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Validación de la genotipificación del virus del papiloma humano mediante secuenciación de Oxford Nanopore en tejidos fijados en formol e incluidos en parafina y en muestras anales y ginecológicas en medio ThinPrep
No full text.Introducción: El virus del papiloma humano (VPH) está implicado en varios tipos de cáncer, incluidos los de cuello uterino, anal y de cabeza y cuello. Los métodos convencionales de genotipificación y las plataformas comerciales se centran en genotipos de alto riesgo en muestras ginecológicas, limitando su uso en otros contextos clínicos. Debido a los cambios en la epidemiología del VPH y su creciente implicación en otros sitios anatómicos, se requieren estrategias más sensibles y versátiles para su detección y caracterización en una variedad de tipos de muestra.
Métodos: Este estudio tuvo como objetivo validar una técnica de secuenciación basada en amplicones utilizando la plataforma Oxford Nanopore Technologies (ONT) para la detección y genotipificación del VPH en un total de 181 muestras clínicas. Las muestras incluyeron tejidos de cabeza y cuello fijados en formol e incluidos en parafina (FFPE), así como citologías en medio líquido de origen anal y ginecológico. La secuenciación de Sanger se utilizó como método de referencia para evaluar la precisión del método.
Resultados: La metodología basada en ONT demostró una alta sensibilidad, con un límite de detección de 1 copia/uL para los genotipos VPH16/VPH18. Se observó una concordancia perfecta en la detección del virus en todos los tipos de muestra (coeficiente k = 1.0). La precisión de la genotipificación superó el 95 %, y en algunas muestras anales y ginecológicas, ONT identificó genotipos adicionales no detectados mediante secuenciación de Sanger. Además, el ensayo mostró una excelente reproducibilidad tanto en análisis intra- como inter- corrida.
Conclusiones: Este es el primer estudio que valida el uso de ONT para la genotipificación del VPH en muestras FFPE de cabeza y cuello. Los resultados respaldan el uso de esta plataforma como una alternativa rápida, precisa y rentable para la genotipificación del VPH en una amplia variedad de contextos clínicos, más allá del entorno ginecológico convencional.
La curcumina inhibe la infección in vitro por SARS-CoV-2 en células Vero E6 a través de múltiples mecanismos antivirales
No full textIntroducción: A pesar de los avances sin precedentes en el desarrollo de vacunas para prevenir la infección por el virus SARS-CoV-2, su disponibilidad aún es limitada en algunos países del mundo; siendo necesario la búsqueda de estrategias terapéuticas alternativas para controlar y reducir la morbimortalidad en pacientes con COVID-19. Por lo cual investigamos las propiedades antivirales y antiinflamatorias de la curcumina contra el SARS-CoV-2 utilizando modelos in vitro.
Métodos: La citotoxicidad de la curcumina fue evaluada mediante el ensayo MTT en células Vero E6. La actividad antiviral de este compuesto contra el SARS-CoV-2 fue evaluada mediante cuatro estrategias de tratamiento (i. tratamiento pre-posinfección, ii. Cotratamiento, iii. preinfección y iv. posinfección). Se utilizaron la cepa D614G y la variante Delta del SARS-CoV-2, y el título viral se cuantificó mediante un ensayo de placas. El efecto antiinflamatorio se evaluó en células mononucleares de sangre periférica (PBMC) mediante qPCR y ELISA.
Resultados: Mediante el tratamiento previo y posterior a la infección, la curcumina (10 µg/mL) mostró un efecto antiviral del 99 y el 99,8 % contra la cepa DG614 y la variante Delta, respectivamente. La curcumina también inhibió la cepa D614G mediante el tratamiento previo y posterior a la infección. Además, la curcumina mostró un efecto virucida contra la cepa D614G y la variante Delta. Finalmente, las citocinas proinflamatorias (IL-1?, IL-6 e IL-8) liberadas por las PBMC desencadenadas por el SARS-CoV-2 disminuyeron después del tratamiento con curcumina.
Conclusiones: Nuestros resultados sugieren que la curcumina afecta el ciclo replicativo del SARS-CoV-2 y exhibe un efecto virucida con un efecto antiviral independiente de variante/cepa y propiedades inmunomoduladoras. Este es el primer estudio que muestra un efecto combinado (antiviral/antiinflamatorio) de la curcumina durante la infección por SARS-CoV-2. Sin embargo, se requieren estudios adicionales para definir su uso como tratamiento para el COVID-19.
