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Vigilancia genómica mediante secuenciación de siguiente generación y análisis bioinformático del virus SARS-CoV-2 en Ecuador desde 2023 en el Instituto Nacional en Salud Pública “Leopoldo Izquieta Pérez”
No full textIntroducción: La secuenciación de genomas de SARS-CoV-2 ha permitido clasificar el virus en diferentes grupos genéticos o clados, basándose en mutaciones específicas en algunos de sus genes. Las mutaciones representan un fenómeno inherente y predecible en el contexto de la evolución viral. La vigilancia y monitoreo constantes, especialmente a nivel genético, son esenciales para rastrear la aparición de nuevas variantes (1). La evolución de SARS-CoV-2 ha dado lugar a la aparición de diferentes linajes, algunos de ellos han sido clasificados por la OMS como Variantes de Preocupación (VOC por sus siglas en inglés), Variantes de Interés (VOI por sus siglas en inglés) y Variantes Bajo Monitoreo (VUM por sus siglas en inglés) en salud pública (2). El objetivo de este trabajo fue monitorear los cambios genéticos del virus del SARS-CoV-2, mediante la vigilancia genómica periódica, para comprender su comportamiento y evolución a lo largo del tiempo.
Métodos: Se secuenciaron muestras de ARN viral, con el ensayo CovidSeq de Illumina en la plataforma Illumina MiSeq. Para el análisis bioinformático de las lecturas FASTQ, se utilizó una adaptación del protocolo ViralFlow, empleando el genoma de referencia del virus SARS-CoV-2 con el número de acceso NC_045512.2.
Resultados: En un análisis nacional a través de los datos genómicos depositados en GISAID (Global Initiative to Share All Influenza Data) se identificó que Ecuador ha reportado 12 706 genomas en total, de los cuales 7605 correspondientes a la variante Ómicron. A inicios de 2023, se destaca la presencia de las subvariantes XBB.1.5.92 y XBB.1.5.92.1 (HQ.1), que en la asignación de linajes dada por pangolín las designan como Variantes ecuatorianas (8). En 2024 se observa la circulación de la subvariante de interés JN.1*, la cual predominó desde su primer registro en el país en la semana epidemiológica (SE) 49-2023 hasta la SE 10 de 2025, a partir de la cual se han identificado las nuevas subvariantes KP.2, XEC, LP.8*, LF.7*, XFC, XFG y XFT.
Conclusiones: Hasta la fecha, en Ecuador se han detectado las Variantes de Interés XBB.1.5*, XBB.1.16*, EG.5# y BA.2.86/JN.1, así como las Variantes Bajo MB*, XBB.1.9.1, XBB.2.3, JN.1.7, KP.2, KP.3, KP.3.1.1, LB.1*, XFG*.
Cribado virtual, docking y dinámica molecular de moléculas de origen natural contra los serotipos del virus del dengue
No full textIntroducción: El virus del dengue (DENV), perteneciente al género Flavivirus, es transmitido principalmente por el mosquito Aedes aegypti y representa un problema de salud pública en Colombia y el mundo. La enfermedad puede ser asintomática o causar fiebre acompañada de otros síntomas que afectan la calidad de vida de los pacientes. Existen cuatro serotipos del virus (DENV-1, DENV-2, DENV-3 y DENV-4), todos capaces de infectar a humanos. Actualmente no hay un tratamiento antiviral específico, lo que hace necesario el desarrollo de estrategias para la identificación de nuevos compuestos con potencial terapéutico. Este estudio tuvo como objetivo realizar un cribado virtual y acoplamiento molecular de ligandos naturales contra los serotipos del virus del dengue, caracterizar las interacciones proteína-ligando y evaluar la estabilidad de los complejos mediante simulaciones.
Métodos: Se seleccionaron seis proteínas no estructurales del virus (NS1, NS2/NS3 inhibidor activo, NS2/NS3 inhibidor inactivo, NS2/NS3 proteasa, NS3 y NS5) y una proteína estructural (proteína E), obtenidas del Protein Data Bank (PDB: 4O6B, 3U1I, 2FOM, 3L6P, 2VBC, 4V0R y 1KOE, respectivamente). Un total de 1100 estructuras de moléculas de origen natural, reportadas con propiedades antivirales o posible acción antimicrobiana, obtenidas de bases de datos y referencias bibliográficas, fueron acopladas a las estructuras tridimensionales de proteínas utilizando AutoDock Vina, empleando Discovery Studio 2021 para la caracterización de interacciones. La validación de la simulación fue realizada mediante una curva ROC.
