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Investigating fungal diversity through metabarcoding for environmental samples: assessment of ITS1 and ITS2 Illumina sequencing using multiple defined mock communities with different classification methods and reference databases.
No full textAn important challenge in taxonomic classification of environmental samples is capturing the real diversity by identifying all species present in a sample. Metabarcoding approaches are often employed to identify species in complex samples. The internal transcribed spacer (ITS) region is the official, widely adopted, barcode for identifying fungal species. Metabarcoding can be done in many different ways with multiple choices at different steps of the workflow. We present a comparative evaluation of the sequenced region (ITS1 and/or ITS2), two different reference databases (UNITE versus BCCM/IHEM), two different bioinformatics software packages (BLAST versus mothur), and the considered taxonomic level (species versus genus level), to accurately capture the diversity using 37 fungal defined mock communities (DMCs). The DMCs cover a broad range of fungal diversity, including 42 Ascomycota species (26 genera), 4 Basidiomycota species (4 genera), and 5 Mucoromycota species (5 genera), all commonly found in indoor environments in Western Europe. Classification performance was first evaluated using ITS1 and ITS2 sequences of all species in the DMCs, generated by Sanger sequencing, to evaluate the discriminatory power of ITS and set a baseline for subsequent comparison with Illumina sequencing. Classification performance was found to be variable depending on all considered variables (sequencing technology, taxonomic level, ITS region, software, database) with 56-100% of species correctly assigned. Sanger sequencing showed that neither ITS1 nor ITS2 resulted in optimal performance due to its low discriminatory power within certain genera. Compared to Sanger sequencing, Illumina sequencing generally resulted in lower precision but comparable recall. Classification performance was generally good at genus but not at species level, although intermediate taxonomic levels could present adequate alternatives. ITS2 typically resulted in slightly better precision and comparable recall compared to ITS1. The employed reference database had a marked effect, with BCCM/IHEM performing better than UNITE due to the difference in number of sequences in each database. BLAST resulted in better performance, but required expert curation, whereas mothur performed better when using an automated workflow. Estimating species abundances using Illumina sequencing read counts generally performed only poorly, although read abundance filtering could increase the precision of ITS1, but not ITS2. Each approach comes with its own advantages and inconveniences and should be carefully selected based on the objectives of the analysis. Our results highlight the power of metabarcoding using Illumina sequencing for investigating fungal diversity in complex samples and can guide scientists in selecting the most appropriate setup for their own purposes.</p
Genetic and epigenetic biomarkers in human biomonitoring: why needed and how can Oxford Nanopore sequencing contribute?
No full textChemical risk assessment can benefit from integrating informative biomarkers in human biomonitoring (HBM). Beyond exposure biomarkers, effect biomarkers inform on biological reactions in the body, potentially leading to adverse effects, while susceptibility biomarkers address inter-individual variability in exposure. DNA methylation of key genes shows promise as an effect biomarker but this epigenetic mark remains underexplored in the context of chemicals. Similarly, although some genetic polymorphisms are linked to increased chemical susceptibility, genetic biomarkers are rarely included in HBM. This mini-review highlights recent literature supporting the inclusion of genetic and epigenetic biomarkers in HBM. Subsequently, we elaborate on how Oxford Nanopore Technologies as sequencing method can efficiently measure these biomarkers simultaneously, even in non-invasive samples like saliva. Widely used in other fields, this experimental set-up could facilitate the design of large-population studies paving the way for a next generation risk assessment (NGRA) of chemicals.</p
Whole-genome sequencing of soil- and foodborne Bacillus cereus sensu lato indicates no clear association between their virulence repertoire, genomic diversity and food matrix
No full text
Genesis and Spread of Novel Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N1) Clade 2.3.4.4b Virus Genotype EA-2023-DG Reassortant, Western Europe.