Identificación molecular del coronavirus felino y sus coinfecciones en felinos domésticos de diferentes centros veterinarios de Colombia
No full textIntroducción: El coronavirus felino (FCoV) es un virus ARN que afecta a los gatos a nivel mundial. De este virus se conocen dos tipos biológicos: el virus de la peritonitis infecciosa felina (FIPV), que surge por mutación del coronavirus entérico felino (FECV), el cual genera una enfermedad sistémica, en su mayoría mortal. En Colombia se desconoce la frecuencia de este virus en felinos y sus posibles coinfecciones. El objetivo de este estudio fue evaluar la frecuencia de FCoV y sus coinfecciones en felinos domésticos en Colombia.
Métodos: Se realizó un estudio retrospectivo de bases de datos de muestras enviadas al laboratorio TestMol desde diferentes centros veterinarios para el diagnóstico de varios agentes infecciosos en gatos domésticos mediante qPCR, durante 2024. Se realizó un análisis estadístico descriptivo y bivariado de la infección por FCoV con variables demográficas mediante Jamovi 2.3.21 (p <0.05).
Resultados: De un total de 479 gatos, se observó una frecuencia de FCoV del 4,4 % (21/479). Dentro de los felinos infectados, los machos representaron el 57,1 %, los individuos menores de 12 meses de edad (cachorros), el 52,4 %, mientras que los mayores de 10 años (sénior), el 4,8 %. Las ciudades de Bogotá y Medellín presentaron una frecuencia del virus del 66,7 y 33,3 % del total de positivos, respectivamente. Adicionalmente, se observó coinfección en el 19 % (4/21) de los animales, de los cuales el 50 % de los individuos presentó infección por FCoV+Bartonella spp.+Toxoplasma spp. En el análisis bivariado se encontró asociación entre la infección por el virus con el grupo de cachorros.
Conclusiones: Este estudio permite evidenciar la presencia de FCoV con casos de coinfección en felinos domésticos, y considerando que es una infección viral común en gatos que puede presentar mutaciones que desarrollen otras infecciones mortales, es importante la divulgación de la epidemiología del virus que permita dar seguimiento y control a las poblaciones de felinos.
Evaluación in silico de la interacción de sulfasalazina con proteínas del VIH-1 y componentes del inflamasoma
No full textIntroducción: La infección por el VIH-1 continúa siendo un desafío global. Este virus induce una inflamación crónica multisistémica, que se establece desde el inicio de la infección y persistente durante la fase crónica. A pesar de que la terapia antirretroviral es altamente efectiva en el control de la replicación viral, la activación inmune persiste, generando patologías de carácter inflamatorio, por lo que se hace necesario evaluar terapias inmunomoduladoras con potencial uso como complemento de la terapia antirretroviral. Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue determinar potenciales interacciones moleculares in silico entre la sulfasalazina (SSZ) y moléculas relacionadas con la infección por VIH-1.
Métodos: Se seleccionaron estructuras cristalográficas de alta resolución (<2Å) del Protein Data Bank. Los potenciales sitios de interacción se determinaron con Peptimap y las energías de unión mediante AutoDock-Vina, Expassy-Swiss y HADDOCK2.4. Se empleó la SSZ y blancos proteicos, incluyendo: factores antivirales (?-defensinas, ?-defensina-2, APOBEC3G y TRIM-?); citoquinas proinflamatorias (IL-1?, IL-6, IL-8, IL-15, IL-18 y TNF-?); inflamasomas (NLRC4, NLRP3 y AIM2) y proteínas virales (gp120, gp41, integrasa y proteasa). Finalmente, se realizaron simulaciones de dinámica molecular con GROMACS para observar la estabilidad en el tiempo.
Resultados: Se encontró una afinidad homogénea en los tres softwares de acoplamiento para APOBEC3G con valores de -8 kcal/mol en AutoDock Vina, -7,91 kcal/mol en Expassy-Swiss y -60,7 HADDOCK score. Los demás blancos mostraron resultados heterogéneos con las herramientas computacionales empleadas. Respecto a la dinámica molecular, las moléculas con menor variación en el RMSD fueron la IL-6, IL-15 y la proteína viral gp41, con variaciones de máximo 0,5 nm en 50 ns.
