CorpusUL Université Laval
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Le consentement sexuel de la victime en droit pénal : une approche comparatiste franco-canadienne
No full textSi la lutte contre les violences sexuelles d'une part, et la garantie de l'autonomie personnelle des individus d'autre part, sont des thématiques en apparence différentes, elles sont pourtant reliées par la notion même de consentement. Alors, étant donné que le consentement n'a pas les mêmes conséquences en fonction de la forme qu'il revêt, en l'occurrence, une forme négative dans la lutte contre les violences sexuelles et une forme positive dans la garantie de l'autonomie personnelle, il nous est intéressant d'en étudier les frontières afin de savoir ce qui peut faire l'objet d'un consentement valide et ce qui ne le peut pas. Dès lors, comment pouvons-nous consentir à des activités sexuelles? À quelles pratiques sexuelles pouvons-nous consentir? Et enfin, qui peut y consentir? L'analyse comparée entre le droit pénal français et le droit criminel canadien est concluante sur le sujet. Si le combat contre les préjugés sexistes a été différemment mené par les deux États, dans le sens où le législateur français a privilégié une analyse objective du consentement et son homologue canadien une analyse subjective, ils se rejoignent dans la pratique pour tenter d'assurer à la victime une protection d'ampleur en conformité avec la lutte contre les violences sexuelles. Toutefois, pour protéger davantage l'intégrité physique des victimes, la notion de consentement présente également des limites dans sa forme positive, notamment en matière de pratiques sadomasochistes et en matière de pratiques sexuelles impliquant un mineur. En définitive, l'étude de la notion de consentement sexuel dans le domaine du droit pénal vise à apprécier si les limites du consentement découlent d'un équilibre suffisant entre la protection de l'intégrité physique des victimes et la garantie de l'autonomie personnelle des participants consentants
Of goat and heat, the differential impact of summer temperature on habitat selection and activity patterns in mountain goats (Oreamnos americanus) of different ecotypes
No full textLes changements climatiques ont un impact sur la biosphère, causant notamment des extinctions d'espèces, des changements d'aire de répartition, des effondrements d'écosystèmes et des modifications de comportement. Ces impacts sont susceptibles d'être exacerbés à mesure que les changements climatiques continuent de s'accélérer. Pour prédire les impacts des changements projetés sur la faune, nous devons comprendre comment la météo influence le comportement des espèces. En Amérique du Nord, les précipitations et la température devraient augmenter au cours des prochaines décennies, en particulier aux latitudes et altitudes élevées. Les chèvres de montagne (Oreamnos americanus), comme de nombreux ongulés nordiques, risquent d'être affectées négativement par des températures estivales plus chaudes. Le but de mon projet est de comprendre comment les conditions environnementales estivales influencent le comportement et la sélection d'habitats des chèvres de montagne afin de mieux comprendre les impacts futurs des changements climatiques. Nous avons émis l'hypothèse que les températures estivales élevées incitent les chèvres de montagne à utiliser des tactiques d'évitement de la chaleur telles que l'utilisation de microsites frais (haute altitude, zones boisées, microsites enneigés et habitats ombragés) et à réduire leur activité pendant la période la plus chaude de la journée. Nous avons également émis l'hypothèse que les tactiques d'évitement de la chaleur utilisées par les chèvres dans les environnements côtiers et continentaux sont différentes, les chèvres en milieu côtier utilisant des altitudes plus élevées lorsque la température augmente et les chèvres en milieu continental utilisant des zones boisées et ombragées. Nous avons analysé l'influence des conditions météorologiques estivales, en particulier la température, sur les modèles d'activité et la sélection de l'habitat de quatre populations de chèvres de montagne représentant les deux écotypes observés chez cette espèce, côtier et continental. Les chèvres de montagne des deux écotypes ont utilisé des tactiques différentes pour éviter la chaleur dans leur sélection d'habitats. Les chèvres de montagne des milieux côtiers ont sélectionné des habitats ouverts proche de la neige, tandis que les chèvres des sites continentaux ont sélectionné les milieux forestiers lorsque la température augmentait. Les chèvres de montagne dans les environnements continentaux ont choisi des habitats à plus haute altitude plus souvent que ceux en basse altitude uniquement lorsque la température augmentait, tandis que les chèvres dans les environnements côtiers ont choisi des habitats à plus haute altitude à toutes les températures. Les chèvres de montagne des deux écotypes ont réduit leur proportion de temps passé actif lorsque les températures augmentaient au milieu de la journée, mais l'activité à l'aube et au crépuscule n'était pas influencée par la température. Notre étude montre que les chèvres de montagne utilisent une série de tactiques différentes pour éviter le stress thermique. Nous montrons également que les chèvres de montagne vivant dans différents