Repozytorium Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza (AMUR)
Not a member yet
24938 research outputs found
Sort by
Controls on coastal flooding in the southern Baltic Sea revealed from the late Holocene sedimentary records
No full textClimate change and related sea-level rise pose significant threats to lowland coasts. However, the role of key controlling factors responsible for the frequency and landward extent of extreme storm surges is not yet fully understood. Here, we present a high-resolution sedimentary record of extreme storm surge flooding from the non-tidal southern Baltic Sea, spanning two periods: 3.6–2.9 ka BP and 0.7 ka BP until present. Sediments from coastal wetland, including sandy event layers, were analyzed by sedimentological (grain size, loss-on-ignition, micromorphology), geochronological (14C), geochemical (XRF), mineralogical (heavy minerals) and micropaleontological (diatoms) methods. The results show that both periods were characterized by high-frequency of storm surge flooding, in order of 1.3–4.2 events per century. These periods correlate with phases of enhanced storminess in northwest Europe and took place during both rising and fluctuating sea levels. The study shows that the frequency and landward extent of coastal inundation, largely depended on the development of natural barriers (e.g. beach ridges and aeolian foredunes). Thus, in the context of the future coastal storm-surge hazard, the protection of existing coastal barriers and their morphology is essential.Narodowe Centrum Nauki, grant 2018/29/B/ST10/00042
The role of GAF, ISGF3 and IRF1 complexes in time-dependent IFNα- and IFNγ-activated transcriptional responses and functional overlap
No full textWydział BiologiiInterferony (IFN) są cytokinami odkrytymi dzięki swoim właściwościom interferencji w rozwój zakażenia wirusowego, jednak są one zaangażowane również w inne procesy biologiczne np. w regulację proliferacji komórek, apoptozy czy komórkowej odpowiedzi zapalnej oraz w funkcjonowanie odporności wrodzonej i nabytej.
IFNα i IFNγ indukują ekspresję genów stymulowanych przez IFN (ISG) poprzez fosforylację białek STAT1 i/lub STAT2. Czynniki transkrypcyjne jako homodimery STAT1 (zwane dalej GAF, w odpowiedzi na IFNα i IFNγ) lub heterodimery STAT1/2 (GAF-podobne, tylko IFNα) bezpośrednio aktywują geny zawierające element DNA - GAS. Heterodimer białek STAT1/2 wraz z białkiem IRF9 tworzą kompleks ISGF3, który w odpowiedzi na IFNα poszerza zestaw elementów regulatorowych, które mogą być wykorzystane przez szlak JAK-STAT o element ISRE. Oba IFN dodatkowo stymulują ekspresję białka IRF1, które może następnie indukować ekspresję innych ISG w odpowiedzi na IFNα i IFNγ poprzez swoje niezależne wiązanie się do ISRE. Chociaż klasyczne szlaki sygnałowe w odpowiedzi na IFNα i IFNγ są różne, to ich odpowiedzi transkrypcyjne, jak i rola biologiczna w dużym stopniu się pokrywają.
Aby wyjaśnić to zjawisko, postawiliśmy hipotezę, że zróżnicowane wiązanie się kompleksów ISGF3, IRF1 i GAF/GAF-podobnych do miejsc regulatorowych ISRE, GAS i ISRE+GAS powoduje oparte na genach STAT1, STAT2, IRF9 i IRF1 pozytywne sprzężenie zwrotne, a także jest podstawą odpowiedzi komórkowej na IFNα i IFNγ wyjaśniając ich funkcjonalne podobieństwo.
Wykorzystaliśmy integrację danych pochodzących z całogenomowych eksperymentów ChIP-seq oraz RNA-seq przeprowadzonych na linii Huh7.5. Dostarczyły one informacji o ekspresji genów oraz interakcji chromatyny z czynnikami transkrypcyjnymi indukowanych stymulacją IFNα lub IFNγ. Dzięki temu podejściu zidentyfikowaliśmy 220 genów indukowanych zarówno przez IFNα i IFNγ. Ponadto scharakteryzowaliśmy elementy regulatorowe w ich promotorach i podzieliliśmy je na grupy genów ze względu na posiadanie GAS, ISRE lub kompozytowego miejsca GAS+ISRE. Następnie zidentyfikowaliśmy czynniki transkrypcyjne, które aktywują każdą grupę genów w odpowiedzi na poszczególny IFN. Mimo, że powyższy zestaw genów był aktywowany przez oba IFN, to geny zawierające ISRE były mocniej indukowane w odpowiedzi na IFNα, ze względu na wiązanie silniejszego czynnika - ISGF3.