Resultados: Los mejores resultados fueron observados para los complejos 2BVC:(5-(2-fenil-4-oxocromen-2-il)-5-(2-fenil)-cromen-4-ona) presentó una afinidad de -12.0 kcal/mol, seguido por 2FOM-(2-[4-[5-(5,7-dihidroxi-4-oxo-2H-cromen-2-il)-2-hidroxifenoxi]fenil]-5,7-dihidroxi-4H-cromen-4-ona) con -11.6 kcal/mol, 2BVC-(3,4-dimetil-9-(4-fenoxifenil)-9,10-dihidro-2H,8H-cromeno[8,7-e][1,3]oxazin-2-ona) con -11.6 kcal/mol, y 2BVC-(8-[(2S,3R)-5,7-dihidroxi-2-(4-hidroxifenil)-4-oxo-2,3-dihidro-2H-cromen-3-il]-2-(3,4-dihidroxifenil)-5,7-dihidroxi-4H-cromen-4-ona) con -11.4 kcal/mol. Los resultados de validación mediante la curva ROC para las proteínas 2BVC y 2FOM fueron 93.6 ± 2.6 % y 92.1 ± 1.7 %, respectivamente. Sugiriendo una alta selectividad de los ligandos evaluados por estas proteínas.
Conclusiones: Estos compuestos naturales mostraron potencial para interactuar con los blancos terapéuticos seleccionados, resaltando la importancia de los métodos computacionales en la identificación de nuevos candidatos antivirales contra el dengue, en especial el compuesto 5-(2-fenil-4-oxocromen-2-il)-5-(2-fenil) cromen-4-ona, el cual posee un alto potencial para su evaluación experimental.
Estandarización y validación de un modelo bioinformático para el análisis de interacciones entre VPg–eIF4E en potyvirus
No full textIntroducción: Los potyvirus constituyen el grupo más amplio y económicamente relevante de virus de ARN de plantas, con impacto en una gran diversidad de cultivos a nivel mundial. Un determinante clave en su ciclo de infección es la interacción entre la proteína viral ligada al genoma (VPg) y factores de iniciación de la traducción como eIF4E, eIF(iso)4E y nCBP. Estas interacciones son fundamentales para la replicación viral y también representan un punto crítico en el desarrollo de resistencia genética en plantas. Cambios mínimos en VPg o en eIF4E/eIF(iso)4E pueden interrumpir esta interacción y generar resistencia en la planta. Sin embargo, sustituciones de aminoácidos en VPg capaces de restaurar la interacción con eIF4E mutado permiten a los potyvirus superar esta resistencia, favoreciendo su adaptación y la eventual evasión de las defensas de la planta.
Métodos: Este trabajo propone la estandarización de un modelo bioinformático para predecir y analizar la compatibilidad estructural entre VPg y homólogos de eIF4E en plantas. Incluyendo una fase de validación comparativa utilizando diferentes programas de modelación molecular y docking, para evaluar la calidad y precisión de las estructuras generadas.
Resultados: Se realizó un análisis exhaustivo de las secuencias proteicas para garantizar su correcta anotación, alineamiento y representación estructural, asegurando que el modelo predicho sea el más preciso posible. Los modelos resultantes se emplearán para predecir afinidades de unión y configuraciones espaciales de complejos VPg-factor del hospedero, evaluando cómo mutaciones específicas pueden alterar estas interacciones y proporcionando información sobre la probabilidad de eventos de salto de hospedero en potyvirus.
Conclusiones: El objetivo final es disponer de una herramienta validada y reproducible que ofrezca predicciones altamente precisas sobre las interacciones VPg–eIF4E en potyvirus, sirviendo como base para estudios enfocados en su especificidad y adaptabilidad, así como en el diseño de estrategias de resistencia para cultivos susceptibles a este grupo viral.
Caracterización de la capacidad infecciosa y adsorción del virus chikungunya en hemocomponentes almacenados
No full textIntroducción: La transmisión del virus chikunguña (CHIKV) puede representar un riesgo para la seguridad transfusional en Colombia. Este estudio tuvo por objetivo analizar la persistencia, capacidad infecciosa y adsorción de CHIKV en componentes sanguíneos.