écosystèmes utilisent des tactiques alternatives et sont affectées par le changement climatique de manière différente. Nos résultats soulignent l'importance d'évaluer l'impact des changements climatiques au niveau de la population plutôt qu'au niveau de l'espèce, car les espèces ne sont pas un assemblage homogène de populations et les populations subissent des contraintes environnementales différentes selon le milieu qu'elles habitent.Rapid climate change impacts the biosphere, including species extinctions, range shifts, ecosystem collapses and behavioural modifications. These impacts are likely to be exacerbated as climate change continues to accelerate. To predict impacts of projected changes, we must understand how climate and weather influence species behaviour and space use. In North America, both precipitation and temperature are expected to increase in the coming decades especially at high latitudes and altitudes. Mountain goats (Oreamnos americanus), like many northern ungulates, will likely be negatively affected by warmer summer temperatures. The aim of this study is to understand how summer environmental conditions influence behaviour and movement patterns of mountain goats to better understand future impacts of climate change. We hypothesized that high summer temperatures result in mountain goats utilizing heat avoidance tactics such as the use of cool microsites (high elevation, forested areas, snow patches, and shady habitats) and reducing activity during the hottest period of the day. We also hypothesized that the heat avoidance tactics used by goats in coastal and continental environments differ, with coastal goats using higher elevations in warm temperatures, and continental goats moving to forested and shady areas. We analyzed the influence of summer weather conditions, particularly temperature, on the activity patterns and habitat selection of four populations of mountain goats representing the two ecotypes found in this species, coastal and continental. Mountain goats of the two ecotypes used very different tactics to avoid heat in their habitat selection. Mountain goats in coastal environments selected open habitats close to snow, while goats in continental sites selected forest environments when the temperature increased. Mountain goats in continental environments selected higher elevation habitats when the temperature increased while goats in coastal environments selected higher elevation habitats at all temperatures. Mountain goats of both ecotypes reduced their proportion of time spent active when temperatures increased during the middle of the day, but activity at dawn and dusk was not influenced temperature. Our study shows that mountain goats use a series of different tactics to avoid heat stress. We also show that mountain goats living in different ecosystems use alternative tactics and are affected by climate change in different ways. This highlights the importance of assessing the impact of climate change at the populational level rather than the species level, as species are not a homogeneous assemblage of populations and populations are experiencing different environmental constraints
La santé respiratoire et ses déterminants dans la population adulte du Nunavik : analyse de l'enquête populationnelle transversale Qanuilirpitaa? 2017
No full textLa santé respiratoire a été identifiée comme thème prioritaire par les communautés inuites du Nunavik pour l'enquête de santé Qanuilirpitaa? 2017, une enquête transversale populationnelle à laquelle ont participé 1 326 résidents des quatorze communautés du Nunavik. Enchâssé dans cette enquête, ce projet vise à décrire la santé respiratoire par un ensemble d'indicateurs et à identifier ses principaux déterminants au sein de la population inuite âgée de 16 ans et plus. Il constitue une analyse des données recueillies par des questionnaire, des tests de fonction pulmonaire, la revue des dossiers médicaux, des mesures anthropométriques et des tests de laboratoire. Outre les analyses descriptives, des modèles de régression logistique permettent d'examiner les associations entre trois indicateurs de santé respiratoire (wheezing¹ , toux chronique et obstruction bronchique) et une variété de facteurs biologiques, comportementaux, nutritionnels, environnementaux et sociaux. Certains facteurs propres au contexte du Nunavik sont explorés en plus des facteurs de risque reconnus de maladies respiratoires. Les analyses sont différenciées selon l'âge et le sexe. Des analyses supplémentaires évaluent l'impact des conditions respiratoires sur la qualité de vie et vérifient l'impact des critères d'obstruction bronchique utilisés (limite inférieure de la normale versus ratio fixe). La vaste majorité de la population (83%) présente une fonction pulmonaire normale, tandis que 17% présentent une obstruction bronchique, surtout légère. La majorité de la population ne rapporte pas de dyspnée (80%), de toux chronique (79%), d'expectorations chroniques (77%), de wheezing dans la dernière année (73%) ou de symptômes de bronchite chronique (95%). Le wheezing était nettement plus fréquent que l'asthme diagnostiqué. L'utilisation de médicaments pour la MPOC ou l'asthme étaient plutôt rares comparativement aux symptômes respiratoires. Les jeunes adultes sont également concernés par la santé respiratoire, puisque