Conclusiones: Los resultados de acoplamiento mostraron alta concordancia para APOBEC3G, lo cual sugiere una afinidad robusta. La estabilidad observada para IL-6, IL-15 y gp41 mediante dinámica molecular sugiere interacciones estables. Estos hallazgos destacan a APOBEC3G, IL-6, IL-15 y gp41 como candidatos prometedores para estudios posteriores in vitro
In Silico Evaluation of Natural Compounds as Inhibitors of the Oropouche Virus Gc Glycoprotein
No full textIntroduction: Oropouche virus (OROV) is an emerging orthobunyavirus in the Americas with no approved antiviral therapies.
Methods: This work employed a structure-based in-silico pipeline to identify natural compounds with potential to inhibit the Gc glycoprotein, a class II fusion protein essential for viral entry.
Results: A curated library of 537 phytochemicals was filtered by structural similarity, selecting 20 top candidates (flavonoids and alkaloids). Molecular docking against the Gc “head” domain (PDB: 6H3X) was followed by 100-nanosecond molecular dynamics simulations in YASARA, MM-PBSA binding free energy estimations, and ADMET profiling. Quercetin, previously reported as a putative OROV inhibitor, served as the reference ligand in all dynamic analyses. Significantly, curcumin and berberine demonstrated outstanding performance, combining favorable binding energies (?38.14 and ?13.10 kcal/mol, respectively) with high structural stability (RMSD ? 1.82 Å) throughout the simulations. Curcumin additionally exhibited a highly favorable pharmacokinetic profile, whereas berberine’s potent interaction was tempered by predicted cytotoxicity and mutagenicity signals, suggesting the need for structural optimization. Cynaroside, baicalin, and naringin also maintained stable interactions, although their predicted low oral bioavailability may limit direct clinical translation. It is notable that in this model, more positive or near-zero binding energy values were interpreted as indicative of more favorable ligand-protein interactions, a criterion consistent with the evaluation algorithms implemented in YASARA, which integrates molecular mechanics with empirical force field optimizations for high-precision affinity estimation. The use of YASARA was strategic due to its robust energy minimization protocols, solvent-aware dynamics, and reproducibility over extended simulation times.
Conclusions: Collectively, these findings position curcumin and berberine as highly promising molecular scaffolds for the rational development of novel antivirals against OROV, with translational potential to other emerging orthobunyaviruses. Ultimately, their performance in silico underscores the urgent need for experimental validation and paves the way for targeted antiviral discovery pipelines, a critical step in strengthening preparedness against arboviral threats in Latin America.
Producción de vDNA inducida por CHIKV en Aedes albopictus: evidencias in vitro e in vivo
No full textIntroducción: La producción de ADN derivado de virus de ARN (vDNA) mediada por elementos transponibles (ET) ha sido identificada como una estrategia para generar inmunidad de memoria en mosquitos, permitiéndoles tolerar infecciones por arbovirus. Aedes albopictus, un vector eficiente del virus chikungunya (CHIKV) se expande rápidamente en Colombia, lo que resalta la necesidad de comprender sus mecanismos moleculares de competencia vectorial. Este estudio evaluó la producción de vDNA asociada a la infección por CHIKV en la línea celular C6/36 de Ae. albopictus y en poblaciones naturales de esta especie colectadas en Vichada.
Métodos: La línea celular C6/36 se infectó con CHIKV (MOI 0.01), recolectándose células a las 3, 6, 12, 24 y 48 horas posinfección(hpi). A las 24 horas se aislaron vesículas extracelulares (EVs) de los sobrenadantes tratándolas con DNasa y RNasa antes de la extracción de DNA. Se emplearon seis pares de cebadores específicos para regiones del genoma viral que no amplifican el genoma del mosquito, confirmándolo por secuenciación, y se analizó la presencia diferencial de proteínas en EVs por espectrometría de masas. De campo se procesaron 34 larvas (3 pools) y 108 hembras (18 pools) de zonas urbanas y rurales.
Resultados: Se detectaron fragmentos de vDNA correspondientes a nsp1, nsp2, nsp4, E1 y cápside, apareciendo los no estructurales desde las 6 hpi y los estructurales desde 12 hpi, además de vDNA en EVs, lo que sugiere su empaquetamiento. El análisis proteómico identificó proteínas asociadas a biogénesis de EVs y a actividad de ET. En campo nsp1 y E1 se detectaron en 1 de 3 pooles de larvas y en 8 de 18 de hembras.