No full textIn Europe, highly pathogenic avian influenza (HPAI) virus circulates in avian wildlife, undergoing frequent reassortment, sporadic introductions in domestic birds, and spillover to mammals. An H5N1 clade 2.3.4.4b reassortant, EA-2023-DG, affecting wild and domestic birds was detected in western Europe in November 2023. Six of its RNA segments came from the EA-2021-AB genotype, but the polymerase basic 2 and polymerase acidic segments originated from low pathogenicity avian influenza viruses. Discrete phylogeographic analyses of concatenated genomes and single polymerase basic 2 and polymerase acidic segments suggested reassortment in summer 2023 near the southwestern Baltic Sea. Subsequent continuous phylogeographic analysis of all concatenated EA-2023-DG genomes highlighted circulation in northwestern Europe until June 2024 and long-distance dispersal toward France, Norway, England, Slovakia, Switzerland, and Austria. Those results illustrate the value of phylodynamic approaches to investigate emergence of novel avian influenza virus variants, trace their subsequent dispersal history, and provide vital clues for informing outbreak prevention and intervention policies.</p
Strengthening Surveillance of Infectious Diseases in Belgium BE-SURVID: From COVID-19 to any other pathogen
No full textThe COVID-19 pandemic highlighted the need for stronger infectious disease surveillance. BE-SURVID enhances continuous, digital surveillance at the general practitioner (GP), laboratory and hospital levels, which subsequently allows linking of key health data to improve monitoring, impact and response to future health threats.</p
Oxford Nanopore Technologies R10 sequencing enables accurate cgMLST-based bacterial outbreak investigation of Neisseria meningitidis and Salmonella enterica when accounting for methylation-related errors
No full textSurveillance de la mortalité toutes causes confondues en Belgique, Flandre, Wallonie et Bruxelles durant l’hiver 2024-2025. Be-MOMO : the Belgian Mortality Monitoring
No full textLa période hivernale 2024-2025, du lundi 7 octobre 2024 (semaine 41) au dimanche 11 mai 2025 (semaine 19), a été marquée par une faible surmortalité de 1 315 décès supplémentaires par rapport à ce qui était attendu, soit une surmortalité de +1,9 % (71 738 décès enregistrés et 70 423 décès attendus). Cette surmortalité s’est concentrée sur huit semaines consécutives à partir de janvier 2025, coïncidant avec l’épidémie de grippe, l’épidémie de RSV, des épisodes de smog et une vague de froid.
Il y a eu en moyenne 331 décès par jour, avec un pic de 463 décès le 10 janvier 2025. À l’échelle de la Belgique, la surmortalité a été plus marquée chez les personnes de 85 ans et plus (+4,2 %), en particulier chez les hommes de cette tranche d’âge (+7,7 %). L’analyse par sexe, tous âges confondus, montre une surmortalité légèrement plus élevée chez les femmes (+2,3 %) que chez les hommes (+1,8 %). Cette surmortalité féminine est surtout notable chez les moins de 65 ans (+5,4 %), tandis qu’une sous-mortalité a été observée chez les hommes du même groupe d’âge.
À l’échelle régionale, une surmortalité de +2,5 % a été observée en Flandre (1 039 décès supplémentaires), une faible surmortalité de +1,0 % en Wallonie (239 décès supplémentaires), et une surmortalité de +4,8 % à Bruxelles (243 décès supplémentaires). Dans toutes les régions, la surmortalité a principalement affecté les personnes âgées de 85 ans et plus. En Wallonie, une sous-mortalité a néanmoins été observée chez les hommes de moins de 65 ans. Des alertes hebdomadaires de surmortalité sur l’ensemble de la population ont été relevées pendant cinq semaines en Flandre, quatre semaines en Wallonie et une semaine à Bruxelles, principalement chez les personnes de 85 ans et plus.
Be-MOMO en maisons de repos (et de soins)
La surmortalité a été nettement plus prononcée chez les résidents de maisons de repos (et de soins), avec 499 décès supplémentaires (+2,7 %), contre 680 décès supplémentaires (+1,6 %) parmi les personnes de 65 ans et plus ne vivant pas en MR/MRS. Dans les deux groupes, la surmortalité a été particulièrement marquée chez les personnes de 85 ans et plus. Parmi les résidents de MR/MRS, la surmortalité a été plus marquée chez les femmes (+3,4 %) que chez les hommes (+2,6 %). En revanche, chez les non-résidents de MR/MRS, la surmortalité a été comparable entre les sexes, avec une augmentation de +1,8 % chez les femmes et de +1,7 % chez les hommes.
Une surmortalité hebdomadaire a également été constatée durant trois semaines parmi l’ensemble des résidents de MR/MRS, et durant cinq semaines chez les résidents âgés de 85 ans et plus. Chez les personnes âgées ne vivant pas en MR/MRS, la surmortalité a été enregistrée durant sept semaines consécutives chez les femmes de plus de 65 ans.
La surmortalité durant la grippe
L’épidémie de grippe a duré 13 semaines, du 9 décembre 2024 (semaine 50) au 9 mars 2025 (semaine 10 incluse), avec un pic à 670 consultations/100 000 habitants au cours de la semaine 4 (du 20 au 26 janvier 2025). Cette épidémie de grippe a été plus longue que d’habitude, et a été particulièrement intense. La majorité des infections par le virus de la grippe ont été causées par le virus de type A (H1N1 et H3N2 en proportions similaires), le type B apparaissant plus tard dans la saison et en moindre importance. Cette tendance à des épidémies prolongées se confirme depuis trois hivers, avec des durées comprises entre 11 et 15 semaines, contre des épisodes plus courts avant la pandémie de COVID-19.