plusieurs indicateurs d'altérations respiratoires étaient aussi fréquents chez les jeunes que chez les adultes plus âgés (par exemple, le wheezing, expectorations chroniques, l'essoufflement et l'obstruction bronchique). Peu de différences sont observées entre les sexes, à l'exception d'une prévalence nettement plus élevée d'obstruction bronchique chez les hommes, qui s'atténue grandement après l'ajustement pour les facteurs étudiés. Même si la grande majorité de la population du Nunavik a une bonne santé respiratoire, une proportion tout de même significative présente de l'obstruction bronchique ou des symptômes respiratoires. Dépendamment des indicateurs, cette proportion semble au moins aussi grande que dans le reste du Canada ou que dans les pays ayant les plus fortes prévalences, ce qui est cohérent avec les données de mortalités et d'hospitalisation pour cause respiratoire au Nunavik. Le tabagisme, qui touche 72% de la population de 16 ans et plus, et l'insécurité alimentaire, vécue par 67% de la population, sont clairement ressortis parmi les principaux facteurs associés à la santé respiratoire. Le wheezing, la toux chronique et/ou l'obstruction bronchique semblaient aussi liés aux infections respiratoires dans l'enfance, à la sensibilisation allergique aux chiens, au surpeuplement des logements, aux logements ayant besoin de réparations majeures, à l'obésité ou au faible poids. Chez les jeunes adultes et chez les femmes, on remarque des associations avec la consommation régulière de cannabis ou le fait d'avoir déjà inhalé des solvants de manière récréative. Participer à des activités traditionnelles, aller souvent dans la nature ou avoir complété des études secondaires ou post-secondaires semblaient plutôt protecteurs. Bien que les résultats varient selon les indicateurs, le sexe et l'âge, les tendances générales sont cohérentes avec la littérature scientifique sur la santé respiratoire et sur les déterminants sociaux de la santé. Ce portrait fournit donc des données pouvant guider les interventions de santé publique, l'organisation des services de santé et la recherche future afin d'améliorer les conditions de vie influençant la santé respiratoire, de prévenir les maladies respiratoires et le tabagisme et de favoriser l'accès à des soins primaires culturellement adaptés pour les maladies respiratoires. ¹{Aussi appelé « sibilances ». Le terme wheezing, issu de l’anglais, est aussi utilisé en français dans le domaine médical et sera utilisé dans ce mémoire bilingue.
Characterization of Giles parameters for extended L-band Erbium-doped fibers
No full textIn this study, we present theoretical and experimental uncertainty analysis of erbium-doped fiber (EDF) characterization to improve performance prediction of erbium-doped fiber amplifiers (EDFAs) in the extended L-band. Through this uncertainty analysis, the optimal EDF lengths for absorption coefficient and emission coefficient characterization are determined to improve precision with a limited number of experimental steps. The uncertainty in the measured clustering ratio is also evaluated based on the uncertainty analysis of absorption and emission coefficients. To verify the accuracy of the Giles parameters determined from the EDF characterization, we compare simulation results, with calculated upper and lower uncertainties for the gain and noise figure (NF), to experimental measurements. The results show that the measured spectral gain and NF match well with the calculated value
Modelling changes in sexual behavior and multi-site transmission of HPV to assess their impact on past and future trends of HPV infections and diseases
No full textIntroduction: Lors de l'élaboration des modèles de dynamiques de transmission du virus du papillome humain (VPH), différentes hypothèses sont émises pour simplifier les aspects complexes et peu compris de la transmission. Dans cette thèse, on s'intéresse à deux limites de ces modèles: 1) la transmission du VPH entre différents sites n'est pas modélisée, 2) les changements dans l'activité sexuelle à travers le temps sont ignorés. Les changements dans l'activité sexuelle au cours du dernier siècle pourraient être l'une des causes de l'augmentation des cancers de l'oropharynx des quatre dernières décennies. Cependant, notre compréhension des tendances des cancers reliés au VPH est entravée par le manque de connaissance des patrons de contacts sexuels. Un tel type de patron, l'assortativité, pourrait produire de la confusion dans les études épidémiologiques portant sur les facteurs de risques du VPH. Les objectifs de cette thèse sont 1) d'évaluer l'impact d'inclure la transmission multi-site du VPH dans un modèle sur les prédictions d'efficacité populationnelle du vaccin VPH, 2) d'examiner comment les changements dans l'activité sexuelle ont pu influencer les tendances des cancers de l'oropharynx (CO) et du col de l'utérus (CU) depuis les années 1970, et de prédire les tendances futures de ces cancers, 3) déterminer les conditions sous lesquelles l'assortativité pourrait causer un biais dans les études évaluant la causalité des facteurs de risques des infections transmissibles sexuellement et quantifier la magnitude de ce biais. Méthodes : Pour le premier objectif, nous avons développé un modèle de transmission du VPH multi-site (sites génital et extra-génital) et