Z drugiej strony, geny zawierające GAS były bardziej wystymulowane przez kompleks GAF w odpowiedzi na IFNγ, niż GAF-podobny w odpowiedzi na IFNα. Ponadto, zidentyfikowaliśmy grupę 47 genów zawierających kompozytowe miejsce wiązania GAS+ISRE, które poprzez wiązanie każdego rodzaju kompleksów, to jest GAF/GAF-podobnych do miejsca GAS oraz ISGF3/IRF1 do miejsca ISRE, wykazywały porównywalną indukcję w odpowiedzi na obie stymulacje. Co więcej, stosując ukierunkowaną mutagenezę, wykazaliśmy, że geny zawierające kompozyt GAS+ISRE mogą wykorzystywać jedno z elementów regulatorowymi i, do pewnego stopnia, zachowywać ekspresję, gdy drugie z miejsc jest nieaktywne. Dodatkowo, udowodniliśmy, że w traktowanych IFNα i IFNγ mutantach komórek Huh7.5 które nie posiadają jednego z białek: STAT1, STAT2, IRF9, IRF1 lub obu IRF9/IRF1 istnieją alternatywne szlaki sygnałowe, które regulują ekspresję ISG w przypadku braku aktywności podstawowych czynników transkrypcyjnych regulowanych w szlaku odpowiedzi na IFN.
Wśród genów zawierających miejsca kompozytowe zidentyfikowaliśmy geny dla białek STAT1 (kompozyt nie w promotorze, lecz w dystalnym elemencie regulatorowym), STAT2 i IRF9, które wraz z genem dla białka IRF1 (zawierającym miejsce GAS w promotorze), ulegają podwyższonej ekspresji w odpowiedzi na stymulację IFNα i IFNγ, powodując w ten sposób nagromadzenie nowych komponentów stymulując formowanie się nowych kompleksów czynników transkrypcyjnych i przyspieszając dodatnie sprzężenie zwrotne, które kontroluje przedłużoną odpowiedź komórkową na IFN.
Jako wynik tej pracy proponujemy nowy, szczegółowy model odpowiedzi komórkowej indukowanej przez IFNα i IFNγ, które oparty jest zarówno na niefosforylowanych jak i fosforylowanych kompleksach ISGF3, GAF/GAF-podobnych oraz IRF1. W różnych kombinacjach, a także w zmienny w czasie sposób, kompleksy te pośredniczą w kształtowaniu się wczesnej i przedłużonej odpowiedzi na IFN, działając poprzez geny zawierające miejsca wiązania GAS, ISRE oraz kompozytowe. IFNα oraz IFNγ indukują wspólną pulę genów przez podobny zestaw czynników transkrypcyjnych, co leży u podstaw ich transkrypcyjnego oraz funkcjonalnego podobieństwa. W sercu tego systemu znajdują się geny posiadające oba miejsca wiązania, GAS i ISRE, które z jednej strony regulują ekspresję STAT1, STAT2 i IRF9, wzmacniając w ten sposób tworzenie nowych czynników transkrypcyjnych i przedłużają odpowiedź na IFN, z drugiej strony kontrolują ekspresję wspólnej puli genów o zróżnicowanych funkcjach, kształtując w ten sposób biologiczną rolę IFNα oraz IFNγ.
Dodatkowo w modelu tym, następujące po sobie aktywacje konkretnych genów udało nam się powiązać z odpowiedzią biologiczną i tak wczesne geny posiadające GAS odpowiedzialne są za rozpędzenie maszynerii transkrypcyjnej oraz rozbudzenie wczesnej immunologicznej odpowiedzi wrodzonej, podczas gdy późniejsze geny posiadające dodatkowo lub wyłącznie miejsce ISRE, wzmacniają odpowiedź wrodzoną oraz stymulują odpowiedź nabytą, jednocześnie wykazując coraz silniejsze działanie antywirusowe. Aby dopełnić ten model, uwzględniliśmy potencjalną rolę niefosforylowanych STAT1, STAT2, IRF9 i IRF1 zarówno w utrzymywaniu konstytutywnej ekspresji ISG jak i przywracaniu homeostazy.Interferons (IFN) belong to the superfamily of cytokines discovered as antiviral proteins, but they are also involved in cell proliferation, apoptosis, inflammation, and adaptive immunity.
IFNα and IFNγ induce the expression of IFN-stimulated genes (ISG) by phosphorylating Signal Transducer and Activator of Transcription (STAT)1 and/or STAT2 proteins. Transcription factors (TF) as STAT1 homodimers (GAF, IFNα and IFNγ) or STAT1/2 heterodimers (GAF-like, IFNα) directly activate genes containing the IFNγ-activation site (GAS) DNA element. STAT1/2 heterodimer with interferon regulatory factor (IRF)9 (known as ISGF3) in response to IFNα expands the range of regulatory elements that can be targeted by the JAK-STAT pathway to IFN-stimulated response element (ISRE). Both IFNs induce the expression of IRF1, which can regulate the expression of ISGs in response to IFNα and IFNγ by binding the ISRE independently. Although the core signaling pathways of IFNα and IFNγ are distinct, their transcriptional responses greatly overlap.
To explain this phenomenon, we define the hypothesis that differential binding of ISGF3, IRF1 and GAF/GAF-like complexes to ISRE, GAS and ISRE+GAS composite sites regulates positive feedback of the STAT1, STAT2, IRF9 and IRF1 genes and long-term IFNα and IFNγ responsiveness and explains functional overlap.
