Repository of Faculty of Science
Not a member yet
1747 research outputs found
Sort by
Classroom management system model
No full textU ovom radu razmotrene su osnovne značajke sustava namijenjenih administraciji i sadržaju nastave, način proširivanja sustava dodatnim modulima ili dodatcima Scrum razvojnom metodologijom. Razmotrene su osnovne funkcionalnosti raznih LMS sustava i specifični administrativni zahtjevi korisnika koji trenutno nisu obuhvaćeni u niti jednom LMS rješenju. Prikazana je integracija zadanog projekta i dviju modificiranih kontrola otvorenog koda, kako bi gotova aplikacija sačinjavala cjelovit sustav. Kroz projekt rada razvijen je sustav prema konceptualnom modelu objektno orijentirane analize i dizajna. Gotova aplikacija postavljena je na besplatni servis za udomljavanje stranica gdje ju je moguće testirati.This paper reviewed the main features of the system intended for the administration and content of learning process, a way of expanding the system with additional modules or plugins using Scrum development methodology. Consideration of the basic functionality of various LMS systems and specific administrative requirements of users which are not currently covered in any reviewed LMS solution. Present the integration of a given project with two modified open source controls, so that finished application could appear as a complete system. Through the project work is developed a system according to the conceptual model of object-oriented analysis and design. The finished application is set to a free web hosting service, where it can be tested
Kelvin´s calculation of the age of the Earth
No full textBudući da je Darwinova Teorija evolucije bila najpoznatije djelo o kojem se iznimno dugo raspravljalo te čak i najvažnija znanstvena hipoteza 19. stoljeća njoj se Kelvin izravno suprotstavio dajući matematički proračun za izračunavanje starosti Zemlje. Svega toga je bio svjestan i sam Darwin čija bi teorija bila odbačena ukoliko bi se Kelvinov izračun pokazao točnim. No nažalost cijela Kelvinova metoda se zasnivala na pretpostavci da je Zemlja zatvoren sustav, da joj je temperatura konstantna, da je napravljena od jednog materijala, da je u potpunosti čvrsta te je odbacujući fizikalne modele (uz njih je postavio samo početne uvjete) svoj račun temeljio isključivo na matematici. Tu dolazi do prvog neslaganja s obzirom da geolozi i biolozi nisu imali dovoljno matematičko znanje da bi mogli razumjeti termodinamiku, a time se i suprostaviti kako Kelvinu tako i fizičarima, osjećali su se nemoćnim u svom pokušaju da isprave netočne podatke. Naime Kelvinov odgovor nisu prihvaćali ni biolozi, ni geolozi, ni paleontolozi jer su imali opipljive dokaze o starijoj Zemlji od one koju je Kelvin zastupao. S druge pak strane fizičari nisu bili upoznati s metodama mjerenja koje su koristili geolozi te budući da su imali generalno loše mišljenje ne samo o geologiji kao znanosti veći o njihovim pokušajima datiranja Zemlje nisu se ni trudili razviti metode fizike zasnivane na geološkim dokazima. Naime bilo je više nego očito da su se znanstvenici slijepo držali jedne teorije odnosno pretpostavke bilo da je riječo evoluciji, geomorfologiji ili astronomiji. Čak i u samoj fizici nisu imali ujedinjeno mišljenje odakle i s čim krenuti pri odreñivanju starosti Zemlje, a činjenica je da nisu svi fizičari podupirali Kelvina isto kao što je i meñu geolozima bilo onih koji su zastupali manju starost Zemlje od geološkihdokaza. Budući da Kelvin nikoga nije smatrao dostojnim protivnikom da se suprotstavi njegovim proračunima borba Davida i Golijata mogla je započeti. Tko je bio tko u toj borbi govori i činjenica da se Kelvinov proračun učio u školama preko 40 godina kao složeni matematički model kojeg su naposlijetku oborili fizičari dokazavši da je svaka od njegovih pretpostavki pogrešna. Darwinov sin George H. Darwin bio je svjestan Kelvinova rada, a s njim je stvorio bliske poslovne i osobne veze jer je, s obzirom da je bio teoretski astronom, pisao fizikalne analize promjena Zemljine rotacije zbog čega je bio jedan, ako ne i jedini, kojem