uni-site (site génital). Avec ces modèles, nous avons estimé la réduction relative de la prévalence du VPH au site génital après la vaccination (RR[indice prev]). Nous avons considéré deux types d'immunité naturelle : site-spécifique et systémique. Pour le deuxième objectif, nous avons développé un modèle mathématique individus-centré simulant la transmission du VPH16, la progression du VPH16 vers le cancer (CO et CU) et les comportements sexuels des américains nés entre 1850 et 1999. Nous avons calibré ce modèle et réalisé des simulations de l'incidence de CO et CU entre 1915 et 2045. Pour le troisième objectif, nous avons développé un modèle de transmission du VPH avec stratification pour deux niveaux d'activité sexuelle (élevé et faible) et de tabagisme (fumeur et non-fumeur). On a supposé dans ce modèle que le tabagisme n'était pas une cause biologique d'infection au VPH, et que le choix du partenaire sexuel est assortatif au statut fumeur. Nous avons simulé une étude fictive dans laquelle nous avons estimé le rapport de cotes (RC) de la prévalence d'infection VPH entre fumeurs et non-fumeurs. La magnitude du biais se mesurait par l'écart entre le RC et la valeur nulle (1,00). Résultats : Pour l'objectif 1, le modèle multi-site prédisait un RR[indice prev] supérieur à celui estimé par le modèle uni-site quand l'immunité était site-spécifique, et inférieur quand l'immunité était systémique. La magnitude de la transmission entre les sites génital et extra-génital était un facteur expliquant la variance du RR[indice prev]. Pour l'objectif 2, notre modèle a prédit, en absence de dépistage du CU, une augmentation importante de l'incidence de CU d'au moins 120% entre 1975 et 2015. Pour le cancer de l'oropharynx relié au VPH16, le modèle a prédit une augmentation d'au moins 310% entre 1985 et 2015, et d'environ 50% entre 2015 et 2045. Pour l'objectif 3, nous avons obtenu un RC de 1,51 après ajustement parfait du niveau d'activité sexuel des sujets de l'étude. Une plus grande assortativité dans le choix du partenaire sexuel causait une augmentation de la magnitude du biais. Conclusion : Étant donné les connaissances actuelles dans le domaine du VPH, il semble peu probable que les prédictions d'efficacité populationnelle de la vaccination contre le VPH faites avec un modèle uni-site soient significativement biaisées. Cependant, l'utilisation d'un modèle multi-site nous a permis de reproduire les changements de comportements sexuels, d'expliquer les tendances de CO observées depuis les années 1980 et de prédire une augmentation future dans l'incidence de CO. Toutefois, cette augmentation future ne pourra pas être prévenue par la vaccination car elle touche surtout des hommes nés avant 1990, qui n'ont pas été vaccinés. Finalement, le rôle du tabagisme dans l'acquisition du VPH demeure incertain dû au biais d'assortativité que nous avons identifié.Introduction: Dynamic models of HPV transmission have been the main tool to estimate the effectiveness and cost-effectiveness of different vaccination strategies. We focus on two limitations of these models: transmission of HPV across different sites (e.g., oral and anal) and changes in sexual behavior across birth cohorts are not modelled. Firstly, including multi-site transmission of HPV could affect estimates of effectiveness against genital diseases. Secondly, changes in sexual behavior throughout the last century could be causally related to the increase in oropharyngeal and anal cancers in the past four decades. Understanding these trends is hindered by our poor knowledge of sexual mixing patterns. One such pattern, assortative mixing, could cause confounding in epidemiological studies of HPV risk factors. The objectives of this thesis are to 1) Assess the impact of including multi-site transmission to current uni-site HPV models on predictions of the population-level effectiveness of HPV vaccination. 2) Examine how changes in specific aspects of sexual behavior such as mixing, rates of new partner acquisition, sexual practices, age of sexual debut, may have impacted trends in HPV-related oropharyngeal and cervical cancer incidence since the 1970s, and predict future trends in these cancers. 3) Determine conditions under which assortative mixing could cause bias in studies examining the causal role of risk factors of STIs and quantify the magnitude of this potential bias. Methods: For the first objective, we developed a multi-site (genital and extragenital sites) and a uni-site (genital site) model of HPV transmission. We estimated the reduction in genital HPV prevalence at equilibrium post-vaccination and compared the estimates of the two models. We considered two types of natural immunity: local (i.e., protects against subsequent infection at the same site) and systemic. For the second objective, we developed an individual-based model of HPV transmission at the genital and oral sites. We reproduced in this model the changes in sexual behavior from 1900 to 2015 in the US population, and simulated the incidence of HPV16-related oropharyngeal and cervical cancers between 1915 and 2045. We performed these simulations according to different scenarios regarding the practice of oral sex, the inclusion of oral infections, and the reporting bias in the number of sexual partners in surveys. Results of the simulations