Using the Huh7.5 cell line as a model and genome-wide, integrative approach, which combines binding and expression data, we identified 220 overlapping genes induced by IFNα and IFNγ. Moreover, we characterized the regulatory elements in their promoter and divided them into GAS-, ISRE-, or composite GAS+ISRE-containing gene groups. Next, we assessed the TFs which can activate each gene group in response to IFNα or IFNγ. While being responsive to both stimuli, ISRE-containing genes were higher induced in response to IFNα because of the potency of ISGF3. On the contrary, GAS-containing genes were more responsive to the GAF complex in response to IFNγ. We identified a group of 47 GAS+ISRE composite-containing genes, which by co-recruitment of GAF/GAF-like complexes to the GAS and ISGF3/IRF1 to the ISRE site are highly responsive to both stimulations. Furthermore, using site-directed mutagenesis, we showed that composite-containing genes could switch between regulatory elements and, to some extent, preserve the expression when one of the sites is mutated. What is more, we proved that in IFNα- and IFNγ-treated STAT1-, STAT2-, IRF9-, IRF1- and IRF9/IRF1-mutant Huh7.5 cells confirmed the existence of the alternative signaling pathways, which regulate the ISG expression in the absence of the canonical TFs.
Among composite-containing genes, we identified STAT1 (composite in distal regulatory element), STAT2 and IRF9, which, together with GAS-containing IRF1 gene, were up-regulated in response to IFNα and IFNγ, thus enhancing the new complex formation and accelerating the positive feedback loop, which controls the long-term IFN-activated cellular response.
Together, we propose a novel, detailed model of IFNα- and IFNγ-induced cellular response, which depend on unphosphorylated and phosphorylated ISGF3, GAF/GAF-like complexes and IRF1. In a combinatorial and timely fashion, these complexes mediate the early and prolonged IFN response through GAS-, ISRE- and composite-containing genes. The core set of these genes and activated TFs are commonly regulated by IFNα and IFNγ what underlies the transcriptional and functional overlap between these two stimulations. In the heart of this system are placed the composite genes, which on the one hand regulate the STAT1, STAT2 and IRF9 expression, thus enhancing the new TF complex formation and long-term IFN response, on the other hand, control many diverse ISG expressions shaping the cellular IFN responsiveness and its biological activity. We combined the consecutive activation of GAS, composite- and ISRE containing gene activation with possible engagement in transcriptional, then innate, towards adaptive immune response. To complete this model, we incorporated the potential role of STAT1, STAT2, IRF9 and IRF1 in constitutive ISG expression and rebalancing the homeostasis
Internal relations within limited partnership with a limited liability company as a partner in the comparative perspective
No full textWydział Prawa i AdministracjiRozprawa obejmuje analizę stosunków wewnętrznych w polskiej spółce komandytowej, ze szczególnym uwzględnieniem konstrukcji z udziałem spółki z ograniczoną odpowiedzialnością. W ramach prowadzonych badań przedmiotowa forma organizacyjno-prawna jest porównywana ze swoimi odpowiednikami w prawie niemieckim, austriackim, szwajcarskim i liechtensteińskim.
W rozprawie podejmuje się próbę: (i) ustalenia reżimu prawnego, który kształtuje sferę wewnętrznych stosunków spółki komandytowej z udziałem spółki z o.o. na gruncie prawa polskiego, (ii) zidentyfikowania pojawiających się problemów oraz (iii) wskazania potencjalnych sposobów rozwiązania przedmiotowych problemów za pomocą instrumentów dostępnych w aktualnym stanie prawnym. Ponadto poddaje się analizie zagraniczne reżimy prawne oraz zagraniczny dorobek naukowy, w celu sprawdzenia, czy umożliwiają one – a jeśli tak, to w jakim stopniu – rozwiązanie problemów istniejących na gruncie prawa polskiego. W ramach rozprawy wyodrębnia się także te rozwiązania normatywne, które nie są znane w polskim porządku prawnym. Następnie dokonuje się sprawdzenia zasadności zaadaptowania poszczególnych rozwiązań do polskiego systemu prawa oraz zakresu, w jakim jest to dopuszczalne. Rezultatem prowadzonych badań jest sformułowanie propozycji nowych przepisów dotyczących polskiej spółki komandytowej w obszarach, w których wydaje się to nieodzowne lub szczególnie wskazane.The dissertation encompasses analysis of internal relations within the Polish limited partnership. Particular interest was given into the limited partnership with the limited liability company as a partner. Studied organizational and legal form of Polish partnership were compared to German, Austrian, Swiss and Liechtenstein analogues.
Main interest of presented work was placed on the legal aspects and effects of the Polish Code of Commercial Companies on the internal relations in: i) the limited partnership, ii) the limited partnership with the limited liability company as a partner and iii) the limited partnership with the limited liability company as a general partner. The research also included arrangements concerning the manner of exercising the right to conduct the company's affairs, in particular related to conducting the affairs of a limited partnership by members of the management board of the general partner.