Métodos: Se inocularon concentrados de plaquetas (3mL sin tratamiento con choque térmico y con este) y unidades de glóbulos rojos (30 mL) con 1.5-2.5×10? unidades formadoras de placa (UFP) de CHIKV. Las plaquetas se almacenaron a 20-25°C bajo agitación y los glóbulos rojos a 4°C. Se recolectaron alícuotas de las plaquetas diariamente durante cinco días y de glóbulos rojos cada siete días hasta seis semanas. Para evaluar la adsorción viral en glóbulos rojos, se obtuvieron precipitados tras centrifugación con lavados sucesivos. El genoma viral se cuantificó mediante RT-qPCR y la capacidad infecciosa se determinó por ensayos de formación de placas en células vero. La adsorción del virus a la superficie de glóbulos rojos se confirmó por RT-qPCR y microscopía de fluorescencia. Las diferencias en copias genómicas y partículas virales infecciosas fueron analizadas mediante pruebas no paramétricas (Kruskal-Wallis y Dunn, p<0.05).
Resultados: En plaquetas, hasta el día cuatro se observó una disminución significativa en copias virales (de 2.1×10? a 6.7×10³ copias/?L) y en partículas infecciosas (de 1.3×10? a 5.5×10? UFP/mL). Al día cinco, las plaquetas sin choque térmico mostraron un aumento significativo en el número de copias virales comparadas con las tratadas térmicamente, mientras que la infectividad continuó disminuyendo. En los glóbulos rojos, las copias virales disminuyeron significativamente a partir de la semana cuatro, pero la infectividad se mantuvo estable durante las seis semanas. La adsorción viral en glóbulos rojos se confirmó desde las primeras dos horas de interacción.
Conclusiones: CHIKV persiste en glóbulos rojos y plaquetas con tendencia a disminuir, la adsorción del virus en los glóbulos rojos podría favorecer su estabilidad implicando un riesgo para la seguridad transfusional.
Estrategia de vigilancia por laboratorio de la fiebre amarilla en Colombia: experiencias del brote 2024-2025
No full textIntroducción: Fiebre amarilla hace parte del reglamento sanitario internacional (RSI) que es vinculante para los países de las Américas. En Colombia, el Instituto Nacional de Salud (INS) cuenta con protocolos de vigilancia epidemiológica que permiten la toma de decisiones, fortalecimiento de la vacunación y control vectorial. El Laboratorio Nacional de Referencia (LNR) lidera la confirmación de casos humanos y primates no humanos (PNH) y realiza la búsqueda activa en el territorio nacional para estimar distribución de la enfermedad y aportar a indicadores de riesgo.
Métodos: Se analizaron muestras notificadas al sistema, priorizando muestras agudas. Se aplica algoritmo definido por la OPS con detección molecular por RT-PCR. Se incluyen casos vivos y fallecidos, y estudios por histopatología e inmnohistoquímica. Los virus detectados son incluidos en la caracterización genómica rutinaria. El LNR realiza búsqueda activa por diagnóstico diferencial en el territorio nacional.
Resultados: Se han analizado 2678 muestras notificadas para fiebre amarilla (2024-2025), y 3145 muestras febriles adicionales como diagnóstico diferencial. 128 casos se han confirmado en 10 departamentos, incluyendo 53 mortalidades; Tolima con mayor confirmación (84,2 %). Se ha realizado búsqueda activa en 31 departamentos. La histopatología y detección de antígeno amarílico han correlacionado con la detección viral por RT-PCR en la mayoría de las mortalidades. 64 epizootias se han confirmado en PNH con concentraciones virales elevadas en las muestras analizadas. En mortalidades y PNH, el virus se ha detectado con mayor frecuencia en hígado, bazo y tejido cerebral (PNH). Los análisis genéticos han confirmado la circulación del genotipo Suramericano I.
Conclusión: La vigilancia por laboratorio de la fiebre amarilla permite estimar la distribución de la enfermedad, aunque es un componente que debe ligarse a coberturas de vacunación adecuadas y educación comunitaria para detección de riesgos. El LNR mantiene las actividades propias de su misionalidad para este evento como parte del RSI.