Conclusiones: Este es el primer reporte de múltiples vDNA de CHIKV en poblaciones silvestres de Ae. albopictus y de su posible asociación con EVs, destacando el papel del vDNA en la dinámica virus vector y en su competencia vectorial.
Fisiopatología de la infección por COVID-19 en relación con la enfermedad de Chagas: seguimiento de una cohorte de pacientes en el norte de Colombia antes y durante la pandemia
No full textIntroducción: La enfermedad de Chagas (CD), causada por Trypanosoma cruzi, es endémica en comunidades indígenas de América Latina, con prevalencias mucho mayores que en la población general. Estas comunidades presentan diversidad genética particular que podría influir en la evolución de la cardiopatía chagásica crónica (CCC) y en la respuesta frente al SARS-CoV-2. La COVID-19 se asocia con mayor riesgo de morbilidad cardiovascular, pero su impacto en pacientes con CD sigue siendo incierto.
Métodos: Se realizó un seguimiento prospectivo de 22 años a 1350 individuos indígenas de la Sierra Nevada, incluyendo 350 pacientes con CD confirmada por serología y PCR, evaluados semestralmente mediante electrocardiograma, ecocardiograma y clasificación de compromiso cardíaco según la OMS. Con la llegada del SARS-CoV-2 en septiembre de 2020, 274 pacientes continuaron seguimiento y fueron diagnosticados de COVID-19 por RT-PCR, antígeno viral y criterios serológicos.
Resultados: Contrario a lo esperado, las tasas ajustadas de eventos cardiovasculares en el periodo post-COVID-19 no superaron las del periodo previo. En esta cohorte indígena, menos del 10 % presentó compromiso cardíaco, frente al 30-40 % descrito en otras poblaciones con CD, posiblemente debido a factores inmunogénicos protectores, como variantes del complejo mayor de histocompatibilidad (HLA) y alta expresión basal de HLA-DR en monocitos. Los pacientes con CCC previa sí mostraron mayor gravedad clínica de COVID-19.
Conclusiones: Los mecanismos inmunológicos que predisponen al desarrollo de CCC podrían también influir en la severidad de COVID-19. La diversidad genética de estas poblaciones subraya la importancia de investigarlas para comprender la susceptibilidad diferencial a infecciones virales y orientar estrategias de prevención y manejo.
A Critical Analysis of the Trends in Low Measles-Containing-Caccine First- and Second Dose (MCV1 & 2) Immunization Coverage among 1-Year-Olds in Venezuela, 2009-2024
No full textIntroduction: Recently, measles has reemerged as a significant public health concern globally, affecting countries in Latin America, particularly children in areas facing low vaccination coverage and political or socioeconomic instability. Despite being a vaccine-preventable disease with elimination goals established by the World Health Organization (WHO), measles immunization rates in several Latin American countries remain below the recommended thresholds, increasing the risk of outbreaks and regional transmission amid epidemics in North America. The objectives of this study were to assess measles vaccine trends and indicators in Venezuela.
Methods: Using PAHO, the WHO/UNICEF Joint Reporting Form on Immunization, and the WHO/UNICEF Estimates of National Immunization Coverage (WUENIC) data from the Venezuelan Ministry of Health, a trend analysis of immunization coverage of under-1-year-olds against measles in Venezuela, 2009-2024 (Measles-containing-vaccine first- and second-dose, MCV1/2, immunization coverage among 1-year-olds), with an ecological approach, was done. Additionally, cases of measles infections were considered and analyzed. Variations in rates and other analyses were made.
Results: Immunization coverage of under-1-year-olds varied from 87% in 2009 (MCV1) to a maximum of 96% in 2017. Since 2017, a significant reduction trend (r²=0.600, p=0.0409, linear regression) up to 2023 has been observed, reaching 52% in 2022, slightly recovering to 68% in 2023, and 71% in 2024. Specifically, from 2011 to 2019, low MCV1 vaccine coverage was significantly associated with an increase in measles cases (6,943 cases during the period) (r²=0.9600, p<0.0001, non-linear regression). No significant associations were observed between MCV2 and measles cases (p?0.05).
Conclusions: Measles immunization coverage in Venezuela has declined significantly since 2017, contributing to an increase in measles cases, particularly in areas where first-dose coverage (MCV1) fell below the recommended levels. Therefore, strengthening routine immunization programs and addressing coverage gaps are urgently needed to prevent future outbreaks and progress toward measles elimination goals in the country and the region.