The research established aspects of the legal relationship between the partners with significant theoretical or practical problems that would require the intervention of the legislator. It was examined if legislative solutions in other legal systems would be possible and reasonable to implement into Polish law. In parallel, certain problems specific exclusively to foreign limited partnerships legislations were identified and the attempts of solving them presented
Investigation of discontinuous phase transitions in complex spin lattice systems using computer experiments: the three-dimensional Ashkin-Teller model
No full textWydział FizykiEksperyment komputerowy Monte Carlo (MC) do analizy przemian fazowych pierwszego rodzaju sterowanych temperaturą w układzie z trzema niezależnie zachowującymi się parametrami porządku przedstawiono na przykładzie trójwymiarowego (3W) modelu Ashkina-Tellera (AT), pokazującego bogaty i złożony diagram fazowy. Wykorzystywane są właściwości takich wielkości, jak namagnesowanie, trzy różne typy kumulant, energia wewnętrzna i jej histogram. Te eksperymenty z powodzeniem mogą być stosowane w analizie temperaturowych przemian fazowych pierwszego rodzaju w układach ze stopniami swobody typu Isinga nie tylko z jednym niezależnym parametrem porządku, ale także w złożonych układach o wielu parametrach porządku wykazujących indywidualne uporządkowanie, jak w modelu AT. Zaproponowany komputerowy eksperyment MC wykorzystuje przetwarzanie równoległe i algorytm Metropolisa. Badane są przemiany fazowe pierwszego rodzaju dowolnie słabe do silnych w obszarze diagramu fazowego z oddziaływaniami ferromagnetycznymi, a ciepło przemiany jest dokładnie obliczane nie tylko dla całego układu, ale wyznaczono wkłady związane z poszczególnymi stopniami swobody. W pracy po raz pierwszy wskazano rolę punktu Pottsa w 3W modelu AT. Stwierdzono, że punkt bifurkacji nie jest punktem trójkrytycznym, jak donosiły wcześniejsze prace, a także udokładniono położenia punktu bifurkacji i punktów trójkrytycznych.The Monte Carlo (MC) computer experiment for the analysis of first-order temperature-driven phase transitions in a system with three independently behaving order parameters is presented on the example of the three-dimensional (3D) Ashkin-Teller (AT) model, showing the rich and complex phase diagram. The properties of number of quantities, such as magnetization, three different types of cumulants, the internal energy, and its histogram, are exploited. These experiments can be successfully used in the analysis of first-order temperature-driven phase transitions in systems with degrees of freedom of the Ising type not only with one independent order parameter, but also in complex systems with many order parameters showing individual ordering, as in the AT model. The proposed MC computer experiment uses parallel processing and the Metropolis algorithm. Arbitrarily weak to strong first-order phase transitions in the phase diagram region with ferromagnetic interactions are investigated and the latent heat associated with individual degrees of freedom is carefully computed. The paper shows for the first time the role of the Potts point in the 3D AT model. It was found that the bifurcation point is not a tri-critical point, as reported in previous papers, and the positions of the bifurcation point and tricritical points were refined
Historia kryształów rezorcynolu i nowe sposoby stabilizowania wysokociśnieniowych polimorfów w warunkach normalnych
No full textWydział ChemiiMy thesis tells The story of resorcinol crystals and a new perspective for stabilizing high-pressure polymorphs at ambient conditions. Resorcinol is an important natural product and chemical compound of many applications, including technological ones. Resorcinol is also important from the point of view of the history of science, as it was the first organic compound for which the structures of two polymorphs were determined by X-ray diffraction in the 1930s. Actually, those historic determinations were puzzling, and they continued to be puzzling in the most recent times, because both polymorphs have the same space-group symmetry type and the high-temperature polymorph β is denser than the low-temperature one (α); in 2016 a still denser polymorph ε was discovered, which was even more puzzling. I have shown that polymorph β is not stable under pressure, as it was suggested, and that polymorph ε is the high-pressure form of resorcinol between 0.2 and 0.7 GPa, above which still another new polymorph ζ is stable. This was a surprising outcome because polymorph ε was discovered under ambient pressure (0.1 MPa), but only in the mixture with tartaric acid and with polymorph β. I have obtained polymorph ε in its pure form (without additions), as a single crystal, and I have shown that it is unstable below 0.2 GPa. I have also shown that resorcinol is prone to form solvates under pressure: I have obtained two new hydrates (mono- and duotritohydrate) and the methanol solvate. These solvates are quite intriguing by themselves, as the monohydrate and mono-methanol solvates are isostructural, but the monohydrate is metastable with respect to duotritohydrate, while the duotritomethanol solvate was not found. Also, the duotritohydrate forms a passivation layer on the surface of monohydrate crystals, protecting the metastable phase from dissolution. I established that it is characteristic to all resorcinol phases that they transform between phases with a wide hysteresis, which hampers the investigations of resorcinol forms. Therefore, I had to use the methods of high-pressure in situ isothermal and isochoric recrystallizations in the diamond anvil cell for outlining the pressure/temperature phase diagram and also the preference diagram for the solvates. I consider the discovery of the new polymorph ζ of resorcinol and of the solvates and their stability relations to be a significant achievement. Particularly, polymorph ζ is the first layered structure of pure resorcinol and the first centrosymmetric structure. As for the general achievements, the phase diagram of pure resorcinol indicated that polymorph ε cannot exist under ambient pressure and therefore it was somehow stabilized – I found the method of stabilizing high-pressure phases and tested it not only for resorcinol, but also for other compounds. Thus, this new method to recover and stabilize high-pressure polymorphs is quite general method for other organic compounds. In
fact, my research shows that high-pressure polymorphs can be used for practical applications, which can solve one of the big challenges of high-pressure research, i.e. overcoming the instability of the obtained high-pressure polymorphs at ambient conditions. Some of the puzzles connected to the polymorphism of resorcinol still remain unsolved, but certainly many new information about the polymorphs and crystalline forms of resorcinol have been provided in my thesis. Besides the thesis, these results have been summarized in three articles on resorcinol published in Crystal Growth & Design and in Journal of Physical Chemistry C.