were compared with empirical data on HPV-related cancers. For the third objective, we developed a model of HPV transmission with stratifications for two levels of sexual activity and of smoking habits (smokers and non-smokers). In our simulation, smoking was not a biological cause of HPV infection. We then estimated the odds ratio of prevalent HPV infection between smokers and non-smokers. Deviation from the null value could only be due to a bias we termed assortativity bias. Results: For objective 1, multi-site model predicted higher vaccination effectiveness when natural immunity was local, and lower or equal effectiveness when natural immunity was systemic. Three important factors were identified to increase effectiveness predicted with the multi-site model: 1) higher proportion of genital infections caused by an extragenital infection, 2) lower proportion of extragenital infections caused by a genital infection, 3) higher proportion of susceptibles to extragenital infection. For objective 2, we predicted a sharp increase (IRR=[220%-380%]) between 1975 and 2015 in the simulations of cervical cancer incidence without cervical screening. The increase was lowest when assuming women under-report their number of sexual partners in surveys. In simulations of oropharyngeal cancer incidence, including past changes in the practice of oral sex produced a sharp increase between 1985 and 2015 similar to the observed US trends. Future incidence of oropharyngeal cancer was predicted to increase by 50% between 2015 and 2045. For objective 3, we obtained an OR of 1.51 after perfect adjustment for subjects' level of sexual activity. The non-biased OR for this simulation was 1.00. The magnitude of the bias, as measured by the deviation from the null value, increased with stronger association between sexual activity and smoking habits and with greater degree of assortativity with respect to smoking habits. Conclusion: The assumptions of natural immunity being local and of extragenital infections being an important reservoir for genital infections are not currently supported by evidences. Hence, a significant bias in estimates of vaccination effectiveness against genital infections and diseases from the use of uni-site models appears unlikely. However, using a multi-site model and including the practice of oral sex is necessary to reproduce trends in oropharyngeal cancer since the 1980s. Furthermore, the increase in oropharyngeal cancer is predicted to continue over the next three decades, affecting mainly unvaccinated men born before 1990. In addition, we predict that cervical screening prevented a sharp increase in cervical cancer in the past decades. Finally, the role of smoking in the acquisition and duration of HPV infection remains uncertain due to biases such as the assortativity bias
Caractérisation métagénomique de l'écosystème microbien de la chaîne de valeur du porc
No full textLa viande de porc est susceptible à la croissance microbienne en raison de sa teneur élevée en nutriments et en eau. L'élaboration de nouvelles stratégies pour optimiser sa qualité microbiologique passe par une profonde compréhension de la composition microbienne de la chaîne de valeur du porc. Les nouvelles technologies de séquençage (16S et génomes entiers) permettent la caractérisation de ce microbiome. Cependant, aucune étude à ce jour n'a suivi les mêmes animaux de la ferme, à l'usine jusqu'à la pièce de viande, les échantillons étant plutôt prélevés aléatoirement sur les différents sites. Cette étude consiste à évaluer comment le microbiote de porcs provenant de deux fermes avec des statuts sanitaires différents, ainsi que les microorganismes de leur environnement, influencent la composition microbienne de la chaîne de valeur, la contamination des usines et la qualité microbiologique des viandes. Les dénombrements d'aérobes mésophiles totaux et d'entérobactéries des échantillons prélevés à la fin des procédures préopératoires étaient près ou sous le seuil de détection indiquant que les procédures de nettoyage sont efficaces. De plus, les dénombrements des échantillons prélevés à l'abattoir ne variaient pas significativement en fonction des fermes étudiées. Cependant, un test de la somme des rangs de Wilcoxon (p<0.05) a révélé que la contamination moyenne aux Enterobacteriaceae pour les échantillons d'abattoir collectés après l'abattage des animaux était plus souvent supérieure pour la ferme avec un statut sanitaire inférieur comparativement à l'autre ferme Le séquençage de l'ADN microbien de la chaîne de valeur du porc a révélé qu'Acinetobacter, Clostridium, Moraxella et Rothia étaient les genres les plus abondants dans cette chaîne de valeur. L'algorithme LEfSe (p < 0.05, LDA 1.0) a permis d'identifier un plus grand nombre de biomarqueurs pour la ferme avec le statut sanitaire inférieur. De plus, les indices de diversité alpha étaient significativement plus élevés dans l'air et dans la moulée pour la ferme dont le statut est inférieur. L'analyse de la diversité bêta indiquait que les facteurs tels que le type d'échantillon et la localisation (ferme, éviscération et découpe) ont eu un effet significatif sur le microbiome de la chaîne de valeur et cela, selon un test ANOSIM (p<0,05). Ainsi, ces résultats suggèrent que l'écosystème microbien de la chaîne de valeur du porc varie