La période de l’épidémie de grippe a été plus critique, avec une surmortalité de 2 591 décès supplémentaires (+10,9 % de surmortalité parmi les 26 395 décès observés), touchant davantage les personnes âgées de 85 ans et plus (+15 %, 1 623 décès supplémentaires), et avec une surmortalité plus marquée chez les femmes (+12,9 %, 1 574 décès supplémentaires). Sur le plan régional, la surmortalité a été plus élevée à Bruxelles (+15,8 %, 268 décès supplémentaires), suivie de la Wallonie (+11,5 %, 930 décès supplémentaires) et de la Flandre (+10,5 %, 1 463 décès supplémentaires).
La surmortalité a été plus importante parmi les résidents de MR/MRS, avec 1 016 décès supplémentaires (+12,5 %), contre 1 591 décès supplémentaires (+8,3 %) chez les personnes de 65 ans et plus ne vivant pas en MR/MRS.
Durant cette saison hivernale, 15 % des patients hospitalisés pour infection respiratoire aiguë sévère (SARI) avec un diagnostic d’infection grippal ont présenté des complications, et 4 % de ces patients sont décédés. Ces chiffres restent élevés et stables par rapport aux deux hivers précédents (respectivement 14 % et 17 % pour les complications, et 2 % et 5 % pour les décès).
RSV
L’épidémie de RSV a duré 12 semaines, du 11 novembre 2024 (semaine 46) au 2 février 2025 (semaine 5) avec un pic en semaine 50 (du 9 au 15 décembre 2024). Il convient de souligner qu’en comparaison avec la saison précédente, une diminution notable de l’incidence a été observée chez les nourrissons âgés de 0 à 5 mois. Cette évolution est en concordance avec la mise en œuvre, pour la première fois en Belgique, d’une campagne d’immunisation par Nirsevimab pour les jeunes enfants. Cette saison, un décalage temporel marqué a été observé dans la dynamique de l’épidémie entre les jeunes enfants et les personnes âgées de 65 ans et plus. Chez les jeunes enfants, le pics d’incidence a été atteint en semaine 48, 2024. En revanche, chez les plus de 65 ans, le pic a été observé plus tardivement en semaine 1, 2025.
Vague de froid
Une vague de froid, telle que définie par l’IRM, a été observée du 17 au 22 janvier 2025 (semaine 8). Des températures minimales négatives ont été enregistrées pendant 41 jours (minimum -4,0 °C, à Uccle en 2025), contre 19 jours l’hiver précédent. Quatre journées ont également connu des températures maximales négatives, dont -0,6 °C en janvier 2025. Des chutes de neige ont également été observées sur plusieurs jours à partir du 9 janvier 2025.
Pollution de l’air
Plusieurs jours ont été marqués par une pollution de l’air avec dépassement du seuil d’information européen pour les particules fines (PM2.5). IRCELINE a émis exceptionnellement six alertes au pic de pollution (PM2,5 supérieurs à 35 µg/m3 en moyenne glissante sur 24 heures) durant lesquelles la phase d’information a été activée dans les trois régions mais plus fréquemment en Flandre.
Corrélations entre la mortalité et les facteurs de risque
La mortalité en Belgique a présenté une corrélation statistiquement significative et forte avec l’incidence du syndrome grippal, des corrélations modérées avec les températures minimales et maximales, ainsi que des corrélations plus faibles avec les concentrations de particules en suspension dans l’air (PM2,5) et avec l’humidité relative minimale et maximale.
Comparaison historique
Bien que la surmortalité et le taux brut de mortalité aient augmenté par rapports aux deux hivers précédents, la surmortalité durant l’hiver 2024-2025 reste inférieure (+1,9 %) à celle des hivers pandémiques, et légèrement en dessous de la moyenne des 24 derniers hivers (+2,2 %).
Chez les moins de 65 ans, il y a eu une faible surmortalité (+0,3 %), un niveau comparable à celui de 2022-2023, mais elle a augmenté par rapport à l’hiver précédent.
Chez les personnes à partir de 85 ans, une faible surmortalité avait été enregistrée en 2022-2023, suivie d’une sous-mortalité en 2023-2024. Cet hiver, il y a eu une surmortalité plus importante (+4,2 %).
La surmortalité chez les résidents de MR/MRS a fortement diminué depuis l’hiver 2022-2023, marquant la fin de la pandémie. En 2024-25, elle a augmenté par rapport à l’hiver précédent (- 3,9 %) et est similaire à celle de 2022-2023 (+2,7 %). Entre 2020 et 2023, la surmortalité en hivernale était plus élevée chez les résidents de MR/MRS âgés de 65 à 84 ans, mais cette tendance s’est inversée en 2024-2025, avec une surmortalité plus marquée chez les 85 ans et plus.
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