Sciensano Publications Repository
Not a member yet
11597 research outputs found
Sort by
De epidemiologie van long covid in België
No full textDit artikel vat de resultaten samen van twee epidemiologische studies die Sciensano in België heeft uitgevoerd. Een eerste studie is uitgevoerd bij huisartsen in de lente van 2022 (n = 105). 75% van de huisartsen had toen patiënten met een long covid gezien (mediaan aantal van 2 patiënten met een long covid per 1.000 patiënten). De belangrijkste symptomen waren vermoeidheid (95%), concentratie- en geheugenproblemen (75%) en ademhalingsproblemen (68%). Uit die studie is ook gebleken dat huisartsen een centrale rol spelen in de coördinatie van de zorg van van patiënten met long covid. De tweede studie, COVIMPACT, is een cohortonderzoek van twee jaar (april 2021 — april 2023), uitgevoerd bij volwassenen die een SARS-CoV-2-infectie hadden opgelopen. 47% van de patiënten (n = 2.092) gaf aan dat ze drie maanden na de SARS-CoV-2-infectie nog altijd minstens één symptoom vertoonden, maar ze voelden zich daarom nog niet in minder goede gezondheid: ongeveer 30% van de patiënten voelde zich desondanks volledig hersteld van de infectie. Omgekeerd verklaarde 4% nog ernstige functionele beperkingen te vertonen. Volgens die studie kunnen de verschillende symptomen van een long covid in drie groepen worden ingedeeld, waarbij elke groep andere risicofactoren heeft. De eerste groep bestond uit patiënten met hoofdzakelijk verlies van smaak- en reukzin (19% van de patiënten met long covid). De tweede en grootste groep (67%) bestond uit patiënten met neurologische symptomen zoals hoofdpijn en geheugenproblemen. De derde en kleinste groep (14%) bestond uit patiënten met allerhande symptomen van een long covid. Uit die studie blijkt ook dat een long covid een invloed heeft op de verschillende vlakken van de levenskwaliteit van de patiënten, vooral op het vlak van pijn/ongemak en angst/depressie</p
Benchmarking bacterial taxonomic classification using nanopore metagenomics data of several mock communities
No full textTaxonomic classification is crucial in identifying organisms within diverse microbial communities when using metagenomics shotgun sequencing. While second-generation Illumina sequencing still dominates, third-generation nanopore sequencing promises improved classification through longer reads. However, extensive benchmarking studies on nanopore data are lacking. We systematically evaluated performance of bacterial taxonomic classification for metagenomics nanopore sequencing data for several commonly used classifiers, using standardized reference sequence databases, on the largest collection of publicly available data for defined mock communities thus far (nine samples), representing different research domains and application scopes. Our results categorize classifiers into three categories: low precision/high recall; medium precision/medium recall, and high precision/medium recall. Most fall into the first group, although precision can be improved without excessively penalizing recall with suitable abundance filtering. No definitive ‘best’ classifier emerges, and classifier selection depends on application scope and practical requirements. Although few classifiers designed for long reads exist, they generally exhibit better performance. Our comprehensive benchmarking provides concrete recommendations, supported by publicly available code for reassessment and fine-tuning by other scientists.</p
Surveillance van acute luchtweginfecties. Epidemiologisch rapport seizoen 2020-2022
No full textHet seizoen 2020-2021 werd gekenmerkt door de 2e en 3e golf van de COVID-19-pandemie, waarin de alpha-variant dominant was. SARS-Cov-2 transmissie en ziekenhuisopnames voor COVID-19 waren bijzonder hoog tijdens de 2e golf, in de herfst van 2020. De Delta-variant verscheen tijdens de 3e golf en werd dominant 2 dagen na het einde van deze golf.
Seizoensgriep was uitzonderlijk afwezig in België en wereldwijd tijdens de winter van 2020-21.
De RSV-epidemie viel enkele maanden later dan in voorgaande jaren (van maart tot juni) en meer gespreid in de tijd. De piek was relatief gematigd van intensiteit.
Het seizoen 2021-2022 (hier gedefinieerd als tussen week 40 van 2021 en week 40 van 2022) werd gekenmerkt door de 4e, 5e, 6e en 7e golf van de COVID-19-pandemie en het begin van de 8e golf. De Omicron-variant werd dominant aan het begin van de 5e golf, die de meest significante SARS-Cov2-activiteit tijdens het seizoen 2020-2021 markeerde, maar een piek in het aantal opnames voor COVID-19 vertoonde van vergelijkbare intensiteit als die van de voorgaande golf.
Dit seizoen keerde de griep terug, met een epidemie van matige intensiteit en korte duur (6 weken). De influenza-activiteit was laat ten opzichte van de epidemieën voorafgaand aan de COVID-19-pandemie (wat ook internationaal werd waargenomen), met een piek in maart 2022 (week 12). Alleen influenza A werd gedetecteerd door het surveillancenetwerk, voornamelijk van het subtype H3N2.
De RSV-epidemie vertoonde een intermediaire situatie tussen die van het seizoen 2020-2021 en die welke gewoonlijk wordt waargenomen. Er was geen grote piek, maar de toename verspreidde zich meer over een groot deel van het seizoen, vooral rond december en van maart tot juni.
</p