avec la ferme d'origine. L'impact du statut sanitaire des animaux sur la chaîne de valeur mérite d'être étudié à plus grande échelle.Pork meat is a food product at risk of microbial contamination due to its rich nutrient and water content. Developing new strategies to optimize the microbiological quality of these products requires a deeper understanding of the microbial ecology of the pork value chain. This microbiome is beginning to be studied using new genomic methods (16S and whole genome sequencing). However, no study to date has followed the same animals from farm to meat, rather samples are taken at random from different sites. The purpose of this study is to evaluate how the microbiota of pigs, originating from farms with different sanitary status, and their environment, influence the microbial composition of the value chain, the contamination of slaughter house and the microbiological quality of the resulting meats. The counts of total mesophilic aerobes and Enterobacteriaceae in samples collected at the end of preoperative procedures were near or below the detection limit indicating that the cleaning procedures are effective. In addition, the counts of samples taken at the slaughter house did not vary significatively depending on the farms analyzed. However, a Wilcoxon rank sum test (p <0.05) revealed that mean Enterobacteriaceae counts associated with the farm with a lower sanitary status, across all slaughter house samples collected after the slaughter of animals, are more often above the ones from the other farm. Sequencing of the pork value chain microbial DNA revealed that Acinetobacter, Clostridium, Moraxella and Rothia were the most abundant genera in this value chain. The LEfSe algorithm (p <0.05, LDA 1.0) identified a greater number of biomarkers for the farm with the lower sanitary status. Alpha diversity indices were significantly higher in air and food when the status is lower. In addition, analysis of beta diversity indicates that the factors; sample type and localization (farm, evisceration, and cut-out) have a significant impact on the value chain microbiome according to a ANOSIM test (p <0.05). Thus, these results suggest that the microbial ecosystem of the pork value chain varies with the farm of origin and the impact of the herd sanitary status deserves to be studied on a larger scale
Tracking and predicting COVID-19 radiological trajectory on chest X-rays using deep learning
No full textRadiological findings on chest X-ray (CXR) have shown to be essential for the proper management of COVID-19 patients as the maximum severity over the course of the disease is closely linked to the outcome. As such, evaluation of future severity from current CXR would be highly desirable. We trained a repurposed deep learning algorithm on the CheXnet open dataset (224,316 chest X-ray images of 65,240 unique patients) to extract features that mapped to radiological labels. We collected CXRs of COVID-19-positive patients from an open-source dataset (COVID-19 image data collection) and from a multi-institutional local ICU dataset. The data was grouped into pairs of sequential CXRs and were categorized into three categories: 'Worse', 'Stable', or 'Improved' on the basis of radiological evolution ascertained from images and reports. Classical machine-learning algorithms were trained on the deep learning extracted features to perform immediate severity evaluation and prediction of future radiological trajectory. Receiver operating characteristic analyses and Mann-Whitney tests were performed. Deep learning predictions between "Worse" and "Improved" outcome categories and for severity stratification were significantly different for three radiological signs and one diagnostic ('Consolidation', 'Lung Lesion', 'Pleural effusion' and 'Pneumonia'; all P < 0.05). Features from the first CXR of each pair could correctly predict the outcome category between 'Worse' and 'Improved' cases with a 0.81 (0.74-0.83 95% CI) AUC in the open-access dataset and with a 0.66 (0.67-0.64 95% CI) AUC in the ICU dataset. Features extracted from the CXR could predict disease severity with a 52.3% accuracy in a 4-way classification. Severity evaluation trained on the COVID-19 image data collection had good out-of-distribution generalization when testing on the local dataset, with 81.6% of intubated ICU patients being classified as critically ill, and the predicted severity was correlated with the clinical outcome with a 0.639 AUC. CXR deep learning features show promise for classifying disease severity and trajectory. Once validated in studies incorporating clinical data and with larger sample sizes, this information may be considered to inform triage decisions
La navigation en arctique en 2021 : le moteur des ressources extractives
No full textLa pandémie de Covid-19 qui a frappé les sociétés à partir de mars 2020 a provoqué un
ralentissement économique considérable pendant plusieurs mois. En Arctique, la navigation en a été affectée, mais de manière inégale.
Si le trafic dans les eaux groenlandaises a ainsi considérablement chuté, dans l’Arctique
canadien le ralentissement semble avoir été modéré, tandis que la croissance du trafic se
poursuit dans l’Arctique russe. Quels sont les moteurs de cette résilience, et quel est le portrait
post-pandémie du trafic maritime arctique ?