Caracterización genética del virus de influenza A en Colombia: desafíos y perspectivas desde la vigilancia virológica
No full textIntroducción: La infección respiratoria aguda (IRA) es una de las principales causas de morbi-mortalidad en Colombia. Los virus de influenza A y B (FLU) son frecuentemente detectados en IRA graves, con 2940 casos en 2024 y 20-30 % de positividad durante 2025 (SE 27). Su potencial de mutación obliga a vigilar posibles variaciones genéticas en los virus circulantes. El Laboratorio Nacional de Referencia del Instituto Nacional de Salud, como parte de la Sistema Global de Vigilancia y Respuesta a Influenza y como Centro Nacional de Influenza (NIC), realiza la vigilancia de este virus para caracterización y seguimiento en el país.
Métodos: Se intentó secuenciación de genoma completo en 45 muestras confirmadas para FLU-A/B provenientes de diferentes departamentos en 2025 usando primers universales MBTuni-12, MBTuni-12.4 y MBTuni-13, 2:3:5, respectivamente, con tecnología Oxford Nanopore, y usando plataforma MIRA (CDC). Se determinó agrupación por clados y mutaciones de interés. Los datos fueron relacionados con información epidemiológica disponible en Sivigila y la formulación vacunal.
Resultados: Flu-A(H1N1) pdm09 se agrupó en los clados 6B.1A.5a.2a y 6B.1A.5a.2a.1, evidenciando las mutaciones R26K, R240Q, N111D, relacionadas con tropismo, transmisibilidad, fusión y reconocimiento de anticuerpos. Para FLU-A(H3N2) (clado 3C.2a1b.2a.2a.3a.1), las mutaciones N161S, A202D, N138D son asociadas a mayor virulencia y escape inmunológico. Para FLU-B fueron encontradas mutaciones D209E y D144N, relacionadas con especificidad del huésped. Se evidenció cubrimiento in silico de la formulación vacunal con las cepas circulantes en el país.
Conclusión: El análisis genómico en virus de influenza A es importante en casos no estacionales, dado el riesgo de emergencia de nuevas variantes. Sin embargo, la secuenciación del segmento codificante para la hemaglutinina (HA) y neuraminidasa (NA) aún es útil para el seguimiento virológico del virus y la toma de decisiones en salud pública. Ensayos fenotípicos son necesarios para estudiar la expresión de las mutaciones encontradas.
Los orígenes y transformaciones del Castillo de San Lorenzo el Real de Chagres, Panamá (siglos XVI a XVIII)
No full textBetween 2022 and 2024, a research project was conducted using historical, geophysical, and archaeological approaches at the Castillo de San Lorenzo el Real de Chagres, an 18th-century Spanish fortress at the mouth of the Chagres River in Panama. The study revealed that the current structure is the fourth iteration of the fortress. For the first time, historical and archaeological data detailing the constructive evolution of the castle are presented. No remains of the first castle exist, as they were destroyed by the sea, but descriptions of the second fortress, which was taken and razed by Henry Morgan, have been compiled and analyzed. Excavations and geophysical surveys uncovered remains of the third castle beneath fill laid out for the construction of the current fortress. Additionally, previously unpublished documents on the evolution of the third version are reviewed, and it was found that the moat of the second castle was reused in later fortifications up to the present, making it one of the oldest structures from Panama‘s Colonial period.Entre 2022 y 2024, se realizó un proyecto de investigaciones históricas, geofísicas y arqueológicas en el Castillo de San Lorenzo el Real de Chagres, fortaleza española del siglo XVIII en la desembocadura del río Chagres, Panamá. El estudio reveló que la actual estructura es la cuarta iteración del edificio y se presentan por primera vez datos históricos y arqueológicos detallando su evolución constructiva. No quedan restos del primer castillo, ya que fueron destruidos por el mar, pero se han reunido descripciones de la segunda versión, que fue tomada y arrasada por Henry Morgan. Las excavaciones y sondeos geofísicos descubrieron restos de la tercera fortaleza bajo los rellenos de la actual. Además, se revisaron documentos inéditos sobre la evolución de la tercera versión y se descubrió que el foso del segundo castillo fue reutilizado por las versiones posteriores hasta la actualidad, siendo una de las estructuras más antiguas del período colonial de Panamá
Luis Trejos Rosero, Ángel Tuirán Sarmiento y Emely Villa Carpentier. Territorios, capacidades administrativas y paz total en el Caribe colombiano: el caso de las negociaciones con el ELN