In the first article (R1), I show that the polymorphs α and β can be compressed up to 5.6 GPa and that their α-to-β phase transition does not occur at 0.5 GPa. However, the hydrogen bonds network in polymorphs α show some destabilizing effects close to 0.5 GPa, which is due to the molecular reorientations in the compressed crystal environment. This structural feature of hydrogen bonds OH∙∙∙O can be the reason for observations by the NMR and IR techniques of the α-to-β phase transition reported in the literature.
Solvates of resorcinol with water and methanol have been discussed in article R2. The monohydrate and duotritohydrate revealed a formation of the passivation layer protecting the metastable form from dissolution. Surprisingly, the duotritohydrate, the more stable and higher-pressure form is disordered, while the monohydrate contains geometrically unfavourable hydrogen bond (by over 0.3 Å longer than expected for OH∙∙∙O bonds) in its structure.
In article R3, two new high-pressure polymorphs ε and ζ of resorcinol have been revealed. Moreover, in this paper, we stabilized the high-pressure polymorph ε at ambient conditions by doping the resorcinol sample with tartaric acid. We have explained the mechanism leading to this stabilization by the effect of internal pressure. The range of this internal pressure induced by doping can be calculated according to the formula based on our model. These results of high-pressure polymorph stabilization for resorcinol have been consistent also for other well-known compounds (imidazole and benzimidazole derivatives), for which high-pressure polymorphs were obtained previously.Moja praca dyplomowa opowiada Historię kryształów rezorcynolu i nowych sposobów stabilizowania wysokociśnieniowych polimorfów w warunkach normalnych. Rezorcynol jest ważnym produktem naturalnym i związkiem chemicznym o wielu zastosowaniach, w tym technologicznych. Rezorcynol jest również ważny z punktu widzenia historii nauki, ponieważ był pierwszym związkiem organicznym dla którego w latach 30-tych XX wieku określono struktury dwóch odmian polimorficznych metodą dyfrakcji rentgenowskiej. Jednakże, uzyskane wtedy wyniki nawet do niedawna stanowiły zagadkę, ponieważ obie formy mają symetrię tej samej grupy przestrzennej, a wysokotemperaturowa odmiana β ma wyższą gęstość niż niskotemperaturowa odmiana polimorficzna (α); w 2016 roku odkryto formę ε o jeszcze wyższej gęstości, co było jeszcze bardziej zagadkowe. Wykazałam, że wbrew wcześniejszym przypuszczeniom to nie odmiana polimorficzna β jest stabilna pod ciśnieniem, lecz faza ε jest wysokociśnieniową formą rezorcynolu w ciśnieniu w zakresie między 0,2 a 0,7 GPa, a powyżej tego ciśnienia stabilna jest jeszcze inna forma rezorcynolu, nowy polimorf ζ. Był to zaskakujący wynik, ponieważ odmiana polimorficzna ε odkryta została pod ciśnieniem atmosferycznym (0,1 MPa), jednak otrzymana została jedynie, gdy w próbce znajdowała się domieszka kwasu winowego i polimorfu β. W wyniku moich badań uzyskałam formę ε w czystej postaci (bez dodatków) jako monokryształ i wykazałam, że jest ona niestabilna poniżej 0,2 GPa. Wykazałam również, że rezorcynol ma skłonność do tworzenia solwatów pod ciśnieniem: uzyskałam dwa nowe hydraty (mono- i duotritohydrat) oraz solwat z metanolem. Odkryte solwaty są same w sobie dość intrygujące, ponieważ monohydrat i solwat z metanolem (w stosunku 1:1) są izostrukturalne, ale monohydrat jest metastabilny w stosunku do duotritohydratu, podczas gdy solwat duotritometanolu nie został znaleziony. Ponadto, duotritohydrat tworzy warstwę pasywacyjną na powierzchni kryształów monohydratu, dzięki czemu są one chronione przed rozpuszczeniem pomimo ich metastabilności. Stwierdziłam, że dla wszystkich faz rezorcynolu charakterystyczne jest występowanie dużej histerezy dla przejść między fazami, co utrudnia ich badania. Dlatego w celu określenia ciśnieniowo-temperaturowego wykresu fazowego oraz wykresu warunków tworzenia solwatów, konieczne było zastosowanie metod izotermicznej i izochorycznej rekrystalizacji wysokociśnieniowej z zastosowaniem komory z kowadełkami diamentowymi. Uważam, że odkrycie nowej odmiany polimorficznej ζ i solwatów rezorcynolu, oraz wyznaczenie zakresów ich stabilności są znaczącym osiągnięciem. W szczególności odkrycie formy ζ, która jest pierwszą warstwową strukturą czystego rezorcynolu i pierwszą strukturą centrosymetryczną. W kontekście ogólnych osiągnięć, wykazałam na podstawie diagramu fazowego czystego rezorcynolu, że odmiana ε nie może istnieć pod ciśnieniem atmosferycznym w związku z czym musi ona być w jakiś