je Kelvin odgovrio 28 na kritiku teorije. No Darwin se nije suprostavio Kelvinu s ciljem točnijih proračuna većje htio spasiti obiteljsko ime i ugled oca kojeg je Kelvin stalno narušavao, te se poslije Kelvinove smrti, iako mu je teorija u to vrijeme bila oborena, vrlo često obrušavao na Kelvinove metode proglašavajući ih ništavnim. S obzirom da je bio sin poznatog geologa mnogi geolozi su mu pomagali u tome dok Kelvin naposlijetku nije nestao iz povijesnih zapisa, no nažalost više nije bilo nikoga tko bi stao u Kelvinovu obranu. * * * Unatočproširenim interesima za odreñivanje točne starosti Zemlje, broj Kelvinovih pobornika je rastao, no samo nekolicina se odlučila i sama izračunati starost Zemlje raznim metodama te raznim teorijama. Stalnim traganjem za boljim rješenjima primjetno je da je Kelvin bio svjestan da znanje koje ima nije apsolutno što je i dokazao ostavivši proračune na 15-ak godina dok nije došlo do novih otkrića, a s obzirom da je živio u jednom od najturbulentijih razdoblja Zemljine povijesti Kelvin je bio svjedokom mnogih promjena koje su se dogañale, bolje rečeno promatrao je napredak na polju znanosti i tehnologije iz prvog reda te je štoviše čak i sudjelovao u njemu, u kreiranju novog svijeta. Lord Kelvin je izvršio duboki utjecaj na debatu o starosti Zemlje te je njegova teorija dominirala u znanstvenim raspravama skoro 50 godina. Primjenom znanstvenih načela u pokušajima da se odredi datum Zemljinog stvaranja Kelvin je udario temelje važnom području znanstvene studije
Dizajn i testiranje adepantina – novih peptidnih antibiotika
Full text linkAs an important part of the innate immune system of all organisms, antimicrobial peptides, are considered as a possible solution for fighting bacteria resistant to standard antibiotics.Crucial characteristic of peptide antibiotic, as drug candidate is its high selectivity, parameterized as the ratio of concentration causing 50% haemolysis (HC50) against erythrocytes and the minimal inhibitory concentration (MIC) against the reference bacterium Escherichia coli. Using the “Designer” algorithm adepantins were designed - highly selective artificial glycine and lysine rich peptides in predominant α helical conformation, having less than 50% homology of primary sequence to any known sequence of antimicrobial peptides. The algoritham used our database of anuran antimicrobial peptides with known selectivity index. Structure and activity of adepantins were experimentally and computationally tested in their monomeric, dimeric and fluorescently labelled form. Experimental investigations performed on different bacteria strains showed high selectivity of adepantins for Gram-negative bacteria ( MIC = 0.5 - 4 μM ), especially E. coli. In membrane permeabilization measurements, different membrane models were used and adepantins showed rapid permeabilization of both membranes of E. coli. These tests provided insight in their mode of action. All monomeric adepantins have exceptionally low haemolytic activity, while dimers expressed certain toxicity against host cells. It is proven that adepantins bind efficiently to the cell surface of the host cell membranes without subsequent membrane damage. Gathered results confirmed that adepantins are indeed highly selective artificial peptide antibiotics.Kao važan dio urođenog imunološkog sustava svih živih bića, antimikrobni peptidi, smatraju se možebitnim riješenjem u brobi protiv bakterija otpornih na standardne antibiotike. Važna osobina dobrog kandidata za budući lijek njegova je selektivnost, koja se određuje kao omjer koncentracije pri kojoj se opaža 50%-tna hemolitična aktivnost prema eritrocitima i minimalne inhibitorne koncentracije pri kojoj se opaža 100%-tna inhibicija rasta bakterije Escherichije coli. Algoritmom „Designer“ dizajnirani su adepantini–veoma selektivni umjetni peptid i u konformaciji α uzvojnice, bogati glicinom i lizinom, a sličnost njihovih sekvenci s poznatim antimikrobnim peptidima manja je od 50%. Algoritam je koristio našu bazu podataka antimikrobnih peptida iz anura s poznatim indeksom selektivnosti.