Obtención y caracterización de una proteína recombinante de la cápside del parvovirus porcino 5 (ppv5) unida a la proteína hsp90.3 de Nicotiana benthamiana como carrier
No full textIntroducción: El crecimiento del sector porcícola a nivel mundial se ha visto impactado por los elevados índices de mutación de los virus que ocasionan trastornos reproductivos y respiratorios. Uno de los más representativos es el parvovirus porcino (PPV1 hasta PPV8); su alta tasa de mutación afecta los esquemas de diagnóstico y vacunación, ocasionando un 8 % de mortalidad a nivel mundial y grandes pérdidas económicas para el sector. El PPV5 ha sido poco estudiado y se encuentra relacionado a coinfecciones con otros patógenos, como circovirus porcino (PCV2) y virus del síndrome respiratorio y reproductivo porcino (PRRSV). Por ello, surge la necesidad de desarrollar bioproductos seguros, a bajo costo y específicos frente a las variantes que puedan generarse por los mecanismos de evolución de los agentes infecciosos.
Métodos: Este estudio buscó producir la proteína recombinante de la cápside del PPV5 sola o fusionada a la proteína Hsp90.3 de Nicotiana benthamiana como carrier. Para ello, se amplificó por PCR convencional el gen de la proteína de la cápside con tamaño de 1695 pb. Posteriormente, se clonó en el vector pGEM-T, y se subclonó en el vector de expresión pRSET-A solo y fusionado. Luego, se transformó en células competentes de expresión E. coli (BL21 - Rosetta) y se estandarizaron lo niveles de expresión de las proteínas recombinantes, las cuales fueron purificadas mediante cromatografía de afinidad (IMAC) e identificadas con anticuerpos monoclonales (Anti6XHis). Adicionalmente, se realizó un Western blot para identificar la reactividad de las proteínas recombinantes producidas frente a sueros de cerdos seropositivos para PPV5.
Resultados: Los resultados de este proyecto representan un avance en el desarrollo de esquemas de detección, control y prevención más efectivos contra el PPV5.
Conclusiones: También se evaluará la expresión de estas proteínas en sistemas vegetales, buscando establecer una plataforma biotecnológica novedosa para la producción de proteínas recombinantes con potencial farmacéutico.
Acción antiviral in vitro de un extracto de Capsicum chinense contra tres arbovirus de importancia en salud pública
No full textIntroducción: Las enfermedades transmitidas por vectores como el dengue, la fiebre del Zika y la fiebre de Chikungunya, causadas por los arbovirus zoonóticos DENV, ZIKV y CHIKV, representan un importante problema de salud global. Dado que comparten el mismo vector, es común la circulación simultánea y la coinfección en regiones como las Américas, incluyendo Colombia. El control actual se centra en el vector, pero la OMS recomienda desde 2009 priorizar la búsqueda de antivirales. En este contexto, el género Capsicum —que incluye ajíes y pimientos— es rico en compuestos bioactivos como capsaicina, carotenoides y flavonoides, con propiedades antioxidantes, antiinflamatorias, analgésicas, antimicrobianas y potencialmente antivirales. Este estudio evaluó el efecto antiviral de un extracto hidroalcohólico de Capsicum chinense (ají habanero), rico en capsaicinoides (capsaicina y dihidrocapsaicina) y flavonoides (quercetina, rutina, luteolina y ácido ferúlico), frente a DENV, ZIKV y CHIKV.
Métodos: Se determinó la concentración citotóxica 50 (CC50) mediante ensayo MTT en células VERO, seleccionando 40, 80 y 160 ?g/mL para ensayos antivirales. El efecto antiviral se evaluó mediante plaqueo con tres estrategias PRE (adición de extracto antes de la infección), TRANS (adición de extracto al tiempo de la infección; y POST (adición de extracto luego de la infección).
Resultados: Se encontró un efecto antiviral con un porcentaje de inhibición de la infección mayor al 50% contra los tres arbovirus en la estrategia PRE-tratamiento en todas las concentraciones usadas; diferente a cuando se usó la estrategia POST-tratamiento en donde las tres concentraciones empleadas fueron muy efectivas para DENV y CHIKV, pero solo la mayor concentración tuvo efecto anti-ZIKV.
Conclusiones: Estos hallazgos sugieren que Capsicum chinense podría ser un fitomedicamento de amplio espectro, requiriéndose estudios posteriores para esclarecer sus mecanismos de acción.