UN ACCROISSEMENT RÉEL DE LA NAVIGATION DANS L’ARCTIQUE
Les chiffres soulignent que si les mouvements de navires sont en nette augmentation dans
l'Arctique, le portrait par région offre une image plus nuancée. De 2009 à 2019, le trafic a été
multiplié par 1,92 dans l'Arctique canadien ; de 1,97 dans les eaux groenlandaises ; de 1,58
entre 2016 et 2019 dans les eaux de la Route maritime du Nord
Rôle des lymphocytes T CD8 exprimant le récepteur CXCR5 au cours de l'infection par le virus de l'immunodéficience simienne chez le Macaque rhésus
No full textLe système immunitaire est un des points clefs pour éradiquer le virus de l'immunodéficience humaine (VIH). Actuellement, la persistance du VIH dans les organes dits « réservoirs » reste un problème majeur de santé publique. Il a été montré que les centres germinatifs (GC) des organes lymphoïdes tels que la rate, les ganglions périphériques et mésentériques sont des lieux de réplication virale. La sous-population de LT CD8 qui exprime le récepteur de chimiokine CXCR5 est capable de migrer vers ces GC. Ainsi, cette population cellulaire requiert un intérêt majeur dans le contrôle du VIH au niveau des organes lymphoïdes tels que : la rate, les ganglions périphériques et mésentériques. Dans ce contexte, nos travaux ont pu montrer qu'au cours de l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine (SIV) chez le modèle Rhésus macaque, les cellules T CD8 CXCR5+ sont capables de se localiser au niveau des organes lymphoïdes. Cependant, ces mêmes cellules ont une faible cytotoxicité (expression de granzymeB et perforine). Les LT CD8 CXCR5 ne sont donc pas capables d'éliminer efficacement le virus par la voie cytotoxique.The immune system plays a key part in eradicating the human immunodeficiency virus (HIV). Nevertheless, the persistence of HIV in reservoir organs remains a major public health problem. The germinal centers (GCs) of lymphoid have been shown to be lusters of viral replication. Additionally, some CD8 T cells that express the chemokine receptor CXCR5 can migrate to GCs. Therefore, this specific cell population represents a major interest for the control of HIV in organs such as the spleen, peripheral and mesenteric lymph nodes. In this context, my work has shown that, in Macaque model, during SIV infection, the CD8 CXCR5+ T cells are indeed mainly localized in the lymphoid organs. However, these CD8 CXCR5+ T cells do not express high levels of cytotoxic molecules such as granzymB and perforin. Thus, there are not able to completely eliminate the virus
L'importance des composantes sanguines dans la maladie de Huntington
No full textLa maladie de Huntington (MH) est une maladie neurodégénérative de type autosomique dominante. Ce désordre est caractérisé par un éventail de signes cliniques incluant, principalement, des mouvements involontaires de type choréiformes, mais également des atteintes cognitives et psychiatriques. La pathologie est causée par une mutation du gène codant pour la huntingtine (HTT) entrainant ainsi la production d'une protéine anormale, la huntingtine mutée (mHTT). De par son caractère ubiquitaire, la mHTT se retrouve dans chacune des cellules de l'organisme et contribue à la dégénérescence des cellules, aussi bien au niveau du système nerveux central qu'en périphérie. En effet, les patients souffrant de la MH présentent également de l'atrophie musculaire, des anomalies cardiaques et des dysfonctionnements au niveau du système immunitaire. Des travaux effectués dans le laboratoire de recherche de la Dre Cicchetti ont montré que les cerveaux de patients MH sont aussi caractérisés par des anomalies vasculaires, qui incluent des changements au niveau de la densité et du diamètre des vaisseaux sanguins ainsi qu'une augmentation de la perméabilité de la barrière hématoencéphalique (BHE). Cherchant à élucider l'origine de ces anomalies vasculaires, nous avons étudié les plaquettes qui, en plus de jouer un rôle dans l'hémostase, sont également impliquées dans le maintien de l'intégrité vasculaire. Les résultats d'immunobuvardage ont montré que les thrombocytes contiennent étonnamment la plus forte concentration en mHTT de toutes les cellules sanguines. La libération de facteurs plaquettaires a été mesurée par ELISA chez les patients MH et les contrôles. Nous avons également effectué des tests d'hémostase et de déplétion plaquettaire dans le modèle de souris R6/2 de la maladie. Nos résultats indiquent que les plaquettes huntingtoniennes sont dysfonctionnelles en ce qui concerne la libération de facteurs de thrombose et d'angiogenèse. Nos travaux chez un modèle murin de MH mettent en lumière le rôle insoupçonné des plaquettes dans l'homéostasie de la BHE. Dans le cadre de ce projet, le transcriptome plaquettaire et les vésicules extracellulaires dérivées de plaquettes (VEP) ont été également caractérisés. D'une part, nous avons montré que les plaquettes possédaient une signature transcriptomique unique pouvant, si validée, être utilisée comme potentiel biomarqueur de la maladie. D'autre part, les VEP provenant de patients atteints de MH et leur contenu en mHTT restent inchangés. L'ensemble des données que nous avons obtenues sur les plaquettes MH témoignent de l'impact de la mHTT en périphérie. Afin de diminuer la charge en protéines pathologiques, l'une des voies de dégradation serait la production d'anticorps