Eksperimentalnim i računalnim metodama istražene su strukture i aktivnosti monomera, dimera i fluorescentno označenih oblika adepantina. Eksperimentalna istraživanja provedena na različitim sojevima bakterija pokazala su visoku selektivnost adepantina prema Gram-negativnim bakterijama ( MIC = 0.5 - 4 μM ), naročito prema E. coli. U mjerenju propusnosti membrana rabljeni su različiti modeli membrana, a pokazalo se da adepantini vrlo brzo povećavaju propusnost obje membrane E. coli. Time je dobiven uvid u mehanizme djelovanja adepantina. Svi monomeri adepantina imaju izrazito malu hemolitičnost prema eritrocitima, dok su dimeri pokazali određenu toksičnost prema ljudskim stanicama. Dokazano je da se adepantini vežu na staničnu površinu ljudskih stanica bez popratnog oštećenja membrane. Prikupljeni rezultati potvrdili su adepantine kao jako selektivne umjetne peptidne antibiotike
Računalna analiza genotipova i N-glikoma ljudske plazme
Full text linkGlycosylation is one of the most extensive protein modifications. Glycans influence both structure and function of the proteins and known to have important roles in physiological and pathological processes. The absence of a universal code for glycan synthesis combined with the technological challenges faced by glycan quantification analysis has hindered the knowledge about the processes regulating the assembly of glycans. Major breakthroughs in analytical procedures created the possibility to reliably quantify glycans in a high-throughput manner and allowed the first large-scale studies on human plasma N-glycome.
In order to explore the genomic and environmental regulation of glycosylation, different computational methods were employed to the integrated analysis of glycan, physiological/biochemical and genotype data in three isolated population cohorts. Specific glyco-phenotypes were identified in the general population and the potential use of glycan modifications as biomarkers was evaluated for the particular case of diabetes. General associations between glycans and phenotypes were observed and glycan, phenotypic and genotypic patterns capable of discriminating the populations were explored. The analysis of polymorphisms associated with glycosylation was addressed replicating previous findings and suggesting possible novel associations.Glikozilacija je jedna od najopsežnijih modifikacija proteina. Glikani utječu na strukturu i funkciju proteina na koje su vezani, a poznato je i da imaju važne uloge u fiziološkim i patološkim procesima. Nedostatak univerzalnog koda za sintezu glikana zajedno sa tehnološkim poteškoćama kvantifikacije glikana razlozi su ograničenom razumijevanju procesa koji reguliraju njihovu sintezu. Značajni napretci u analitičkim postupcima omogućili su razvoj pouzdanih visoko-protočnih metoda za kvantifikaciju glikana, a time i prve studije plazma N-glikoma velikog broja ljudi.
Kako bi se istražila genomska i okolišna regulacija glikozilacije, u ovome su radu glikanski, fiziološki i biokemijski podaci te genotipovi iz tri različite izolirane populacije analizirani različitim računalnim metodama. Identificirani su glikanski profili specifični za opću populaciju evaluiran je potencijal glikana kao biomarkera dijabetesa. Također, analizirane su asocijacije glikana i fenotipova te su istraženi glikanski, fenotipski i genotipski uzorci koji definiraju pojedine populacije. Analize polimorfizama povezanih sa glikozilacijom potvrdile su prethodna otkrića te su otkrivene nove potencijalne poveznice
Statistička i termodinamička analiza mikro-strukture u molekularnim emulzijama
Full text linkLes mélanges aqueux diffèrent des mélanges de liquides simples, du fait que les molécules d'eau tendent à s'associer préférentiellement entre elles au travers de la liaison hydrogène, de ce fait ségréguant les molécules de soluté sans pour autant entraîner une démixtion totale des mélanges. Même des mélanges aussi simples que l'eau et le méthanol exhibent ce type d'ordre. La micro-hétérogénéité (MH) résultante apparaît comme étant distincte des fluctuations de concentration (CF), qui jouent un rôle important dans la stabilité des mélanges. En établissant la correspondance entre les micro-emulsions, et ce mélanges que nous appelons ”émulsions moléculaire“ à partir de