sposób ustabilizowana. Doprowadziło mnie to do znalezienia metody stabilizacji faz wysokociśnieniowych, która przetestowana została nie tylko dla rezorcynolu, ale także dla innych związków. Zatem, ta nowa metoda uzyskiwania i stabilizacji wysokociśnieniowych odmian polimorficznych stosowana być może dla innych związków organicznych. Moje badania pokazują więc, że wysokociśnieniowe odmiany polimorficzne mogą być wykorzystane w praktyce, dzięki rozwiązaniu jednego z wielkich wyzwań badań wysokociśnieniowych, tj. przezwyciężenia niestabilności otrzymanych wysokociśnieniowych odmian polimorficznych w warunkach atmosferycznych. Niektóre zagadki związane z polimorfizmem rezorcynolu wciąż pozostają nierozwiązane, niemniej moja praca z pewnością dostarcza wiele nowych informacji na temat odmian polimorficznych i form krystalicznych tego związku. Wyniki stanowiące podstawę tej dysertacji, zostały podsumowane w trzech artykułach naukowych na temat rezorcynolu opublikowanych w czasopismach Crystal Growth & Design oraz w Journal of Physical Chemistry C.
W pierwszym artykule (R1) pokazuję, że odmiany polimorficzne α i β mogą zostać ściśnięte do ciśnienia równego 5,6 GPa bez zajścia przejścia fazowego z formy α do β w ciśnieniu 0,5 GPa. Niemniej sieć wiązań wodorowych w odmianie polimorficznej α wykazuje pewne efekty destabilizujące w ciśnieniu bliskim 0,5 GPa, co spowodowane jest zmianą położenia cząsteczek w ściśniętym krysztale. To z kolei może być powodem zaobserwowania przejścia fazowego z formy α do β, opisanego w literaturze na podstawie wyników badań NMR i IR.
Solwaty rezorcynolu z wodą i metanolem zostały omówione w artykule R2. Monohydrat i duotritohydrat ujawniły tworzenie się warstwy pasywacyjnej chroniącej formę metastabilną przed rozpuszczeniem. Co zaskakujące, duotritohydrat, bardziej stabilna forma powstająca w wyższym ciśnieniu jest nieuporządkowana, a w strukturze monohydratu występuje geometrycznie niekorzystne wiązanie wodorowe (o ponad 0,3 Å dłuższe niż by oczekiwano dla wiązań OH∙∙∙O).
W artykule R3 przedstawiłam dwie nowe wysokociśnieniowe odmiany polimorficzne ε i ζ rezorcynolu. Ponadto w tej publikacji pokazałam, że wysokociśnieniową odmianę polimorficzną ε można ustabilizować w warunkach atmosferycznych poprzez domieszkowanie próbki rezorcynolu kwasem winowym. Mechanizm prowadzący do tej stabilizacji wyjaśniliśmy efektem ciśnienia wewnętrznego. Zakres tego wewnętrznego ciśnienia wywołanego domieszkowaniem można obliczyć według wzoru opartego na naszym modelu. Wyniki stabilizacji wysokociśnieniowej odmiany polimorficznej rezorcynolu są zgodne z wynikami uzyskanymi dla innych dobrze znanych związków (pochodnych imidazolu i benzimidazolu), których wysokociśnieniowe odmiany polimorficzne zostały otrzymane w przeszłości
Molecular and functional characterization of transmembrane proteins 72 and 207 and their deregulation in clear cell renal cell carcinoma
No full textWydział BiologiiRak jasnokomórkowy (ccRCC) jest jednym z najczęściej występujących typów raka nerki. Obecnie nie są znane żadne biomarkery ccRCC a najczęstszą jego przyczyną jest mutacja genu VHL. Nie tłumaczy ona jednak wszystkich mechanizmów prowadzących do rozwoju i progresji ccRCC. W wyniku przeprowadzonych wcześniej metaanaliz ekspresji genów i doświadczeń wybrane zostały geny, których ekspresja w ccRCC jest znacząco deregulowana.
Wybrane geny kodują białka należące do rodziny białek transmembranowych (TMEM). Spośród nich wybrano TMEM72 i TMEM207 w celu scharakteryzowania budowy i funkcji białek w zdrowym organizmie oraz zbadania mechanizmu deregulacji ich ekspresji w raku jasnokomórkowym nerki. W pierwszym kroku dokonano walidacji predykcji bioinformatycznych dotyczących lokalizacji i orientacji w błonie białek TMEM72 i TMEM207. Kolejno potwierdzono ekspresję TMEM72 oraz TMEM207 w guzach a także w liniach komórkowych. Udowodniono obecność dwóch isoform TMEM72 w tkankach raka jasnokomórkowego nerki. Dalej, przeprowadzono eksperymenty RNA-Seq, w celu ustalenia ich zaangażowania w szlaki sygnalizacyjne i metaboliczne oraz konsekwencji warunków stresowych występujących w guzach, świadczące o ich potencjalnej funkcji w organizmie.