par les cellules immunitaires. Cet aspect a déjà été mis en lumière dans d'autres maladies neurodégénératives, mais à ce jour, les mécanismes de dégradation de la mHTT dans la MH n'ont pas été élucidés. Nos travaux ont toutefois montré la présence d'auto-anticorps contre la mHTT/HTT dans le plasma humain à l'aide de deux méthodes complémentaires que nous avons développées à cet effet : des ELISA et des immunobuvardages. Plus précisément, nous avons observé que : 1) les patients présentant des caractéristiques cliniques sévères de la MH développent une réponse immunitaire plus importante contre HTT/mHTT que les témoins appariés, 2) le sexe influence le nombre d'anticorps anti-mHTT dans la MH et 3) les anticorps reconnaissant la structure 3D de mHTT pleine longueur corrèlent avec les scores du test de capacité fonctionnelle totale chez les patients à des stades avancés de la maladie. Ces données ouvrent la voie à l'utilisation potentielle d'anticorps pour, par exemple, neutraliser la mHTT périphérique et ainsi ralentir le développement de la pathologie. En résumé, mes travaux de recherche se sont donc consacrés à l'étude des composantes sanguines - plus particulièrement des plaquettes et des auto-anticorps - par l'utilisation d'un modèle murin MH et d'échantillons de sang provenant de patients atteints de la MH. Les données obtenues permettent (1) de confirmer l'impact de la pathologie huntingtonienne sur le système sanguin et vice-versa, (2) d'améliorer notre compréhension des mécanismes physiopathologiques qui sous-tendent la MH, et (3) d'aider à identifier et développer de nouvelles cibles thérapeutiques.Huntington's disease (HD) is an autosomal dominant neurodegenerative disorder characterized by a whole spectrum of clinical signs including early involuntary movements, such as chorea, cognitive impairments and psychiatric disturbances. The pathology is caused by a mutation in the gene coding for huntingtin (HTT), which results in the production of an abnormal form of this protein: mutant huntingtin (mHTT). Due to the ubiquitous expression of HTT, mHTT is found in every cell of the body and contributes to the cellular dysfunction in the central nervous system as well as various other peripheral organs. Accordingly, HD patients present with muscular atrophy, cardiac abnormalities and dysfunctions of the immune system, among other things. Work conducted in Dr. Cicchetti's laboratory has extended these findings to include brain vascular abnormalities, such as changes in blood vessel density and diameter, and increased permeability of the blood-brain barrier (BBB). Seeking to elucidate the origin of these vascular anomalies, we studied platelets which, in addition to playing a role in hemostasis, are also involved in maintaining vascular integrity. Immunoblot results indicated that thrombocytes contain the highest concentration of mHTT of all blood cells. Following platelet function assessment, we reported that platelets derived from HD patients are dysfunctional with respect to the release of thrombosis and angiogenesis factors. Further investigation of the functional role of platelets in HD was performed using platelet depletion assays in a commonly used transgenic mouse model of HD (R6/2). These experiments supported the clinical findings and further highlighted an unsuspected role of platelets in BBB homeostasis. As part of this project, the platelet transcriptome and the platelet derived extracellular vesicles (PEV) were also characterized. These experiments revealed a unique transcriptomic signature that can, if validated, be used as a potential biomarker of the disease while assessment of PEV derived from HD patients uncovered no differences in number or mHTT content from those derived from controls. All the data we obtained on HD platelets testify to the impact of mHTT on the periphery. In order to reduce the pathological protein load, one of the degradation pathways would be the production of antibodies by immune cells. This aspect has already been highlighted in other neurodegenerative diseases, but to date, the mechanisms of mHTT degradation in HD have not been elucidated. However, our work has now shown the presence of autoantibodies against mHTT/HTT in human plasma using two complementary methods that we have developed for this purpose: ELISA and immunoblot assays. Specifically, we observed that: 1) patients with severe clinical features of HD develop a stronger immune response against HTT/mHTT than matched controls, 2) gender influences the number of anti-mHTT antibodies in the plasma of HD patients and 3) antibodies recognizing the 3D structure of full-length mHTT correlate with total functional capacity test scores in patients at advanced stages of the disease. These data highlight the potential use of antibodies to neutralize peripheral mHTT which may, if confirmed, slow down the development of the pathology. My research work has focused on the study of blood components - in particular platelets and autoantibodies - using a mouse model of HD and blood samples from HD patients. Taken together, the data I have generated has the potential (1) to confirm the impact of HD-related pathology on the blood system and vice-versa, (2) to improve our understanding of the pathophysiological mechanisms that underlie HD and (3) to help identify and develop new therapeutic targets