No full textEl libro Territorios, capacidades administrativas y paz total en el Caribe colombiano: el caso de las negociaciones con el ELN, de los profesores e investigadores Luis Trejos Rosero, Ángel Tuirán Sarmiento y la politóloga Emely Villa Carpentier, aborda uno de los fenómenos (dada su naturaleza) más complejos de cara a la construcción de paz en Colombia, es decir, la relación que fluye entre un grupo armado de larga data –el Ejército de Liberación Nacional (ELN)– y las administraciones locales circunscritas en los territorios históricamente afectados por las dinámicas de las violencia que emanan de esta organización guerrillera. El hilo conductor es la manera como la capacidad institucional, conjugada con el ámbito administrativo de los entes subnacionales (alcaldías y gobernaciones), determina, en gran medida, posibles eficacias o fracasos en lo que se refiere a políticas de paz impulsadas desde el Gobierno nacional
Internacionalización y territorio: articulación de estrategia de internacionalización con las necesidades territoriales en Colombia
No full textEste artículo propone una mirada práctica y contextualizada sobre cómo las Instituciones de Educación Superior (IES) en Colombia pueden hacer de la internacionalización una herramienta de transformación en sus territorios. Partiendo de los nuevos lineamientos del Ministerio de Educación Nacional (MEN), se plantea un proceso de internacionalización que busca responder de manera contextualizada a las necesidades del territorio. Poniendo especial foco en las realidades locales y contribuir al desarrollo regional. A través de experiencias, enfoques y recomendaciones concretas, se invita a repensar el papel de las IES como actores que conectan lo global con lo local, construyendo redes y oportunidades que fortalezcan tanto a las instituciones como al contexto que las rodean
QUANDO O BAIRRO ENTRA NO ARQUIVO OFICIAL: A RECUPERAÇÃO DA COLECÇÃO FOTOGRÁFICA DE IRMÃ ELFRIDE
No full textAn experience of recovery of a personal photographic archive in the city of Cartagena de Indias is presented, based on the discovery of a set of albums belonging to the Austrian missionary Elfride Jagersberger. The recovered albums contain photographs recorded between 1966 and 2012 in various peripheral sectors that emerged as a result of the armed conflict. Documentary research and participatory action research (PAR) are combined in the Nelson Mandela neighborhood, an informal settlement built in 1994 by peasant families displaced by violence. As a result of the process, a photographic collection was formally incorporated into the Cartagena de Indias Historical Photo Library. The work reflects on the role of community and personal photographic archives as devices to think critically about the city, and evidences the usefulness of vernacular photography to develop community memory processes in vulnerable contexts, pointing out its value as historical and cultural heritage of a territory.
Se presenta una experiencia de recuperación de un archivo fotográfico personal en la ciudad de Cartagena de Indias a partir del hallazgo de un conjunto de álbumes pertenecientes a la misionera austríaca Elfride Jagersberger. Los álbumes recuperados contienen fotografías registradas entre 1966 y 2012 en diversos sectores periféricos surgidos a causa del conflicto armado. Se combinan la investigación documental y la Investigación Acción Participativa (IAP) en el barrio Nelson Mandela, asentamiento informal levantado en 1994 por familias campesinas desplazadas por la violencia. Como resultado del proceso se conforma un fondo fotográfico que se incorpora formalmente a la Fototeca Histórica Cartagena de Indias. Este trabajo reflexiona sobre el rol de los archivos fotográficos comunitarios y personales como dispositivos para pensar críticamente la ciudad, y evidencia la utilidad de la fotografía vernácula para desarrollar procesos de memoria comunitaria en contextos vulnerables, señalando su valor como patrimonio histórico y cultural de un territorio.Apresenta-se uma experiência de recuperação de um arquivo fotográfico pessoal na cidade de Cartagena das Índias, a partir da descoberta de um conjunto de álbuns pertencentes à missionária austríaca Elfride Jagersberger. Os álbuns recuperados contêm fotografias registadas entre 1966 e 2012 em vários sectores periféricos que surgiram como resultado do conflito armado. A investigação documental e a investigação-ação participativa (PAR) são combinadas no bairro Nelson Mandela, um assentamento informal construído em 1994 por famílias de camponeses deslocados pela violência. Como resultado do processo, foi criado um arquivo fotográfico que foi formalmente incorporado na Biblioteca Fotográfica Histórica de Cartagena das Índias. O trabalho reflecte sobre o papel dos arquivos fotográficos comunitários e pessoais como dispositivos para pensar criticamente a cidade, e demonstra a utilidade da fotografia vernacular para desenvolver processos de memória comunitária em contextos vulneráveis, destacando o seu valor como património histórico e cultural de um território