Równocześnie, przeprowadzono analizy bioinformatyczne na danych uzyskanych samodzielnie, jak również pozyskanych z dostępnych baz danych. Pokazano potencjalną korelację TMEM72 ze zwiększoną infiltracją guza przez regulatorowe komórki T.
Wyniki niniejszej pracy posłużą do opisu budowy białek TMEM72 i TMEM207 oraz w przyszłości, do scharakteryzowania ich funkcji.Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is one of the most commonly occurring types of kidney cancer. There are no known biomarkers, and while VHL mutations are often present in tumors they don’t explain all of the mechanisms of ccRCC etiology and progression. In previous meta analysis of gene expression data, significantly deregulated genes in ccRCC have been identified, with the transmembrane protein family (TMEM) being considerably overrepresented.
Two TMEM family members :TMEM72 and TMEM207 were selected in order to characterize the structure and function of their protein products in the cell and in ccRCC progression. The first step was the experimental validation of bioinformatic analyses regarding the cellular localization and orientation in the membrane of TMEM72 and TMEM207 proteins. Next, the expression of both genes was analyzed in tumors and cell lines. Subsequently, the two isoforms of TMEM72 were demonstrated and studied in tumor tissues. RNA-Seq was designed and performed in order to discover TMEM participation in signaling and metabolic pathways and whether TMEMs are implicated in the stress responses occurring naturally in tumors, which would be an indication of the TMEM72 and TMEM207 function.
Last, the bioinformatic analyses of the data produced in our lab as well as the data provided in public databases were performed. Potential correlation of TMEM72 with the T-regulatory cell tumor infiltration has been shown.
The results of this thesis will help to unravel the role of TMEM72 and TMEM207 in healthy and cancerous cells
Russia and Ukraine – Institutional Trust in the Context of Social Evaluations of the Quality of the Performance of State Institutions. Similarities and Differences
No full textCelem artykułu była weryfikacja założenia o związku pomiędzy jakością instytucji państwa a zaufaniem instytucjonalnym w Rosji i na Ukrainie. Cel ten realizowano w dwóch etapach. Po pierwsze, na podstawie danych Europejskiego Sondażu Wartości (European Value Survey) oraz w oparciu o wskaźniki makrospołeczne i makrogospodarcze, wyznaczono miejsce Rosji i Ukrainy w europejskim rankingu zaufania instytucjonalnego (dane sondażowe) oraz w rankingu jakości instytucji państwowych (wskaźniki makro). Dodatkowo, w oparciu o dane zagregowane na poziomie poszczególnych krajów, sprawdzono siłę związku pomiędzy pozycjami tych krajów w obu rankingach. Po drugie, wykorzystując dane Światowego Sondażu Wartości (World Value Survey) testowano zależności pomiędzy indywidualnymi, subiektywnymi ocenami społecznych i politycznych efektów funkcjonowania państwa, a zaufaniem instytucjonalnym w Rosji i na Ukrainie. W oparciu o przeprowadzoną analizę sformułowano kilka konkluzji. Po pierwsze, pod względem jakości instytucji państwa Rosja i Ukraina uplasowały się na ostatnich pozycjach w Europie. Po drugie, o ile Ukraina zajęła adekwatną lokatę pod względem zaufania instytucjonalnego, o tyle pozycja Rosji była niewspółmiernie wysoka. Po trzecie, w obu krajach subiektywne oceny efektów działania instytucji okazały się istotnymi predyktorami zaufania instytucjonalnego, aczkolwiek ich siła predykcyjna była wyższa wśród Ukraińców niż wśród Rosjan.Abstract the article aims to verify the assumption about the relationship between the quality of state institutions and institutional trust in Russia and Ukraine. This objective was achieved in two stages. Firstly, based on the European Value Survey and macrosocial and macroeconomic indicators, the place of Russia and Ukraine in the European ranking of institutional trust (survey data) and the ranking of the quality of state institutions (macro indicators) was determined. Additionally, based on aggregated data at the individual country level, the strength of the relationship between the positions of these countries in both rankings was tested. Secondly, using the data of the World Value Survey, the relationship between individual, subjective assessments of the social and political effects of the functioning of the state and institutional trust in Russia and Ukraine was tested. Based on the conducted analysis, several conclusions were formulated. First, regarding the quality of state institutions, Russia and Ukraine ranked last in Europe. Secondly, while Ukraine took an adequate position regarding institutional trust, Russia’s position was disproportionately high. Third, subjective ratings of institutional performance proved to be significant predictors of institutional trust in both countries, although their predictive power was higher among Ukrainians than among Russians
Pomiędzy tradycją i dorobkiem mistrzów a przecieraniem własnych dróg naukowych