la théorie Ornstein-Zernike aux petits vecteurs d’onde, nous montrons comment certains problèmes intrinsèques aux simulations, et qui gênaient par exemple le calcul des intégrales de Kirkwood-Buff, peuvent être résolus en recalculant les corrélations à longue portée. De même, l’introduction des fonctions bridges des corps purs extraits des simulations, permet de mieux comprendre le comportement des équations intégrales pour les mélanges, en particulier en ce qui concerne la distinction entre CF et MH.Vodene mješavine se razlikuju od mješavina jednostavnih tekućina, jer se molekule vode između sebe povezuju vodikovom vezom te uzrokuju segregaciju otopljene tvari na molekularnoj razini. Ovakva vrsta mikro-strukture postoji čak i u vodenoj mješavini najjednostavnijeg alkohola, a to je metanol. Rezultirajuća mikro-heterogenost (MH) se razlikuje od koncentracijskih fluktuacija (KF), koje imaju važnu ulogu u stabilnosti mješavina. Pomoću analogije između mikro-emulzija i ovih mješavina koje smo nazvali “molekularnim emulzijama” u Ornstein-Zernike teoriji za male valne vektore, pokazat ćemo kako se određeni problemi računalnih simulacija, primjerice problemi vezani za račun Kirkwood-Buff integrala, mogu rješiti tako da se uzmu u obzir dugodosežne korelacije. Iz računalnih simulacija jednokomponentnih tekućina izračunat ćemo korelacije višeg reda koje će nam omogućiti bolje razumijevanje ponašanja integralnih jednadžbi za mješavine tekućina, a prvenstveno razlikovanje između MH i KF
Mikroheterogenost u mješavini etanol-voda
Full text linkEthanol-water liquid mixture was analyzed by the method of Molecular Dynamics, over the whole composition range to elucidate its micro structure. A recently introduced concept of microheterogeneity was used to describe mixture's behaviour. It was discovered that there are at least three structural regimes with respect to composition range in aqueous ethanol at ambient conditions. Up to approximately 0.15 mole fraction of ethanol, hydrophobic ethanol's sites distribution declines from homogenous. From 0.15 to approximately 0.65 mole fraction of ethanol, ethanol and water form bicontinuous intertwined microheterogenous mixture of segregated domains, and above 0.65 mole fraction of ethanol water network loses its connectivity over the whole system. Results from the novel approach in cluster analysis, performed for the first time on this kind of system, namely the calculation of cluster radial distribution function, were especially important for supporting the picture of three structural regimes. This is the first time that such detailed overall picture of the microscopic level structure of this liquid mixture is given. Besides, in-detail analysis of different ethanol models in their ability to reproduce this structural change with mole fraction is presented; models that are parametrized on pure substance thermodynamical properties, as well as one model parametrized on the solute activity in the aqueous mixture.Metodom molekularne dinamike analizirana je mikroskopska struktura tekuće mješavina etanola i vode pri sobnim uvjetima, u cijelom rasponu koncentracija. Definirana su tri strukturna režima miješanja od kojih svaki predstavlja različitu realizaciju koja ima svojstvo mikroheterogenosti, odnosno lokalnog nemiješanja komponenti. Pri malim koncentracijama etanola zbog hidrofobnog efekta vode distribucija hidrofobnih dijelova molekula etanola nije homogena kao u čistom etanolu. Dodavanjem etanola, na otprilike 0.15 molarnog udjela, etanol i voda počinju graditi bikontinuiranu isprepletenu mrežu u cijelom sustavu. Drugi prijelaz je definiran na otprilike 0.65 molarnog udjela etanola gdje voda više ne može formirati kontinuiranu strukturu mreže vodikovih veza preko cijelog sustava. U prvom redu ovi režimi su potvrđeni analizom radijalne distribucijske funkcije koja se odnosi na klastere, što predstavlja novi pristup u analizi strukture molekularnih otopina. Osim toga provedena je detaljna analiza različitih modela za etanol i testirana je njihova sposobnost reproduciranja promjene strukture s promjenom molarnog udjela komponenti. Testirani su modeli parametrizirani na termodinamičkim svojstvima čistih tekućina i jedan model parametriziran na aktivitetu otopljene tvari u vodenoj otopini