaksi komplementer antara WBC dan mikroorganisme endosimbion, tetapi percobaan menggunakan WBC aposimbiotik menunjukkan bahwa kepadatan endosimbion tidak selalu berkorelasi positif dengan virulensi WBC. Bertolak belakang dengan hasil-hasil penelitian sebelum-nya, pemetaan genetik gen virulensi menggunakan tetua inbred menunjukkan bahwa virulensi WBC dikendalikan secara monogenik sehingga hubungan gene-for-gene antara WBC dengan tanaman padi berlaku. Strategi penanaman varietas tahan untuk mengantisipasi adaptasi virulensi WBC seiring dengan dinamika varietas padi yang ditanam di lapangan dibahas dalam makalah ini
Genetic Diversity Analysis of 53 Indonesian Rice Genotypes using 6K Single Nucleotide Polymorphism Markers
Get PDFIndonesia is rich in rice genetic resources, however, only a small number has been used in variety improvement programs. This study aimed to determine the genetic diversity of Indonesian rice varieties using 6K SNP markers. The study was conducted at ICABIOGRAD for DNA isolation and IRRI for SNP marker analysis. Genetic materials were 53 rice genotypes consisting of 49 varieties and 4 check genotypes. SNP markers used were 6K loci. Results showed that among the markers analyzed, only 4,606 SNPs (76.77%) were successfully read. The SNP markers covered all twelve rice chromosomes of 945,178.27 bp. The most common allele observed was GG, whereas the least allele was TG. Dendrograms of the 53 rice varieties analyzed with 4,606 SNPs demonstrated several small groups containing genotypic mixtures between indica and japonica rice, and no groups were found to contain firmly indica or japonica type. Structure analysis (K = 2) with value of 0.8 showed that the 53 rice varieties were divided into several groups and each group consisted of 4 japonica, 2 tropical japonica, 46 indica, and 1 aus rice type, respectively. IR64 and Ciherang proved to have an indica genome, while Rojolele has japonica one. Dupa and Hawara Bunar, usually grouped into tropical japonica rice, were classified as indica type, and Hawara Bunar has perfectly 100% indica type. The results of this study indicated that rice classification (indica-japonica) which is usually classified based only on morphological characters, e.g. grain and leaf shapes, is not enough and classification based on SNP markers should be considered for that purpose
Multiplikasi Tunas dan Konservasi In Vitro Tanaman Belitung (Xanthosoma sagittifolium (L.) Schott) dengan Metode Pertumbuhan Minimal
Get PDFIn Vitro Shoot Multiplication and Conservation of Belitung (Xanthosoma sagittifolium (L.) Schott) using Minimal Growth Conservation Method. Muhammad Sabda and Nurwita Dewi. Belitung is one of potential food crops which has a lot of benefit. Belitung germplasm collection was conserved in the field which is vurnerable to biotic and abiotic stress. The purpose of this research was to study the effect of BAP on in-vitro shoot multiplication of belitung, and to study influences of osmoticum (mannitol) and retardan (paclobutrazol) to the growth of belitung culture. Experimental design used in this research was randomized completely design with three replications. Shoot from sucker were used as explant. In study of shoot multiplication, the treatment medium was MS + BAP (0, 1, 2, 3 mg/l). In study of conservation, the treatment medium was MS + 30 g/l sucrose, ½ MS + 30 g/l sucrose, MS + 15 g/l sucrose, MS + Mannitol (20, 40 and 60 g/l) and MS + Paclobutrazol (1, 2 and 3 mg/ l). The result showed that the addition of Benzyl Amino Purine (BAP) into MS medium increased number of shoot of belitung. The best medium for micropropagation of belitung germplasm was MS + BAP 3 mg/l. The highest number of shoot (7.6 shoots) was produced by MS + BAP 3 mg/l medium. MS + mannitol (20 and 40 g/l) and MS + paclobutrazol (1, 2, and 3 mg/l) medium could reduce the plant growth. MS + Paclobutrazol 2 mg/l was the best medium for belitung conservation. This media could reduce plant growth during eight months conservation period and prolong subculture interval