No full textTradycja jest nie tylko przydatna nauce, lecz wręcz niezbędna. Nie musi być rozumiana pejoratywnie jako „konserwatyzm, skostniałość, ortodoksyjność, wiernopoddańczość, lecz jako wierność określonemu stanowisku, dbałość o spuściznę, porządek, stałość. Może być ujmowana jednocześnie jako kontynuacja wzorów myślenia i działania oraz adaptacja wzorów myślenia i działania w nowych warunkach” (Baradziej, Goćkowski 1998, s. 8), zachowując ciągłość łączącą w jedno perfectum, praesens i futurum (Goćkowski 1998, s. 15). Funkcje swoistych zbiorowych strażników, rzeczników
i nosicieli tradycji myślenia i działania naukowego pełnią szkoły naukowe (Goćkowski 1981, s. 41), do której w klasycznym modelu uniwersytetów przynależność stanowiła swoistą wizytówkę
i współtworzyła naukową tożsamość przynależnych do niej osób. Naturalne bowiem jest to, że „pokolenia uczonych wkraczają w życie naukowe jako uczniowie i terminatorzy, a ich nauczyciele
i mistrzowie występują jako rzecznicy i przedstawiciele pewnej tradycji myślenia oraz działania naukowego. Żadne z pokoleń nie odrzuca w zupełności wszystkiego z takiej tradycji. Każde, na swój sposób, dokonuje wyboru dziedzictwa, które obserwuje i respektuje uznając za >żywą historię< swej zbiorowości naukowej” (Goćkowski 1984, s. 52-53). Pytania o zasadność konstytuowania się i istnienia szkół naukowych rodzą zatem kolejne pytania – pytania o obecność mistrzów i autorytetów naukowych
Social welfare in Wielkopolskie Voivodship – selected acpect
No full textPomoc społeczna jako działanie systemowe ma za zadanie pomoc osobom, które ze
względu na wiek, niepełnosprawność czy sytuację życiową (np. bezdomność, długotrwałą chorobę)
same nie są w stanie poradzić sobie bez odpowiedniego wsparcia. Jednostki organizacyjne pomocy
społecznej takie jak domy pomocy społecznej, ośrodki pomocy społecznej, ośrodki wsparcia czy
placówki dla bezdomnych już wcześniej borykały się z problemami organizacyjnymi i kadrowymi.
Wybuch pandemii w marcu 2020 r. sprawił, że musiały organizować pracę w nieznanej sytuacji,
działając pod ogromną presją, w warunkach braku dostatecznych zasobów.Social welfare is designed to help people who, due to their age, disability, or life situation (e.g.
homelessness, long-term illness), cannot cope independently without adequate support. Organizational units of social welfare, such as social care homes, social welfare centers, support centers or
institutions for the homeless, have struggled with organizational and staffing problems before. The
pandemic outbreak in March 2020 caused them to organize work in an unknown situation, operating
under enormous pressure in conditions of insufficient resources.Wydawnictwo zostało sfinansowane ze środków JM Rektora UAM przyznanych w ramach grantu pn. "Mobilne punkty pomocy medycznej, modułowe szpitale polowe. Doświadczenia organizacyjne i logistyczne COVID-19.Projekt rozwiązań systemowych w Wielkopolsce"
Regressive concept of the European Union. The case of political discourse conducted by Law and Justice party
No full textCelem podjętej analizy jest z jednej strony rekonstrukcja rozproszonych cech, założeń i myśli dotyczących zarówno obecnego stanu Unii Europejskiej, jak i jej przyszłego kształtu oraz miejsca Polski w tej organizacji, charakteryzujących dyskurs prowadzony przez PIS, a z drugiej strony próba wsparcia tych cech i założeń konkretnymi określeniami, desygnatami i znacznikami, które nie tylko są składową tego dyskursu, ale także tworzą pewien mniej lub bardziej logiczny zbiór twierdzeń definiujących i określających Unię Europejską oraz proces integracji europejskiej, które były używane przez prominentnych przedstawicieli tej partii politycznej.
Wiodącym teoretycznym systemem wyjaśniania jest poststrukturalizm, który w tak postawionym problemie badawczym daje możliwość zastosowania metody analizy dyskursu (discourse analysis) będącej zoperacjonalizowanym systemem oznaczania praktyki politycznej i realnego otoczenia politycznego, gdyż artykulacja konstytuuje przedmiot badań, a nie tylko go oznacza i wyjaśnia.The aim of the analysis is, on the one hand, to reconstruct the difussed features, assumptions and thoughts concerning both the present state of the European Union and its future shape and place of Poland in this organization, characterizing the discourse conducted by PIS, and on the other hand, an attempt to support these features and assumptions with specific terms, designates and markers that are not only a component of this discourse, but also create a certain more or less logical set of statements defining the European Union and the process of European integration, which were used by prominent representatives of this political party.
The leading theoretical paradigm of explanation is poststructuralism, which in such a research problem gives the possibility of using the method of discourse analysis, which is an operationalized system of marking political practice and the real political environment, because articulation constitutes the subject of research, and not only signifies and explains it